CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 1073

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	1073	K1073N		nonsyn	aaG	aaT	7685	4523	0.588549	24779-24781
S	1073	K1073N		nonsyn	aaG	aaC	7685	3162	0.411451	24779-24781
S	1073	K1073T		nonsyn	aAg	aCg	2802	2801	0.999643	24779-24781
S	1073	K1073T		nonsyn	aAG	aCC	2802	1	0.000356888	24779-24781
S	1073	K1073K		syn	aaG	aaA	895	895	1	24779-24781
S	1073	K1073M		nonsyn	aAg	aTg	636	636	1	24779-24781
S	1073	K1073E		nonsyn	Aag	Gag	314	313	0.996815	24779-24781
S	1073	K1073E		nonsyn	AaG	GaA	314	1	0.00318471	24779-24781
S	1073	K1073R		nonsyn	aAg	aGg	151	151	1	24779-24781
S	1073	K1073Q		nonsyn	Aag	Cag	28	28	1	24779-24781
S	1073	K1073del		del	AAG	---	16	16	1	24779-24781
S	1073	K1073del1		del	aaG	aa-	8	8	1	24779-24781
S	1073	K1073X		nonsyn	Aag	Tag	3	3	1	24779-24781
S	1073	K1073S		nonsyn	aAG	aGT	2	1	0.5	24779-24781
S	1073	K1073S		nonsyn	aAG	aGC	2	1	0.5	24779-24781
S	1073	K1073A		nonsyn	AAg	GCg	1	1	1	24779-24781
S	1073	K1073H		nonsyn	AaG	CaC	1	1	1	24779-24781

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	1073	K1073N	aaG	aaT	4523	7685	All	0.000865
S	1073	K1073N	aaG	aaC	3162	7685	All	0.000605
S	1073	K1073T	aAg	aCg	2801	2802	All	0.000536
S	1073	K1073T	aAG	aCC	1	2802	All	0
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1826	1834	AY.39	0.045123
S	1073	K1073N	aaG	aaT	8	1834	AY.39	0.000198
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1325	1325	B.1.177.12	0.201001
S	1073	K1073K	aaG	aaA	895	895	All	0.000171
S	1073	K1073T	aAg	aCg	780	780	AY.4	0.001214
S	1073	K1073N	aaG	aaC	646	646	AY.39.2	0.995378
S	1073	K1073M	aAg	aTg	636	636	All	0.000122
S	1073	K1073K	aaG	aaA	594	594	B.1.1.7	0.000532
S	1073	K1073N	aaG	aaT	578	578	C.30	0.998273
S	1073	K1073N	aaG	aaT	488	531	AY.4	0.00076
S	1073	K1073N	aaG	aaC	43	531	AY.4	0.000067
S	1073	K1073N	aaG	aaT	464	489	B.1.1.7	0.000415
S	1073	K1073N	aaG	aaC	25	489	B.1.1.7	0.000022
S	1073	K1073N	aaG	aaC	209	395	B.1.617.2	0.000787
S	1073	K1073N	aaG	aaT	186	395	B.1.617.2	0.0007
S	1073	K1073E	Aag	Gag	313	314	All	0.00006
S	1073	K1073E	AaG	GaA	1	314	All	0
S	1073	K1073M	aAg	aTg	311	311	AY.4	0.000484
S	1073	K1073M	aAg	aTg	267	267	B.1.1.7	0.000239
S	1073	K1073T	aAg	aCg	257	257	B.1.1.7	0.00023
S	1073	K1073N	aaG	aaT	213	213	B.1.1.240	1
S	1073	K1073N	aaG	aaT	201	201	B.1.1.194	0.99505
S	1073	K1073N	aaG	aaT	133	169	AY.43	0.000589
S	1073	K1073N	aaG	aaC	36	169	AY.43	0.000159
S	1073	K1073N	aaG	aaT	164	164	B.1.311	0.04503
S	1073	K1073R	aAg	aGg	151	151	All	0.000029
S	1073	K1073N	aaG	aaT	149	149	C.30.1	1
S	1073	K1073N	aaG	aaT	114	130	AY.44	0.000694
S	1073	K1073N	aaG	aaC	16	130	AY.44	0.000097
S	1073	K1073N	aaG	aaT	119	123	AY.3	0.001184
S	1073	K1073N	aaG	aaC	4	123	AY.3	0.00004
S	1073	K1073N	aaG	aaT	109	111	AY.29	0.001719
S	1073	K1073N	aaG	aaC	2	111	AY.29	0.000032
S	1073	K1073T	aAg	aCg	103	103	AY.9.2	0.003783
S	1073	K1073N	aaG	aaT	87	95	B.1	0.000797
S	1073	K1073N	aaG	aaC	8	95	B.1	0.000073
S	1073	K1073N	aaG	aaT	82	93	B.1.2	0.000722
S	1073	K1073N	aaG	aaC	11	93	B.1.2	0.000097
S	1073	K1073T	aAg	aCg	91	91	B.1.369	0.025956
S	1073	K1073N	aaG	aaT	89	89	AY.113	0.012673
S	1073	K1073E	Aag	Gag	88	88	AY.98	0.006952
S	1073	K1073E	Aag	Gag	88	88	B.1.617.2	0.000331
S	1073	K1073N	aaG	aaT	69	86	P.1	0.001087
S	1073	K1073N	aaG	aaC	17	86	P.1	0.000268
S	1073	K1073N	aaG	aaT	64	79	B.1.177	0.000843
S	1073	K1073N	aaG	aaC	15	79	B.1.177	0.000198
S	1073	K1073N	aaG	aaT	75	75	B.1.351.2	0.022693
S	1073	K1073N	aaG	aaT	43	69	AY.25	0.000259
S	1073	K1073N	aaG	aaC	26	69	AY.25	0.000156
S	1073	K1073N	aaG	aaT	63	64	B.1.526	0.001481
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	64	B.1.526	0.000024
S	1073	K1073N	aaG	aaT	47	58	AY.103	0.000292
S	1073	K1073N	aaG	aaC	11	58	AY.103	0.000068
S	1073	K1073N	aaG	aaT	56	56	C.31	1
S	1073	K1073R	aAg	aGg	55	55	B.1.1.7	0.000049
S	1073	K1073N	aaG	aaC	40	43	B.1.243	0.002783
S	1073	K1073N	aaG	aaT	3	43	B.1.243	0.000209
