CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 111

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	111	D111D		syn	gaT	gaC	8149	8149	1	21893-21895
S	111	D111N		nonsyn	Gat	Aat	1445	1442	0.997924	21893-21895
S	111	D111N		nonsyn	GaT	AaC	1445	3	0.00207612	21893-21895
S	111	D111del		del	GAT	---	489	489	1	21893-21895
S	111	D111H		nonsyn	Gat	Cat	137	136	0.992701	21893-21895
S	111	D111H		nonsyn	GaT	CaC	137	1	0.00729927	21893-21895
S	111	D111E		nonsyn	gaT	gaG	85	78	0.917647	21893-21895
S	111	D111E		nonsyn	gaT	gaA	85	7	0.0823529	21893-21895
S	111	D111G		nonsyn	gAt	gGt	28	26	0.928571	21893-21895
S	111	D111G		nonsyn	gAT	gGG	28	1	0.0357143	21893-21895
S	111	D111G		nonsyn	gAT	gGA	28	1	0.0357143	21893-21895
S	111	D111Y		nonsyn	Gat	Tat	23	23	1	21893-21895
S	111	D111V		nonsyn	gAt	gTt	12	9	0.75	21893-21895
S	111	D111I		nonsyn	GAt	ATt	12	8	0.666667	21893-21895
S	111	D111I		nonsyn	GAT	ATA	12	4	0.333333	21893-21895
S	111	D111V		nonsyn	gAT	gTA	12	2	0.166667	21893-21895
S	111	D111V		nonsyn	gAT	gTG	12	1	0.0833333	21893-21895
S	111	D111del1		del	gaT	ga-	10	7	0.7	21893-21895
S	111	D111del1		del	Gat	-at	10	2	0.2	21893-21895
S	111	D111del1		del	gAT	g-N	10	1	0.1	21893-21895
S	111	D111K		nonsyn	GaT	AaA	9	8	0.888889	21893-21895
S	111	D111K		nonsyn	GaT	AaG	9	1	0.111111	21893-21895
S	111	D111A		nonsyn	gAt	gCt	5	5	1	21893-21895
S	111	D111S		nonsyn	GAt	AGt	3	3	1	21893-21895
S	111	D111T		nonsyn	GAt	ACt	3	3	1	21893-21895
S	111	D111C		nonsyn	GAt	TGt	2	2	1	21893-21895
S	111	D111del2		del	gAT	g--	2	1	0.5	21893-21895
S	111	D111del2		del	GAT	--N	2	1	0.5	21893-21895
S	111	D111R		nonsyn	GAt	CGt	2	1	0.5	21893-21895
S	111	D111R		nonsyn	GAT	AGA	2	1	0.5	21893-21895
S	111	D111Q		nonsyn	GaT	CaG	1	1	1	21893-21895
S	111	D111M		nonsyn	GAT	ATG	1	1	1	21893-21895
S	111	D111X		nonsyn	GaT	TaA	1	1	1	21893-21895

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	111	D111D	gaT	gaC	8149	8149	All	0.001559
S	111	D111D	gaT	gaC	6385	6385	B.1.617.1	0.823446
S	111	D111N	Gat	Aat	1442	1445	All	0.000276
S	111	D111N	GaT	AaC	3	1445	All	0.000001
S	111	D111D	gaT	gaC	634	634	B.1.1.7	0.000568
S	111	D111del	GAT	---	489	489	All	0.000094
S	111	D111N	Gat	Aat	240	240	B.1.1	0.004354
S	111	D111D	gaT	gaC	230	230	B.1.214.2	0.13789
S	111	D111N	Gat	Aat	209	209	B.1.1.7	0.000187
S	111	D111N	Gat	Aat	152	152	AY.4	0.000237
S	111	D111H	Gat	Cat	136	137	All	0.000026
S	111	D111H	GaT	CaC	1	137	All	0
S	111	D111N	Gat	Aat	120	120	B.1.1.519	0.004765
S	111	D111N	Gat	Aat	119	119	B.1.1.222	0.024276
S	111	D111D	gaT	gaC	115	115	B.1	0.001053
S	111	D111del	GAT	---	105	105	B.1.617.2	0.000395
S	111	D111N	Gat	Aat	100	100	B.1.1.251	0.793651
