CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 1139 | D1139Y | nonsyn | Gat | Tat | 1387 | 1387 | 1 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139D | syn | gaT | gaC | 1282 | 1282 | 1 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139H | nonsyn | Gat | Cat | 1068 | 1067 | 0.999064 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139H | nonsyn | GaT | CaC | 1068 | 1 | 0.00093633 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139N | nonsyn | Gat | Aat | 379 | 379 | 1 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139G | nonsyn | gAt | gGt | 68 | 67 | 0.985294 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139G | nonsyn | gAT | gGC | 68 | 1 | 0.0147059 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139del | del | GAT | --- | 26 | 26 | 1 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139E | nonsyn | gaT | gaG | 23 | 13 | 0.565217 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139E | nonsyn | gaT | gaA | 23 | 10 | 0.434783 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139V | nonsyn | gAt | gTt | 14 | 11 | 0.785714 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139V | nonsyn | gAT | gTG | 14 | 3 | 0.214286 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139A | nonsyn | gAt | gCt | 13 | 13 | 1 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139del1 | del | GAt | -Tt | 8 | 4 | 0.5 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139del1 | del | gAt | g-t | 8 | 3 | 0.375 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139del1 | del | GaT | -aY | 8 | 1 | 0.125 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139del2 | del | GAt | --t | 4 | 2 | 0.5 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139del2 | del | gAT | g-- | 4 | 1 | 0.25 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139del2 | del | GAT | A-- | 4 | 1 | 0.25 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139L | nonsyn | GAt | CTt | 3 | 3 | 1 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139Q | nonsyn | GaT | CaA | 3 | 3 | 1 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139R | nonsyn | GAt | CGt | 2 | 1 | 0.5 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139R | nonsyn | GAT | CGC | 2 | 1 | 0.5 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139I | nonsyn | GAt | ATt | 1 | 1 | 1 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139M | nonsyn | GAT | ATG | 1 | 1 | 1 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139X | nonsyn | GAT | TGA | 1 | 1 | 1 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139K | nonsyn | GaT | AaG | 1 | 1 | 1 | 24977-24979 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1387 | 1387 | All | 0.000265 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1282 | 1282 | All | 0.000245 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1067 | 1068 | All | 0.000204 |
S | 1139 | D1139H | GaT | CaC | 1 | 1068 | All | 0 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 616 | 616 | AY.43 | 0.002729 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 379 | 379 | All | 0.000072 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 276 | 276 | AY.4 | 0.00043 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 275 | 275 | AY.118 | 0.017228 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 190 | 190 | AV.1 | 0.959596 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 139 | 139 | B.1.526 | 0.003267 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 98 | 98 | B.1.234 | 0.01293 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 90 | 90 | B.1.2 | 0.000792 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 85 | 85 | B.1.617.2 | 0.00032 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 74 | 74 | AY.4 | 0.000115 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 70 | 70 | AY.46.4 | 0.011515 |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 67 | 68 | All | 0.000013 |
S | 1139 | D1139G | gAT | gGC | 1 | 68 | All | 0 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 67 | 67 | AY.102 | 0.001776 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 66 | 66 | AY.25 | 0.000397 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 66 | 66 | AY.43 | 0.000292 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 64 | 64 | B.1.1.7 | 0.000057 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 61 | 61 | B.1.596 | 0.005315 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 58 | 58 | B.1.1.7 | 0.000052 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 51 | 51 | AY.4 | 0.000079 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 51 | 51 | B.1.429 | 0.0012 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 43 | 43 | B.1.2 | 0.000379 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 42 | 42 | AY.29 | 0.000662 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 42 | 42 | B.1.1.7 | 0.000038 |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 41 | 41 | AY.25 | 0.000247 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 38 | 38 | AY.26 | 0.001076 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 38 | 38 | B.1.1.214 | 0.002107 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 37 | 37 | B.1.1.7 | 0.000033 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 35 | 35 | AY.39 | 0.000865 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 32 | 32 | B.1 | 0.000293 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 31 | 31 | B.1.617.2 | 0.000117 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 29 | 29 | AY.74 | 0.003354 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 29 | 29 | B.1 | 0.000266 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 29 | 29 | B.1.1.420 | 0.029175 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 29 | 29 | B.1.177 | 0.000382 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 28 | 28 | AY.25 | 0.000168 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 27 | 27 | B.1.617.2 | 0.000102 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 26 | 26 | All | 0.000005 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 24 | 24 | AY.3 | 0.000239 |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaG | 13 | 23 | All | 0.000002 |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaA | 10 | 23 | All | 0.000002 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 