CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : CodonNum = 90

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF890C90CsyntgCtgT11111111128161-28163
ORF890C90FnonsyntGctTc8887990.89977528161-28163
ORF890C90FnonsyntGCtTT888890.10022528161-28163
ORF890C90deldelTGC---564564128161-28163
ORF890C90YnonsyntGctAc3052330.76393428161-28163
ORF890C90YnonsyntGCtAT305720.23606628161-28163
ORF890C90InonsynTGCATT166760.45783128161-28163
ORF890C90InonsynTGCATA166720.43373528161-28163
ORF890C90InonsynTGcATc166180.10843428161-28163
ORF890C90del1delTgc-gc1641560.95121928161-28163
ORF890C90del1deltgCtg-16480.048780528161-28163
ORF890C90XnonsyntgCtgA144740.51388928161-28163
ORF890C90SnonsyntGctCc144720.528161-28163
ORF890C90XnonsyntGCtAA144690.47916728161-28163
ORF890C90SnonsynTgcAgc144350.24305628161-28163
ORF890C90SnonsynTgCAgT144190.13194428161-28163
ORF890C90SnonsyntGCtCT144100.069444428161-28163
ORF890C90SnonsyntGCtCA14470.048611128161-28163
ORF890C90XnonsyntGCtAG14410.0069444428161-28163
ORF890C90SnonsyntGCtCG14410.0069444428161-28163
ORF890C90LnonsyntGCtTA87710.81609228161-28163
ORF890C90LnonsynTGCCTT8770.080459828161-28163
ORF890C90LnonsynTGCCTA8750.057471328161-28163
ORF890C90LnonsynTGcCTc8730.034482828161-28163
ORF890C90LnonsyntGCtTG8710.011494328161-28163
ORF890C90NnonsynTGCAAT79680.86075928161-28163
ORF890C90NnonsynTGcAAc79110.13924128161-28163
ORF890C90KnonsynTGCAAA71700.98591528161-28163
ORF890C90KnonsynTGCAAG7110.014084528161-28163
ORF890C90RnonsynTgcCgc52360.69230828161-28163
ORF890C90RnonsynTgCAgA52130.2528161-28163
ORF890C90RnonsynTgCCgA5210.019230828161-28163
ORF890C90RnonsynTgCCgG5210.019230828161-28163
ORF890C90RnonsynTgCCgT5210.019230828161-28163
ORF890C90VnonsynTGCGTT23110.47826128161-28163
ORF890C90VnonsynTGCGTA2380.34782628161-28163
ORF890C90VnonsynTGcGTc2340.17391328161-28163
ORF890C90GnonsynTgcGgc18100.55555628161-28163
ORF890C90GnonsynTgCGgT1860.33333328161-28163
ORF890C90GnonsynTgCGgA1820.11111128161-28163
ORF890C90TnonsynTGCACA1260.528161-28163
ORF890C90TnonsynTGCACT1230.2528161-28163
ORF890C90TnonsynTGcACc1220.16666728161-28163
ORF890C90TnonsynTGCACG1210.083333328161-28163
ORF890C90DnonsynTGCGAT1190.81818228161-28163
ORF890C90DnonsynTGcGAc1120.18181828161-28163
ORF890C90HnonsynTGCCAT1060.628161-28163
ORF890C90HnonsynTGcCAc1040.428161-28163
ORF890C90del2delTGc--c860.7528161-28163
ORF890C90del2delTGC--N810.12528161-28163
ORF890C90del2deltGCt--810.12528161-28163
