CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 111 | D111D | syn | gaT | gaC | 8149 | 8149 | 1 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111N | nonsyn | Gat | Aat | 1445 | 1442 | 0.997924 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111N | nonsyn | GaT | AaC | 1445 | 3 | 0.00207612 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111del | del | GAT | --- | 489 | 489 | 1 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111H | nonsyn | Gat | Cat | 137 | 136 | 0.992701 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111H | nonsyn | GaT | CaC | 137 | 1 | 0.00729927 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111E | nonsyn | gaT | gaG | 85 | 78 | 0.917647 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111E | nonsyn | gaT | gaA | 85 | 7 | 0.0823529 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111G | nonsyn | gAt | gGt | 28 | 26 | 0.928571 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111G | nonsyn | gAT | gGG | 28 | 1 | 0.0357143 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111G | nonsyn | gAT | gGA | 28 | 1 | 0.0357143 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111Y | nonsyn | Gat | Tat | 23 | 23 | 1 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111V | nonsyn | gAt | gTt | 12 | 9 | 0.75 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111I | nonsyn | GAt | ATt | 12 | 8 | 0.666667 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111I | nonsyn | GAT | ATA | 12 | 4 | 0.333333 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111V | nonsyn | gAT | gTA | 12 | 2 | 0.166667 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111V | nonsyn | gAT | gTG | 12 | 1 | 0.0833333 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111del1 | del | gaT | ga- | 10 | 7 | 0.7 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111del1 | del | Gat | -at | 10 | 2 | 0.2 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111del1 | del | gAT | g-N | 10 | 1 | 0.1 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111K | nonsyn | GaT | AaA | 9 | 8 | 0.888889 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111K | nonsyn | GaT | AaG | 9 | 1 | 0.111111 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111A | nonsyn | gAt | gCt | 5 | 5 | 1 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111S | nonsyn | GAt | AGt | 3 | 3 | 1 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111T | nonsyn | GAt | ACt | 3 | 3 | 1 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111C | nonsyn | GAt | TGt | 2 | 2 | 1 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111del2 | del | gAT | g-- | 2 | 1 | 0.5 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111del2 | del | GAT | --N | 2 | 1 | 0.5 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111R | nonsyn | GAt | CGt | 2 | 1 | 0.5 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111R | nonsyn | GAT | AGA | 2 | 1 | 0.5 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111Q | nonsyn | GaT | CaG | 1 | 1 | 1 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111M | nonsyn | GAT | ATG | 1 | 1 | 1 | 21893-21895 | |
S | 111 | D111X | nonsyn | GaT | TaA | 1 | 1 | 1 | 21893-21895 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 8149 | 8149 | All | 0.001559 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 6385 | 6385 | B.1.617.1 | 0.823446 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1442 | 1445 | All | 0.000276 |
S | 111 | D111N | GaT | AaC | 3 | 1445 | All | 0.000001 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 634 | 634 | B.1.1.7 | 0.000568 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 489 | 489 | All | 0.000094 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 240 | 240 | B.1.1 | 0.004354 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 230 | 230 | B.1.214.2 | 0.13789 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 209 | 209 | B.1.1.7 | 0.000187 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 152 | 152 | AY.4 | 0.000237 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 136 | 137 | All | 0.000026 |
S | 111 | D111H | GaT | CaC | 1 | 137 | All | 0 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 120 | 120 | B.1.1.519 | 0.004765 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 119 | 119 | B.1.1.222 | 0.024276 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 115 | 115 | B.1 | 0.001053 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 105 | 105 | B.1.617.2 | 0.000395 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 100 | 100 | B.1.1.251 | 0.793651 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 90 | 90 | B.1.258 | 0.005989 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 88 | 88 | AY.4 | 0.000137 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 86 | 86 | B.1.617.2 | 0.000324 |
S | 111 | D111E | gaT | gaG | 78 | 85 | All | 0.000015 |
S | 111 | D111E | gaT | gaA | 7 | 85 | All | 0.000001 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 81 | 81 | B.1.2 | 0.000713 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 74 | 74 | AY.43 | 0.000328 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 69 | 69 | AY.43 | 0.000306 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 69 | 69 | AY.44 | 0.00042 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 52 | 52 | AY.4 | 0.000081 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 39 | 39 | AY.43 | 0.000173 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 36 | 36 | AY.4 | 0.000056 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 33 | 33 | C.37 | 0.00383 |
S | 111 | D111G | gAt | gGt | 26 | 28 | All | 0.000005 |
S | 111 | D111G | gAT | gGG | 1 | 28 | All | 0 |
S | 111 | D111G | gAT | gGA | 1 | 28 | All | 0 |
