CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 1219

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S1219G1219VnonsyngGtgTt11288112860.99982325217-25219
S1219G1219VnonsyngGTgTG1128810.000088589725217-25219
S1219G1219VnonsyngGTgTC1128810.000088589725217-25219
S1219G1219CnonsynGgtTgt80358035125217-25219
S1219G1219SnonsynGgtAgt2942930.99659925217-25219
S1219G1219SnonsynGgTAgC29410.0034013625217-25219
S1219G1219GsynggTggC2441800.73770525217-25219
S1219G1219GsynggTggG244620.25409825217-25219
S1219G1219GsynggTggA24420.0081967225217-25219
S1219G1219deldelGGT---160160125217-25219
S1219G1219AnonsyngGtgCt5959125217-25219
S1219G1219RnonsynGgtCgt1515125217-25219
S1219G1219DnonsyngGtgAt1090.925217-25219
S1219G1219DnonsyngGTgAC1010.125217-25219
S1219G1219del1delggTgg-980.88888925217-25219
S1219G1219del1delGgTTg-910.11111125217-25219
S1219G1219FnonsynGGtTTt66125217-25219
S1219G1219InonsynGGTATC210.525217-25219
S1219G1219InonsynGGtATt210.525217-25219
S1219G1219LnonsynGGtCTt11125217-25219
S1219G1219TnonsynGGtACt11125217-25219
S1219G1219del2delgGTg--11125217-25219

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S1219G1219VgGtgTt1128611288All0.002159
S1219G1219VgGTgTG111288All0
S1219G1219VgGTgTC111288All0
S1219G1219CGgtTgt80358035All0.001537
S1219G1219VgGtgTt35433544B.1.1.70.003172
S1219G1219VgGTgTG13544B.1.1.70.000001
S1219G1219VgGtgTt17271727AY.980.136425
S1219G1219CGgtTgt14151415B.1.1.70.001267
S1219G1219CGgtTgt913913AY.40.001421
S1219G1219CGgtTgt864864B.1.177.210.06607
S1219G1219VgGtgTt824824B.1.617.20.003103
S1219G1219VgGtgTt673673AY.40.001047
S1219G1219VgGtgTt591591A.270.978477
S1219G1219CGgtTgt582582B.1.617.20.002191
S1219G1219CGgtTgt490490AY.440.002983
S1219G1219VgGtgTt466466AY.1020.012355
S1219G1219VgGtgTt427427AY.430.001892
S1219G1219CGgtTgt338338B.1.3500.991202
S1219G1219VgGtgTt304304R.10.027363
S1219G1219SGgtAgt293294All0.000056
S1219G1219SGgTAgC1294All0
S1219G1219VgGtgTt280280B.1.258.40.965517
S1219G1219CGgtTgt267267AY.30.002656
S1219G1219VgGtgTt262262AY.30.002606
S1219G1219GggTggC180244All0.000034
S1219G1219GggTggG62244All0.000012
S1219G1219GggTggA2244All0
S1219G1219CGgtTgt215215B.1.3510.006391
S1219G1219CGgtTgt198198B.1.20.001743
S1219G1219CGgtTgt179179AY.430.000793
S1219G1219CGgtTgt174174AY.250.001047
S1219G1219delGGT---160160All0.000031
S1219G1219CGgtTgt156156B.10.001429
S1219G1219CGgtTgt148148AY.470.004604
S1219G1219CGgtTgt146146B.1.1.5190.005798
S1219G1219VgGtgTt144144AY.1030.000894
S1219G1219VgGtgTt125125B.10.001145
S1219G1219CGgtTgt122122AY.1030.000758
S1219G1219VgGtgTt118118B.1.20.001039
S1219G1219VgGtgTt111111AY.440.000676
S1219G1219GggTggC94106B.1.1.70.000084
S1219G1219GggTggG11106B.1.1.70.00001
S1219G1219GggTggA1106B.1.1.70.000001
S1219G1219CGgtTgt104104P.10.001638
S1219G1219VgGtgTt9393AY.390.002298
S1219G1219CGgtTgt9090AY.290.00142
S1219G1219CGgtTgt7878AY.90.005272
S1219G1219SGgtAgt7676AY.40.000118
S1219G1219CGgtTgt7575N.50.132509
S1219G1219VgGtgTt7373AY.250.000439
S1219G1219CGgtTgt6666AY.9.10.005526
