CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : CodonNum = 9

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF8	9	I9I		syn	atC	atT	10368	10242	0.987847	27918-27920
ORF8	9	I9I		syn	atC	atA	10368	126	0.0121528	27918-27920
ORF8	9	I9T		nonsyn	aTc	aCc	1337	1335	0.998504	27918-27920
ORF8	9	I9T		nonsyn	aTC	aCA	1337	1	0.000747943	27918-27920
ORF8	9	I9T		nonsyn	aTC	aCT	1337	1	0.000747943	27918-27920
ORF8	9	I9del		del	ATC	---	529	529	1	27918-27920
ORF8	9	I9V		nonsyn	Atc	Gtc	298	295	0.989933	27918-27920
ORF8	9	I9V		nonsyn	AtC	GtA	298	2	0.00671141	27918-27920
ORF8	9	I9V		nonsyn	AtC	GtT	298	1	0.0033557	27918-27920
ORF8	9	I9S		nonsyn	aTc	aGc	134	134	1	27918-27920
ORF8	9	I9F		nonsyn	Atc	Ttc	95	94	0.989474	27918-27920
ORF8	9	I9F		nonsyn	AtC	TtT	95	1	0.0105263	27918-27920
ORF8	9	I9N		nonsyn	aTc	aAc	54	52	0.962963	27918-27920
ORF8	9	I9N		nonsyn	aTC	aAT	54	2	0.037037	27918-27920
ORF8	9	I9L		nonsyn	Atc	Ctc	42	39	0.928571	27918-27920
ORF8	9	I9L		nonsyn	AtC	TtA	42	2	0.047619	27918-27920
ORF8	9	I9L		nonsyn	AtC	TtG	42	1	0.0238095	27918-27920
ORF8	9	I9M		nonsyn	atC	atG	19	19	1	27918-27920
ORF8	9	I9del1		del	atC	at-	6	4	0.666667	27918-27920
ORF8	9	I9del1		del	ATc	-Cc	6	1	0.166667	27918-27920
ORF8	9	I9del1		del	aTc	a-c	6	1	0.166667	27918-27920
ORF8	9	I9del2		del	aTC	a--	4	4	1	27918-27920
ORF8	9	I9A		nonsyn	ATc	GCc	4	2	0.5	27918-27920
ORF8	9	I9A		nonsyn	ATC	GCA	4	2	0.5	27918-27920
ORF8	9	I9K		nonsyn	aTC	aAA	1	1	1	27918-27920
ORF8	9	I9E		nonsyn	ATC	GAA	1	1	1	27918-27920
ORF8	9	I9R		nonsyn	aTC	aGG	1	1	1	27918-27920
ORF8	9	I9D		nonsyn	ATC	GAT	1	1	1	27918-27920

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF8	9	I9I	atC	atT	10242	10368	All	0.001959
ORF8	9	I9I	atC	atA	126	10368	All	0.000024
ORF8	9	I9I	atC	atT	3281	3281	B.1.311	0.900879
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1335	1337	All	0.000255
ORF8	9	I9T	aTC	aCA	1	1337	All	0
ORF8	9	I9T	aTC	aCT	1	1337	All	0
ORF8	9	I9I	atC	atT	845	853	AY.4	0.001315
ORF8	9	I9I	atC	atA	8	853	AY.4	0.000012
ORF8	9	I9I	atC	atT	586	586	B.1.258.16	0.959083
ORF8	9	I9del	ATC	---	529	529	All	0.000101
ORF8	9	I9I	atC	atT	437	437	AY.119	0.01543
ORF8	9	I9I	atC	atT	431	431	AY.46.6	0.031121
ORF8	9	I9I	atC	atT	332	332	AY.6	0.013655
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	295	298	All	0.000056
ORF8	9	I9V	AtC	GtA	2	298	All	0
ORF8	9	I9V	AtC	GtT	1	298	All	0
ORF8	9	I9I	atC	atT	285	292	B.1.1.7	0.000255
ORF8	9	I9I	atC	atA	7	292	B.1.1.7	0.000006
ORF8	9	I9I	atC	atT	266	269	B.1.258	0.017701
ORF8	9	I9I	atC	atA	3	269	B.1.258	0.0002
ORF8	9	I9I	atC	atT	252	265	B.1.617.2	0.000949
ORF8	9	I9I	atC	atA	13	265	B.1.617.2	0.000049
ORF8	9	I9I	atC	atT	261	263	B.1.1	0.004735
ORF8	9	I9I	atC	atA	2	263	B.1.1	0.000036
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	220	220	AY.4	0.000342
ORF8	9	I9I	atC	atT	186	192	AY.44	0.001132
ORF8	9	I9I	atC	atA	6	192	AY.44	0.000037
ORF8	9	I9I	atC	atT	189	190	AY.43	0.000837
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	190	AY.43	0.000004
ORF8	9	I9I	atC	atT	178	178	AY.99.2	0.016404
ORF8	9	I9I	atC	atT	167	169	AY.3	0.001661
ORF8	9	I9I	atC	atA	2	169	AY.3	0.00002
ORF8	9	I9I	atC	atT	154	155	AY.25	0.000926
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	155	AY.25	0.000006
ORF8	9	I9I	atC	atT	152	152	B.1.177	0.002001
ORF8	9	I9I	atC	atT	139	139	AY.70	0.028982
ORF8	9	I9I	atC	atT	135	138	AY.103	0.000838
ORF8	9	I9I	atC	atA	3	138	AY.103	0.000019
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	134	134	All	0.000026
ORF8	9	I9I	atC	atT	127	133	B.1	0.001163
ORF8	9	I9I	atC	atA	6	133	B.1	0.000055
ORF8	9	I9F	Atc	Ttc	94	95	All	0.000018
ORF8	9	I9F	AtC	TtT	1	95	All	0
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	89	89	B.1.1.7	0.00008
ORF8	9	I9I	atC	atT	86	86	B.1.289	0.228723
ORF8	9	I9del	ATC	---	85	85	B.1.1.7	0.000076
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	82	82	AY.44	0.000499
ORF8	9	I9I	atC	atT	80	80	B.1.177.48	0.25
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	78	78	B.1.177	0.001027
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	77	77	B.1.1	0.001397
ORF8	9	I9F	Atc	Ttc	74	74	AY.4	0.000115
ORF8	9	I9I	atC	atT	70	70	AY.4.2	0.001518
ORF8	9	I9del	ATC	---	68	68	AY.4	0.000106
ORF8	9	I9I	atC	atT	60	60	AY.102	0.001591
ORF8	9	I9I	atC	atT	56	56	AY.26	0.001585
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	52	54	All	0.00001
ORF8	9	I9N	aTC	aAT	2	54	All	0
ORF8	9	I9I	atC	atT	53	53	AY.4.1	0.039086
ORF8	9	I9I	atC	atT	53	53	B.1.1.519	0.002105
ORF8	9	I9I	atC	atT	46	46	AY.114	0.010631
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	46	46	B.1.1.58	0.247312
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	46	46	B.1.617.2	0.000173
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	45	45	B.1.1.519	0.001787
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	44	44	AY.26	0.001246