S	1073	K1073T	aAg	aCg	42	42	AY.43	0.000186
S	1073	K1073N	aaG	aaC	35	41	AY.39.1	0.001386
S	1073	K1073N	aaG	aaT	6	41	AY.39.1	0.000238
S	1073	K1073T	aAg	aCg	39	39	AY.103	0.000242
S	1073	K1073N	aaG	aaT	27	38	B.1.1	0.00049
S	1073	K1073N	aaG	aaC	11	38	B.1.1	0.0002
S	1073	K1073N	aaG	aaT	36	36	AY.34	0.003491
S	1073	K1073E	Aag	Gag	34	34	B.1.1	0.000617
S	1073	K1073N	aaG	aaT	34	34	B.1.1.284	0.003652
S	1073	K1073N	aaG	aaT	22	33	B.1.427	0.001111
S	1073	K1073N	aaG	aaC	11	33	B.1.427	0.000555
S	1073	K1073K	aaG	aaA	31	31	AY.3	0.000308
S	1073	K1073N	aaG	aaT	31	31	AY.4.5	0.003332
S	1073	K1073N	aaG	aaT	27	29	AY.46.6	0.00195
S	1073	K1073N	aaG	aaC	2	29	AY.46.6	0.000144
S	1073	K1073N	aaG	aaC	20	29	B.1.429	0.000471
S	1073	K1073N	aaG	aaT	9	29	B.1.429	0.000212
S	1073	K1073Q	Aag	Cag	28	28	All	0.000005
S	1073	K1073N	aaG	aaT	21	26	AY.100	0.000966
S	1073	K1073N	aaG	aaC	5	26	AY.100	0.00023
S	1073	K1073N	aaG	aaT	26	26	AY.106	0.008707
S	1073	K1073N	aaG	aaT	26	26	B.1.160	0.000811
S	1073	K1073T	aAg	aCg	23	23	AY.119	0.000812
S	1073	K1073K	aaG	aaA	23	23	AY.4.2	0.000499
S	1073	K1073N	aaG	aaT	23	23	AY.46.5	0.004563
S	1073	K1073N	aaG	aaT	17	23	P.1.14	0.000813
S	1073	K1073N	aaG	aaC	6	23	P.1.14	0.000287
S	1073	K1073N	aaG	aaT	22	22	AJ.1	1
S	1073	K1073K	aaG	aaA	22	22	B.1.617.2	0.000083
S	1073	K1073N	aaG	aaC	11	21	AY.102	0.000292
S	1073	K1073N	aaG	aaT	10	21	AY.102	0.000265
S	1073	K1073N	aaG	aaT	12	20	AY.5	0.000248
S	1073	K1073N	aaG	aaC	8	20	AY.5	0.000165
S	1073	K1073K	aaG	aaA	20	20	B.1.2	0.000176
S	1073	K1073E	Aag	Gag	19	19	B.1.243	0.001322
S	1073	K1073K	aaG	aaA	18	18	AY.4	0.000028
S	1073	K1073E	Aag	Gag	17	17	B.1.1.7	0.000015
S	1073	K1073N	aaG	aaT	17	17	B.1.240	0.003665
S	1073	K1073N	aaG	aaT	16	17	B.1.36	0.002334
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	17	B.1.36	0.000146
S	1073	K1073del	AAG	---	16	16	All	0.000003
S	1073	K1073N	aaG	aaT	11	16	AY.53	0.003163
S	1073	K1073N	aaG	aaC	5	16	AY.53	0.001438
S	1073	K1073N	aaG	aaT	14	16	B.1.1.519	0.000556
S	1073	K1073N	aaG	aaC	2	16	B.1.1.519	0.000079
S	1073	K1073Q	Aag	Cag	16	16	B.1.1.7	0.000014
S	1073	K1073N	aaG	aaT	16	16	B.1.319	0.04878
S	1073	K1073N	aaG	aaT	16	16	B.1.564.1	0.025237
S	1073	K1073K	aaG	aaA	15	15	AY.43	0.000066
S	1073	K1073E	Aag	Gag	15	15	B.1	0.000137
S	1073	K1073T	aAg	aCg	15	15	B.1.617.2	0.000056
S	1073	K1073N	aaG	aaT	13	14	AY.46	0.001353
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	14	AY.46	0.000104
S	1073	K1073K	aaG	aaA	13	13	AY.103	0.000081
S	1073	K1073N	aaG	aaT	13	13	B.1.36.17	0.006423
S	1073	K1073N	aaG	aaT	13	13	B.1.399	0.025145
S	1073	K1073K	aaG	aaA	13	13	R.1	0.00117
S	1073	K1073N	aaG	aaC	8	12	AY.87	0.006661
S	1073	K1073N	aaG	aaT	4	12	AY.87	0.003331
S	1073	K1073T	aAg	aCg	12	12	B.1.438.1	0.001287
S	1073	K1073R	aAg	aGg	11	11	B.1.177	0.000145
S	1073	K1073N	aaG	aaT	7	11	B.1.177.73	0.003964
S	1073	K1073N	aaG	aaC	4	11	B.1.177.73	0.002265
S	1073	K1073N	aaG	aaT	11	11	B.1.234	0.001451
S	1073	K1073N	aaG	aaT	11	11	B.1.351	0.000327
S	1073	K1073N	aaG	aaT	11	11	B.1.369	0.003137
S	1073	K1073N	aaG	aaT	11	11	B.1.568	0.012222
S	1073	K1073N	aaG	aaT	11	11	C.16	0.011665
S	1073	K1073N	aaG	aaT	10	11	C.37	0.001161
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	11	C.37	0.000116
S	1073	K1073N	aaG	aaT	10	10	AY.118	0.000626
S	1073	K1073N	aaG	aaT	9	10	AY.62	0.003922
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	10	AY.62	0.000436
S	1073	K1073N	aaG	aaT	10	10	B.1.239	0.01221
S	1073	K1073N	aaG	aaC	6	9	AY.119	0.000212
S	1073	K1073N	aaG	aaT	3	9	AY.119	0.000106
S	1073	K1073N	aaG	aaT	5	9	AY.23	0.000349
S	1073	K1073N	aaG	aaC	4	9	AY.23	0.000279
S	1073	K1073K	aaG	aaA	9	9	AY.23.1	0.003756
S	1073	K1073N	aaG	aaT	8	9	AY.26	0.000226
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	9	AY.26	0.000028
S	1073	K1073N	aaG	aaT	9	9	AY.4.2	0.000195
S	1073	K1073K	aaG	aaA	9	9	B.1.1	0.000163
S	1073	K1073R	aAg	aGg	9	9	B.1.1.519	0.000357
S	1073	K1073N	aaG	aaT	7	9	B.1.258	0.000466
S	1073	K1073N	aaG	aaC	2	9	B.1.258	0.000133
