CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 1124

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	1124	G1124V		nonsyn	gGt	gTt	12121	12121	1	24932-24934
S	1124	G1124C		nonsyn	Ggt	Tgt	362	360	0.994475	24932-24934
S	1124	G1124C		nonsyn	GgT	TgC	362	2	0.00552486	24932-24934
S	1124	G1124G		syn	ggT	ggC	260	257	0.988462	24932-24934
S	1124	G1124G		syn	ggT	ggG	260	2	0.00769231	24932-24934
S	1124	G1124G		syn	ggT	ggA	260	1	0.00384615	24932-24934
S	1124	G1124S		nonsyn	Ggt	Agt	210	210	1	24932-24934
S	1124	G1124D		nonsyn	gGt	gAt	96	95	0.989583	24932-24934
S	1124	G1124D		nonsyn	gGT	gAC	96	1	0.0104167	24932-24934
S	1124	G1124A		nonsyn	gGt	gCt	51	51	1	24932-24934
S	1124	G1124del		del	GGT	---	26	26	1	24932-24934
S	1124	G1124R		nonsyn	Ggt	Cgt	9	9	1	24932-24934
S	1124	G1124F		nonsyn	GGt	TTt	8	8	1	24932-24934
S	1124	G1124del2		del	GGt	--t	2	2	1	24932-24934
S	1124	G1124del1		del	Ggt	-gt	2	2	1	24932-24934
S	1124	G1124Y		nonsyn	GGT	TAC	2	1	0.5	24932-24934
S	1124	G1124Y		nonsyn	GGt	TAt	2	1	0.5	24932-24934
S	1124	G1124K		nonsyn	GGT	AAG	1	1	1	24932-24934
S	1124	G1124I		nonsyn	GGt	ATt	1	1	1	24932-24934

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	1124	G1124V	gGt	gTt	12121	12121	All	0.002318
S	1124	G1124V	gGt	gTt	4562	4562	AY.4	0.0071
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1124	1124	AY.9.2	0.041284
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1052	1052	AY.43	0.004661
S	1124	G1124V	gGt	gTt	554	554	B.1.617.2	0.002086
S	1124	G1124V	gGt	gTt	369	369	AY.3	0.00367
S	1124	G1124C	Ggt	Tgt	360	362	All	0.000069
S	1124	G1124C	GgT	TgC	2	362	All	0
S	1124	G1124V	gGt	gTt	336	336	D.2	0.025214
S	1124	G1124G	ggT	ggC	257	260	All	0.000049
S	1124	G1124G	ggT	ggG	2	260	All	0
S	1124	G1124G	ggT	ggA	1	260	All	0
S	1124	G1124V	gGt	gTt	260	260	AY.25	0.001564
S	1124	G1124V	gGt	gTt	260	260	AY.44	0.001583
S	1124	G1124S	Ggt	Agt	210	210	All	0.00004
S	1124	G1124V	gGt	gTt	210	210	B.1	0.001923
S	1124	G1124V	gGt	gTt	189	189	AY.103	0.001174
S	1124	G1124V	gGt	gTt	154	154	AY.20	0.005985
S	1124	G1124V	gGt	gTt	121	121	AY.4.2	0.002624
S	1124	G1124V	gGt	gTt	114	114	AY.42	0.004586
S	1124	G1124V	gGt	gTt	111	111	B.1.177	0.001462
S	1124	G1124V	gGt	gTt	101	101	AY.39	0.002496
S	1124	G1124S	Ggt	Agt	99	99	B.1.1.7	0.000089
S	1124	G1124V	gGt	gTt	98	98	B.1.2	0.000863
S	1124	G1124D	gGt	gAt	95	96	All	0.000018
S	1124	G1124D	gGT	gAC	1	96	All	0
S	1124	G1124V	gGt	gTt	82	82	AY.13	0.0132
S	1124	G1124V	gGt	gTt	76	76	AY.5	0.001569
S	1124	G1124C	Ggt	Tgt	69	69	AY.4	0.000107
S	1124	G1124V	gGt	gTt	66	66	AY.102	0.00175
S	1124	G1124V	gGt	gTt	57	57	B.1.1.7	0.000051
S	1124	G1124V	gGt	gTt	55	55	AY.46.4	0.009048
S	1124	G1124V	gGt	gTt	53	53	B.1.1	0.000961
S	1124	G1124V	gGt	gTt	52	52	AW.1	0.158537
S	1124	G1124V	gGt	gTt	52	52	AY.120	0.001933
S	1124	G1124A	gGt	gCt	51	51	All	0.00001
S	1124	G1124S	Ggt	Agt	50	50	AY.4	0.000078