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	44	44	B.1.639	0.956522
ORF8	9	I9L	Atc	Ctc	39	42	All	0.000007
ORF8	9	I9L	AtC	TtA	2	42	All	0
ORF8	9	I9L	AtC	TtG	1	42	All	0
ORF8	9	I9I	atC	atT	42	42	B.1.1.524	0.875
ORF8	9	I9del	ATC	---	39	39	AY.29	0.000615
ORF8	9	I9I	atC	atT	38	38	P.1.17	0.006147
ORF8	9	I9I	atC	atT	37	37	B.1.160	0.001154
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	36	36	AY.43	0.000159
ORF8	9	I9I	atC	atT	36	36	AY.47	0.00112
ORF8	9	I9I	atC	atT	36	36	AY.74	0.004163
ORF8	9	I9del	ATC	---	35	35	B.1.243	0.002435
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	33	33	AY.103	0.000205
ORF8	9	I9I	atC	atT	33	33	AY.33	0.002204
ORF8	9	I9del	ATC	---	33	33	B.1.1.222	0.006732
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	32	32	B.1.621	0.002833
ORF8	9	I9I	atC	atT	29	31	AY.39	0.000717
ORF8	9	I9I	atC	atA	2	31	AY.39	0.000049
ORF8	9	I9I	atC	atT	30	30	AY.117	0.002535
ORF8	9	I9I	atC	atT	30	30	B.1.177.21	0.002294
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	29	29	AY.25	0.000174
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	28	29	B.1	0.000256
ORF8	9	I9T	aTC	aCA	1	29	B.1	0.000009
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	29	29	B.1.177	0.000382
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	29	29	B.1.438.1	0.003111
ORF8	9	I9I	atC	atA	28	28	B.1.1.354	0.122807
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	27	27	B.1	0.000247
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	27	27	B.1.1.214	0.001497
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	27	27	B.1.1.519	0.001072
ORF8	9	I9I	atC	atT	27	27	B.1.399	0.052224
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	26	26	B.1.36.9	0.083601
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	26	26	B.1.621	0.002301
ORF8	9	I9I	atC	atT	25	25	B.1.2	0.00022
ORF8	9	I9I	atC	atT	24	24	AY.29	0.000379
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	24	24	AY.64	0.014286
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	24	24	B.1.560	0.111111
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	23	23	AY.39	0.000568
ORF8	9	I9I	atC	atT	21	23	P.1	0.000331
ORF8	9	I9I	atC	atA	2	23	P.1	0.000032
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	22	22	B.1.1.306	0.009645
ORF8	9	I9I	atC	atT	21	21	AY.121	0.002842
ORF8	9	I9I	atC	atT	21	21	AY.23	0.001465
ORF8	9	I9del	ATC	---	20	20	B.1.1	0.000363
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	20	20	B.1.2	0.000176
ORF8	9	I9I	atC	atT	20	20	B.1.234	0.002639
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	20	20	B.1.243	0.001392
ORF8	9	I9I	atC	atT	20	20	B.1.346	0.026212
ORF8	9	I9I	atC	atT	20	20	N.8	0.625
ORF8	9	I9M	atC	atG	19	19	All	0.000004
ORF8	9	I9del	ATC	---	19	19	B.1	0.000174
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	19	19	P.1	0.000299
ORF8	9	I9del	ATC	---	18	18	B	0.002301
ORF8	9	I9I	atC	atT	18	18	B.1.1.205	0.066914
ORF8	9	I9I	atC	atT	18	18	B.1.177.10	0.015803
ORF8	9	I9I	atC	atA	13	17	AY.24	0.005603
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	17	AY.24	0.001724
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	16	16	AY.43	0.000071
ORF8	9	I9I	atC	atT	16	16	D.2	0.001201
ORF8	9	I9I	atC	atT	15	15	AY.100	0.00069
ORF8	9	I9I	atC	atT	15	15	B.1.1.306	0.006576
ORF8	9	I9I	atC	atT	15	15	B.1.243	0.001044
ORF8	9	I9L	Atc	Ctc	15	15	B.1.617.2	0.000056
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	14	14	AY.25	0.000084
ORF8	9	I9del	ATC	---	14	14	AY.48	0.006512
ORF8	9	I9I	atC	atT	14	14	AY.5	0.000289
ORF8	9	I9I	atC	atT	14	14	B.1.1.222	0.002856
ORF8	9	I9I	atC	atT	13	13	AY.4.2.1	0.001937
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	13	13	AY.5	0.000268
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	13	13	B.1.1.284	0.001396
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	13	13	B.1.1.7	0.000012
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	13	13	B.1.160	0.000405
ORF8	9	I9I	atC	atT	13	13	B.1.218	0.06701
ORF8	9	I9I	atC	atT	13	13	B.1.526	0.000306
ORF8	9	I9I	atC	atT	12	12	AY.118	0.000752
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	12	12	AY.29	0.000189
ORF8	9	I9L	Atc	Ctc	12	12	AY.4	0.000019
ORF8	9	I9I	atC	atT	12	12	AY.42	0.000483
ORF8	9	I9I	atC	atT	12	12	AY.45	0.00146
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	12	12	AY.47	0.000373
ORF8	9	I9I	atC	atT	12	12	AY.75	0.000672
ORF8	9	I9I	atC	atT	12	12	B.1.1.63	0.00463
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	12	12	B.1.1.7	0.000011
ORF8	9	I9I	atC	atT	12	12	B.1.111	0.014101
ORF8	9	I9I	atC	atT	12	12	B.1.602	0.078431
ORF8	9	I9I	atC	atT	11	11	AY.3.1	0.000938
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	11	11	B.1.1.389	0.066667
ORF8	9	I9I	atC	atT	10	10	AY.120	0.000372
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	10	10	AY.3	0.000099
ORF8	9	I9I	atC	atT	9	10	AY.61	0.000943