S	1073	K1073K	aaG	aaA	9	9	B.1.258.17	0.000936
S	1073	K1073M	aAg	aTg	9	9	B.1.596	0.000784
S	1073	K1073del1	aaG	aa-	8	8	All	0.000002
S	1073	K1073T	aAg	aCg	8	8	AY.102	0.000212
S	1073	K1073N	aaG	aaT	5	8	AY.120	0.000186
S	1073	K1073N	aaG	aaC	3	8	AY.120	0.000112
S	1073	K1073K	aaG	aaA	8	8	AY.39.1	0.000317
S	1073	K1073E	Aag	Gag	8	8	AY.4	0.000012
S	1073	K1073N	aaG	aaT	4	8	AY.42	0.000161
S	1073	K1073N	aaG	aaC	4	8	AY.42	0.000161
S	1073	K1073K	aaG	aaA	8	8	AY.44	0.000049
S	1073	K1073T	aAg	aCg	8	8	B.1.1.326	0.014085
S	1073	K1073del1	aaG	aa-	8	8	B.1.1.7	0.000007
S	1073	K1073K	aaG	aaA	8	8	B.1.160.26	0.01937
S	1073	K1073M	aAg	aTg	8	8	B.1.617.2	0.00003
S	1073	K1073N	aaG	aaT	6	7	AY.20	0.000233
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	7	AY.20	0.000039
S	1073	K1073N	aaG	aaT	7	7	AY.33	0.000467
S	1073	K1073M	aAg	aTg	7	7	AY.43	0.000031
S	1073	K1073K	aaG	aaA	7	7	AY.5	0.000145
S	1073	K1073N	aaG	aaT	7	7	AY.74	0.00081
S	1073	K1073N	aaG	aaC	7	7	B.1.1.192	0.016166
S	1073	K1073N	aaG	aaT	7	7	B.1.160.32	0.030043
S	1073	K1073N	aaG	aaT	7	7	B.1.236	0.014374
S	1073	K1073N	aaG	aaT	7	7	B.1.470	0.009831
S	1073	K1073N	aaG	aaT	7	7	B.1.561	0.002779
S	1073	K1073N	aaG	aaT	7	7	C.36.3	0.003971
S	1073	K1073N	aaG	aaT	6	6	AY.14	0.000528
S	1073	K1073R	aAg	aGg	6	6	AY.43	0.000027
S	1073	K1073N	aaG	aaT	5	6	AY.61	0.000524
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	6	AY.61	0.000105
S	1073	K1073N	aaG	aaT	5	6	AY.9.2	0.000184
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	6	AY.9.2	0.000037
S	1073	K1073K	aaG	aaA	6	6	AY.98	0.000474
S	1073	K1073N	aaG	aaT	6	6	B.1.1.1	0.00196
S	1073	K1073E	Aag	Gag	6	6	B.1.177	0.000079
S	1073	K1073T	aAg	aCg	6	6	B.1.595	0.001566
S	1073	K1073N	aaG	aaT	3	5	A.2.5	0.001497
S	1073	K1073N	aaG	aaC	2	5	A.2.5	0.000998
S	1073	K1073N	aaG	aaC	3	5	AY.110	0.000338
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	5	AY.110	0.000225
S	1073	K1073N	aaG	aaT	4	5	AY.117	0.000338
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	5	AY.117	0.000085
S	1073	K1073K	aaG	aaA	5	5	AY.119	0.000177
S	1073	K1073T	aAg	aCg	5	5	AY.120.2.1	0.002491
S	1073	K1073K	aaG	aaA	5	5	AY.25	0.00003
S	1073	K1073T	aAg	aCg	5	5	AY.3	0.00005
S	1073	K1073T	aAg	aCg	5	5	AY.39	0.000124
S	1073	K1073T	aAg	aCg	5	5	AY.4.2	0.000108
S	1073	K1073T	aAg	aCg	5	5	AY.9	0.000338
S	1073	K1073M	aAg	aTg	5	5	AY.9.2	0.000184
S	1073	K1073E	Aag	Gag	5	5	AY.98.1	0.000242
S	1073	K1073R	aAg	aGg	5	5	B.1	0.000046
S	1073	K1073N	aaG	aaT	3	5	B.1.177.86	0.00055
S	1073	K1073N	aaG	aaC	2	5	B.1.177.86	0.000367
S	1073	K1073K	aaG	aaA	5	5	B.1.234	0.00066
S	1073	K1073N	aaG	aaT	5	5	B.1.36.33	0.037879
S	1073	K1073R	aAg	aGg	5	5	B.1.617.2	0.000019
S	1073	K1073N	aaG	aaT	5	5	C.18	0.012953
S	1073	K1073N	aaG	aaT	4	5	Q.1	0.000505
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	5	Q.1	0.000126
S	1073	K1073R	aAg	aGg	4	4	AY.103	0.000025
S	1073	K1073N	aaG	aaT	3	4	AY.105	0.001929
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	4	AY.105	0.000643
S	1073	K1073N	aaG	aaT	4	4	AY.111	0.000733
S	1073	K1073N	aaG	aaT	3	4	AY.114	0.000693
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	4	AY.114	0.000231
S	1073	K1073N	aaG	aaT	4	4	AY.12	0.001264
S	1073	K1073N	aaG	aaT	4	4	AY.121	0.000541
S	1073	K1073N	aaG	aaC	4	4	AY.16	0.001519
S	1073	K1073N	aaG	aaT	3	4	AY.16.1	0.00141
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	4	AY.16.1	0.00047
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	4	AY.24	0.000862
S	1073	K1073N	aaG	aaC	2	4	AY.24	0.000862
S	1073	K1073K	aaG	aaA	4	4	AY.29	0.000063
S	1073	K1073N	aaG	aaT	4	4	AY.35	0.000932
S	1073	K1073R	aAg	aGg	4	4	AY.4	0.000006
S	1073	K1073Q	Aag	Cag	4	4	AY.4	0.000006
S	1073	K1073T	aAg	aCg	4	4	AY.4.4	0.001637
S	1073	K1073N	aaG	aaC	2	4	AY.45	0.000243
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	4	AY.45	0.000243
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	4	AY.75	0.000112
S	1073	K1073N	aaG	aaC	2	4	AY.75	0.000112