S | 111 | D111E | gaT | gaG | 28 | 28 | AY.27 | 0.001812 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 28 | 28 | AY.75 | 0.001569 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 28 | 28 | B.1.1.7 | 0.000025 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 25 | 25 | AY.3.1 | 0.002131 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 25 | 25 | B.1.439 | 0.147929 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 24 | 24 | B.1 | 0.00022 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 24 | 24 | B.1.177 | 0.000316 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 24 | 24 | B.1.526 | 0.000564 |
S | 111 | D111Y | Gat | Tat | 23 | 23 | All | 0.000004 |
S | 111 | D111E | gaT | gaG | 21 | 21 | AY.39.1 | 0.000832 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 20 | 20 | AY.42 | 0.000805 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 20 | 20 | B.1.2 | 0.000176 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 19 | 20 | B.1.617.2 | 0.000072 |
S | 111 | D111N | GaT | AaC | 1 | 20 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 17 | 17 | AY.102 | 0.000451 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 17 | 17 | AY.25 | 0.000102 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 17 | 17 | AY.44 | 0.000103 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 17 | 17 | B.1.527 | 0.062963 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 17 | 17 | B.1.621 | 0.001505 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 16 | 16 | AY.16 | 0.006074 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 16 | 16 | AY.33 | 0.001068 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 16 | 16 | AY.4.2 | 0.000347 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 16 | 16 | AY.9 | 0.001082 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 15 | 15 | B.1.128 | 0.00953 |
S | 111 | D111G | gAt | gGt | 14 | 14 | AY.4 | 0.000022 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 14 | 14 | AY.47 | 0.000435 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 14 | 14 | AY.61 | 0.001467 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 13 | 13 | AY.34.1 | 0.006629 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 13 | 13 | B.1.617.2 | 0.000049 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 13 | 13 | P.3 | 0.020734 |
S | 111 | D111V | gAt | gTt | 9 | 12 | All | 0.000002 |
S | 111 | D111I | GAt | ATt | 8 | 12 | All | 0.000002 |
S | 111 | D111I | GAT | ATA | 4 | 12 | All | 0.000001 |
S | 111 | D111V | gAT | gTA | 2 | 12 | All | 0 |
S | 111 | D111V | gAT | gTG | 1 | 12 | All | 0 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 12 | 12 | AY.26 | 0.00034 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 12 | 12 | B.1.429 | 0.000282 |
S | 111 | D111E | gaT | gaG | 11 | 11 | AY.102 | 0.000292 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 11 | 11 | AY.120 | 0.000409 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 11 | 11 | B.1.160 | 0.000343 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 11 | 11 | B.1.210 | 0.023454 |
S | 111 | D111del1 | gaT | ga- | 7 | 10 | All | 0.000001 |
S | 111 | D111del1 | Gat | -at | 2 | 10 | All | 0 |
S | 111 | D111del1 | gAT | g-N | 1 | 10 | All | 0 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 10 | 10 | AY.44 | 0.000061 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 10 | 10 | B.1.177 | 0.000132 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 10 | 10 | B.1.265 | 0.012706 |
S | 111 | D111K | GaT | AaA | 8 | 9 | All | 0.000002 |
S | 111 | D111K | GaT | AaG | 1 | 9 | All | 0 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 9 | 9 | AY.98.1 | 0.000436 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 8 | 8 | AY.119 | 0.000282 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 8 | 8 | AY.25 | 0.000048 |
S | 111 | D111I | GAt | ATt | 4 | 8 | AY.30 | 0.001583 |
S | 111 | D111I | GAT | ATA | 4 | 8 | AY.30 | 0.001583 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 7 | 7 | AY.118 | 0.000439 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 7 | 7 | AY.16.1 | 0.003289 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 7 | 7 | AY.39 | 0.000173 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 7 | 7 | AY.5 | 0.000145 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 7 | 7 | AY.61 | 0.000733 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 7 | 7 | AY.9.2 | 0.000257 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 7 | 7 | AY.9.2 | 0.000257 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 7 | 7 | B.1.1 | 0.000127 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 7 | 7 | B.1.126 | 0.008929 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 6 | 6 | AY.103 | 0.000037 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 6 | 6 | AY.23 | 0.000418 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 6 | 6 | AY.4.2.1 | 0.000894 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 6 | 6 | AY.85 | 0.002563 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 6 | 6 | B.1.214 | 0.021978 |
S | 111 | D111A | gAt | gCt | 5 | 5 | All | 0.000001 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 5 | 5 | AY.103 | 0.000031 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 5 | 5 | AY.20 | 0.000194 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 5 | 5 | AY.26 | 0.000142 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 5 | 5 | AY.3 | 0.00005 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 5 | 5 | AY.3 | 0.00005 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 5 | 5 | AY.30 | 0.001979 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 5 | 5 | AY.33 | 0.000334 |
