CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : CodonNum = 65

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF8	65	A65V		nonsyn	gCt	gTt	34179	34175	0.999883	28086-28088
ORF8	65	A65V		nonsyn	gCT	gTC	34179	2	0.0000585155	28086-28088
ORF8	65	A65V		nonsyn	gCT	gTA	34179	2	0.0000585155	28086-28088
ORF8	65	A65S		nonsyn	Gct	Tct	33917	33912	0.999853	28086-28088
ORF8	65	A65S		nonsyn	GcT	TcC	33917	3	0.0000884512	28086-28088
ORF8	65	A65S		nonsyn	GcT	TcA	33917	2	0.0000589675	28086-28088
ORF8	65	A65T		nonsyn	GcT	AcA	2509	1518	0.605022	28086-28088
ORF8	65	A65T		nonsyn	Gct	Act	2509	986	0.392985	28086-28088
ORF8	65	A65T		nonsyn	GcT	AcG	2509	5	0.00199283	28086-28088
ORF8	65	A65del		del	GCT	---	1398	1398	1	28086-28088
ORF8	65	A65A		syn	gcT	gcA	1376	1017	0.739099	28086-28088
ORF8	65	A65A		syn	gcT	gcC	1376	335	0.243459	28086-28088
ORF8	65	A65A		syn	gcT	gcG	1376	24	0.0174419	28086-28088
ORF8	65	A65G		nonsyn	gCt	gGt	750	742	0.989333	28086-28088
ORF8	65	A65G		nonsyn	gCT	gGG	750	8	0.0106667	28086-28088
ORF8	65	A65D		nonsyn	gCt	gAt	191	191	1	28086-28088
ORF8	65	A65F		nonsyn	GCt	TTt	150	149	0.993333	28086-28088
ORF8	65	A65F		nonsyn	GCT	TTC	150	1	0.00666667	28086-28088
ORF8	65	A65del1		del	gcT	gc-	103	100	0.970874	28086-28088
ORF8	65	A65del1		del	gCt	g-t	103	1	0.00970874	28086-28088
ORF8	65	A65del1		del	Gct	-ct	103	1	0.00970874	28086-28088
ORF8	65	A65del1		del	GcT	-cA	103	1	0.00970874	28086-28088
ORF8	65	A65P		nonsyn	Gct	Cct	48	47	0.979167	28086-28088
ORF8	65	A65P		nonsyn	GcT	CcG	48	1	0.0208333	28086-28088
ORF8	65	A65I		nonsyn	GCT	ATC	10	5	0.5	28086-28088
ORF8	65	A65I		nonsyn	GCt	ATt	10	3	0.3	28086-28088
ORF8	65	A65I		nonsyn	GCT	ATA	10	2	0.2	28086-28088
ORF8	65	A65del2		del	gCT	g--	9	7	0.777778	28086-28088
ORF8	65	A65del2		del	GCT	--N	9	2	0.222222	28086-28088
ORF8	65	A65E		nonsyn	gCT	gAA	5	4	0.8	28086-28088
ORF8	65	A65E		nonsyn	gCT	gAG	5	1	0.2	28086-28088
ORF8	65	A65N		nonsyn	GCt	AAt	3	3	1	28086-28088
ORF8	65	A65K		nonsyn	GCT	AAA	3	3	1	28086-28088
ORF8	65	A65Y		nonsyn	GCt	TAt	1	1	1	28086-28088
ORF8	65	A65C		nonsyn	GCt	TGt	1	1	1	28086-28088

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	34175	34179	All	0.006536
ORF8	65	A65V	gCT	gTC	2	34179	All	0
ORF8	65	A65V	gCT	gTA	2	34179	All	0
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	33912	33917	All	0.006486
ORF8	65	A65S	GcT	TcC	3	33917	All	0.000001
ORF8	65	A65S	GcT	TcA	2	33917	All	0
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	19410	19412	AY.98.1	0.940043
ORF8	65	A65S	GcT	TcA	2	19412	AY.98.1	0.000097
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	6751	6752	B.1.427	0.340908
ORF8	65	A65V	gCT	gTA	1	6752	B.1.427	0.00005
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	5657	5657	B.1.1.7	0.005064
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	3502	3503	AY.4	0.005451
ORF8	65	A65V	gCT	gTC	1	3503	AY.4	0.000002
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	3185	3185	B.1.177.7	0.525058
ORF8	65	A65T	GcT	AcA	1518	2509	All	0.00029
ORF8	65	A65T	Gct	Act	986	2509	All	0.000189
ORF8	65	A65T	GcT	AcG	5	2509	All	0.000001
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	1919	1919	B.1.617.2	0.007226
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	1778	1778	B.1.1.7	0.001592
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	1662	1662	AY.4	0.002587
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	1605	1605	AY.29	0.025317
ORF8	65	A65del	GCT	---	1398	1398	All	0.000267
ORF8	65	A65A	gcT	gcA	1017	1376	All	0.000195
ORF8	65	A65A	gcT	gcC	335	1376	All	0.000064
ORF8	65	A65A	gcT	gcG	24	1376	All	0.000005
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	1363	1364	B.1.160	0.042509
ORF8	65	A65S	GcT	TcC	1	1364	B.1.160	0.000031
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	1308	1308	B.1.1.519	0.051942
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	1166	1166	B.1.221.3	0.971667
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	1018	1018	B.1.509	0.881385
