CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 142 & Codon = gAt

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	142	G142D		nonsyn	gGt	gAt	1762142	1762111	0.999982	21986-21988

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	142	G142D	gGt	gAt	1762111	1762142	All	0.337025
S	142	G142D	gGt	gAt	483003	483012	AY.4	0.751757
S	142	G142D	gGt	gAt	220724	220726	B.1.617.2	0.831117
S	142	G142D	gGt	gAt	116720	116720	AY.43	0.517124
S	142	G142D	gGt	gAt	108741	108741	AY.25	0.654058
S	142	G142D	gGt	gAt	92751	92751	AY.103	0.575896
S	142	G142D	gGt	gAt	90908	90909	AY.44	0.553335
S	142	G142D	gGt	gAt	59659	59659	AY.29	0.941038
S	142	G142D	gGt	gAt	56605	56606	AY.3	0.563015
S	142	G142D	gGt	gAt	39295	39296	AY.4.2	0.852257
S	142	G142D	gGt	gAt	32290	32291	AY.5	0.666763
S	142	G142D	gGt	gAt	20277	20277	AY.120	0.753876
S	142	G142D	gGt	gAt	20102	20102	AY.26	0.569091
S	142	G142D	gGt	gAt	19637	19638	AY.47	0.610812
S	142	G142D	gGt	gAt	18213	18213	AY.6	0.749075
S	142	G142D	gGt	gAt	17587	17588	AY.9.2	0.645963
S	142	G142D	gGt	gAt	16465	16465	AY.119	0.58135
S	142	G142D	gGt	gAt	14971	14971	AY.27	0.968934
S	142	G142D	gGt	gAt	14552	14552	AY.39	0.359602
S	142	G142D	gGt	gAt	10983	10983	AY.20	0.426856
S	142	G142D	gGt	gAt	10845	10846	AY.42	0.436296
S	142	G142D	gGt	gAt	10184	10184	AY.98.1	0.49322
S	142	G142D	gGt	gAt	10086	10086	AY.9	0.681763
S	142	G142D	gGt	gAt	9991	9991	AY.75	0.55972
S	142	G142D	gGt	gAt	9547	9547	AY.39.1	0.378189
S	142	G142D	gGt	gAt	9479	9479	AY.118	0.593848
S	142	G142D	gGt	gAt	8991	8991	AY.23	0.627119
S	142	G142D	gGt	gAt	8901	8901	AY.33	0.594391
S	142	G142D	gGt	gAt	8027	8027	AY.9.1	0.672053
S	142	G142D	gGt	gAt	7371	7371	AY.110	0.830629
S	142	G142D	gGt	gAt	7157	7158	AY.14	0.629907
S	142	G142D	gGt	gAt	6961	6962	AY.117	0.58832
S	142	G142D	gGt	gAt	6394	6394	AY.4.5	0.687305
S	142	G142D	gGt	gAt	6360	6360	AY.46.6	0.459239
S	142	G142D	gGt	gAt	6096	6096	AY.7.1	0.687028
S	142	G142D	gGt	gAt	6092	6092	AY.3.1	0.519396
S	142	G142D	gGt	gAt	5836	5836	AY.102	0.154735
S	142	G142D	gGt	gAt	5790	5790	AY.98	0.457382
S	142	G142D	gGt	gAt	5785	5785	AY.34	0.560942
S	142	G142D	gGt	gAt	5518	5518	AY.54	0.526125
S	142	G142D	gGt	gAt	5288	5290	B.1.617.1	0.681971
S	142	G142D	gGt	gAt	4628	4628	AY.4.2.1	0.689511
S	142	G142D	gGt	gAt	4591	4591	AY.46	0.477831
S	142	G142D	gGt	gAt	4384	4384	AY.74	0.506997
S	142	G142D	gGt	gAt	4242	4242	AY.29.1	0.935391
S	142	G142D	gGt	gAt	4164	4164	AY.46.4	0.684981
S	142	G142D	gGt	gAt	4141	4141	AY.113	0.589634
S	142	G142D	gGt	gAt	3895	3895	AY.111	0.71337
S	142	G142D	gGt	gAt	3743	3743	AY.7	0.733634
S	142	G142D	gGt	gAt	3673	3673	AY.46.5	0.72877
S	142	G142D	gGt	gAt	3652	3652	AY.93	0.997269
S	142	G142D	gGt	gAt	3431	3431	AY.13	0.552318
S	142	G142D	gGt	gAt	3359	3359	AY.36	0.497851
S	142	G142D	gGt	gAt	3350	3350	AY.75.1	0.604039
S	142	G142D	gGt	gAt	3080	3080	AY.45	0.374787
S	142	G142D	gGt	gAt	3067	3067	AY.70	0.639491
S	142	G142D	gGt	gAt	2626	2626	AY.100	0.120813
