CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 1063

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S1063L1063FnonsynttGttT277727490.98991724749-24751
S1063L1063FnonsynttGttC2777280.010082824749-24751
S1063L1063LsynttGttA5042920.57936524749-24751
S1063L1063LsynTtgCtg5042120.42063524749-24751
S1063L1063VnonsynTtgGtg4141124749-24751
S1063L1063deldelTTG---1818124749-24751
S1063L1063MnonsynTtgAtg77124749-24751
S1063L1063del1delTtg-tg33124749-24751
S1063L1063del2delTTg--g210.524749-24751
S1063L1063del2delTTG--A210.524749-24751
S1063L1063SnonsyntTgtCg11124749-24751
S1063L1063WnonsyntTgtGg11124749-24751

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S1063L1063FttGttT27492777All0.000526
S1063L1063FttGttC282777All0.000005
S1063L1063LttGttA292504All0.000056
S1063L1063LTtgCtg212504All0.000041
S1063L1063FttGttT384384B.1.3620.59168
S1063L1063FttGttT303303AY.40.000472
S1063L1063FttGttT180180B.1.617.20.000678
S1063L1063FttGttT140144B.1.2580.009317
S1063L1063FttGttC4144B.1.2580.000266
S1063L1063FttGttT142142B.1.20.00125
S1063L1063FttGttT101108B.1.1.70.00009
S1063L1063FttGttC7108B.1.1.70.000006
S1063L1063FttGttT97101AY.430.00043
S1063L1063FttGttC4101AY.430.000018
S1063L1063LttGttA9095AY.40.00014
S1063L1063LTtgCtg595AY.40.000008
S1063L1063LTtgCtg9494AY.9.20.003453
S1063L1063FttGttT8181B.1.177.881
S1063L1063FttGttT6969B.10.000632
S1063L1063FttGttT6767AY.1030.000416
S1063L1063FttGttT6767AY.440.000408
S1063L1063LttGttA4566B.1.1.70.00004
S1063L1063LTtgCtg2166B.1.1.70.000019
S1063L1063FttGttT6060B.1.1.2630.093458
S1063L1063FttGttT5353B.1.2410.043019
S1063L1063FttGttT5050AY.50.001032
S1063L1063FttGttT4343B.1.360.006274
S1063L1063VTtgGtg4141All0.000008
S1063L1063FttGttT3838AY.200.001477
S1063L1063FttGttT3636AY.250.000217
S1063L1063FttGttT3131AY.1020.000822
S1063L1063VTtgGtg3131AY.40.000048
S1063L1063FttGttT3131B.1.1340.169399
S1063L1063FttGttT3030B.1.1.370.005786
S1063L1063FttGttT2930B.1.1770.000382
S1063L1063FttGttC130B.1.1770.000013
S1063L1063LttGttA2627AY.30.000259
S1063L1063LTtgCtg127AY.30.00001
S1063L1063FttGttT2525AY.1210.003383
S1063L1063FttGttT2525B.1.177.540.015161
S1063L1063FttGttT1524AY.700.003128
S1063L1063FttGttC924AY.700.001877
S1063L1063FttGttT2223AY.30.000219
S1063L1063FttGttC123AY.30.00001
S1063L1063FttGttT2222AY.4.20.000477
S1063L1063FttGttT2121AY.90.001419
S1063L1063FttGttT2121AY.9.20.000771
S1063L1063FttGttT2020AY.390.000494
S1063L1063FttGttT2020B.1.177.100.017559
S1063L1063LttGttA1120B.1.617.20.000041
S1063L1063LTtgCtg920B.1.617.20.000034
S1063L1063delTTG---1818All0.000003
S1063L1063FttGttT1717AE.80.008313
S1063L1063LttGttA1517AY.430.000066
S1063L1063LTtgCtg217AY.430.000009
S1063L1063FttGttT1516B.1.10.000272
S1063L1063FttGttC116B.1.10.000018
S1063L1063FttGttT1515AY.290.000237
S1063L1063FttGttT1515B.1.2210.001065
S1063L1063FttGttT1414B.1.1600.000437
S1063L1063LttGttA1414B.1.258.140.013725
S1063L1063LttGttA1213B.1.5260.000282
S1063L1063LTtgCtg113B.1.5260.000024
S1063L1063FttGttT1212AY.3.10.001023
