CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 1264

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	1264	V1264L		nonsyn	Gtg	Ttg	70660	61539	0.870917	25352-25354
S	1264	V1264L		nonsyn	Gtg	Ctg	70660	9108	0.128899	25352-25354
S	1264	V1264L		nonsyn	GtG	TtA	70660	6	0.0000849137	25352-25354
S	1264	V1264L		nonsyn	GtG	CtT	70660	5	0.0000707614	25352-25354
S	1264	V1264L		nonsyn	GtG	CtA	70660	2	0.0000283046	25352-25354
S	1264	V1264V		syn	gtG	gtT	5939	5750	0.968176	25352-25354
S	1264	V1264V		syn	gtG	gtA	5939	168	0.0282876	25352-25354
S	1264	V1264V		syn	gtG	gtC	5939	21	0.00353595	25352-25354
S	1264	V1264A		nonsyn	gTg	gCg	390	387	0.992308	25352-25354
S	1264	V1264A		nonsyn	gTG	gCT	390	2	0.00512821	25352-25354
S	1264	V1264A		nonsyn	gTG	gCA	390	1	0.0025641	25352-25354
S	1264	V1264M		nonsyn	Gtg	Atg	199	199	1	25352-25354
S	1264	V1264del		del	GTG	---	155	155	1	25352-25354
S	1264	V1264F		nonsyn	GtG	TtT	120	120	1	25352-25354
S	1264	V1264E		nonsyn	gTg	gAg	23	16	0.695652	25352-25354
S	1264	V1264E		nonsyn	gTG	gAA	23	7	0.304348	25352-25354
S	1264	V1264G		nonsyn	gTg	gGg	17	13	0.764706	25352-25354
S	1264	V1264G		nonsyn	gTG	gGA	17	4	0.235294	25352-25354
S	1264	V1264K		nonsyn	GTg	AAg	11	6	0.545455	25352-25354
S	1264	V1264K		nonsyn	GTG	AAA	11	5	0.454545	25352-25354
S	1264	V1264R		nonsyn	GTg	AGg	11	4	0.363636	25352-25354
S	1264	V1264R		nonsyn	GTG	AGA	11	3	0.272727	25352-25354
S	1264	V1264R		nonsyn	GTg	CGg	11	2	0.181818	25352-25354
S	1264	V1264R		nonsyn	GTG	CGA	11	2	0.181818	25352-25354
S	1264	V1264I		nonsyn	GtG	AtA	10	6	0.6	25352-25354
S	1264	V1264I		nonsyn	GtG	AtC	10	3	0.3	25352-25354
S	1264	V1264I		nonsyn	GtG	AtT	10	1	0.1	25352-25354
S	1264	V1264S		nonsyn	GTg	TCg	8	7	0.875	25352-25354
S	1264	V1264S		nonsyn	GTG	TCA	8	1	0.125	25352-25354
S	1264	V1264X		nonsyn	GTg	TAg	5	2	0.4	25352-25354
S	1264	V1264X		nonsyn	GTG	TAA	5	2	0.4	25352-25354
S	1264	V1264X		nonsyn	GTG	TGA	5	1	0.2	25352-25354
S	1264	V1264del1		del	Gtg	-tg	4	3	0.75	25352-25354
S	1264	V1264D		nonsyn	gTG	gAT	4	3	0.75	25352-25354
S	1264	V1264Q		nonsyn	GTG	CAA	4	2	0.5	25352-25354
S	1264	V1264Q		nonsyn	GTg	CAg	4	2	0.5	25352-25354
S	1264	V1264del1		del	gTg	g-g	4	1	0.25	25352-25354
S	1264	V1264D		nonsyn	gTG	gAC	4	1	0.25	25352-25354
S	1264	V1264T		nonsyn	GTG	ACT	3	2	0.666667	25352-25354
S	1264	V1264T		nonsyn	GTg	ACg	3	1	0.333333	25352-25354
S	1264	V1264W		nonsyn	GTg	TGg	2	2	1	25352-25354
S	1264	V1264del2		del	GTg	--g	2	2	1	25352-25354
S	1264	V1264N		nonsyn	GTG	AAC	1	1	1	25352-25354

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	61539	70660	All	0.01177
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	9108	70660	All	0.001742
S	1264	V1264L	GtG	TtA	6	70660	All	0.000001
S	1264	V1264L	GtG	CtT	5	70660	All	0.000001
S	1264	V1264L	GtG	CtA	2	70660	All	0
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	34149	34149	AY.26	0.966764
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	11809	11809	AY.23	0.823673
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	7970	7998	AY.4.2	0.172859
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	26	7998	AY.4.2	0.000564
S	1264	V1264L	GtG	CtT	2	7998	AY.4.2	0.000043
S	1264	V1264V	gtG	gtT	5750	5939	All	0.0011
S	1264	V1264V	gtG	gtA	168	5939	All	0.000032
S	1264	V1264V	gtG	gtC	21	5939	All	0.000004
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2302	2467	B.1.1.7	0.002061
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	160	2467	B.1.1.7	0.000143
S	1264	V1264L	GtG	TtA	5	2467	B.1.1.7	0.000004
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2393	2393	AY.23.1	0.998748
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1633	1908	AY.4	0.002542
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	275	1908	AY.4	0.000428
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1657	1659	B.1.617.2	0.006239
S	1264	V1264V	gtG	gtC	2	1659	B.1.617.2	0.000008
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1391	1391	AY.65	0.741471
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1203	1345	B.1.617.2	0.00453
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	142	1345	B.1.617.2	0.000535
S	1264	V1264V	gtG	gtT	672	682	AY.4	0.001046
S	1264	V1264V	gtG	gtA	10	682	AY.4	0.000016
S	1264	V1264V	gtG	gtT	514	532	B.1.1.7	0.00046
S	1264	V1264V	gtG	gtA	14	532	B.1.1.7	0.000013
S	1264	V1264V	gtG	gtC	4	532	B.1.1.7	0.000004
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	504	504	AY.71	0.23943
S	1264	V1264V	gtG	gtT	474	476	B.1.2	0.004174
S	1264	V1264V	gtG	gtC	1	476	B.1.2	0.000009
S	1264	V1264V	gtG	gtA	1	476	B.1.2	0.000009
S	1264	V1264V	gtG	gtT	465	465	AY.25	0.002797
S	1264	V1264A	gTg	gCg	387	390	All	0.000074
S	1264	V1264A	gTG	gCT	2	390	All	0
S	1264	V1264A	gTG	gCA	1	390	All	0
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	376	390	AY.44	0.002289
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	14	390	AY.44	0.000085
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	337	337	AY.9	0.02278
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	303	313	AY.43	0.001342
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	10	313	AY.43	0.000044
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	300	300	AY.61	0.031433
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	288	290	B.1.258	0.019166
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	2	290	B.1.258	0.000133
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	282	286	B.1.595	0.073591
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	4	286	B.1.595	0.001044
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	231	246	AY.25	0.001389
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	15	246	AY.25	0.00009
S	1264	V1264V	gtG	gtT	224	227	AY.43	0.000992
S	1264	V1264V	gtG	gtA	3	227	AY.43	0.000013
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	206	222	B.1	0.001887
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	14	222	B.1	0.000128
S	1264	V1264L	GtG	CtA	2	222	B.1	0.000018
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	207	208	AY.6	0.008514
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	208	AY.6	0.000041
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	199	199	All	0.000038
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	131	196	P.1	0.002064
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	65	196	P.1	0.001024
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	190	194	AY.103	0.00118
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	4	194	AY.103	0.000025
S	1264	V1264A	gTg	gCg	184	184	AY.34	0.017842
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	168	170	AY.75.1	0.030292
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	2	170	AY.75.1	0.000361
S	1264	V1264del	GTG	---	155	155	All	0.00003
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	154	155	AY.118	0.009648
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	155	AY.118	0.000063
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	126	147	AY.113	0.017941
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	21	147	AY.113	0.00299
