CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : CodonNum = 54

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF8	54	S54L		nonsyn	tCa	tTa	7550	7549	0.999868	28053-28055
ORF8	54	S54L		nonsyn	tCA	tTG	7550	1	0.00013245	28053-28055
ORF8	54	S54P		nonsyn	Tca	Cca	1616	1615	0.999381	28053-28055
ORF8	54	S54P		nonsyn	TcA	CcT	1616	1	0.000618812	28053-28055
ORF8	54	S54del		del	TCA	---	921	921	1	28053-28055
ORF8	54	S54X		nonsyn	tCa	tGa	277	227	0.819495	28053-28055
ORF8	54	S54X		nonsyn	tCa	tAa	277	50	0.180505	28053-28055
ORF8	54	S54S		syn	tcA	tcG	248	119	0.479839	28053-28055
ORF8	54	S54S		syn	tcA	tcC	248	84	0.33871	28053-28055
ORF8	54	S54S		syn	tcA	tcT	248	45	0.181452	28053-28055
ORF8	54	S54A		nonsyn	Tca	Gca	162	162	1	28053-28055
ORF8	54	S54T		nonsyn	Tca	Aca	26	25	0.961538	28053-28055
ORF8	54	S54T		nonsyn	TcA	AcT	26	1	0.0384615	28053-28055
ORF8	54	S54del2		del	TCa	--a	8	7	0.875	28053-28055
ORF8	54	S54del2		del	tCA	t--	8	1	0.125	28053-28055
ORF8	54	S54R		nonsyn	TCa	AGa	4	4	1	28053-28055
ORF8	54	S54Q		nonsyn	TCA	CAG	3	3	1	28053-28055
ORF8	54	S54C		nonsyn	tCA	tGC	3	2	0.666667	28053-28055
ORF8	54	S54C		nonsyn	tCA	tGT	3	1	0.333333	28053-28055
ORF8	54	S54del1		del	tCa	t-a	3	1	0.333333	28053-28055
ORF8	54	S54del1		del	TcA	-cG	3	1	0.333333	28053-28055
ORF8	54	S54del1		del	tcA	tc-	3	1	0.333333	28053-28055
ORF8	54	S54K		nonsyn	TCa	AAa	2	2	1	28053-28055
ORF8	54	S54I		nonsyn	TCA	ATT	2	1	0.5	28053-28055
ORF8	54	S54I		nonsyn	TCa	ATa	2	1	0.5	28053-28055
ORF8	54	S54W		nonsyn	tCA	tGG	1	1	1	28053-28055
ORF8	54	S54F		nonsyn	tCA	tTT	1	1	1	28053-28055

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	7549	7550	All	0.001444
ORF8	54	S54L	tCA	tTG	1	7550	All	0
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	1615	1616	All	0.000309
ORF8	54	S54P	TcA	CcT	1	1616	All	0
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	1377	1377	B.1.1.7	0.001233
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	972	972	B.1.1.7	0.00087
ORF8	54	S54del	TCA	---	921	921	All	0.000176
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	775	775	AY.4	0.001206
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	725	725	B.1.617.2	0.00273
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	595	596	AY.43	0.002636
ORF8	54	S54L	tCA	tTG	1	596	AY.43	0.000004
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	358	358	AY.5	0.007392
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	309	309	AY.3	0.003073
ORF8	54	S54X	tCa	tGa	227	277	All	0.000043
ORF8	54	S54X	tCa	tAa	50	277	All	0.00001
ORF8	54	S54S	tcA	tcG	119	248	All	0.000023
ORF8	54	S54S	tcA	tcC	84	248	All	0.000016
ORF8	54	S54S	tcA	tcT	45	248	All	0.000009
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	231	231	AY.34	0.022399
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	227	227	AY.103	0.001409
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	203	203	AY.25	0.001221
ORF8	54	S54del	TCA	---	195	195	B.1.1.7	0.000175
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	185	185	AY.4	0.000288
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	165	165	B.1.1.284	0.017721
ORF8	54	S54A	Tca	Gca	162	162	All	0.000031
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	155	155	AY.39.1	0.00614
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	146	146	B.1.2	0.001286
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	134	134	B.1.577	0.092096
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	133	133	P.1	0.002095
ORF8	54	S54A	Tca	Gca	122	122	B.1.1.7	0.000109
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	101	101	B.1.1.519	0.004011
ORF8	54	S54X	tCa	tGa	96	100	B.1.1.7	0.000086
ORF8	54	S54X	tCa	tAa	4	100	B.1.1.7	0.000004
ORF8	54	S54del	TCA	---	97	97	AY.4	0.000151
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	91	91	B.1.2	0.000801
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	89	89	AY.44	0.000542
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	78	78	B.1.526	0.001833
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	61	61	AY.100	0.002806
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	61	61	B.1	0.000559
ORF8	54	S54del	TCA	---	60	60	AY.103	0.000373
ORF8	54	S54del	TCA	---	59	59	B.1.1.294	0.074684
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	56	56	AY.102	0.001485
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	52	52	P.2	0.009705
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	51	51	B.1.351	0.001516
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	51	51	B.1.429	0.0012
