CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 1104

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S1104V1104LnonsynGtaTta40268397730.98770724872-24874
S1104V1104LnonsynGtaCta402684930.01224324872-24874
S1104V1104LnonsynGtATtG4026820.000049667224872-24874
S1104V1104VsyngtAgtG113310460.92321324872-24874
S1104V1104VsyngtAgtC1133480.042365424872-24874
S1104V1104VsyngtAgtT1133390.034421924872-24874
S1104V1104InonsynGtaAta8298270.99758724872-24874
S1104V1104InonsynGtAAtT82910.0012062724872-24874
S1104V1104InonsynGtAAtC82910.0012062724872-24874
S1104V1104AnonsyngTagCa36340.94444424872-24874
S1104V1104AnonsyngTAgCC3610.027777824872-24874
S1104V1104AnonsyngTAgCG3610.027777824872-24874
S1104V1104deldelGTA---1616124872-24874
S1104V1104del1delGta-ta1060.624872-24874
S1104V1104del1delgtAgt-1040.424872-24874
S1104V1104PnonsynGTaCCa530.624872-24874
S1104V1104PnonsynGTACCT520.424872-24874
S1104V1104EnonsyngTagAa33124872-24874
S1104V1104GnonsyngTagGa33124872-24874
S1104V1104XnonsynGTaTGa320.66666724872-24874
S1104V1104XnonsynGTaTAa310.33333324872-24874
S1104V1104TnonsynGTAACC210.524872-24874
S1104V1104TnonsynGTaACa210.524872-24874
S1104V1104FnonsynGtATtT11124872-24874

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S1104V1104LGtaTta3977340268All0.007607
S1104V1104LGtaCta49340268All0.000094
S1104V1104LGtATtG240268All0
S1104V1104LGtaTta2570325703AY.200.998951
S1104V1104LGtaTta65136514AY.360.965318
S1104V1104LGtATtG16514AY.360.000148
S1104V1104LGtaTta13921411B.1.617.20.005241
S1104V1104LGtaCta191411B.1.617.20.000072
S1104V1104VgtAgtG10461133All0.0002
S1104V1104VgtAgtC481133All0.000009
S1104V1104VgtAgtT391133All0.000007
S1104V1104LGtaTta834967B.1.1.70.000747
S1104V1104LGtaCta133967B.1.1.70.000119
S1104V1104VgtAgtG841841B.1.1.2070.99409
S1104V1104IGtaAta827829All0.000158
S1104V1104IGtAAtC1829All0
S1104V1104IGtAAtT1829All0
S1104V1104LGtaTta720818AY.40.001121
S1104V1104LGtaCta98818AY.40.000153
S1104V1104LGtaTta591596AY.430.002618
S1104V1104LGtaCta5596AY.430.000022
S1104V1104IGtaAta521521B.1.1.70.000466
S1104V1104LGtaTta417417AY.220.872385
S1104V1104LGtaTta270274B.1.10.004898
S1104V1104LGtaCta4274B.1.10.000073
S1104V1104LGtaTta199236AY.260.005634
S1104V1104LGtaCta37236AY.260.001047
S1104V1104LGtaTta157196AY.440.000956
S1104V1104LGtaCta39196AY.440.000237
S1104V1104LGtaTta181181B.1.177.750.188345
S1104V1104LGtaTta172172B.1.160.320.738197
S1104V1104LGtaTta134146AY.250.000806
S1104V1104LGtaCta12146AY.250.000072
S1104V1104LGtaTta137142B.1.1770.001804
S1104V1104LGtaCta5142B.1.1770.000066
S1104V1104LGtaTta8897AY.1030.000546
S1104V1104LGtaCta997AY.1030.000056
S1104V1104LGtaTta7195B.1.4290.001671
S1104V1104LGtaCta2495B.1.4290.000565
S1104V1104LGtaTta7282AY.50.001487
S1104V1104LGtaCta1082AY.50.000206
S1104V1104LGtaTta7778AY.1170.006508
S1104V1104LGtaCta178AY.1170.000085
S1104V1104LGtaTta7277AY.30.000716
S1104V1104LGtaCta577AY.30.00005
S1104V1104LGtaTta7677B.10.000696
S1104V1104LGtaCta177B.10.000009
S1104V1104LGtaTta7475AY.420.002977