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	133	136	B.1.36	0.019405
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	3	136	B.1.36	0.000438
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	111	128	B.1.2	0.000977
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	17	128	B.1.2	0.00015
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	119	125	D.2	0.00893
S	1264	V1264L	GtG	CtT	3	125	D.2	0.000225
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	3	125	D.2	0.000225
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	91	123	AY.3	0.000905
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	32	123	AY.3	0.000318
S	1264	V1264F	GtG	TtT	120	120	All	0.000023
S	1264	V1264V	gtG	gtT	118	120	B.1.177	0.001554
S	1264	V1264V	gtG	gtC	2	120	B.1.177	0.000026
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	116	118	AY.102	0.003076
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	2	118	AY.102	0.000053
S	1264	V1264V	gtG	gtT	108	109	AY.44	0.000657
S	1264	V1264V	gtG	gtA	1	109	AY.44	0.000006
S	1264	V1264V	gtG	gtT	107	107	AY.102	0.002837
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	106	106	AB.1	0.868852
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	101	101	B.1.617.1	0.013026
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	86	88	AY.39	0.002125
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	2	88	AY.39	0.000049
S	1264	V1264V	gtG	gtA	76	76	AY.57	0.049869
S	1264	V1264V	gtG	gtT	73	73	B.1.1.70	0.024898
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	70	71	AY.16	0.026576
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	71	AY.16	0.00038
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	69	69	AY.98.1	0.003342
S	1264	V1264V	gtG	gtT	57	58	AY.3	0.000567
S	1264	V1264V	gtG	gtA	1	58	AY.3	0.00001
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	58	58	AY.75	0.003249
S	1264	V1264V	gtG	gtT	57	57	B.1.258	0.003793
S	1264	V1264A	gTg	gCg	54	54	AY.4	0.000084
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	50	53	B.1.1	0.000907
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	3	53	B.1.1	0.000054
S	1264	V1264V	gtG	gtT	53	53	B.1.1.519	0.002105
S	1264	V1264del	GTG	---	53	53	B.1.1.7	0.000047
S	1264	V1264V	gtG	gtT	51	53	B.1.243	0.003549
S	1264	V1264V	gtG	gtA	2	53	B.1.243	0.000139
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	52	52	AY.116	0.014913
S	1264	V1264V	gtG	gtT	50	52	P.1	0.000788
S	1264	V1264V	gtG	gtA	2	52	P.1	0.000032
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	50	50	B.1.177.33	0.082237
S	1264	V1264V	gtG	gtT	45	48	AY.103	0.000279
S	1264	V1264V	gtG	gtA	3	48	AY.103	0.000019
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	41	44	B.1.160	0.001279
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	3	44	B.1.160	0.000094
S	1264	V1264F	GtG	TtT	43	43	AY.23	0.002999
S	1264	V1264V	gtG	gtT	36	43	B.1.1	0.000653
S	1264	V1264V	gtG	gtA	7	43	B.1.1	0.000127
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	43	43	B.1.265	0.054638
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	43	43	B.1.526	0.001011
S	1264	V1264A	gTg	gCg	42	42	AY.43	0.000186
S	1264	V1264V	gtG	gtT	36	42	B.1	0.00033
S	1264	V1264V	gtG	gtA	5	42	B.1	0.000046
S	1264	V1264V	gtG	gtC	1	42	B.1	0.000009
S	1264	V1264V	gtG	gtT	41	42	B.1.160	0.001279
S	1264	V1264V	gtG	gtA	1	42	B.1.160	0.000031
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	37	41	B.1.177	0.000487
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	4	41	B.1.177	0.000053
S	1264	V1264V	gtG	gtT	37	40	AY.39	0.000914
S	1264	V1264V	gtG	gtC	2	40	AY.39	0.000049
S	1264	V1264V	gtG	gtA	1	40	AY.39	0.000025
S	1264	V1264V	gtG	gtT	40	40	AY.46.5	0.007937
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	38	39	AY.46.2	0.024142
S	1264	V1264L	GtG	TtA	1	39	AY.46.2	0.000635
S	1264	V1264V	gtG	gtT	39	39	AY.53	0.011213
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	36	37	AY.47	0.00112
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	37	AY.47	0.000031
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	36	36	AY.99.2	0.003318
S	1264	V1264V	gtG	gtT	36	36	B.1.526	0.000846
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	35	35	B.1.1.434	0.012199
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	35	35	B.1.427	0.001767
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	34	34	C.36	0.030965
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	32	32	AY.120.2	0.041131
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	32	32	AY.5	0.000661
S	1264	V1264V	gtG	gtT	31	31	B.1.258.17	0.003223
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	31	31	R.1	0.00279
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	30	30	AY.24	0.012931
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	30	30	AY.29	0.000473
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	30	30	AY.46.5	0.005952
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	30	30	AY.98	0.00237
S	1264	V1264V	gtG	gtT	30	30	R.1	0.0027
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	26	28	AY.119	0.000918
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	2	28	AY.119	0.000071
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	28	28	AY.42	0.001126
S	1264	V1264V	gtG	gtA	28	28	AY.46.6	0.002022
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	27	27	AY.111	0.004945
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	25	25	AY.105	0.016077
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	25	25	B.1.351	0.000743
S	1264	V1264V	gtG	gtT	24	24	AY.120	0.000892
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	24	24	AY.43	0.000106
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	24	24	AY.62	0.010458
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	24	24	B.1.1.7	0.000021
S	1264	V1264V	gtG	gtT	23	24	B.1.427	0.001161
S	1264	V1264V	gtG	gtA	1	24	B.1.427	0.00005
S	1264	V1264E	gTg	gAg	16	23	All	0.000003
S	1264	V1264E	gTG	gAA	7	23	All	0.000001
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	23	23	C.35	0.017802
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	23	23	Q.8	0.003793
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	21	22	AY.117	0.001775
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	22	AY.117	0.000085
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	22	22	B	0.002812
S	1264	V1264V	gtG	gtT	20	20	AY.4.2	0.000434
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	20	20	B.1.243	0.001392
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	20	20	B.1.429	0.000471
S	1264	V1264A	gTg	gCg	20	20	B.1.617.2	0.000075
S	1264	V1264V	gtG	gtT	20	20	B.1.621	0.00177
S	1264	V1264V	gtG	gtT	20	20	L.4	1
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	19	19	AY.120	0.000706
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	19	19	AY.13	0.003059
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	19	19	AY.36	0.002816
S	1264	V1264del	GTG	---	19	19	AY.4.5	0.002042
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	19	19	B.1.1.222	0.003876