S	1124	G1124V	gGt	gTt	45	45	B.1.429	0.001059
S	1124	G1124V	gGt	gTt	44	44	P.1	0.000693
S	1124	G1124V	gGt	gTt	43	43	AY.26	0.001217
S	1124	G1124C	Ggt	Tgt	43	43	B.1.1.7	0.000038
S	1124	G1124V	gGt	gTt	42	42	B.1.526	0.000987
S	1124	G1124V	gGt	gTt	38	38	AY.47	0.001182
S	1124	G1124V	gGt	gTt	37	37	B.1.351	0.0011
S	1124	G1124V	gGt	gTt	36	36	AY.29	0.000568
S	1124	G1124V	gGt	gTt	35	35	AY.98	0.002765
S	1124	G1124D	gGt	gAt	35	35	B.1.1.7	0.000031
S	1124	G1124V	gGt	gTt	35	35	B.1.628	0.012333
S	1124	G1124V	gGt	gTt	34	34	AY.100	0.001564
S	1124	G1124V	gGt	gTt	33	33	AY.34	0.0032
S	1124	G1124C	Ggt	Tgt	33	33	AY.43	0.000146
S	1124	G1124C	Ggt	Tgt	32	32	AY.118	0.002005
S	1124	G1124V	gGt	gTt	31	31	AY.119	0.001095
S	1124	G1124V	gGt	gTt	31	31	AY.33	0.00207
S	1124	G1124V	gGt	gTt	31	31	AY.39.1	0.001228
S	1124	G1124V	gGt	gTt	31	31	AY.6	0.001275
S	1124	G1124V	gGt	gTt	29	29	AY.54	0.002765
S	1124	G1124C	Ggt	Tgt	29	29	B.1.351	0.000862
S	1124	G1124V	gGt	gTt	28	28	B.1.525	0.003168
S	1124	G1124V	gGt	gTt	27	27	AY.9	0.001825
S	1124	G1124G	ggT	ggC	27	27	B.1.617.2	0.000102
S	1124	G1124del	GGT	---	26	26	All	0.000005
S	1124	G1124G	ggT	ggC	26	26	AY.39.1	0.00103
S	1124	G1124V	gGt	gTt	26	26	B.1.243	0.001809
S	1124	G1124V	gGt	gTt	25	25	AY.9.1	0.002093
S	1124	G1124V	gGt	gTt	25	25	B.1.596	0.002178
S	1124	G1124V	gGt	gTt	24	24	AY.3.1	0.002046
S	1124	G1124V	gGt	gTt	24	24	AY.98.1	0.001162
S	1124	G1124V	gGt	gTt	23	23	AY.46.6	0.001661
S	1124	G1124V	gGt	gTt	20	20	B.1.177.81	0.003786
S	1124	G1124V	gGt	gTt	19	19	AY.108	0.020948
S	1124	G1124V	gGt	gTt	19	19	AY.117	0.001606
S	1124	G1124V	gGt	gTt	19	19	AY.45	0.002312
S	1124	G1124V	gGt	gTt	19	19	AY.50	0.015188
S	1124	G1124V	gGt	gTt	19	19	B.1.234	0.002507
S	1124	G1124V	gGt	gTt	19	19	B.1.631	0.063973
S	1124	G1124G	ggT	ggC	18	18	AY.39	0.000445
S	1124	G1124V	gGt	gTt	18	18	AY.46	0.001873
S	1124	G1124V	gGt	gTt	17	17	A.2.5.1	0.081731
S	1124	G1124G	ggT	ggC	17	17	AY.103	0.000106
S	1124	G1124V	gGt	gTt	17	17	B.1.221	0.001208
S	1124	G1124S	Ggt	Agt	16	16	AY.42	0.000644
S	1124	G1124V	gGt	gTt	16	16	AY.99.2	0.001475
S	1124	G1124V	gGt	gTt	16	16	B.1.1.311	0.005731
S	1124	G1124C	Ggt	Tgt	16	16	B.1.617.2	0.00006
S	1124	G1124G	ggT	ggC	15	15	AY.61	0.001572
S	1124	G1124V	gGt	gTt	14	14	AY.23	0.000976
S	1124	G1124V	gGt	gTt	14	14	AY.4.2.1	0.002086
S	1124	G1124V	gGt	gTt	14	14	AY.61	0.001467
S	1124	G1124V	gGt	gTt	14	14	AY.90	0.009582
S	1124	G1124V	gGt	gTt	14	14	B.1.160	0.000437
S	1124	G1124V	gGt	gTt	14	14	B.1.177.21	0.001071
S	1124	G1124V	gGt	gTt	14	14	B.1.427	0.000707
S	1124	G1124V	gGt	gTt	14	14	B.1.434	0.736842
S	1124	G1124V	gGt	gTt	14	14	B.1.637	0.001023
S	1124	G1124V	gGt	gTt	13	13	AY.105	0.00836
S	1124	G1124V	gGt	gTt	13	13	AY.121	0.001759
S	1124	G1124V	gGt	gTt	13	13	AY.14	0.001144
S	1124	G1124V	gGt	gTt	13	13	AY.27	0.000841
S	1124	G1124V	gGt	gTt	13	13	B.1.619	0.011324
