CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 153

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	153	M153T		nonsyn	aTg	aCg	10286	10264	0.997861	22019-22021
S	153	M153T		nonsyn	aTG	aCT	10286	20	0.00194439	22019-22021
S	153	M153T		nonsyn	aTG	aCA	10286	1	0.0000972195	22019-22021
S	153	M153T		nonsyn	aTG	aCC	10286	1	0.0000972195	22019-22021
S	153	M153I		nonsyn	atG	atT	9912	8511	0.858656	22019-22021
S	153	M153I		nonsyn	atG	atA	9912	1231	0.124193	22019-22021
S	153	M153I		nonsyn	atG	atC	9912	170	0.0171509	22019-22021
S	153	M153V		nonsyn	Atg	Gtg	737	729	0.989145	22019-22021
S	153	M153V		nonsyn	AtG	GtT	737	6	0.00814111	22019-22021
S	153	M153V		nonsyn	AtG	GtA	737	2	0.0027137	22019-22021
S	153	M153del		del	ATG	---	429	429	1	22019-22021
S	153	M153K		nonsyn	aTg	aAg	236	221	0.936441	22019-22021
S	153	M153K		nonsyn	aTG	aAA	236	15	0.0635593	22019-22021
S	153	M153L		nonsyn	Atg	Ttg	121	59	0.487603	22019-22021
S	153	M153L		nonsyn	Atg	Ctg	121	42	0.347107	22019-22021
S	153	M153L		nonsyn	AtG	TtA	121	20	0.165289	22019-22021
S	153	M153F		nonsyn	AtG	TtT	36	36	1	22019-22021
S	153	M153N		nonsyn	aTG	aAT	33	32	0.969697	22019-22021
S	153	M153N		nonsyn	aTG	aAC	33	1	0.030303	22019-22021
S	153	M153R		nonsyn	aTg	aGg	30	30	1	22019-22021
S	153	M153X		nonsyn	ATG	TAA	24	15	0.625	22019-22021
S	153	M153X		nonsyn	ATg	TAg	24	9	0.375	22019-22021
S	153	M153Y		nonsyn	ATG	TAT	23	23	1	22019-22021
S	153	M153del1		del	atG	at-	19	10	0.526316	22019-22021
S	153	M153del1		del	Atg	-tg	19	5	0.263158	22019-22021
S	153	M153del1		del	AtG	Ct-	19	1	0.0526316	22019-22021
S	153	M153del1		del	ATG	-NN	19	1	0.0526316	22019-22021
S	153	M153del1		del	ATg	-Cg	19	1	0.0526316	22019-22021
S	153	M153del1		del	aTG	aC-	19	1	0.0526316	22019-22021
S	153	M153D		nonsyn	ATG	GAT	7	7	1	22019-22021
S	153	M153E		nonsyn	ATg	GAg	6	6	1	22019-22021
S	153	M153W		nonsyn	ATg	TGg	4	4	1	22019-22021
S	153	M153Q		nonsyn	ATg	CAg	2	2	1	22019-22021
S	153	M153del2		del	aTG	a--	2	1	0.5	22019-22021
S	153	M153del2		del	ATg	--g	2	1	0.5	22019-22021
S	153	M153S		nonsyn	ATG	TCT	2	1	0.5	22019-22021
S	153	M153S		nonsyn	ATG	TCA	2	1	0.5	22019-22021
S	153	M153G		nonsyn	ATG	GGT	1	1	1	22019-22021
S	153	M153A		nonsyn	ATg	GCg	1	1	1	22019-22021

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	153	M153T	aTg	aCg	10264	10286	All	0.001963
S	153	M153T	aTG	aCT	20	10286	All	0.000004
S	153	M153T	aTG	aCA	1	10286	All	0
S	153	M153T	aTG	aCC	1	10286	All	0
S	153	M153I	atG	atT	8511	9912	All	0.001628
S	153	M153I	atG	atA	1231	9912	All	0.000235
S	153	M153I	atG	atC	170	9912	All	0.000033
S	153	M153T	aTg	aCg	4973	4977	B.1.1.284	0.534099
S	153	M153T	aTG	aCT	4	4977	B.1.1.284	0.00043
S	153	M153I	atG	atT	1977	2025	AY.4	0.003077
S	153	M153I	atG	atA	26	2025	AY.4	0.00004
S	153	M153I	atG	atC	22	2025	AY.4	0.000034
S	153	M153I	atG	atT	842	968	B.1.1.7	0.000754
S	153	M153I	atG	atA	94	968	B.1.1.7	0.000084
S	153	M153I	atG	atC	32	968	B.1.1.7	0.000029
S	153	M153T	aTg	aCg	900	902	B.1.1	0.016327
S	153	M153T	aTG	aCT	2	902	B.1.1	0.000036
S	153	M153V	Atg	Gtg	729	737	All	0.000139
S	153	M153V	AtG	GtT	6	737	All	0.000001
S	153	M153V	AtG	GtA	2	737	All	0
S	153	M153T	aTg	aCg	727	727	B.1.1.7	0.000651
S	153	M153T	aTg	aCg	702	702	B.1	0.00643
S	153	M153I	atG	atT	467	486	B.1.617.2	0.001758
S	153	M153I	atG	atA	16	486	B.1.617.2	0.00006
S	153	M153I	atG	atC	3	486	B.1.617.2	0.000011
S	153	M153T	aTg	aCg	473	473	B.1.1.141	0.95171
S	153	M153I	atG	atT	385	449	AY.44	0.002343
S	153	M153I	atG	atA	63	449	AY.44	0.000383
S	153	M153I	atG	atC	1	449	AY.44	0.000006
S	153	M153T	aTg	aCg	431	444	B.1.627	0.870707
S	153	M153T	aTG	aCT	13	444	B.1.627	0.026263
S	153	M153del	ATG	---	429	429	All	0.000082
S	153	M153I	atG	atA	356	423	AY.3	0.003541
S	153	M153I	atG	atT	67	423	AY.3	0.000666
S	153	M153T	aTg	aCg	410	410	B.1.1.397	0.923423
S	153	M153I	atG	atT	380	388	AY.43	0.001684
S	153	M153I	atG	atC	6	388	AY.43	0.000027
S	153	M153I	atG	atA	2	388	AY.43	0.000009
S	153	M153I	atG	atT	368	368	B.1.1.222	0.075071
S	153	M153T	aTg	aCg	311	311	B.1.1.280	0.959877
S	153	M153I	atG	atA	206	293	B.1	0.001887
S	153	M153I	atG	atT	86	293	B.1	0.000788
S	153	M153I	atG	atC	1	293	B.1	0.000009
S	153	M153I	atG	atT	285	292	B.1.2	0.00251
S	153	M153I	atG	atA	5	292	B.1.2	0.000044
S	153	M153I	atG	atC	2	292	B.1.2	0.000018
S	153	M153T	aTg	aCg	277	277	B.1.1.28	0.086212
S	153	M153I	atG	atT	244	246	AY.6	0.010035
S	153	M153I	atG	atA	2	246	AY.6	0.000082
S	153	M153K	aTg	aAg	221	236	All	0.000042
S	153	M153K	aTG	aAA	15	236	All	0.000003
S	153	M153I	atG	atA	235	235	B.1.599	0.857664
S	153	M153I	atG	atT	204	225	AY.25	0.001227
S	153	M153I	atG	atA	19	225	AY.25	0.000114
S	153	M153I	atG	atC	2	225	AY.25	0.000012
S	153	M153I	atG	atT	203	205	AY.102	0.005382
S	153	M153I	atG	atC	2	205	AY.102	0.000053
S	153	M153K	aTg	aAg	193	204	B.1.1.7	0.000173
S	153	M153K	aTG	aAA	11	204	B.1.1.7	0.00001
S	153	M153I	atG	atT	197	204	B.1.177	0.002594
S	153	M153I	atG	atA	4	204	B.1.177	0.000053
S	153	M153I	atG	atC	3	204	B.1.177	0.00004
S	153	M153I	atG	atT	168	171	AY.103	0.001043
S	153	M153I	atG	atA	3	171	AY.103	0.000019
S	153	M153I	atG	atT	154	155	AY.61	0.016136
S	153	M153I	atG	atA	1	155	AY.61	0.000105
S	153	M153T	aTg	aCg	131	131	B.1.632	0.879195
S	153	M153I	atG	atT	123	123	B.1.36.8	0.123
S	153	M153L	Atg	Ttg	59	121	All	0.000011
S	153	M153L	Atg	Ctg	42	121	All	0.000008
S	153	M153L	AtG	TtA	20	121	All	0.000004
S	153	M153I	atG	atT	116	118	B.1.351	0.003448
S	153	M153I	atG	atA	2	118	B.1.351	0.000059
S	153	M153I	atG	atT	110	112	AY.46	0.011449
S	153	M153I	atG	atC	2	112	AY.46	0.000208
S	153	M153V	Atg	Gtg	104	104	B.1.1.7	0.000093
S	153	M153I	atG	atT	96	96	B.1.1	0.001742
S	153	M153I	atG	atT	83	93	B.1.160	0.002589
S	153	M153I	atG	atA	9	93	B.1.160	0.000281
S	153	M153I	atG	atC	1	93	B.1.160	0.000031
S	153	M153I	atG	atT	91	91	AY.33	0.006077
S	153	M153V	Atg	Gtg	90	90	B.1.2	0.000792
S	153	M153I	atG	atT	77	90	P.1	0.001213
S	153	M153I	atG	atC	8	90	P.1	0.000126
S	153	M153I	atG	atA	5	90	P.1	0.000079
S	153	M153I	atG	atT	61	85	AY.20	0.002371
S	153	M153I	atG	atC	19	85	AY.20	0.000738
S	153	M153I	atG	atA	5	85	AY.20	0.000194
S	153	M153del	ATG	---	83	83	AY.29.1	0.018302
S	153	M153I	atG	atT	83	83	B.1.1.234	1
