CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 140

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	140	F140del		del	TTT	---	1457	1457	1	21980-21982
S	140	F140F		syn	ttT	ttC	333	333	1	21980-21982
S	140	F140L		nonsyn	Ttt	Ctt	255	125	0.490196	21980-21982
S	140	F140L		nonsyn	ttT	ttG	255	82	0.321569	21980-21982
S	140	F140L		nonsyn	ttT	ttA	255	44	0.172549	21980-21982
S	140	F140L		nonsyn	TtT	CtA	255	3	0.0117647	21980-21982
S	140	F140L		nonsyn	TtT	CtG	255	1	0.00392157	21980-21982
S	140	F140del1		del	ttT	tt-	243	192	0.790123	21980-21982
S	140	F140del1		del	TTT	-NN	243	27	0.111111	21980-21982
S	140	F140del1		del	Ttt	-tt	243	24	0.0987654	21980-21982
S	140	F140I		nonsyn	Ttt	Att	122	121	0.991803	21980-21982
S	140	F140I		nonsyn	TtT	AtC	122	1	0.00819672	21980-21982
S	140	F140S		nonsyn	tTt	tCt	45	41	0.911111	21980-21982
S	140	F140S		nonsyn	tTT	tCA	45	3	0.0666667	21980-21982
S	140	F140S		nonsyn	tTT	tCG	45	1	0.0222222	21980-21982
S	140	F140V		nonsyn	Ttt	Gtt	30	30	1	21980-21982
S	140	F140del2		del	TTt	--t	23	13	0.565217	21980-21982
S	140	F140del2		del	tTT	t--	23	9	0.391304	21980-21982
S	140	F140del2		del	TTT	--N	23	1	0.0434783	21980-21982
S	140	F140Y		nonsyn	tTt	tAt	13	13	1	21980-21982
S	140	F140P		nonsyn	TTt	CCt	7	3	0.428571	21980-21982
S	140	F140P		nonsyn	TTT	CCA	7	3	0.428571	21980-21982
S	140	F140P		nonsyn	TTT	CCG	7	1	0.142857	21980-21982
S	140	F140C		nonsyn	tTt	tGt	5	5	1	21980-21982
S	140	F140T		nonsyn	TTt	ACt	2	2	1	21980-21982
S	140	F140H		nonsyn	TTt	CAt	2	2	1	21980-21982
S	140	F140G		nonsyn	TTT	GGA	2	1	0.5	21980-21982
S	140	F140G		nonsyn	TTt	GGt	2	1	0.5	21980-21982
S	140	F140M		nonsyn	TtT	AtG	1	1	1	21980-21982

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	140	F140del	TTT	---	1457	1457	All	0.000279
S	140	F140F	ttT	ttC	333	333	All	0.000064
S	140	F140del	TTT	---	330	330	B.1.1.7	0.000295
S	140	F140L	Ttt	Ctt	125	255	All	0.000024
S	140	F140L	ttT	ttG	82	255	All	0.000016
S	140	F140L	ttT	ttA	44	255	All	0.000008
S	140	F140L	TtT	CtA	3	255	All	0.000001
S	140	F140L	TtT	CtG	1	255	All	0
S	140	F140del1	ttT	tt-	192	243	All	0.000037
S	140	F140del1	TTT	-NN	27	243	All	0.000005
S	140	F140del1	Ttt	-tt	24	243	All	0.000005
S	140	F140F	ttT	ttC	233	233	A.21	0.645429
S	140	F140del	TTT	---	160	160	AT.1	0.820513
S	140	F140del1	ttT	tt-	159	159	A.29	0.845745