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	10	AY.61	0.000105
ORF8	9	I9I	atC	atT	10	10	AY.98.1	0.000484
ORF8	9	I9I	atC	atT	10	10	B.1.1.135	0.046948
ORF8	9	I9I	atC	atA	10	10	B.1.1.196	0.057143
ORF8	9	I9I	atC	atT	10	10	B.1.1.277	0.007587
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	10	10	B.1.13	0.023753
ORF8	9	I9del	ATC	---	10	10	B.1.2	0.000088
ORF8	9	I9I	atC	atT	10	10	B.1.210	0.021322
ORF8	9	I9I	atC	atT	10	10	B.1.258.17	0.00104
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	10	10	B.1.258.18	1
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	10	10	P.1	0.000158
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	9	9	AY.44	0.000055
ORF8	9	I9I	atC	atT	9	9	AY.67	0.004178
ORF8	9	I9del	ATC	---	9	9	B.1.160	0.000281
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	9	9	B.1.2	0.000079
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	8	8	AP.1	0.012012
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	AY.20	0.000311
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	AY.34.1	0.00408
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	AY.39.1	0.000317
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	AY.41	0.002352
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	AY.5.4	0.002214
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	8	AY.64	0.004167
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	8	AY.64	0.000595
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	B.1.1.216	0.007124
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	B.1.1.312	0.015296
ORF8	9	I9del	ATC	---	8	8	B.1.177	0.000105
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	B.1.177.62	0.009535
ORF8	9	I9I	atC	atT	8	8	B.1.396	0.005646
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	8	8	B.1.427	0.000404
ORF8	9	I9del	ATC	---	8	8	B.1.617.2	0.00003
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	8	8	B.1.637	0.000585
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	AD.2	0.001533
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	7	7	AY.100	0.000322
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	AY.113	0.000997
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	AY.34	0.000679
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	7	7	AY.44	0.000043
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	AY.54	0.000667
ORF8	9	I9I	atC	atA	5	7	AY.9	0.000338
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	7	AY.9	0.000135
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	7	7	B.1.1	0.000127
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	B.1.1.1	0.002287
ORF8	9	I9del	ATC	---	7	7	B.1.1.265	0.022082
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	B.1.1.50	0.004752
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	B.1.177.73	0.003964
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	B.1.36	0.001021
ORF8	9	I9del	ATC	---	7	7	B.1.36.16	0.009972
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	B.1.381	0.054688
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	7	7	B.1.575	0.002124
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	B.1.596	0.00061
ORF8	9	I9I	atC	atT	7	7	B.1.621	0.00062
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	7	7	C.37	0.000812
ORF8	9	I9del	ATC	---	7	7	P.1	0.00011
ORF8	9	I9del1	atC	at-	4	6	All	0.000001
ORF8	9	I9del1	ATc	-Cc	1	6	All	0
ORF8	9	I9del1	aTc	a-c	1	6	All	0
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	6	6	AY.119	0.000212
ORF8	9	I9del	ATC	---	6	6	AY.29.1	0.001323
ORF8	9	I9del	ATC	---	6	6	AY.3	0.00006
ORF8	9	I9del	ATC	---	6	6	AY.3.1	0.000512
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	6	6	AY.33	0.000401
ORF8	9	I9del	ATC	---	6	6	AY.44	0.000037
ORF8	9	I9I	atC	atT	6	6	AY.7	0.001176
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	6	6	B.1.1.39	0.003058
ORF8	9	I9I	atC	atT	6	6	B.1.1.398	0.019355
ORF8	9	I9I	atC	atT	6	6	B.1.1.434	0.002091
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF8	9	I9del	ATC	---	6	6	B.1.243.2	0.086957
ORF8	9	I9I	atC	atT	6	6	B.1.279	0.003082
ORF8	9	I9I	atC	atT	6	6	B.1.429	0.000141
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	6	B.1.617.1	0.000516
ORF8	9	I9I	atC	atA	2	6	B.1.617.1	0.000258
ORF8	9	I9I	atC	atT	6	6	C.37	0.000696
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	5	5	A.2.5	0.002495
ORF8	9	I9I	atC	atT	5	5	AY.36	0.000741
ORF8	9	I9I	atC	atT	5	5	AY.37	0.00158
ORF8	9	I9del	ATC	---	5	5	AY.43	0.000022
ORF8	9	I9I	atC	atA	3	5	AY.62	0.001307
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	5	AY.62	0.000871
ORF8	9	I9I	atC	atT	5	5	AY.84	0.002187
ORF8	9	I9I	atC	atT	5	5	AY.9.2	0.000184
ORF8	9	I9I	atC	atT	5	5	AY.92	0.001436
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	5	5	B.1.1.216	0.004452
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	5	5	B.1.1.222	0.00102