S	153	M153V	Atg	Gtg	80	80	AY.3	0.000796
S	153	M153I	atG	atT	77	77	B.1.525	0.008713
S	153	M153I	atG	atT	75	75	AY.46.4	0.012338
S	153	M153I	atG	atT	73	73	B.1.214.2	0.043765
S	153	M153I	atG	atT	62	71	AY.39	0.001532
S	153	M153I	atG	atA	8	71	AY.39	0.000198
S	153	M153I	atG	atC	1	71	AY.39	0.000025
S	153	M153T	aTg	aCg	64	64	B.1.36	0.009338
S	153	M153I	atG	atT	59	60	AY.26	0.00167
S	153	M153I	atG	atC	1	60	AY.26	0.000028
S	153	M153V	Atg	Gtg	56	58	B.1	0.000513
S	153	M153V	AtG	GtT	2	58	B.1	0.000018
S	153	M153I	atG	atA	44	54	AY.99.2	0.004055
S	153	M153I	atG	atT	10	54	AY.99.2	0.000922
S	153	M153I	atG	atT	53	53	B.1.236	0.10883
S	153	M153V	Atg	Gtg	48	48	AY.36	0.007114
S	153	M153T	aTg	aCg	45	45	AY.25	0.000271
S	153	M153T	aTg	aCg	45	45	B.1.639	0.978261
S	153	M153del	ATG	---	44	44	AY.43	0.000195
S	153	M153V	Atg	Gtg	44	44	B.1.617.2	0.000166
S	153	M153T	aTg	aCg	43	43	B.1.1.343	0.895833
S	153	M153I	atG	atT	42	42	AY.98.1	0.002034
S	153	M153F	AtG	TtT	36	36	All	0.000007
S	153	M153L	Atg	Ttg	15	36	B.1.1.7	0.000013
S	153	M153L	AtG	TtA	14	36	B.1.1.7	0.000013
S	153	M153L	Atg	Ctg	7	36	B.1.1.7	0.000006
S	153	M153N	aTG	aAT	32	33	All	0.000006
S	153	M153N	aTG	aAC	1	33	All	0
S	153	M153I	atG	atT	31	33	AY.5	0.00064
S	153	M153I	atG	atA	1	33	AY.5	0.000021
S	153	M153I	atG	atC	1	33	AY.5	0.000021
S	153	M153T	aTg	aCg	33	33	B.1.1.83	0.089431
S	153	M153I	atG	atT	32	32	AY.120	0.00119
S	153	M153I	atG	atT	31	32	AY.47	0.000964
S	153	M153I	atG	atC	1	32	AY.47	0.000031
S	153	M153del	ATG	---	32	32	B.1.1.7	0.000029
S	153	M153I	atG	atT	28	31	AY.118	0.001754
S	153	M153I	atG	atC	3	31	AY.118	0.000188
S	153	M153T	aTg	aCg	31	31	N.5	0.05477
S	153	M153R	aTg	aGg	30	30	All	0.000006
S	153	M153I	atG	atT	29	30	AY.42	0.001167
S	153	M153I	atG	atA	1	30	AY.42	0.00004
S	153	M153V	Atg	Gtg	29	29	AY.103	0.00018
S	153	M153del	ATG	---	29	29	AY.4	0.000045
S	153	M153I	atG	atT	27	29	B.1.36	0.003939
S	153	M153I	atG	atA	2	29	B.1.36	0.000292
S	153	M153T	aTg	aCg	28	28	AY.3.1	0.002387
S	153	M153V	Atg	Gtg	27	27	AY.23	0.001883
S	153	M153I	atG	atT	26	27	AY.29	0.00041
S	153	M153I	atG	atA	1	27	AY.29	0.000016
S	153	M153I	atG	atC	27	27	B.1.146	0.114407
S	153	M153I	atG	atA	26	27	B.1.577	0.017869
S	153	M153I	atG	atT	1	27	B.1.577	0.000687
S	153	M153I	atG	atT	25	26	B.1.617.1	0.003224
S	153	M153I	atG	atA	1	26	B.1.617.1	0.000129
S	153	M153del	ATG	---	25	25	AY.25	0.00015
S	153	M153I	atG	atT	25	25	AY.39.1	0.00099
S	153	M153V	Atg	Gtg	25	25	AY.4	0.000039
S	153	M153I	atG	atA	25	25	B.1.177.57	0.007024
S	153	M153X	ATG	TAA	15	24	All	0.000003
S	153	M153X	ATg	TAg	9	24	All	0.000002
S	153	M153V	Atg	Gtg	24	24	AY.44	0.000146
S	153	M153F	AtG	TtT	24	24	B.1.1.7	0.000021
S	153	M153I	atG	atT	24	24	B.1.429	0.000565
S	153	M153Y	ATG	TAT	23	23	All	0.000004
S	153	M153T	aTg	aCg	23	23	B.1.617.2	0.000087
S	153	M153I	atG	atT	22	22	AY.34	0.002133
S	153	M153T	aTg	aCg	22	22	B.1.1.160	0.52381
S	153	M153T	aTg	aCg	22	22	B.1.1.396	1
S	153	M153T	aTg	aCg	22	22	B.1.595	0.005741
S	153	M153I	atG	atT	21	21	AJ.1	0.954545
S	153	M153I	atG	atT	21	21	AY.85	0.008971
S	153	M153del	ATG	---	21	21	B.1.351	0.000624
S	153	M153I	atG	atT	20	20	AY.120.1	0.006421
S	153	M153del	ATG	---	20	20	B.1.617.2	0.000075
S	153	M153del1	atG	at-	10	19	All	0.000002
S	153	M153del1	Atg	-tg	5	19	All	0.000001
S	153	M153del1	AtG	Ct-	1	19	All	0
S	153	M153del1	aTG	aC-	1	19	All	0
S	153	M153del1	ATG	-NN	1	19	All	0
S	153	M153del1	ATg	-Cg	1	19	All	0
S	153	M153I	atG	atT	19	19	B.1.526	0.000447
S	153	M153V	Atg	Gtg	19	19	B.1.596	0.001656
S	153	M153I	atG	atT	16	18	AY.121	0.002165
S	153	M153I	atG	atA	2	18	AY.121	0.000271
S	153	M153T	aTg	aCg	18	18	B.1.1.409	0.050992
S	153	M153N	aTG	aAT	17	18	B.1.1.7	0.000015
S	153	M153N	aTG	aAC	1	18	B.1.1.7	0.000001
S	153	M153T	aTg	aCg	18	18	B.1.2	0.000158
S	153	M153V	Atg	Gtg	18	18	C.37	0.002089
S	153	M153I	atG	atT	15	17	AY.4.2	0.000325
S	153	M153I	atG	atC	2	17	AY.4.2	0.000043
S	153	M153I	atG	atT	17	17	AY.46.6	0.001228
S	153	M153T	aTg	aCg	17	17	B.1.1.319	0.298246
S	153	M153T	aTg	aCg	17	17	B.1.177.16	0.011296
S	153	M153I	atG	atT	17	17	B.1.258	0.001131
S	153	M153I	atG	atT	15	16	AY.16	0.005695
S	153	M153I	atG	atC	1	16	AY.16	0.00038
S	153	M153del	ATG	---	16	16	AY.44	0.000097
S	153	M153T	aTg	aCg	16	16	B.1.1.330	1
S	153	M153Y	ATG	TAT	16	16	B.1.1.7	0.000014
S	153	M153X	ATG	TAA	11	16	B.1.1.7	0.00001
S	153	M153X	ATg	TAg	5	16	B.1.1.7	0.000004
S	153	M153I	atG	atT	16	16	B.1.179	0.06015
S	153	M153T	aTg	aCg	16	16	B.1.525	0.001811
S	153	M153I	atG	atT	15	15	AY.27	0.000971
S	153	M153L	Atg	Ctg	13	15	AY.43	0.000058
S	153	M153L	Atg	Ttg	2	15	AY.43	0.000009
S	153	M153I	atG	atT	15	15	AY.9.1	0.001256
S	153	M153V	Atg	Gtg	13	15	B.1.1	0.000236
S	153	M153V	AtG	GtT	2	15	B.1.1	0.000036
S	153	M153I	atG	atT	15	15	B.1.258.14	0.014706
S	153	M153I	atG	atT	13	14	AY.100	0.000598
S	153	M153I	atG	atA	1	14	AY.100	0.000046
S	153	M153I	atG	atT	14	14	AY.106	0.004689
S	153	M153T	aTg	aCg	14	14	AY.44	0.000085
S	153	M153I	atG	atT	12	14	B.1.637	0.000877
S	153	M153I	atG	atC	1	14	B.1.637	0.000073
S	153	M153I	atG	atA	1	14	B.1.637	0.000073
S	153	M153T	aTg	aCg	14	14	P.2	0.002613
S	153	M153T	aTg	aCg	13	13	AY.102	0.000345
S	153	M153I	atG	atA	9	13	AY.117	0.000761
S	153	M153I	atG	atT	4	13	AY.117	0.000338
S	153	M153I	atG	atT	13	13	AY.87	0.010824
S	153	M153T	aTg	aCg	13	13	B.1.1.203	0.220339
S	153	M153V	Atg	Gtg	13	13	B.1.177.57	0.003653
S	153	M153I	atG	atT	12	12	AY.23	0.000837
S	153	M153I	atG	atT	12	12	AY.29.1	0.002646
S	153	M153T	aTg	aCg	12	12	AY.42	0.000483
S	153	M153I	atG	atT	12	12	AY.54	0.001144
S	153	M153I	atG	atT	12	12	AY.75	0.000672
S	153	M153I	atG	atT	12	12	AY.84	0.005249
S	153	M153I	atG	atT	12	12	B.1.1.326	0.021127
S	153	M153I	atG	atT	7	12	B.1.621	0.00062
S	153	M153I	atG	atC	5	12	B.1.621	0.000443
S	153	M153I	atG	atT	11	11	AY.41	0.003233
S	153	M153I	atG	atT	9	11	B.1.1.519	0.000357
S	153	M153I	atG	atC	2	11	B.1.1.519	0.000079
S	153	M153T	aTg	aCg	11	11	B.1.177	0.000145
S	153	M153I	atG	atT	11	11	B.1.427	0.000555
S	153	M153T	aTg	aCg	11	11	B.1.509	0.009524
S	153	M153T	aTg	aCg	10	10	A.19	0.09434
S	153	M153del	ATG	---	10	10	AY.103	0.000062
S	153	M153T	aTg	aCg	10	10	AY.34	0.00097
S	153	M153I	atG	atT	10	10	B.1.177.71	0.10101
