CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : CodonNum = 52

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF8	52	R52I		nonsyn	aGa	aTa	1139705	1139702	0.999997	28047-28049
ORF8	52	R52I		nonsyn	aGA	aTT	1139705	2	0.00000175484	28047-28049
ORF8	52	R52I		nonsyn	aGA	aTC	1139705	1	0.00000087742	28047-28049
ORF8	52	R52K		nonsyn	aGa	aAa	3345	3344	0.999701	28047-28049
ORF8	52	R52K		nonsyn	aGA	aAG	3345	1	0.000298954	28047-28049
ORF8	52	R52del		del	AGA	---	980	980	1	28047-28049
ORF8	52	R52S		nonsyn	agA	agT	180	158	0.877778	28047-28049
ORF8	52	R52S		nonsyn	agA	agC	180	20	0.111111	28047-28049
ORF8	52	R52S		nonsyn	AGa	TCa	180	2	0.0111111	28047-28049
ORF8	52	R52T		nonsyn	aGa	aCa	139	138	0.992806	28047-28049
ORF8	52	R52T		nonsyn	aGA	aCG	139	1	0.00719424	28047-28049
ORF8	52	R52R		syn	agA	agG	76	51	0.671053	28047-28049
ORF8	52	R52R		syn	Aga	Cga	76	25	0.328947	28047-28049
ORF8	52	R52X		nonsyn	Aga	Tga	74	73	0.986486	28047-28049
ORF8	52	R52X		nonsyn	AGa	TAa	74	1	0.0135135	28047-28049
ORF8	52	R52G		nonsyn	Aga	Gga	38	38	1	28047-28049
ORF8	52	R52V		nonsyn	AGa	GTa	32	32	1	28047-28049
ORF8	52	R52del2		del	AGa	--a	26	24	0.923077	28047-28049
ORF8	52	R52del2		del	AGA	--T	26	1	0.0384615	28047-28049
ORF8	52	R52del2		del	aGA	a--	26	1	0.0384615	28047-28049
ORF8	52	R52del1		del	agA	ag-	20	8	0.4	28047-28049
ORF8	52	R52del1		del	aGa	a-a	20	8	0.4	28047-28049
ORF8	52	R52del1		del	aGA	a-T	20	2	0.1	28047-28049
ORF8	52	R52del1		del	AgA	Tg-	20	1	0.05	28047-28049
ORF8	52	R52del1		del	Aga	-ga	20	1	0.05	28047-28049
ORF8	52	R52M		nonsyn	aGA	aTG	16	16	1	28047-28049
ORF8	52	R52L		nonsyn	AGa	TTa	6	5	0.833333	28047-28049
ORF8	52	R52L		nonsyn	AGa	CTa	6	1	0.166667	28047-28049
ORF8	52	R52P		nonsyn	AGA	CCG	3	2	0.666667	28047-28049
ORF8	52	R52P		nonsyn	AGa	CCa	3	1	0.333333	28047-28049
ORF8	52	R52A		nonsyn	AGA	GCT	2	1	0.5	28047-28049
ORF8	52	R52A		nonsyn	AGa	GCa	2	1	0.5	28047-28049
ORF8	52	R52Q		nonsyn	AGA	CAG	1	1	1	28047-28049
ORF8	52	R52F		nonsyn	AGA	TTC	1	1	1	28047-28049

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1139702	1139705	All	0.217981
ORF8	52	R52I	aGA	aTT	2	1139705	All	0
ORF8	52	R52I	aGA	aTC	1	1139705	All	0
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1103842	1103843	B.1.1.7	0.988185
ORF8	52	R52I	aGA	aTT	1	1103843	B.1.1.7	0.000001
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	7833	7833	Q.1	0.989515
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	6858	6858	Q.3	0.994634
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	6056	6056	Q.8	0.998681
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	3344	3345	All	0.00064
ORF8	52	R52K	aGA	aAG	1	3345	All	0
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	2675	2675	B.1.628	0.942565
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2193	2193	Q.4	0.997271
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1524	1524	B.1.1	0.027647
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1382	1382	Q.2	0.847853
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1280	1280	B.1	0.011724
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1256	1256	AY.4	0.001955
ORF8	52	R52del	AGA	---	980	980	All	0.000187
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	896	896	Q.7	0.995556
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	594	596	AY.43	0.002632
ORF8	52	R52I	aGA	aTT	1	596	AY.43	0.000004
ORF8	52	R52I	aGA	aTC	1	596	AY.43	0.000004
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	585	585	B.1.617.2	0.002203
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	255	255	B.1.258	0.016969
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	255	255	B.1.637	0.018634
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	249	249	AY.103	0.001546
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	231	231	AY.44	0.001406
ORF8	52	R52del	AGA	---	198	198	B.1.1.7	0.000177
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	193	193	AY.25	0.001161
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	183	183	AY.16.1	0.085996
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	183	183	B.1.621	0.016199
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	181	181	B.1.258.17	0.018819
ORF8	52	R52S	agA	agT	158	180	All	0.00003
ORF8	52	R52S	agA	agC	20	180	All	0.000004
ORF8	52	R52S	AGa	TCa	2	180	All	0
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	161	161	P.1	0.002536
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	155	155	B.1.177.73	0.087769
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	151	151	Q.6	1
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	142	142	B.1.576	0.12874
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	138	139	All	0.000026
ORF8	52	R52T	aGA	aCG	1	139	All	0
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	125	125	B.1.429	0.002941
ORF8	52	R52S	agA	agT	117	117	AY.103	0.000726
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	114	114	B.1.2	0.001004
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	110	111	B.1.1.7	0.000098