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	5	5	B.1.1.28	0.001556
ORF8	9	I9I	atC	atT	5	5	B.1.1.326	0.008803
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	5	5	B.1.1.407	0.208333
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	5	B.1.221	0.000284
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	5	B.1.221	0.000071
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	5	5	B.1.427	0.000252
ORF8	9	I9I	atC	atT	5	5	B.1.438.1	0.000536
ORF8	9	I9del	ATC	---	5	5	B.1.526	0.000118
ORF8	9	I9I	atC	atT	5	5	B.1.582	0.002453
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	5	5	B.1.617.2	0.000019
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	2	4		0.111111
ORF8	9	I9A	ATC	GCA	2	4		0.111111
ORF8	9	I9V	AtC	GtA	2	4		0.111111
ORF8	9	I9A	ATc	GCc	2	4		0.111111
ORF8	9	I9del2	aTC	a--	4	4	All	0.000001
ORF8	9	I9A	ATC	GCA	2	4	All	0
ORF8	9	I9A	ATc	GCc	2	4	All	0
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	4	4	AY.12	0.001264
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	AY.14	0.000352
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	4	4	AY.20	0.000155
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	4	4	AY.4	0.000006
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	4	4	AY.42	0.000161
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	AY.59	0.002119
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	AY.71	0.0019
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	AY.98	0.000316
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	4	B	0.000256
ORF8	9	I9I	atC	atA	2	4	B	0.000256
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	B.1.1.10	0.004459
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	B.1.1.339	0.042105
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	4	4	B.1.1.50	0.002716
ORF8	9	I9del	ATC	---	4	4	B.1.1.519	0.000159
ORF8	9	I9M	atC	atG	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	B.1.177.16	0.002658
ORF8	9	I9F	Atc	Ttc	4	4	B.1.243	0.000278
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	B.1.351	0.000119
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	4	4	B.1.538	0.032258
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	4	4	B.1.9.4	0.02454
ORF8	9	I9del	ATC	---	4	4	P.1.1	0.001271
ORF8	9	I9I	atC	atT	4	4	Q.8	0.00066
ORF8	9	I9L	Atc	Ctc	3	3	AY.100	0.000138
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	3	3	AY.103	0.000019
ORF8	9	I9del	ATC	---	3	3	AY.103	0.000019
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	AY.106	0.001005
ORF8	9	I9F	Atc	Ttc	3	3	AY.119	0.000106
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	AY.12	0.000948
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	AY.13	0.000483
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	AY.32	0.001597
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	3	3	AY.33	0.0002
ORF8	9	I9del	ATC	---	3	3	AY.37	0.000948
ORF8	9	I9del	ATC	---	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	AY.5.3	0.001012
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	3	3	AY.54	0.000286
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	3	3	AY.6	0.000123
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	3	3	AY.69	0.00056
ORF8	9	I9del	ATC	---	3	3	AY.75	0.000168
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	3	3	AY.75	0.000168
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	3	3	AY.75.1	0.000541
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	AY.9.1	0.000251
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	AY.94	0.001328
ORF8	9	I9del	ATC	---	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	B.1.1.214	0.000166
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	3	3	B.1.1.216	0.002671
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	B.1.1.25	0.001706
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	B.1.1.311	0.001074
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	B.1.1.523	0.004687
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	B.1.119	0.031579
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	3	3	B.1.177.60	0.000655
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	3	3	B.1.221	0.000213
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	3	3	B.1.351	0.000089
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	3	3	B.1.404	0.003906
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	B.1.427	0.000151
ORF8	9	I9del	ATC	---	3	3	B.1.429	0.000071
ORF8	9	I9del	ATC	---	3	3	B.1.509	0.002597
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	B.1.577	0.002062
ORF8	9	I9del1	atC	at-	3	3	B.1.623	0.001609
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	B.1.628	0.001057
ORF8	9	I9I	atC	atT	3	3	P.1.14	0.000143
ORF8	9	I9L	AtC	TtA	2	2		0.111111
ORF8	9	I9del	ATC	---	2	2		0.111111
ORF8	9	I9N	aTC	aAT	2	2		0.111111
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	A.2	0.001324