S	1124	G1124V	gGt	gTt	12	12	AY.118	0.000752
S	1124	G1124S	Ggt	Agt	11	11	AY.43	0.000049
S	1124	G1124V	gGt	gTt	11	11	AY.75	0.000616
S	1124	G1124G	ggT	ggC	11	11	B.1.1	0.0002
S	1124	G1124V	gGt	gTt	11	11	B.1.1.519	0.000437
S	1124	G1124G	ggT	ggC	11	11	B.1.1.7	0.00001
S	1124	G1124V	gGt	gTt	11	11	B.1.258	0.000732
S	1124	G1124V	gGt	gTt	10	10	AY.113	0.001424
S	1124	G1124V	gGt	gTt	10	10	AY.4.1	0.007375
S	1124	G1124V	gGt	gTt	10	10	AY.4.5	0.001075
S	1124	G1124V	gGt	gTt	10	10	B.1.1.279	0.011211
S	1124	G1124V	gGt	gTt	10	10	B.1.177.7	0.001649
S	1124	G1124V	gGt	gTt	10	10	B.1.240	0.002156
S	1124	G1124V	gGt	gTt	10	10	C.36	0.009107
S	1124	G1124V	gGt	gTt	9	9	A.2.5	0.004491
S	1124	G1124R	Ggt	Cgt	9	9	All	0.000002
S	1124	G1124D	gGt	gAt	9	9	AY.103	0.000056
S	1124	G1124V	gGt	gTt	9	9	AY.16.1	0.004229
S	1124	G1124A	gGt	gCt	9	9	AY.20	0.00035
S	1124	G1124C	Ggt	Tgt	9	9	AY.44	0.000055
S	1124	G1124V	gGt	gTt	9	9	AY.7	0.001764
S	1124	G1124C	Ggt	Tgt	9	9	B.1	0.000082
S	1124	G1124V	gGt	gTt	9	9	B.1.351.5	0.005396
S	1124	G1124F	GGt	TTt	8	8	All	0.000002
S	1124	G1124V	gGt	gTt	8	8	AY.29.1	0.001764
S	1124	G1124D	gGt	gAt	8	8	AY.44	0.000049
S	1124	G1124V	gGt	gTt	8	8	AY.62	0.003486
S	1124	G1124C	Ggt	Tgt	8	8	AY.7	0.001568
S	1124	G1124G	ggT	ggC	8	8	AY.95	0.006088
S	1124	G1124V	gGt	gTt	8	8	B.1.177.86	0.001468
S	1124	G1124V	gGt	gTt	8	8	B.1.497	0.002518
S	1124	G1124V	gGt	gTt	8	8	B.4.5	0.095238
S	1124	G1124V	gGt	gTt	7	7	A.1	0.001973
S	1124	G1124V	gGt	gTt	7	7	AY.106	0.002344
S	1124	G1124V	gGt	gTt	7	7	AY.114	0.001618
S	1124	G1124C	Ggt	Tgt	7	7	AY.25	0.000042
S	1124	G1124G	ggT	ggC	7	7	AY.4	0.000011
S	1124	G1124G	ggT	ggC	7	7	AY.43	0.000031
S	1124	G1124G	ggT	ggC	6	7	AY.44	0.000037
S	1124	G1124G	ggT	ggA	1	7	AY.44	0.000006
S	1124	G1124V	gGt	gTt	7	7	AY.68	0.001916
S	1124	G1124V	gGt	gTt	7	7	AY.75.1	0.001262
S	1124	G1124G	ggT	ggC	7	7	AY.75.1	0.001262
S	1124	G1124V	gGt	gTt	7	7	B.1.177.26	0.048951
S	1124	G1124V	gGt	gTt	7	7	B.1.177.4	0.001477
S	1124	G1124V	gGt	gTt	7	7	B.1.36	0.001021
S	1124	G1124V	gGt	gTt	6	6	A.2.5.2	0.009434
S	1124	G1124G	ggT	ggC	6	6	AY.100	0.000276
S	1124	G1124V	gGt	gTt	6	6	AY.111	0.001099
S	1124	G1124G	ggT	ggC	6	6	AY.116.1	0.001869
S	1124	G1124G	ggT	ggC	6	6	AY.3	0.00006
S	1124	G1124V	gGt	gTt	6	6	AY.36	0.000889
S	1124	G1124V	gGt	gTt	6	6	AY.37	0.001896
S	1124	G1124V	gGt	gTt	6	6	AY.38	0.002996
S	1124	G1124F	GGt	TTt	6	6	AY.44	0.000037
S	1124	G1124V	gGt	gTt	6	6	AY.5.3	0.002024
S	1124	G1124V	gGt	gTt	6	6	AY.53	0.001725
S	1124	G1124V	gGt	gTt	6	6	AY.65	0.003198
S	1124	G1124V	gGt	gTt	6	6	AY.7.1	0.000676
S	1124	G1124V	gGt	gTt	6	6	AY.70	0.001251
S	1124	G1124V	gGt	gTt	6	6	AY.74	0.000694
S	1124	G1124V	gGt	gTt	6	6	B.1.258.17	0.000624
S	1124	G1124A	gGt	gCt	6	6	B.1.617.2	0.000023
S	1124	G1124C	Ggt	Tgt	6	6	P.1	0.000095
S	1124	G1124C	Ggt	Tgt	5	5	AY.103	0.000031
S	1124	G1124V	gGt	gTt	5	5	AY.110	0.000563
S	1124	G1124D	gGt	gAt	5	5	AY.23	0.000349