22 | 22 | AY.103 | 0.000137 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 22 | 22 | AY.44 | 0.000134 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 22 | 22 | B.1.1 | 0.000399 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 21 | 21 | AY.25 | 0.000126 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 21 | 21 | AY.46.3 | 0.019608 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 19 | 19 | AY.103 | 0.000118 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 19 | 19 | AY.3 | 0.000189 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 19 | 19 | B.1.177 | 0.00025 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 18 | 18 | B.1.177.57 | 0.005058 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 18 | 18 | B.1.2 | 0.000158 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 17 | 17 | AY.120.1 | 0.005457 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 17 | 17 | AY.74 | 0.001966 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 17 | 17 | B.1.1 | 0.000308 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 16 | 16 | B.1.160 | 0.000499 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 15 | 15 | AY.43 | 0.000066 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 15 | 15 | B.1.617.2 | 0.000056 |
S | 1139 | D1139V | gAt | gTt | 11 | 14 | All | 0.000002 |
S | 1139 | D1139V | gAT | gTG | 3 | 14 | All | 0.000001 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 14 | 14 | AY.100 | 0.000644 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 14 | 14 | AY.44 | 0.000085 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 14 | 14 | B.1.243 | 0.000974 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 14 | 14 | P.1 | 0.000221 |
S | 1139 | D1139A | gAt | gCt | 13 | 13 | All | 0.000002 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 13 | 13 | AY.5.3 | 0.004386 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 13 | 13 | B.1.1.284 | 0.001396 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 13 | 13 | P.1 | 0.000205 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 12 | 12 | AY.102 | 0.000318 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 11 | 11 | AY.44 | 0.000067 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 11 | 11 | B.1 | 0.000101 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 11 | 11 | B.1.177 | 0.000145 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 11 | 11 | B.1.177 | 0.000145 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 11 | 11 | B.1.258 | 0.000732 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 10 | 10 | AY.103 | 0.000062 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 10 | 10 | AY.27 | 0.000647 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 10 | 10 | AY.5 | 0.000206 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 10 | 10 | AY.69 | 0.001867 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 10 | 10 | AY.75 | 0.00056 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 9 | 9 | AY.103 | 0.000056 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 9 | 9 | AY.44 | 0.000055 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 9 | 9 | AY.5 | 0.000186 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 9 | 9 | AY.6 | 0.00037 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 9 | 9 | B.1 | 0.000082 |
S | 1139 | D1139del1 | GAt | -Tt | 4 | 8 | All | 0.000001 |
S | 1139 | D1139del1 | gAt | g-t | 3 | 8 | All | 0.000001 |
S | 1139 | D1139del1 | GaT | -aY | 1 | 8 | All | 0 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 8 | 8 | AY.25 | 0.000048 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 8 | 8 | AY.39 | 0.000198 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 8 | 8 | AY.42 | 0.000322 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 8 | 8 | AY.46.5 | 0.001587 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 8 | 8 | AY.5 | 0.000165 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 8 | 8 | B.1.1 | 0.000145 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 8 | 8 | B.1.551 | 0.010323 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 8 | 8 | B.1.561 | 0.003176 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 7 | 7 | AV.1 | 0.035354 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 7 | 7 | AY.119 | 0.000247 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 7 | 7 | AY.27 | 0.000453 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 7 | 7 | AY.33 | 0.000467 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 7 | 7 | AY.33 | 0.000467 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 7 | 7 | AY.39 | 0.000173 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 7 | 7 | AY.4.2 | 0.000152 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 7 | 7 | B.1.1.265 | 0.022082 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 7 | 7 | B.1.177.12 | 0.001062 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 7 | 7 | B.1.351 | 0.000208 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 7 | 7 | B.1.438.1 | 0.000751 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 6 | 6 | AY.120 | 0.000223 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 6 | 6 | AY.4 | 0.000009 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 6 | 6 | AY.45 | 0.00073 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 6 | 6 | AY.47 | 0.000187 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 6 | 6 | B.1.1.7 | 0.000005 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 6 | 6 | B.1.351 | 0.000178 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.429 | 0.000141 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 5 | 5 | AY.100 | 0.00023 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 5 | 5 | AY.121 | 0.000677 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 5 | 5 | AY.20 | 0.000194 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 5 | 5 | AY.46.6 | 0.000361 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 5 | 5 | AY.47 | 0.000156 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 5 | 5 | B.1.621 | 0.000443 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 5 | 5 | P.1 | 0.000079 |
S | 1139 | D1139del1 | GAt | -Tt | 4 | 4 | 0.222222 | |
S | 1139 | D1139del2 | GAt | --t | 2 | 4 | All | 0 |
S | 1139 | D1139del2 | GAT | A-- | 1 | 4 | All | 0 |