S	153	M153T	aTg	aCg	10	10	B.1.258	0.000665
S	153	M153del1	atG	at-	10	10	B.1.617.1	0.00129
S	153	M153T	aTg	aCg	9	9	AY.35	0.002097
S	153	M153del	ATG	---	9	9	AY.39	0.000222
S	153	M153T	aTg	aCg	9	9	AY.4	0.000014
S	153	M153I	atG	atT	8	9	AY.4.5	0.00086
S	153	M153I	atG	atC	1	9	AY.4.5	0.000107
S	153	M153I	atG	atT	9	9	AY.75.1	0.001623
S	153	M153del	ATG	---	9	9	B.1	0.000082
S	153	M153T	aTg	aCg	9	9	B.1.1.135	0.042254
S	153	M153del	ATG	---	9	9	B.1.177	0.000119
S	153	M153I	atG	atA	6	9	B.1.311	0.001647
S	153	M153I	atG	atT	2	9	B.1.311	0.000549
S	153	M153I	atG	atC	1	9	B.1.311	0.000275
S	153	M153V	Atg	Gtg	9	9	B.1.324	0.014446
S	153	M153L	AtG	TtA	5	9	P.1	0.000079
S	153	M153L	Atg	Ttg	4	9	P.1	0.000063
S	153	M153del	ATG	---	8	8	AY.119	0.000282
S	153	M153I	atG	atT	8	8	AY.45	0.000973
S	153	M153I	atG	atT	8	8	AY.5.4	0.002214
S	153	M153I	atG	atT	8	8	AY.98	0.000632
S	153	M153T	aTg	aCg	8	8	B	0.001022
S	153	M153T	aTg	aCg	8	8	B.1.1.291	0.005939
S	153	M153V	Atg	Gtg	8	8	B.1.1.486	0.012618
S	153	M153I	atG	atA	8	8	B.1.1.54	0.024169
S	153	M153I	atG	atT	8	8	B.1.284	0.105263
S	153	M153T	aTg	aCg	8	8	B.1.336	0.019512
S	153	M153F	AtG	TtT	8	8	P.1	0.000126
S	153	M153T	aTg	aCg	6	8	P.1	0.000095
S	153	M153K	aTg	aAg	5	8	P.1	0.000079
S	153	M153K	aTG	aAA	3	8	P.1	0.000047
S	153	M153T	aTG	aCT	1	8	P.1	0.000016
S	153	M153T	aTG	aCA	1	8	P.1	0.000016
S	153	M153D	ATG	GAT	7	7	All	0.000001
S	153	M153del	ATG	---	7	7	AY.102	0.000186
S	153	M153I	atG	atT	7	7	AY.119	0.000247
S	153	M153I	atG	atA	5	7	AY.14	0.00044
S	153	M153I	atG	atT	2	7	AY.14	0.000176
S	153	M153R	aTg	aGg	7	7	AY.3	0.00007
S	153	M153L	Atg	Ttg	7	7	AY.37	0.002212
S	153	M153V	Atg	Gtg	7	7	AY.43	0.000031
S	153	M153T	aTg	aCg	7	7	AY.47	0.000218
S	153	M153I	atG	atT	7	7	AY.7	0.001372
S	153	M153I	atG	atT	6	7	AY.79	0.007264
S	153	M153I	atG	atA	1	7	AY.79	0.001211
S	153	M153T	aTg	aCg	7	7	AY.9.1	0.000586
S	153	M153I	atG	atT	7	7	AY.9.2	0.000257
S	153	M153I	atG	atT	7	7	B.1.1.50	0.004752
S	153	M153I	atG	atT	7	7	B.1.177.12	0.001062
S	153	M153I	atG	atT	7	7	B.1.177.60	0.001529
S	153	M153T	aTg	aCg	7	7	B.1.429	0.000165
S	153	M153I	atG	atT	6	7	C.37	0.000696
S	153	M153I	atG	atA	1	7	C.37	0.000116
S	153	M153N	aTG	aAT	7	7	P.1	0.00011
S	153	M153T	aTg	aCg	6	6	AL.1	0.077922
S	153	M153E	ATg	GAg	6	6	All	0.000001
S	153	M153V	Atg	Gtg	6	6	AY.25	0.000036
S	153	M153del	ATG	---	6	6	AY.3	0.00006
S	153	M153V	Atg	Gtg	6	6	AY.39	0.000148
S	153	M153I	atG	atT	6	6	AY.59	0.003178
S	153	M153V	Atg	Gtg	6	6	AY.6	0.000247
S	153	M153I	atG	atT	6	6	AY.62	0.002614
S	153	M153I	atG	atT	6	6	AY.88	0.005305
S	153	M153I	atG	atT	6	6	B.1.1.306	0.00263
S	153	M153T	aTg	aCg	6	6	B.1.1.51	0.010309
S	153	M153I	atG	atA	5	6	B.1.422	0.004062
S	153	M153I	atG	atT	1	6	B.1.422	0.000812
S	153	M153Y	ATG	TAT	6	6	P.1	0.000095
S	153	M153X	ATG	TAA	3	6	P.1	0.000047
S	153	M153X	ATg	TAg	3	6	P.1	0.000047
S	153	M153I	atG	atT	6	6	P.2	0.00112
S	153	M153I	atG	atT	5	6	Q.8	0.000825
S	153	M153I	atG	atC	1	6	Q.8	0.000165
S	153	M153T	aTg	aCg	5	5	A.2.5	0.002495
S	153	M153V	Atg	Gtg	5	5	AY.102	0.000133
S	153	M153I	atG	atT	5	5	AY.113	0.000712
S	153	M153V	Atg	Gtg	5	5	AY.119	0.000177
S	153	M153I	atG	atT	5	5	AY.19	0.005701
S	153	M153V	Atg	Gtg	5	5	AY.20	0.000194
S	153	M153R	aTg	aGg	5	5	AY.25	0.00003
S	153	M153V	Atg	Gtg	5	5	AY.29	0.000079
S	153	M153T	aTg	aCg	5	5	AY.3	0.00005
S	153	M153I	atG	atT	5	5	AY.32	0.002662
S	153	M153I	atG	atT	5	5	AY.36	0.000741
S	153	M153del	ATG	---	5	5	AY.4.5	0.000537
S	153	M153V	Atg	Gtg	5	5	AY.47	0.000156
S	153	M153I	atG	atT	5	5	AY.7.1	0.000564
S	153	M153I	atG	atT	5	5	AY.70	0.001043
S	153	M153I	atG	atT	4	5	B	0.000511
S	153	M153I	atG	atA	1	5	B	0.000128
S	153	M153del	ATG	---	5	5	B.1.1	0.000091
S	153	M153I	atG	atT	5	5	B.1.1.25	0.002843
S	153	M153I	atG	atT	5	5	B.1.1.28	0.001556
S	153	M153I	atG	atT	5	5	B.1.1.391	0.042735
S	153	M153T	aTg	aCg	5	5	B.1.1.398	0.016129
S	153	M153T	aTg	aCg	5	5	B.1.1.446	0.384615
S	153	M153T	aTg	aCg	5	5	B.1.1.452	0.555556
S	153	M153T	aTg	aCg	5	5	B.1.1.519	0.000199
S	153	M153I	atG	atT	5	5	B.1.177.56	0.003338
S	153	M153I	atG	atT	5	5	B.1.177.62	0.005959
S	153	M153T	aTg	aCg	5	5	B.1.210	0.010661
S	153	M153I	atG	atT	4	5	B.1.243	0.000278
S	153	M153I	atG	atC	1	5	B.1.243	0.00007
S	153	M153T	aTg	aCg	5	5	B.1.551	0.006452
S	153	M153V	Atg	Gtg	5	5	P.1	0.000079
S	153	M153T	aTg	aCg	5	5	P.5	0.068493
S	153	M153T	aTg	aCg	5	5	Q.8	0.000825
S	153	M153W	ATg	TGg	4	4	All	0.000001
S	153	M153I	atG	atT	4	4	AY.108	0.00441
S	153	M153I	atG	atT	4	4	AY.12	0.001264
S	153	M153L	Atg	Ctg	4	4	AY.3	0.00004
S	153	M153T	aTg	aCg	4	4	AY.39	0.000099
S	153	M153I	atG	atT	3	4	AY.46.2	0.001906
S	153	M153I	atG	atC	1	4	AY.46.2	0.000635
S	153	M153I	atG	atT	4	4	AY.63	0.001547
S	153	M153I	atG	atT	4	4	AY.9	0.00027
S	153	M153T	aTg	aCg	4	4	B.1.1.161	0.014134
S	153	M153T	aTg	aCg	4	4	B.1.1.37	0.000771
S	153	M153T	aTg	aCg	4	4	B.1.1.370	0.050633
S	153	M153R	aTg	aGg	4	4	B.1.1.7	0.000004
S	153	M153I	atG	atT	4	4	B.1.139	0.002933
S	153	M153V	Atg	Gtg	3	4	B.1.177	0.00004
S	153	M153V	AtG	GtT	1	4	B.1.177	0.000013
S	153	M153I	atG	atT	4	4	B.1.177.5	0.004969
S	153	M153I	atG	atA	2	4	B.1.177.86	0.000367
S	153	M153I	atG	atC	1	4	B.1.177.86	0.000183
S	153	M153I	atG	atT	1	4	B.1.177.86	0.000183
S	153	M153I	atG	atT	4	4	B.1.234	0.000528
S	153	M153I	atG	atT	4	4	B.1.36.36	0.002408
S	153	M153I	atG	atT	4	4	B.1.413	0.017021
S	153	M153T	aTg	aCg	4	4	B.1.433	0.01278
S	153	M153V	Atg	Gtg	4	4	B.1.580	0.01626
S	153	M153T	aTg	aCg	4	4	B.1.609	0.001918
S	153	M153L	Atg	Ttg	4	4	B.1.617.1	0.000516
S	153	M153V	Atg	Gtg	3	4	B.1.637	0.000219
S	153	M153V	AtG	GtT	1	4	B.1.637	0.000073
S	153	M153I	atG	atC	2	4	B.40	0.000729
S	153	M153I	atG	atT	2	4	B.40	0.000729
S	153	M153L	Atg	Ctg	4	4	C.37	0.000464
S	153	M153T	aTg	aCg	4	4	Q.1	0.000505
S	153	M153I	atG	atT	2	3	A	0.000774
S	153	M153I	atG	atA	1	3	A	0.000387
S	153	M153I	atG	atT	3	3	AY.10	0.00159
S	153	M153T	aTg	aCg	3	3	AY.119	0.000106
S	153	M153I	atG	atT	1	3	AY.3.1	0.000085
S	153	M153I	atG	atA	1	3	AY.3.1	0.000085
S	153	M153I	atG	atC	1	3	AY.3.1	0.000085
S	153	M153T	aTg	aCg	3	3	AY.33	0.0002
S	153	M153I	atG	atT	3	3	AY.34.1	0.00153
S	153	M153T	aTg	aCg	3	3	AY.4.2	0.000065
S	153	M153del	ATG	---	3	3	AY.4.2	0.000065
S	153	M153del	ATG	---	3	3	AY.42	0.000121
