CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 1163 | D1163Y | nonsyn | Gat | Tat | 7872 | 7872 | 1 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163D | syn | gaT | gaC | 374 | 374 | 1 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163N | nonsyn | Gat | Aat | 287 | 286 | 0.996516 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163N | nonsyn | GaT | AaC | 287 | 1 | 0.00348432 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163G | nonsyn | gAt | gGt | 284 | 283 | 0.996479 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163G | nonsyn | gAT | gGC | 284 | 1 | 0.00352113 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163H | nonsyn | Gat | Cat | 162 | 162 | 1 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163A | nonsyn | gAt | gCt | 148 | 146 | 0.986486 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163A | nonsyn | gAT | gCC | 148 | 2 | 0.0135135 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163del | del | GAT | --- | 109 | 109 | 1 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163V | nonsyn | gAt | gTt | 88 | 88 | 1 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163E | nonsyn | gaT | gaG | 49 | 46 | 0.938776 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163E | nonsyn | gaT | gaA | 49 | 3 | 0.0612245 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163del1 | del | Gat | -at | 6 | 3 | 0.5 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163del1 | del | gaT | ga- | 6 | 3 | 0.5 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163P | nonsyn | GAt | CCt | 4 | 4 | 1 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163T | nonsyn | GAt | ACt | 2 | 1 | 0.5 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163S | nonsyn | GAT | AGC | 2 | 1 | 0.5 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163S | nonsyn | GAt | AGt | 2 | 1 | 0.5 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163del2 | del | gAT | g-- | 2 | 1 | 0.5 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163del2 | del | GAt | --t | 2 | 1 | 0.5 | 25049-25051 | |
S | 1163 | D1163T | nonsyn | GAT | ACC | 2 | 1 | 0.5 | 25049-25051 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 7872 | 7872 | All | 0.001506 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1767 | 1767 | B.1.177 | 0.023267 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1047 | 1047 | AY.4 | 0.00163 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1030 | 1030 | B.1.177.86 | 0.188956 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 584 | 584 | B.1.177.11 | 0.991511 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 482 | 482 | B.1.1.7 | 0.000431 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 374 | 374 | All | 0.000072 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 371 | 371 | AY.117 | 0.031356 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 286 | 287 | All | 0.000055 |
S | 1163 | D1163N | GaT | AaC | 1 | 287 | All | 0 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 283 | 284 | All | 0.000054 |
S | 1163 | D1163G | gAT | gGC | 1 | 284 | All | 0 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 240 | 240 | AY.43 | 0.001063 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 211 | 211 | B.1.617.2 | 0.000795 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 164 | 164 | B.1.406 | 0.993939 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 162 | 162 | All | 0.000031 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 160 | 160 | AY.16 | 0.060744 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 146 | 148 | All | 0.000028 |
S | 1163 | D1163A | gAT | gCC | 2 | 148 | All | 0 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 125 | 125 | B.1 | 0.001145 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 121 | 121 | AY.6 | 0.004977 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 115 | 115 | AY.4 | 0.000179 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 114 | 114 | AY.3 | 0.001134 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 109 | 109 | All | 0.000021 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 101 | 101 | AY.44 | 0.000615 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 96 | 96 | AY.103 | 0.000596 |
S | 1163 | D1163V | gAt | gTt | 88 | 88 | All | 0.000017 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 82 | 82 | B.1.1 | 0.001488 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 70 | 70 | AY.42 | 0.002816 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 67 | 67 | P.1 | 0.001056 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 65 | 65 | AY.25 | 0.000391 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 65 | 65 | B.1.2 | 0.000572 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 61 | 61 | B.1.258.17 | 0.006342 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 61 | 61 | B.1.351 | 0.001813 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 60 | 60 | B.1.1.7 | 0.000054 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 60 | 60 | B.1.221 | 0.004262 |
S | 1163 | D1163V | gAt | gTt | 52 | 52 | B.1.397 | 0.252427 |
S | 1163 | D1163E | gaT | gaG | 46 | 49 | All | 0.000009 |
S | 1163 | D1163E | gaT | gaA | 3 | 49 | All | 0.000001 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 49 | 49 | B.1.1.7 | 0.000044 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 45 | 45 | B.1.243 | 0.003131 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 44 | 44 | AY.42 | 0.00177 |
S | 1163 | D1163E | gaT | gaG | 40 | 40 | P.1 | 0.00063 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 37 | 37 | AY.39.1 | 0.001466 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 37 | 37 | B.1.177 | 0.000487 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 36 | 36 | B.1.361 | 0.046392 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 34 | 34 | AY.44 | 0.000207 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 34 | 34 | B.1.1.214 | 0.001886 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 33 | 33 | B.1.1.7 | 0.00003 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 31 | 31 | AY.98 | 0.002449 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 30 | 30 | B.1.177.81 | 0.00568 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 29 | 29 | AY.102 | 0.000769 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 28 | 28 | AY.4 | 0.000044 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 27 | 27 | AY.119 | 0.000953 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 27 | 27 | B.1.1.7 | 0.000024 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 25 | 25 | B.1.1.7 | 0.000022 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 24 | 24 | B.1.1.7 | 0.000021 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 23 | 23 | AY.4 | 0.000036 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 22 | 22 | AY.34 | 0.002133 