ORF890C90EnonsynTGCGAA77128161-28163
ORF890C90QnonsynTGCCAA66128161-28163
ORF890C90WnonsyntgCtgG22128161-28163
ORF890C90AnonsynTGCGCT210.528161-28163
ORF890C90AnonsynTGCGCA210.528161-28163
ORF890C90MnonsynTGCATG11128161-28163

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF890C90CtgCtgT11111111All0.000212
ORF890C90FtGctTc799888All0.000153
ORF890C90FtGCtTT89888All0.000017
ORF890C90delTGC---564564All0.000108
ORF890C90FtGctTc367448B.1.1.70.000329
ORF890C90FtGCtTT81448B.1.1.70.000073
ORF890C90YtGctAc233305All0.000045
ORF890C90YtGCtAT72305All0.000014
ORF890C90CtgCtgT190190B.1.1.70.00017
ORF890C90ITGCATT76166All0.000015
ORF890C90ITGCATA72166All0.000014
ORF890C90ITGcATc18166All0.000003
ORF890C90del1Tgc-gc156164All0.00003
ORF890C90del1tgCtg-8164All0.000002
ORF890C90CtgCtgT160160B.1.617.20.000602
ORF890C90ITGCATT71156B.1.1.70.000064
ORF890C90ITGCATA68156B.1.1.70.000061
ORF890C90ITGcATc17156B.1.1.70.000015
ORF890C90del1Tgc-gc154154B.1.1.70.000138
ORF890C90XtgCtgA74144All0.000014
ORF890C90StGctCc72144All0.000014
ORF890C90XtGCtAA69144All0.000013
ORF890C90STgcAgc35144All0.000007
ORF890C90STgCAgT19144All0.000004
ORF890C90StGCtCT10144All0.000002
ORF890C90StGCtCA7144All0.000001
ORF890C90XtGCtAG1144All0
ORF890C90StGCtCG1144All0
ORF890C90YtGCtAT67117B.1.1.70.00006
ORF890C90YtGctAc50117B.1.1.70.000045
ORF890C90CtgCtgT114114AY.1000.005245
ORF890C90StGctCc59111B.1.1.70.000053
ORF890C90STgcAgc23111B.1.1.70.000021
ORF890C90STgCAgT16111B.1.1.70.000014
ORF890C90StGCtCA7111B.1.1.70.000006
ORF890C90StGCtCT5111B.1.1.70.000004
ORF890C90StGCtCG1111B.1.1.70.000001
ORF890C90FtGctTc104104AY.40.000162
ORF890C90XtGCtAA6488B.1.1.70.000057
ORF890C90XtgCtgA2388B.1.1.70.000021
ORF890C90XtGCtAG188B.1.1.70.000001
ORF890C90LtGCtTA7187All0.000014
ORF890C90LTGCCTT787All0.000001
ORF890C90LTGCCTA587All0.000001
ORF890C90LTGcCTc387All0.000001
ORF890C90LtGCtTG187All0
ORF890C90LtGCtTA6783B.1.1.70.00006
ORF890C90LTGCCTT783B.1.1.70.000006
ORF890C90LTGCCTA583B.1.1.70.000004
ORF890C90LTGcCTc383B.1.1.70.000003
ORF890C90LtGCtTG183B.1.1.70.000001
ORF890C90delTGC---8282B.1.1.70.000073
ORF890C90NTGCAAT6879All0.000013
ORF890C90NTGcAAc1179All0.000002
ORF890C90CtgCtgT7979AY.610.008277
ORF890C90NTGCAAT6373B.1.1.70.000056
ORF890C90NTGcAAc1073B.1.1.70.000009
ORF890C90KTGCAAA7071All0.000013
ORF890C90KTGCAAG171All0
ORF890C90FtGctTc7070AY.1030.000435
ORF890C90YtGctAc6969B.1.617.20.00026
ORF890C90KTGCAAA6667B.1.1.70.000059