S	1124	G1124V	gGt	gTt	5	5	AY.30	0.001979
S	1124	G1124G	ggT	ggC	5	5	AY.32	0.002662
S	1124	G1124V	gGt	gTt	5	5	AY.35	0.001165
S	1124	G1124S	Ggt	Agt	5	5	AY.39	0.000124
S	1124	G1124A	gGt	gCt	5	5	AY.4	0.000008
S	1124	G1124V	gGt	gTt	5	5	AY.4.3	0.004209
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S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	B.1.416	0.001269
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	B.1.422	0.000812
S	1124	G1124S	Ggt	Agt	1	1	B.1.429	0.000024
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	B.1.451	0.008197
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	B.1.466.2	0.000391
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	B.1.470	0.001404
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	B.1.471	0.002732
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	B.1.492	0.007042
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	B.1.499	0.00105
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	B.1.524	0.001406
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S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	B.1.564	0.000426
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	B.1.564.1	0.001577
S	1124	G1124C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.564.1	0.001577
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S	1124	G1124del2	GGt	--t	1	1	B.1.596	0.000087
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S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	B.6.6	0.000889
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S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	C.35	0.000774
S	1124	G1124C	Ggt	Tgt	1	1	C.36.3	0.000567
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S	1124	G1124A	gGt	gCt	1	1	D.2	0.000075
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	D.3	0.005917
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	L.1	0.001905
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	N.5	0.001767
S	1124	G1124S	Ggt	Agt	1	1	P.1	0.000016
S	1124	G1124F	GGt	TTt	1	1	P.1	0.000016
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	P.1.1	0.000318
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	P.1.13	0.000898
S	1124	G1124del	GGT	---	1	1	P.1.15	0.000232
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	P.1.4	0.000977
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	P.1.6	0.001946
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	P.1.9	0.004808
S	1124	G1124C	Ggt	Tgt	1	1	Q.2	0.000613
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	Q.2	0.000613
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	Q.3	0.000145
S	1124	G1124del	GGT	---	1	1	Q.8	0.000165
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	Q.8	0.000165
S	1124	G1124V	gGt	gTt	1	1	S.1	0.00495

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.