S	1073	K1073N	aaG	aaT	4	4	AY.98.1	0.000194
S	1073	K1073T	aAg	aCg	4	4	B.1	0.000037
S	1073	K1073N	aaG	aaT	4	4	B.1.1.70	0.001364
S	1073	K1073N	aaG	aaT	4	4	B.1.177.54	0.002426
S	1073	K1073E	Aag	Gag	4	4	B.1.2	0.000035
S	1073	K1073T	aAg	aCg	4	4	B.1.2	0.000035
S	1073	K1073N	aaG	aaT	4	4	B.1.36.29	0.002069
S	1073	K1073T	aAg	aCg	4	4	B.1.429	0.000094
S	1073	K1073N	aaG	aaT	4	4	B.1.564	0.001704
S	1073	K1073K	aaG	aaA	4	4	B.1.637	0.000292
S	1073	K1073X	Aag	Tag	3	3	All	0.000001
S	1073	K1073R	aAg	aGg	3	3	AU.3	0.006329
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	3	AY.1	0.000791
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	3	AY.1	0.000396
S	1073	K1073M	aAg	aTg	3	3	AY.119	0.000106
S	1073	K1073E	Aag	Gag	3	3	AY.23	0.000209
S	1073	K1073N	aaG	aaC	2	3	AY.36	0.000296
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	3	AY.36	0.000148
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	3	AY.41	0.000588
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	3	AY.41	0.000294
S	1073	K1073T	aAg	aCg	3	3	AY.47	0.000093
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	3	AY.5.3	0.000675
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	3	AY.5.3	0.000337
S	1073	K1073E	Aag	Gag	3	3	AY.54	0.000286
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	3	AY.54	0.000191
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	3	AY.54	0.000095
S	1073	K1073N	aaG	aaT	3	3	AY.85	0.001282
S	1073	K1073N	aaG	aaT	3	3	AY.9.1	0.000251
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	3	AY.98	0.000158
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	3	AY.98	0.000079
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	3	AY.99.2	0.000184
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	3	AY.99.2	0.000092
S	1073	K1073K	aaG	aaA	3	3	B.1	0.000027
S	1073	K1073M	aAg	aTg	3	3	B.1	0.000027
S	1073	K1073R	aAg	aGg	3	3	B.1.1	0.000054
S	1073	K1073N	aaG	aaT	3	3	B.1.1.189	0.004539
S	1073	K1073N	aaG	aaT	3	3	B.1.1.222	0.000612
S	1073	K1073N	aaG	aaT	3	3	B.1.1.277	0.002276
S	1073	K1073K	aaG	aaA	3	3	B.1.1.284	0.000322
S	1073	K1073N	aaG	aaT	3	3	B.1.1.448	0.006098
S	1073	K1073M	aAg	aTg	3	3	B.1.177.32	0.004049
S	1073	K1073N	aaG	aaT	3	3	B.1.177.57	0.000843
S	1073	K1073R	aAg	aGg	3	3	B.1.2	0.000026
S	1073	K1073K	aaG	aaA	3	3	B.1.351	0.000089
S	1073	K1073K	aaG	aaA	3	3	B.1.428	0.003061
S	1073	K1073R	aAg	aGg	3	3	B.1.429	0.000071
S	1073	K1073K	aaG	aaA	3	3	B.1.526	0.000071
S	1073	K1073N	aaG	aaT	3	3	B.1.596	0.000261
S	1073	K1073N	aaG	aaC	3	3	B.1.609	0.001438
S	1073	K1073N	aaG	aaT	3	3	B.1.637	0.000219
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	3	D.2	0.00015
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	3	D.2	0.000075
S	1073	K1073N	aaG	aaT	3	3	L.3	0.010638
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	A	0.000774
S	1073	K1073T	aAg	aCg	2	2	A.19	0.018868
S	1073	K1073S	aAG	aGC	1	2	All	0
S	1073	K1073S	aAG	aGT	1	2	All	0
S	1073	K1073E	Aag	Gag	2	2	AY.103	0.000012
S	1073	K1073Q	Aag	Cag	2	2	AY.103	0.000012
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	2	AY.107	0.000466
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	2	AY.107	0.000466
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	2	AY.108	0.001103
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	2	AY.108	0.001103
S	1073	K1073E	Aag	Gag	2	2	AY.109	0.001479
S	1073	K1073K	aaG	aaA	2	2	AY.20	0.000078
S	1073	K1073M	aAg	aTg	2	2	AY.23	0.000139
S	1073	K1073R	aAg	aGg	2	2	AY.25	0.000012
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	AY.27	0.000129
S	1073	K1073E	Aag	Gag	2	2	AY.3	0.00002
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	2	AY.3.1	0.000085
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	2	AY.3.1	0.000085
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	AY.30	0.000791
S	1073	K1073K	aaG	aaA	2	2	AY.34	0.000194
S	1073	K1073del	AAG	---	2	2	AY.4	0.000003
S	1073	K1073R	aAg	aGg	2	2	AY.4.2	0.000043
S	1073	K1073E	Aag	Gag	2	2	AY.43	0.000009