ORF8	52	R52K	aGA	aAG	1	111	B.1.1.7	0.000001
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	109	109	B.1.177	0.001435
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	107	107	AY.102	0.002837
ORF8	52	R52del	AGA	---	97	97	AY.4	0.000151
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	88	88	B.1	0.000806
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	80	80	B.1.596	0.006971
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	79	79	AY.20	0.00307
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	78	78	AY.12	0.024652
ORF8	52	R52R	agA	agG	51	76	All	0.00001
ORF8	52	R52R	Aga	Cga	25	76	All	0.000005
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	75	75	AY.6	0.003085
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	73	74	All	0.000014
ORF8	52	R52X	AGa	TAa	1	74	All	0
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	72	72	B.1.1.375	0.857143
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	71	71	P.1.1	0.022554
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	64	64	B.1.375	0.052459
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	61	61	AY.25	0.000367
ORF8	52	R52del	AGA	---	60	60	AY.103	0.000373
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	59	59	AY.3	0.000587
ORF8	52	R52del	AGA	---	59	59	B.1.1.294	0.074684
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	58	58	Q.5	0.983051
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	53	53	AY.3.1	0.004519
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	52	52	AY.42	0.002092
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	51	51	B.1.526	0.001199
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	50	50	AY.100	0.0023
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	46	46	B.1.36.31	0.08056
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	45	45	AY.119	0.001589
ORF8	52	R52del	AGA	---	45	45	B.1.351	0.001338
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	45	45	XA	1
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	44	44	B.1.351	0.001308
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	41	41	P.1.17	0.006632
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	40	40	B	0.005112
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	38	38	All	0.000007
ORF8	52	R52del	AGA	---	38	38	AY.29	0.000599
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	38	38	AY.44	0.000231
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	37	37	B.1.621.1	0.018715
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	36	36	B.1.160	0.001123
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	34	35	B.1.1.7	0.00003
ORF8	52	R52T	aGA	aCG	1	35	B.1.1.7	0.000001
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	35	35	B.1.620	0.033113
ORF8	52	R52del	AGA	---	34	34	AY.35	0.007924
ORF8	52	R52del	AGA	---	34	34	B.1.1	0.000617
ORF8	52	R52del	AGA	---	34	34	B.1.243	0.002366
ORF8	52	R52del	AGA	---	33	33	B.1.1.222	0.006732
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	33	33	B.1.609	0.01582
ORF8	52	R52V	AGa	GTa	32	32	All	0.000006
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	32	32	AY.39	0.000791
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	32	32	AY.4.2	0.000694
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	32	32	AY.98.1	0.00155
ORF8	52	R52del	AGA	---	32	32	B.1.160	0.000998
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	32	32	B.1.177.7	0.005275
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	31	31	AY.78	0.047766
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	31	31	B.1.221	0.002202
ORF8	52	R52V	AGa	GTa	30	30	B.1.1.7	0.000027
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	29	29	P.1.14	0.001386
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	28	28	A.2.5	0.013972
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	27	27	B.1.160.19	0.964286
ORF8	52	R52del2	AGa	--a	24	26	All	0.000005
ORF8	52	R52del2	AGA	--T	1	26	All	0
ORF8	52	R52del2	aGA	a--	1	26	All	0
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	26	26	P.1.10	0.007006
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	25	25	AY.90	0.017112
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	24	24	P.1.12	0.011617
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	23	23	B.1.1.519	0.000913
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	22	22	AY.117	0.001859
ORF8	52	R52del	AGA	---	22	22	AY.44	0.000134
ORF8	52	R52del1	aGa	a-a	8	20	All	0.000002
ORF8	52	R52del1	agA	ag-	8	20	All	0.000002
ORF8	52	R52del1	aGA	a-T	2	20	All	0
ORF8	52	R52del1	AgA	Tg-	1	20	All	0
ORF8	52	R52del1	Aga	-ga	1	20	All	0
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	20	20	B.1.243	0.001392
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	20	20	B.1.36	0.002918
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	18	18	AY.23	0.001255
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	18	18	AY.33	0.001202
ORF8	52	R52del	AGA	---	18	18	B	0.002301
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	18	18	B.1.1.216	0.016028
