CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 14

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	14	Q14H		nonsyn	caG	caT	3989	3349	0.839559	21602-21604
S	14	Q14H		nonsyn	caG	caC	3989	640	0.160441	21602-21604
S	14	Q14R		nonsyn	cAg	cGg	496	494	0.995968	21602-21604
S	14	Q14R		nonsyn	cAG	cGC	496	1	0.00201613	21602-21604
S	14	Q14R		nonsyn	cAG	cGT	496	1	0.00201613	21602-21604
S	14	Q14del		del	CAG	---	318	318	1	21602-21604
S	14	Q14Q		syn	caG	caA	112	112	1	21602-21604
S	14	Q14K		nonsyn	Cag	Aag	98	96	0.979592	21602-21604
S	14	Q14K		nonsyn	CaG	AaA	98	2	0.0204082	21602-21604
S	14	Q14L		nonsyn	cAg	cTg	57	55	0.964912	21602-21604
S	14	Q14L		nonsyn	cAG	cTA	57	2	0.0350877	21602-21604
S	14	Q14X		nonsyn	Cag	Tag	33	33	1	21602-21604
S	14	Q14E		nonsyn	Cag	Gag	16	16	1	21602-21604
S	14	Q14del1		del	caG	ca-	2	2	1	21602-21604
S	14	Q14M		nonsyn	CAg	ATg	2	2	1	21602-21604
S	14	Q14P		nonsyn	cAg	cCg	2	2	1	21602-21604
S	14	Q14I		nonsyn	CAG	ATA	2	2	1	21602-21604
S	14	Q14D		nonsyn	CaG	GaT	2	1	0.5	21602-21604
S	14	Q14G		nonsyn	CAg	GGg	2	1	0.5	21602-21604
S	14	Q14G		nonsyn	CAG	GGC	2	1	0.5	21602-21604
S	14	Q14D		nonsyn	CaG	GaC	2	1	0.5	21602-21604
S	14	Q14Y		nonsyn	CaG	TaT	1	1	1	21602-21604
S	14	Q14W		nonsyn	CAg	TGg	1	1	1	21602-21604
S	14	Q14N		nonsyn	CaG	AaT	1	1	1	21602-21604

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	14	Q14H	caG	caT	3349	3989	All	0.000641
S	14	Q14H	caG	caC	640	3989	All	0.000122
S	14	Q14H	caG	caT	720	764	B.1.1.7	0.000645
S	14	Q14H	caG	caC	44	764	B.1.1.7	0.000039
S	14	Q14H	caG	caT	660	672	AY.4	0.001027
S	14	Q14H	caG	caC	12	672	AY.4	0.000019
S	14	Q14R	cAg	cGg	494	496	All	0.000094
S	14	Q14R	cAG	cGT	1	496	All	0
S	14	Q14R	cAG	cGC	1	496	All	0
S	14	Q14H	caG	caT	445	458	AY.25	0.002677
S	14	Q14H	caG	caC	13	458	AY.25	0.000078
S	14	Q14del	CAG	---	318	318	All	0.000061
S	14	Q14H	caG	caT	200	292	B.1.617.2	0.000753
S	14	Q14H	caG	caC	92	292	B.1.617.2	0.000346
S	14	Q14H	caG	caC	161	176	AY.102	0.004269
S	14	Q14H	caG	caT	15	176	AY.102	0.000398
S	14	Q14H	caG	caT	147	164	AY.43	0.000651
S	14	Q14H	caG	caC	17	164	AY.43	0.000075
S	14	Q14H	caG	caT	121	129	AY.103	0.000751
S	14	Q14H	caG	caC	8	129	AY.103	0.00005
S	14	Q14R	cAg	cGg	120	120	AY.3	0.001194
S	14	Q14H	caG	caC	75	119	AY.44	0.000457
S	14	Q14H	caG	caT	44	119	AY.44	0.000268