ORF8	9	I9del	ATC	---	2	2	A.2.2	0.003378
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	AD.2	0.000438
ORF8	9	I9del	ATC	---	2	2	AD.2	0.000438
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	2	2	AY.103	0.000012
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.105	0.001286
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	AY.108	0.002205
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.110	0.000225
ORF8	9	I9F	Atc	Ttc	2	2	AY.113	0.000285
ORF8	9	I9del	ATC	---	2	2	AY.114	0.000462
ORF8	9	I9del	ATC	---	2	2	AY.118	0.000125
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	AY.13	0.000322
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	AY.16	0.000759
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.16.1	0.00094
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	2	2	AY.20	0.000078
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.23.1	0.000835
ORF8	9	I9del	ATC	---	2	2	AY.25	0.000012
ORF8	9	I9del	ATC	---	2	2	AY.26	0.000057
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	2	2	AY.29	0.000032
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.30	0.000791
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.38	0.000999
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	2	2	AY.45	0.000243
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.46	0.000208
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.46.2	0.001271
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF8	9	I9del	ATC	---	2	2	AY.47	0.000062
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.53	0.000575
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	AY.61	0.00021
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.69	0.000373
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.78	0.003082
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.79	0.002421
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.85	0.000854
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	AY.89	0.009804
ORF8	9	I9L	Atc	Ctc	2	2	AY.90	0.001369
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	AY.92	0.000575
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	2	2	B.1	0.000018
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.1.159	0.009346
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.1.189	0.003026
ORF8	9	I9del	ATC	---	2	2	B.1.1.214	0.000111
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.1.265	0.006309
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	B.1.1.294	0.002532
ORF8	9	I9del	ATC	---	2	2	B.1.1.306	0.000877
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.1.322	0.017544
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	B.1.1.385	0.008929
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.1.39	0.001019
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.1.397	0.004505
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	B.1.1.432	0.002532
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	B.1.1.83	0.00542
ORF8	9	I9del	ATC	---	2	2	B.1.126	0.002551
ORF8	9	I9M	atC	atG	2	2	B.1.160	0.000062
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	2	2	B.1.177.82	0.000955
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	2	2	B.1.2	0.000018
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.214.2	0.001199
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.222	0.003384
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.240	0.000431
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.241	0.001623
ORF8	9	I9del	ATC	---	2	2	B.1.36	0.000292
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	2	2	B.1.36.16	0.002849
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.369	0.00057
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	B.1.375	0.001639
ORF8	9	I9del	ATC	---	2	2	B.1.427	0.000101
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	B.1.429	0.000047
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.565	0.001621
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	B.1.577	0.001375
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.580	0.00813
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.609	0.000959
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	2	2	B.1.609	0.000959
ORF8	9	I9F	Atc	Ttc	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF8	9	I9del	ATC	---	2	2	B.1.621	0.000177
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.1.637	0.000146
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	B.3	0.001661
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	2	B.3	0.000831
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	2	B.3	0.000831
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	B.3.1	0.003317
ORF8	9	I9del	ATC	---	2	2	B.40	0.000729
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.45	0.007663
