CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 1187

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S1187N1187NsynaaTaaC52105210125121-25123
S1187N1187YnonsynAatTat719719125121-25123
S1187N1187SnonsynaAtaGt2752740.99636425121-25123
S1187N1187SnonsynaATaGC27510.0036363625121-25123
S1187N1187HnonsynAatCat1971960.99492425121-25123
S1187N1187HnonsynAaTCaC19710.0050761425121-25123
S1187N1187DnonsynAatGat184184125121-25123
S1187N1187deldelAAT---122122125121-25123
S1187N1187TnonsynaAtaCt122122125121-25123
S1187N1187KnonsynaaTaaA75400.53333325121-25123
S1187N1187KnonsynaaTaaG75350.46666725121-25123
S1187N1187InonsynaAtaTt6868125121-25123
S1187N1187del1delAat-at540.825121-25123
S1187N1187del1delAAt-Gt510.225121-25123
S1187N1187RnonsynAAtCGt210.525121-25123
S1187N1187RnonsynAATCGC210.525121-25123
S1187N1187GnonsynAAtGGt11125121-25123

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S1187N1187NaaTaaC52105210All0.000996
S1187N1187NaaTaaC44254425AY.40.006887
S1187N1187YAatTat719719All0.000138
S1187N1187SaAtaGt274275All0.000052
S1187N1187SaATaGC1275All0
S1187N1187HAatCat196197All0.000037
S1187N1187HAaTCaC1197All0
S1187N1187DAatGat184184All0.000035
S1187N1187NaaTaaC184184B.1.1890.7897
S1187N1187YAatTat171171B.1.595.11
S1187N1187YAatTat134134AY.50.002767
S1187N1187HAatCat125125AY.40.000195
S1187N1187TaAtaCt122122All0.000023
S1187N1187delAAT---122122All0.000023
S1187N1187NaaTaaC117117B.1.617.20.000441
S1187N1187YAatTat109109AY.460.011345
S1187N1187SaAtaGt8888B.1.1.70.000079
S1187N1187NaaTaaC8080AY.440.000487
S1187N1187KaaTaaA4075All0.000008
S1187N1187KaaTaaG3575All0.000007
S1187N1187NaaTaaC6969AY.60.002838
S1187N1187IaAtaTt6868All0.000013
S1187N1187SaAtaGt6262B.1.2210.004404
S1187N1187SaAtaGt4848AY.1030.000298
S1187N1187delAAT---4848B.1.1.70.000043
S1187N1187SaAtaGt4242AY.4.2.10.006257
S1187N1187NaaTaaC4242B.1.1.70.000038
S1187N1187YAatTat4141AY.40.000064
S1187N1187DAatGat4141B.1.6161
S1187N1187TaAtaCt4040B.1.1.390.020387
S1187N1187HAatCat4040B.1.617.10.005159
S1187N1187NaaTaaC3838AY.390.000939
S1187N1187DAatGat3838B.1.1.70.000034
S1187N1187TaAtaCt3434AY.440.000207
S1187N1187DAatGat3434B.1.20.000299
S1187N1187NaaTaaC3333AY.50.000681
S1187N1187YAatTat3030B.1.1600.000936
S1187N1187NaaTaaC2929AY.260.000821
S1187N1187NaaTaaC2525AY.430.000111
S1187N1187IaAtaTt2323AY.690.004293
S1187N1187YAatTat2222B.10.000202
S1187N1187YAatTat2121B.1.1.70.000019
S1187N1187YAatTat2020AY.46.60.001444
S1187N1187TaAtaCt1919B.1.1.70.000017
S1187N1187YAatTat1717B.1.20.00015
S1187N1187NaaTaaC1717B.1.6090.00815
S1187N1187NaaTaaC1616B.10.000147
S1187N1187NaaTaaC1515B.1.1770.000198
S1187N1187NaaTaaC1414AY.1030.000087
S1187N1187YAatTat1414B.1.2580.000932
S1187N1187YAatTat1212AY.1030.000075
S1187N1187KaaTaaG812AY.40.000012
S1187N1187KaaTaaA412AY.40.000006
S1187N1187YAatTat1212AY.430.000053
S1187N1187KaaTaaA812AY.430.000035
S1187N1187KaaTaaG412AY.430.000018
S1187N1187YAatTat1111AY.440.000067
S1187N1187KaaTaaA811AY.7.10.000902
S1187N1187KaaTaaG311AY.7.10.000338
S1187N1187DAatGat1111B.1.177.210.000841