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	19	19	B.1.617.2	0.000072
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	18	18	AY.100	0.000828
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	17	18	AY.20	0.000661
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	18	AY.20	0.000039
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	18	18	AY.9.2	0.000661
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	18	18	B.1.1.176	0.007909
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	17	18	B.1.429	0.0004
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	18	B.1.429	0.000024
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	18	18	P.1.14	0.00086
S	1264	V1264G	gTg	gGg	13	17	All	0.000002
S	1264	V1264G	gTG	gGA	4	17	All	0.000001
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	17	17	AY.10	0.009009
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	17	17	AY.34	0.001648
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	16	17	AY.46	0.001665
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	17	AY.46	0.000104
S	1264	V1264V	gtG	gtT	16	17	B.1.351	0.000476
S	1264	V1264V	gtG	gtC	1	17	B.1.351	0.00003
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	16	16	AY.46.6	0.001155
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	16	16	AY.54	0.001526
S	1264	V1264V	gtG	gtT	16	16	AY.86	0.013278
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	16	16	B.1.1.214	0.000887
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	16	16	B.1.1.306	0.007014
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	16	16	B.1.621	0.001416
S	1264	V1264V	gtG	gtT	15	15	AY.29	0.000237
S	1264	V1264V	gtG	gtT	15	15	B.1.221	0.001065
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	14	14	B.1.36.24	0.08642
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	12	14	C.37	0.001393
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	2	14	C.37	0.000232
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	13	13	AY.106	0.004354
S	1264	V1264F	GtG	TtT	13	13	AY.26	0.000368
S	1264	V1264V	gtG	gtT	12	13	AY.6	0.000494
S	1264	V1264V	gtG	gtA	1	13	AY.6	0.000041
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	13	13	AY.73	0.008649
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	13	13	B.1.623	0.006974
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	13	13	P.2	0.002426
S	1264	V1264V	gtG	gtT	12	12	AY.100	0.000552
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	12	12	AY.121	0.001624
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	12	12	AY.45	0.00146
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	12	12	AY.67	0.005571
S	1264	V1264A	gTg	gCg	12	12	B.1.1.7	0.000011
S	1264	V1264V	gtG	gtT	12	12	B.1.234	0.001583
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	12	12	Q.1	0.001516
S	1264	V1264V	gtG	gtT	11	11	A.21	0.030471
S	1264	V1264K	GTg	AAg	6	11	All	0.000001
S	1264	V1264K	GTG	AAA	5	11	All	0.000001
S	1264	V1264R	GTg	AGg	4	11	All	0.000001
S	1264	V1264R	GTG	AGA	3	11	All	0.000001
S	1264	V1264R	GTg	CGg	2	11	All	0
S	1264	V1264R	GTG	CGA	2	11	All	0
S	1264	V1264A	gTg	gCg	11	11	AY.45	0.001339
S	1264	V1264V	gtG	gtT	11	11	AY.84	0.004812
S	1264	V1264V	gtG	gtT	11	11	AY.99.2	0.001014
S	1264	V1264del	GTG	---	11	11	B.1.177	0.000145
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	11	11	B.1.221	0.000781
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	11	11	B.1.525	0.001245
S	1264	V1264V	gtG	gtT	11	11	B.1.575	0.003337
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	11	11	B.1.588	0.010009
S	1264	V1264I	GtG	AtA	6	10	All	0.000001
S	1264	V1264I	GtG	AtC	3	10	All	0.000001
S	1264	V1264I	GtG	AtT	1	10	All	0
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	10	10	AY.16.1	0.004699
S	1264	V1264V	gtG	gtT	10	10	AY.20	0.000389
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	9	10	AY.27	0.000582
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	10	AY.27	0.000065
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	8	10	AY.33	0.000534
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	2	10	AY.33	0.000134
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	10	10	AY.52	0.008143
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	10	10	B.1.177.54	0.006064
S	1264	V1264V	gtG	gtT	10	10	P.1.17	0.001618
S	1264	V1264V	gtG	gtT	9	9	AY.119	0.000318
S	1264	V1264V	gtG	gtT	9	9	AY.24	0.003879
S	1264	V1264V	gtG	gtT	9	9	AY.4.2.1	0.001341
S	1264	V1264V	gtG	gtT	9	9	AY.5	0.000186
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	9	9	AY.70	0.001877
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	9	9	AY.92	0.002585
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	9	9	AY.93	0.002458
S	1264	V1264V	gtG	gtT	9	9	AY.98.1	0.000436
S	1264	V1264G	gTg	gGg	6	9	B.1	0.000055
S	1264	V1264G	gTG	gGA	3	9	B.1	0.000027
S	1264	V1264R	GTg	AGg	3	9	B.1	0.000027
S	1264	V1264R	GTG	AGA	2	9	B.1	0.000018
S	1264	V1264R	GTG	CGA	2	9	B.1	0.000018
S	1264	V1264R	GTg	CGg	2	9	B.1	0.000018
S	1264	V1264V	gtG	gtT	9	9	B.1.1.186	0.030928
S	1264	V1264del	GTG	---	9	9	B.1.1.189	0.013616
S	1264	V1264V	gtG	gtT	9	9	B.1.1.28	0.002801
S	1264	V1264F	GtG	TtT	9	9	B.1.1.298	0.007759
S	1264	V1264V	gtG	gtT	9	9	B.1.409	0.007031
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	8	9	B.1.466.2	0.00313
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	9	B.1.466.2	0.000391
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	8	9	B.1.582	0.003925
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	9	B.1.582	0.000491
S	1264	V1264V	gtG	gtT	9	9	P.1.10	0.002425
S	1264	V1264V	gtG	gtT	9	9	P.1.2	0.010405
S	1264	V1264V	gtG	gtT	9	9	P.1.7	0.002874
S	1264	V1264S	GTg	TCg	7	8	All	0.000001
S	1264	V1264S	GTG	TCA	1	8	All	0
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	8	8	AY.44	0.000049
S	1264	V1264V	gtG	gtT	8	8	AY.47	0.000249
S	1264	V1264E	gTG	gAA	4	8	B.1	0.000037
S	1264	V1264E	gTg	gAg	4	8	B.1	0.000037
S	1264	V1264V	gtG	gtT	7	8	B.1.1.222	0.001428
S	1264	V1264V	gtG	gtA	1	8	B.1.1.222	0.000204
S	1264	V1264V	gtG	gtT	8	8	B.1.1.33	0.003367
S	1264	V1264F	GtG	TtT	8	8	B.1.1.7	0.000007
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	8	8	B.1.400	0.003432
S	1264	V1264V	gtG	gtT	8	8	B.1.637	0.000585
S	1264	V1264V	gtG	gtT	8	8	C.37	0.000929
S	1264	V1264V	gtG	gtT	7	8	D.2	0.000525
S	1264	V1264V	gtG	gtC	1	8	D.2	0.000075
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	5	7	AY.1	0.001979
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	2	7	AY.1	0.000791
S	1264	V1264V	gtG	gtT	7	7	AY.113	0.000997
S	1264	V1264F	GtG	TtT	7	7	AY.25	0.000042
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	7	7	AY.3.1	0.000597
S	1264	V1264V	gtG	gtT	7	7	AY.33	0.000467
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	7	7	AY.4.5	0.000752
S	1264	V1264V	gtG	gtT	6	7	AY.46	0.000624
S	1264	V1264V	gtG	gtA	1	7	AY.46	0.000104
S	1264	V1264V	gtG	gtT	7	7	AY.46.4	0.001152
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	4	7	AY.84	0.00175
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	7	AY.84	0.001312
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	7	7	B.1	0.000064
