CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : Mut = I58del

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF8	58	I58del		del	ATT	---	2150	2150	1	28065-28067

Details of the mutation I58del within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF8	58	I58del	ATT	---	2150	2150	All	0.000411
ORF8	58	I58del	ATT	---	861	861	B.1.1.7	0.000771
ORF8	58	I58del	ATT	---	129	129	AY.44	0.000785
ORF8	58	I58del	ATT	---	80	80	AY.25	0.000481
ORF8	58	I58del	ATT	---	79	79	AY.4	0.000123
ORF8	58	I58del	ATT	---	68	68	AY.103	0.000422
ORF8	58	I58del	ATT	---	58	58	B.1.1.294	0.073418
ORF8	58	I58del	ATT	---	51	51	B.1.351	0.001516
ORF8	58	I58del	ATT	---	50	50	AY.29	0.000789
ORF8	58	I58del	ATT	---	45	45	B.1.348	0.818182
ORF8	58	I58del	ATT	---	39	39	B.1.1	0.000707
ORF8	58	I58del	ATT	---	37	37	B.1.160	0.001154
ORF8	58	I58del	ATT	---	36	36	P.1.10	0.009701
ORF8	58	I58del	ATT	---	34	34	B.1.1.222	0.006936
ORF8	58	I58del	ATT	---	34	34	B.1.243	0.002366
ORF8	58	I58del	ATT	---	33	33	B.1.2	0.000291
ORF8	58	I58del	ATT	---	28	28	AY.118	0.001754
ORF8	58	I58del	ATT	---	26	26	P.1	0.00041
ORF8	58	I58del	ATT	---	22	22	B.1.1.519	0.000874
ORF8	58	I58del	ATT	---	20	20	AY.3	0.000199
ORF8	58	I58del	ATT	---	20	20	B.1.1.297	0.044743
ORF8	58	I58del	ATT	---	19	19	B.1.617.2	0.000072
ORF8	58	I58del	ATT	---	18	18	AY.4.5	0.001935
ORF8	58	I58del	ATT	---	18	18	B	0.002301
ORF8	58	I58del	ATT	---	12	12	AY.39	0.000297
ORF8	58	I58del	ATT	---	12	12	B.1	0.00011
ORF8	58	I58del	ATT	---	12	12	B.1.1.318	0.003621
ORF8	58	I58del	ATT	---	10	10	B.1.177	0.000132
ORF8	58	I58del	ATT	---	10	10	B.1.526	0.000235
ORF8	58	I58del	ATT	---	8	8	AY.113	0.001139
ORF8	58	I58del	ATT	---	8	8	B.1.1.284	0.000859
ORF8	58	I58del	ATT	---	8	8	B.1.258	0.000532
ORF8	58	I58del	ATT	---	8	8	P.1.14	0.000382
ORF8	58	I58del	ATT	---	8	8	Q.8	0.001319
ORF8	58	I58del	ATT	---	7	7	AY.119	0.000247
ORF8	58	I58del	ATT	---	7	7	AY.20	0.000272
ORF8	58	I58del	ATT	---	7	7	B.1.1.265	0.022082
ORF8	58	I58del	ATT	---	7	7	B.1.36.16	0.009972
ORF8	58	I58del	ATT	---	7	7	B.1.628	0.002467
ORF8	58	I58del	ATT	---	7	7	P.1.17	0.001132
ORF8	58	I58del	ATT	---	6	6		0.333333
ORF8	58	I58del	ATT	---	6	6	AY.120	0.000223
ORF8	58	I58del	ATT	---	6	6	B.1.243.2	0.086957
ORF8	58	I58del	ATT	---	6	6	Q.1	0.000758
ORF8	58	I58del	ATT	---	5	5	AY.100	0.00023
ORF8	58	I58del	ATT	---	5	5	AY.29.1	0.001103
ORF8	58	I58del	ATT	---	5	5	B.1.240	0.001078
ORF8	58	I58del	ATT	---	5	5	P.1.1	0.001588
ORF8	58	I58del	ATT	---	5	5	Q.4	0.002274
ORF8	58	I58del	ATT	---	4	4	AY.26	0.000113
ORF8	58	I58del	ATT	---	4	4	AY.4.2	0.000087
ORF8	58	I58del	ATT	---	4	4	AY.7.2	0.002237
ORF8	58	I58del	ATT	---	4	4	B.1.1.214	0.000222
ORF8	58	I58del	ATT	---	4	4	B.1.110.1	0.4
ORF8	58	I58del	ATT	---	4	4	B.1.177.80	0.007648
ORF8	58	I58del	ATT	---	4	4	B.1.429	0.000094
ORF8	58	I58del	ATT	---	3	3	AY.102	0.00008
ORF8	58	I58del	ATT	---	3	3	AY.110	0.000338
ORF8	58	I58del	ATT	---	3	3	AY.116	0.00086
ORF8	58	I58del	ATT	---	3	3	AY.43	0.000013
ORF8	58	I58del	ATT	---	3	3	AY.84	0.001312
ORF8	58	I58del	ATT	---	3	3	AY.9.2	0.00011
ORF8	58	I58del	ATT	---	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF8	58	I58del	ATT	---	3	3	B.1.22	0.003953
ORF8	58	I58del	ATT	---	3	3	B.1.258.17	0.000312
ORF8	58	I58del	ATT	---	3	3	B.1.36	0.000438
ORF8	58	I58del	ATT	---	3	3	B.1.438.1	0.000322
ORF8	58	I58del	ATT	---	3	3	B.1.509	0.002597
ORF8	58	I58del	ATT	---	3	3	P.1.15	0.000697
ORF8	58	I58del	ATT	---	3	3	P.1.7	0.000958
ORF8	58	I58del	ATT	---	2	2	AY.23	0.000139