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	18	18	P.1.15	0.004182
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	17	17	AY.4.5	0.001827
ORF8	52	R52del2	AGa	--a	17	17	B.1.1.7	0.000015
ORF8	52	R52M	aGA	aTG	16	16	All	0.000003
ORF8	52	R52del	AGA	---	16	16	AY.3	0.000159
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	16	16	AY.39.1	0.000634
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	16	16	AY.4	0.000025
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	16	16	P.1.16	0.005986
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	15	15	AY.14	0.00132
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	15	15	AY.26	0.000425
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	15	15	AY.46	0.001561
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	15	15	B.1.1.39	0.007645
ORF8	52	R52M	aGA	aTG	15	15	B.1.1.7	0.000013
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	14	14	AY.29	0.000221
ORF8	52	R52S	agA	agC	8	14	AY.44	0.000049
ORF8	52	R52S	agA	agT	6	14	AY.44	0.000037
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	14	14	B.1.627	0.028283
ORF8	52	R52del	AGA	---	14	14	P.1	0.000221
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	13	13	AY.43	0.000058
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	13	13	AY.5	0.000268
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	13	13	AY.5.3	0.004386
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	13	13	B.1.1.319	0.22807
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	13	13	B.1.1.70	0.004434
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	13	13	B.1.369	0.003708
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	13	13	B.1.427	0.000656
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	13	13	C.1.1	1
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	13	13	C.37	0.001509
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	12	12	AY.99.2	0.001106
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	12	12	B.1.1.318	0.003621
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	12	12	B.1.1.326	0.021127
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	12	12	B.1.617.2	0.000045
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	12	12	B.1.621	0.001062
ORF8	52	R52S	agA	agT	12	12	C.37	0.001393
ORF8	52	R52R	Aga	Cga	11	11	A.2.5.3	0.113402
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	11	11	AY.103	0.000068
ORF8	52	R52del	AGA	---	11	11	AY.27	0.000712
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	11	11	B.1.1.220	0.020446
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	11	11	B.1.1.291	0.008166
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	11	11	B.1.1.312	0.021033
ORF8	52	R52del	AGA	---	11	11	B.1.1.318	0.003319
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	11	11	B.1.1.528	0.052885
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	11	11	B.1.240	0.002371
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	11	11	B.1.623	0.005901
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	10	10	AY.43	0.000044
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	10	10	AY.68	0.002737
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	10	10	AY.75	0.00056
ORF8	52	R52del	AGA	---	10	10	B.1	0.000092
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	10	10	B.1.411	0.037037
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	10	10	B.1.628	0.003524
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	10	10	C.36.3	0.005672
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	10	10	P.1.15	0.002323
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	9	9	A.5	0.017308
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	9	9	AY.113	0.001282
ORF8	52	R52del	AGA	---	9	9	AY.118	0.000564
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	9	9	AY.120	0.000335
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	9	9	AY.46.6	0.00065
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	9	9	AY.9.2	0.000331
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	9	9	B.1.1.161	0.031802
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	9	9	B.1.1.374	0.021378
ORF8	52	R52del	AGA	---	9	9	B.1.2	0.000079
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	9	9	V.2	0.290323
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	8	8	AY.4	0.000012
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	8	8	B.1.1.222	0.001632
ORF8	52	R52del	AGA	---	8	8	B.1.1.284	0.000859
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	8	8	B.1.1.369	0.00357
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	8	8	B.1.1.507	0.069565
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	8	8	B.1.177.10	0.007024
ORF8	52	R52del	AGA	---	8	8	B.1.240	0.001725
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	8	8	B.1.525	0.000905
ORF8	52	R52del	AGA	---	8	8	B.1.617.2	0.00003
ORF8	52	R52R	Aga	Cga	5	7	AY.3	0.00005
ORF8	52	R52R	agA	agG	2	7	AY.3	0.00002
