CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 154

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	154	E154K		nonsyn	Gaa	Aaa	6326	6320	0.999052	22022-22024
S	154	E154K		nonsyn	GaA	AaG	6326	6	0.000948467	22022-22024
S	154	E154Q		nonsyn	Gaa	Caa	823	823	1	22022-22024
S	154	E154A		nonsyn	gAa	gCa	621	621	1	22022-22024
S	154	E154G		nonsyn	gAa	gGa	352	347	0.985795	22022-22024
S	154	E154G		nonsyn	gAA	gGG	352	3	0.00852273	22022-22024
S	154	E154G		nonsyn	gAA	gGT	352	2	0.00568182	22022-22024
S	154	E154del		del	GAA	---	264	264	1	22022-22024
S	154	E154E		syn	gaA	gaG	78	78	1	22022-22024
S	154	E154D		nonsyn	gaA	gaT	68	37	0.544118	22022-22024
S	154	E154D		nonsyn	gaA	gaC	68	31	0.455882	22022-22024
S	154	E154V		nonsyn	gAa	gTa	61	42	0.688525	22022-22024
S	154	E154V		nonsyn	gAA	gTT	61	18	0.295082	22022-22024
S	154	E154V		nonsyn	gAA	gTG	61	1	0.0163934	22022-22024
S	154	E154X		nonsyn	Gaa	Taa	59	57	0.966102	22022-22024
S	154	E154X		nonsyn	GAa	TGa	59	1	0.0169492	22022-22024
S	154	E154X		nonsyn	GaA	TaG	59	1	0.0169492	22022-22024
S	154	E154I		nonsyn	GAa	ATa	43	22	0.511628	22022-22024
S	154	E154I		nonsyn	GAA	ATT	43	21	0.488372	22022-22024
S	154	E154L		nonsyn	GAa	TTa	40	40	1	22022-22024
S	154	E154F		nonsyn	GAA	TTT	39	39	1	22022-22024
S	154	E154Y		nonsyn	GaA	TaT	38	38	1	22022-22024
S	154	E154del1		del	gAa	g-a	37	22	0.594595	22022-22024
S	154	E154del1		del	gAA	g-N	37	7	0.189189	22022-22024
S	154	E154del1		del	gaA	ga-	37	4	0.108108	22022-22024
S	154	E154del1		del	Gaa	-aa	37	3	0.0810811	22022-22024
S	154	E154del1		del	GaA	-aN	37	1	0.027027	22022-22024
S	154	E154N		nonsyn	GaA	AaT	21	21	1	22022-22024
S	154	E154del2		del	gAA	g--	11	10	0.909091	22022-22024
S	154	E154del2		del	GAa	--a	11	1	0.0909091	22022-22024
S	154	E154W		nonsyn	GAA	TGG	9	9	1	22022-22024
S	154	E154M		nonsyn	GAA	ATG	1	1	1	22022-22024

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	154	E154K	Gaa	Aaa	6320	6326	All	0.001209
S	154	E154K	GaA	AaG	6	6326	All	0.000001
S	154	E154K	Gaa	Aaa	5784	5784	B.1.617.1	0.745938
S	154	E154Q	Gaa	Caa	823	823	All	0.000157
S	154	E154A	gAa	gCa	621	621	All	0.000119
S	154	E154Q	Gaa	Caa	593	593	B.1.1.7	0.000531
S	154	E154G	gAa	gGa	347	352	All	0.000066
S	154	E154G	gAA	gGG	3	352	All	0.000001
S	154	E154G	gAA	gGT	2	352	All	0
S	154	E154A	gAa	gCa	349	349	B.1.1.519	0.013859
S	154	E154del	GAA	---	264	264	All	0.00005
S	154	E154K	Gaa	Aaa	122	122	B.1.1.7	0.000109
S	154	E154K	Gaa	Aaa	115	115	B.1	0.001053
S	154	E154G	gAa	gGa	93	93	AY.4	0.000145
S	154	E154A	gAa	gCa	84	84	AY.121	0.011367
S	154	E154E	gaA	gaG	78	78	All	0.000015
S	154	E154G	gAa	gGa	75	76	B.1.1.7	0.000067
S	154	E154G	gAA	gGT	1	76	B.1.1.7	0.000001
S	154	E154D	gaA	gaT	37	68	All	0.000007
S	154	E154D	gaA	gaC	31	68	All	0.000006
S	154	E154A	gAa	gCa	68	68	B.1.1.7	0.000061
S	154	E154V	gAa	gTa	42	61	All	0.000008
S	154	E154V	gAA	gTT	18	61	All	0.000003
S	154	E154V	gAA	gTG	1	61	All	0
S	154	E154X	Gaa	Taa	57	59	All	0.000011
S	154	E154X	GaA	TaG	1	59	All	0
S	154	E154X	GAa	TGa	1	59	All	0
S	154	E154A	gAa	gCa	44	44	B.1.617.2	0.000166
S	154	E154I	GAa	ATa	22	43	All	0.000004
S	154	E154I	GAA	ATT	21	43	All	0.000004
S	154	E154del	GAA	---	43	43	AY.43	0.000191
S	154	E154L	GAa	TTa	40	40	All	0.000008
S	154	E154F	GAA	TTT	39	39	All	0.000007