S	153	M153T	aTg	aCg	3	3	AY.43	0.000013
S	153	M153R	aTg	aGg	3	3	AY.43	0.000013
S	153	M153I	atG	atT	3	3	AY.71	0.001425
S	153	M153I	atG	atT	3	3	AY.82	0.004071
S	153	M153V	Atg	Gtg	3	3	AY.83	0.005172
S	153	M153V	Atg	Gtg	3	3	AY.9.1	0.000251
S	153	M153L	Atg	Ttg	2	3	B.1	0.000018
S	153	M153L	Atg	Ctg	1	3	B.1	0.000009
S	153	M153I	atG	atT	2	3	B.1.1.1	0.000653
S	153	M153I	atG	atA	1	3	B.1.1.1	0.000327
S	153	M153I	atG	atT	3	3	B.1.1.12	0.022388
S	153	M153I	atG	atC	3	3	B.1.1.153	0.003286
S	153	M153T	aTg	aCg	3	3	B.1.1.253	0.007519
S	153	M153T	aTg	aCg	3	3	B.1.1.31	0.2
S	153	M153I	atG	atT	3	3	B.1.1.416	0.002715
S	153	M153T	aTg	aCg	3	3	B.1.1.54	0.009063
S	153	M153T	aTg	aCg	3	3	B.1.124	0.023438
S	153	M153I	atG	atT	3	3	B.1.177.14	0.018293
S	153	M153I	atG	atT	3	3	B.1.177.9	0.003995
S	153	M153T	aTg	aCg	3	3	B.1.22	0.003953
S	153	M153I	atG	atT	2	3	B.1.221	0.000142
S	153	M153I	atG	atA	1	3	B.1.221	0.000071
S	153	M153K	aTg	aAg	3	3	B.1.351	0.000089
S	153	M153T	aTg	aCg	3	3	B.1.356	0.005181
S	153	M153I	atG	atT	3	3	B.1.389	0.003006
S	153	M153T	aTg	aCg	3	3	B.1.6	0.051724
S	153	M153T	aTg	aCg	3	3	B.1.634	0.010274
S	153	M153T	aTg	aCg	3	3	B.1.637	0.000219
S	153	M153I	atG	atT	3	3	L.3	0.010638
S	153	M153T	aTg	aCg	3	3	N.3	0.017442
S	153	M153I	atG	atT	2	3	P.1.14	0.000096
S	153	M153I	atG	atA	1	3	P.1.14	0.000048
S	153	M153del	ATG	---	3	3	P.1.15	0.000697
S	153	M153I	atG	atT	1	3	P.1.15	0.000232
S	153	M153I	atG	atC	1	3	P.1.15	0.000232
S	153	M153I	atG	atA	1	3	P.1.15	0.000232
S	153	M153I	atG	atT	3	3	P.1.17	0.000485
S	153	M153I	atG	atT	3	3	P.1.7	0.000958
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2		0.111111
S	153	M153I	atG	atT	2	2	A.23.1	0.001408
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	AB.1	0.016393
S	153	M153Q	ATg	CAg	2	2	All	0
S	153	M153del2	ATg	--g	1	2	All	0
S	153	M153del2	aTG	a--	1	2	All	0
S	153	M153S	ATG	TCT	1	2	All	0
S	153	M153S	ATG	TCA	1	2	All	0
S	153	M153V	Atg	Gtg	2	2	AY.10	0.00106
S	153	M153V	Atg	Gtg	2	2	AY.100	0.000092
S	153	M153del1	Atg	-tg	1	2	AY.102	0.000027
S	153	M153del1	AtG	Ct-	1	2	AY.102	0.000027
S	153	M153L	Atg	Ttg	2	2	AY.103	0.000012
S	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.107	0.000932
S	153	M153del	ATG	---	2	2	AY.108	0.002205
S	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.116	0.000574
S	153	M153I	atG	atC	1	2	AY.16.1	0.00047
S	153	M153I	atG	atT	1	2	AY.16.1	0.00047
S	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.2	0.000712
S	153	M153L	Atg	Ctg	1	2	AY.25	0.000006
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	2	AY.25	0.000006
S	153	M153V	Atg	Gtg	2	2	AY.26	0.000057
S	153	M153del	ATG	---	2	2	AY.26	0.000057
S	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.28	0.003781
S	153	M153del	ATG	---	2	2	AY.29	0.000032
S	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.30	0.000791
S	153	M153del	ATG	---	2	2	AY.33	0.000134
S	153	M153del	ATG	---	2	2	AY.34.1	0.00102
S	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.38	0.000999
S	153	M153L	Atg	Ttg	2	2	AY.39	0.000049
S	153	M153del	ATG	---	2	2	AY.39.2	0.003082
S	153	M153K	aTg	aAg	2	2	AY.4	0.000003
S	153	M153L	Atg	Ctg	2	2	AY.4	0.000003
S	153	M153I	atG	atA	2	2	AY.4.2.1	0.000298
S	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.40	0.001929
S	153	M153del	ATG	---	2	2	AY.5	0.000041
S	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.53	0.000575
S	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.58	0.001815
S	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.60	0.001876
S	153	M153del	ATG	---	2	2	AY.65	0.001066
S	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.69	0.000373
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	AY.7.1	0.000225
S	153	M153del	ATG	---	2	2	AY.9	0.000135
S	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.91	0.001461
S	153	M153I	atG	atA	1	2	AY.92	0.000287
S	153	M153I	atG	atT	1	2	AY.92	0.000287
S	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.94	0.000885
S	153	M153del	ATG	---	2	2	AY.98.1	0.000097
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	2	AY.99	0.001049
S	153	M153L	Atg	Ctg	1	2	AY.99	0.001049
S	153	M153del	ATG	---	2	2	AY.99.1	0.003106
S	153	M153del	ATG	---	2	2	AZ.5	0.007018
S	153	M153del	ATG	---	2	2	B	0.000256
S	153	M153D	ATG	GAT	2	2	B.1	0.000018
S	153	M153E	ATg	GAg	2	2	B.1	0.000018
S	153	M153N	aTG	aAT	2	2	B.1	0.000018
S	153	M153K	aTg	aAg	2	2	B.1	0.000018
S	153	M153K	aTg	aAg	2	2	B.1.1	0.000036
S	153	M153D	ATG	GAT	2	2	B.1.1	0.000036
S	153	M153E	ATg	GAg	2	2	B.1.1	0.000036
S	153	M153N	aTG	aAT	2	2	B.1.1	0.000036
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.116	0.125
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.1.117	0.019417
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.1.148	0.017544
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.157	0.001826
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.1.170	0.002494
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.216	0.001781
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.220	0.003717
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.274	0.010101
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.1.277	0.001517
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.284	0.000215
S	153	M153V	Atg	Gtg	2	2	B.1.1.284	0.000215
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.304	0.005618
S	153	M153del	ATG	---	2	2	B.1.1.315	0.016949
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.1.317	0.000823
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.318	0.000604
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.33	0.000842
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.1.33	0.000842
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.355	0.030769
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.369	0.000892
S	153	M153I	atG	atT	1	2	B.1.1.37	0.000193
S	153	M153I	atG	atA	1	2	B.1.1.37	0.000193
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.1.453	0.016949
S	153	M153V	Atg	Gtg	2	2	B.1.1.519	0.000079
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.1.523	0.003125
S	153	M153del	ATG	---	2	2	B.1.1.528	0.009615
S	153	M153W	ATg	TGg	2	2	B.1.1.7	0.000002
