CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF8 | 66 | G66C | nonsyn | Ggt | Tgt | 1860 | 1860 | 1 | 28089-28091 |
Details of the mutation G66C within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1860 | 1860 | All | 0.000356 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 408 | 408 | B.1.1.7 | 0.000365 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 233 | 233 | AY.6 | 0.009583 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 177 | 177 | AY.43 | 0.000784 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 171 | 171 | AY.4 | 0.000266 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 97 | 97 | B.1.160 | 0.003025 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 63 | 63 | B.1.617.2 | 0.000237 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 61 | 61 | AY.103 | 0.000379 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 56 | 56 | B.1.1.214 | 0.003106 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 55 | 55 | D.2 | 0.004127 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 40 | 40 | B.1.1.519 | 0.001588 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 40 | 40 | B.1.177 | 0.000527 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 32 | 32 | B.1.2 | 0.000282 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 23 | 23 | AY.44 | 0.00014 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 21 | 21 | AY.25 | 0.000126 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 18 | 18 | AY.3 | 0.000179 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 18 | 18 | AY.75 | 0.001008 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 18 | 18 | AY.93 | 0.004915 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 17 | 17 | AY.111 | 0.003114 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 16 | 16 | B.1 | 0.000147 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 16 | 16 | B.1.429 | 0.000376 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 16 | 16 | B.1.526 | 0.000376 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 13 | 13 | AY.117 | 0.001099 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 12 | 12 | B.1.1 | 0.000218 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 10 | 10 | P.1 | 0.000158 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 10 | 10 | Q.1 | 0.001263 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 9 | 9 | AY.47 | 0.00028 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 9 | 9 | AY.5 | 0.000186 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 8 | 8 | AY.42 | 0.000322 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 7 | 7 | AY.119 | 0.000247 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 6 | 6 | AY.20 | 0.000233 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 6 | 6 | AY.7.1 | 0.000676 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | AY.29 | 0.000079 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | AY.36 | 0.000741 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | AY.39 | 0.000124 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | AY.9 | 0.000338 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | AY.9.2 | 0.000184 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B.1.258 | 0.000333 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | AY.120.2 | 0.005141 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | AY.23 | 0.000279 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | AY.33 | 0.000267 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | AY.46.6 | 0.000289 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | B.1.177.17 | 0.003284 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.102 | 0.00008 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.106 | 0.001005 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.29.1 | 0.000662 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.41 | 0.000882 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.46 | 0.000312 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.5.4 | 0.00083 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.98.1 | 0.000145 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.221 | 0.000213 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.336 | 0.007317 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.351 | 0.000089 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | C.16 | 0.003181 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.116 | 0.000574 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.118 | 0.000125 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.32 | 0.001065 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.34 | 0.000194 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.4.5 | 0.000215 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.1.222 | 0.000408 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.1.269 | 0.002706 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.1.28 | 0.000622 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.177.3 | 0.015267 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.36 | 0.000292 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.466.2 | 0.000782 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.596 | 0.000174 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.621 | 0.000177 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.40 | 0.000729 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | P.1.14 | 0.000096 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | A.2 | 0.000662 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.101 | 0.00049 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.104 | 0.001984 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.116.1 | 0.000311 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.120.2.1 | 0.000498 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.16.1 | 0.00047 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.38 | 0.000499 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.40 | 0.000964 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.62 | 0.000436 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.65 | 0.000533 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.7 | 0.000196 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.70 | 0.000209 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.71 | 0.000475 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.9.1 | 0.000084 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.244 | 0.015385 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.25 | 0.000569 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.263 | 0.001558 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.318 | 0.000302 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.33 | 0.000421 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.37 | 0.000193 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.412 | 0.007634 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.463 | 0.0625 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.464 | 0.001473 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.70 | 0.000341 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.111 | 0.001175 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.177.63 | 0.002703 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.192 | 0.009259 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.241 | 0.000812 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.258.4 | 0.003448 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.36.1 | 0.00114 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.362.2 | 0.004717 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.468 | 0.005714 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.534 | 0.0125 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.575 | 0.000303 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.577 | 0.000687 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.628 | 0.000352 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.4.5 | 0.011905 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | C.1 | 0.002392 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
ORF8 | 66 | G66C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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