S	1073	K1073del	AAG	---	2	2	AY.43	0.000009
S	1073	K1073T	aAg	aCg	2	2	AY.44	0.000012
S	1073	K1073M	aAg	aTg	2	2	AY.44	0.000012
S	1073	K1073R	aAg	aGg	2	2	AY.47	0.000062
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	2	AY.47	0.000031
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	2	AY.47	0.000031
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	2	AY.6	0.000041
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	2	AY.6	0.000041
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	AY.69	0.000373
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	AY.75.1	0.000361
S	1073	K1073K	aaG	aaA	2	2	AY.84	0.000875
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	AY.9	0.000135
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	2	AY.92	0.000287
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	2	AY.92	0.000287
S	1073	K1073K	aaG	aaA	2	2	AY.99.2	0.000184
S	1073	K1073T	aAg	aCg	2	2	B.1.1	0.000036
S	1073	K1073E	Aag	Gag	2	2	B.1.1.134	0.022727
S	1073	K1073R	aAg	aGg	2	2	B.1.1.214	0.000111
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	B.1.1.372	0.001377
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	B.1.1.401	0.133333
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	B.1.1.432	0.002532
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	B.1.1.50	0.001358
S	1073	K1073K	aaG	aaA	2	2	B.1.177	0.000026
S	1073	K1073T	aAg	aCg	2	2	B.1.177.21	0.000153
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	B.1.177.52	0.003515
S	1073	K1073M	aAg	aTg	2	2	B.1.189	0.008584
S	1073	K1073K	aaG	aaA	2	2	B.1.221	0.000142
S	1073	K1073N	aaG	aaC	2	2	B.1.232	0.001075
S	1073	K1073E	Aag	Gag	2	2	B.1.258	0.000133
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	B.1.306	0.011429
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	B.1.337	0.011173
S	1073	K1073R	aAg	aGg	2	2	B.1.36	0.000292
S	1073	K1073N	aaG	aaC	2	2	B.1.36.16	0.002849
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	B.1.36.28	0.011494
S	1073	K1073R	aAg	aGg	2	2	B.1.362.2	0.009434
S	1073	K1073T	aAg	aCg	2	2	B.1.367	0.001585
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	2	B.1.391	0.001127
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	2	B.1.391	0.001127
S	1073	K1073K	aaG	aaA	2	2	B.1.429	0.000047
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	B.1.438.1	0.000215
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	B.1.466.2	0.000782
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	B.1.558	0.009132
S	1073	K1073N	aaG	aaC	2	2	B.29	0.007018
S	1073	K1073T	aAg	aCg	2	2	C.37	0.000232
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	C.8	0.008929
S	1073	K1073R	aAg	aGg	2	2	D.2	0.00015
S	1073	K1073T	aAg	aCg	2	2	P.1	0.000032
S	1073	K1073K	aaG	aaA	2	2	P.1	0.000032
S	1073	K1073R	aAg	aGg	2	2	P.1.17	0.000324
S	1073	K1073T	aAg	aCg	2	2	P.1.7	0.000639
S	1073	K1073R	aAg	aGg	2	2	P.1.7	0.000639
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	P.7	0.008734
S	1073	K1073N	aaG	aaT	2	2	R.1	0.00018
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	A.2	0.000662
S	1073	K1073E	Aag	Gag	1	1	A.2.4	0.003367
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	1	A.2.4	0.003367
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	A.23.1	0.000704
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	1	A.23.1	0.000704
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	A.28	0.002646
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	A.5	0.001923
S	1073	K1073A	AAg	GCg	1	1	All	0
S	1073	K1073H	AaG	CaC	1	1	All	0
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	AY.10	0.00053
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	AY.100	0.000046
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	AY.102	0.000027
S	1073	K1073E	Aag	Gag	1	1	AY.102	0.000027
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	AY.102	0.000027
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	AY.104	0.001984
