CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 1146

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	1146	D1146D		syn	gaC	gaT	7754	7754	1	24998-25000
S	1146	D1146H		nonsyn	Gac	Cac	736	733	0.995924	24998-25000
S	1146	D1146H		nonsyn	GaC	CaT	736	3	0.00407609	24998-25000
S	1146	D1146Y		nonsyn	Gac	Tac	723	722	0.998617	24998-25000
S	1146	D1146Y		nonsyn	GaC	TaT	723	1	0.00138313	24998-25000
S	1146	D1146E		nonsyn	gaC	gaA	220	202	0.918182	24998-25000
S	1146	D1146E		nonsyn	gaC	gaG	220	18	0.0818182	24998-25000
S	1146	D1146N		nonsyn	Gac	Aac	138	137	0.992754	24998-25000
S	1146	D1146N		nonsyn	GaC	AaT	138	1	0.00724638	24998-25000
S	1146	D1146G		nonsyn	gAc	gGc	44	41	0.931818	24998-25000
S	1146	D1146G		nonsyn	gAC	gGA	44	2	0.0454545	24998-25000
S	1146	D1146G		nonsyn	gAC	gGT	44	1	0.0227273	24998-25000
S	1146	D1146A		nonsyn	gAc	gCc	32	29	0.90625	24998-25000
S	1146	D1146A		nonsyn	gAC	gCA	32	3	0.09375	24998-25000
S	1146	D1146del		del	GAC	---	27	27	1	24998-25000
S	1146	D1146V		nonsyn	gAc	gTc	9	8	0.888889	24998-25000
S	1146	D1146V		nonsyn	gAC	gTT	9	1	0.111111	24998-25000
S	1146	D1146T		nonsyn	GAC	ACA	6	3	0.5	24998-25000
S	1146	D1146T		nonsyn	GAc	ACc	6	3	0.5	24998-25000
S	1146	D1146K		nonsyn	GaC	AaA	4	4	1	24998-25000
S	1146	D1146S		nonsyn	GAc	AGc	4	2	0.5	24998-25000
S	1146	D1146R		nonsyn	GAC	AGA	4	2	0.5	24998-25000
S	1146	D1146R		nonsyn	GAc	CGc	4	1	0.25	24998-25000
S	1146	D1146S		nonsyn	GAc	TCc	4	1	0.25	24998-25000
S	1146	D1146S		nonsyn	GAC	TCA	4	1	0.25	24998-25000
S	1146	D1146R		nonsyn	GAC	CGT	4	1	0.25	24998-25000
S	1146	D1146X		nonsyn	GaC	TaA	3	2	0.666667	24998-25000
S	1146	D1146X		nonsyn	GAC	TGA	3	1	0.333333	24998-25000
S	1146	D1146del1		del	gaC	ga-	2	2	1	24998-25000
S	1146	D1146C		nonsyn	GAc	TGc	1	1	1	24998-25000

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	1146	D1146D	gaC	gaT	7754	7754	All	0.001483
S	1146	D1146D	gaC	gaT	1929	1929	B.1.177	0.0254
S	1146	D1146D	gaC	gaT	1184	1184	B.1.1.7	0.00106
S	1146	D1146D	gaC	gaT	1003	1003	AY.4	0.001561
S	1146	D1146H	Gac	Cac	733	736	All	0.00014
S	1146	D1146H	GaC	CaT	3	736	All	0.000001
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	722	723	All	0.000138
S	1146	D1146Y	GaC	TaT	1	723	All	0
S	1146	D1146D	gaC	gaT	350	350	B.1.36.26	1
S	1146	D1146D	gaC	gaT	277	277	AY.39	0.006845
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	232	232	B.1.1.7	0.000208
S	1146	D1146E	gaC	gaA	202	220	All	0.000039
S	1146	D1146E	gaC	gaG	18	220	All	0.000003