S1104V1104LGtaCta175AY.420.00004
S1104V1104LGtaTta7474B.1.3510.0022
S1104V1104LGtaTta5960AY.1210.007984
S1104V1104LGtaCta160AY.1210.000135
S1104V1104LGtaTta5454AY.450.006571
S1104V1104VgtAgtC4652AY.440.00028
S1104V1104VgtAgtG452AY.440.000024
S1104V1104VgtAgtT252AY.440.000012
S1104V1104LGtaTta4851B.1.20.000423
S1104V1104LGtaCta351B.1.20.000026
S1104V1104LGtaTta4247AY.390.001038
S1104V1104LGtaCta547AY.390.000124
S1104V1104LGtaTta4345AY.1200.001599
S1104V1104LGtaCta245AY.1200.000074
S1104V1104LGtaTta4545B.1.1.2280.137195
S1104V1104LGtaTta4245P.10.000662
S1104V1104LGtaCta345P.10.000047
S1104V1104VgtAgtG2444B.1.1.70.000021
S1104V1104VgtAgtT2044B.1.1.70.000018
S1104V1104LGtaTta4242AY.310.777778
S1104V1104IGtaAta4242AY.40.000065
S1104V1104LGtaTta3838AY.1190.001342
S1104V1104IGtaAta3838B.1.4270.001919
S1104V1104AgTagCa3436All0.000007
S1104V1104AgTAgCC136All0
S1104V1104AgTAgCG136All0
S1104V1104LGtaTta3636B.1.177.440.018682
S1104V1104LGtaTta3232B.1.1.5190.001271
S1104V1104LGtaTta3232P.1.170.005176
S1104V1104LGtaTta2930AY.230.002023
S1104V1104LGtaCta130AY.230.00007
S1104V1104VgtAgtG2929AY.40.000045
S1104V1104LGtaTta2727AY.920.007756
S1104V1104IGtaAta2727B.1.1.4210.818182
S1104V1104LGtaTta2626B.1.360.003793
S1104V1104LGtaTta2525AY.1040.049603
S1104V1104LGtaTta2525AY.980.001975
S1104V1104LGtaTta2425B.1.1.330.010101
S1104V1104LGtaCta125B.1.1.330.000421
S1104V1104LGtaTta2525B.1.2400.005389
S1104V1104LGtaTta2525B.1.466.20.009781
S1104V1104IGtaAta2323AY.1030.000143
S1104V1104LGtaTta2122AY.4.20.000455
S1104V1104LGtaCta122AY.4.20.000022
S1104V1104LGtaTta2121AY.330.001402
S1104V1104VgtAgtG2020AY.270.001294
S1104V1104LGtaTta1920AY.540.001812
S1104V1104LGtaCta120AY.540.000095
S1104V1104LGtaCta2020L.41
S1104V1104LGtaTta1819AY.98.10.000872
S1104V1104LGtaCta119AY.98.10.000048
S1104V1104LGtaTta1919B.1.1.4330.027066
S1104V1104LGtaTta1919B.1.1.500.012899
S1104V1104LGtaTta1618AY.1020.000424
S1104V1104LGtaCta218AY.1020.000053
S1104V1104VgtAgtG1818AY.430.00008
S1104V1104LGtaTta1818AY.470.00056
S1104V1104VgtAgtG1818B.1.2580.001198
S1104V1104LGtaTta1617AY.550.014679
S1104V1104LGtATtG117AY.550.000917
S1104V1104LGtaTta1717B.1.1.2990.207317
S1104V1104LGtaTta1717B.1.1.3411
S1104V1104delGTA---1616All0.000003
S1104V1104LGtaTta1616AY.1180.001002
S1104V1104LGtaTta1616AY.46.40.002632
S1104V1104LGtaTta1516AY.5.30.005061
S1104V1104LGtaCta116AY.5.30.000337
S1104V1104LGtaTta1616B.1.1.390.008155
S1104V1104VgtAgtG1616B.1.617.20.00006
S1104V1104LGtaTta1315AY.1000.000598
S1104V1104LGtaCta215AY.1000.000092
S1104V1104LGtaTta1515AY.340.001454
S1104V1104LGtaTta1015B.1.5260.000235
S1104V1104LGtaCta515B.1.5260.000118
S1104V1104LGtaTta1414AY.1130.001993
S1104V1104LGtaTta1414AY.1140.003235
S1104V1104IGtaAta1414AY.440.000085
S1104V1104LGtaTta1414AY.460.001457
S1104V1104LGtaTta1414AY.750.000784
S1104V1104LGtaTta1313AY.1060.004354
S1104V1104LGtaTta1313AY.780.020031
S1104V1104VgtAgtG1313B.10.000119
S1104V1104LGtaTta1113B.1.1600.000343
S1104V1104LGtaCta213B.1.1600.000062