S1187N1187IaAtaTt1010B.1.1.70.000009
S1187N1187YAatTat99B.1.1.5190.000357
S1187N1187delAAT---99B.1.1770.000119
S1187N1187DAatGat88AY.40.000012
S1187N1187NaaTaaC88AY.420.000322
S1187N1187IaAtaTt88AY.440.000049
S1187N1187NaaTaaC88B.1.2580.000532
S1187N1187DAatGat88P.10.000126
S1187N1187NaaTaaC77AY.250.000042
S1187N1187NaaTaaC77AY.560.011236
S1187N1187NaaTaaC77B.1.1.280.002179
S1187N1187KaaTaaG57B.1.1770.000066
S1187N1187KaaTaaA27B.1.1770.000026
S1187N1187YAatTat77B.1.617.20.000026
S1187N1187DAatGat77B.1.617.20.000026
S1187N1187YAatTat77B.1.6190.006098
S1187N1187HAatCat77P.1.170.001132
S1187N1187NaaTaaC66AY.1000.000276
S1187N1187delAAT---66AY.1200.000223
S1187N1187delAAT---66AY.40.000009
S1187N1187YAatTat66B.1.4270.000303
S1187N1187del1Aat-at45All0.000001
S1187N1187del1AAt-Gt15All0
S1187N1187delAAT---55AY.4.50.000537
S1187N1187SaAtaGt55AY.440.00003
S1187N1187YAatTat55AY.930.001365
S1187N1187YAatTat55B.1.10.000091
S1187N1187YAatTat55B.1.5970.023148
S1187N1187KaaTaaA35B.1.617.20.000011
S1187N1187KaaTaaG25B.1.617.20.000008
S1187N1187YAatTat55P.10.000079
S1187N1187NaaTaaC44AY.1200.000149
S1187N1187DAatGat44AY.1210.000541
S1187N1187YAatTat44AY.250.000024
S1187N1187YAatTat44AY.260.000113
S1187N1187YAatTat44AY.30.00004
S1187N1187IaAtaTt44AY.30.00004
S1187N1187KaaTaaA44AY.390.000099
S1187N1187IaAtaTt44AY.40.000006
S1187N1187TaAtaCt44B.10.000037
S1187N1187NaaTaaC44B.1.3690.001141
S1187N1187HAatCat44B.1.617.20.000015
S1187N1187TaAtaCt33AY.1180.000188
S1187N1187KaaTaaA33AY.290.000047
S1187N1187DAatGat33AY.350.000699
S1187N1187SaAtaGt33AY.40.000005
S1187N1187NaaTaaC33AY.640.001786
S1187N1187YAatTat33AY.9.20.00011
S1187N1187KaaTaaG33B.1.1.70.000003
S1187N1187HAatCat33B.1.1770.00004
S1187N1187YAatTat33B.1.1770.00004
S1187N1187NaaTaaC33B.1.2210.000213
S1187N1187HAatCat33B.1.2430.000209
S1187N1187SaAtaGt33B.1.4290.000071
S1187N1187DAatGat33B.1.4290.000071
S1187N1187TaAtaCt33B.1.617.20.000011
S1187N1187delAAT---33B.1.617.20.000011
S1187N1187NaaTaaC33P.10.000047
S1187N1187NaaTaaC33P.1.150.000697
S1187N1187delAAT---33P.1.150.000697
S1187N1187HAaTCaC120.055556
S1187N1187RAATCGC120.055556
S1187N1187RAAtCGt120.055556
S1187N1187HAatCat120.055556
S1187N1187SaAtaGt120.055556
S1187N1187SaATaGC120.055556
S1187N1187SaAtaGt22A.2.40.006734
S1187N1187delAAT---22AD.20.000438
S1187N1187RAAtCGt12All0
S1187N1187RAATCGC12All0
S1187N1187DAatGat22AY.1050.001286
S1187N1187NaaTaaC22AY.1170.000169
S1187N1187DAatGat22AY.1170.000169
S1187N1187SaAtaGt22AY.260.000057
S1187N1187HAatCat22AY.260.000057
S1187N1187SaAtaGt22AY.270.000129
S1187N1187YAatTat22AY.270.000129
S1187N1187YAatTat22AY.290.000032
S1187N1187DAatGat22AY.30.00002
S1187N1187DAatGat22AY.330.000134
S1187N1187IaAtaTt22AY.39.10.000079
S1187N1187TaAtaCt22AY.40.000003
S1187N1187NaaTaaC22AY.4.50.000215
S1187N1187YAatTat22AY.4.50.000215
S1187N1187delAAT---22AY.430.000009
S1187N1187TaAtaCt22AY.430.000009
S1187N1187YAatTat22AY.470.000062
S1187N1187NaaTaaC22AY.470.000062
S1187N1187delAAT---22AY.50.000041
S1187N1187YAatTat22AY.680.000547
S1187N1187NaaTaaC22AY.980.000158
S1187N1187delAAT---22B.10.000018