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.71	0.012121
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.143	0.042553
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.157	0.00597
S	153	M153del	ATG	---	2	2	B.1.160	0.000062
S	153	M153L	Atg	Ctg	2	2	B.1.177	0.000026
S	153	M153del	ATG	---	2	2	B.1.177.4	0.000422
S	153	M153L	Atg	Ttg	2	2	B.1.177.42	0.001789
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.177.44	0.001038
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.177.60	0.000437
S	153	M153K	aTg	aAg	2	2	B.1.2	0.000018
S	153	M153del	ATG	---	2	2	B.1.2	0.000018
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.232	0.001075
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.258.17	0.000208
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.289	0.005319
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.298	0.004228
S	153	M153I	atG	atA	2	2	B.1.302	0.026667
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.311	0.000549
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.36.18	0.00084
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.36.29	0.001035
S	153	M153V	Atg	Gtg	2	2	B.1.36.29	0.001035
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.36.35	0.005208
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.360	0.025316
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.362	0.003082
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.366	0.009756
S	153	M153I	atG	atA	1	2	B.1.369	0.000285
S	153	M153I	atG	atT	1	2	B.1.369	0.000285
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.388	0.181818
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.404	0.002604
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.426	0.002018
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.428	0.002041
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.441	0.019231
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.466.2	0.000782
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.499	0.002101
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.521	0.00995
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.558	0.009132
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.560	0.009259
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.565	0.001621
S	153	M153I	atG	atT	1	2	B.1.576	0.000907
S	153	M153I	atG	atA	1	2	B.1.576	0.000907
S	153	M153del	ATG	---	2	2	B.1.596	0.000174
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.596	0.000174
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.609	0.000959
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.612	0.005305
S	153	M153K	aTg	aAg	2	2	B.1.617.2	0.000008
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	2	B.1.617.2	0.000004
S	153	M153L	Atg	Ctg	1	2	B.1.617.2	0.000004
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.618	0.008065
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.623	0.001073
S	153	M153I	atG	atT	2	2	B.6	0.00182
S	153	M153S	ATG	TCT	1	2	P.1	0.000016
S	153	M153S	ATG	TCA	1	2	P.1	0.000016
S	153	M153I	atG	atT	2	2	P.1.10	0.000539
S	153	M153I	atG	atT	2	2	P.1.12	0.000968
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	P.1.15	0.000465
S	153	M153T	aTg	aCg	2	2	P.6	0.006289
S	153	M153I	atG	atT	2	2	P.6	0.006289
S	153	M153I	atG	atC	1	2	Q.3	0.000145
S	153	M153I	atG	atT	1	2	Q.3	0.000145
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	1		0.055556
S	153	M153del	ATG	---	1	1	A	0.000387
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	A.1	0.000282
S	153	M153I	atG	atA	1	1	A.2	0.000662
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	A.2.4	0.003367
S	153	M153I	atG	atT	1	1	A.2.5.2	0.001572
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	A.2.5.2	0.001572
S	153	M153I	atG	atT	1	1	A.23	0.010526
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AD.2	0.000219
S	153	M153G	ATG	GGT	1	1	All	0
S	153	M153A	ATg	GCg	1	1	All	0
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.1	0.000396
S	153	M153del1	Atg	-tg	1	1	AY.100	0.000046
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.101	0.00049
S	153	M153L	Atg	Ctg	1	1	AY.102	0.000027
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.105	0.000643
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.110	0.000113
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.111	0.000183
S	153	M153L	Atg	Ctg	1	1	AY.113	0.000142
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.114	0.000231
S	153	M153L	Atg	Ctg	1	1	AY.117	0.000085
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.118	0.000063
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.118	0.000063
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.120	0.000037
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	AY.120.2	0.001285
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.121	0.000135
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.121	0.000135
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.13	0.000161
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	AY.16	0.00038
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.16.1	0.00047
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.18	0.010101
S	153	M153L	Atg	Ctg	1	1	AY.20	0.000039
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.20	0.000039
S	153	M153K	aTg	aAg	1	1	AY.23	0.00007
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.23	0.00007
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	1	AY.23	0.00007
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.23.1	0.000417
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	AY.23.1	0.000417
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.23.1	0.000417
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.24	0.000431
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.26	0.000028
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	1	AY.26	0.000028
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.27	0.000065
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	AY.27	0.000065
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	1	AY.30	0.000396
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	AY.30	0.000396
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.32	0.000532