S1219G1219VgGtgTt6666B.1.1770.000869
S1219G1219delGGT---6565B.1.1.70.000058
S1219G1219CGgtTgt6161B.1.4270.00308
S1219G1219VgGtgTt6161P.10.000961
S1219G1219CGgtTgt6060B.1.10.001088
S1219G1219AgGtgCt5959All0.000011
S1219G1219CGgtTgt5555AY.1020.001458
S1219G1219VgGtgTt5454B.1.160.240.238938
S1219G1219VgGtgTt5454Q.80.008905
S1219G1219VgGtgTt5252B.1.4290.001224
S1219G1219CGgtTgt5050A.2.50.02495
S1219G1219VgGtgTt4848B.1.10.000871
S1219G1219CGgtTgt4747AY.400.045323
S1219G1219CGgtTgt4646B.1.1770.000606
S1219G1219SGgtAgt4343B.1.5260.001011
S1219G1219CGgtTgt4040AY.1140.009244
S1219G1219VgGtgTt4040AY.420.001609
S1219G1219CGgtTgt3939AY.7.20.021812
S1219G1219VgGtgTt3939B.1.1.3740.092637
S1219G1219VgGtgTt3838P.1.10.012071
S1219G1219CGgtTgt3333B.1.5260.000776
S1219G1219CGgtTgt3232AY.390.000791
S1219G1219VgGtgTt3131B.1.36.350.080729
S1219G1219CGgtTgt3030AY.4.20.000651
S1219G1219CGgtTgt3030AY.980.00237
S1219G1219CGgtTgt2929AY.1060.009712
S1219G1219VgGtgTt2828B.1.1700.12069
S1219G1219CGgtTgt2727AY.50.000558
S1219G1219VgGtgTt2727B.1.5260.000635
S1219G1219VgGtgTt2727P.1.150.006273
S1219G1219VgGtgTt2626AY.50.000537
S1219G1219VgGtgTt2626AY.5.40.007194
S1219G1219VgGtgTt2525AY.1200.000929
S1219G1219CGgtTgt2525AY.98.10.001211
S1219G1219VgGtgTt2424AY.9.20.000882
S1219G1219SGgtAgt2424B.1.1.70.000021
S1219G1219GggTggC2024B.1.20.000176
S1219G1219GggTggG424B.1.20.000035
S1219G1219VgGtgTt2323AY.1170.001944
S1219G1219SGgtAgt2323AY.440.00014
S1219G1219VgGtgTt2323AY.98.10.001114
S1219G1219CGgtTgt2323B.1.214.20.013789
S1219G1219VgGtgTt2222AY.1180.001378
S1219G1219SGgtAgt2222AY.50.000454
S1219G1219VgGtgTt2121AY.200.000816
S1219G1219CGgtTgt2121B.1.1.700.007162
S1219G1219CGgtTgt2121B.1.4290.000494
S1219G1219VgGtgTt2020A0.00774
S1219G1219CGgtTgt2020AY.1190.000706
S1219G1219VgGtgTt2020AY.46.60.001444
S1219G1219VgGtgTt2020B.1.3510.000595
S1219G1219VgGtgTt2020P.1.170.003235
S1219G1219VgGtgTt1919AY.4.20.000412
S1219G1219VgGtgTt1919B.1.2580.001264
S1219G1219CGgtTgt1919B.1.5950.004958
S1219G1219VgGtgTt1818AY.470.00056
S1219G1219VgGtgTt1717AY.230.001186
S1219G1219VgGtgTt1717B0.002173
S1219G1219CGgtTgt1717B.1.2580.001131
S1219G1219CGgtTgt1616AY.200.000622
S1219G1219VgGtgTt1616AY.450.001947
S1219G1219VgGtgTt1616AY.460.001665
S1219G1219delGGT---1616B.1.1770.000211
S1219G1219CGgtTgt1616B.1.5820.007851
S1219G1219RGgtCgt1515All0.000003
S1219G1219CGgtTgt1515B.1.6210.001328
S1219G1219CGgtTgt1515P.1.140.000717
S1219G1219CGgtTgt1414AY.1180.000877
S1219G1219delGGT---1414AY.4.50.001505
S1219G1219CGgtTgt1414AY.99.20.00129
S1219G1219AgGtgCt1414B.1.6090.006711
S1219G1219VgGtgTt1313AY.3.10.001108
S1219G1219GggTggG1213AY.40.000019
S1219G1219GggTggC113AY.40.000002
S1219G1219CGgtTgt1313AY.9.20.000477
S1219G1219SGgtAgt1313B.1.3140.097744
S1219G1219SGgtAgt1313B.1.617.20.000049
S1219G1219CGgtTgt1212AY.260.00034
S1219G1219SGgtAgt1212B.1.258.140.011765
S1219G1219VgGtgTt1212B.1.360.001751
S1219G1219CGgtTgt1111AY.1100.00124
S1219G1219AgGtgCt1111AY.39.10.000436
S1219G1219CGgtTgt1111AY.460.001145