ORF890C90KTGCAAG167B.1.1.70.000001
ORF890C90delTGC---5959B.1.1.2940.074684
ORF890C90delTGC---5757AY.40.000089
ORF890C90CtgCtgT5353B.1.3050.113978
ORF890C90RTgcCgc3652All0.000007
ORF890C90RTgCAgA1352All0.000002
ORF890C90RTgCCgG152All0
ORF890C90RTgCCgT152All0
ORF890C90RTgCCgA152All0
ORF890C90CtgCtgT5252B.1.3480.945455
ORF890C90CtgCtgT4343AY.40.000067
ORF890C90delTGC---3737AY.290.000584
ORF890C90YtGctAc3535AY.430.000155
ORF890C90delTGC---3434B.1.2430.002366
ORF890C90delTGC---3333B.1.1.2220.006732
ORF890C90FtGctTc3333B.1.617.20.000124
ORF890C90delTGC---2929B.1.10.000526
ORF890C90RTgcCgc1629B.1.1.70.000014
ORF890C90RTgCAgA1129B.1.1.70.00001
ORF890C90RTgCCgA129B.1.1.70.000001
ORF890C90RTgCCgT129B.1.1.70.000001
ORF890C90delTGC---2727AY.1030.000168
ORF890C90CtgCtgT2424B.1.1600.000749
ORF890C90VTGCGTT1123All0.000002
ORF890C90VTGCGTA823All0.000002
ORF890C90VTGcGTc423All0.000001
ORF890C90VTGCGTT1123B.1.1.70.00001
ORF890C90VTGCGTA823B.1.1.70.000007
ORF890C90VTGcGTc423B.1.1.70.000004
ORF890C90CtgCtgT2121AY.1030.00013
ORF890C90CtgCtgT2020AY.290.000315
ORF890C90XtgCtgA2020AY.40.000031
ORF890C90FtGctTc1919AY.440.000116
ORF890C90GTgcGgc1018All0.000002
ORF890C90GTgCGgT618All0.000001
ORF890C90GTgCGgA218All0
ORF890C90FtGctTc1818AY.740.002082
ORF890C90delTGC---1818B0.002301
ORF890C90CtgCtgT1818B.1.360.002626
ORF890C90CtgCtgT1818B.1.6370.001315
ORF890C90CtgCtgT1717B.10.000156
ORF890C90delTGC---1616AY.250.000096
ORF890C90FtGctTc1616AY.270.001036
ORF890C90CtgCtgT1616AY.4.20.000347
ORF890C90FtGctTc1414AY.430.000062
ORF890C90CtgCtgT1313AY.250.000078
ORF890C90CtgCtgT1313B.1.10.000236
ORF890C90CtgCtgT1313B.1.20.000114
ORF890C90CtgCtgT1313B.1.2210.000923
ORF890C90delTGC---1313B.1.617.20.000049
ORF890C90TTGCACA612All0.000001
ORF890C90TTGCACT312All0.000001
ORF890C90TTGcACc212All0
ORF890C90TTGCACG112All0
ORF890C90FtGctTc1112AY.250.000066
ORF890C90FtGCtTT112AY.250.000006
ORF890C90CtgCtgT1212AY.440.000073
ORF890C90CtgCtgT1212AY.470.000373
ORF890C90TTGCACA612B.1.1.70.000005
ORF890C90TTGCACT312B.1.1.70.000003
ORF890C90TTGcACc212B.1.1.70.000002
ORF890C90TTGCACG112B.1.1.70.000001
ORF890C90delTGC---1212P.10.000189
ORF890C90FtGctTc1212Q.30.00174
ORF890C90DTGCGAT911All0.000002
ORF890C90DTGcGAc211All0
ORF890C90CtgCtgT1111AY.1020.000292
ORF890C90YtGctAc1111AY.390.000272
ORF890C90DTGCGAT911B.1.1.70.000008
ORF890C90GTgCGgT511B.1.1.70.000004
ORF890C90GTgcGgc411B.1.1.70.000004
ORF890C90DTGcGAc211B.1.1.70.000002