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	7	7	AY.36	0.001037
ORF8	52	R52del	AGA	---	7	7	AY.4.2	0.000152
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	7	7	AY.44	0.000043
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	7	7	AY.45	0.000852
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	7	7	AY.7	0.001372
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	7	7	AY.73	0.004657
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	7	7	B.1.1.1	0.002287
ORF8	52	R52del	AGA	---	7	7	B.1.1.265	0.022082
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	7	7	B.1.1.306	0.003069
ORF8	52	R52del	AGA	---	7	7	B.1.1.519	0.000278
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	7	7	B.1.126	0.008929
ORF8	52	R52del	AGA	---	7	7	B.1.36.16	0.009972
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	7	7	B.1.367	0.005547
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	7	7	B.1.438.1	0.000751
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	7	7	B.1.533	0.067308
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	7	7	B.1.617.2	0.000026
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	7	7	B.1.619	0.006098
ORF8	52	R52del	AGA	---	7	7	B.1.628	0.002467
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	7	7	P.1.10.1	0.056911
ORF8	52	R52del	AGA	---	7	7	P.1.14	0.000335
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	6	6	A.2.5.1	0.028846
ORF8	52	R52L	AGa	TTa	5	6	All	0.000001
ORF8	52	R52L	AGa	CTa	1	6	All	0
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	6	6	AY.106	0.002009
ORF8	52	R52del	AGA	---	6	6	AY.119	0.000212
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	6	6	AY.121	0.000812
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	6	6	AY.3	0.00006
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	6	6	AY.35	0.001398
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	6	6	AY.48	0.002791
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	6	6	AY.53	0.001725
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	6	6	AY.9.1	0.000502
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	6	6	AY.92	0.001724
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	6	6	AY.98	0.000474
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	6	6	B.1.1	0.000109
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	6	6	B.1.1.279	0.006726
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	6	6	B.1.1.50	0.004073
ORF8	52	R52L	AGa	TTa	5	6	B.1.1.7	0.000004
ORF8	52	R52L	AGa	CTa	1	6	B.1.1.7	0.000001
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	6	6	B.1.2	0.000053
ORF8	52	R52del	AGA	---	6	6	B.1.243.2	0.086957
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	6	6	B.1.258	0.000399
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	6	6	B.1.311	0.001647
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	6	6	B.1.540	0.058252
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	6	6	P.2	0.00112
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	5	5		0.277778
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	5	5	A.23.1	0.003521
ORF8	52	R52del	AGA	---	5	5	AY.29.1	0.001103
ORF8	52	R52S	agA	agT	5	5	AY.4	0.000008
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	5	5	AY.47	0.000156
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	5	5	AY.5.4	0.001384
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	5	5	AY.61	0.000524
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	5	5	AY.67	0.002321
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	5	5	AY.95	0.003805
ORF8	52	R52R	agA	agG	5	5	B.1	0.000046
ORF8	52	R52del	AGA	---	5	5	B.1.1.214	0.000277
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	5	5	B.1.1.294	0.006329
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	5	5	B.1.1.409	0.014164
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	5	5	B.1.139	0.003666
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	5	5	B.1.237	0.024876
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	5	5	B.1.580	0.020325
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	5	5	B.1.617.1	0.000645
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	5	5	B.1.619.1	0.003207
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	5	5	B.1.625	0.011765
ORF8	52	R52del1	agA	ag-	5	5	C.37	0.00058
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	5	5	P.1.12	0.00242
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	5	5	P.1.13	0.004492
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	AY.109	0.002959
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	AY.24	0.001724
ORF8	52	R52R	agA	agG	3	4	AY.4	0.000005
ORF8	52	R52R	Aga	Cga	1	4	AY.4	0.000002
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	AY.4.2.1	0.000596
ORF8	52	R52S	agA	agT	4	4	AY.5	0.000083
ORF8	52	R52del	AGA	---	4	4	AY.6	0.000165
ORF8	52	R52del	AGA	---	4	4	AY.7.2	0.002237
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	AY.75.1	0.000721
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	AZ.2	0.003284