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 21 | 21 | B.1.1.222 | 0.004284 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 20 | 20 | AY.4.2 | 0.000434 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 19 | 19 | AY.44 | 0.000116 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 19 | 19 | AY.5 | 0.000392 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 18 | 18 | AY.20 | 0.0007 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 18 | 18 | B.1.177.82 | 0.008592 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 18 | 18 | B.1.526 | 0.000423 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 16 | 16 | AY.118 | 0.001002 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 14 | 14 | A.23.1 | 0.009859 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 14 | 14 | AY.106 | 0.004689 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 14 | 14 | AY.2 | 0.004986 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 14 | 14 | AY.39 | 0.000346 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 14 | 14 | B.1.36 | 0.002043 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 13 | 13 | AY.103 | 0.000081 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 13 | 13 | B.1.399 | 0.025145 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 12 | 12 | AY.119 | 0.000424 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 12 | 12 | AY.33 | 0.000801 |
S | 1163 | D1163V | gAt | gTt | 12 | 12 | AY.4 | 0.000019 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 12 | 12 | AY.43 | 0.000053 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 12 | 12 | B.53 | 0.141176 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 11 | 11 | AY.99.2 | 0.001014 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 10 | 10 | AY.100 | 0.00046 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 10 | 10 | AY.116 | 0.002868 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 10 | 10 | AY.26 | 0.000283 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 10 | 10 | B.1 | 0.000092 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 10 | 10 | B.1.160 | 0.000312 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 10 | 10 | B.1.177 | 0.000132 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 9 | 9 | AY.20 | 0.00035 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 9 | 9 | AY.23 | 0.000628 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 9 | 9 | AY.43 | 0.00004 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 9 | 9 | B.1.526 | 0.000212 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 9 | 9 | B.3.1 | 0.014925 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 9 | 9 | P.1.14 | 0.00043 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 8 | 8 | AY.120 | 0.000297 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 8 | 8 | AY.43 | 0.000035 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 8 | 8 | AY.44 | 0.000049 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 8 | 8 | AY.7.1 | 0.000902 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 8 | 8 | AY.75 | 0.000448 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 8 | 8 | AY.9 | 0.000541 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 8 | 8 | B.1.240 | 0.001725 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 8 | 8 | B.1.617.2 | 0.00003 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 7 | 7 | AY.29 | 0.00011 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 7 | 7 | AY.3 | 0.00007 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 7 | 7 | AY.35 | 0.001631 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 7 | 7 | AY.4 | 0.000011 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 7 | 7 | AY.42 | 0.000282 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 7 | 7 | AY.43 | 0.000031 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 7 | 7 | AY.47 | 0.000218 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 7 | 7 | AY.92 | 0.002011 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 7 | 7 | B.1.1.176 | 0.003076 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 7 | 7 | B.1.1.218 | 0.053846 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 7 | 7 | B.1.36.17 | 0.003458 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 7 | 7 | B.1.617.2 | 0.000026 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 7 | 7 | P.1.10 | 0.001886 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 6 | 6 | A | 0.002322 |
S | 1163 | D1163del1 | Gat | -at | 3 | 6 | All | 0.000001 |
S | 1163 | D1163del1 | gaT | ga- | 3 | 6 | All | 0.000001 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 6 | 6 | AY.102 | 0.000159 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 6 | 6 | AY.26 | 0.00017 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 6 | 6 | AY.77 | 0.006764 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 6 | 6 | AY.78 | 0.009245 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.1.519 | 0.000238 |
S | 1163 | D1163V | gAt | gTt | 6 | 6 | B.1.1.7 | 0.000005 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.160 | 0.000187 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.160.16 | 0.005576 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 6 | 6 | B.1.2 | 0.000053 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.36.20 | 0.101695 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.396 | 0.004234 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 6 | 6 | B.1.617.2 | 0.000023 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 6 | 6 | B.1.617.2 | 0.000023 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 6 | 6 | P.1.1 | 0.001906 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 6 | 6 | P.2 | 0.00112 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 5 | 5 | A.2.5 | 0.002495 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.103 | 0.000031 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 5 | 5 | AY.103 | 0.000031 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 5 | 5 | AY.20 | 0.000194 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.22 | 0.01046 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 5 | 5 | AY.25 | 0.00003 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 5 | 5 | AY.3 | 0.00005 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 5 | 5 | AY.4 | 0.000008 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 5 | 5 | AY.4 | 0.000008 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.44 | 0.00003 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.5.4 | 0.001384 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.54 | 0.000477 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.73 | 0.003327 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.1.306 | 0.002192 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 5 | 5 | B.1.1.519 | 0.000199 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.126 | 0.006378 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.177.62 | 0.005959 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.596 | 0.000436 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.637 | 0.000365 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 5 | 5 | C.36 | 0.004554 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 5 | 5 | P.1.17 | 0.000809 |