S	154	E154Y	GaA	TaT	38	38	All	0.000007
S	154	E154del1	gAa	g-a	22	37	All	0.000004
S	154	E154del1	gAA	g-N	7	37	All	0.000001
S	154	E154del1	gaA	ga-	4	37	All	0.000001
S	154	E154del1	Gaa	-aa	3	37	All	0.000001
S	154	E154del1	GaA	-aN	1	37	All	0
S	154	E154del	GAA	---	32	32	B.1.1.7	0.000029
S	154	E154I	GAA	ATT	16	32	B.1.1.7	0.000014
S	154	E154I	GAa	ATa	16	32	B.1.1.7	0.000014
S	154	E154X	Gaa	Taa	31	31	B.1.1.7	0.000028
S	154	E154K	Gaa	Aaa	30	30	B.1.617.2	0.000113
S	154	E154L	GAa	TTa	28	28	B.1.1.7	0.000025
S	154	E154Y	GaA	TaT	27	27	B.1.1.7	0.000024
S	154	E154F	GAA	TTT	27	27	B.1.1.7	0.000024
S	154	E154K	Gaa	Aaa	26	26	AY.75	0.001457
S	154	E154V	gAa	gTa	14	26	B.1.1.7	0.000013
S	154	E154V	gAA	gTT	12	26	B.1.1.7	0.000011
S	154	E154Q	Gaa	Caa	24	24	AY.4	0.000037
S	154	E154Q	Gaa	Caa	22	22	AY.44	0.000134
S	154	E154Q	Gaa	Caa	22	22	B.1.1.277	0.016692
S	154	E154N	GaA	AaT	21	21	All	0.000004
S	154	E154K	Gaa	Aaa	20	20	AY.25	0.00012
S	154	E154G	gAa	gGa	19	20	AY.25	0.000114
S	154	E154G	gAA	gGG	1	20	AY.25	0.000006
S	154	E154G	gAa	gGa	20	20	B.1.617.2	0.000075
S	154	E154del	GAA	---	19	19	AY.4	0.00003
S	154	E154del	GAA	---	19	19	B.1.617.2	0.000072
S	154	E154N	GaA	AaT	16	16	B.1.1.7	0.000014
S	154	E154Q	Gaa	Caa	16	16	B.1.596	0.001394
S	154	E154G	gAa	gGa	15	15	AY.3	0.000149
S	154	E154D	gaA	gaT	14	15	B.1.1.7	0.000013
S	154	E154D	gaA	gaC	1	15	B.1.1.7	0.000001
S	154	E154Q	Gaa	Caa	14	14	B.1.617.2	0.000053
S	154	E154del	GAA	---	13	13	AY.25	0.000078
S	154	E154A	gAa	gCa	13	13	AY.44	0.000079
S	154	E154Q	Gaa	Caa	13	13	B.1.1.456	0.722222
S	154	E154E	gaA	gaG	13	13	B.1.1.7	0.000012
S	154	E154K	Gaa	Aaa	10	12	AY.103	0.000062
S	154	E154K	GaA	AaG	2	12	AY.103	0.000012
S	154	E154K	Gaa	Aaa	12	12	B.1.2	0.000106
S	154	E154E	gaA	gaG	12	12	B.1.2	0.000106
S	154	E154del2	gAA	g--	10	11	All	0.000002
S	154	E154del2	GAa	--a	1	11	All	0
S	154	E154A	gAa	gCa	11	11	AY.119	0.000388
S	154	E154K	Gaa	Aaa	11	11	AY.16.1	0.005169
S	154	E154K	Gaa	Aaa	10	11	AY.4	0.000016
S	154	E154K	GaA	AaG	1	11	AY.4	0.000002
S	154	E154K	Gaa	Aaa	11	11	AY.44	0.000067
S	154	E154del	GAA	---	11	11	AY.44	0.000067
S	154	E154G	gAa	gGa	10	11	B.1	0.000092
S	154	E154G	gAA	gGG	1	11	B.1	0.000009
S	154	E154Q	Gaa	Caa	11	11	B.1.1.33	0.00463
S	154	E154V	gAa	gTa	11	11	B.1.1.519	0.000437
S	154	E154G	gAa	gGa	11	11	B.1.409	0.008594
S	154	E154K	Gaa	Aaa	10	10	AY.43	0.000044
S	154	E154Q	Gaa	Caa	10	10	B.1.1	0.000181
S	154	E154del	GAA	---	10	10	B.1.177	0.000132
S	154	E154X	Gaa	Taa	10	10	P.1	0.000158
S	154	E154W	GAA	TGG	9	9	All	0.000002
S	154	E154del	GAA	---	9	9	AY.29.1	0.001985
S	154	E154A	gAa	gCa	9	9	AY.4	0.000014
S	154	E154G	gAa	gGa	9	9	AY.44	0.000055
S	154	E154K	Gaa	Aaa	9	9	B.1.214	0.032967
S	154	E154Q	Gaa	Caa	9	9	B.1.258	0.000599
S	154	E154K	Gaa	Aaa	8	8	AY.47	0.000249
S	154	E154K	Gaa	Aaa	8	8	AY.61	0.000838
S	154	E154K	Gaa	Aaa	8	8	B.1.1	0.000145
S	154	E154G	gAa	gGa	8	8	B.1.177	0.000105
S	154	E154L	GAa	TTa	8	8	P.1	0.000126
S	154	E154I	GAA	ATT	4	8	P.1	0.000063
S	154	E154I	GAa	ATa	4	8	P.1	0.000063
S	154	E154Q	Gaa	Caa	7	7	AY.103	0.000043
S	154	E154del2	gAA	g--	7	7	AY.3	0.00007
S	154	E154K	Gaa	Aaa	7	7	B	0.000895
S	154	E154del	GAA	---	7	7	B.1	0.000064
S	154	E154A	gAa	gCa	7	7	B.1.1.317	0.002882
S	154	E154K	Gaa	Aaa	7	7	B.1.177	0.000092
S	154	E154D	gaA	gaC	7	7	B.1.2	0.000062