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	938	938	AY.84	0.410324
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	846	846	B.1.2	0.007449
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	768	768	AY.98	0.060668
ORF8	65	A65G	gCt	gGt	742	750	All	0.000142
ORF8	65	A65G	gCT	gGG	8	750	All	0.000002
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	547	547	AY.13	0.088055
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	518	518	AY.26	0.014665
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	441	441	AY.81	0.878486
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	438	438	AY.41	0.128748
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	438	438	B.1.617.2	0.001649
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	429	429	AY.43	0.001901
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	400	400	B.1	0.003664
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	399	399	AY.43	0.001768
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	385	385	B.1.177	0.00507
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	384	384	B.1.429	0.009035
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	319	319	B.1.241	0.258929
ORF8	65	A65G	gCt	gGt	314	314	AY.39.1	0.012439
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	312	312	AY.103	0.001937
ORF8	65	A65del	GCT	---	293	293	B.1.1.7	0.000262
ORF8	65	A65T	GcT	AcA	194	287	AY.43	0.00086
ORF8	65	A65T	Gct	Act	93	287	AY.43	0.000412
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	283	283	AY.25	0.001702
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	279	279	P.1	0.004395
ORF8	65	A65T	GcT	AcA	173	230	B.1.1.7	0.000155
ORF8	65	A65T	Gct	Act	57	230	B.1.1.7	0.000051
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	218	218	B.1.1	0.003955
ORF8	65	A65A	gcT	gcA	214	218	B.1.2	0.001884
ORF8	65	A65A	gcT	gcC	4	218	B.1.2	0.000035
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	216	216	AY.3	0.002148
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	211	211	B.1.1.240	0.99061
ORF8	65	A65del	GCT	---	208	208	AY.98.1	0.010074
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	207	207	AY.47	0.006439
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	205	205	AY.39	0.005066
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	200	200	B.1.526	0.004701
ORF8	65	A65D	gCt	gAt	191	191	All	0.000037
ORF8	65	A65T	GcT	AcA	119	186	AY.12	0.037611
ORF8	65	A65T	Gct	Act	67	186	AY.12	0.021176
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	183	183	AY.44	0.001114
ORF8	65	A65T	GcT	AcA	103	182	B.1	0.000943
ORF8	65	A65T	Gct	Act	79	182	B.1	0.000724
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	178	178	B.1.621.1	0.090035
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	170	170	B.1.1	0.003084
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	154	154	AY.3	0.001532
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	153	153	B.1	0.001401
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	151	151	B.1.1.50	0.102512
ORF8	65	A65F	GCt	TTt	149	150	All	0.000028
ORF8	65	A65F	GCT	TTC	1	150	All	0
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	146	146	AY.103	0.000907
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	141	141	AY.5	0.002912
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	130	130	B.1.421	0.970149
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	127	127	B.1.36	0.018529
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	124	125	B.1.160	0.003867
ORF8	65	A65V	gCT	gTC	1	125	B.1.160	0.000031
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	121	121	B.1.36.8	0.121
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	114	114	AY.39	0.002817
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	114	114	D.2	0.008555
ORF8	65	A65A	gcT	gcC	84	110	B.1.1	0.001524
ORF8	65	A65A	gcT	gcA	26	110	B.1.1	0.000472
ORF8	65	A65T	GcT	AcA	64	108	B.1.2	0.000564
ORF8	65	A65T	Gct	Act	44	108	B.1.2	0.000387
