CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF8 | 65 | A65G | nonsyn | gCt | gGt | 750 | 742 | 0.989333 | 28086-28088 | |
ORF8 | 65 | A65G | nonsyn | gCT | gGG | 750 | 8 | 0.0106667 | 28086-28088 |
Details of the mutation A65G within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 742 | 750 | All | 0.000142 |
ORF8 | 65 | A65G | gCT | gGG | 8 | 750 | All | 0.000002 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 314 | 314 | AY.39.1 | 0.012439 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 103 | 106 | B.1.1.7 | 0.000092 |
ORF8 | 65 | A65G | gCT | gGG | 3 | 106 | B.1.1.7 | 0.000003 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 66 | 66 | B.1.2 | 0.000581 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 24 | 24 | B.1.139 | 0.017595 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 23 | 23 | B.1 | 0.000211 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 23 | 23 | P.1 | 0.000362 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 13 | 14 | B.1.258 | 0.000865 |
ORF8 | 65 | A65G | gCT | gGG | 1 | 14 | B.1.258 | 0.000067 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 13 | 13 | B.1.526 | 0.000306 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 9 | 9 | B.1.1 | 0.000163 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 7 | 7 | AY.3 | 0.00007 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 6 | 6 | B | 0.000767 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 6 | 6 | B.1.1.519 | 0.000238 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 6 | 6 | B.1.351 | 0.000178 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 5 | 5 | AY.103 | 0.000031 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 5 | 5 | AY.44 | 0.00003 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 5 | 5 | B.1.1.222 | 0.00102 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 5 | 5 | B.1.367 | 0.003962 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 4 | 5 | P.1.17 | 0.000647 |
ORF8 | 65 | A65G | gCT | gGG | 1 | 5 | P.1.17 | 0.000162 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 3 | 4 | B.1.241 | 0.002435 |
ORF8 | 65 | A65G | gCT | gGG | 1 | 4 | B.1.241 | 0.000812 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 4 | 4 | B.1.525 | 0.000453 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 4 | 4 | B.1.596 | 0.000349 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 4 | 4 | B.1.617.2 | 0.000015 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 4 | 4 | P.1.10 | 0.001078 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 3 | 3 | AY.25 | 0.000018 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 3 | 3 | AY.4 | 0.000005 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 2 | 3 | AY.43 | 0.000009 |
ORF8 | 65 | A65G | gCT | gGG | 1 | 3 | AY.43 | 0.000004 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 3 | 3 | B.1.177 | 0.00004 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 3 | 3 | B.1.429 | 0.000071 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 2 | 2 | AY.35 | 0.000466 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 2 | 2 | AY.98 | 0.000158 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.294 | 0.002532 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.398 | 0.006452 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.434 | 0.000697 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 2 | 2 | B.1.240 | 0.000431 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 2 | 2 | B.1.258.17 | 0.000208 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 2 | 2 | B.1.411 | 0.007407 |
ORF8 | 65 | A65G | gCT | gGG | 1 | 2 | B.1.413 | 0.004255 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 2 | B.1.413 | 0.004255 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 2 | 2 | P.1.1 | 0.000635 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 2 | 2 | P.1.12 | 0.000968 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 2 | 2 | P.1.7 | 0.000639 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | 0.055556 | |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | A | 0.000387 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | A.2 | 0.000662 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | A.2.5.1 | 0.004808 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | A.27 | 0.001656 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | AY.21 | 0.001898 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | AY.65 | 0.000533 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.113 | 0.006993 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.216 | 0.00089 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.318 | 0.000302 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.335 | 0.012987 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.409 | 0.002833 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.416 | 0.000905 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.437 | 0.010417 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.170 | 0.00431 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.177.15 | 0.000631 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.223 | 0.002778 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.258.14 | 0.00098 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.320 | 0.001245 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.36.10 | 0.004785 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.400 | 0.000429 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.421 | 0.007463 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.436 | 0.001029 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.439 | 0.005917 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.468 | 0.005714 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.516 | 0.001957 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.567 | 0.003333 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.588 | 0.00091 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.597 | 0.00463 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.1.609 | 0.000479 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.11 | 0.005128 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.40 | 0.000364 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | B.6 | 0.00091 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | C.1.2 | 0.004255 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | C.36 | 0.000911 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
ORF8 | 65 | A65G | gCt | gGt | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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