S | 1139 | D1139del2 | gAT | g-- | 1 | 4 | All | 0 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.119 | 0.000141 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 4 | 4 | AY.33 | 0.000267 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.34 | 0.000388 |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.4 | 0.000006 |
S | 1139 | D1139V | gAT | gTG | 2 | 4 | AY.4 | 0.000003 |
S | 1139 | D1139V | gAt | gTt | 2 | 4 | AY.4 | 0.000003 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.4.2 | 0.000087 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.69 | 0.000747 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.78 | 0.006163 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 4 | 4 | AY.94 | 0.001771 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.98 | 0.000316 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 4 | 4 | AY.99.2 | 0.000369 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 4 | 4 | B.1.1.519 | 0.000159 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 4 | 4 | B.1.160 | 0.000125 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 4 | 4 | B.1.177.15 | 0.002524 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 4 | 4 | B.1.621.1 | 0.002023 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 4 | 4 | P.1 | 0.000063 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 4 | 4 | R.1 | 0.00036 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 3 | 3 | A.1 | 0.000846 |
S | 1139 | D1139Q | GaT | CaA | 3 | 3 | All | 0.000001 |
S | 1139 | D1139L | GAt | CTt | 3 | 3 | All | 0.000001 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.101 | 0.001471 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.23 | 0.000209 |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.29 | 0.000047 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.36 | 0.000445 |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.39.1 | 0.000119 |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaG | 3 | 3 | AY.4 | 0.000005 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.4.3 | 0.002525 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.4.5 | 0.000322 |
S | 1139 | D1139V | gAt | gTt | 3 | 3 | AY.43 | 0.000013 |
S | 1139 | D1139Q | GaT | CaA | 3 | 3 | AY.44 | 0.000018 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.54 | 0.000286 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.7.1 | 0.000338 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.85 | 0.001282 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.9.1 | 0.000251 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.99.2 | 0.000276 |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaA | 2 | 3 | B.1.1 | 0.000036 |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaG | 1 | 3 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.1.28 | 0.000934 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.1.37 | 0.000579 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.519 | 0.000119 |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaA | 3 | 3 | B.1.1.7 | 0.000003 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.160 | 0.000094 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.160.8 | 0.003866 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.240 | 0.000647 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.243 | 0.000209 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 3 | 3 | B.1.258 | 0.0002 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.351 | 0.000089 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.429 | 0.000071 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.526 | 0.000071 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.596 | 0.000261 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.76 | 0.034091 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 3 | 3 | C.37 | 0.000348 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 3 | 3 | P.1.15 | 0.000697 |
S | 1139 | D1139del2 | GAt | --t | 2 | 2 | 0.111111 | |
S | 1139 | D1139L | GAt | CTt | 2 | 2 | 0.111111 | |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1139 | D1139G | gAT | gGC | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1139 | D1139R | GAt | CGt | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1139 | D1139H | GaT | CaC | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1139 | D1139R | GAT | CGC | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | A.23.1 | 0.001408 |
S | 1139 | D1139R | GAt | CGt | 1 | 2 | All | 0 |
S | 1139 | D1139R | GAT | CGC | 1 | 2 | All | 0 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.102 | 0.000053 |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
S | 1139 | D1139A | gAt | gCt | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.106 | 0.00067 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.110 | 0.000225 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.113 | 0.000285 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.114 | 0.000462 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.116 | 0.000574 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.117 | 0.000169 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.12 | 0.000632 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.120 | 0.000074 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.14 | 0.000176 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 2 | 2 | AY.19 | 0.002281 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.20 | 0.000078 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.20 | 0.000078 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.23 | 0.000139 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.3 | 0.00002 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.3.1 | 0.000171 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.34 | 0.000194 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.36 | 0.000296 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.4 | 0.000003 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.4.5 | 0.000215 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.40 | 0.001929 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.42 | 0.00008 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.43 | 0.000009 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.46.4 | 0.000329 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.59 | 0.001059 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.6 | 0.000082 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.67 | 0.000929 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.7.1 | 0.000225 |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaG | 2 | 2 | AY.75 | 0.000112 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.98.1 | 0.000097 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 2 | 2 | AY.99 | 0.002099 |