S | 1163 | D1163P | GAt | CCt | 4 | 4 | All | 0.000001 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.102 | 0.000106 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.104 | 0.007937 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.121 | 0.000541 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 4 | 4 | AY.25 | 0.000024 |
S | 1163 | D1163V | gAt | gTt | 4 | 4 | AY.4.2 | 0.000087 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 4 | 4 | AY.4.5 | 0.00043 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 4 | 4 | AY.4.5 | 0.00043 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.41 | 0.001176 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 4 | 4 | AY.43 | 0.000018 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.46.2 | 0.002541 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.46.4 | 0.000658 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.91 | 0.002922 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.94 | 0.001771 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.1.311 | 0.001433 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.258 | 0.000266 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.311 | 0.001098 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 4 | 4 | B.1.617.2 | 0.000015 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 4 | 4 | P.1 | 0.000063 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 4 | 4 | P.2 | 0.000747 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 4 | 4 | Q.8 | 0.00066 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.103 | 0.000019 |
S | 1163 | D1163P | GAt | CCt | 3 | 3 | AY.115 | 0.015625 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.25 | 0.000018 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 3 | 3 | AY.29 | 0.000047 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.3.1 | 0.000256 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.4.5 | 0.000322 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.4.5 | 0.000322 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.67 | 0.001393 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.84 | 0.001312 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.9.2 | 0.00011 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1 | 0.000027 |
S | 1163 | D1163V | gAt | gTt | 3 | 3 | B.1 | 0.000027 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.1 | 0.00098 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.28 | 0.000934 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.284 | 0.000322 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.304 | 0.008427 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.332 | 0.09375 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.177 | 0.00004 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.177.15 | 0.001893 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.177.18 | 0.00348 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.177.21 | 0.000229 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.2 | 0.000026 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.2 | 0.000026 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.332 | 0.01049 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.398 | 0.008929 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.416 | 0.003807 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.525 | 0.000339 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.564 | 0.001278 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.596 | 0.000261 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.617.1 | 0.000387 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.617.1 | 0.000387 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 3 | 3 | B.1.623 | 0.001609 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 3 | 3 | C.16 | 0.003181 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 3 | 3 | P.1 | 0.000047 |
S | 1163 | D1163S | GAT | AGC | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1163 | D1163A | gAT | gCC | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1163 | D1163T | GAt | ACt | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1163 | D1163G | gAT | gGC | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1163 | D1163T | GAT | ACC | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1163 | D1163N | GaT | AaC | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1163 | D1163S | GAt | AGt | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | A | 0.000774 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 2 | 2 | A.2.5 | 0.000998 |
S | 1163 | D1163V | gAt | gTt | 2 | 2 | A.21 | 0.00554 |
S | 1163 | D1163T | GAt | ACt | 1 | 2 | All | 0 |
S | 1163 | D1163del2 | GAt | --t | 1 | 2 | All | 0 |
S | 1163 | D1163S | GAT | AGC | 1 | 2 | All | 0 |
S | 1163 | D1163S | GAt | AGt | 1 | 2 | All | 0 |
S | 1163 | D1163T | GAT | ACC | 1 | 2 | All | 0 |
S | 1163 | D1163del2 | gAT | g-- | 1 | 2 | All | 0 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.111 | 0.000366 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.113 | 0.000285 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.116.1 | 0.000623 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.12 | 0.000632 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.12 | 0.000632 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.120 | 0.000074 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 2 | 2 | AY.120 | 0.000074 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.13 | 0.000322 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.19 | 0.002281 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 2 | 2 | AY.20 | 0.000078 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.28 | 0.003781 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.3 | 0.00002 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 2 | 2 | AY.30 | 0.000791 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.34.1 | 0.00102 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.36 | 0.000296 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.39.1 | 0.000079 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.43 | 0.000009 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.45 | 0.000243 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.46 | 0.000208 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.46 | 0.000208 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.5 | 0.000041 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.5.4 | 