S	142	G142D	gGt	gAt	2388	2388	AY.23.1	0.996661
S	142	G142D	gGt	gAt	2351	2355	AY.69	0.438865
S	142	G142D	gGt	gAt	2340	2340	AY.114	0.54079
S	142	G142D	gGt	gAt	2222	2222	AY.63	0.859574
S	142	G142D	gGt	gAt	2191	2191	AY.116.1	0.682342
S	142	G142D	gGt	gAt	2186	2186	AY.61	0.229044
S	142	G142D	gGt	gAt	2081	2081	AY.92	0.597817
S	142	G142D	gGt	gAt	2075	2075	AY.68	0.568026
S	142	G142D	gGt	gAt	1999	1999	AY.99.2	0.184223
S	142	G142D	gGt	gAt	1833	1834	AY.120.1	0.588443
S	142	G142D	gGt	gAt	1819	1819	AY.2	0.647792
S	142	G142D	gGt	gAt	1816	1816	AY.37	0.573957
S	142	G142D	gGt	gAt	1666	1666	AY.41	0.489712
S	142	G142D	gGt	gAt	1592	1592	AY.5.3	0.537112
S	142	G142D	gGt	gAt	1567	1567	AY.4.4	0.641162
S	142	G142D	gGt	gAt	1434	1434	AY.5.4	0.39679
S	142	G142D	gGt	gAt	1394	1394	AY.120.2.1	0.694569
S	142	G142D	gGt	gAt	1363	1363	AY.24	0.5875
S	142	G142D	gGt	gAt	1352	1352	AY.57	0.887139
S	142	G142D	gGt	gAt	1323	1323	AY.1	0.523546
S	142	G142D	gGt	gAt	1286	1286	AY.53	0.369753
S	142	G142D	gGt	gAt	1276	1276	AY.48	0.593488
S	142	G142D	gGt	gAt	1269	1269	AY.39.1.1	0.919565
S	142	G142D	gGt	gAt	1250	1250	AY.67	0.580316
S	142	G142D	gGt	gAt	1204	1204	AY.116	0.345282
S	142	G142D	gGt	gAt	1195	1195	AY.62	0.520697
S	142	G142D	gGt	gAt	1182	1182	AY.10	0.626391
S	142	G142D	gGt	gAt	1180	1180	AY.106	0.395177
S	142	G142D	gGt	gAt	1130	1130	AY.90	0.773443
S	142	G142D	gGt	gAt	1117	1117	AY.8	0.67697
S	142	G142D	gGt	gAt	1110	1110	AY.107	0.517241
S	142	G142D	gGt	gAt	1109	1109	AY.50	0.886491
S	142	G142D	gGt	gAt	1074	1074	AY.73	0.714571
S	142	G142D	gGt	gAt	1022	1022	AY.46.2	0.649301
S	142	G142D	gGt	gAt	1009	1009	AY.94	0.446658
S	142	G142D	gGt	gAt	991	991	AY.4.1	0.730826
S	142	G142D	gGt	gAt	969	969	AY.38	0.483774
S	142	G142D	gGt	gAt	945	945	AY.35	0.220228
S	142	G142D	gGt	gAt	901	903	AY.55	0.826606
S	142	G142D	gGt	gAt	902	902	AY.86	0.748548
S	142	G142D	gGt	gAt	881	881	AY.64	0.524405
S	142	G142D	gGt	gAt	848	848	AY.7.2	0.474273
S	142	G142D	gGt	gAt	844	844	AY.121	0.114208
S	142	G142D	gGt	gAt	839	839	AY.16	0.318527
S	142	G142D	gGt	gAt	832	832	AY.59	0.440678
S	142	G142D	gGt	gAt	830	830	AY.71	0.394299
S	142	G142D	gGt	gAt	828	828	AY.30	0.327661
S	142	G142D	gGt	gAt	825	825	AY.85	0.352413
S	142	G142D	gGt	gAt	813	813	AY.109	0.601331
S	142	G142D	gGt	gAt	791	791	AY.12	0.25
S	142	G142D	gGt	gAt	757	757	AY.80	0.854402
S	142	G142D	gGt	gAt	744	744	AY.4.3	0.626263
S	142	G142D	gGt	gAt	742	744	AY.95	0.564688
S	142	G142D	gGt	gAt	708	708	AY.84	0.309711
S	142	G142D	gGt	gAt	696	696	AY.87	0.579517
S	142	G142D	gGt	gAt	667	667	AY.105	0.428939
S	142	G142D	gGt	gAt	653	653	AY.101	0.320255
S	142	G142D	gGt	gAt	641	641	AY.46.1	0.658111
S	142	G142D	gGt	gAt	617	617	AY.66	0.659893
S	142	G142D	gGt	gAt	581	581	AY.108	0.640573
S	142	G142D	gGt	gAt	577	577	AY.60	0.541276
S	142	G142D	gGt	gAt	560	560	AY.79	0.677966
S	142	G142D	gGt	gAt	557	557	AY.58	0.505445
S	142	G142D	gGt	gAt	546	546	AY.65	0.291045
S	142	G142D	gGt	gAt	527	527	AY.28	0.996219