S	154	E154D	gaA	gaC	7	7	B.1.541	0.030973
S	154	E154Y	GaA	TaT	7	7	P.1	0.00011
S	154	E154F	GAA	TTT	7	7	P.1	0.00011
S	154	E154V	gAa	gTa	4	7	P.1	0.000063
S	154	E154V	gAA	gTT	3	7	P.1	0.000047
S	154	E154Q	Gaa	Caa	7	7	Q.1	0.000884
S	154	E154K	Gaa	Aaa	6	6	AY.16	0.002278
S	154	E154A	gAa	gCa	6	6	AY.25	0.000036
S	154	E154G	gAa	gGa	6	6	AY.33	0.000401
S	154	E154W	GAA	TGG	6	6	AY.44	0.000037
S	154	E154G	gAa	gGa	6	6	AY.61	0.000629
S	154	E154Q	Gaa	Caa	6	6	AY.7.2	0.003356
S	154	E154K	Gaa	Aaa	6	6	AY.9.2	0.00022
S	154	E154Q	Gaa	Caa	6	6	B.1.2	0.000053
S	154	E154A	gAa	gCa	5	5	AY.103	0.000031
S	154	E154Q	Gaa	Caa	5	5	AY.111	0.000916
S	154	E154K	Gaa	Aaa	5	5	AY.119	0.000177
S	154	E154K	Gaa	Aaa	5	5	AY.20	0.000194
S	154	E154del1	gAa	g-a	3	5	AY.25	0.000018
S	154	E154del1	gaA	ga-	1	5	AY.25	0.000006
S	154	E154del1	GaA	-aN	1	5	AY.25	0.000006
S	154	E154del	GAA	---	5	5	AY.4.5	0.000537
S	154	E154del1	gAa	g-a	4	5	AY.44	0.000024
S	154	E154del1	gAA	g-N	1	5	AY.44	0.000006
S	154	E154X	Gaa	Taa	5	5	B.1	0.000046
S	154	E154A	gAa	gCa	5	5	B.1	0.000046
S	154	E154V	gAa	gTa	3	5	B.1	0.000027
S	154	E154V	gAA	gTT	2	5	B.1	0.000018
S	154	E154K	Gaa	Aaa	5	5	B.1.1.214	0.000277
S	154	E154E	gaA	gaG	5	5	B.1.177	0.000066
S	154	E154G	gAa	gGa	5	5	B.1.2	0.000044
S	154	E154G	gAa	gGa	5	5	B.1.351	0.000149
S	154	E154E	gaA	gaG	5	5	C.37	0.00058
S	154	E154K	Gaa	Aaa	5	5	P.1	0.000079
S	154	E154G	gAa	gGa	4	4	AY.103	0.000025
S	154	E154del1	gAA	g-N	2	4	AY.103	0.000012
S	154	E154del1	gAa	g-a	2	4	AY.103	0.000012
S	154	E154D	gaA	gaC	4	4	AY.25	0.000024
S	154	E154K	Gaa	Aaa	4	4	AY.29	0.000063
S	154	E154K	Gaa	Aaa	4	4	AY.39	0.000099
S	154	E154E	gaA	gaG	4	4	AY.4	0.000006
S	154	E154D	gaA	gaC	2	4	AY.43	0.000009
S	154	E154D	gaA	gaT	2	4	AY.43	0.000009
S	154	E154E	gaA	gaG	4	4	AY.47	0.000124
S	154	E154A	gAa	gCa	4	4	AY.84	0.00175
S	154	E154del	GAA	---	4	4	B.1.1	0.000073
S	154	E154Q	Gaa	Caa	4	4	B.1.1.226	0.023256
S	154	E154Q	Gaa	Caa	4	4	B.1.1.50	0.002716
S	154	E154Q	Gaa	Caa	4	4	B.1.420	0.041667
S	154	E154G	gAa	gGa	4	4	B.1.429	0.000094
S	154	E154Q	Gaa	Caa	4	4	C.37	0.000464
S	154	E154N	GaA	AaT	4	4	P.1	0.000063
S	154	E154D	gaA	gaT	3	4	P.1	0.000047
S	154	E154D	gaA	gaC	1	4	P.1	0.000016
S	154	E154del	GAA	---	4	4	P.1.15	0.000929
S	154	E154G	gAa	gGa	3	3	AY.109	0.002219
S	154	E154D	gaA	gaT	3	3	AY.110	0.000338
S	154	E154del	GAA	---	3	3	AY.119	0.000106
S	154	E154del1	gAa	g-a	2	3	AY.20	0.000078
S	154	E154del1	gaA	ga-	1	3	AY.20	0.000039
S	154	E154G	gAa	gGa	3	3	AY.23.1	0.001252
S	154	E154X	GAa	TGa	1	3	AY.25	0.000006
S	154	E154X	Gaa	Taa	1	3	AY.25	0.000006
S	154	E154X	GaA	TaG	1	3	AY.25	0.000006
S	154	E154del	GAA	---	3	3	AY.3	0.00003
S	154	E154V	gAa	gTa	3	3	AY.4	0.000005
S	154	E154Q	Gaa	Caa	3	3	AY.43	0.000013
S	154	E154D	gaA	gaT	3	3	B.1	0.000027
S	154	E154Q	Gaa	Caa	3	3	B.1	0.000027
S	154	E154G	gAa	gGa	3	3	B.1.1	0.000054
S	154	E154K	Gaa	Aaa	3	3	B.1.1.153	0.003286
S	154	E154G	gAa	gGa	3	3	B.1.1.25	0.001706
S	154	E154D	gaA	gaC	3	3	B.1.1.301	0.003538
S	154	E154Q	Gaa	Caa	3	3	B.1.177	0.00004
S	154	E154del	GAA	---	3	3	B.1.351	0.000089
S	154	E154Q	Gaa	Caa	3	3	B.1.438.1	0.000322
S	154	E154Q	Gaa	Caa	3	3	B.1.453	0.009709
S	154	E154K	Gaa	Aaa	3	3	R.1	0.00027
S	154	E154K	GaA	AaG	2	2		0.111111
S	154	E154K	Gaa	Aaa	2	2	A	0.000774
S	154	E154del	GAA	---	2	2	A	0.000774
S	154	E154G	gAa	gGa	2	2	AY.100	0.000092
