CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 138 | D138Y | nonsyn | Gat | Tat | 123109 | 122978 | 0.998936 | 21974-21976 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 122978 | 123109 | All | 0.023521 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 60289 | 60410 | P.1 | 0.949792 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 20162 | 20162 | P.1.14 | 0.963767 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 6049 | 6049 | P.1.17 | 0.978486 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 4216 | 4217 | P.1.15 | 0.979554 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3611 | 3613 | P.1.10 | 0.973053 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2961 | 2961 | P.1.7 | 0.945402 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2940 | 2940 | P.1.1 | 0.933926 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2616 | 2616 | P.1.16 | 0.978676 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2440 | 2440 | B.1.561 | 0.968638 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2122 | 2122 | B.1.1.7 | 0.0019 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1907 | 1909 | P.1.12 | 0.92304 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1499 | 1499 | B.1.1.317 | 0.617126 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1139 | 1139 | P.1.17.1 | 0.9965 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1097 | 1097 | P.1.13 | 0.985624 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1019 | 1019 | P.1.4 | 0.995117 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 927 | 927 | B.1.1.333 | 0.997847 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 826 | 826 | P.1.2 | 0.954913 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 725 | 727 | B.1 | 0.006641 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 509 | 509 | P.1.6 | 0.990272 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 396 | 396 | B.1.1.397 | 0.891892 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 284 | 284 | AY.4 | 0.000442 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 281 | 281 | B.1.177 | 0.0037 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 274 | 276 | B.1.1 | 0.004971 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 263 | 263 | B.1.351 | 0.007818 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 203 | 203 | P.1.8 | 0.971292 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 201 | 201 | P.1.9 | 0.966346 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 184 | 184 | B.1.1.528 | 0.884615 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 180 | 180 | B.1.241 | 0.146104 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 178 | 178 | B.1.1.354 | 0.780702 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 164 | 164 | B.1.428 | 0.167347 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 163 | 163 | AY.99.2 | 0.015022 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 162 | 162 | B.1.617.2 | 0.00061 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 155 | 155 | AY.9 | 0.010477 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 136 | 136 | B.1.1.413 | 0.937931 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 130 | 130 | B.1.2 | 0.001145 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 124 | 124 | AY.103 | 0.00077 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 115 | 115 | B.1.36 | 0.016779 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 114 | 114 | P.1.10.1 | 0.926829 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 99 | 99 | B.1.596 | 0.008627 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 97 | 97 | P.1.11 | 0.989796 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 89 | 89 | AY.43 | 0.000394 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 84 | 84 | B.1.110.3 | 0.060345 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 78 | 78 | B.1.429 | 0.001835 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 67 | 67 | AY.25 | 0.000403 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 64 | 64 | B.1.36.29 | 0.033109 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 62 | 62 | B.1.1.224 | 0.885714 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 61 | 61 | B.1.1.306 | 0.026743 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 59 | 59 | B.1.595 | 0.015397 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 54 | 54 | AY.44 | 0.000329 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 39 | 39 | B.1.221 | 0.00277 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 37 | 37 | AY.3 | 0.000368 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 35 | 35 | B.1.1.1 | 0.011434 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 35 | 35 | B.1.1.28 | 0.010893 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 33 | 34 | AY.102 | 0.000875 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 33 | 33 | B.1.617.1 | 0.004256 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 32 | 32 | B.1.577 | 0.021993 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 30 | 30 | B.1.160 | 0.000936 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 29 | 29 | P.1.3 | 1 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 27 | 27 | AY.39 | 0.000667 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 24 | 24 | AY.26 | 0.000679 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 24 | 24 | P.1.10.2 | 1 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 23 | 23 | B.1.560 | 0.106481 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 23 | 23 | C.37 | 0.002669 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 20 | 20 | AY.116 | 0.005736 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 19 | 19 | AY.113 | 0.002705 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 19 | 19 | B.1.416.1 | 0.029687 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 18 | 18 | B.1.473 | 0.346154 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 17 | 17 | B.1.36.24 | 0.104938 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 16 | 16 | AY.101 | 0.007847 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 16 | 16 | AY.5 | 0.00033 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 16 | 16 | AY.98.1 | 0.000775 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 16 | 16 | B.1.177.86 | 0.002935 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 15 | 15 | AY.100 | 0.00069 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 15 | 15 | B.1.1.294 | 0.018987 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 14 | 14 | A.2.5 | 0.006986 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 14 | 14 | B.1.240 | 0.003018 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 14 | 14 | B.1.526 | 0.000329 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 13 | 13 | B.1.1.153 | 0.014239 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 13 | 13 | B.1.1.216 | 0.011576 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 13 | 13 | P.1.5 | 1 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 12 | 12 | AY.14 | 0.001056 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 12 | 12 | AY.20 | 0.000466 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 12 | 12 | AY.34.1 | 0.006119 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 12 | 12 | AY.41 | 0.003527 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 12 | 12 | AY.9.2 | 0.000441 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 11 | 11 | B.1.258.9 | 0.055 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 11 | 11 | B.1.265 | 0.013977 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 10 | 10 | AY.118 | 0.000626 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 10 | 10 | AY.46.3 | 0.009337 