S	153	M153del1	ATG	-NN	1	1	AY.34.1	0.00051
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	1	AY.35	0.000233
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.36	0.000148
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.37	0.000316
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.37	0.000316
S	153	M153Q	ATg	CAg	1	1	AY.4	0.000002
S	153	M153R	aTg	aGg	1	1	AY.4	0.000002
S	153	M153N	aTG	aAT	1	1	AY.4	0.000002
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.4.1	0.000737
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	1	AY.4.2	0.000022
S	153	M153del1	Atg	-tg	1	1	AY.4.2	0.000022
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.4.4	0.000409
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	AY.4.5	0.000107
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.4.5	0.000107
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	AY.41	0.000294
S	153	M153del2	ATg	--g	1	1	AY.43	0.000004
S	153	M153R	aTg	aGg	1	1	AY.44	0.000006
S	153	M153G	ATG	GGT	1	1	AY.44	0.000006
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	1	AY.44	0.000006
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	AY.45	0.000122
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.46.3	0.000934
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.46.6	0.000072
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.48	0.000465
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	AY.5	0.000021
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.5.3	0.000337
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.5.3	0.000337
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.5.4	0.000277
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.52	0.000814
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.54	0.000095
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.60	0.000938
S	153	M153V	AtG	GtA	1	1	AY.62	0.000436
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.64	0.000595
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.65	0.000533
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.66	0.00107
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.67	0.000464
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.68	0.000274
S	153	M153K	aTg	aAg	1	1	AY.7	0.000196
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.7.2	0.000559
S	153	M153K	aTg	aAg	1	1	AY.70	0.000209
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.71	0.000475
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.72	0.001361
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.73	0.000665
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.74	0.000116
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.75	0.000056
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.78	0.001541
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.84	0.000437
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.85	0.000427
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.86	0.00083
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.89	0.004902
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	AY.9	0.000068
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	1	AY.9.2	0.000037
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.92	0.000287
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.93	0.000273
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.95	0.000761
S	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.95	0.000761
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.98	0.000079
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.98	0.000079
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.99	0.001049
S	153	M153Q	ATg	CAg	1	1	AY.99	0.001049
S	153	M153X	ATg	TAg	1	1	AY.99	0.001049
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.99	0.001049
S	153	M153K	aTg	aAg	1	1	AY.99	0.001049
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.99.2	0.000092
S	153	M153del	ATG	---	1	1	AZ.2	0.000821
S	153	M153R	aTg	aGg	1	1	B.1	0.000009
S	153	M153F	AtG	TtT	1	1	B.1	0.000009
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	1	B.1.1	0.000018
S	153	M153A	ATg	GCg	1	1	B.1.1	0.000018
S	153	M153F	AtG	TtT	1	1	B.1.1	0.000018
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.129	0.009174
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.133	0.008475
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.1.139	0.022727
S	153	M153I	atG	atA	1	1	B.1.1.176	0.000439
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.189	0.001513
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.192	0.002309
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.192	0.002309
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.194	0.00495
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.194	0.00495
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.198	0.001468
S	153	M153T	aTG	aCC	1	1	B.1.1.207	0.001182
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.214	0.000055
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.214	0.000055
S	153	M153R	aTg	aGg	1	1	B.1.1.214	0.000055
S	153	M153I	atG	atA	1	1	B.1.1.214	0.000055
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.216	0.00089
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.220	0.001859
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.222	0.000204
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.222	0.000204
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.228	0.003049
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.232	0.001815
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.236	0.006897
S	153	M153R	aTg	aGg	1	1	B.1.1.25	0.000569
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.261	0.008621
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.263	0.001558
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.265	0.003155
S	153	M153W	ATg	TGg	1	1	B.1.1.269	0.001353
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	1	B.1.1.269	0.001353
S	153	M153R	aTg	aGg	1	1	B.1.1.269	0.001353
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.269	0.001353
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.272	0.005208