S	1264	V1264A	gTg	gCg	6	7	B.1	0.000055
S	1264	V1264A	gTG	gCT	1	7	B.1	0.000009
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	7	7	B.1.1.157	0.006393
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	7	7	B.1.1.192	0.016166
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	7	7	B.1.1.28	0.002179
S	1264	V1264V	gtG	gtT	7	7	B.1.1.306	0.003069
S	1264	V1264E	gTg	gAg	4	7	B.1.1.7	0.000004
S	1264	V1264E	gTG	gAA	3	7	B.1.1.7	0.000003
S	1264	V1264V	gtG	gtT	7	7	B.1.206	0.00571
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	7	7	B.1.469	0.025271
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	7	7	B.1.540	0.067961
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	7	7	B.1.637	0.000512
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	6	6	A.23.1	0.004225
S	1264	V1264A	gTg	gCg	6	6	AY.102	0.000159
S	1264	V1264A	gTg	gCg	6	6	AY.103	0.000037
S	1264	V1264V	gtG	gtT	6	6	AY.13	0.000966
S	1264	V1264V	gtG	gtT	6	6	AY.14	0.000528
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	6	6	AY.19	0.006842
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	6	6	AY.20	0.000233
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	6	6	AY.34.1	0.00306
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	6	6	AY.4.2.1	0.000894
S	1264	V1264V	gtG	gtT	5	6	AY.45	0.000608
S	1264	V1264V	gtG	gtC	1	6	AY.45	0.000122
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	6	6	AY.59	0.003178
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	6	6	AY.64	0.003571
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	6	6	AY.68	0.001642
S	1264	V1264F	GtG	TtT	6	6	B.1	0.000055
S	1264	V1264K	GTG	AAA	3	6	B.1	0.000027
S	1264	V1264K	GTg	AAg	3	6	B.1	0.000027
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	3	6	B.1.1.25	0.001706
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	6	B.1.1.25	0.001706
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	4	6	B.1.1.519	0.000159
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	2	6	B.1.1.519	0.000079
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	6	6	B.1.1.70	0.002046
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	6	6	B.1.214.2	0.003597
S	1264	V1264V	gtG	gtT	6	6	B.1.240	0.001293
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	6	6	B.1.351.3	0.005259
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	6	6	B.1.398	0.017857
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	6	6	B.1.471	0.016393
S	1264	V1264V	gtG	gtT	6	6	B.40	0.002186
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	4	5	A.2.5	0.001996
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	5	A.2.5	0.000499
S	1264	V1264X	GTG	TAA	2	5	All	0
S	1264	V1264X	GTg	TAg	2	5	All	0
S	1264	V1264X	GTG	TGA	1	5	All	0
S	1264	V1264del	GTG	---	5	5	AY.103	0.000031
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	3	5	AY.109	0.002219
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	5	AY.109	0.001479
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	5	5	AY.14	0.00044
S	1264	V1264V	gtG	gtT	5	5	AY.23	0.000349
S	1264	V1264del	GTG	---	5	5	AY.25	0.00003
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	5	5	AY.25	0.00003
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	5	5	AY.39.1	0.000198
S	1264	V1264del	GTG	---	5	5	AY.4	0.000008
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	5	5	AY.4.3	0.004209
S	1264	V1264V	gtG	gtT	5	5	AY.42	0.000201
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	5	5	AY.46.3	0.004669
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	5	5	AY.74	0.000578
S	1264	V1264I	GtG	AtA	3	5	B.1	0.000027
S	1264	V1264I	GtG	AtT	1	5	B.1	0.000009
S	1264	V1264I	GtG	AtC	1	5	B.1	0.000009
S	1264	V1264V	gtG	gtT	5	5	B.1.1.25	0.002843
S	1264	V1264V	gtG	gtT	5	5	B.1.1.291	0.003712
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	5	5	B.1.1.301	0.005896
S	1264	V1264V	gtG	gtT	5	5	B.1.1.50	0.003394
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	4	5	B.1.1.50	0.002716
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	5	B.1.1.50	0.000679
S	1264	V1264V	gtG	gtT	5	5	B.1.177.11	0.008489
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	4	5	B.1.416	0.005076
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	5	B.1.416	0.001269
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	5	5	B.1.448	0.013123
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	5	5	B.1.478	0.058824
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	4	5	B.1.577	0.002749
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	5	B.1.577	0.000687
S	1264	V1264V	gtG	gtT	3	5	B.1.596	0.000261
S	1264	V1264V	gtG	gtC	2	5	B.1.596	0.000174
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	5	5	B.23	0.01462
S	1264	V1264V	gtG	gtT	5	5	C.23	0.02907
S	1264	V1264F	GtG	TtT	5	5	D.2	0.000375
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	5	5	N.5	0.008834
S	1264	V1264A	gTg	gCg	5	5	P.1	0.000079
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	5	P.1.12	0.001452
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	2	5	P.1.12	0.000968
S	1264	V1264V	gtG	gtT	4	4	AD.2	0.000876
S	1264	V1264D	gTG	gAT	3	4	All	0.000001
S	1264	V1264del1	Gtg	-tg	3	4	All	0.000001
S	1264	V1264Q	GTg	CAg	2	4	All	0
S	1264	V1264Q	GTG	CAA	2	4	All	0
S	1264	V1264del1	gTg	g-g	1	4	All	0
S	1264	V1264D	gTG	gAC	1	4	All	0
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	4	4	AY.108	0.00441
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	4	4	AY.114	0.000924
S	1264	V1264V	gtG	gtT	4	4	AY.118	0.000251
S	1264	V1264S	GTg	TCg	4	4	AY.23	0.000279
S	1264	V1264V	gtG	gtT	4	4	AY.34.1	0.00204
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	4	4	AY.37	0.001264
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	4	4	AY.4	0.000006
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	4	AY.40	0.002893
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	4	AY.40	0.000964
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	4	4	AY.5.1	0.015038
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	4	AY.5.4	0.00083
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	4	AY.5.4	0.000277
S	1264	V1264V	gtG	gtT	4	4	AY.58	0.00363
S	1264	V1264V	gtG	gtT	4	4	AY.61	0.000419
S	1264	V1264V	gtG	gtT	4	4	AY.7.1	0.000451
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	4	4	AY.88	0.003537
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	4	4	AY.9.1	0.000335
S	1264	V1264Q	GTg	CAg	2	4	B.1	0.000018
S	1264	V1264Q	GTG	CAA	2	4	B.1	0.000018
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	4	4	B.1.1.33	0.001684
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	4	4	B.1.1.5	0.033333
S	1264	V1264F	GtG	TtT	4	4	B.1.1.519	0.000159
S	1264	V1264X	GTg	TAg	2	4	B.1.1.7	0.000002
S	1264	V1264X	GTG	TAA	2	4	B.1.1.7	0.000002
S	1264	V1264K	GTg	AAg	2	4	B.1.1.7	0.000002
S	1264	V1264K	GTG	AAA	2	4	B.1.1.7	0.000002
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	4	B.1.177.73	0.001699
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	4	B.1.177.73	0.000566
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	4	4	B.1.177.86	0.000734
