CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : CodonNum = 96

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF896G96deldelGGT---467467128179-28181
ORF896G96CnonsynGgtTgt4104090.99756128179-28181
ORF896G96CnonsynGgTTgC41010.0024390228179-28181
ORF896G96VnonsyngGtgTt3473460.99711828179-28181
ORF896G96VnonsyngGTgTC34710.0028818428179-28181
ORF896G96RnonsynGgtCgt180180128179-28181
ORF896G96GsynggTggC1181110.94067828179-28181
ORF896G96GsynggTggG11850.042372928179-28181
ORF896G96GsynggTggA11820.016949228179-28181
ORF896G96SnonsynGgtAgt6666128179-28181
ORF896G96DnonsyngGtgAt5151128179-28181
ORF896G96AnonsyngGtgCt1919128179-28181
ORF896G96FnonsynGGtTTt320.66666728179-28181
ORF896G96del1delggTgg-310.33333328179-28181
ORF896G96del1delGgt-gt310.33333328179-28181
ORF896G96del1delgGTgA-310.33333328179-28181
ORF896G96FnonsynGGTTTC310.33333328179-28181
ORF896G96LnonsynGGtCTt11128179-28181
ORF896G96NnonsynGGtAAt11128179-28181
ORF896G96KnonsynGGTAAA11128179-28181
ORF896G96EnonsyngGTgAA11128179-28181

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF896G96delGGT---467467All0.000089
ORF896G96CGgtTgt409410All0.000078
ORF896G96CGgTTgC1410All0
ORF896G96VgGtgTt346347All0.000066
ORF896G96VgGTgTC1347All0
ORF896G96RGgtCgt180180All0.000034
ORF896G96VgGtgTt160160B.1.617.20.000602
ORF896G96GggTggC111118All0.000021
ORF896G96GggTggG5118All0.000001
ORF896G96GggTggA2118All0
ORF896G96RGgtCgt109109B.1.1.2301
ORF896G96delGGT---7878B.1.1.70.00007
ORF896G96CGgtTgt6767AY.420.002695
ORF896G96SGgtAgt6666All0.000013
ORF896G96delGGT---5757AY.40.000089
ORF896G96CGgtTgt5656B.1.1.10.018295
ORF896G96DgGtgAt5151All0.00001
ORF896G96delGGT---3737AY.290.000584
ORF896G96CGgtTgt3737AY.40.000058
ORF896G96VgGtgTt3737B.1.1.2770.028073
ORF896G96GggTggC3535B.1.1.580.188172
ORF896G96delGGT---3333B.1.1.2220.006732
ORF896G96delGGT---3232B.1.1600.000998
ORF896G96delGGT---3232B.1.2430.002227
ORF896G96delGGT---2727B.1.10.00049
ORF896G96VgGtgTt2323D.20.001726
ORF896G96CGgtTgt2121AY.1030.00013
ORF896G96VgGtgTt2121B.1.1600.000655
ORF896G96AgGtgCt1919All0.000004
ORF896G96VgGtgTt1919B.10.000174
ORF896G96RGgtCgt1919B.10.000174
ORF896G96delGGT---1818B0.002301
ORF896G96CGgtTgt1717B.1.1.70.000015
ORF896G96CGgtTgt1717B.1.4290.0004
ORF896G96GggTggC1717C.370.001973
ORF896G96SGgtAgt1616AY.290.000252
ORF896G96delGGT---1515AY.250.00009
ORF896G96VgGtgTt1414AY.430.000062
ORF896G96CGgtTgt1414B.1.617.20.000053
ORF896G96VgGtgTt1313B.1.10.000236