S	140	F140I	Ttt	Att	121	122	All	0.000023
S	140	F140I	TtT	AtC	1	122	All	0
S	140	F140del	TTT	---	110	110	P.1	0.001733
S	140	F140del	TTT	---	100	100	C.38	0.806452
S	140	F140L	Ttt	Ctt	32	83	B.1.1.7	0.000029
S	140	F140L	ttT	ttA	31	83	B.1.1.7	0.000028
S	140	F140L	ttT	ttG	18	83	B.1.1.7	0.000016
S	140	F140L	TtT	CtA	2	83	B.1.1.7	0.000002
S	140	F140I	Ttt	Att	78	78	AY.4	0.000121
S	140	F140del	TTT	---	66	66	AY.4	0.000103
S	140	F140F	ttT	ttC	54	54	B.1.1.7	0.000048
S	140	F140del	TTT	---	51	51	B.1.429	0.0012
S	140	F140S	tTt	tCt	41	45	All	0.000008
S	140	F140S	tTT	tCA	3	45	All	0.000001
S	140	F140S	tTT	tCG	1	45	All	0
S	140	F140L	ttT	ttG	41	41	B.1.177.42	0.036673
S	140	F140del	TTT	---	39	39	AY.43	0.000173
S	140	F140del	TTT	---	33	33	B.1.177	0.000435
S	140	F140del	TTT	---	31	31	B.1	0.000284
S	140	F140V	Ttt	Gtt	30	30	All	0.000006
S	140	F140del1	TTT	-NN	25	29	B.1.1.7	0.000022
S	140	F140del1	Ttt	-tt	4	29	B.1.1.7	0.000004
S	140	F140del	TTT	---	29	29	P.1.3	1
S	140	F140del	TTT	---	28	28	B.1.526	0.000658
S	140	F140del	TTT	---	26	26	B.1.2	0.000229
S	140	F140del	TTT	---	25	25	B.1.351	0.000743
S	140	F140del2	TTt	--t	13	23	All	0.000002
S	140	F140del2	tTT	t--	9	23	All	0.000002
S	140	F140del2	TTT	--N	1	23	All	0
S	140	F140del	TTT	---	21	21	B.1.576	0.019039
S	140	F140del	TTT	---	16	16	AY.4.2	0.000347
S	140	F140del	TTT	---	15	15	B.1.1	0.000272
S	140	F140L	Ttt	Ctt	11	14	AY.4	0.000017
S	140	F140L	ttT	ttG	2	14	AY.4	0.000003
S	140	F140L	ttT	ttA	1	14	AY.4	0.000002
S	140	F140del	TTT	---	14	14	AY.44	0.000085
S	140	F140I	Ttt	Att	14	14	B.1.1.7	0.000013
S	140	F140L	Ttt	Ctt	13	14	B.1.2	0.000114
S	140	F140L	ttT	ttG	1	14	B.1.2	0.000009
S	140	F140Y	tTt	tAt	13	13	All	0.000002
S	140	F140del	TTT	---	13	13	B.1.160	0.000405
S	140	F140del	TTT	---	13	13	P.1.14	0.000621
S	140	F140del	TTT	---	12	12	A.2.5	0.005988
S	140	F140del	TTT	---	12	12	AY.102	0.000318
S	140	F140del	TTT	---	12	12	AY.25	0.000072
S	140	F140L	Ttt	Ctt	11	11	B.1.617.2	0.000041
S	140	F140del1	ttT	tt-	9	10	AY.44	0.000055
S	140	F140del1	Ttt	-tt	1	10	AY.44	0.000006
S	140	F140S	tTt	tCt	8	10	B.1.1.7	0.000007
S	140	F140S	tTT	tCA	2	10	B.1.1.7	0.000002
S	140	F140del	TTT	---	10	10	B.1.617.2	0.000038
S	140	F140L	ttT	ttA	5	9	B.1	0.000046
S	140	F140L	Ttt	Ctt	4	9	B.1	0.000037
S	140	F140del	TTT	---	8	8	B.1.36.8	0.008