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	B.55	0.0059
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	2	B.6	0.00091
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	2	B.6	0.00091
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	2	2	C.14	0.008658
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	C.16	0.002121
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	2	2	C.37	0.000232
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	2	2	P.1	0.000032
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	2	2	P.1.14	0.000096
ORF8	9	I9del	ATC	---	2	2	P.1.15	0.000465
ORF8	9	I9M	atC	atG	2	2	P.1.2	0.002312
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	P.1.7	0.000639
ORF8	9	I9I	atC	atT	2	2	Q.3	0.00029
ORF8	9	I9del	ATC	---	2	2	R.1	0.00018
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1		0.055556
ORF8	9	I9L	Atc	Ctc	1	1	A	0.000387
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	A	0.000387
ORF8	9	I9M	atC	atG	1	1	A	0.000387
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	A	0.000387
ORF8	9	I9M	atC	atG	1	1	A.1	0.000282
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	A.1	0.000282
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	A.1	0.000282
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	1	1	A.2.4	0.003367
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	A.2.5	0.000499
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	A.2.5.1	0.004808
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	A.23.1	0.000704
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	A.25	0.018182
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	A.5	0.001923
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	AD.2	0.000219
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	AE.4	0.043478
ORF8	9	I9D	ATC	GAT	1	1	All	0
ORF8	9	I9E	ATC	GAA	1	1	All	0
ORF8	9	I9K	aTC	aAA	1	1	All	0
ORF8	9	I9R	aTC	aGG	1	1	All	0
ORF8	9	I9M	atC	atG	1	1	AM.4	0.003571
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AT.1	0.005128
ORF8	9	I9F	Atc	Ttc	1	1	AY.1	0.000396
ORF8	9	I9M	atC	atG	1	1	AY.100	0.000046
ORF8	9	I9F	Atc	Ttc	1	1	AY.102	0.000027
ORF8	9	I9L	Atc	Ctc	1	1	AY.102	0.000027
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.102	0.000027
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.106	0.000335
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.108	0.001103
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.109	0.00074
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.110	0.000113
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.116	0.000287
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.116	0.000287
ORF8	9	I9L	Atc	Ctc	1	1	AY.117	0.000085
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.117	0.000085
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	1	1	AY.12	0.000316
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	1	1	AY.120	0.000037
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.121	0.000135
ORF8	9	I9L	Atc	Ctc	1	1	AY.13	0.000161
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.18	0.010101
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.21	0.001898
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	AY.25	0.000006
ORF8	9	I9L	Atc	Ctc	1	1	AY.25	0.000006
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.26	0.000028
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	AY.27	0.000065
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.27	0.000065
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.28	0.00189
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	AY.36	0.000148
ORF8	9	I9F	Atc	Ttc	1	1	AY.36	0.000148
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF8	9	I9M	atC	atG	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	AY.4	0.000002
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	1	1	AY.4	0.000002
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	1	1	AY.43	0.000004
ORF8	9	I9del1	ATc	-Cc	1	1	AY.43	0.000004
ORF8	9	I9L	Atc	Ctc	1	1	AY.44	0.000006
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	1	1	AY.44	0.000006
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.45	0.000122
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.46.3	0.000934
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.51	0.000909
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	AY.54	0.000095
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	AY.55	0.000917
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	1	AY.57	0.000656
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.59	0.00053
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	AY.61	0.000105
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.65	0.000533
ORF8	9	I9T	aTC	aCT	1	1	AY.67	0.000464
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	AY.67	0.000464
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	AY.71	0.000475