S	154	E154del	GAA	---	2	2	AY.102	0.000053
S	154	E154E	gaA	gaG	2	2	AY.102	0.000053
S	154	E154del	GAA	---	2	2	AY.103	0.000012
S	154	E154E	gaA	gaG	2	2	AY.108	0.002205
S	154	E154G	gAa	gGa	2	2	AY.117	0.000169
S	154	E154del1	gAa	g-a	2	2	AY.14	0.000176
S	154	E154Q	Gaa	Caa	2	2	AY.25	0.000012
S	154	E154E	gaA	gaG	2	2	AY.25	0.000012
S	154	E154del	GAA	---	2	2	AY.26	0.000057
S	154	E154del	GAA	---	2	2	AY.29	0.000032
S	154	E154E	gaA	gaG	2	2	AY.29	0.000032
S	154	E154K	Gaa	Aaa	2	2	AY.29.1	0.000441
S	154	E154del1	gaA	ga-	1	2	AY.3	0.00001
S	154	E154del1	gAA	g-N	1	2	AY.3	0.00001
S	154	E154del	GAA	---	2	2	AY.33	0.000134
S	154	E154E	gaA	gaG	2	2	AY.39	0.000049
S	154	E154del	GAA	---	2	2	AY.39	0.000049
S	154	E154K	Gaa	Aaa	2	2	AY.4.2	0.000043
S	154	E154K	Gaa	Aaa	2	2	AY.42	0.00008
S	154	E154G	gAa	gGa	2	2	AY.43	0.000009
S	154	E154del1	gAA	g-N	1	2	AY.43	0.000004
S	154	E154del1	gaA	ga-	1	2	AY.43	0.000004
S	154	E154A	gAa	gCa	2	2	AY.46.2	0.001271
S	154	E154del	GAA	---	2	2	AY.5	0.000041
S	154	E154del	GAA	---	2	2	AY.53	0.000575
S	154	E154Q	Gaa	Caa	2	2	AY.6	0.000082
S	154	E154K	Gaa	Aaa	2	2	AY.6	0.000082
S	154	E154K	Gaa	Aaa	2	2	AY.71	0.00095
S	154	E154K	Gaa	Aaa	2	2	AY.75.1	0.000361
S	154	E154del	GAA	---	2	2	AY.9	0.000135
S	154	E154del	GAA	---	2	2	AY.98.1	0.000097
S	154	E154del	GAA	---	2	2	AY.99.1	0.003106
S	154	E154Y	GaA	TaT	2	2	B.1	0.000018
S	154	E154F	GAA	TTT	2	2	B.1	0.000018
S	154	E154E	gaA	gaG	2	2	B.1	0.000018
S	154	E154L	GAa	TTa	2	2	B.1	0.000018
S	154	E154A	gAa	gCa	2	2	B.1.1	0.000036
S	154	E154X	Gaa	Taa	2	2	B.1.1	0.000036
S	154	E154V	gAA	gTT	1	2	B.1.1	0.000018
S	154	E154V	gAa	gTa	1	2	B.1.1	0.000018
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	2	B.1.1.269	0.001353
S	154	E154V	gAa	gTa	1	2	B.1.1.269	0.001353
S	154	E154K	GaA	AaG	1	2	B.1.1.269	0.001353
S	154	E154V	gAA	gTG	1	2	B.1.1.269	0.001353
S	154	E154del	GAA	---	2	2	B.1.1.315	0.016949
S	154	E154K	Gaa	Aaa	2	2	B.1.1.519	0.000079
S	154	E154del2	gAA	g--	2	2	B.1.1.7	0.000002
S	154	E154G	gAa	gGa	2	2	B.1.126	0.002551
S	154	E154del	GAA	---	2	2	B.1.160	0.000062
S	154	E154G	gAa	gGa	2	2	B.1.177.12	0.000303
S	154	E154E	gaA	gaG	2	2	B.1.177.69	0.002967
S	154	E154K	Gaa	Aaa	2	2	B.1.177.86	0.000367
S	154	E154del	GAA	---	2	2	B.1.2	0.000018
S	154	E154A	gAa	gCa	2	2	B.1.258.17	0.000208
S	154	E154G	gAa	gGa	2	2	B.1.36	0.000292
S	154	E154Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.400	0.000858
S	154	E154K	Gaa	Aaa	2	2	B.1.429	0.000047
S	154	E154G	gAa	gGa	2	2	B.1.476	0.2
S	154	E154I	GAA	ATT	1	2	B.1.576	0.000907
S	154	E154I	GAa	ATa	1	2	B.1.576	0.000907
S	154	E154del	GAA	---	2	2	B.1.596	0.000174
S	154	E154E	gaA	gaG	2	2	B.1.617.2	0.000008
S	154	E154D	gaA	gaT	1	2	B.1.617.2	0.000004
S	154	E154D	gaA	gaC	1	2	B.1.617.2	0.000004
S	154	E154A	gAa	gCa	2	2	B.1.637	0.000146
S	154	E154K	Gaa	Aaa	2	2	C.37	0.000232
S	154	E154G	gAa	gGa	2	2	P.1	0.000032
S	154	E154K	Gaa	Aaa	2	2	Q.8	0.00033
S	154	E154A	gAa	gCa	1	1	A.2.5	0.000499
S	154	E154M	GAA	ATG	1	1	All	0
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	AW.1	0.003049
S	154	E154del1	gAa	g-a	1	1	AY.100	0.000046
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	AY.101	0.00049
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	AY.102	0.000027
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	AY.110	0.000113