S1063L1063FttGttT1212AY.420.000483
S1063L1063LttGttA911B.1.5960.000784
S1063L1063LTtgCtg211B.1.5960.000174
S1063L1063FttGttT1111P.10.000173
S1063L1063FttGttT1010AY.460.001041
S1063L1063LTtgCtg710B.10.000064
S1063L1063LttGttA310B.10.000027
S1063L1063LTtgCtg610B.1.10.000109
S1063L1063LttGttA410B.1.10.000073
S1063L1063FttGttT1010B.1.1.5190.000397
S1063L1063FttGttT1010B.1.36.310.017513
S1063L1063FttGttT99AY.39.10.000357
S1063L1063FttGttT99AY.750.000504
S1063L1063LTtgCtg99AY.910.006574
S1063L1063FttGttT99AY.99.20.000829
S1063L1063FttGttT99B.1.1.1890.013616
S1063L1063FttGttT88AY.160.003037
S1063L1063FttGttT88AY.270.000518
S1063L1063LttGttA88B.1.1600.00025
S1063L1063LTtgCtg78B.1.20.000062
S1063L1063LttGttA18B.1.20.000009
S1063L1063FttGttT88B.1.6320.053691
S1063L1063MTtgAtg77All0.000001
S1063L1063FttGttT77AY.1200.00026
S1063L1063FttGttT77AY.130.001127
S1063L1063FttGttT67AY.230.000418
S1063L1063FttGttC17AY.230.00007
S1063L1063FttGttT77AY.610.000733
S1063L1063FttGttT77B.1.1.2840.000752
S1063L1063LTtgCtg47P.10.000063
S1063L1063LttGttA37P.10.000047
S1063L1063FttGttT77W.40.009459
S1063L1063FttGttT66AY.1000.000276
S1063L1063LttGttA46AY.1020.000106
S1063L1063LTtgCtg26AY.1020.000053
S1063L1063FttGttT66AY.140.000528
S1063L1063LTtgCtg36AY.250.000018
S1063L1063LttGttA36AY.250.000018
S1063L1063FttGttT66AY.260.00017
S1063L1063LTtgCtg66AY.860.004979
S1063L1063FttGttT66AY.940.002656
S1063L1063LttGttA66B0.000767
S1063L1063FttGttT66B.1.4270.000303
S1063L1063FttGttT55AY.1180.000313
S1063L1063FttGttT55AY.120.00158
S1063L1063FttGttT55AY.7.10.000564
S1063L1063FttGttT55AY.980.000395
S1063L1063VTtgGtg55B.1.1.70.000004
S1063L1063LttGttA45B.1.2430.000278
S1063L1063LTtgCtg15B.1.2430.00007
S1063L1063FttGttT55B.1.36.100.023923
S1063L1063FttGttT55B.1.3980.014881
S1063L1063FttGttT55B.1.4290.000118
S1063L1063FttGttT55B.1.5250.000566
S1063L1063FttGttT44A.2.50.001996
S1063L1063FttGttT44AE.20.235294
S1063L1063FttGttT44AY.4.40.001637
S1063L1063LTtgCtg44AY.4.50.00043
S1063L1063FttGttT44AY.410.001176
S1063L1063LTtgCtg24AY.440.000012
S1063L1063LttGttA24AY.440.000012
S1063L1063FttGttT44AY.450.000487
S1063L1063FttGttT44AY.46.60.000289
S1063L1063FttGttT44AY.690.000747
S1063L1063FttGttT44AY.850.001709
S1063L1063FttGttT44B.1.1.2940.005063
S1063L1063FttGttT44B.1.177.660.166667
S1063L1063FttGttT44B.1.3690.001141
S1063L1063FttGttT44B.1.438.10.000429
S1063L1063FttGttT44B.1.5170.001708
S1063L1063FttGttT44B.1.6370.000292
S1063L1063del1Ttg-tg33All0.000001
S1063L1063FttGttT33AY.1160.00086
S1063L1063LttGttA33AY.160.001139
S1063L1063FttGttT33AY.240.001293
S1063L1063FttGttT33AY.320.001597
S1063L1063FttGttT33AY.330.0002
S1063L1063FttGttT33AY.340.000291
S1063L1063FttGttT33AY.360.000445
S1063L1063FttGttT33AY.380.001498
S1063L1063FttGttT33AY.400.002893
S1063L1063FttGttT33AY.60.000123
S1063L1063FttGttT33AY.9.10.000251
S1063L1063delTTG---33B.1.1.70.000003
S1063L1063FttGttT33B.1.177.210.000229
S1063L1063FttGttT33B.1.177.440.001557
S1063L1063FttGttT33B.1.1950.015075