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.84	0.000437
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	1	1	AY.84	0.000437
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.93	0.000273
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	AY.98	0.000079
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	AY.99.1	0.001553
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	AZ.5	0.003509
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B	0.000128
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	1	1	B.1	0.000009
ORF8	9	I9del1	atC	at-	1	1	B.1.1	0.000018
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	1	1	B.1.1	0.000018
ORF8	9	I9F	Atc	Ttc	1	1	B.1.1	0.000018
ORF8	9	I9del2	aTC	a--	1	1	B.1.1	0.000018
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.117	0.009709
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	B.1.1.125	0.010204
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.1.148	0.008772
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.153	0.001095
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.154	0.04
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.16	0.055556
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.1.174	0.003378
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.194	0.00495
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	B.1.1.231	0.003096
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.244	0.015385
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.253	0.002506
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF8	9	I9E	ATC	GAA	1	1	B.1.1.280	0.003086
ORF8	9	I9R	aTC	aGG	1	1	B.1.1.280	0.003086
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.297	0.002237
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.303	0.002762
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.307	0.002532
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.316	0.000925
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF8	9	I9M	atC	atG	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.333	0.001076
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.1.354	0.004386
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.371	0.010417
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.1.388	0.045455
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.391	0.008547
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.406	0.006494
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.413	0.006897
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.450	0.034483
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.48	0.002874
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.506	0.037037
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.51	0.001718
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.525	0.005464
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.528	0.004808
ORF8	9	I9F	Atc	Ttc	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.1.98	0.018519
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.104	0.00369
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.118	0.006711
ORF8	9	I9F	Atc	Ttc	1	1	B.1.120	0.007692
ORF8	9	I9M	atC	atG	1	1	B.1.131	0.008772
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	1	1	B.1.160	0.000031
ORF8	9	I9F	Atc	Ttc	1	1	B.1.160	0.000031
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.160.20	0.008929
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.164	0.014925
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.170	0.00431
ORF8	9	I9del2	aTC	a--	1	1	B.1.177	0.000013
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.177.14	0.006098
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.177.17	0.000821
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF8	9	I9D	ATC	GAT	1	1	B.1.177.63	0.002703
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF8	9	I9del1	aTc	a-c	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.195	0.005025
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.195	0.005025
ORF8	9	I9L	Atc	Ctc	1	1	B.1.2	0.000009
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.206	0.000816
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.210	0.002132
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.232	0.000537
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.234	0.000132
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.240	0.000216
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.258	0.000067
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.258.12	0.007874
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.258.14	0.00098
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.294	0.032258
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	B.1.3	0.002618
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.3	0.002618