S	14	Q14R	cAg	cGg	113	113	AY.44	0.000688
S	14	Q14Q	caG	caA	112	112	All	0.000021
S	14	Q14K	Cag	Aag	96	98	All	0.000018
S	14	Q14K	CaG	AaA	2	98	All	0
S	14	Q14del	CAG	---	84	84	B.1.1.7	0.000075
S	14	Q14H	caG	caT	80	80	B.1.369	0.022818
S	14	Q14H	caG	caC	66	68	AY.46.4	0.010857
S	14	Q14H	caG	caT	2	68	AY.46.4	0.000329
S	14	Q14R	cAg	cGg	65	65	B.1.177.68	0.984848
S	14	Q14H	caG	caT	63	64	B.1.2	0.000555
S	14	Q14H	caG	caC	1	64	B.1.2	0.000009
S	14	Q14L	cAg	cTg	55	57	All	0.000011
S	14	Q14L	cAG	cTA	2	57	All	0
S	14	Q14Q	caG	caA	57	57	B.1.1.7	0.000051
S	14	Q14K	Cag	Aag	54	54	P.5	0.739726
S	14	Q14H	caG	caT	37	53	AY.3	0.000368
S	14	Q14H	caG	caC	16	53	AY.3	0.000159
S	14	Q14H	caG	caC	53	53	AY.85	0.02264
S	14	Q14R	cAg	cGg	49	50	AY.4	0.000076
S	14	Q14R	cAG	cGT	1	50	AY.4	0.000002
S	14	Q14H	caG	caT	49	49	AY.75	0.002745
S	14	Q14H	caG	caT	46	46	P.1	0.000725
S	14	Q14H	caG	caT	37	37	B.1.177	0.000487
S	14	Q14X	Cag	Tag	33	33	All	0.000006
S	14	Q14H	caG	caT	33	33	B.1.525	0.003734
S	14	Q14H	caG	caT	31	32	B.1.1	0.000562
S	14	Q14H	caG	caC	1	32	B.1.1	0.000018
S	14	Q14H	caG	caT	27	31	AY.47	0.00084
S	14	Q14H	caG	caC	4	31	AY.47	0.000124
S	14	Q14H	caG	caT	28	28	B.1.346	0.036697
S	14	Q14del	CAG	---	22	22	AY.4	0.000034
S	14	Q14R	cAg	cGg	21	21	AY.25	0.000126
S	14	Q14H	caG	caC	11	20	AY.46	0.001145
S	14	Q14H	caG	caT	9	20	AY.46	0.000937
S	14	Q14H	caG	caT	19	19	AY.98.1	0.00092
S	14	Q14L	cAg	cTg	19	19	B.1.1.7	0.000017
S	14	Q14H	caG	caT	18	19	B.1.351	0.000535
S	14	Q14H	caG	caC	1	19	B.1.351	0.00003
S	14	Q14Q	caG	caA	18	18	AY.4	0.000028
S	14	Q14H	caG	caT	18	18	B.1.258	0.001198
S	14	Q14H	caG	caT	15	17	AY.39	0.000371
S	14	Q14H	caG	caC	2	17	AY.39	0.000049
S	14	Q14H	caG	caC	17	17	AY.84	0.007437
S	14	Q14E	Cag	Gag	16	16	All	0.000003
S	14	Q14H	caG	caT	14	16	B.1	0.000128
S	14	Q14H	caG	caC	2	16	B.1	0.000018
S	14	Q14R	cAg	cGg	16	16	B.1.1.7	0.000014
S	14	Q14H	caG	caT	10	15	AY.42	0.000402
S	14	Q14H	caG	caC	5	15	AY.42	0.000201
S	14	Q14del	CAG	---	15	15	B.1.1.214	0.000832
S	14	Q14H	caG	caT	14	15	B.1.621	0.001239
S	14	Q14H	caG	caC	1	15	B.1.621	0.000089
S	14	Q14H	caG	caT	14	14	AY.26	0.000396
S	14	Q14H	caG	caT	14	14	B.1.596	0.00122
S	14	Q14H	caG	caT	13	13	AY.119	0.000459
S	14	Q14H	caG	caC	8	12	AY.120	0.000297
S	14	Q14H	caG	caT	4	12	AY.120	0.000149
S	14	Q14H	caG	caT	12	12	B.1.526	0.000282
S	14	Q14del	CAG	---	12	12	B.1.617.2	0.000045