S1219G1219VgGtgTt1111AY.60.000452
S1219G1219VgGtgTt1111AY.620.004793
S1219G1219CGgtTgt1111AY.690.002053
S1219G1219VgGtgTt1111B.1.1600.000343
S1219G1219CGgtTgt1111B.1.6380.578947
S1219G1219DgGtgAt910All0.000002
S1219G1219DgGTgAC110All0
S1219G1219SGgtAgt1010AY.250.00006
S1219G1219CGgtTgt1010AY.330.000668
S1219G1219delGGT---1010AY.40.000016
S1219G1219CGgtTgt1010AY.420.000402
S1219G1219CGgtTgt1010AY.5.30.003374
S1219G1219VgGtgTt1010AY.690.001867
S1219G1219CGgtTgt1010B.1.416.10.015625
S1219G1219VgGtgTt1010B.1.5250.001132
S1219G1219del1ggTgg-89All0.000002
S1219G1219del1GgTTg-19All0
S1219G1219VgGtgTt99AY.1060.003014
S1219G1219CGgtTgt99AY.1170.000761
S1219G1219CGgtTgt99AY.1210.001218
S1219G1219VgGtgTt99AY.290.000142
S1219G1219VgGtgTt99AY.340.000873
S1219G1219SGgtAgt99AY.430.00004
S1219G1219GggTggC79AY.430.000031
S1219G1219GggTggG29AY.430.000009
S1219G1219AgGtgCt99AY.580.008167
S1219G1219VgGtgTt99AZ.20.007389
S1219G1219CGgtTgt99B.1.1.120.067164
S1219G1219CGgtTgt99B.1.1.330.003788
S1219G1219CGgtTgt99B.1.360.001313
S1219G1219GggTggC79B.1.617.20.000026
S1219G1219GggTggG29B.1.617.20.000008
S1219G1219VgGtgTt99B.1.6370.000658
S1219G1219VgGtgTt88B.1.1.1280.056738
S1219G1219CGgtTgt88B.1.1.2840.000859
S1219G1219CGgtTgt88B.1.1.3260.014085
S1219G1219AgGtgCt88B.1.1.70.000007
S1219G1219CGgtTgt88D.20.0006
S1219G1219CGgtTgt88P.20.001493
S1219G1219CGgtTgt77AY.1010.003433
S1219G1219VgGtgTt77AY.1190.000247
S1219G1219delGGT---77AY.1200.00026
S1219G1219VgGtgTt77AY.4.40.002864
S1219G1219CGgtTgt77AY.450.000852
S1219G1219VgGtgTt77AY.5.30.002362
S1219G1219VgGtgTt77AY.90.000473
S1219G1219VgGtgTt77B.1.1.1810.031818
S1219G1219VgGtgTt77B.1.1.280.002179
S1219G1219CGgtTgt77B.1.1.3740.016627
S1219G1219VgGtgTt77B.1.2210.000497
S1219G1219CGgtTgt77B.1.350.11
S1219G1219VgGtgTt77B.1.4270.000353
S1219G1219VgGtgTt77B.1.5960.00061
S1219G1219CGgtTgt77R.10.00063
S1219G1219FGGtTTt66All0.000001
S1219G1219GggTggC66AY.1030.000037
S1219G1219SGgtAgt66AY.1030.000037
S1219G1219CGgtTgt66AY.1200.000223
S1219G1219CGgtTgt66AY.270.000388
S1219G1219VgGtgTt66AY.330.000401
S1219G1219VgGtgTt66AY.350.001398
S1219G1219CGgtTgt66AY.540.000572
S1219G1219VgGtgTt66AY.750.000336
S1219G1219VgGtgTt66B.1.1.100.006689
S1219G1219CGgtTgt66B.1.1.2140.000333
S1219G1219CGgtTgt66B.1.1.2160.005343
S1219G1219CGgtTgt66B.1.1600.000187
S1219G1219VgGtgTt66B.1.177.100.005268
S1219G1219CGgtTgt66B.1.177.740.090909
S1219G1219VgGtgTt66B.1.177.810.001136
S1219G1219CGgtTgt66B.1.5250.000679
S1219G1219CGgtTgt66B.1.5750.00182
S1219G1219VgGtgTt66P.1.140.000287
S1219G1219VgGtgTt66P.20.00112
S1219G1219VgGtgTt55AY.1000.00023
S1219G1219VgGtgTt55AY.1080.005513
S1219G1219CGgtTgt55AY.1130.000712
S1219G1219VgGtgTt55AY.1160.001434
S1219G1219GggTggC55AY.1200.000186
S1219G1219CGgtTgt55AY.230.000349
S1219G1219GggTggC55AY.250.00003
S1219G1219VgGtgTt55AY.260.000142
S1219G1219VgGtgTt55AY.610.000524
S1219G1219VgGtgTt55AY.640.002976
S1219G1219VgGtgTt55AY.840.002187
S1219G1219delGGT---55B.10.000046
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