CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 1081

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	1081	I1081I		syn	atT	atC	373	351	0.941019	24803-24805
S	1081	I1081I		syn	atT	atA	373	22	0.0589812	24803-24805
S	1081	I1081V		nonsyn	Att	Gtt	179	178	0.994413	24803-24805
S	1081	I1081V		nonsyn	AtT	GtC	179	1	0.00558659	24803-24805
S	1081	I1081F		nonsyn	Att	Ttt	51	50	0.980392	24803-24805
S	1081	I1081F		nonsyn	AtT	TtC	51	1	0.0196078	24803-24805
S	1081	I1081L		nonsyn	Att	Ctt	43	43	1	24803-24805
S	1081	I1081T		nonsyn	aTt	aCt	29	26	0.896552	24803-24805
S	1081	I1081T		nonsyn	aTT	aCC	29	3	0.103448	24803-24805
S	1081	I1081del		del	ATT	---	22	22	1	24803-24805
S	1081	I1081M		nonsyn	atT	atG	16	16	1	24803-24805
S	1081	I1081S		nonsyn	aTt	aGt	6	3	0.5	24803-24805
S	1081	I1081S		nonsyn	ATt	TCt	6	2	0.333333	24803-24805
S	1081	I1081S		nonsyn	ATT	TCC	6	1	0.166667	24803-24805
S	1081	I1081A		nonsyn	ATt	GCt	3	2	0.666667	24803-24805
S	1081	I1081A		nonsyn	ATT	GCC	3	1	0.333333	24803-24805
S	1081	I1081N		nonsyn	aTt	aAt	2	2	1	24803-24805
S	1081	I1081del1		del	aTt	a-t	2	1	0.5	24803-24805
S	1081	I1081del1		del	AtT	-tC	2	1	0.5	24803-24805
S	1081	I1081K		nonsyn	aTT	aAG	1	1	1	24803-24805

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	1081	I1081I	atT	atC	351	373	All	0.000067
S	1081	I1081I	atT	atA	22	373	All	0.000004
S	1081	I1081I	atT	atC	223	223	B.1.505	0.97807
S	1081	I1081V	Att	Gtt	178	179	All	0.000034
S	1081	I1081V	AtT	GtC	1	179	All	0
S	1081	I1081F	Att	Ttt	50	51	All	0.00001
S	1081	I1081F	AtT	TtC	1	51	All	0
S	1081	I1081V	Att	Gtt	46	46	AY.100	0.002116
S	1081	I1081L	Att	Ctt	43	43	All	0.000008
S	1081	I1081I	atT	atA	19	33	B.1.1.7	0.000017
S	1081	I1081I	atT	atC	14	33	B.1.1.7	0.000013
S	1081	I1081L	Att	Ctt	30	30	B.1.1.7	0.000027
S	1081	I1081T	aTt	aCt	26	29	All	0.000005
S	1081	I1081T	aTT	aCC	3	29	All	0.000001
S	1081	I1081del	ATT	---	22	22	All	0.000004
S	1081	I1081I	atT	atC	22	22	AY.42	0.000885
S	1081	I1081V	Att	Gtt	20	20	AY.4	0.000031
S	1081	I1081I	atT	atC	17	17	AY.103	0.000106
S	1081	I1081V	Att	Gtt	17	17	B.1.234	0.002243
S	1081	I1081M	atT	atG	16	16	All	0.000003
S	1081	I1081T	aTt	aCt	14	14	AY.92	0.004022
S	1081	I1081I	atT	atC	14	14	B.1.221	0.000994
S	1081	I1081I	atT	atC	13	13	AY.23	0.000907
S	1081	I1081V	Att	Gtt	13	13	B.1.427	0.000656
S	1081	I1081V	Att	Gtt	12	12	B.1.1.7	0.000011
S	1081	I1081I	atT	atC	12	12	B.1.617.2	0.000045
S	1081	I1081F	Att	Ttt	9	9	AY.26	0.000255
S	1081	I1081V	Att	Gtt	9	9	AY.44	0.000055
S	1081	I1081V	Att	Gtt	9	9	B.1.617.2	0.000034
S	1081	I1081S	aTt	aGt	3	6	All	0.000001
S	1081	I1081S	ATt	TCt	2	6	All	0
S	1081	I1081S	ATT	TCC	1	6	All	0
S	1081	I1081F	Att	Ttt	6	6	B.1.1.7	0.000005
S	1081	I1081I	atT	atC	5	5	AY.111	0.000916
S	1081	I1081M	atT	atG	5	5	AY.23	0.000349
S	1081	I1081V	Att	Gtt	5	5	AY.25	0.00003
S	1081	I1081V	Att	Gtt	5	5	AY.3	0.00005
S	1081	I1081V	Att	Gtt	5	5	B.1.160	0.000156
S	1081	I1081T	aTT	aCC	3	4		0.166667