S	14	Q14H	caG	caT	11	11	AY.20	0.000428
S	14	Q14H	caG	caT	10	11	AY.29	0.000158
S	14	Q14H	caG	caC	1	11	AY.29	0.000016
S	14	Q14H	caG	caT	9	11	AY.5	0.000186
S	14	Q14H	caG	caC	2	11	AY.5	0.000041
S	14	Q14R	cAg	cGg	11	11	B.1.2	0.000097
S	14	Q14del	CAG	---	11	11	B.1.369	0.003137
S	14	Q14H	caG	caT	9	10	AY.120.1	0.002889
S	14	Q14H	caG	caC	1	10	AY.120.1	0.000321
S	14	Q14del	CAG	---	10	10	AY.44	0.000061
S	14	Q14H	caG	caT	10	10	AY.46.6	0.000722
S	14	Q14R	cAg	cGg	10	10	B.1.1.284	0.001074
S	14	Q14H	caG	caT	10	10	B.1.628	0.003524
S	14	Q14H	caG	caT	10	10	B.1.637	0.000731
S	14	Q14H	caG	caT	9	9	B.1.160	0.000281
S	14	Q14del	CAG	---	9	9	B.1.177.15	0.005678
S	14	Q14del	CAG	---	9	9	B.1.2	0.000079
S	14	Q14del	CAG	---	9	9	B.1.638	0.473684
S	14	Q14del	CAG	---	8	8	A.2.5.2	0.012579
S	14	Q14H	caG	caT	7	8	AY.100	0.000322
S	14	Q14H	caG	caC	1	8	AY.100	0.000046
S	14	Q14L	cAg	cTg	8	8	AY.4	0.000012
S	14	Q14del	CAG	---	8	8	B.1	0.000073
S	14	Q14R	cAg	cGg	8	8	B.1.617.2	0.00003
S	14	Q14H	caG	caT	8	8	Q.2	0.004908
S	14	Q14H	caG	caC	5	7	AY.117	0.000423
S	14	Q14H	caG	caT	2	7	AY.117	0.000169
S	14	Q14K	Cag	Aag	7	7	B.1	0.000064
S	14	Q14K	Cag	Aag	7	7	B.1.1	0.000127
S	14	Q14del	CAG	---	7	7	B.1.1	0.000127
S	14	Q14H	caG	caT	7	7	B.1.1.28	0.002179
S	14	Q14H	caG	caT	5	6	AY.106	0.001674
S	14	Q14H	caG	caC	1	6	AY.106	0.000335
S	14	Q14H	caG	caT	6	6	AY.108	0.006615
S	14	Q14del	CAG	---	6	6	AY.25	0.000036
S	14	Q14del	CAG	---	6	6	AY.33	0.000401
S	14	Q14H	caG	caT	6	6	AY.4.2	0.00013
S	14	Q14H	caG	caT	6	6	B.1.1.420	0.006036
S	14	Q14R	cAg	cGg	6	6	B.1.177	0.000079
S	14	Q14H	caG	caT	5	6	B.1.429	0.000118
S	14	Q14H	caG	caC	1	6	B.1.429	0.000024
S	14	Q14R	cAg	cGg	6	6	B.1.526	0.000141
S	14	Q14Q	caG	caA	6	6	B.1.617.2	0.000023
S	14	Q14Q	caG	caA	5	5	A.19	0.04717
S	14	Q14del	CAG	---	5	5	AY.120	0.000186
S	14	Q14del	CAG	---	5	5	AY.26	0.000142
S	14	Q14L	cAg	cTg	5	5	AY.44	0.00003
S	14	Q14H	caG	caT	3	5	AY.6	0.000123
S	14	Q14H	caG	caC	2	5	AY.6	0.000082
S	14	Q14H	caG	caT	5	5	AY.9	0.000338
S	14	Q14H	caG	caT	5	5	AY.9.1	0.000419
S	14	Q14H	caG	caC	4	5	AY.92	0.001149
S	14	Q14H	caG	caT	1	5	AY.92	0.000287
S	14	Q14R	cAg	cGg	5	5	B.1.1	0.000091
S	14	Q14H	caG	caT	5	5	B.1.1.431	0.080645
S	14	Q14H	caG	caT	5	5	B.1.1.432	0.006329
S	14	Q14K	Cag	Aag	5	5	B.1.1.7	0.000004
S	14	Q14H	caG	caT	5	5	B.1.237	0.024876