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	50	50	B.1.177.62	0.059595
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	49	49	B.1.177.60	0.010703
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	48	48	AY.29	0.000757
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	46	46	AY.4.2	0.000998
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	46	46	Q.4	0.020919
ORF8	54	S54del	TCA	---	45	45	B.1.351	0.001338
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	42	42	B.1.177	0.000553
ORF8	54	S54S	tcA	tcC	40	40	AY.13	0.006439
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	40	40	B.1.1.50	0.027155
ORF8	54	S54del	TCA	---	38	38	AY.29	0.000599
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	37	37	AY.47	0.001151
ORF8	54	S54del	TCA	---	34	34	B.1.1	0.000617
ORF8	54	S54del	TCA	---	34	34	B.1.243	0.002366
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	33	33	AY.20	0.001283
ORF8	54	S54del	TCA	---	33	33	B.1.1.222	0.006732
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	33	33	B.1.160.13	0.916667
ORF8	54	S54del	TCA	---	32	32	B.1.160	0.000998
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	31	31	AY.33	0.00207
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	31	31	B.1.36	0.004523
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	30	30	B.1.576	0.027199
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	29	29	B.1.110.3	0.020833
ORF8	54	S54S	tcA	tcG	28	28	AY.7	0.005488
ORF8	54	S54S	tcA	tcC	16	27	AY.43	0.000071
ORF8	54	S54S	tcA	tcG	8	27	AY.43	0.000035
ORF8	54	S54S	tcA	tcT	3	27	AY.43	0.000013
ORF8	54	S54T	Tca	Aca	25	26	All	0.000005
ORF8	54	S54T	TcA	AcT	1	26	All	0
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	26	26	AY.103	0.000161
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	26	26	AY.117	0.002197
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	26	26	AY.39	0.000642
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	26	26	AY.46.4	0.004277
ORF8	54	S54S	tcA	tcG	15	26	B.1.1.7	0.000013
ORF8	54	S54S	tcA	tcT	9	26	B.1.1.7	0.000008
ORF8	54	S54S	tcA	tcC	2	26	B.1.1.7	0.000002
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	26	26	B.1.243	0.001809
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	25	25	AY.44	0.000152
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	25	25	B.1.1	0.000454
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	22	22	AY.119	0.000777
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	22	22	B.1.617.2	0.000083
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	21	21	AY.46.6	0.001516
ORF8	54	S54X	tCa	tAa	20	20	B.1.499	0.021008
ORF8	54	S54X	tCa	tGa	17	19	AY.4	0.000026
ORF8	54	S54X	tCa	tAa	2	19	AY.4	0.000003
ORF8	54	S54del	TCA	---	19	19	AY.44	0.000116
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	19	19	B.1.1.258	0.061889
ORF8	54	S54S	tcA	tcT	12	18	AY.103	0.000075
ORF8	54	S54S	tcA	tcG	4	18	AY.103	0.000025
ORF8	54	S54S	tcA	tcC	2	18	AY.103	0.000012
ORF8	54	S54del	TCA	---	18	18	B	0.002301
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	18	18	B.1.243	0.001253
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	17	17	AY.110	0.001916
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	17	17	AY.120	0.000632
ORF8	54	S54del	TCA	---	16	16	AY.3	0.000159
ORF8	54	S54X	tCa	tAa	13	16	AY.43	0.000058
ORF8	54	S54X	tCa	tGa	3	16	AY.43	0.000013
ORF8	54	S54X	tCa	tGa	15	15	AY.6	0.000617
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	15	15	B.1.160	0.000468
ORF8	54	S54X	tCa	tGa	15	15	P.1.12	0.00726
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	14	14	AY.102	0.000371
ORF8	54	S54A	Tca	Gca	14	14	AY.4	0.000022
ORF8	54	S54del	TCA	---	14	14	P.1	0.000221
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	13	13	AY.27	0.000841
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	13	13	B.1.177	0.000171
ORF8	54	S54X	tCa	tGa	12	13	B.1.617.2	0.000045
ORF8	54	S54X	tCa	tAa	1	13	B.1.617.2	0.000004
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	13	13	P.1.17	0.002103
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	12	12	AY.34	0.001164
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	12	12	AY.47	0.000373
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	12	12	B.1	0.00011
ORF8	54	S54X	tCa	tGa	12	12	B.1.1	0.000218
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	12	12	B.1.1.222	0.002448
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	12	12	B.1.177.33	0.019737
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	12	12	B.1.221	0.000852