S	1081	I1081S	aTt	aGt	2	4		0.111111
S	1081	I1081S	ATt	TCt	1	4		0.055556
S	1081	I1081T	aTt	aCt	1	4		0.055556
S	1081	I1081S	ATT	TCC	1	4		0.055556
S	1081	I1081I	atT	atC	4	4	AY.43	0.000018
S	1081	I1081L	Att	Ctt	4	4	AY.46.5	0.000794
S	1081	I1081L	Att	Ctt	4	4	AY.61	0.000419
S	1081	I1081V	Att	Gtt	4	4	B.1.1.70	0.001364
S	1081	I1081M	atT	atG	4	4	B.1.177	0.000053
S	1081	I1081F	Att	Ttt	4	4	B.1.221.2	0.016064
S	1081	I1081A	ATt	GCt	2	3	All	0
S	1081	I1081A	ATT	GCC	1	3	All	0
S	1081	I1081I	atT	atC	3	3	AY.25	0.000018
S	1081	I1081V	Att	Gtt	3	3	AY.39	0.000074
S	1081	I1081I	atT	atC	3	3	AY.4	0.000005
S	1081	I1081F	Att	Ttt	3	3	AY.4	0.000005
S	1081	I1081del	ATT	---	3	3	AY.43	0.000013
S	1081	I1081I	atT	atC	3	3	B.1	0.000027
S	1081	I1081del	ATT	---	3	3	B.1.1.7	0.000003
S	1081	I1081V	Att	Gtt	3	3	B.1.160.16	0.002788
S	1081	I1081F	Att	Ttt	3	3	B.1.617.2	0.000011
S	1081	I1081del	ATT	---	2	2		0.111111
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	2		0.055556
S	1081	I1081F	Att	Ttt	1	2		0.055556
S	1081	I1081F	AtT	TtC	1	2		0.055556
S	1081	I1081V	AtT	GtC	1	2		0.055556
S	1081	I1081A	ATt	GCt	1	2		0.055556
S	1081	I1081A	ATT	GCC	1	2		0.055556
S	1081	I1081I	atT	atA	2	2	AD.2	0.000438
S	1081	I1081N	aTt	aAt	2	2	All	0
S	1081	I1081del1	aTt	a-t	1	2	All	0
S	1081	I1081del1	AtT	-tC	1	2	All	0
S	1081	I1081V	Att	Gtt	2	2	AY.103	0.000012
S	1081	I1081F	Att	Ttt	2	2	AY.114	0.000462
S	1081	I1081del	ATT	---	2	2	AY.120	0.000074
S	1081	I1081F	Att	Ttt	2	2	AY.3	0.00002
S	1081	I1081del	ATT	---	2	2	AY.4	0.000003
S	1081	I1081V	Att	Gtt	2	2	AY.43	0.000009
S	1081	I1081F	Att	Ttt	2	2	AY.43	0.000009
S	1081	I1081I	atT	atC	2	2	AY.75	0.000112
S	1081	I1081M	atT	atG	2	2	B.1	0.000018
S	1081	I1081F	Att	Ttt	2	2	B.1	0.000018
S	1081	I1081F	Att	Ttt	2	2	B.1.1	0.000036
S	1081	I1081V	Att	Gtt	2	2	B.1.1.306	0.000877
S	1081	I1081V	Att	Gtt	2	2	B.1.1.519	0.000079
S	1081	I1081M	atT	atG	2	2	B.1.1.7	0.000002
S	1081	I1081F	Att	Ttt	2	2	B.1.110.3	0.001437
S	1081	I1081F	Att	Ttt	2	2	B.1.2	0.000018
S	1081	I1081F	Att	Ttt	2	2	B.1.526	0.000047
S	1081	I1081M	atT	atG	2	2	B.1.595	0.000522
S	1081	I1081del	ATT	---	2	2	B.1.617.2	0.000008
S	1081	I1081L	Att	Ctt	2	2	B.1.617.2	0.000008
S	1081	I1081T	aTt	aCt	2	2	B.1.637	0.000146
S	1081	I1081I	atT	atC	1	1		0.055556
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	AD.2	0.000219
S	1081	I1081K	aTT	aAG	1	1	All	0
S	1081	I1081T	aTt	aCt	1	1	AY.100	0.000046
S	1081	I1081F	Att	Ttt	1	1	AY.102	0.000027
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	AY.102	0.000027
S	1081	I1081I	atT	atC	1	1	AY.119	0.000035
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	AY.16.1	0.00047
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	AY.19	0.00114
S	1081	I1081L	Att	Ctt	1	1	AY.25	0.000006
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	AY.29	0.000016
S	1081	I1081I	atT	atC	1	1	AY.33	0.000067
S	1081	I1081del	ATT	---	1	1	AY.36	0.000148
S	1081	I1081L	Att	Ctt	1	1	AY.4	0.000002