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	AY.111	0.000183
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	AY.114	0.000231
S	154	E154del1	gAa	g-a	1	1	AY.117	0.000085
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	AY.117	0.000085
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.118	0.000063
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	AY.118	0.000063
S	154	E154del1	gAA	g-N	1	1	AY.119	0.000035
S	154	E154D	gaA	gaT	1	1	AY.12	0.000316
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.120	0.000037
S	154	E154A	gAa	gCa	1	1	AY.120	0.000037
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.120.2.1	0.000498
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	AY.121	0.000135
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.121	0.000135
S	154	E154del1	gAa	g-a	1	1	AY.13	0.000161
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	AY.14	0.000088
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.16.1	0.00047
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.20	0.000039
S	154	E154D	gaA	gaC	1	1	AY.20	0.000039
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	AY.23	0.00007
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	AY.23	0.00007
S	154	E154V	gAa	gTa	1	1	AY.23	0.00007
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	AY.23.1	0.000417
S	154	E154del2	gAA	g--	1	1	AY.24	0.000431
S	154	E154W	GAA	TGG	1	1	AY.25	0.000006
S	154	E154del1	gAa	g-a	1	1	AY.26	0.000028
S	154	E154D	gaA	gaC	1	1	AY.26	0.000028
S	154	E154A	gAa	gCa	1	1	AY.26	0.000028
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.27	0.000065
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	AY.27	0.000065
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	AY.29	0.000016
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	AY.29	0.000016
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	AY.33	0.000067
S	154	E154D	gaA	gaC	1	1	AY.36	0.000148
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.37	0.000316
S	154	E154del2	GAa	--a	1	1	AY.39	0.000025
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	AY.39	0.000025
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.39.1	0.00004
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	AY.39.1	0.00004
S	154	E154X	Gaa	Taa	1	1	AY.4	0.000002
S	154	E154D	gaA	gaT	1	1	AY.4	0.000002
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.4.2	0.000022
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	AY.4.2	0.000022
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	AY.4.4	0.000409
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	AY.40	0.000964
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.42	0.00004
S	154	E154D	gaA	gaT	1	1	AY.42	0.00004
S	154	E154V	gAa	gTa	1	1	AY.43	0.000004
S	154	E154X	Gaa	Taa	1	1	AY.43	0.000004
S	154	E154A	gAa	gCa	1	1	AY.43	0.000004
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	AY.43	0.000004
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	AY.44	0.000006
S	154	E154D	gaA	gaT	1	1	AY.44	0.000006
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	AY.45	0.000122
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	AY.45	0.000122
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	AY.46	0.000104