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	4	4	B.1.2	0.000035
S	1264	V1264A	gTg	gCg	4	4	B.1.2	0.000035
S	1264	V1264V	gtG	gtT	3	4	B.1.36	0.000438
S	1264	V1264V	gtG	gtA	1	4	B.1.36	0.000146
S	1264	V1264V	gtG	gtT	4	4	B.1.438.1	0.000429
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	4	4	B.1.470	0.005618
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	4	4	B.1.525	0.000453
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	4	4	B.1.575.1	0.009756
S	1264	V1264del	GTG	---	4	4	B.1.617.2	0.000015
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	2	4	P.1.16	0.000748
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	4	P.1.16	0.000748
S	1264	V1264V	gtG	gtT	4	4	P.1.8	0.019139
S	1264	V1264T	GTG	ACT	2	3	All	0
S	1264	V1264T	GTg	ACg	1	3	All	0
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	AY.107	0.001398
S	1264	V1264V	gtG	gtT	3	3	AY.109	0.002219
S	1264	V1264V	gtG	gtT	3	3	AY.110	0.000338
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	AY.110	0.000338
S	1264	V1264V	gtG	gtT	3	3	AY.121	0.000406
S	1264	V1264V	gtG	gtT	3	3	AY.16	0.001139
S	1264	V1264A	gTg	gCg	3	3	AY.25	0.000018
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	3	3	AY.29	0.000047
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	AY.38	0.001498
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	AY.4.4	0.001227
S	1264	V1264A	gTg	gCg	3	3	AY.47	0.000093
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	AY.48	0.001395
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	AY.49	0.009585
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	AY.5.3	0.001012
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	AY.55	0.002752
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	AY.58	0.002722
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	3	3	AY.66	0.003209
S	1264	V1264A	gTg	gCg	3	3	AY.7.1	0.000338
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	AY.78	0.004622
S	1264	V1264V	gtG	gtT	3	3	AY.9.2	0.00011
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	2	3	AY.91	0.001461
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	3	AY.91	0.00073
S	1264	V1264V	gtG	gtT	3	3	AY.99	0.003148
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	AZ.2	0.002463
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	3	3	B.1.1	0.000054
S	1264	V1264A	gTg	gCg	3	3	B.1.1	0.000054
S	1264	V1264del	GTG	---	3	3	B.1.1	0.000054
S	1264	V1264V	gtG	gtT	3	3	B.1.1.1	0.00098
S	1264	V1264V	gtG	gtT	3	3	B.1.1.216	0.002671
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	B.1.1.318	0.000905
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	3	B.1.1.326	0.003521
S	1264	V1264V	gtG	gtA	1	3	B.1.1.326	0.001761
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	B.1.1.432	0.003797
S	1264	V1264V	gtG	gtT	3	3	B.1.1.521	0.016043
S	1264	V1264G	gTg	gGg	2	3	B.1.1.7	0.000002
S	1264	V1264I	GtG	AtA	2	3	B.1.1.7	0.000002
S	1264	V1264G	gTG	gGA	1	3	B.1.1.7	0.000001
S	1264	V1264I	GtG	AtC	1	3	B.1.1.7	0.000001
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	B.1.1.77	0.125
S	1264	V1264del	GTG	---	3	3	B.1.177.4	0.000633
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	3	B.1.177.60	0.000437
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	3	B.1.177.60	0.000218
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	B.1.177.81	0.000568
S	1264	V1264F	GtG	TtT	3	3	B.1.239	0.003663
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	B.1.351.2	0.000908
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	B.1.36.26	0.008571
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	B.1.36.29	0.001552
S	1264	V1264V	gtG	gtA	3	3	B.1.36.31	0.005254
S	1264	V1264V	gtG	gtT	3	3	B.1.428	0.003061
S	1264	V1264V	gtG	gtT	3	3	B.1.429	0.000071
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	2	3	B.1.438.1	0.000215
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	3	B.1.438.1	0.000107
S	1264	V1264F	GtG	TtT	3	3	B.1.617.2	0.000011
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	3	3	B.1.621	0.000266
S	1264	V1264V	gtG	gtC	2	3	C.36.3	0.001134
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	2	3	C.36.3	0.001134
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	3	C.36.3	0.000567
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	3	C.36.3	0.000567
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	3	3	C.38	0.024194
S	1264	V1264V	gtG	gtT	3	3	P.1.1	0.000953
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	P.1.10	0.000808
S	1264	V1264V	gtG	gtT	3	3	P.1.15	0.000697
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	3	3	P.1.17	0.000485
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	3	P.1.7	0.000639
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	3	P.1.7	0.000319
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	A	0.000774
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	A.23	0.021053
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	AD.2	0.000438
S	1264	V1264W	GTg	TGg	2	2	All	0
S	1264	V1264del2	GTg	--g	2	2	All	0
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	AP.1	0.003003
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	AU.2	0.004843
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	2	2	AY.103	0.000012
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	AY.111	0.000366
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	AY.116.1	0.000623
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	AY.117	0.000169
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	AY.12	0.000632
S	1264	V1264del	GTG	---	2	2	AY.120	0.000074
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	AY.120.1	0.000642
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	2	AY.2	0.000356
S	1264	V1264V	gtG	gtA	1	2	AY.2	0.000356
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	AY.28	0.003781
S	1264	V1264A	gTg	gCg	2	2	AY.29	0.000032
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	2	2	AY.29.1	0.000441
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	2	2	AY.3	0.00002
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	AY.32	0.001065
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	AY.35	0.000466
S	1264	V1264F	GtG	TtT	2	2	AY.4	0.000003
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	2	2	AY.42	0.00008
S	1264	V1264A	gTg	gCg	2	2	AY.44	0.000012
S	1264	V1264G	gTg	gGg	2	2	AY.44	0.000012
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	AY.46.4	0.000329
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	AY.60	0.001876
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	AY.7	0.000392
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	AY.7.1	0.000225
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	AY.7.2	0.001119
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	AY.75	0.000112
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	AY.75.1	0.000361
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	2	2	AY.80	0.002257
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	AY.86	0.00166
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	AY.89	0.009804