S	111	D111D	gaT	gaC	90	90	B.1.258	0.005989
S	111	D111D	gaT	gaC	88	88	AY.4	0.000137
S	111	D111D	gaT	gaC	86	86	B.1.617.2	0.000324
S	111	D111E	gaT	gaG	78	85	All	0.000015
S	111	D111E	gaT	gaA	7	85	All	0.000001
S	111	D111N	Gat	Aat	81	81	B.1.2	0.000713
S	111	D111del	GAT	---	74	74	AY.43	0.000328
S	111	D111D	gaT	gaC	69	69	AY.43	0.000306
S	111	D111N	Gat	Aat	69	69	AY.44	0.00042
S	111	D111H	Gat	Cat	52	52	AY.4	0.000081
S	111	D111N	Gat	Aat	39	39	AY.43	0.000173
S	111	D111del	GAT	---	36	36	AY.4	0.000056
S	111	D111H	Gat	Cat	33	33	C.37	0.00383
S	111	D111G	gAt	gGt	26	28	All	0.000005
S	111	D111G	gAT	gGG	1	28	All	0
S	111	D111G	gAT	gGA	1	28	All	0
S	111	D111E	gaT	gaG	28	28	AY.27	0.001812
S	111	D111D	gaT	gaC	28	28	AY.75	0.001569
S	111	D111del	GAT	---	28	28	B.1.1.7	0.000025
S	111	D111D	gaT	gaC	25	25	AY.3.1	0.002131
S	111	D111N	Gat	Aat	25	25	B.1.439	0.147929
S	111	D111N	Gat	Aat	24	24	B.1	0.00022
S	111	D111D	gaT	gaC	24	24	B.1.177	0.000316
S	111	D111D	gaT	gaC	24	24	B.1.526	0.000564
S	111	D111Y	Gat	Tat	23	23	All	0.000004
S	111	D111E	gaT	gaG	21	21	AY.39.1	0.000832
S	111	D111N	Gat	Aat	20	20	AY.42	0.000805
S	111	D111D	gaT	gaC	20	20	B.1.2	0.000176
S	111	D111N	Gat	Aat	19	20	B.1.617.2	0.000072
S	111	D111N	GaT	AaC	1	20	B.1.617.2	0.000004
S	111	D111del	GAT	---	17	17	AY.102	0.000451
S	111	D111del	GAT	---	17	17	AY.25	0.000102
S	111	D111del	GAT	---	17	17	AY.44	0.000103
S	111	D111N	Gat	Aat	17	17	B.1.527	0.062963
S	111	D111N	Gat	Aat	17	17	B.1.621	0.001505
S	111	D111D	gaT	gaC	16	16	AY.16	0.006074
S	111	D111D	gaT	gaC	16	16	AY.33	0.001068
S	111	D111del	GAT	---	16	16	AY.4.2	0.000347
S	111	D111del	GAT	---	16	16	AY.9	0.001082
S	111	D111D	gaT	gaC	15	15	B.1.128	0.00953
S	111	D111G	gAt	gGt	14	14	AY.4	0.000022
S	111	D111D	gaT	gaC	14	14	AY.47	0.000435
S	111	D111D	gaT	gaC	14	14	AY.61	0.001467
S	111	D111del	GAT	---	13	13	AY.34.1	0.006629
S	111	D111H	Gat	Cat	13	13	B.1.617.2	0.000049
S	111	D111D	gaT	gaC	13	13	P.3	0.020734
S	111	D111V	gAt	gTt	9	12	All	0.000002
S	111	D111I	GAt	ATt	8	12	All	0.000002
S	111	D111I	GAT	ATA	4	12	All	0.000001
S	111	D111V	gAT	gTA	2	12	All	0
S	111	D111V	gAT	gTG	1	12	All	0
S	111	D111D	gaT	gaC	12	12	AY.26	0.00034
S	111	D111N	Gat	Aat	12	12	B.1.429	0.000282
S	111	D111E	gaT	gaG	11	11	AY.102	0.000292
S	111	D111D	gaT	gaC	11	11	AY.120	0.000409
S	111	D111N	Gat	Aat	11	11	B.1.160	0.000343
S	111	D111D	gaT	gaC	11	11	B.1.210	0.023454
S	111	D111del1	gaT	ga-	7	10	All	0.000001
S	111	D111del1	Gat	-at	2	10	All	0
S	111	D111del1	gAT	g-N	1	10	All	0
S	111	D111D	gaT	gaC	10	10	AY.44	0.000061
S	111	D111del	GAT	---	10	10	B.1.177	0.000132
S	111	D111N	Gat	Aat	10	10	B.1.265	0.012706
