CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : Mut = I9I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF8	9	I9I		syn	atC	atT	10368	10242	0.987847	27918-27920
ORF8	9	I9I		syn	atC	atA	10368	126	0.0121528	27918-27920

Details of the mutation I9I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF8	9	I9I	atC	atT	10242	10368	All	0.001959
ORF8	9	I9I	atC	atA	126	10368	All	0.000024
ORF8	9	I9I	atC	atT	3281	3281	B.1.311	0.900879
ORF8	9	I9I	atC	atT	845	853	AY.4	0.001315
ORF8	9	I9I	atC	atA	8	853	AY.4	0.000012
ORF8	9	I9I	atC	atT	586	586	B.1.258.16	0.959083
ORF8	9	I9I	atC	atT	437	437	AY.119	0.01543
ORF8	9	I9I	atC	atT	431	431	AY.46.6	0.031121
ORF8	9	I9I	atC	atT	332	332	AY.6	0.013655
ORF8	9	I9I	atC	atT	285	292	B.1.1.7	0.000255
ORF8	9	I9I	atC	atA	7	292	B.1.1.7	0.000006
ORF8	9	I9I	atC	atT	266	269	B.1.258	0.017701
ORF8	9	I9I	atC	atA	3	269	B.1.258	0.0002
ORF8	9	I9I	atC	atT	252	265	B.1.617.2	0.000949
ORF8	9	I9I	atC	atA	13	265	B.1.617.2	0.000049
ORF8	9	I9I	atC	atT	261	263	B.1.1	0.004735
ORF8	9	I9I	atC	atA	2	263	B.1.1	0.000036
ORF8	9	I9I	atC	atT	186	192	AY.44	0.001132
ORF8	9	I9I	atC	atA	6	192	AY.44	0.000037
ORF8	9	I9I	atC	atT	189	190	AY.43	0.000837
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	190	AY.43	0.000004
ORF8	9	I9I	atC	atT	178	178	AY.99.2	0.016404
ORF8	9	I9I	atC	atT	167	169	AY.3	0.001661
ORF8	9	I9I	atC	atA	2	169	AY.3	0.00002
ORF8	9	I9I	atC	atT	154	155	AY.25	0.000926
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	155	AY.25	0.000006
ORF8	9	I9I	atC	atT	152	152	B.1.177	0.002001
ORF8	9	I9I	atC	atT	139	139	AY.70	0.028982
ORF8	9	I9I	atC	atT	135	138	AY.103	0.000838
ORF8	9	I9I	atC	atA	3	138	AY.103	0.000019
ORF8	9	I9I	atC	atT	127	133	B.1	0.001163
ORF8	9	I9I	atC	atA	6	133	B.1	0.000055
ORF8	9	I9I	atC	atT	86	86	B.1.289	0.228723
ORF8	9	I9I	atC	atT	80	80	B.1.177.48	0.25
ORF8	9	I9I	atC	atT	70	70	AY.4.2	0.001518
ORF8	9	I9I	atC	atT	60	60	AY.102	0.001591
ORF8	9	I9I	atC	atT	56	56	AY.26	0.001585
ORF8	9	I9I	atC	atT	53	53	AY.4.1	0.039086
ORF8	9	I9I	atC	atT	53	53	B.1.1.519	0.002105
ORF8	9	I9I	atC	atT	46	46	AY.114	0.010631
ORF8	9	I9I	atC	atT	42	42	B.1.1.524	0.875
ORF8	9	I9I	atC	atT	38	38	P.1.17	0.006147
ORF8	9	I9I	atC	atT	37	37	B.1.160	0.001154
ORF8	9	I9I	atC	atT	36	36	AY.47	0.00112
ORF8	9	I9I	atC	atT	36	36	AY.74	0.004163
ORF8	9	I9I	atC	atT	33	33	AY.33	0.002204
ORF8	9	I9I	atC	atT	29	31	AY.39	0.000717
ORF8	9	I9I	atC	atA	2	31	AY.39	0.000049
ORF8	9	I9I	atC	atT	30	30	AY.117	0.002535
ORF8	9	I9I	atC	atT	30	30	B.1.177.21	0.002294
ORF8	9	I9I	atC	atA	28	28	B.1.1.354	0.122807
ORF8	9	I9I	atC	atT	27	27	B.1.399	0.052224
ORF8	9	I9I	atC	atT	25	25	B.1.2	0.00022
ORF8	9	I9I	atC	atT	24	24	AY.29	0.000379
ORF8	9	I9I	atC	atT	21	23	P.1	0.000331
ORF8	9	I9I	atC	atA	2	23	P.1	0.000032
ORF8	9	I9I	atC	atT	21	21	AY.121	0.002842
ORF8	9	I9I	atC	atT	21	21	AY.23	0.001465
ORF8	9	I9I	atC	atT	20	20	B.1.234	0.002639
ORF8	9	I9I	atC	atT	20	20	B.1.346	0.026212
ORF8	9	I9I	atC	atT	20	20	N.8	0.625
ORF8	9	I9I	atC	atT	18	18	B.1.1.205	0.066914
ORF8	9	I9I	atC	atT	18	18	B.1.177.10	0.015803
ORF8	9	I9I	atC	atA	13	17	AY.24	0.005603
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	17	AY.24	0.001724
ORF8	9	I9I	atC	atT	16	16	D.2	0.001201
ORF8	9	I9I	atC	atT	15	15	AY.100	0.00069
ORF8	9	I9I	atC	atT	15	15	B.1.1.306	0.006576
ORF8	9	I9I	atC	atT	15	15	B.1.243	0.001044
ORF8	9	I9I	atC	atT	14	14	AY.5	0.000289
ORF8	9	I9I	atC	atT	14	14	B.1.1.222	0.002856
ORF8	9	I9I	atC	atT	13	13	AY.4.2.1	0.001937
ORF8	9	I9I	atC	atT	13	13	B.1.218	0.06701
ORF8	9	I9I	atC	atT	13	13	B.1.526	0.000306
ORF8	9	I9I	atC	atT	12	12	AY.118	0.000752
ORF8	9	I9I	atC	atT	12	12	AY.42	0.000483
ORF8	9	I9I	atC	atT	12	12	AY.45	0.00146
ORF8	9	I9I	atC	atT	12	12	AY.75	0.000672
ORF8	9	I9I	atC	atT	12	12	B.1.1.63	0.00463
ORF8	9	I9I	atC	atT	12	12	B.1.111	0.014101
ORF8	9	I9I	atC	atT	12	12	B.1.602	0.078431
ORF8	9	I9I	atC	atT	11	11	AY.3.1	0.000938
ORF8	9	I9I	atC	atT	10	10	AY.120	0.000372
ORF8	9	I9I	atC	atT	9	10	AY.61	0.000943
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	10	AY.61	0.000105
ORF8	9	I9I	atC	atT	10	10	AY.98.1	0.000484
ORF8	9	I9I	atC	atT	10	10	B.1.1.135	0.046948
ORF8	9	I9I	atC	atA	10	10	B.1.1.196	0.057143
ORF8	9	I9I	atC	atT	10	10	B.1.1.277	0.007587
ORF8	9	I9I	atC	atT	10	10	B.1.210	0.021322
ORF8	9	I9I	atC	atT	10	10	B.1.258.17	0.00104
ORF8	9	I9I	atC	atT	9	9	AY.67	0.004178
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	AY.20	0.000311
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	AY.34.1	0.00408
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	AY.39.1	0.000317
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	AY.41	0.002352
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	AY.5.4	0.002214
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	8	AY.64	0.004167
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	8	AY.64	0.000595
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	B.1.1.216	0.007124
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	B.1.1.312	0.015296
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	B.1.177.62	0.009535
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	B.1.396	0.005646
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	AD.2	0.001533
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	AY.113	0.000997
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	AY.34	0.000679
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	AY.54	0.000667
ORF8	9	I9I	atC	atA	5	7	AY.9	0.000338