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	AY.9	0.000135
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	B	0.000256
S	1264	V1264del	GTG	---	2	2	B.1	0.000018
S	1264	V1264D	gTG	gAC	1	2	B.1	0.000009
S	1264	V1264D	gTG	gAT	1	2	B.1	0.000009
S	1264	V1264T	GTg	ACg	1	2	B.1	0.000009
S	1264	V1264T	GTG	ACT	1	2	B.1	0.000009
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.1.10	0.00223
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.1.232	0.00363
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.1.283	0.046512
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	B.1.1.409	0.005666
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	B.1.1.513	0.024691
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.1.63	0.000772
S	1264	V1264R	GTG	AGA	1	2	B.1.1.7	0.000001
S	1264	V1264R	GTg	AGg	1	2	B.1.1.7	0.000001
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	2	2	B.1.1.71	0.012121
S	1264	V1264F	GtG	TtT	2	2	B.1.177	0.000026
S	1264	V1264del	GTG	---	2	2	B.1.177.16	0.001329
S	1264	V1264del	GTG	---	2	2	B.1.177.54	0.001213
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	2	2	B.1.177.62	0.002384
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.177.77	0.001452
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.177.82	0.000955
S	1264	V1264A	gTg	gCg	2	2	B.1.221	0.000142
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	B.1.258.14	0.001961
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.313	0.013158
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.346	0.002621
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	2	2	B.1.351	0.000059
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.36.17	0.000988
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.36.38	0.003284
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.393	0.057143
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	B.1.396	0.001411
S	1264	V1264F	GtG	TtT	2	2	B.1.429	0.000047
S	1264	V1264E	gTg	gAg	2	2	B.1.429	0.000047
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.517	0.000854
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	B.1.595	0.000522
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.596	0.000174
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.602	0.013072
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	B.1.609	0.000959
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	B.1.617.1	0.000258
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.620	0.001892
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	B.1.628	0.000705
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	B.3	0.001661
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	B.6.6	0.001778
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	C.18	0.005181
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	2	2	C.40	0.055556
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	2	D.3	0.005917
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	2	D.3	0.005917
S	1264	V1264F	GtG	TtT	2	2	P.1	0.000032
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	2	P.1.1	0.000318
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	2	P.1.1	0.000318
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	P.2	0.000373
S	1264	V1264V	gtG	gtT	2	2	Q.8	0.00033
S	1264	V1264del	GTG	---	2	2	U.3	0.007722
S	1264	V1264W	GTg	TGg	1	1		0.055556
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1		0.055556
S	1264	V1264S	GTg	TCg	1	1		0.055556
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	A	0.000387
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	1	A.18	0.05
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	A.2.3	0.004739
S	1264	V1264V	gtG	gtA	1	1	A.2.5.1	0.004808
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AE.7	0.083333
S	1264	V1264N	GTG	AAC	1	1	All	0
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	AY.100	0.000046
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	AY.102	0.000027
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	AY.111	0.000183
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	AY.116	0.000287
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.116.1	0.000311
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	AY.118	0.000063
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	AY.119	0.000035
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.12	0.000316
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	AY.16.1	0.00047
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	AY.16.1	0.00047
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.17	0.008197
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	AY.19	0.00114
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.2	0.000356
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.22	0.002092
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	AY.24	0.000431
S	1264	V1264del2	GTg	--g	1	1	AY.25	0.000006
S	1264	V1264S	GTg	TCg	1	1	AY.26	0.000028
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	AY.29	0.000016
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	AY.3	0.00001
S	1264	V1264F	GtG	TtT	1	1	AY.3	0.00001
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.3.1	0.000085
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.30	0.000396
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.32	0.000532
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	AY.33	0.000067
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.36	0.000148
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.37	0.000316
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	AY.39	0.000025
S	1264	V1264F	GtG	TtT	1	1	AY.39	0.000025
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.39.1	0.00004
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.39.1.1	0.000725
S	1264	V1264F	GtG	TtT	1	1	AY.4.2.1	0.000149
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.41	0.000294
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	AY.42	0.00004
S	1264	V1264F	GtG	TtT	1	1	AY.42	0.00004
S	1264	V1264F	GtG	TtT	1	1	AY.43	0.000004
S	1264	V1264G	gTg	gGg	1	1	AY.43	0.000004
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	AY.43	0.000004
S	1264	V1264F	GtG	TtT	1	1	AY.44	0.000006
S	1264	V1264F	GtG	TtT	1	1	AY.45	0.000122
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	AY.46	0.000104
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.46.1	0.001027
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.46.1	0.001027
S	1264	V1264S	GTG	TCA	1	1	AY.46.2	0.000635
S	1264	V1264V	gtG	gtA	1	1	AY.46.2	0.000635
S	1264	V1264A	gTG	gCA	1	1	AY.46.2	0.000635
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	AY.47	0.000031
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.49	0.003195
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	AY.5	0.000021
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	AY.5.3	0.000337
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.5.3	0.000337
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.50	0.000799