S	111	D111K	GaT	AaA	8	9	All	0.000002
S	111	D111K	GaT	AaG	1	9	All	0
S	111	D111N	Gat	Aat	9	9	AY.98.1	0.000436
S	111	D111D	gaT	gaC	8	8	AY.119	0.000282
S	111	D111D	gaT	gaC	8	8	AY.25	0.000048
S	111	D111I	GAt	ATt	4	8	AY.30	0.001583
S	111	D111I	GAT	ATA	4	8	AY.30	0.001583
S	111	D111N	Gat	Aat	7	7	AY.118	0.000439
S	111	D111D	gaT	gaC	7	7	AY.16.1	0.003289
S	111	D111D	gaT	gaC	7	7	AY.39	0.000173
S	111	D111D	gaT	gaC	7	7	AY.5	0.000145
S	111	D111del	GAT	---	7	7	AY.61	0.000733
S	111	D111D	gaT	gaC	7	7	AY.9.2	0.000257
S	111	D111del	GAT	---	7	7	AY.9.2	0.000257
S	111	D111D	gaT	gaC	7	7	B.1.1	0.000127
S	111	D111D	gaT	gaC	7	7	B.1.126	0.008929
S	111	D111del	GAT	---	6	6	AY.103	0.000037
S	111	D111D	gaT	gaC	6	6	AY.23	0.000418
S	111	D111del	GAT	---	6	6	AY.4.2.1	0.000894
S	111	D111N	Gat	Aat	6	6	AY.85	0.002563
S	111	D111D	gaT	gaC	6	6	B.1.214	0.021978
S	111	D111A	gAt	gCt	5	5	All	0.000001
S	111	D111D	gaT	gaC	5	5	AY.103	0.000031
S	111	D111N	Gat	Aat	5	5	AY.20	0.000194
S	111	D111N	Gat	Aat	5	5	AY.26	0.000142
S	111	D111N	Gat	Aat	5	5	AY.3	0.00005
S	111	D111del	GAT	---	5	5	AY.3	0.00005
S	111	D111N	Gat	Aat	5	5	AY.30	0.001979
S	111	D111del	GAT	---	5	5	AY.33	0.000334
S	111	D111Y	Gat	Tat	5	5	AY.4	0.000008
S	111	D111N	Gat	Aat	5	5	AY.4.3	0.004209
S	111	D111del	GAT	---	5	5	B.1	0.000046
S	111	D111N	Gat	Aat	5	5	B.1.1.216	0.004452
S	111	D111del	GAT	---	5	5	B.1.1.318	0.001509
S	111	D111N	Gat	Aat	5	5	B.1.177.21	0.000382
S	111	D111D	gaT	gaC	5	5	B.1.617.3	0.014925
S	111	D111del	GAT	---	4	4		0.222222
S	111	D111D	gaT	gaC	4	4	AY.102	0.000106
S	111	D111N	Gat	Aat	4	4	AY.103	0.000025
S	111	D111H	Gat	Cat	4	4	AY.103	0.000025
S	111	D111H	Gat	Cat	4	4	AY.29	0.000063
S	111	D111K	GaT	AaA	4	4	AY.30	0.001583
S	111	D111E	gaT	gaG	3	4	AY.4	0.000005
S	111	D111E	gaT	gaA	1	4	AY.4	0.000002
S	111	D111N	Gat	Aat	3	4	AY.4.2	0.000065
S	111	D111N	GaT	AaC	1	4	AY.4.2	0.000022
S	111	D111del	GAT	---	4	4	AY.4.5	0.00043
S	111	D111del	GAT	---	4	4	AY.42	0.000161
S	111	D111H	Gat	Cat	4	4	AY.43	0.000018
S	111	D111Y	Gat	Tat	4	4	AY.43	0.000018
S	111	D111D	gaT	gaC	4	4	AY.45	0.000487
S	111	D111D	gaT	gaC	4	4	AY.49	0.01278
S	111	D111D	gaT	gaC	4	4	AY.65	0.002132
S	111	D111D	gaT	gaC	4	4	B.1.1.58	0.021505
S	111	D111N	Gat	Aat	4	4	B.1.177	0.000053
S	111	D111D	gaT	gaC	4	4	B.1.351	0.000119
S	111	D111N	Gat	Aat	4	4	B.1.621.1	0.002023
S	111	D111N	Gat	Aat	4	4	C.37	0.000464
S	111	D111D	gaT	gaC	4	4	P.1	0.000063
S	111	D111E	gaT	gaA	2	3		0.111111
S	111	D111E	gaT	gaG	1	3		0.055556
S	111	D111S	GAt	AGt	3	3	All	0.000001
S	111	D111T	GAt	ACt	3	3	All	0.000001
S	111	D111D	gaT	gaC	3	3	AY.107	0.001398
S	111	D111del	GAT	---	3	3	AY.108	0.003308