ORF896G96CGgtTgt1313B.1.6370.00095
ORF896G96CGgtTgt1212AY.430.000053
ORF896G96SGgtAgt1111AY.430.000049
ORF896G96RGgtCgt1111B.1.10.0002
ORF896G96DgGtgAt1010AY.340.00097
ORF896G96GggTggC1010AY.440.000061
ORF896G96CGgtTgt1010B.10.000092
ORF896G96CGgtTgt1010B.1.10.000181
ORF896G96delGGT---1010P.10.000158
ORF896G96RGgtCgt99AY.40.000014
ORF896G96delGGT---99AY.430.00004
ORF896G96CGgtTgt99B.1.1.330.003788
ORF896G96CGgtTgt88AY.440.000049
ORF896G96CGgtTgt88AY.50.000165
ORF896G96CGgtTgt88B.1.1.3180.002414
ORF896G96delGGT---77B.1.1.2840.000752
ORF896G96DgGtgAt77B.1.1.70.000006
ORF896G96VgGtgTt77B.1.1.70.000006
ORF896G96CGgtTgt77B.1.2580.000466
ORF896G96delGGT---77B.1.36.160.009972
ORF896G96GggTggC77B.1.4270.000353
ORF896G96delGGT---66B.1.1.2650.018927
ORF896G96CGgtTgt66B.1.2430.000418
ORF896G96GggTggC66B.1.360.000875
ORF896G96delGGT---66B.1.617.20.000023
ORF896G96CGgtTgt66B.1.6280.002114
ORF896G96VgGtgTt66C.370.000696
ORF896G96delGGT---66P.1.140.000287
ORF896G96delGGT---55AY.29.10.001103
ORF896G96RGgtCgt55AY.440.00003
ORF896G96AgGtgCt55AY.75.10.000902
ORF896G96SGgtAgt55B.1.10.000091
ORF896G96GggTggC55B.1.1.70.000004
ORF896G96delGGT---55B.1.177.210.000382
ORF896G96RGgtCgt55B.1.20.000044
ORF896G96CGgtTgt44AY.1020.000106
ORF896G96CGgtTgt44AY.200.000155
ORF896G96SGgtAgt44AY.40.000006
ORF896G96AgGtgCt44AY.420.000161
ORF896G96RGgtCgt44AY.470.000124
ORF896G96GggTggC44B.10.000037
ORF896G96delGGT---44B.1.1.5190.000159
ORF896G96CGgtTgt44B.1.1600.000125
ORF896G96CGgtTgt44B.1.177.770.002905
ORF896G96delGGT---44B.1.3200.004981
ORF896G96GggTggC44B.1.617.20.000015
ORF896G96CGgtTgt44C.350.003096
ORF896G96VgGtgTt44P.1.150.000929
ORF896G96FGGtTTt23All0
ORF896G96del1Ggt-gt13All0
ORF896G96FGGTTTC13All0
ORF896G96del1ggTgg-13All0
ORF896G96del1gGTgA-13All0
ORF896G96SGgtAgt33AY.1030.000019
ORF896G96CGgtTgt33AY.30.00003
ORF896G96DgGtgAt33AY.30.00003
ORF896G96delGGT---33AY.30.00003
ORF896G96GggTggC33AY.40.000005
ORF896G96VgGtgTt33AY.40.000005
ORF896G96GggTggC33AY.70.000588
ORF896G96delGGT---33B.10.000027
ORF896G96VgGtgTt33B.1.1.250.001706
ORF896G96SGgtAgt33B.1.1.70.000003
ORF896G96CGgtTgt33B.1.1770.00004
ORF896G96delGGT---33B.1.20.000026
ORF896G96delGGT---33B.1.220.003953
ORF896G96DgGtgAt33B.1.2340.000396
ORF896G96VgGtgTt33B.1.4290.000071
ORF896G96delGGT---33B.1.4290.000071
ORF896G96delGGT---33B.1.5090.002597
ORF896G96AgGtgCt33B.1.617.20.000011
ORF896G96SGgtAgt33B.230.008772
ORF896G96VgGtgTt33B.6.60.002667