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.313	0.006579
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.320	0.001245
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.328	0.03125
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.332	0.003497
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.349	0.000715
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.356	0.001727
ORF8	9	I9F	AtC	TtT	1	1	B.1.36	0.000146
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.36	0.000146
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.36.7	0.004
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.367	0.000792
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.399	0.001934
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.400	0.000429
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.408	0.00369
ORF8	9	I9M	atC	atG	1	1	B.1.422	0.000812
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.422	0.000812
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.428	0.00102
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.428	0.00102
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	1	1	B.1.429	0.000024
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	B.1.429	0.000024
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.441	0.009615
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.443	0.004673
ORF8	9	I9V	AtC	GtT	1	1	B.1.459	0.004082
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.468	0.005714
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.470	0.001404
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.499	0.00105
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.503	0.002488
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.509	0.000866
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.526	0.000024
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	1	1	B.1.526	0.000024
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.540	0.009709
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.545	0.014493
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.560	0.00463
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.561	0.000397
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.582	0.000491
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.588	0.00091
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.595	0.000261
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.596	0.000087
ORF8	9	I9del2	aTC	a--	1	1	B.1.596	0.000087
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.600	0.005848
ORF8	9	I9F	Atc	Ttc	1	1	B.1.609	0.000479
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF8	9	I9N	aTc	aAc	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF8	9	I9del2	aTC	a--	1	1	B.1.621	0.000089
ORF8	9	I9M	atC	atG	1	1	B.1.623	0.000536
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.1.623	0.000536
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	B.1.630	0.005236
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.637	0.000073
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	B.1.9.5	0.005682
ORF8	9	I9M	atC	atG	1	1	B.23	0.002924
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	B.29	0.003509
ORF8	9	I9I	atC	atA	1	1	B.4.1	0.018868
ORF8	9	I9F	Atc	Ttc	1	1	B.4.8	0.071429
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	C.26	0.007353
ORF8	9	I9M	atC	atG	1	1	C.37	0.000116
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	D.2	0.000075
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	N.10	0.029412
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	N.3	0.005814
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	N.5	0.001767
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	N.6	0.007092
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	N.9	0.005952
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	P.1	0.000016
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	P.1.12	0.000484
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	P.1.13	0.000898
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	P.1.14	0.000048
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	P.1.15	0.000232
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	P.1.17	0.000162
ORF8	9	I9L	AtC	TtG	1	1	P.1.17	0.000162
ORF8	9	I9K	aTC	aAA	1	1	P.1.17	0.000162
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	P.1.17	0.000162
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	P.2	0.000187
ORF8	9	I9I	atC	atT	1	1	P.7	0.004367
ORF8	9	I9S	aTc	aGc	1	1	Q.1	0.000126
ORF8	9	I9del	ATC	---	1	1	Q.2	0.000613
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	Q.7	0.001111
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	Q.8	0.000165
ORF8	9	I9V	Atc	Gtc	1	1	R.1	0.00009
ORF8	9	I9T	aTc	aCc	1	1	U.3	0.003861

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.