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.46.2	0.000635
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	AY.46.6	0.000072
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.46.6	0.000072
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	AY.46.6	0.000072
S	154	E154D	gaA	gaT	1	1	AY.46.6	0.000072
S	154	E154del1	gAA	g-N	1	1	AY.48	0.000465
S	154	E154D	gaA	gaC	1	1	AY.5	0.000021
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	AY.5	0.000021
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.5.3	0.000337
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	AY.5.4	0.000277
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.5.4	0.000277
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	AY.52	0.000814
S	154	E154D	gaA	gaT	1	1	AY.52	0.000814
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	AY.54	0.000095
S	154	E154del1	gAa	g-a	1	1	AY.54	0.000095
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	AY.56	0.001605
S	154	E154X	Gaa	Taa	1	1	AY.6	0.000041
S	154	E154del1	gAa	g-a	1	1	AY.6	0.000041
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.60	0.000938
S	154	E154G	gAA	gGG	1	1	AY.62	0.000436
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	AY.63	0.000387
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.65	0.000533
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.68	0.000274
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	AY.68	0.000274
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.7.2	0.000559
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.71	0.000475
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.73	0.000665
S	154	E154A	gAa	gCa	1	1	AY.75	0.000056
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.84	0.000437
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.85	0.000427
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	AY.86	0.00083
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	AY.9	0.000068
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.9.2	0.000037
S	154	E154G	gAA	gGT	1	1	AY.9.2	0.000037
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	AY.93	0.000273
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.98	0.000079
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	AY.98	0.000079
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	AY.98.1	0.000048
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	AY.99.2	0.000092
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AY.99.2	0.000092
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	AZ.1	0.000867
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AZ.2	0.000821
S	154	E154del	GAA	---	1	1	AZ.5	0.003509
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B	0.000128
S	154	E154W	GAA	TGG	1	1	B.1	0.000009
S	154	E154L	GAa	TTa	1	1	B.1.1	0.000018
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	B.1.1	0.000018
S	154	E154D	gaA	gaT	1	1	B.1.1	0.000018
S	154	E154F	GAA	TTT	1	1	B.1.1	0.000018
S	154	E154W	GAA	TGG	1	1	B.1.1	0.000018
S	154	E154Y	GaA	TaT	1	1	B.1.1	0.000018
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.1	0.000327
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.10	0.001115
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B.1.1.139	0.022727
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.159	0.004673