S | 111 | D111Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.4 | 0.000008 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 5 | 5 | AY.4.3 | 0.004209 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 5 | 5 | B.1.1.216 | 0.004452 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 5 | 5 | B.1.1.318 | 0.001509 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 5 | 5 | B.1.177.21 | 0.000382 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 5 | 5 | B.1.617.3 | 0.014925 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 4 | 4 | 0.222222 | |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 4 | 4 | AY.102 | 0.000106 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 4 | 4 | AY.103 | 0.000025 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.103 | 0.000025 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.29 | 0.000063 |
S | 111 | D111K | GaT | AaA | 4 | 4 | AY.30 | 0.001583 |
S | 111 | D111E | gaT | gaG | 3 | 4 | AY.4 | 0.000005 |
S | 111 | D111E | gaT | gaA | 1 | 4 | AY.4 | 0.000002 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 3 | 4 | AY.4.2 | 0.000065 |
S | 111 | D111N | GaT | AaC | 1 | 4 | AY.4.2 | 0.000022 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 4 | 4 | AY.4.5 | 0.00043 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 4 | 4 | AY.42 | 0.000161 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.43 | 0.000018 |
S | 111 | D111Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.43 | 0.000018 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 4 | 4 | AY.45 | 0.000487 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 4 | 4 | AY.49 | 0.01278 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 4 | 4 | AY.65 | 0.002132 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 4 | 4 | B.1.1.58 | 0.021505 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 4 | 4 | B.1.177 | 0.000053 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 4 | 4 | B.1.351 | 0.000119 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 4 | 4 | B.1.621.1 | 0.002023 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 4 | 4 | C.37 | 0.000464 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 4 | 4 | P.1 | 0.000063 |
S | 111 | D111E | gaT | gaA | 2 | 3 | 0.111111 | |
S | 111 | D111E | gaT | gaG | 1 | 3 | 0.055556 | |
S | 111 | D111S | GAt | AGt | 3 | 3 | All | 0.000001 |
S | 111 | D111T | GAt | ACt | 3 | 3 | All | 0.000001 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.107 | 0.001398 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 3 | 3 | AY.108 | 0.003308 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 3 | 3 | AY.121 | 0.000406 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.13 | 0.000483 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.20 | 0.000117 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.20 | 0.000117 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.25 | 0.000018 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.29 | 0.000047 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 3 | 3 | AY.39 | 0.000074 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 3 | 3 | AY.46 | 0.000312 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 3 | 3 | AY.5 | 0.000062 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 3 | 3 | AY.85 | 0.001282 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 3 | 3 | AY.98.1 | 0.000145 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.1.7 | 0.000003 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 3 | 3 | B.1.221 | 0.000213 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.311 | 0.000824 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 3 | 3 | B.1.351 | 0.000089 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.36 | 0.000438 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.427 | 0.000151 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 3 | 3 | B.1.429 | 0.000071 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.628 | 0.001057 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 3 | 3 | B.39 | 0.006993 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 2 | 2 | 0.111111 | |
S | 111 | D111K | GaT | AaG | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 111 | D111K | GaT | AaA | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 111 | D111V | gAt | gTt | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 111 | D111V | gAT | gTG | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 2 | 2 | A | 0.000774 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 2 | 2 | A | 0.000774 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 2 | 2 | A.1 | 0.000564 |
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S | 111 | D111del2 | GAT | --N | 1 | 2 | All | 0 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 2 | 2 | AY.102 | 0.000053 |
S | 111 | D111G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
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S | 111 | D111del1 | gaT | ga- | 1 | 2 | AY.103 | 0.000006 |
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S | 111 | D111D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.28 | 0.003781 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
S | 111 | D111A | gAt | gCt | 2 | 2 | AY.4 | 0.000003 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.4.5 | 0.000215 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.42 | 0.00008 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.46.1 | 0.002053 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.46.4 | 0.000329 |
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S | 111 | D111del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.68 | 0.000547 |
S | 111 | D111E | gaT | gaG | 2 | 2 | AY.69 | 0.000373 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.7.1 | 0.000225 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 2 | 2 | AY.71 | 0.00095 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.75.1 | 0.000361 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.75.1 | 0.000361 |
S | 111 | D111G | gAt | gGt | 1 | 2 | AY.79 | 0.001211 |
S | 111 | D111G | gAT | gGG | 1 | 2 | AY.79 | 0.001211 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.84 | 0.000875 |
S | 111 | D111I | GAt | ATt | 2 | 2 | AY.85 | 0.000854 |