S	1146	D1146D	gaC	gaT	197	197	B.1.2	0.001735
S	1146	D1146D	gaC	gaT	192	192	B.1.617.2	0.000723
S	1146	D1146D	gaC	gaT	166	166	B.1.526	0.003902
S	1146	D1146D	gaC	gaT	152	152	AT.1	0.779487
S	1146	D1146D	gaC	gaT	147	147	B.1.429	0.003459
S	1146	D1146N	Gac	Aac	137	138	All	0.000026
S	1146	D1146N	GaC	AaT	1	138	All	0
S	1146	D1146D	gaC	gaT	133	133	AY.43	0.000589
S	1146	D1146H	Gac	Cac	132	132	B.1.1.7	0.000118
S	1146	D1146D	gaC	gaT	98	98	B.1.1.1	0.032016
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	93	93	AY.43	0.000412
S	1146	D1146D	gaC	gaT	81	81	B.1	0.000742
S	1146	D1146D	gaC	gaT	81	81	B.1.311	0.022241
S	1146	D1146D	gaC	gaT	80	80	B.1.177.88	0.987654
S	1146	D1146D	gaC	gaT	76	76	P.1	0.001197
S	1146	D1146H	Gac	Cac	72	72	B.1.36.21	0.155508
S	1146	D1146E	gaC	gaA	71	71	B.1.36	0.010359
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	66	66	AY.4	0.000103
S	1146	D1146D	gaC	gaT	66	66	AY.99.2	0.006082
S	1146	D1146D	gaC	gaT	65	65	B.1.1	0.001179
S	1146	D1146D	gaC	gaT	64	64	AY.103	0.000397
S	1146	D1146D	gaC	gaT	60	60	B.1.160.14	0.127119
S	1146	D1146H	Gac	Cac	58	58	B.1.617.2	0.000218
S	1146	D1146D	gaC	gaT	53	53	AY.44	0.000323
S	1146	D1146D	gaC	gaT	52	52	AY.29	0.00082
S	1146	D1146D	gaC	gaT	51	51	B.1.1.214	0.002828
S	1146	D1146D	gaC	gaT	49	49	B.1.1.369	0.021865
S	1146	D1146D	gaC	gaT	48	48	P.1.14	0.002294
S	1146	D1146H	Gac	Cac	46	46	AY.4	0.000072
S	1146	D1146G	gAc	gGc	41	44	All	0.000008
S	1146	D1146G	gAC	gGA	2	44	All	0
S	1146	D1146G	gAC	gGT	1	44	All	0
S	1146	D1146H	Gac	Cac	43	43	B.1.93	0.040149
S	1146	D1146D	gaC	gaT	42	42	B.1.1.519	0.001668
S	1146	D1146N	Gac	Aac	42	42	B.1.1.7	0.000038
S	1146	D1146H	Gac	Cac	41	41	AY.74	0.004742
S	1146	D1146D	gaC	gaT	41	41	B.1.177.89	1
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	37	37	B.1.1	0.000671
S	1146	D1146D	gaC	gaT	35	35	AY.33	0.002337
S	1146	D1146E	gaC	gaA	33	35	B.1.1.7	0.00003
S	1146	D1146E	gaC	gaG	2	35	B.1.1.7	0.000002
S	1146	D1146D	gaC	gaT	34	34	AY.3	0.000338
S	1146	D1146D	gaC	gaT	33	33	B.1.177.10	0.028973
S	1146	D1146A	gAc	gCc	29	32	All	0.000006
S	1146	D1146A	gAC	gCA	3	32	All	0.000001
S	1146	D1146D	gaC	gaT	31	31	B.1.525	0.003508
S	1146	D1146D	gaC	gaT	30	30	C.16	0.031813
S	1146	D1146D	gaC	gaT	29	29	AY.13	0.004668
S	1146	D1146del	GAC	---	27	27	All	0.000005
S	1146	D1146D	gaC	gaT	25	25	B.1.1.523	0.039062
S	1146	D1146D	gaC	gaT	25	25	B.1.177.4	0.005276
S	1146	D1146D	gaC	gaT	23	23	A.2.5	0.011477
S	1146	D1146H	Gac	Cac	23	23	AY.103	0.000143