ORF890C90GTgCGgA211B.1.1.70.000002
ORF890C90HTGCCAT610All0.000001
ORF890C90HTGcCAc410All0.000001
ORF890C90YtGctAc1010AY.440.000061
ORF890C90delTGC---1010B.1.1600.000312
ORF890C90FtGctTc1010B.1.6300.052356
ORF890C90CtgCtgT99AY.430.00004
ORF890C90delTGC---99AY.430.00004
ORF890C90HTGCCAT69B.1.1.70.000005
ORF890C90HTGcCAc39B.1.1.70.000003
ORF890C90del2TGc--c68All0.000001
ORF890C90del2TGC--N18All0
ORF890C90del2tGCt--18All0
ORF890C90CtgCtgT88AY.260.000226
ORF890C90ETGCGAA77All0.000001
ORF890C90CtgCtgT77AY.200.000272
ORF890C90CtgCtgT77AY.39.10.000277
ORF890C90RTgcCgc77AY.40.000011
ORF890C90CtgCtgT77AY.420.000282
ORF890C90CtgCtgT77AY.9.20.000257
ORF890C90FtGctTc57B.10.000046
ORF890C90FtGCtTT27B.10.000018
ORF890C90delTGC---77B.1.1.2650.022082
ORF890C90CtgCtgT77B.1.1.280.002179
ORF890C90delTGC---77B.1.1.2840.000752
ORF890C90CtgCtgT77B.1.1.330.002946
ORF890C90CtgCtgT77B.1.1.630.002701
ORF890C90ETGCGAA77B.1.1.70.000006
ORF890C90CtgCtgT77B.1.2340.000924
ORF890C90delTGC---77B.1.36.160.009972
ORF890C90QTGCCAA66All0.000001
ORF890C90YtGctAc66AY.290.000095
ORF890C90QTGCCAA66B.1.1.70.000005
ORF890C90CtgCtgT66B.1.258.170.000624
ORF890C90CtgCtgT66B.1.3510.000178
ORF890C90delTGC---66P.1.140.000287
ORF890C90delTGC---55AY.29.10.001103
ORF890C90delTGC---55AY.30.00005
ORF890C90FtGctTc55AY.50.000103
ORF890C90FtGctTc55AY.90.000338
ORF890C90StGctCc45B.10.000037
ORF890C90StGCtCT15B.10.000009
ORF890C90XtgCtgA45B.1.10.000073
ORF890C90XtGCtAA15B.1.10.000018
ORF890C90CtgCtgT55B.1.1770.000066
ORF890C90FtGctTc55B.1.20.000044
ORF890C90CtgCtgT55B.1.2060.004078
ORF890C90STgcAgc55B.1.5240.007032
ORF890C90RTgcCgc55B.1.617.20.000019
ORF890C90FtGctTc45P.10.000063
ORF890C90FtGCtTT15P.10.000016
ORF890C90delTGC---55P.1.10.001588
ORF890C90FtGctTc44AY.1020.000106
ORF890C90YtGctAc34AY.250.000018
ORF890C90YtGCtAT14AY.250.000006
ORF890C90FtGctTc44AY.390.000099
ORF890C90CtgCtgT44AY.50.000083
ORF890C90XtgCtgA44AY.50.000083
ORF890C90delTGC---44AY.750.000224
ORF890C90FtGctTc44AY.9.20.000147
ORF890C90YtGCtAT24B.10.000018
ORF890C90ITGCATA24B.10.000018
ORF890C90ITGCATT24B.10.000018
ORF890C90YtGctAc24B.10.000018
ORF890C90FtGctTc44B.1.10.000073
ORF890C90FtGctTc44B.1.1.2140.000222
ORF890C90CtgCtgT44B.1.1.4320.005063
ORF890C90CtgCtgT44B.1.1.4860.006309
ORF890C90delTGC---44B.1.1.5190.000159
ORF890C90YtGctAc44B.1.1770.000053
ORF890C90delTGC---44B.1.20.000035
ORF890C90delTGC---44B.1.3200.004981
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