S	140	F140L	ttT	ttG	7	8	B.1.429	0.000165
S	140	F140L	Ttt	Ctt	1	8	B.1.429	0.000024
S	140	F140del2	TTt	--t	6	7	A.2.5	0.002994
S	140	F140del2	tTT	t--	1	7	A.2.5	0.000499
S	140	F140P	TTt	CCt	3	7	All	0.000001
S	140	F140P	TTT	CCA	3	7	All	0.000001
S	140	F140P	TTT	CCG	1	7	All	0
S	140	F140V	Ttt	Gtt	7	7	AY.26	0.000198
S	140	F140del	TTT	---	7	7	AY.42	0.000282
S	140	F140del	TTT	---	7	7	AY.9	0.000473
S	140	F140del	TTT	---	7	7	P.1.15	0.001626
S	140	F140F	ttT	ttC	6	6	AY.4	0.000009
S	140	F140del	TTT	---	6	6	AY.4.2.1	0.000894
S	140	F140del	TTT	---	6	6	B.1.427	0.000303
S	140	F140del1	ttT	tt-	6	6	B.1.575	0.00182
S	140	F140L	ttT	ttG	4	6	B.1.621	0.000354
S	140	F140L	Ttt	Ctt	2	6	B.1.621	0.000177
S	140	F140C	tTt	tGt	5	5	All	0.000001
S	140	F140del	TTT	---	5	5	AY.29	0.000079
S	140	F140S	tTt	tCt	5	5	AY.4.2	0.000108
S	140	F140I	Ttt	Att	5	5	AY.43	0.000022
S	140	F140V	Ttt	Gtt	5	5	AY.46.6	0.000361
S	140	F140del	TTT	---	5	5	B.1.234	0.00066
S	140	F140del	TTT	---	5	5	B.1.243	0.000348
S	140	F140del	TTT	---	5	5	B.1.596	0.000436
S	140	F140del	TTT	---	5	5	B.1.621	0.000443
S	140	F140L	ttT	ttG	1	5	P.1	0.000016
S	140	F140L	TtT	CtG	1	5	P.1	0.000016
S	140	F140L	Ttt	Ctt	1	5	P.1	0.000016
S	140	F140L	ttT	ttA	1	5	P.1	0.000016
S	140	F140L	TtT	CtA	1	5	P.1	0.000016
S	140	F140del1	ttT	tt-	4	4	A	0.001548
S	140	F140del1	ttT	tt-	2	4	A.2.5.2	0.003145
S	140	F140del1	Ttt	-tt	2	4	A.2.5.2	0.003145
S	140	F140del	TTT	---	4	4	AY.103	0.000025
S	140	F140L	Ttt	Ctt	4	4	AY.103	0.000025
S	140	F140del	TTT	---	4	4	AY.3	0.00004
S	140	F140S	tTt	tCt	4	4	AY.4	0.000006
S	140	F140del1	ttT	tt-	3	4	AY.43	0.000013
S	140	F140del1	Ttt	-tt	1	4	AY.43	0.000004
S	140	F140S	tTt	tCt	4	4	AY.5	0.000083
S	140	F140del	TTT	---	4	4	AZ.3	0.006079
S	140	F140I	Ttt	Att	4	4	B.1	0.000037
S	140	F140del2	TTt	--t	3	4	B.1	0.000027
S	140	F140del2	tTT	t--	1	4	B.1	0.000009
S	140	F140del	TTT	---	4	4	B.1.1.37	0.000771
S	140	F140V	Ttt	Gtt	4	4	B.1.1.7	0.000004
S	140	F140P	TTt	CCt	2	4	B.1.1.7	0.000002
S	140	F140P	TTT	CCA	2	4	B.1.1.7	0.000002
S	140	F140del	TTT	---	4	4	B.1.177.4	0.000844
S	140	F140del	TTT	---	4	4	B.1.258	0.000266
S	140	F140L	Ttt	Ctt	4	4	B.1.36.19	0.037037
S	140	F140F	ttT	ttC	3	3	A	0.001161
S	140	F140del	TTT	---	3	3	AY.119	0.000106
S	140	F140del	TTT	---	3	3	AY.120	0.000112
S	140	F140L	Ttt	Ctt	2	3	AY.25	0.000012
S	140	F140L	ttT	ttG	1	3	AY.25	0.000006
