CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF8 | 119 | D119del1 | del | GaT | -aN | 873 | 470 | 0.538373 | 28248-28250 | |
ORF8 | 119 | D119del1 | del | Gat | -at | 873 | 203 | 0.232532 | 28248-28250 | |
ORF8 | 119 | D119del1 | del | GAT | -NN | 873 | 85 | 0.0973654 | 28248-28250 | |
ORF8 | 119 | D119del1 | del | gaT | ga- | 873 | 37 | 0.0423826 | 28248-28250 | |
ORF8 | 119 | D119del1 | del | GaT | Na- | 873 | 32 | 0.0366552 | 28248-28250 | |
ORF8 | 119 | D119del1 | del | GaT | Aa- | 873 | 23 | 0.0263459 | 28248-28250 | |
ORF8 | 119 | D119del1 | del | GAt | -Nt | 873 | 9 | 0.0103093 | 28248-28250 | |
ORF8 | 119 | D119del1 | del | gAt | g-t | 873 | 7 | 0.00801833 | 28248-28250 | |
ORF8 | 119 | D119del1 | del | GAt | -Ct | 873 | 3 | 0.00343643 | 28248-28250 | |
ORF8 | 119 | D119del1 | del | gAT | g-N | 873 | 2 | 0.00229095 | 28248-28250 | |
ORF8 | 119 | D119del1 | del | GAt | -Tt | 873 | 1 | 0.00114548 | 28248-28250 | |
ORF8 | 119 | D119del1 | del | GAt | -Gt | 873 | 1 | 0.00114548 | 28248-28250 |
Details of the mutation D119del1 within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 470 | 873 | All | 0.00009 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 203 | 873 | All | 0.000039 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 85 | 873 | All | 0.000016 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gaT | ga- | 37 | 873 | All | 0.000007 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | Na- | 32 | 873 | All | 0.000006 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | Aa- | 23 | 873 | All | 0.000004 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAt | -Nt | 9 | 873 | All | 0.000002 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gAt | g-t | 7 | 873 | All | 0.000001 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAt | -Ct | 3 | 873 | All | 0.000001 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gAT | g-N | 2 | 873 | All | 0 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAt | -Tt | 1 | 873 | All | 0 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAt | -Gt | 1 | 873 | All | 0 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 72 | 104 | AY.43 | 0.000319 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 20 | 104 | AY.43 | 0.000089 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 10 | 104 | AY.43 | 0.000044 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gAt | g-t | 1 | 104 | AY.43 | 0.000004 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAt | -Nt | 1 | 104 | AY.43 | 0.000004 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 61 | 84 | AY.4 | 0.000095 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 12 | 84 | AY.4 | 0.000019 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAt | -Nt | 5 | 84 | AY.4 | 0.000008 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 5 | 84 | AY.4 | 0.000008 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | Na- | 1 | 84 | AY.4 | 0.000002 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 24 | 61 | AY.103 | 0.000149 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 24 | 61 | AY.103 | 0.000149 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 6 | 61 | AY.103 | 0.000037 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAt | -Ct | 3 | 61 | AY.103 | 0.000019 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | Na- | 3 | 61 | AY.103 | 0.000019 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAt | -Nt | 1 | 61 | AY.103 | 0.000006 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 40 | 61 | B.1.617.2 | 0.000151 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 14 | 61 | B.1.617.2 | 0.000053 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 4 | 61 | B.1.617.2 | 0.000015 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAt | -Gt | 1 | 61 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAt | -Tt | 1 | 61 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | Na- | 1 | 61 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 46 | 51 | AY.5.4 | 0.012728 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 5 | 51 | AY.5.4 | 0.001384 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 19 | 49 | AY.44 | 0.000116 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 16 | 49 | AY.44 | 0.000097 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 6 | 49 | AY.44 | 0.000037 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | Na- | 6 | 49 | AY.44 | 0.000037 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gaT | ga- | 2 | 49 | AY.44 | 0.000012 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 23 | 41 | AY.102 | 0.00061 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 16 | 41 | AY.102 | 0.000424 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 2 | 41 | AY.102 | 0.000053 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 21 | 32 | AY.25 | 0.000126 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | Na- | 6 | 32 | AY.25 | 0.000036 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 3 | 32 | AY.25 | 0.000018 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 2 | 32 | AY.25 | 0.000012 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 28 | 29 | AY.46.6 | 0.002022 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 1 | 29 | AY.46.6 | 0.000072 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 15 | 22 | AY.23 | 0.001046 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 7 | 22 | AY.23 | 0.000488 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 12 | 22 | AY.3 | 0.000119 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | Na- | 8 | 22 | AY.3 | 0.00008 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 1 | 22 | AY.3 | 0.00001 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 1 | 22 | AY.3 | 0.00001 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 15 | 21 | AY.98.1 | 0.000726 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 4 | 21 | AY.98.1 | 0.000194 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 2 | 21 | AY.98.1 | 0.000097 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | Aa- | 19 | 20 | P.1 | 0.000299 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gaT | ga- | 1 | 20 | P.1 | 0.000016 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 13 | 16 | AY.42 | 0.000523 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 3 | 16 | AY.42 | 0.000121 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 8 | 11 | AY.75.1 | 0.001442 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 2 | 11 | AY.75.1 | 0.000361 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 1 | 11 | AY.75.1 | 0.00018 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 7 | 10 | AY.9.2 | 0.000257 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 3 | 10 | AY.9.2 | 0.00011 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gAt | g-t | 6 | 9 | AY.120 | 0.000223 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 2 | 9 | AY.120 | 0.000074 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 1 | 9 | AY.120 | 0.000037 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 6 | 9 | AY.47 | 0.000187 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | Na- | 2 | 9 | AY.47 | 0.000062 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 