ORF8	58	I58del	ATT	---	2	2	AY.32	0.001065
ORF8	58	I58del	ATT	---	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF8	58	I58del	ATT	---	2	2	AY.47	0.000062
ORF8	58	I58del	ATT	---	2	2	AY.48	0.00093
ORF8	58	I58del	ATT	---	2	2	B.1.177.17	0.001642
ORF8	58	I58del	ATT	---	2	2	B.1.210	0.004264
ORF8	58	I58del	ATT	---	2	2	B.1.234	0.000264
ORF8	58	I58del	ATT	---	2	2	B.1.427	0.000101
ORF8	58	I58del	ATT	---	2	2	B.1.468	0.011429
ORF8	58	I58del	ATT	---	2	2	B.1.540	0.019417
ORF8	58	I58del	ATT	---	2	2	B.1.637	0.000146
ORF8	58	I58del	ATT	---	2	2	B.40	0.000729
ORF8	58	I58del	ATT	---	2	2	C.37	0.000232
ORF8	58	I58del	ATT	---	2	2	N.6	0.014184
ORF8	58	I58del	ATT	---	2	2	P.1.12	0.000968
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	A.23.1	0.000704
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AE.4	0.043478
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AY.111	0.000183
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AY.116.1	0.000311
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AY.121	0.000135
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AY.14	0.000088
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AY.34	0.000097
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AY.42	0.00004
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AY.67	0.000464
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AY.69	0.000187
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AY.74	0.000116
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AY.79	0.001211
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AY.96	0.002075
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.1.174	0.003378
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.1.269	0.001353
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.1.322	0.008772
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.1.354	0.004386
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.119	0.010526
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.126	0.001276
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.177.33	0.001645
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.195	0.005025
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.239	0.001221
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.258.12	0.007874
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.35	0.008475
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.351.3	0.000876
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.369	0.000285
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.451	0.008197
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.517	0.000427
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.549	0.007194
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.564	0.000426
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.595.1	0.005848
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.597	0.00463
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.1.621	0.000089
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	B.34	0.013699
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	C.26	0.007353
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	C.36	0.000911
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	M.3	0.076923
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	P.1.8	0.004785
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	Q.3	0.000145
ORF8	58	I58del	ATT	---	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.