S	1081	I1081I	atT	atC	1	1	AY.4.2	0.000022
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	AY.4.4	0.000409
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	AY.42	0.00004
S	1081	I1081T	aTt	aCt	1	1	AY.43	0.000004
S	1081	I1081A	ATt	GCt	1	1	AY.43	0.000004
S	1081	I1081F	Att	Ttt	1	1	AY.44	0.000006
S	1081	I1081I	atT	atC	1	1	AY.44	0.000006
S	1081	I1081T	aTt	aCt	1	1	AY.44	0.000006
S	1081	I1081del	ATT	---	1	1	AY.46.2	0.000635
S	1081	I1081I	atT	atC	1	1	AY.46.2	0.000635
S	1081	I1081I	atT	atC	1	1	AY.47	0.000031
S	1081	I1081F	Att	Ttt	1	1	AY.5.3	0.000337
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	AY.53	0.000288
S	1081	I1081F	Att	Ttt	1	1	AY.53	0.000288
S	1081	I1081S	ATt	TCt	1	1	AY.67	0.000464
S	1081	I1081T	aTt	aCt	1	1	AY.7.1	0.000113
S	1081	I1081del	ATT	---	1	1	AY.75	0.000056
S	1081	I1081L	Att	Ctt	1	1	AY.75	0.000056
S	1081	I1081T	aTt	aCt	1	1	AY.9.2	0.000037
S	1081	I1081N	aTt	aAt	1	1	B	0.000128
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	B.1	0.000009
S	1081	I1081S	aTt	aGt	1	1	B.1	0.000009
S	1081	I1081del	ATT	---	1	1	B.1	0.000009
S	1081	I1081T	aTt	aCt	1	1	B.1	0.000009
S	1081	I1081I	atT	atA	1	1	B.1.1	0.000018
S	1081	I1081K	aTT	aAG	1	1	B.1.1	0.000018
S	1081	I1081I	atT	atC	1	1	B.1.1.243	0.004082
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	B.1.177.21	0.000076
S	1081	I1081I	atT	atC	1	1	B.1.182	0.007246
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	B.1.2	0.000009
S	1081	I1081M	atT	atG	1	1	B.1.221	0.000071
S	1081	I1081F	Att	Ttt	1	1	B.1.221	0.000071
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	B.1.258.17	0.000104
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	B.1.351	0.00003
S	1081	I1081del	ATT	---	1	1	B.1.351	0.00003
S	1081	I1081I	atT	atC	1	1	B.1.351	0.00003
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	B.1.351.5	0.0006
S	1081	I1081T	aTt	aCt	1	1	B.1.36.22	0.001208
S	1081	I1081T	aTt	aCt	1	1	B.1.375	0.00082
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	B.1.393	0.028571
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	B.1.526	0.000024
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	B.1.551	0.00129
S	1081	I1081del1	aTt	a-t	1	1	B.1.595	0.000261
S	1081	I1081del1	AtT	-tC	1	1	B.1.596	0.000087
S	1081	I1081F	Att	Ttt	1	1	B.1.596	0.000087
S	1081	I1081T	aTt	aCt	1	1	B.1.617.2	0.000004
S	1081	I1081I	atT	atC	1	1	B.1.621	0.000089
S	1081	I1081F	Att	Ttt	1	1	B.1.621.1	0.000506
S	1081	I1081I	atT	atC	1	1	B.1.630	0.005236
S	1081	I1081V	Att	Gtt	1	1	B.1.637	0.000073
S	1081	I1081I	atT	atC	1	1	B.1.637	0.000073
S	1081	I1081I	atT	atC	1	1	B.40	0.000364
S	1081	I1081del	ATT	---	1	1	C.37	0.000116
S	1081	I1081F	Att	Ttt	1	1	D.2	0.000075
S	1081	I1081del	ATT	---	1	1	P.1	0.000016
S	1081	I1081I	atT	atC	1	1	P.1	0.000016
S	1081	I1081del	ATT	---	1	1	P.1.15	0.000232
S	1081	I1081N	aTt	aAt	1	1	P.1.15	0.000232
S	1081	I1081I	atT	atC	1	1	Q.3	0.000145

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.