S | 1139 | D1139V | gAt | gTt | 1 | 2 | AY.99 | 0.001049 |
S | 1139 | D1139V | gAT | gTG | 1 | 2 | AY.99 | 0.001049 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.25 | 0.001137 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.1.416 | 0.00181 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.1.434 | 0.000697 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.1.448 | 0.004065 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.1.519 | 0.000079 |
S | 1139 | D1139A | gAt | gCt | 2 | 2 | B.1.1.7 | 0.000002 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.1.83 | 0.00542 |
S | 1139 | D1139A | gAt | gCt | 2 | 2 | B.1.177.60 | 0.000437 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.177.87 | 0.001456 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.221 | 0.000142 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.243 | 0.000139 |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaG | 2 | 2 | B.1.258.17 | 0.000208 |
S | 1139 | D1139A | gAt | gCt | 2 | 2 | B.1.36.18 | 0.00084 |
S | 1139 | D1139A | gAt | gCt | 2 | 2 | B.1.361 | 0.002577 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.427 | 0.000101 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.535 | 0.057143 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.555 | 0.044444 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.565 | 0.001621 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.576 | 0.001813 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.609 | 0.000959 |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.609 | 0.000959 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.617.1 | 0.000258 |
S | 1139 | D1139V | gAt | gTt | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.637 | 0.000146 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 2 | 2 | C.36.3 | 0.001134 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 2 | 2 | C.36.3 | 0.001134 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 2 | 2 | P.1.1 | 0.000635 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 2 | 2 | P.1.14 | 0.000096 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | P.1.2 | 0.002312 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | P.2 | 0.000373 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 2 | 2 | Z.1 | 0.00578 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | 0.055556 | |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaA | 1 | 1 | 0.055556 | |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | 0.055556 | |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | A.2 | 0.000662 |
S | 1139 | D1139I | GAt | ATt | 1 | 1 | All | 0 |
S | 1139 | D1139M | GAT | ATG | 1 | 1 | All | 0 |
S | 1139 | D1139K | GaT | AaG | 1 | 1 | All | 0 |
S | 1139 | D1139X | GAT | TGA | 1 | 1 | All | 0 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.105 | 0.000643 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.109 | 0.00074 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
S | 1139 | D1139V | gAt | gTt | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.120.1 | 0.000321 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.120.2.1 | 0.000498 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.14 | 0.000088 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.16.1 | 0.00047 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.16.1 | 0.00047 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.21 | 0.001898 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.21 | 0.001898 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.27 | 0.000065 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.32 | 0.000532 |
S | 1139 | D1139del1 | GaT | -aY | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.35 | 0.000233 |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
S | 1139 | D1139A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
S | 1139 | D1139del1 | gAt | g-t | 1 | 1 | AY.4.2.1 | 0.000149 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.4.2.1 | 0.000149 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.4.4 | 0.000409 |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
S | 1139 | D1139del2 | gAT | g-- | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaA | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
S | 1139 | D1139del2 | GAT | A-- | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.46.5 | 0.000198 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.48 | 0.000465 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.5.4 | 0.000277 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.5.4 | 0.000277 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.56 | 0.001605 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.57 | 0.000656 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.62 | 0.000436 |
S | 1139 | D1139A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.64 | 0.000595 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.65 | 0.000533 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.66 | 0.00107 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
S | 1139 | D1139V | gAt | gTt | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.70 | 0.000209 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.70 | 0.000209 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.71 | 0.000475 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.75.1 | 0.00018 |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.84 | 0.000437 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.85 | 0.000427 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.88 | 0.000884 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.88 | 0.000884 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.9.1 | 0.000084 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.92 | 0.000287 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.92 | 0.000287 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.95 | 0.000761 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