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	12	12	B.1.637	0.000877
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	12	12	P.1.14	0.000574
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	11	11	AY.26	0.000311
ORF8	54	S54del	TCA	---	11	11	AY.27	0.000712
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	11	11	AY.3.1	0.000938
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	11	11	AY.74	0.001272
ORF8	54	S54del	TCA	---	11	11	B.1.1.318	0.003319
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	11	11	B.1.240	0.002371
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	11	11	B.1.595	0.002871
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	11	11	C.37	0.001277
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	10	10	AY.23	0.000697
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	10	10	AY.26	0.000283
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	10	10	AY.67	0.004643
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	10	10	B.1.525	0.001132
ORF8	54	S54X	tCa	tGa	10	10	P.1	0.000158
ORF8	54	S54del	TCA	---	9	9	AY.118	0.000564
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	9	9	AY.25	0.000054
ORF8	54	S54S	tcA	tcC	5	9	AY.4	0.000008
ORF8	54	S54S	tcA	tcG	3	9	AY.4	0.000005
ORF8	54	S54S	tcA	tcT	1	9	AY.4	0.000002
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	8	9	AY.43	0.000035
ORF8	54	S54P	TcA	CcT	1	9	AY.43	0.000004
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	9	9	AY.99.2	0.000829
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	9	9	B.1.1.70	0.00307
ORF8	54	S54del2	TCa	--a	7	8	All	0.000001
ORF8	54	S54del2	tCA	t--	1	8	All	0
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	8	8	AY.116	0.002294
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	8	8	AY.119	0.000282
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	8	8	AY.45	0.000973
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	8	8	AY.84	0.0035
ORF8	54	S54del	TCA	---	8	8	B.1.1.284	0.000859
ORF8	54	S54del	TCA	---	8	8	B.1.2	0.00007
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	8	8	B.1.218	0.041237
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	8	8	B.1.621	0.000708
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	7	7	AY.118	0.000439
ORF8	54	S54del	TCA	---	7	7	AY.4.2	0.000152
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	7	7	AY.4.5	0.000752
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	7	7	AY.46.2	0.004447
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	7	7	AY.9.2	0.000257
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	7	7	B.1.1.170	0.008728
ORF8	54	S54del	TCA	---	7	7	B.1.1.265	0.022082
ORF8	54	S54X	tCa	tGa	7	7	B.1.177.18	0.008121
ORF8	54	S54X	tCa	tGa	5	7	B.1.2	0.000044
ORF8	54	S54X	tCa	tAa	2	7	B.1.2	0.000018
ORF8	54	S54del	TCA	---	7	7	B.1.36.16	0.009972
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	7	7	B.1.400	0.003003
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	7	7	B.1.541	0.030973
ORF8	54	S54del	TCA	---	7	7	B.1.617.2	0.000026
ORF8	54	S54del	TCA	---	7	7	B.1.628	0.002467
ORF8	54	S54del	TCA	---	7	7	P.1.14	0.000335
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	6	6	A.2.5	0.002994
ORF8	54	S54X	tCa	tGa	4	6	AY.102	0.000106
ORF8	54	S54X	tCa	tAa	2	6	AY.102	0.000053
ORF8	54	S54del	TCA	---	6	6	AY.119	0.000212
ORF8	54	S54X	tCa	tGa	6	6	AY.20	0.000233
ORF8	54	S54S	tcA	tcC	3	6	AY.25	0.000018
ORF8	54	S54S	tcA	tcT	2	6	AY.25	0.000012
ORF8	54	S54S	tcA	tcG	1	6	AY.25	0.000006
ORF8	54	S54del2	TCa	--a	6	6	AY.3	0.00006
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ORF8	54	S54X	tCa	tGa	1	1	N.4	0.004255
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	1	1	N.4	0.004255
ORF8	54	S54del	TCA	---	1	1	N.6	0.007092
ORF8	54	S54T	Tca	Aca	1	1	P.1	0.000016
ORF8	54	S54del2	tCA	t--	1	1	P.1.1	0.000318
ORF8	54	S54del	TCA	---	1	1	P.1.12	0.000484
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	1	1	P.1.13	0.000898
ORF8	54	S54del	TCA	---	1	1	P.1.17	0.000162
ORF8	54	S54R	TCa	AGa	1	1	P.1.17	0.000162
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	1	1	P.1.6	0.001946
ORF8	54	S54del1	tcA	tc-	1	1	P.1.7	0.000319
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	1	1	P.2	0.000187
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	1	1	Q.3	0.000145
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	1	1	Q.4	0.000455
ORF8	54	S54del	TCA	---	1	1	R.1	0.00009
ORF8	54	S54P	Tca	Cca	1	1	R.1	0.00009
ORF8	54	S54L	tCa	tTa	1	1	W.1	0.008696

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.