S1063L1063FttGttT33B.1.3510.000089
S1063L1063LTtgCtg23B.1.4270.000101
S1063L1063LttGttA13B.1.4270.00005
S1063L1063LttGttA33B.1.4290.000071
S1063L1063FttGttT33B.1.4560.009804
S1063L1063FttGttT33B.1.5260.000071
S1063L1063FttGttT33B.1.5990.010949
S1063L1063del2TTG--A12All0
S1063L1063del2TTg--g12All0
S1063L1063FttGttT22AU.10.002532
S1063L1063LTtgCtg12AY.1030.000006
S1063L1063LttGttA12AY.1030.000006
S1063L1063FttGttT22AY.1190.000071
S1063L1063LttGttA22AY.140.000176
S1063L1063LttGttA12AY.230.00007
S1063L1063LTtgCtg12AY.230.00007
S1063L1063LttGttA22AY.260.000057
S1063L1063LTtgCtg12AY.390.000025
S1063L1063LttGttA12AY.390.000025
S1063L1063FttGttT22AY.4.30.001684
S1063L1063LTtgCtg22AY.460.000208
S1063L1063MTtgAtg22AY.46.40.000329
S1063L1063FttGttT22AY.470.000062
S1063L1063FttGttT22AY.5.30.000675
S1063L1063FttGttT22AY.5.40.000553
S1063L1063FttGttT22AY.75.10.000361
S1063L1063LTtgCtg22AY.90.000135
S1063L1063MTtgAtg22B.10.000018
S1063L1063LTtgCtg22B.1.1.1210.004854
S1063L1063FttGttT22B.1.1.280.000622
S1063L1063FttGttT22B.1.1.2880.003831
S1063L1063FttGttT22B.1.177.70.00033
S1063L1063FttGttT22B.1.2430.000139
S1063L1063FttGttT22B.1.258.150.037736
S1063L1063LttGttA22B.1.258.170.000208
S1063L1063FttGttT22B.1.258.170.000208
S1063L1063FttGttT22B.1.36.190.018519
S1063L1063FttGttT22B.1.36.80.002
S1063L1063FttGttT22B.1.466.20.000782
S1063L1063FttGttT22B.1.4990.002101
S1063L1063FttGttT22B.1.5750.000607
S1063L1063LttGttA22B.1.5750.000607
S1063L1063FttGttT22B.1.9.50.011364
S1063L1063FttGttT22C.160.002121
S1063L1063FttGttT22C.370.000232
S1063L1063FttGttT11A.2.30.004739
S1063L1063FttGttT11AH.30.003802
S1063L1063StTgtCg11All0
S1063L1063WtTgtGg11All0
S1063L1063VTtgGtg11AY.1000.000046
S1063L1063LTtgCtg11AY.1000.000046
S1063L1063VTtgGtg11AY.1020.000027
S1063L1063FttGttT11AY.1090.00074
S1063L1063delTTG---11AY.1110.000183
S1063L1063delTTG---11AY.1200.000037
S1063L1063FttGttT11AY.120.10.000321
S1063L1063FttGttT11AY.16.10.00047
S1063L1063LTtgCtg11AY.16.10.00047
S1063L1063LTtgCtg11AY.190.00114
S1063L1063FttGttT11AY.190.00114
S1063L1063LttGttA11AY.200.000039
S1063L1063MTtgAtg11AY.250.000006
S1063L1063LttGttA11AY.280.00189
S1063L1063LttGttA11AY.290.000016
S1063L1063LTtgCtg11AY.340.000097
S1063L1063MTtgAtg11AY.40.000002
S1063L1063delTTG---11AY.40.000002
S1063L1063FttGttT11AY.4.50.000107
S1063L1063LttGttA11AY.420.00004
S1063L1063delTTG---11AY.430.000004
S1063L1063del1Ttg-tg11AY.440.000006
S1063L1063del2TTG--A11AY.440.000006
S1063L1063delTTG---11AY.46.20.000635
S1063L1063del1Ttg-tg11AY.46.20.000635
S1063L1063LttGttA11AY.470.000031
S1063L1063VTtgGtg11AY.470.000031
S1063L1063LTtgCtg11AY.50.000021
S1063L1063FttGttT11AY.540.000095
S1063L1063FttGttT11AY.550.000917
S1063L1063FttGttT11AY.640.000595
S1063L1063LttGttA11AY.650.000533
S1063L1063FttGttT11AY.710.000475
S1063L1063delTTG---11AY.750.000056
S1063L1063FttGttT11AY.900.000684
S1063L1063FttGttT11AY.970.001701
S1063L1063FttGttT11AY.98.10.000048
S1063L1063LttGttA11AY.99.20.000092