1 | 9 | AY.47 | 0.000031 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 6 | 8 | AY.26 | 0.00017 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 1 | 8 | AY.26 | 0.000028 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gaT | ga- | 1 | 8 | AY.26 | 0.000028 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 7 | 8 | AY.39 | 0.000173 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 1 | 8 | AY.39 | 0.000025 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 6 | 8 | AY.9.1 | 0.000502 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 2 | 8 | AY.9.1 | 0.000167 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gaT | ga- | 7 | 8 | B.1.429 | 0.000165 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 1 | 8 | B.1.429 | 0.000024 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 5 | 7 | AY.100 | 0.00023 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | Na- | 1 | 7 | AY.100 | 0.000046 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 1 | 7 | AY.100 | 0.000046 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 3 | 7 | AY.119 | 0.000106 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 2 | 7 | AY.119 | 0.000071 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 1 | 7 | AY.119 | 0.000035 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | Na- | 1 | 7 | AY.119 | 0.000035 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 6 | 7 | AY.5 | 0.000124 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 1 | 7 | AY.5 | 0.000021 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 5 | 7 | AY.51 | 0.004545 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 2 | 7 | AY.51 | 0.001818 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 6 | 6 | AY.118 | 0.000376 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 6 | 6 | AY.121 | 0.000812 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 4 | 6 | AY.20 | 0.000155 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 2 | 6 | AY.20 | 0.000078 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 2 | 6 | B.1 | 0.000018 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gaT | ga- | 2 | 6 | B.1 | 0.000018 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 1 | 6 | B.1 | 0.000009 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | Na- | 1 | 6 | B.1 | 0.000009 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gaT | ga- | 6 | 6 | B.1.596 | 0.000523 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 4 | 5 | AY.106 | 0.00134 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 1 | 5 | AY.106 | 0.000335 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 4 | 5 | AY.117 | 0.000338 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gaT | ga- | 1 | 5 | AY.117 | 0.000085 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 5 | 5 | AY.2 | 0.001781 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 5 | 5 | AY.4.4 | 0.002046 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 3 | 5 | AY.46 | 0.000312 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 1 | 5 | AY.46 | 0.000104 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 1 | 5 | AY.46 | 0.000104 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 3 | 4 | AY.14 | 0.000264 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | Na- | 1 | 4 | AY.14 | 0.000088 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 3 | 4 | AY.34 | 0.000291 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 1 | 4 | AY.34 | 0.000097 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gaT | ga- | 3 | 4 | AY.82 | 0.004071 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gAT | g-N | 1 | 4 | AY.82 | 0.001357 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gaT | ga- | 4 | 4 | B.1.1.7 | 0.000004 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 2 | 3 | AY.111 | 0.000366 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 1 | 3 | AY.111 | 0.000183 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 2 | 3 | AY.113 | 0.000285 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 1 | 3 | AY.113 | 0.000142 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 3 | 3 | AY.29 | 0.000047 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 3 | 3 | AY.4.2 | 0.000065 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 2 | 3 | AY.41 | 0.000588 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 1 | 3 | AY.41 | 0.000294 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 2 | 3 | AY.54 | 0.000191 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 1 | 3 | AY.54 | 0.000095 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 2 | 3 | AY.75 | 0.000112 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | Na- | 1 | 3 | AY.75 | 0.000056 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 2 | 3 | AY.92 | 0.000575 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 1 | 3 | AY.92 | 0.000287 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 3 | 3 | AY.98 | 0.000237 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gaT | ga- | 2 | 3 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 1 | 3 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 2 | 2 | AY.33 | 0.000134 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 1 | 2 | AY.38 | 0.000499 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 1 | 2 | AY.38 | 0.000499 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 1 | 2 | AY.39.1 | 0.00004 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 1 | 2 | AY.39.1 | 0.00004 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 1 | 2 | AY.4.3 | 0.000842 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 1 | 2 | AY.4.3 | 0.000842 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAt | -Nt | 1 | 2 | AY.46.2 | 0.000635 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 1 | 2 | AY.46.2 | 0.000635 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 2 | 2 | AY.61 | 0.00021 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 2 | 2 | AY.7.1 | 0.000225 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 2 | 2 | AY.84 | 0.000875 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 2 | 2 | AY.9 | 0.000135 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 1 | 2 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gaT | ga- | 1 | 2 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gaT | ga- | 2 | 2 | B.1.177.12 | 0.000303 |
ORF8 | 119 | D119del1 | gaT | ga- | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 1 | 1 | AY.107 | 0.000466 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 1 | 1 | AY.110 | 0.000113 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 1 | 1 | AY.116.1 | 0.000311 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 1 | 1 | AY.19 | 0.00114 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | -aN | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 1 | 1 | AY.37 | 0.000316 |
ORF8 | 119 | D119del1 | Gat | -at | 1 | 1 | AY.40 | 0.000964 |
ORF8 | 119 | D119del1 | GAT | -NN | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
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ORF8 | 119 | D119del1 | GaT | Aa- | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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