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.53	0.000288
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.57	0.000656
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	AY.60	0.000938
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.62	0.000436
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.63	0.000387
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	AY.65	0.000533
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.65	0.000533
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.69	0.000187
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.7	0.000196
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	AY.7.2	0.000559
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.70	0.000209
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.72	0.001361
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.77	0.001127
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.78	0.001541
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.8	0.000606
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.8	0.000606
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.81	0.001992
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.85	0.000427
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	1	AY.85	0.000427
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.87	0.000833
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.9.2.1	0.001976
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.90	0.000684
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.92	0.000287
S	1264	V1264E	gTg	gAg	1	1	AY.93	0.000273
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	AY.97	0.001701
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	AY.98	0.000079
S	1264	V1264N	GTG	AAC	1	1	B.1	0.000009
S	1264	V1264W	GTg	TGg	1	1	B.1	0.000009
S	1264	V1264del1	Gtg	-tg	1	1	B.1	0.000009
S	1264	V1264D	gTG	gAT	1	1	B.1.1	0.000018
S	1264	V1264K	GTg	AAg	1	1	B.1.1	0.000018
S	1264	V1264E	gTg	gAg	1	1	B.1.1	0.000018
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.1	0.000327
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.1.117	0.009709
S	1264	V1264X	GTG	TGA	1	1	B.1.1.137	0.0125
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.159	0.004673
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.170	0.001247
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.174	0.003378
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.189	0.001513
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.1.207	0.001182
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.1.214	0.000055
S	1264	V1264D	gTG	gAT	1	1	B.1.1.265	0.003155
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.270	0.010309
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.277	0.000759
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.279	0.001121
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	B.1.1.28	0.000311
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.284	0.000107
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.291	0.000742
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.299	0.012195
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	B.1.1.301	0.001179
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.302	0.002075
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.1.312	0.001912
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	B.1.1.312	0.001912
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.317	0.000412
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	B.1.1.33	0.000421
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.1.333	0.001076
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.348	0.000796
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	B.1.1.366	0.015873
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.369	0.000446
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.37	0.000193
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	B.1.1.37	0.000193
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.372	0.000689
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	B.1.1.389	0.006061
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.1.39	0.00051
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.39	0.00051
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	B.1.1.4	0.002976
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.1.402	0.011111
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	B.1.1.406	0.006494
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.431	0.016129
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	B.1.1.434	0.000349
S	1264	V1264V	gtG	gtA	1	1	B.1.1.434	0.000349
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.46	0.004367
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	B.1.1.50	0.000679
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.515	0.02
S	1264	V1264del1	gTg	g-g	1	1	B.1.1.519	0.00004
S	1264	V1264F	GtG	TtT	1	1	B.1.1.523	0.001563
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.528	0.004808
S	1264	V1264del2	GTg	--g	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	1264	V1264del1	Gtg	-tg	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	1264	V1264E	gTg	gAg	1	1	B.1.1.70	0.000341
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.110.3	0.000718
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.111	0.001175
S	1264	V1264V	gtG	gtC	1	1	B.1.128	0.000635
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.145	0.052632
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.147	0.000756
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.158	0.02381
S	1264	V1264del1	Gtg	-tg	1	1	B.1.160	0.000031
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	B.1.160.23	0.004831
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	B.1.177	0.000013
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.177.16	0.000664
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	B.1.177.19	0.001431
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.177.23	0.003236
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	1	B.1.177.27	0.009434
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.177.31	0.011494
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.177.32	0.00135
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.177.4	0.000211
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.177.4	0.000211
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.177.44	0.000519
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.177.46	0.000918
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	B.1.177.54	0.000606
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	B.1.177.69	0.001484
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.177.7	0.000165
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	B.1.177.76	0.002494
S	1264	V1264A	gTG	gCT	1	1	B.1.177.83	0.001481
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.177.85	0.005435
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.192	0.009259
S	1264	V1264T	GTG	ACT	1	1	B.1.2	0.000009