S1063L1063FttGttT11AZ.20.000821
S1063L1063FttGttT11AZ.30.00152
S1063L1063FttGttT11B0.000128
S1063L1063delTTG---11B.10.000009
S1063L1063LTtgCtg11B.1.1.10.000327
S1063L1063delTTG---11B.1.1.1390.022727
S1063L1063FttGttT11B.1.1.1530.001095
S1063L1063FttGttT11B.1.1.1740.003378
S1063L1063FttGttT11B.1.1.1760.000439
S1063L1063FttGttT11B.1.1.2070.001182
S1063L1063FttGttT11B.1.1.2140.000055
S1063L1063FttGttT11B.1.1.2160.00089
S1063L1063delTTG---11B.1.1.2360.006897
S1063L1063FttGttT11B.1.1.2370.005405
S1063L1063LTtgCtg11B.1.1.2580.003257
S1063L1063FttGttT11B.1.1.2970.002237
S1063L1063FttGttT11B.1.1.3120.001912
S1063L1063FttGttT11B.1.1.3470.018182
S1063L1063FttGttT11B.1.1.3630.005988
S1063L1063FttGttT11B.1.1.3720.000689
S1063L1063FttGttT11B.1.1.390.00051
S1063L1063LTtgCtg11B.1.1.4200.001006
S1063L1063FttGttT11B.1.1.4320.001266
S1063L1063FttGttT11B.1.1.4870.005587
S1063L1063FttGttT11B.1.1.500.000679
S1063L1063LttGttA11B.1.1.5190.00004
S1063L1063LTtgCtg11B.1.1.630.000386
S1063L1063WtTgtGg11B.1.1.70.000001
S1063L1063FttGttT11B.1.1.750.010638
S1063L1063LTtgCtg11B.1.1770.000013
S1063L1063delTTG---11B.1.177.50.001242
S1063L1063LttGttA11B.1.177.600.000218
S1063L1063FttGttT11B.1.177.730.000566
S1063L1063FttGttT11B.1.177.750.001041
S1063L1063FttGttT11B.1.177.810.000189
S1063L1063FttGttT11B.1.177.860.000183
S1063L1063del2TTg--g11B.1.20.000009
S1063L1063FttGttT11B.1.2130.014925
S1063L1063LttGttA11B.1.220.001318
S1063L1063LTtgCtg11B.1.2340.000132
S1063L1063FttGttT11B.1.2340.000132
S1063L1063FttGttT11B.1.2400.000216
S1063L1063VTtgGtg11B.1.2430.00007
S1063L1063FttGttT11B.1.258.140.00098
S1063L1063FttGttT11B.1.258.220.002667
S1063L1063FttGttT11B.1.2630.047619
S1063L1063FttGttT11B.1.3110.000275
S1063L1063FttGttT11B.1.3290.000608
S1063L1063LttGttA11B.1.3510.00003
S1063L1063delTTG---11B.1.3510.00003
S1063L1063FttGttT11B.1.36.290.000517
S1063L1063FttGttT11B.1.3670.000792
S1063L1063LTtgCtg11B.1.3710.001122
S1063L1063FttGttT11B.1.3850.010638
S1063L1063FttGttT11B.1.4020.009804
S1063L1063FttGttT11B.1.4110.003704
S1063L1063FttGttT11B.1.4210.007463
S1063L1063FttGttT11B.1.4620.007246
S1063L1063FttGttT11B.1.4680.005714
S1063L1063FttGttT11B.1.4710.002732
S1063L1063LttGttA11B.1.4970.000315
S1063L1063LttGttA11B.1.5250.000113
S1063L1063del1Ttg-tg11B.1.5260.000024
S1063L1063FttGttT11B.1.5640.000426
S1063L1063FttGttT11B.1.5870.001898
S1063L1063FttGttT11B.1.5960.000087
S1063L1063FttGttT11B.1.6090.000479
S1063L1063delTTG---11B.1.617.20.000004
S1063L1063LTtgCtg11B.1.6300.005236
S1063L1063MTtgAtg11B.1.6370.000073
S1063L1063StTgtCg11B.400.000364
S1063L1063LTtgCtg11B.6.60.000889
S1063L1063FttGttT11C.140.004329
S1063L1063LttGttA11C.320.023256
S1063L1063FttGttT11C.360.000911
S1063L1063delTTG---11C.370.000116
S1063L1063LTtgCtg11D.20.000075
S1063L1063FttGttT11D.20.000075
S1063L1063FttGttT11P.1.140.000048
S1063L1063FttGttT11P.1.150.000232
S1063L1063delTTG---11P.1.150.000232
S1063L1063VTtgGtg11P.1.40.000977
S1063L1063delTTG---11Q.10.000126
S1063L1063FttGttT11R.10.00009