S	14	Q14H	caG	caT	5	5	B.1.36	0.00073
S	14	Q14H	caG	caT	4	5	B.1.561	0.001588
S	14	Q14H	caG	caC	1	5	B.1.561	0.000397
S	14	Q14H	caG	caT	5	5	B.1.617.1	0.000645
S	14	Q14R	cAg	cGg	5	5	P.5	0.068493
S	14	Q14L	cAG	cTA	2	4		0.111111
S	14	Q14K	Cag	Aag	2	4		0.111111
S	14	Q14K	CaG	AaA	2	4		0.111111
S	14	Q14L	cAg	cTg	2	4		0.111111
S	14	Q14del	CAG	---	4	4	AY.102	0.000106
S	14	Q14H	caG	caT	4	4	AY.113	0.00057
S	14	Q14H	caG	caT	3	4	AY.16.1	0.00141
S	14	Q14H	caG	caC	1	4	AY.16.1	0.00047
S	14	Q14del	CAG	---	4	4	AY.29	0.000063
S	14	Q14H	caG	caT	4	4	AY.5.3	0.00135
S	14	Q14H	caG	caT	3	4	AY.70	0.000626
S	14	Q14H	caG	caC	1	4	AY.70	0.000209
S	14	Q14R	cAg	cGg	4	4	B.1	0.000037
S	14	Q14H	caG	caT	4	4	B.1.1.284	0.00043
S	14	Q14H	caG	caT	4	4	B.1.1.33	0.001684
S	14	Q14del	CAG	---	4	4	B.1.1.37	0.000771
S	14	Q14del	CAG	---	4	4	B.1.177	0.000053
S	14	Q14H	caG	caT	4	4	B.1.221	0.000284
S	14	Q14H	caG	caT	4	4	B.1.36.29	0.002069
S	14	Q14K	Cag	Aag	4	4	B.1.36.31	0.007005
S	14	Q14H	caG	caT	3	4	B.1.427	0.000151
S	14	Q14H	caG	caC	1	4	B.1.427	0.00005
S	14	Q14X	Cag	Tag	4	4	D.2	0.0003
S	14	Q14H	caG	caT	4	4	Q.8	0.00066
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	A.1	0.000846
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.101	0.001471
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.23	0.000209
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.33	0.0002
S	14	Q14R	cAg	cGg	3	3	AY.39	0.000074
S	14	Q14del	CAG	---	3	3	AY.43	0.000013
S	14	Q14Q	caG	caA	3	3	AY.44	0.000018
S	14	Q14H	caG	caT	2	3	AY.45	0.000243
S	14	Q14H	caG	caC	1	3	AY.45	0.000122
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.46.1	0.00308
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.56	0.004815
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.61	0.000314
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.74	0.000347
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.9.2	0.00011
S	14	Q14del	CAG	---	3	3	AY.98	0.000237
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.99.2	0.000276
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	B	0.000383
S	14	Q14X	Cag	Tag	3	3	B.1	0.000027
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	B.1.1.101	0.03
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	B.1.1.318	0.000905
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.