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 10 | 10 | B.1.258 | 0.000665 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 10 | 10 | B.1.427 | 0.000505 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 9 | 9 | AY.68 | 0.002464 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 9 | 9 | B.1.1.25 | 0.005117 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 9 | 9 | B.1.1.37 | 0.001736 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 9 | 9 | B.1.525 | 0.001018 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 8 | 8 | AY.33 | 0.000534 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 8 | 8 | AY.37 | 0.002528 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 8 | 8 | AY.47 | 0.000249 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 8 | 8 | AY.75 | 0.000448 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 8 | 8 | B | 0.001022 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 8 | 8 | B.1.1.33 | 0.003367 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 8 | 8 | B.1.139 | 0.005865 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 8 | 8 | B.1.177.81 | 0.001515 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 8 | 8 | B.1.349 | 0.005718 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 8 | 8 | B.1.621 | 0.000708 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 7 | 7 | AY.16.1 | 0.003289 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 7 | 7 | AY.6 | 0.000288 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 7 | 7 | AY.75.1 | 0.001262 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 7 | 7 | B.1.459 | 0.028571 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 7 | 7 | B.1.538 | 0.056452 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 7 | 7 | B.1.619.1 | 0.00449 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 7 | 7 | P.2 | 0.001306 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 6 | 6 | AY.119 | 0.000212 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 6 | 6 | AY.16 | 0.002278 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 6 | 6 | AY.34 | 0.000582 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 6 | 6 | AY.39.2 | 0.009245 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.118 | 0.040268 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.469 | 0.021661 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.499 | 0.006303 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.618 | 0.024194 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.632 | 0.040268 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.637 | 0.000438 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.43 | 0.085714 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.117 | 0.000423 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.120.1 | 0.001605 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.23 | 0.000349 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.36 | 0.000741 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.81 | 0.00996 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.1.34 | 0.065789 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.1.50 | 0.003394 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.1.519 | 0.000199 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.157 | 0.014925 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.281 | 0.108696 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 5 | 5 | C.38 | 0.040323 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 5 | 5 | Q.7 | 0.005556 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.4.2.1 | 0.000596 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.4.4 | 0.001637 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.42 | 0.000161 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.45 | 0.000487 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.5.3 | 0.00135 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.54 | 0.000381 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.61 | 0.000419 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.62 | 0.001743 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.71 | 0.0019 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.92 | 0.001149 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.104 | 0.01476 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.177.73 | 0.002265 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.311 | 0.001098 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.36.22 | 0.004831 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.582 | 0.001963 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 4 | 4 | Q.1 | 0.000505 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | A | 0.001161 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.13 | 0.000483 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.4.2 | 0.000065 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.55 | 0.002752 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.9.1 | 0.000251 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.318 | 0.000905 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.370 | 0.037975 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.372 | 0.002066 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.434 | 0.001046 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.177.7 | 0.000495 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.214 | 0.010989 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.232 | 0.001612 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.239 | 0.003663 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.260 | 0.010033 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.36.16 | 0.004274 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.462 | 0.021739 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.623 | 0.001609 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 3 | 3 | C.36.3 | 0.001702 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.12 | 0.000632 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.24 | 0.000862 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.35 | 0.000466 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.4.3 | 0.001684 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.4.5 | 0.000215 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.46.6 | 0.000144 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.65 | 0.001066 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.7.1 | 0.000225 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.99.1 | 0.003106 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.220 | 0.003717 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.409 | 0.005666 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.448 | 0.004065 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.521 | 0.010695 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.177.60 | 0.000437 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.189 | 0.008584 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.210 | 0.004264 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.218 | 0.010309 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.258.24 | 0.021505 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.324 | 0.00321 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.36.36 | 0.001204 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.369 | 0.00057 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.471 | 0.005464 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.524 | 0.002813 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.555 | 0.044444 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.578 | 0.035714 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.625 | 0.004706 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.628 | 0.000705 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.84 | 0.041667 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.35 | 0.015625 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | C.23 | 0.011628 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | C.36 | 0.001821 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 2 | 2 | N.5 | 0.003534 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | 0.055556 | |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | A.19 | 0.009434 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | A.2.5.1 | 0.004808 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | A.21 | 0.00277 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | A.23.1 | 0.000704 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | A.27 | 0.001656 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AT.1 | 0.005128 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.1 | 0.000396 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.105 | 0.000643 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.106 | 0.000335 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.107 | 0.000466 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.109 | 0.00074 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.114 | 0.000231 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.115 | 0.005208 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.120.2 | 0.001285 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.19 | 0.00114 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.2 | 0.000356 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.21 | 0.001898 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.46.1 | 0.001027 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.5.4 | 0.000277 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.58 | 0.000907 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.64 | 0.000595 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.7.2 | 0.000559 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.70 | 0.000209 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.8 | 0.000606 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.88 | 0.000884 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.95 | 0.000761 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.96 | 0.002075 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.129 | 0.009174 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.141 | 0.002012 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.174 | 0.003378 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.198 | 0.001468 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.207 | 0.001182 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.277 | 0.000759 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.291 | 0.000742 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.312 | 0.001912 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.316 | 0.000925 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.326 | 0.001761 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.416 | 0.000905 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.432 | 0.001266 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.437 | 0.010417 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.46 | 0.004367 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.464 | 0.001473 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.47 | 0.005348 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.523 | 0.001563 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.525 | 0.005464 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.86 | 0.035714 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.110 | 0.004525 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.170 | 0.00431 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.27 | 0.009434 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.33 | 0.001645 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.43 | 0.001477 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.44 | 0.000519 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.56 | 0.000668 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.6 | 0.000977 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.8 | 0.000752 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.83 | 0.001481 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.206 | 0.000816 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.221.3 | 0.000833 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.247 | 0.014925 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.258.11 | 0.000396 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.302 | 0.013333 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.336 | 0.002439 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.354 | 0.043478 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.356 | 0.001727 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.10 | 0.004785 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.17 | 0.000494 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.2 | 0.010753 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.21 | 0.00216 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.31 | 0.001751 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.38 | 0.001642 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.8 | 0.001 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.361 | 0.001289 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.367 | 0.000792 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.375 | 0.00082 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.396 | 0.000706 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.399 | 0.001934 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.424 | 0.008065 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.451 | 0.008197 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.456 | 0.003268 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.460 | 0.017857 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.466.2 | 0.000391 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.470 | 0.001404 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.509 | 0.000866 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.548 | 0.035714 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.558 | 0.004566 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.576 | 0.000907 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.579 | 0.011236 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.588 | 0.00091 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.597 | 0.00463 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.609 | 0.000479 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.610 | 0.003546 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.619 | 0.000871 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.83 | 0.015385 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.9 | 0.006173 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.9.5 | 0.005682 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.39 | 0.002331 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.4.1 | 0.018868 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | C.35 | 0.000774 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | C.37.1 | 0.002618 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | P.4 | 0.003802 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | Q.3 | 0.000145 |
S | 138 | D138Y | Gat | Tat | 1 | 1 | Q.4 | 0.000455 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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