CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : Mut = E106Q

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF8	106	E106Q		nonsyn	Gaa	Caa	2003	2002	0.999501	28209-28211
ORF8	106	E106Q		nonsyn	GaA	CaG	2003	1	0.000499251	28209-28211

Details of the mutation E106Q within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2002	2003	All	0.000383
ORF8	106	E106Q	GaA	CaG	1	2003	All	0
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	427	427	AY.39	0.010552
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	337	337	B.1.617.2	0.001269
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	205	205	B.1.1.306	0.089873
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	178	179	B.1.1.7	0.000159
ORF8	106	E106Q	GaA	CaG	1	179	B.1.1.7	0.000001
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	131	131	AY.43	0.00058
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	100	100	B.1	0.000916
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	75	75	B.1.621	0.006639
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	67	67	B.1.177	0.000882
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	47	47	B.1.438	0.30719
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	40	40	B.1.2	0.000352
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	21	21	AY.4	0.000033
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	21	21	B.1.1.464	0.030928
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	19	19	AY.44	0.000116
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	16	16	B.1.1	0.00029
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	15	15	B.1.637	0.001096
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	13	13	AY.98	0.001027
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	12	12	AY.5	0.000248
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	11	11	AY.102	0.000292
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	11	11	AY.103	0.000068
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	11	11	AY.99.2	0.001014
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	11	11	B.1.160	0.000343
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	11	11	P.1.14	0.000526
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	10	10	AY.118	0.000626
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	10	10	B.1.575	0.003034
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	9	9	AY.119	0.000318
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	9	9	AY.23	0.000628
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	9	9	AY.30	0.003562
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	7	7	AY.3	0.00007
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	7	7	B.1.427	0.000353
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	7	7	B.1.429	0.000165
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	7	7	B.1.539	0.122807
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	6	6	AY.120	0.000223
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	6	6	B.1.160.16	0.005576
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	5	5	AY.6	0.000206
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	5	5	B.1.36	0.00073
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	4	4	AD.2	0.000876
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	4	4	B.1.1.253	0.010025
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	4	4	B.1.466.2	0.001565
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	4	4	P.6	0.012579
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	3	3	AY.25	0.000018
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	3	3	AY.92	0.000862
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	3	3	B	0.000383
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	3	3	B.1.1.159	0.014019
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	3	3	B.1.1.28	0.000934
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	3	3	B.1.258	0.0002
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	3	3	P.4	0.011407
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	AY.100	0.000092
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	AY.16.1	0.00094
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	AY.26	0.000057
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	AY.34	0.000194
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	AY.46	0.000208
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	AY.47	0.000062
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	AY.79	0.002421
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.1.277	0.001517
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.291	0.038462
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.526	0.000047
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.538	0.016129
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.595	0.000522
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.628	0.000705
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	B.6	0.00182
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	C.36	0.001821
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	C.37	0.000232
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	A.27	0.001656
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.106	0.000335
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.108	0.001103
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.113	0.000142
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.117	0.000085
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.14	0.000088
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.16	0.00038
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.20	0.000039
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.32	0.000532
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.33	0.000067
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.37	0.000316
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.45	0.000122
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.61	0.000105
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.64	0.000595
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.67	0.000464
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.68	0.000274
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.73	0.000665
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.75	0.000056
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.433	0.001425
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.111	0.001175
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.126	0.001276
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.214.1	0.02
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.221	0.000071
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.234	0.000132
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.311	0.000275
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.351	0.00003
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.396	0.000706
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.404	0.001302
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.428	0.00102
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.510	0.026316
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.525	0.000113
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.551	0.00129
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.609	0.000479
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.623	0.000536
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.4.7	0.010101
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.40	0.000364
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	C.36.1	0.004149
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	C.36.3.1	0.002717
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	D.2	0.000075
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	P.1	0.000016
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	P.2	0.000187
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	Q.1	0.000126

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.