S	111	D111del	GAT	---	3	3	AY.121	0.000406
S	111	D111D	gaT	gaC	3	3	AY.13	0.000483
S	111	D111H	Gat	Cat	3	3	AY.20	0.000117
S	111	D111D	gaT	gaC	3	3	AY.20	0.000117
S	111	D111H	Gat	Cat	3	3	AY.25	0.000018
S	111	D111D	gaT	gaC	3	3	AY.29	0.000047
S	111	D111del	GAT	---	3	3	AY.39	0.000074
S	111	D111del	GAT	---	3	3	AY.46	0.000312
S	111	D111del	GAT	---	3	3	AY.5	0.000062
S	111	D111del	GAT	---	3	3	AY.85	0.001282
S	111	D111del	GAT	---	3	3	AY.98.1	0.000145
S	111	D111H	Gat	Cat	3	3	B.1.1.7	0.000003
S	111	D111N	Gat	Aat	3	3	B.1.221	0.000213
S	111	D111D	gaT	gaC	3	3	B.1.311	0.000824
S	111	D111N	Gat	Aat	3	3	B.1.351	0.000089
S	111	D111D	gaT	gaC	3	3	B.1.36	0.000438
S	111	D111D	gaT	gaC	3	3	B.1.427	0.000151
S	111	D111del	GAT	---	3	3	B.1.429	0.000071
S	111	D111D	gaT	gaC	3	3	B.1.628	0.001057
S	111	D111N	Gat	Aat	3	3	B.39	0.006993
S	111	D111N	Gat	Aat	2	2		0.111111
S	111	D111K	GaT	AaG	1	2		0.055556
S	111	D111K	GaT	AaA	1	2		0.055556
S	111	D111V	gAt	gTt	1	2		0.055556
S	111	D111V	gAT	gTG	1	2		0.055556
S	111	D111N	Gat	Aat	2	2	A	0.000774
S	111	D111D	gaT	gaC	2	2	A	0.000774
S	111	D111N	Gat	Aat	2	2	A.1	0.000564
S	111	D111C	GAt	TGt	2	2	All	0
S	111	D111R	GAT	AGA	1	2	All	0
S	111	D111R	GAt	CGt	1	2	All	0
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S	111	D111N	Gat	Aat	1	1	B.1.378	0.006849
S	111	D111N	Gat	Aat	1	1	B.1.396	0.000706
S	111	D111Y	Gat	Tat	1	1	B.1.427	0.00005
S	111	D111V	gAt	gTt	1	1	B.1.427	0.00005
S	111	D111del	GAT	---	1	1	B.1.428	0.00102
S	111	D111Y	Gat	Tat	1	1	B.1.429	0.000024
S	111	D111D	gaT	gaC	1	1	B.1.462	0.007246
S	111	D111N	Gat	Aat	1	1	B.1.468	0.005714
S	111	D111N	Gat	Aat	1	1	B.1.517	0.000427
S	111	D111R	GAt	CGt	1	1	B.1.525	0.000113
S	111	D111D	gaT	gaC	1	1	B.1.533	0.009615
S	111	D111D	gaT	gaC	1	1	B.1.576	0.000907
S	111	D111N	Gat	Aat	1	1	B.1.577	0.000687
S	111	D111V	gAT	gTA	1	1	B.1.585	0.027778
S	111	D111Y	Gat	Tat	1	1	B.1.595	0.000261
S	111	D111Y	Gat	Tat	1	1	B.1.596	0.000087
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S	111	D111V	gAT	gTA	1	1	B.1.617.1	0.000129
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S	111	D111del	GAT	---	1	1	B.1.637	0.000073
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S	111	D111N	Gat	Aat	1	1	B.1.94	0.027027
S	111	D111Y	Gat	Tat	1	1	B.4.5	0.011905
S	111	D111N	Gat	Aat	1	1	C.1.2	0.004255
S	111	D111del	GAT	---	1	1	C.36.3	0.000567
S	111	D111D	gaT	gaC	1	1	D.2	0.000075
S	111	D111H	Gat	Cat	1	1	D.2	0.000075
S	111	D111N	Gat	Aat	1	1	P.1.14	0.000048
S	111	D111D	gaT	gaC	1	1	P.1.15	0.000232
S	111	D111N	Gat	Aat	1	1	P.2	0.000187
S	111	D111D	gaT	gaC	1	1	Q.8	0.000165
S	111	D111E	gaT	gaG	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.