S	1264	V1264E	gTg	gAg	1	1	B.1.2	0.000009
S	1264	V1264G	gTg	gGg	1	1	B.1.2	0.000009
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	1	B.1.210	0.002132
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	B.1.221.1	0.002907
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.222	0.001692
S	1264	V1264F	GtG	TtT	1	1	B.1.232	0.000537
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.232	0.000537
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.233	0.014085
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	B.1.234	0.000132
S	1264	V1264I	GtG	AtA	1	1	B.1.234	0.000132
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	B.1.239	0.001221
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.241	0.000812
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.241	0.000812
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	B.1.243	0.00007
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.247	0.014925
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.252	0.006623
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.252	0.006623
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	B.1.258	0.000067
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.258.11	0.000396
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.258.17	0.000104
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.265	0.001271
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.329	0.000608
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.335	0.010309
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.351.2	0.000303
S	1264	V1264V	gtG	gtC	1	1	B.1.351.3	0.000876
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	B.1.36.17	0.000494
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.36.18	0.00042
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	B.1.36.18	0.00042
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	1	B.1.36.27	0.000763
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	B.1.36.29	0.000517
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.36.29	0.000517
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	B.1.36.29	0.000517
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.36.8	0.001
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.362	0.001541
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.363	0.012987
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.367	0.000792
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.367	0.000792
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.369	0.000285
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.377	0.004566
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	B.1.389	0.001002
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	B.1.396	0.000706
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.401	0.008197
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	B.1.409	0.000781
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.415.1	0.007576
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	B.1.427	0.00005
S	1264	V1264E	gTg	gAg	1	1	B.1.427	0.00005
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.428	0.00102
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	B.1.429	0.000024
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	B.1.429	0.000024
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.434	0.052632
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.452	0.013699
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.456	0.003268
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.459	0.004082
S	1264	V1264L	Gtg	Ctg	1	1	B.1.467	0.04
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.468	0.005714
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.473	0.019231
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.499	0.00105
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.525	0.000113
S	1264	V1264F	GtG	TtT	1	1	B.1.526	0.000024
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	B.1.526	0.000024
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.527	0.003704
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.538	0.008065
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.538	0.008065
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.564	0.000426
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.574	0.002151
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.576	0.000907
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	B.1.577	0.000687
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	B.1.596	0.000087
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.600	0.005848
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.609	0.000479
S	1264	V1264S	GTg	TCg	1	1	B.1.617.2	0.000004
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.618	0.004032
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.619	0.000871
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.619	0.000871
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.620	0.000946
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.1.621.1	0.000506
S	1264	V1264F	GtG	TtT	1	1	B.1.623	0.000536
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.625	0.002353
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.627	0.00202
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.629	0.013333
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.91	0.002075
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.93	0.000934
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.37	0.028571
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.40	0.000364
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	B.52	0.010101
S	1264	V1264I	GtG	AtC	1	1	B.55	0.00295
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	B.6	0.00091
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	C.1	0.002392
S	1264	V1264A	gTg	gCg	1	1	C.36.3	0.000567
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	C.37	0.000116
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	D.5	0.004975
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	P.1	0.000016
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	P.1	0.000016
S	1264	V1264E	gTg	gAg	1	1	P.1	0.000016
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	P.1.1	0.000318
S	1264	V1264G	gTg	gGg	1	1	P.1.10	0.000269
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	P.1.12	0.000484
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	P.1.14	0.000048
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	P.1.15	0.000232
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	P.1.16	0.000374
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	P.2	0.000187
S	1264	V1264V	gtG	gtT	1	1	P.4	0.003802
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	P.7	0.004367
S	1264	V1264M	Gtg	Atg	1	1	Q.1	0.000126
S	1264	V1264del	GTG	---	1	1	Q.2	0.000613
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	Q.3	0.000145
S	1264	V1264L	Gtg	Ttg	1	1	W.1	0.008696

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.