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	1	AY.104	0.001984
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	AY.105	0.000643
S	1073	K1073Q	Aag	Cag	1	1	AY.110	0.000113
S	1073	K1073M	aAg	aTg	1	1	AY.113	0.000142
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	AY.113	0.000142
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	AY.115	0.005208
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	AY.116	0.000287
S	1073	K1073M	aAg	aTg	1	1	AY.120	0.000037
S	1073	K1073del	AAG	---	1	1	AY.120	0.000037
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	AY.120.2	0.001285
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	AY.13	0.000161
S	1073	K1073Q	Aag	Cag	1	1	AY.13	0.000161
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	AY.14	0.000088
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	AY.23	0.00007
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	AY.23	0.00007
S	1073	K1073E	Aag	Gag	1	1	AY.25	0.000006
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	AY.26	0.000028
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	AY.26	0.000028
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	AY.27	0.000065
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	AY.3	0.00001
S	1073	K1073Q	Aag	Cag	1	1	AY.3	0.00001
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	AY.3.1	0.000085
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	AY.34.1	0.00051
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	AY.35	0.000233
S	1073	K1073del	AAG	---	1	1	AY.36	0.000148
S	1073	K1073M	aAg	aTg	1	1	AY.39	0.000025
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	AY.39	0.000025
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	AY.39.1	0.00004
S	1073	K1073T	aAG	aCC	1	1	AY.39.2	0.001541
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	AY.4.2.1	0.000149
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	AY.40	0.000964
S	1073	K1073M	aAg	aTg	1	1	AY.42	0.00004
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	AY.42	0.00004
S	1073	K1073Q	Aag	Cag	1	1	AY.43	0.000004
S	1073	K1073X	Aag	Tag	1	1	AY.44	0.000006
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	AY.44	0.000006
S	1073	K1073S	aAG	aGC	1	1	AY.44	0.000006
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	AY.46	0.000104
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	AY.46.1	0.001027
S	1073	K1073M	aAg	aTg	1	1	AY.46.1	0.001027
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	AY.46.2	0.000635
S	1073	K1073del	AAG	---	1	1	AY.46.2	0.000635
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	AY.46.5	0.000198
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	AY.46.6	0.000072
S	1073	K1073M	aAg	aTg	1	1	AY.5	0.000021
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	AY.5	0.000021
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	AY.51	0.000909
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	AY.55	0.000917
S	1073	K1073M	aAg	aTg	1	1	AY.57	0.000656
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	AY.59	0.00053
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	AY.6	0.000041
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	AY.6	0.000041
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	1	AY.60	0.000938
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	AY.63	0.000387
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	1	AY.65	0.000533
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	1	AY.68	0.000274
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	AY.7.1	0.000113
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	AY.70	0.000209
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	AY.72	0.001361
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	AY.75	0.000056
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	AY.75	0.000056
S	1073	K1073del	AAG	---	1	1	AY.75	0.000056
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	AY.75.1	0.00018
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	AY.77	0.001127