S	1146	D1146D	gaC	gaT	23	23	B.1.177.19	0.032904
S	1146	D1146H	Gac	Cac	22	22	B.1.194	0.88
S	1146	D1146D	gaC	gaT	21	21	B.1.160	0.000655
S	1146	D1146N	Gac	Aac	21	21	B.1.617.2	0.000079
S	1146	D1146D	gaC	gaT	20	20	AY.92	0.005745
S	1146	D1146D	gaC	gaT	20	20	B.1.466.2	0.007825
S	1146	D1146D	gaC	gaT	19	19	AY.25	0.000114
S	1146	D1146H	Gac	Cac	19	19	AY.42	0.000764
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	18	18	AY.26	0.00051
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	18	18	B.1	0.000165
S	1146	D1146D	gaC	gaT	18	18	B.1.243	0.001253
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	18	18	B.1.617.2	0.000068
S	1146	D1146H	Gac	Cac	17	17	AY.29	0.000268
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	16	16	AY.14	0.001408
S	1146	D1146E	gaC	gaA	14	15	AY.4	0.000022
S	1146	D1146E	gaC	gaG	1	15	AY.4	0.000002
S	1146	D1146E	gaC	gaA	15	15	B.1	0.000137
S	1146	D1146D	gaC	gaT	15	15	B.1.221	0.001065
S	1146	D1146H	Gac	Cac	14	14	AY.43	0.000062
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	14	14	AY.44	0.000085
S	1146	D1146G	gAc	gGc	14	14	B.1.177	0.000184
S	1146	D1146D	gaC	gaT	14	14	B.1.36	0.002043
S	1146	D1146N	Gac	Aac	13	14	C.36.3	0.007374
S	1146	D1146N	GaC	AaT	1	14	C.36.3	0.000567
S	1146	D1146H	Gac	Cac	13	13	AY.44	0.000079
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	13	13	B.1.258	0.000865
S	1146	D1146D	gaC	gaT	13	13	B.1.351	0.000386
S	1146	D1146A	gAc	gCc	13	13	B.1.526	0.000306
S	1146	D1146D	gaC	gaT	12	12	AY.23	0.000837
S	1146	D1146H	Gac	Cac	12	12	B.1.221	0.000852
S	1146	D1146D	gaC	gaT	12	12	B.1.258	0.000799
S	1146	D1146D	gaC	gaT	12	12	P.1.7	0.003831
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	11	11	AY.103	0.000068
S	1146	D1146H	Gac	Cac	11	11	AY.25	0.000066
S	1146	D1146D	gaC	gaT	11	11	B.1.400	0.004719
S	1146	D1146D	gaC	gaT	10	10	AY.118	0.000626
S	1146	D1146E	gaC	gaA	10	10	AY.20	0.000389
S	1146	D1146D	gaC	gaT	10	10	AY.59	0.005297
S	1146	D1146D	gaC	gaT	10	10	B.1.1.222	0.00204
S	1146	D1146D	gaC	gaT	10	10	B.1.1.50	0.006789
S	1146	D1146N	Gac	Aac	10	10	B.1.160	0.000312
S	1146	D1146D	gaC	gaT	10	10	B.1.177.86	0.001835
S	1146	D1146D	gaC	gaT	10	10	B.1.234	0.001319
S	1146	D1146D	gaC	gaT	10	10	B.1.404	0.013021
S	1146	D1146D	gaC	gaT	10	10	B.1.621	0.000885
S	1146	D1146D	gaC	gaT	10	10	C.37	0.001161
S	1146	D1146V	gAc	gTc	8	9	All	0.000002
S	1146	D1146V	gAC	gTT	1	9	All	0
S	1146	D1146D	gaC	gaT	9	9	AY.102	0.000239