ORF896G96CGgtTgt33C.370.000348
ORF896G96VgGtgTt33P.10.000047
ORF896G96SGgtAgt33P.10.000047
ORF896G96delGGT---33P.1.10.000953
ORF896G96delGGT---220.111111
ORF896G96DgGtgAt22AY.1030.000012
ORF896G96CGgtTgt22AY.1150.010417
ORF896G96DgGtgAt22AY.1200.000074
ORF896G96CGgtTgt22AY.1200.000074
ORF896G96VgGtgTt22AY.1210.000271
ORF896G96GggTggC22AY.16.10.00094
ORF896G96CGgtTgt22AY.250.000012
ORF896G96delGGT---22AY.260.000057
ORF896G96CGgtTgt22AY.350.000466
ORF896G96GggTggG22AY.430.000009
ORF896G96SGgtAgt22AY.440.000012
ORF896G96VgGtgTt22AY.440.000012
ORF896G96delGGT---22AY.480.00093
ORF896G96VgGtgTt22AY.50.000041
ORF896G96DgGtgAt22AY.50.000041
ORF896G96GggTggC22AY.50.000041
ORF896G96delGGT---22B.1.1.2140.000111
ORF896G96GggTggG22B.1.1.280.000622
ORF896G96VgGtgTt22B.1.1.280.000622
ORF896G96VgGTgTC12B.1.1.3960.045455
ORF896G96CGgTTgC12B.1.1.3960.045455
ORF896G96VgGtgTt12B.1.1.3960.045455
ORF896G96FGGTTTC12B.1.1.3960.045455
ORF896G96CGgtTgt12B.1.1.3960.045455
ORF896G96FGGtTTt12B.1.1.3960.045455
ORF896G96CGgtTgt22B.1.1.5190.000079
ORF896G96AgGtgCt22B.1.1.70.000002
ORF896G96del1ggTgg-12B.1.1.70.000001
ORF896G96del1gGTgA-12B.1.1.70.000001
ORF896G96delGGT---22B.1.1770.000026
ORF896G96VgGtgTt22B.1.1770.000026
ORF896G96delGGT---22B.1.360.000292
ORF896G96CGgtTgt22B.1.360.000292
ORF896G96DgGtgAt22B.1.438.10.000215
ORF896G96CGgtTgt22B.1.438.10.000215
ORF896G96RGgtCgt22B.1.466.20.000782
ORF896G96SGgtAgt22B.1.5250.000226
ORF896G96RGgtCgt22B.1.5960.000174
ORF896G96DgGtgAt22B.1.617.20.000008
ORF896G96CGgtTgt22B.1.6210.000177
ORF896G96delGGT---22B.1.6370.000146
ORF896G96DgGtgAt22C.130.051282
ORF896G96CGgtTgt22P.10.000032
ORF896G96GggTggC12P.10.000016
ORF896G96GggTggA12P.10.000016
ORF896G96DgGtgAt11A.2.40.003367
ORF896G96delGGT---11AE.40.043478
ORF896G96KGGTAAA11All0
ORF896G96EgGTgAA11All0
ORF896G96NGGtAAt11All0
ORF896G96LGGtCTt11All0
ORF896G96RGgtCgt11AY.1000.000046
ORF896G96VgGtgTt11AY.1020.000027
ORF896G96SGgtAgt11AY.1020.000027
ORF896G96DgGtgAt11AY.1020.000027
ORF896G96NGGtAAt11AY.1030.000006
ORF896G96delGGT---11AY.1080.001103
ORF896G96DgGtgAt11AY.1080.001103
ORF896G96RGgtCgt11AY.1130.000142
ORF896G96delGGT---11AY.116.10.000311
ORF896G96delGGT---11AY.1180.000063
ORF896G96VgGtgTt11AY.1190.000035
ORF896G96CGgtTgt11AY.1190.000035
ORF896G96delGGT---11AY.1200.000037
ORF896G96VgGtgTt11AY.1200.000037
ORF896G96delGGT---11AY.190.00114
ORF896G96RGgtCgt11AY.200.000039
ORF896G96GggTggC11AY.200.000039
ORF896G96GggTggA11AY.250.000006