S | 111 | D111K | GaT | AaA | 2 | 2 | AY.85 | 0.000854 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.99 | 0.002099 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 2 | 2 | B | 0.000256 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 2 | 2 | B.1.1.311 | 0.000716 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.1.434 | 0.000697 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.1.50 | 0.001358 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.1.519 | 0.000079 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.177.21 | 0.000153 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.258 | 0.000133 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.409 | 0.001563 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 2 | 2 | B.1.525 | 0.000226 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.596 | 0.000174 |
S | 111 | D111G | gAT | gGA | 1 | 2 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 111 | D111G | gAt | gGt | 1 | 2 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 111 | D111E | gaT | gaA | 1 | 2 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 111 | D111E | gaT | gaG | 1 | 2 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.637 | 0.000146 |
S | 111 | D111Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.6 | 0.00182 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 2 | 2 | P.1 | 0.000032 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 2 | 2 | P.1.14 | 0.000096 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 2 | 2 | P.2 | 0.000373 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 2 | 2 | R.1 | 0.00018 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 2 | 2 | R.1 | 0.00018 |
S | 111 | D111I | GAt | ATt | 1 | 1 | 0.055556 | |
S | 111 | D111Y | Gat | Tat | 1 | 1 | 0.055556 | |
S | 111 | D111X | GaT | TaA | 1 | 1 | 0.055556 | |
S | 111 | D111M | GAT | ATG | 1 | 1 | 0.055556 | |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | A | 0.000387 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | A.23.1 | 0.000704 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | A.5 | 0.001923 |
S | 111 | D111M | GAT | ATG | 1 | 1 | All | 0 |
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S | 111 | D111X | GaT | TaA | 1 | 1 | All | 0 |
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S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.10 | 0.00053 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
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S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.107 | 0.000466 |
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S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.110 | 0.000113 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.116.1 | 0.000311 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
S | 111 | D111G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
S | 111 | D111E | gaT | gaA | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.2 | 0.000356 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.21 | 0.001898 |
S | 111 | D111V | gAt | gTt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.23.1 | 0.000417 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 111 | D111V | gAt | gTt | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
S | 111 | D111C | GAt | TGt | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
S | 111 | D111Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.29.1 | 0.000221 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
S | 111 | D111E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
S | 111 | D111G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.35 | 0.000233 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.37 | 0.000316 |
S | 111 | D111E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.4.4 | 0.000409 |
S | 111 | D111del1 | Gat | -at | 1 | 1 | AY.4.4 | 0.000409 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
S | 111 | D111E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.41 | 0.000294 |
S | 111 | D111A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
S | 111 | D111G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
S | 111 | D111del1 | gaT | ga- | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
S | 111 | D111E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
S | 111 | D111E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 111 | D111Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 111 | D111del1 | gaT | ga- | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 111 | D111S | GAt | AGt | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.46.3 | 0.000934 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.46.4 | 0.000165 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
S | 111 | D111T | GAt | ACt | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
S | 111 | D111G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
S | 111 | D111T | GAt | ACt | 1 | 1 | AY.48 | 0.000465 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
S | 111 | D111V | gAt | gTt | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.50 | 0.000799 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.51 | 0.000909 |
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S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
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S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.60 | 0.000938 |
S | 111 | D111del1 | gaT | ga- | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
S | 111 | D111E | gaT | gaA | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
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S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.64 | 0.000595 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
S | 111 | D111A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.7 | 0.000196 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.7.2 | 0.000559 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.71 | 0.000475 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.71 | 0.000475 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.72 | 0.001361 |