S	154	E154D	gaA	gaT	1	1	B.1.1.25	0.000569
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.263	0.001558
S	154	E154M	GAA	ATG	1	1	B.1.1.269	0.001353
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.269	0.001353
S	154	E154I	GAa	ATa	1	1	B.1.1.269	0.001353
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.28	0.000311
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B.1.1.284	0.000107
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.294	0.001266
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.311	0.000358
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B.1.1.311	0.000358
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.317	0.000412
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.326	0.001761
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.33	0.000421
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.372	0.000689
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.374	0.002375
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.402	0.011111
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.416	0.000905
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.519	0.00004
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.523	0.001563
S	154	E154del1	Gaa	-aa	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.70	0.000341
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.71	0.006061
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B.1.140	0.018868
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.157	0.002985
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.157	0.002985
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	B.1.160	0.000031
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.160	0.000031
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B.1.160.23	0.004831
S	154	E154D	gaA	gaT	1	1	B.1.177	0.000013
S	154	E154A	gAa	gCa	1	1	B.1.177	0.000013
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B.1.177.16	0.000664
S	154	E154D	gaA	gaC	1	1	B.1.177.17	0.000821
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.177.21	0.000076
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	B.1.177.21	0.000076
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	B.1.177.21	0.000076
S	154	E154del1	Gaa	-aa	1	1	B.1.177.4	0.000211
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.177.46	0.000918
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.177.5	0.001242
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B.1.177.6	0.000977
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.177.6	0.000977
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B.1.177.62	0.001192
S	154	E154D	gaA	gaT	1	1	B.1.177.7	0.000165
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.177.7	0.000165
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B.1.177.87	0.000728
S	154	E154X	Gaa	Taa	1	1	B.1.189	0.004292
S	154	E154V	gAa	gTa	1	1	B.1.2	0.000009
S	154	E154A	gAa	gCa	1	1	B.1.2	0.000009
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.221	0.000071
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	B.1.221	0.000071
S	154	E154A	gAa	gCa	1	1	B.1.243	0.00007
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	B.1.243	0.00007
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B.1.243	0.00007