0.000553 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.59 | 0.001059 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.75.1 | 0.000361 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.85 | 0.000854 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.98.1 | 0.000097 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AZ.2 | 0.001642 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.1.214 | 0.000111 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.1.306 | 0.000877 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.318 | 0.000604 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.37 | 0.000386 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.406 | 0.012987 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.50 | 0.001358 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.63 | 0.000772 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.140 | 0.037736 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.177 | 0.000026 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.177.75 | 0.002081 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.177.83 | 0.002963 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.177.85 | 0.01087 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.221 | 0.000142 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.223 | 0.005556 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.237 | 0.00995 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.240.2 | 0.060606 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.291 | 0.038462 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.351 | 0.000059 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.36 | 0.000292 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.404 | 0.002604 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.409 | 0.001563 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.427 | 0.000101 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.428 | 0.002041 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.429 | 0.000047 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.429 | 0.000047 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 2 | 2 | B.1.429 | 0.000047 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.466.2 | 0.000782 |
S | 1163 | D1163V | gAt | gTt | 2 | 2 | B.1.526 | 0.000047 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.561 | 0.000794 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.596 | 0.000174 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.597 | 0.009259 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
S | 1163 | D1163V | gAt | gTt | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
S | 1163 | D1163del1 | gaT | ga- | 2 | 2 | B.1.627 | 0.00404 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.627 | 0.00404 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.637 | 0.000146 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | C.35 | 0.001548 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | C.37 | 0.000232 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | D.2 | 0.00015 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | P.1.12 | 0.000968 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 2 | 2 | P.1.14 | 0.000096 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | P.1.2 | 0.002312 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 2 | 2 | Q.1 | 0.000253 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | 0.055556 | |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | A.1 | 0.000282 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.10 | 0.00053 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
S | 1163 | D1163V | gAt | gTt | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.105 | 0.000643 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.106 | 0.000335 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.108 | 0.001103 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.110 | 0.000113 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.115 | 0.005208 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.120.1 | 0.000321 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.18 | 0.010101 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
S | 1163 | D1163del1 | gaT | ga- | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.29.1 | 0.000221 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.37 | 0.000316 |
S | 1163 | D1163E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
S | 1163 | D1163E | gaT | gaA | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
S | 1163 | D1163E | gaT | gaA | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.4.2.1 | 0.000149 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.4.2.1 | 0.000149 |
S | 1163 | D1163del1 | Gat | -at | 1 | 1 | AY.4.2.1 | 0.000149 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.46.1 | 0.001027 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.46.4 | 0.000165 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.46.5 | 0.000198 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.51 | 0.000909 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.53 | 0.000288 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.56 | 0.001605 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.60 | 0.000938 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.64 | 0.000595 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.7 | 0.000196 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.7.2 | 0.000559 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.70 | 0.000209 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.75.1 | 0.00018 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.81 | 0.001992 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.85 | 0.000427 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.9.1 | 0.000084 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.92 | 0.000287 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 1163 | D1163E | gaT | gaG | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 1163 | D1163A | gAT | gCC | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