S | 111 | D111Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
S | 111 | D111G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.77 | 0.001127 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.77 | 0.001127 |
S | 111 | D111E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.79 | 0.001211 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.79 | 0.001211 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.85 | 0.000427 |
S | 111 | D111Q | GaT | CaG | 1 | 1 | AY.85 | 0.000427 |
S | 111 | D111T | GAt | ACt | 1 | 1 | AY.85 | 0.000427 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.9.1 | 0.000084 |
S | 111 | D111I | GAt | ATt | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.94 | 0.000443 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.96 | 0.002075 |
S | 111 | D111E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.99.1 | 0.001553 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
S | 111 | D111V | gAt | gTt | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
S | 111 | D111Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
S | 111 | D111S | GAt | AGt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 111 | D111E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.157 | 0.000913 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.1.159 | 0.004673 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.159 | 0.004673 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.164 | 0.005155 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.214 | 0.000055 |
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S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
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S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.33 | 0.000421 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.369 | 0.000446 |
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S | 111 | D111del2 | GAT | --N | 1 | 1 | B.1.1.523 | 0.001563 |
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S | 111 | D111Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 111 | D111del1 | gAT | g-N | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 111 | D111A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.1.70 | 0.000341 |
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S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.160.28 | 0.002924 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
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S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.51 | 0.004566 |
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S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.69 | 0.001484 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.177.85 | 0.005435 |
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S | 111 | D111V | gAt | gTt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.232 | 0.000537 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
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S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.349 | 0.000715 |
S | 111 | D111del1 | gaT | ga- | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.378 | 0.006849 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.396 | 0.000706 |
S | 111 | D111Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
S | 111 | D111V | gAt | gTt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.428 | 0.00102 |
S | 111 | D111Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.462 | 0.007246 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.468 | 0.005714 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.517 | 0.000427 |
S | 111 | D111R | GAt | CGt | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.533 | 0.009615 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.576 | 0.000907 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.577 | 0.000687 |
S | 111 | D111V | gAT | gTA | 1 | 1 | B.1.585 | 0.027778 |
S | 111 | D111Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
S | 111 | D111Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
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S | 111 | D111V | gAT | gTA | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 111 | D111N | GaT | AaC | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 111 | D111del1 | gaT | ga- | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 111 | D111H | GaT | CaC | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 111 | D111K | GaT | AaA | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 111 | D111S | GAt | AGt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 111 | D111C | GAt | TGt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 111 | D111V | gAt | gTt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 111 | D111R | GAT | AGA | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 111 | D111del2 | gAT | g-- | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.620 | 0.000946 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.9 | 0.006173 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.9.5 | 0.005682 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.94 | 0.027027 |
S | 111 | D111Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.4.5 | 0.011905 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | C.1.2 | 0.004255 |
S | 111 | D111del | GAT | --- | 1 | 1 | C.36.3 | 0.000567 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 111 | D111H | Gat | Cat | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
S | 111 | D111N | Gat | Aat | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
S | 111 | D111D | gaT | gaC | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
S | 111 | D111E | gaT | gaG | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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