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.279	0.001121
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.282	0.011628
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.1.284	0.000107
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.294	0.001266
S	153	M153I	atG	atC	1	1	B.1.1.294	0.001266
S	153	M153I	atG	atC	1	1	B.1.1.298	0.000862
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.300	0.010753
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.306	0.000438
S	153	M153I	atG	atC	1	1	B.1.1.311	0.000358
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.1.311	0.000358
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.311	0.000358
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.312	0.001912
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.316	0.000925
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.318	0.000302
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.325	0.025641
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	1	B.1.1.372	0.000689
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.381	0.04
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.39	0.00051
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.398	0.003226
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.404	0.015873
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.407	0.041667
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.413	0.006897
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.419	0.007407
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.432	0.001266
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.434	0.000349
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.437	0.010417
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.442	0.018519
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.464	0.001473
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.485	0.016667
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.525	0.005464
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.526	0.003546
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.53	0.013699
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.56	0.017857
S	153	M153del2	aTG	a--	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	153	M153del1	Atg	-tg	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.70	0.000341
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.70	0.000341
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.74	0.00431
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.8	0.003584
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.89	0.006061
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.99	0.02381
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.119	0.010526
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.126	0.001276
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.140	0.018868
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.160	0.000031
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.160	0.000031
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.160.14	0.002119
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.160.23	0.004831
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.160.8	0.001289
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.162	0.005025
S	153	M153D	ATG	GAT	1	1	B.1.177	0.000013
S	153	M153R	aTg	aGg	1	1	B.1.177	0.000013
S	153	M153K	aTg	aAg	1	1	B.1.177	0.000013
S	153	M153N	aTG	aAT	1	1	B.1.177	0.000013
S	153	M153E	ATg	GAg	1	1	B.1.177	0.000013
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.177.10	0.000878
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.12	0.000152
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.177.16	0.000664
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.177.16	0.000664
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.20	0.001517
S	153	M153I	atG	atC	1	1	B.1.177.33	0.001645
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.4	0.000211
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.177.44	0.000519
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.177.46	0.000918
S	153	M153I	atG	atA	1	1	B.1.177.54	0.000606
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.177.6	0.000977
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.177.62	0.001192
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.177.73	0.000566
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.177.86	0.000183
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.177.87	0.000728
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.189	0.004292
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.214	0.003663
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.214.3	0.007143
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.221	0.000071
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.221.1	0.002907
S	153	M153R	aTg	aGg	1	1	B.1.222	0.001692
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.222	0.001692
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.222	0.001692
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.240	0.000216
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.240	0.000216
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.243	0.00007
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.250	0.014493
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.258	0.000067
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.258	0.000067
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	1	B.1.258.11	0.000396
S	153	M153R	aTg	aGg	1	1	B.1.258.11	0.000396
S	153	M153W	ATg	TGg	1	1	B.1.258.11	0.000396
S	153	M153I	atG	atC	1	1	B.1.279	0.000514
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.301	0.005917
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.302	0.013333
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.319	0.003049
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.323	0.020833
S	153	M153I	atG	atA	1	1	B.1.324	0.001605
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.340	0.004292
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.341	0.022727