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	107	107	B.1.160.9	0.769784
ORF8	65	A65G	gCt	gGt	103	106	B.1.1.7	0.000092
ORF8	65	A65G	gCT	gGG	3	106	B.1.1.7	0.000003
ORF8	65	A65del1	gcT	gc-	100	103	All	0.000019
ORF8	65	A65del1	gCt	g-t	1	103	All	0
ORF8	65	A65del1	GcT	-cA	1	103	All	0
ORF8	65	A65del1	Gct	-ct	1	103	All	0
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	103	103	AY.44	0.000627
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	102	102	B.1.2	0.000898
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	98	98	B.1.160.30	0.291667
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	96	96	AY.20	0.003731
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	96	96	B.1.36.19	0.888889
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	95	95	AY.121	0.012855
ORF8	65	A65T	GcT	AcA	67	95	AY.39	0.001656
ORF8	65	A65T	Gct	Act	28	95	AY.39	0.000692
ORF8	65	A65del1	gcT	gc-	95	95	B.1.1.7	0.000085
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	95	95	B.1.243	0.006611
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	94	94	B.1.1.420	0.094567
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	91	93	B.1.351	0.002705
ORF8	65	A65S	GcT	TcC	2	93	B.1.351	0.000059
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	93	93	P.1	0.001465
ORF8	65	A65A	gcT	gcA	89	92	AY.43	0.000394
ORF8	65	A65A	gcT	gcC	2	92	AY.43	0.000009
ORF8	65	A65A	gcT	gcG	1	92	AY.43	0.000004
ORF8	65	A65A	gcT	gcA	71	91	B.1.1.7	0.000064
ORF8	65	A65A	gcT	gcC	18	91	B.1.1.7	0.000016
ORF8	65	A65A	gcT	gcG	2	91	B.1.1.7	0.000002
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	88	88	AY.25	0.000529
ORF8	65	A65T	Gct	Act	46	87	B.1.617.2	0.000173
ORF8	65	A65T	GcT	AcA	41	87	B.1.617.2	0.000154
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	84	84	B.1.177	0.001106
ORF8	65	A65A	gcT	gcC	51	80	AY.4	0.000079
ORF8	65	A65T	Gct	Act	42	80	AY.4	0.000065
ORF8	65	A65T	GcT	AcA	37	80	AY.4	0.000058
ORF8	65	A65A	gcT	gcA	28	80	AY.4	0.000044
ORF8	65	A65T	GcT	AcG	1	80	AY.4	0.000002
ORF8	65	A65A	gcT	gcG	1	80	AY.4	0.000002
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	80	80	B.1.438.1	0.008581
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	74	74	B.1.1.231	0.229102
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	73	73	B.1.1.256	1
ORF8	65	A65T	GcT	AcA	38	72	AY.102	0.001008
ORF8	65	A65T	Gct	Act	34	72	AY.102	0.000901
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	72	72	AY.120	0.002677
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	72	72	AY.42	0.002897
ORF8	65	A65A	gcT	gcA	69	71	B.1	0.000632
ORF8	65	A65A	gcT	gcC	1	71	B.1	0.000009
ORF8	65	A65A	gcT	gcG	1	71	B.1	0.000009
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	71	71	B.1.1.157	0.06484
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	71	71	B.1.429	0.001671
ORF8	65	A65T	GcT	AcA	44	70	AY.121	0.005954
ORF8	65	A65T	Gct	Act	26	70	AY.121	0.003518
ORF8	65	A65del	GCT	---	70	70	AY.4	0.000109
ORF8	65	A65A	gcT	gcA	68	69	AY.12	0.021492
ORF8	65	A65A	gcT	gcG	1	69	AY.12	0.000316
ORF8	65	A65D	gCt	gAt	69	69	B.1.1.7	0.000062
ORF8	65	A65del	GCT	---	68	68	AY.103	0.000422
ORF8	65	A65del	GCT	---	66	66	B.1.160	0.002058
ORF8	65	A65G	gCt	gGt	66	66	B.1.2	0.000581
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	61	61	AY.4.2	0.001323
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	61	61	B.1.177.60	0.013325
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	60	60	AY.102	0.001591
ORF8	65	A65del	GCT	---	58	58	B.1.1.294	0.073418
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	56	56	AY.93	0.015292
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	56	56	B.1.240	0.012072
ORF8	65	A65V	gCt	gTt	54	54	B.1.214.2	0.032374
ORF8	65	A65T	GcT	AcA	30	53	B.1.1	0.000544
ORF8	65	A65T	Gct	Act	23	53	B.1.1	0.000417
ORF8	65	A65S	Gct	Tct	51	51	AY.118	0.003195
ORF8	65	A65T	Gct	Act	48	50	B.1.1.519	0.001906
ORF8	65	A65T	GcT	AcA	2	50	B.1.1.519	0.000079
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