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	9	9	AY.25	0.000054
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	9	9	AY.36	0.001334
S	1146	D1146D	gaC	gaT	9	9	AY.75	0.000504
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	9	9	B.1.1.284	0.000967
S	1146	D1146D	gaC	gaT	9	9	B.1.426	0.009082
S	1146	D1146D	gaC	gaT	9	9	Q.8	0.001484
S	1146	D1146D	gaC	gaT	8	8	AY.26	0.000226
S	1146	D1146N	Gac	Aac	8	8	AY.4	0.000012
S	1146	D1146D	gaC	gaT	8	8	B.1.1.318	0.002414
S	1146	D1146D	gaC	gaT	8	8	B.1.1.39	0.004077
S	1146	D1146H	Gac	Cac	8	8	B.1.1.525	0.043716
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	8	8	B.1.2	0.00007
S	1146	D1146D	gaC	gaT	8	8	B.1.427	0.000404
S	1146	D1146H	Gac	Cac	8	8	B.1.427	0.000404
S	1146	D1146D	gaC	gaT	8	8	B.1.603	0.085106
S	1146	D1146H	Gac	Cac	7	7	AY.39	0.000173
S	1146	D1146D	gaC	gaT	7	7	AY.39.1	0.000277
S	1146	D1146H	Gac	Cac	7	7	B.1	0.000064
S	1146	D1146H	Gac	Cac	6	7	B.1.177	0.000079
S	1146	D1146H	GaC	CaT	1	7	B.1.177	0.000013
S	1146	D1146H	Gac	Cac	7	7	B.1.177.17	0.005747
S	1146	D1146H	Gac	Cac	7	7	B.1.526	0.000165
S	1146	D1146A	gAC	gCA	3	6		0.166667
S	1146	D1146T	GAC	ACA	3	6		0.166667
S	1146	D1146A	gAc	gCc	3	6		0.166667
S	1146	D1146T	GAc	ACc	3	6		0.166667
S	1146	D1146T	GAc	ACc	3	6	All	0.000001
S	1146	D1146T	GAC	ACA	3	6	All	0.000001
S	1146	D1146D	gaC	gaT	6	6	AY.20	0.000233
S	1146	D1146D	gaC	gaT	6	6	AY.47	0.000187
S	1146	D1146H	Gac	Cac	6	6	B.1.1	0.000109
S	1146	D1146H	Gac	Cac	6	6	B.1.1.214	0.000333
S	1146	D1146D	gaC	gaT	6	6	B.1.1.284	0.000644
S	1146	D1146del	GAC	---	6	6	B.1.1.7	0.000005
S	1146	D1146G	gAc	gGc	6	6	B.1.1.7	0.000005
S	1146	D1146D	gaC	gaT	6	6	B.1.177.44	0.003114
S	1146	D1146D	gaC	gaT	6	6	B.1.177.48	0.01875
S	1146	D1146D	gaC	gaT	6	6	B.1.177.60	0.001311
S	1146	D1146H	Gac	Cac	6	6	B.1.2	0.000053
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	6	6	B.1.351	0.000178
S	1146	D1146D	gaC	gaT	6	6	B.1.428	0.006122
S	1146	D1146Y	Gac	Tac	6	6	B.1.526	0.000141
S	1146	D1146D	gaC	gaT	6	6	B.1.558	0.027397
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S	1146	D1146N	Gac	Aac	1	1	B.1.349	0.000715
S	1146	D1146D	gaC	gaT	1	1	B.1.351.2	0.000303
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S	1146	D1146D	gaC	gaT	1	1	Q.2	0.000613
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S	1146	D1146H	Gac	Cac	1	1	Q.7	0.001111
S	1146	D1146A	gAc	gCc	1	1	Q.8	0.000165
S	1146	D1146H	Gac	Cac	1	1	Q.8	0.000165
S	1146	D1146H	Gac	Cac	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.