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B.1.258	0.000067
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.270	0.005618
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	B.1.281	0.021739
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.311	0.000275
S	154	E154V	gAa	gTa	1	1	B.1.320	0.001245
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.351	0.00003
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.36	0.000146
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	B.1.36	0.000146
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B.1.36.17	0.000494
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	B.1.36.29	0.000517
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.36.29	0.000517
S	154	E154V	gAa	gTa	1	1	B.1.396	0.000706
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.411	0.003704
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B.1.415	0.014286
S	154	E154X	Gaa	Taa	1	1	B.1.416	0.001269
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.416.1	0.001563
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	B.1.427	0.00005
S	154	E154D	gaA	gaT	1	1	B.1.427	0.00005
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.429	0.000024
S	154	E154E	gaA	gaG	1	1	B.1.438.1	0.000107
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.480	0.002488
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B.1.525	0.000113
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.526	0.000024
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	B.1.567	0.003333
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.573	0.006098
S	154	E154F	GAA	TTT	1	1	B.1.574	0.002151
S	154	E154Y	GaA	TaT	1	1	B.1.576	0.000907
S	154	E154L	GAa	TTa	1	1	B.1.576	0.000907
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.576	0.000907
S	154	E154F	GAA	TTT	1	1	B.1.576	0.000907
S	154	E154X	Gaa	Taa	1	1	B.1.576	0.000907
S	154	E154N	GaA	AaT	1	1	B.1.576	0.000907
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.596	0.000087
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.617.3	0.002985
S	154	E154del	GAA	---	1	1	B.1.620	0.000946
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.634	0.003425
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	B.1.637	0.000073
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	B.15	0.017544
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	B.40	0.000364
S	154	E154X	Gaa	Taa	1	1	B.6.6	0.000889
S	154	E154X	Gaa	Taa	1	1	D.2	0.000075
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	D.2	0.000075
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	D.2	0.000075
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	N.3	0.005814
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	P.1	0.000016
S	154	E154del	GAA	---	1	1	P.1	0.000016
S	154	E154del1	gAa	g-a	1	1	P.1	0.000016
S	154	E154del1	gAa	g-a	1	1	P.1.12	0.000484
S	154	E154del1	gAa	g-a	1	1	P.1.14	0.000048
S	154	E154Q	Gaa	Caa	1	1	P.2	0.000187
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	P.7	0.004367
S	154	E154K	Gaa	Aaa	1	1	Q.1	0.000126
S	154	E154del1	Gaa	-aa	1	1	Q.2	0.000613
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	Q.4	0.000455
S	154	E154G	gAa	gGa	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.