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	7	AY.9	0.000135
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	B.1.1.1	0.002287
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	B.1.1.50	0.004752
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	B.1.177.73	0.003964
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	B.1.36	0.001021
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	B.1.381	0.054688
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	B.1.596	0.00061
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	B.1.621	0.00062
ORF8	9	I9I	atC	atT	6	6	AY.7	0.001176
ORF8	9	I9I	atC	atT	6	6	B.1.1.398	0.019355
ORF8	9	I9I	atC	atT	6	6	B.1.1.434	0.002091
ORF8	9	I9I	atC	atT	6	6	B.1.279	0.003082
ORF8	9	I9I	atC	atT	6	6	B.1.429	0.000141
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	6	B.1.617.1	0.000516
ORF8	9	I9I	atC	atA	2	6	B.1.617.1	0.000258
ORF8	9	I9I	atC	atT	6	6	C.37	0.000696
ORF8	9	I9I	atC	atT	5	5	AY.36	0.000741
ORF8	9	I9I	atC	atT	5	5	AY.37	0.00158
ORF8	9	I9I	atC	atA	3	5	AY.62	0.001307
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	5	AY.62	0.000871
ORF8	9	I9I	atC	atT	5	5	AY.84	0.002187
ORF8	9	I9I	atC	atT	5	5	AY.9.2	0.000184
ORF8	9	I9I	atC	atT	5	5	AY.92	0.001436
ORF8	9	I9I	atC	atT	5	5	B.1.1.326	0.008803
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	5	B.1.221	0.000284
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	5	B.1.221	0.000071
ORF8	9	I9I	atC	atT	5	5	B.1.438.1	0.000536
ORF8	9	I9I	atC	atT	5	5	B.1.582	0.002453
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	AY.14	0.000352
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	AY.59	0.002119
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	AY.71	0.0019
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	AY.98	0.000316
ORF8	9	I9I	atC	atA	2	4	B	0.000256
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	4	B	0.000256
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	B.1.1.10	0.004459
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	B.1.1.339	0.042105
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	B.1.177.16	0.002658
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	B.1.351	0.000119
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	Q.8	0.00066
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	AY.106	0.001005
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	AY.12	0.000948
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	AY.13	0.000483
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	AY.32	0.001597
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	AY.5.3	0.001012
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	AY.9.1	0.000251
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	AY.94	0.001328
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	B.1.1.214	0.000166
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	B.1.1.25	0.001706
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	B.1.1.311	0.001074
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	B.1.1.523	0.004687
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	B.1.119	0.031579
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	B.1.427	0.000151
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	B.1.577	0.002062
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	B.1.628	0.001057
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	P.1.14	0.000143
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.105	0.001286
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.110	0.000225
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.16.1	0.00094
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.23.1	0.000835
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.30	0.000791
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.38	0.000999
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.46	0.000208
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.46.2	0.001271
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.53	0.000575
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.69	0.000373
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.78	0.003082
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.79	0.002421
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.85	0.000854
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.89	0.009804
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.1.159	0.009346
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.1.189	0.003026
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.1.265	0.006309
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.1.322	0.017544
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.1.39	0.001019
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.1.397	0.004505
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.214.2	0.001199
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.222	0.003384
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.240	0.000431
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.241	0.001623
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.369	0.00057
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.565	0.001621
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.580	0.00813
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.609	0.000959
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.637	0.000146