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	AY.78	0.001541
S	1073	K1073E	AaG	GaA	1	1	AY.79	0.001211
S	1073	K1073M	aAg	aTg	1	1	AY.80	0.001129
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	AY.80	0.001129
S	1073	K1073E	Aag	Gag	1	1	AY.84	0.000437
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	AY.84	0.000437
S	1073	K1073A	AAg	GCg	1	1	AY.9.2	0.000037
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	1	AY.91	0.00073
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	1	AY.99	0.001049
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	AY.99	0.001049
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	AY.99.2	0.000092
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	1	B	0.000128
S	1073	K1073del	AAG	---	1	1	B.1	0.000009
S	1073	K1073X	Aag	Tag	1	1	B.1	0.000009
S	1073	K1073M	aAg	aTg	1	1	B.1.1	0.000018
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.170	0.001247
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.214	0.000055
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	B.1.1.222	0.000204
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	B.1.1.228	0.003049
S	1073	K1073del	AAG	---	1	1	B.1.1.236	0.006897
S	1073	K1073E	Aag	Gag	1	1	B.1.1.25	0.000569
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	1	B.1.1.263	0.001558
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.291	0.000742
S	1073	K1073E	Aag	Gag	1	1	B.1.1.306	0.000438
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	1	B.1.1.306	0.000438
S	1073	K1073M	aAg	aTg	1	1	B.1.1.317	0.000412
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	B.1.1.317	0.000412
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	1	B.1.1.318	0.000302
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.39	0.00051
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	1	B.1.1.466	0.008696
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	B.1.1.50	0.000679
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.528	0.004808
S	1073	K1073S	aAG	aGT	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	1073	K1073del	AAG	---	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	B.1.1.98	0.018519
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.111	0.001175
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.149	0.003425
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.153	0.018868
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	B.1.157	0.002985
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	B.1.160	0.000031
S	1073	K1073E	Aag	Gag	1	1	B.1.162	0.005025
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	B.1.170	0.00431
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	B.1.177	0.000013
S	1073	K1073M	aAg	aTg	1	1	B.1.177.12	0.000152
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	B.1.177.17	0.000821
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	B.1.177.21	0.000076
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.177.44	0.000519
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	B.1.177.46	0.000918
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	B.1.177.73	0.000566
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.177.75	0.001041
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	1	B.1.177.81	0.000189
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	B.1.177.86	0.000183
S	1073	K1073X	Aag	Tag	1	1	B.1.2	0.000009
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.221	0.000071
S	1073	K1073E	Aag	Gag	1	1	B.1.221	0.000071
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	B.1.221	0.000071
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	B.1.243	0.00007
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.243.2	0.014493
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.250	0.014493
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.258.12	0.007874
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	B.1.258.17	0.000104