S	140	F140Y	tTt	tAt	3	3	AY.4	0.000005
S	140	F140L	Ttt	Ctt	3	3	AY.5	0.000062
S	140	F140del1	ttT	tt-	3	3	AY.68	0.000821
S	140	F140F	ttT	ttC	3	3	B	0.000383
S	140	F140del	TTT	---	3	3	B.1.1.222	0.000612
S	140	F140L	ttT	ttG	3	3	B.1.1.318	0.000905
S	140	F140del	TTT	---	3	3	B.1.1.519	0.000119
S	140	F140L	Ttt	Ctt	3	3	B.1.177.83	0.004444
S	140	F140F	ttT	ttC	3	3	B.1.2	0.000026
S	140	F140del	TTT	---	3	3	B.1.221	0.000213
S	140	F140del	TTT	---	3	3	B.1.319	0.009146
S	140	F140del	TTT	---	3	3	B.1.36	0.000438
S	140	F140L	Ttt	Ctt	3	3	B.1.409	0.002344
S	140	F140L	Ttt	Ctt	3	3	B.1.526	0.000071
S	140	F140del	TTT	---	3	3	B.1.561	0.001191
S	140	F140S	tTt	tCt	3	3	B.1.617.2	0.000011
S	140	F140del	TTT	---	3	3	C.16	0.003181
S	140	F140S	tTT	tCA	1	3	P.1	0.000016
S	140	F140S	tTT	tCG	1	3	P.1	0.000016
S	140	F140S	tTt	tCt	1	3	P.1	0.000016
S	140	F140del	TTT	---	3	3	P.1.10	0.000808
S	140	F140del	TTT	---	3	3	P.1.17	0.000485
S	140	F140del1	Ttt	-tt	2	2		0.111111
S	140	F140I	Ttt	Att	2	2		0.111111
S	140	F140del	TTT	---	2	2		0.111111
S	140	F140T	TTt	ACt	2	2	All	0
S	140	F140H	TTt	CAt	2	2	All	0
S	140	F140G	TTt	GGt	1	2	All	0
S	140	F140G	TTT	GGA	1	2	All	0
S	140	F140I	Ttt	Att	2	2	AY.103	0.000012
S	140	F140del	TTT	---	2	2	AY.108	0.002205
S	140	F140S	tTt	tCt	2	2	AY.29.1	0.000441
S	140	F140del	TTT	---	2	2	AY.34.1	0.00102
S	140	F140del	TTT	---	2	2	AY.39	0.000049
S	140	F140I	Ttt	Att	2	2	AY.39	0.000049
S	140	F140del2	tTT	t--	2	2	AY.4	0.000003
S	140	F140del1	Ttt	-tt	2	2	AY.4	0.000003
S	140	F140del	TTT	---	2	2	AY.4.5	0.000215
S	140	F140del2	TTT	--N	1	2	AY.43	0.000004
S	140	F140L	ttT	ttA	1	2	AY.43	0.000004
S	140	F140L	Ttt	Ctt	1	2	AY.43	0.000004
S	140	F140del2	TTt	--t	1	2	AY.43	0.000004
S	140	F140del	TTT	---	2	2	AY.46	0.000208
S	140	F140del	TTT	---	2	2	AY.47	0.000062
S	140	F140F	ttT	ttC	2	2	AY.6	0.000082
S	140	F140del	TTT	---	2	2	AY.65	0.001066
S	140	F140del	TTT	---	2	2	AY.74	0.000231
S	140	F140del	TTT	---	2	2	AY.75	0.000112
S	140	F140del	TTT	---	2	2	AY.99	0.002099
S	140	F140del1	Ttt	-tt	2	2	AZ.2	0.001642
S	140	F140del	TTT	---	2	2	AZ.5	0.007018
S	140	F140del1	ttT	tt-	1	2	B.1	0.000009
S	140	F140del1	Ttt	-tt	1	2	B.1	0.000009
S	140	F140F	ttT	ttC	2	2	B.1.1	0.000036
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S	140	F140del	TTT	---	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.