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	2	B.3	0.000831
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	2	B.3	0.000831
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.45	0.007663
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.55	0.0059
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	2	B.6	0.00091
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	2	B.6	0.00091
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	P.1.7	0.000639
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	Q.3	0.00029
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1		0.055556
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	A.1	0.000282
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	A.2.5.1	0.004808
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	A.25	0.018182
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AT.1	0.005128
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.108	0.001103
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.116	0.000287
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.18	0.010101
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.21	0.001898
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.28	0.00189
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.46.3	0.000934
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	1	AY.57	0.000656
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.65	0.000533
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.117	0.009709
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.153	0.001095
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.154	0.04
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.16	0.055556
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.194	0.00495
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.244	0.015385
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.253	0.002506
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.297	0.002237
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.303	0.002762
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.307	0.002532
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.316	0.000925
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.333	0.001076
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.371	0.010417
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.391	0.008547
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.406	0.006494
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.413	0.006897
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.450	0.034483
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.48	0.002874
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.506	0.037037
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.51	0.001718
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.525	0.005464
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.528	0.004808
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.98	0.018519
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.118	0.006711
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.160.20	0.008929
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.195	0.005025
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.206	0.000816
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.258.14	0.00098
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.294	0.032258
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.313	0.006579
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.320	0.001245
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.328	0.03125
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.332	0.003497
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.349	0.000715
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.356	0.001727
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.367	0.000792
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.400	0.000429
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.408	0.00369
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.422	0.000812
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.428	0.00102
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.441	0.009615
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.443	0.004673
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.470	0.001404
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.499	0.00105
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.560	0.00463
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.561	0.000397
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.595	0.000261
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.600	0.005848
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.623	0.000536
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.29	0.003509
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	1	B.4.1	0.018868
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	N.10	0.029412
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	N.5	0.001767
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	N.9	0.005952
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	P.1.13	0.000898
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	P.1.15	0.000232
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	P.2	0.000187
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	P.7	0.004367

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.