ORF896G96CGgtTgt11AY.260.000028
ORF896G96del1Ggt-gt11AY.260.000028
ORF896G96GggTggC11AY.290.000016
ORF896G96SGgtAgt11AY.29.10.000221
ORF896G96GggTggC11AY.30.00001
ORF896G96CGgtTgt11AY.3.10.000085
ORF896G96SGgtAgt11AY.320.000532
ORF896G96CGgtTgt11AY.340.000097
ORF896G96CGgtTgt11AY.380.000499
ORF896G96SGgtAgt11AY.390.000025
ORF896G96delGGT---11AY.390.000025
ORF896G96CGgtTgt11AY.390.000025
ORF896G96delGGT---11AY.4.20.000022
ORF896G96CGgtTgt11AY.4.2.10.000149
ORF896G96RGgtCgt11AY.430.000004
ORF896G96DgGtgAt11AY.430.000004
ORF896G96DgGtgAt11AY.440.000006
ORF896G96delGGT---11AY.440.000006
ORF896G96VgGtgTt11AY.46.40.000165
ORF896G96SGgtAgt11AY.470.000031
ORF896G96SGgtAgt11AY.50.000021
ORF896G96CGgtTgt11AY.5.30.000337
ORF896G96GggTggC11AY.550.000917
ORF896G96GggTggC11AY.560.001605
ORF896G96delGGT---11AY.580.000907
ORF896G96AgGtgCt11AY.600.000938
ORF896G96GggTggC11AY.680.000274
ORF896G96CGgtTgt11AY.680.000274
ORF896G96CGgtTgt11AY.690.000187
ORF896G96CGgtTgt11AY.7.10.000113
ORF896G96CGgtTgt11AY.750.000056
ORF896G96CGgtTgt11AY.820.001357
ORF896G96VgGtgTt11AY.850.000427
ORF896G96VgGtgTt11AY.90.000068
ORF896G96CGgtTgt11AY.9.10.000084
ORF896G96RGgtCgt11AY.9.20.000037
ORF896G96DgGtgAt11AY.930.000273
ORF896G96AgGtgCt11AY.98.10.000048
ORF896G96CGgtTgt11AY.98.10.000048
ORF896G96CGgtTgt11AY.99.20.000092
ORF896G96CGgtTgt11AZ.50.003509
ORF896G96DgGtgAt11B0.000128
ORF896G96AgGtgCt11B.1.10.000018
ORF896G96delGGT---11B.1.1.1740.003378
ORF896G96CGgtTgt11B.1.1.1890.001513
ORF896G96delGGT---11B.1.1.2160.00089
ORF896G96KGGTAAA11B.1.1.2650.003155
ORF896G96RGgtCgt11B.1.1.2940.001266
ORF896G96RGgtCgt11B.1.1.3150.008475
ORF896G96VgGtgTt11B.1.1.3260.001761
ORF896G96CGgtTgt11B.1.1.3440.010753
ORF896G96RGgtCgt11B.1.1.3500.04
ORF896G96delGGT---11B.1.1.3540.004386
ORF896G96delGGT---11B.1.1.370.000193
ORF896G96RGgtCgt11B.1.1.3700.012658
ORF896G96VgGtgTt11B.1.1.3720.000689
ORF896G96GggTggC11B.1.1.3960.045455
ORF896G96DgGtgAt11B.1.1.4160.000905
ORF896G96RGgtCgt11B.1.1.4170.002703
ORF896G96GggTggC11B.1.1.4320.001266
ORF896G96CGgtTgt11B.1.1.4340.000349
ORF896G96CGgtTgt11B.1.1.500.000679
ORF896G96SGgtAgt11B.1.1.5190.00004
ORF896G96LGGtCTt11B.1.1.70.000001
ORF896G96EgGTgAA11B.1.1.70.000001
ORF896G96FGGtTTt11B.1.1.70.000001
ORF896G96GggTggG11B.1.1.700.000341
ORF896G96VgGtgTt11B.1.1170.0125
ORF896G96delGGT---11B.1.1260.001276
ORF896G96DgGtgAt11B.1.1600.000031
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.