S1104V1104LGtaTta1212AY.46.20.007624
S1104V1104LGtaTta1212AY.46.60.000866
S1104V1104LGtaTta1212B.1.2430.000835
S1104V1104IGtaAta1212B.1.4020.117647
S1104V1104LGtaTta1111AY.290.000174
S1104V1104IGtaAta1111AY.390.000272
S1104V1104LGtaTta1111B.1.177.810.002083
S1104V1104LGtaTta1111B.1.2320.005911
S1104V1104del1Gta-ta610All0.000001
S1104V1104del1gtAgt-410All0.000001
S1104V1104LGtaTta1010AY.1110.001832
S1104V1104LGtaTta1010AY.39.10.000396
S1104V1104LGtaTta1010AY.840.004374
S1104V1104VgtAgtT1010B.1.3690.002852
S1104V1104IGtaAta1010P.10.000158
S1104V1104LGtaTta99B.1.1.4160.008145
S1104V1104LGtaTta88AY.116.10.002491
S1104V1104IGtaAta88AY.810.015936
S1104V1104LGtaTta88AY.9.10.00067
S1104V1104LGtaTta88AY.950.006088
S1104V1104LGtaTta88B0.001022
S1104V1104LGtaCta78B.1.1.3160.006475
S1104V1104LGtaTta18B.1.1.3160.000925
S1104V1104AgTagCa88B.1.1.70.000007
S1104V1104IGtaAta88B.1.4290.000188
S1104V1104LGtaTta47AY.1160.001147
S1104V1104LGtaCta37AY.1160.00086
S1104V1104IGtaAta77AY.1210.000947
S1104V1104LGtaTta77AY.160.002658
S1104V1104IGtaAta77AY.250.000042
S1104V1104LGtaTta77AY.320.003727
S1104V1104LGtaTta77AY.370.002212
S1104V1104AgTagCa77AY.39.10.000277
S1104V1104LGtaTta77AY.4.30.005892
S1104V1104LGtaTta77AY.480.003256
S1104V1104LGtaTta77AY.75.10.001262
S1104V1104LGtaTta77B.1.1110.008226
S1104V1104LGtaTta77B.1.4270.000353
S1104V1104LGtaTta77B.1.4480.018373
S1104V1104IGtaAta77B.1.617.20.000026
S1104V1104IGtaAta77B.1.6230.003755
S1104V1104LGtaTta66AY.1080.006615
S1104V1104IGtaAta66AY.30.00006
S1104V1104LGtaTta66AY.500.004796
S1104V1104LGtaTta46AY.580.00363
S1104V1104LGtaCta26AY.580.001815
S1104V1104LGtaTta66AY.730.003992
S1104V1104LGtaTta66AY.740.000694
S1104V1104LGtaTta66AY.930.001638
S1104V1104LGtaTta66AY.99.20.000553
S1104V1104IGtaAta66B.10.000055
S1104V1104IGtaAta66B.1.10.000109
S1104V1104LGtaTta66B.1.1.10.00196
S1104V1104LGtaTta66B.1.1.2190.03
S1104V1104LGtaTta66B.1.1.3060.00263
S1104V1104LGtaTta46B.1.1.370.000771
S1104V1104LGtaCta26B.1.1.370.000386
S1104V1104LGtaTta66B.1.1.4190.044444
S1104V1104LGtaTta66B.1.160.300.017857
S1104V1104LGtaTta66B.1.5250.000679
S1104V1104PGTaCCa35All0.000001
S1104V1104PGTACCT25All0
S1104V1104LGtaTta55AY.1050.003215
S1104V1104LGtaTta55AY.1100.000563
S1104V1104VgtAgtG55AY.460.00052
S1104V1104LGtaTta45AY.46.30.003735
S1104V1104LGtaCta15AY.46.30.000934
S1104V1104LGtaTta55AY.560.008026
S1104V1104LGtaTta55AY.690.000933
S1104V1104LGtaTta55AY.860.004149
S1104V1104LGtaTta55B.1.1.1740.016892
S1104V1104LGtaTta55B.1.1.2220.00102
S1104V1104LGtaTta55B.1.177.830.007407
S1104V1104IGtaAta45B.1.5260.000094
S1104V1104IGtAAtT15B.1.5260.000024
S1104V1104LGtaCta35B.1.6210.000266
S1104V1104LGtaTta25B.1.6210.000177
S1104V1104LGtaTta55C.370.00058
S1104V1104PGTaCCa240.111111
S1104V1104PGTACCT240.111111
S1104V1104LGtaTta44AY.100.00212
S1104V1104VgtAgtG44AY.1030.000025
S1104V1104LGtaTta44AY.130.000644
S1104V1104VgtAgtG44AY.30.00004
S1104V1104LGtaTta44AY.3.10.000341
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