S	142	G142D	gGt	gAt	527	527	AY.88	0.465959
S	142	G142D	gGt	gAt	506	506	AY.72	0.688435
S	142	G142D	gGt	gAt	497	497	AY.51	0.451818
S	142	G142D	gGt	gAt	484	484	AY.11	0.647925
S	142	G142D	gGt	gAt	481	481	AY.52	0.391694
S	142	G142D	gGt	gAt	478	478	AY.82	0.648575
S	142	G142D	gGt	gAt	470	470	B.1	0.004305
S	142	G142D	gGt	gAt	452	452	AY.32	0.240682
S	142	G142D	gGt	gAt	420	420	AY.91	0.306793
S	142	G142D	gGt	gAt	388	388	AY.9.2.1	0.766798
S	142	G142D	gGt	gAt	346	346	AY.97	0.588435
S	142	G142D	gGt	gAt	342	342	AY.104	0.678571
S	142	G142D	gGt	gAt	307	307	AY.81	0.611554
S	142	G142D	gGt	gAt	305	305	AY.77	0.343856
S	142	G142D	gGt	gAt	302	302	AY.83	0.52069
S	142	G142D	gGt	gAt	300	300	AY.15	0.666667
S	142	G142D	gGt	gAt	298	298	AY.16.1	0.140038
S	142	G142D	gGt	gAt	277	277	AY.78	0.42681
S	142	G142D	gGt	gAt	266	266	AY.19	0.303307
S	142	G142D	gGt	gAt	246	246	AY.99	0.258132
S	142	G142D	gGt	gAt	235	235	AY.56	0.377207
S	142	G142D	gGt	gAt	194	194	AV.1	0.979798
S	142	G142D	gGt	gAt	187	187	B.1.1.7	0.000167
S	142	G142D	gGt	gAt	184	184	AY.40	0.177435
S	142	G142D	gGt	gAt	181	181	AY.49	0.578275
S	142	G142D	gGt	gAt	180	180	AY.22	0.376569
S	142	G142D	gGt	gAt	163	163	AY.5.2	0.401478
S	142	G142D	gGt	gAt	160	160	AY.120.2	0.205656
S	142	G142D	gGt	gAt	155	155	AY.91.1	0.630081
S	142	G142D	gGt	gAt	150	150	B.1.617.3	0.447761
S	142	G142D	gGt	gAt	136	136	AY.34.1	0.069352
S	142	G142D	gGt	gAt	136	136	AY.76	0.657005
S	142	G142D	gGt	gAt	132	132	AY.46.3	0.123249
S	142	G142D	gGt	gAt	113	113	AY.99.1	0.175466
S	142	G142D	gGt	gAt	99	99	AY.18	1
S	142	G142D	gGt	gAt	98	98	AY.17	0.803279
S	142	G142D	gGt	gAt	93	93	AY.39.2	0.143297
S	142	G142D	gGt	gAt	83	83	AY.115	0.432292
S	142	G142D	gGt	gAt	81	81	AY.21	0.1537
S	142	G142D	gGt	gAt	69	69	B.1.629	0.92
S	142	G142D	gGt	gAt	68	68	AY.5.1	0.255639
S	142	G142D	gGt	gAt	48	48	AY.96	0.099585
S	142	G142D	gGt	gAt	32	32	AY.31	0.592593
S	142	G142D	gGt	gAt	21	21	B.1.1	0.000381
S	142	G142D	gGt	gAt	20	20	AY.89	0.098039
S	142	G142D	gGt	gAt	14	14	P.1	0.000221
S	142	G142D	gGt	gAt	12	12	B	0.001534
S	142	G142D	gGt	gAt	11	11	B.40	0.004007
S	142	G142D	gGt	gAt	7	7	B.1.351	0.000208
S	142	G142D	gGt	gAt	6	6	B.1.177.73	0.003398
S	142	G142D	gGt	gAt	6	6	B.1.2	0.000053
S	142	G142D	gGt	gAt	6	6	P.1.1	0.001906
S	142	G142D	gGt	gAt	5	5	B.1.1.523	0.007812
S	142	G142D	gGt	gAt	5	5	B.1.474	0.009506
S	142	G142D	gGt	gAt	5	5	B.1.526	0.000118
S	142	G142D	gGt	gAt	5	5	B.1.564	0.002129
S	142	G142D	gGt	gAt	5	5	B.1.623	0.002682
S	142	G142D	gGt	gAt	4	4	B.1.214	0.014652
S	142	G142D	gGt	gAt	3	3	B.1.1.348	0.002389
S	142	G142D	gGt	gAt	3	3	B.1.243	0.000209
S	142	G142D	gGt	gAt	3	3	B.1.36.27	0.00229
S	142	G142D	gGt	gAt	3	3	B.1.369	0.000856
S	142	G142D	gGt	gAt	3	3	B.1.621.1	0.001517
S	142	G142D	gGt	gAt	2	2	A	0.000774
S	142	G142D	gGt	gAt	2	2	AZ.2	0.001642
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S	142	G142D	gGt	gAt	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.