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.346	0.001311
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.349	0.000715
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	1	B.1.351	0.00003
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.351.2	0.000303
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.351.5	0.0006
S	153	M153K	aTg	aAg	1	1	B.1.36	0.000146
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.36.1	0.00114
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.36.17	0.000494
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.36.22	0.001208
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.36.29	0.000517
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.361	0.001289
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.367	0.000792
S	153	M153I	atG	atA	1	1	B.1.367	0.000792
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.375	0.00082
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.39	0.003906
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.396	0.000706
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.396	0.000706
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.398	0.002976
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.399	0.001934
S	153	M153I	atG	atA	1	1	B.1.400	0.000429
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.400	0.000429
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.413	0.004255
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.415	0.014286
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.417	0.028571
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.427	0.00005
S	153	M153K	aTg	aAg	1	1	B.1.427	0.00005
S	153	M153R	aTg	aGg	1	1	B.1.429	0.000024
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.443	0.004673
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.452	0.013699
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.459	0.004082
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.465	0.003802
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.468	0.005714
S	153	M153I	atG	atC	1	1	B.1.474	0.001901
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.480	0.002488
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.497	0.000315
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	1	B.1.499	0.00105
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.503	0.002488
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.525	0.000113
S	153	M153del1	ATg	-Cg	1	1	B.1.526	0.000024
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.526	0.000024
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.526	0.000024
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.526	0.000024
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.533	0.009615
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.533	0.009615
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.537	0.02
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.540	0.009709
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.551	0.00129
S	153	M153I	atG	atA	1	1	B.1.561	0.000397
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.564.1	0.001577
S	153	M153F	AtG	TtT	1	1	B.1.574	0.002151
S	153	M153N	aTG	aAT	1	1	B.1.576	0.000907
S	153	M153L	AtG	TtA	1	1	B.1.576	0.000907
S	153	M153Y	ATG	TAT	1	1	B.1.576	0.000907
S	153	M153X	ATG	TAA	1	1	B.1.576	0.000907
S	153	M153F	AtG	TtT	1	1	B.1.576	0.000907
S	153	M153K	aTG	aAA	1	1	B.1.576	0.000907
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.578	0.017857
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.582	0.000491
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.585	0.027778
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.596	0.000087
S	153	M153L	Atg	Ctg	1	1	B.1.596	0.000087
S	153	M153V	AtG	GtA	1	1	B.1.599	0.00365
S	153	M153D	ATG	GAT	1	1	B.1.617.1	0.000129
S	153	M153K	aTg	aAg	1	1	B.1.617.1	0.000129
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.617.1	0.000129
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
S	153	M153del1	aTG	aC-	1	1	B.1.617.2	0.000004
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.617.3	0.002985
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.618	0.004032
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.619.1	0.000641
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.620	0.000946
S	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.620	0.000946
S	153	M153L	Atg	Ctg	1	1	B.1.621	0.000089
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.621.1	0.000506
S	153	M153K	aTg	aAg	1	1	B.1.637	0.000073
S	153	M153D	ATG	GAT	1	1	B.1.637	0.000073
S	153	M153E	ATg	GAg	1	1	B.1.637	0.000073
S	153	M153N	aTG	aAT	1	1	B.1.637	0.000073
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.8	0.001972
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.81	0.021277
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.29	0.003509
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.3	0.000831
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.35	0.007812
S	153	M153I	atG	atT	1	1	B.4	0.002208
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.4.5	0.011905
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.6	0.00091
S	153	M153R	aTg	aGg	1	1	B.6	0.00091
S	153	M153I	atG	atA	1	1	B.6.6	0.000889
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	1	B.6.6	0.000889
S	153	M153I	atG	atT	1	1	C.26	0.007353
S	153	M153I	atG	atA	1	1	C.30	0.001727
S	153	M153I	atG	atT	1	1	C.35	0.000774
S	153	M153del1	Atg	-tg	1	1	C.36	0.000911
S	153	M153I	atG	atT	1	1	C.36.1	0.004149
S	153	M153I	atG	atA	1	1	C.36.3	0.000567
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	C.37	0.000116
S	153	M153I	atG	atA	1	1	N.5	0.001767
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	N.9	0.005952
S	153	M153del	ATG	---	1	1	P.1	0.000016
S	153	M153T	aTg	aCg	1	1	P.1.1	0.000318
S	153	M153I	atG	atA	1	1	P.1.4	0.000977
S	153	M153L	Atg	Ttg	1	1	P.2	0.000187
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	Q.1	0.000126
S	153	M153I	atG	atT	1	1	Q.1	0.000126
S	153	M153del	ATG	---	1	1	Q.2	0.000613
S	153	M153K	aTg	aAg	1	1	R.1	0.00009
S	153	M153I	atG	atT	1	1	R.1	0.00009
S	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.