S | 1139 | D1139I | GAt | ATt | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
S | 1139 | D1139M | GAT | ATG | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
S | 1139 | D1139K | GaT | AaG | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
S | 1139 | D1139L | GAt | CTt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.158 | 0.012195 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.171 | 0.003676 |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.207 | 0.001182 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.214 | 0.000055 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.216 | 0.00089 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.232 | 0.001815 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.25 | 0.000569 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.284 | 0.000107 |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.284 | 0.000107 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.289 | 0.002083 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.298 | 0.000862 |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaA | 1 | 1 | B.1.1.317 | 0.000412 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.318 | 0.000302 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.33 | 0.000421 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.346 | 0.029412 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.409 | 0.002833 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.464 | 0.001473 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.70 | 0.000341 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.110.3 | 0.000718 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.164 | 0.014925 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.177.15 | 0.000631 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.17 | 0.000821 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.18 | 0.00116 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.52 | 0.001757 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.177.6 | 0.000977 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.7 | 0.000165 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.177.73 | 0.000566 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.177.73 | 0.000566 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.77 | 0.000726 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.177.8 | 0.000752 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.81 | 0.000189 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.177.83 | 0.001481 |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaA | 1 | 1 | B.1.177.83 | 0.001481 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.179 | 0.003759 |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.206 | 0.000816 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
S | 1139 | D1139del1 | gAt | g-t | 1 | 1 | B.1.247 | 0.014925 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.258.11 | 0.000396 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.306 | 0.005714 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.351.2 | 0.000303 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.351.2 | 0.000303 |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaA | 1 | 1 | B.1.351.5 | 0.0006 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.36.17 | 0.000494 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.36.17 | 0.000494 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.36.8 | 0.001 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.367 | 0.000792 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.389 | 0.001002 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.396 | 0.000706 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.396 | 0.000706 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.400.1 | 0.015152 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.406 | 0.006061 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.441 | 0.009615 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.468 | 0.005714 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.499 | 0.00105 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.518 | 0.011765 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
S | 1139 | D1139X | GAT | TGA | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.554 | 0.004405 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
S | 1139 | D1139G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.564 | 0.000426 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.564 | 0.000426 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.568 | 0.001111 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.580 | 0.004065 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.595.2 | 0.04 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.612 | 0.002653 |
S | 1139 | D1139del1 | gAt | g-t | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 1139 | D1139E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 1139 | D1139A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.621.1 | 0.000506 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.91 | 0.002075 |
S | 1139 | D1139V | gAt | gTt | 1 | 1 | B.55 | 0.00295 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | C.1 | 0.002392 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | C.11 | 0.010638 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 1 | 1 | C.17 | 0.055556 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | C.33 | 0.058824 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | C.36 | 0.000911 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | N.5 | 0.001767 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
S | 1139 | D1139N | Gat | Aat | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
S | 1139 | D1139Y | Gat | Tat | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | P.1.17 | 0.000162 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
S | 1139 | D1139D | gaT | gaC | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
S | 1139 | D1139del | GAT | --- | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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