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.279	0.000514
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	B.1.311	0.000275
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	B.1.313	0.006579
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.328	0.03125
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	B.1.349	0.000715
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	B.1.351	0.00003
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	B.1.351	0.00003
S	1073	K1073del	AAG	---	1	1	B.1.351	0.00003
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	B.1.351.2	0.000303
S	1073	K1073E	Aag	Gag	1	1	B.1.351.3	0.000876
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	B.1.36	0.000146
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.36.10	0.004785
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.36.22	0.001208
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	B.1.36.22	0.001208
S	1073	K1073M	aAg	aTg	1	1	B.1.36.29	0.000517
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	B.1.366	0.004878
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	B.1.375	0.00082
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.389	0.001002
S	1073	K1073E	Aag	Gag	1	1	B.1.395	0.007042
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.416	0.001269
S	1073	K1073E	Aag	Gag	1	1	B.1.416	0.001269
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	1	B.1.422	0.000812
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	B.1.427	0.00005
S	1073	K1073M	aAg	aTg	1	1	B.1.427	0.00005
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.456	0.003268
S	1073	K1073Q	Aag	Cag	1	1	B.1.526	0.000024
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	B.1.526	0.000024
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	B.1.537	0.02
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	B.1.558	0.004566
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.560	0.00463
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.574	0.002151
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	B.1.577	0.000687
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	B.1.577	0.000687
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	1	B.1.595	0.000261
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	B.1.596	0.000087
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.597	0.00463
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	B.1.612	0.002653
S	1073	K1073del	AAG	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
S	1073	K1073H	AaG	CaC	1	1	B.1.617.2	0.000004
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.617.3	0.002985
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	B.1.620	0.000946
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	B.1.621	0.000089
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	B.1.623	0.000536
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	B.1.627	0.00202
S	1073	K1073N	aaG	aaC	1	1	B.6.6	0.000889
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	C.23	0.005814
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	C.37	0.000116
S	1073	K1073del	AAG	---	1	1	C.37	0.000116
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	C.37.1	0.002618
S	1073	K1073Q	Aag	Cag	1	1	D.2	0.000075
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	P.1	0.000016
S	1073	K1073del	AAG	---	1	1	P.1	0.000016
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	P.1.1	0.000318
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	P.1.10	0.000269
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	P.1.14	0.000048
S	1073	K1073del	AAG	---	1	1	P.1.15	0.000232
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	P.1.17	0.000162
S	1073	K1073K	aaG	aaA	1	1	P.1.7	0.000319
S	1073	K1073M	aAg	aTg	1	1	Q.1	0.000126
S	1073	K1073T	aAg	aCg	1	1	Q.1	0.000126
S	1073	K1073N	aaG	aaT	1	1	Q.8	0.000165
S	1073	K1073R	aAg	aGg	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.