S1187N1187HAatCat22B.10.000018
S1187N1187KaaTaaG12B.10.000009
S1187N1187KaaTaaA12B.10.000009
S1187N1187IaAtaTt22B.1.10.000036
S1187N1187HAatCat22B.1.10.000036
S1187N1187delAAT---22B.1.10.000036
S1187N1187NaaTaaC22B.1.10.000036
S1187N1187TaAtaCt22B.1.1.1410.004024
S1187N1187YAatTat22B.1.1.280.000622
S1187N1187NaaTaaC22B.1.1.2840.000215
S1187N1187IaAtaTt22B.1.1.3040.005618
S1187N1187SaAtaGt22B.1.1.370.000386
S1187N1187delAAT---22B.1.177.40.000422
S1187N1187delAAT---22B.1.177.540.001213
S1187N1187YAatTat22B.1.177.860.000367
S1187N1187NaaTaaC22B.1.20.000018
S1187N1187YAatTat22B.1.2430.000139
S1187N1187TaAtaCt22B.1.3510.000059
S1187N1187KaaTaaG22B.1.3510.000059
S1187N1187YAatTat22B.1.3510.000059
S1187N1187DAatGat22B.1.36.180.00084
S1187N1187IaAtaTt22B.1.4290.000047
S1187N1187DAatGat22B.1.5260.000047
S1187N1187SaAtaGt22B.1.617.20.000008
S1187N1187SaAtaGt22B.1.6210.000177
S1187N1187del1Aat-at22B.1.6270.00404
S1187N1187delAAT---22P.10.000032
S1187N1187NaaTaaC110.055556
S1187N1187GAAtGGt11All0
S1187N1187YAatTat11AY.1000.000046
S1187N1187IaAtaTt11AY.1010.00049
S1187N1187YAatTat11AY.1020.000027
S1187N1187NaaTaaC11AY.1020.000027
S1187N1187DAatGat11AY.1030.000006
S1187N1187NaaTaaC11AY.1100.000113
S1187N1187TaAtaCt11AY.1100.000113
S1187N1187delAAT---11AY.1110.000183
S1187N1187HAatCat11AY.1130.000142
S1187N1187NaaTaaC11AY.116.10.000311
S1187N1187YAatTat11AY.1170.000085
S1187N1187NaaTaaC11AY.1180.000063
S1187N1187KaaTaaA11AY.1180.000063
S1187N1187KaaTaaG11AY.120.2.10.000498
S1187N1187KaaTaaA11AY.130.000161
S1187N1187YAatTat11AY.160.00038
S1187N1187delAAT---11AY.190.00114
S1187N1187HAatCat11AY.200.000039
S1187N1187delAAT---11AY.230.00007
S1187N1187delAAT---11AY.240.000431
S1187N1187TaAtaCt11AY.250.000006
S1187N1187delAAT---11AY.250.000006
S1187N1187HAatCat11AY.250.000006
S1187N1187SaAtaGt11AY.250.000006
S1187N1187IaAtaTt11AY.250.000006
S1187N1187DAatGat11AY.280.00189
S1187N1187SaAtaGt11AY.290.000016
S1187N1187TaAtaCt11AY.30.00001
S1187N1187NaaTaaC11AY.30.00001
S1187N1187NaaTaaC11AY.320.000532
S1187N1187NaaTaaC11AY.370.000316
S1187N1187TaAtaCt11AY.390.000025
S1187N1187YAatTat11AY.39.10.00004
S1187N1187NaaTaaC11AY.4.20.000022
S1187N1187KaaTaaG11AY.4.20.000022
S1187N1187YAatTat11AY.4.20.000022
S1187N1187HAatCat11AY.430.000004
S1187N1187SaAtaGt11AY.430.000004
S1187N1187HAatCat11AY.440.000006
S1187N1187NaaTaaC11AY.450.000122
S1187N1187TaAtaCt11AY.460.000104
S1187N1187NaaTaaC11AY.460.000104
S1187N1187NaaTaaC11AY.46.40.000165
S1187N1187IaAtaTt11AY.470.000031
S1187N1187DAatGat11AY.480.000465
S1187N1187KaaTaaG11AY.50.000021
S1187N1187TaAtaCt11AY.530.000288
S1187N1187YAatTat11AY.540.000095
S1187N1187delAAT---11AY.60.000041
S1187N1187TaAtaCt11AY.60.000041
S1187N1187DAatGat11AY.610.000105
S1187N1187NaaTaaC11AY.620.000436
S1187N1187delAAT---11AY.680.000274
S1187N1187DAatGat11AY.690.000187
S1187N1187YAatTat11AY.70.000196
S1187N1187SaAtaGt11AY.740.000116
S1187N1187IaAtaTt11AY.75.10.00018
S1187N1187delAAT---11AY.810.001992
S1187N1187HAatCat11AY.870.000833
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