S | 1163 | D1163E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 1163 | D1163E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.157 | 0.000913 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.1.159 | 0.004673 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.174 | 0.003378 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.192 | 0.002309 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.1.201 | 0.02439 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.207 | 0.001182 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.1.220 | 0.001859 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.1.236 | 0.006897 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.1.25 | 0.000569 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.258 | 0.003257 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.277 | 0.000759 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.317 | 0.000412 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.1.329 | 0.003846 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.348 | 0.000796 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.396 | 0.045455 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.4 | 0.002976 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.413 | 0.006897 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.420 | 0.001006 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.432 | 0.001266 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.464 | 0.001473 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.486 | 0.001577 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.523 | 0.001563 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.54 | 0.003021 |
S | 1163 | D1163del2 | GAt | --t | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 1163 | D1163E | gaT | gaA | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.111 | 0.001175 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.160.23 | 0.004831 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.169 | 0.014925 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.10 | 0.000878 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.177.12 | 0.000152 |
S | 1163 | D1163E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.177.16 | 0.000664 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.17 | 0.000821 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.23 | 0.003236 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.31 | 0.011494 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.35 | 0.000691 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
S | 1163 | D1163V | gAt | gTt | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.43 | 0.001477 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.48 | 0.003125 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.54 | 0.000606 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.56 | 0.000668 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.60 | 0.000218 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.69 | 0.001484 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.70 | 0.005917 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.87 | 0.000728 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.9 | 0.001332 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.182 | 0.007246 |
S | 1163 | D1163del1 | Gat | -at | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.218 | 0.005155 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.22 | 0.001318 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.221.1 | 0.002907 |
S | 1163 | D1163E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.222 | 0.001692 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.240 | 0.000216 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.240 | 0.000216 |
S | 1163 | D1163del1 | Gat | -at | 1 | 1 | B.1.247 | 0.014925 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.258.11 | 0.000396 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.260 | 0.003344 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.280 | 0.007143 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.284 | 0.013158 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.298 | 0.002114 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.336 | 0.002439 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.340 | 0.004292 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.349 | 0.000715 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.351.3 | 0.000876 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.351.3 | 0.000876 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.351.3 | 0.000876 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.2 | 0.010753 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.23 | 0.016393 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.7 | 0.004 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.8 | 0.001 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.381 | 0.007812 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.389 | 0.001002 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.397 | 0.004854 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.400 | 0.000429 |
S | 1163 | D1163del2 | gAT | g-- | 1 | 1 | B.1.416 | 0.001269 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.423 | 0.010204 |
S | 1163 | D1163V | gAt | gTt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.453 | 0.003236 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.470 | 0.001404 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.499 | 0.00105 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.501 | 0.007353 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.521 | 0.004975 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 1163 | D1163P | GAt | CCt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.628 | 0.000352 |
S | 1163 | D1163V | gAt | gTt | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.88.1 | 0.004808 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.93 | 0.000934 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.28 | 0.003279 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.4 | 0.002208 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.40 | 0.000364 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.40 | 0.000364 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.52 | 0.010101 |
S | 1163 | D1163N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.6 | 0.00091 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.6 | 0.00091 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.6.3 | 0.026316 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.60 | 0.015873 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | C.17 | 0.055556 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | C.36.3 | 0.000567 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
S | 1163 | D1163V | gAt | gTt | 1 | 1 | C.4 | 0.01 |
S | 1163 | D1163H | Gat | Cat | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
S | 1163 | D1163D | gaT | gaC | 1 | 1 | P.1.10 | 0.000269 |
S | 1163 | D1163A | gAt | gCt | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
S | 1163 | D1163G | gAt | gGt | 1 | 1 | P.1.16 | 0.000374 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | P.1.17 | 0.000162 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | P.6 | 0.003145 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | P.7 | 0.004367 |
S | 1163 | D1163Y | Gat | Tat | 1 | 1 | Q.4 | 0.000455 |
S | 1163 | D1163del | GAT | --- | 1 | 1 | U.3 | 0.003861 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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