ORF8	52	R52del1	aGa	a-a	3	4	B.1	0.000027
ORF8	52	R52del1	agA	ag-	1	4	B.1	0.000009
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	4	4	B.1.1	0.000073
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	B.1.1.28	0.001245
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	B.1.1.355	0.061538
ORF8	52	R52del1	aGA	a-T	2	4	B.1.1.7	0.000002
ORF8	52	R52del1	aGa	a-a	2	4	B.1.1.7	0.000002
ORF8	52	R52del	AGA	---	4	4	B.1.177	0.000053
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	B.1.177.17	0.003284
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	B.1.214	0.014652
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	B.1.214.2	0.002398
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	4	4	B.1.258.17	0.000416
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	B.1.36.19	0.037037
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	B.1.36.8	0.004
ORF8	52	R52del	AGA	---	4	4	B.1.429	0.000094
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	B.1.575	0.001214
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	B.1.599	0.014599
ORF8	52	R52R	agA	agG	3	4	B.1.617.2	0.000011
ORF8	52	R52R	Aga	Cga	1	4	B.1.617.2	0.000004
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	B.1.632	0.026846
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	N.5	0.007067
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	4	4	P.1	0.000063
ORF8	52	R52del	AGA	---	4	4	P.1.1	0.001271
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	P.1.2	0.004624
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	P.2	0.000747
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	4	4	R.1	0.00036
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	A	0.001161
ORF8	52	R52P	AGA	CCG	2	3	All	0
ORF8	52	R52P	AGa	CCa	1	3	All	0
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	AY.116	0.00086
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	3	3	AY.118	0.000188
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	AY.118	0.000188
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	AY.13	0.000483
ORF8	52	R52del	AGA	---	3	3	AY.25	0.000018
ORF8	52	R52del	AGA	---	3	3	AY.26	0.000085
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	AY.29.1	0.000662
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	3	3	AY.3	0.00003
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	AY.37	0.000948
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	3	3	AY.39	0.000074
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	3	3	AY.4	0.000005
ORF8	52	R52R	agA	agG	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	AY.41	0.000882
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	3	3	AY.44	0.000018
ORF8	52	R52R	agA	agG	3	3	AY.44	0.000018
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	3	3	AY.48	0.001395
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	AY.52	0.002443
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	AY.54	0.000286
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	AY.7	0.000588
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	AY.93	0.000819
ORF8	52	R52S	agA	agT	2	3	B.1	0.000018
ORF8	52	R52S	agA	agC	1	3	B.1	0.000009
ORF8	52	R52del	AGA	---	3	3	B.1.1.141	0.006036
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	B.1.1.219	0.015
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	B.1.1.317	0.001235
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	B.1.1.434	0.001046
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	B.1.111	0.003525
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	3	3	B.1.177	0.00004
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	B.1.177.4	0.000633
ORF8	52	R52R	agA	agG	3	3	B.1.2	0.000026
ORF8	52	R52del	AGA	---	3	3	B.1.22	0.003953
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	B.1.234	0.000396
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	B.1.236	0.00616
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	3	3	B.1.351.3	0.002629
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	B.1.36.17	0.001482
ORF8	52	R52R	agA	agG	3	3	B.1.36.29	0.001552
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	B.1.36.38	0.004926
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	3	3	B.1.429	0.000071
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	3	3	B.1.429	0.000071
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	B.1.466.2	0.001174
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	B.1.497	0.000944
ORF8	52	R52del	AGA	---	3	3	B.1.509	0.002597
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	B.1.517	0.001281
ORF8	52	R52del	AGA	---	3	3	B.1.526	0.000071
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	B.1.554	0.013216
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	B.1.93	0.002801
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	B.6	0.00273
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	3	3	D.2	0.000225
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	3	3	P.1	0.000047
ORF8	52	R52S	agA	agC	2	3	P.1	0.000032
ORF8	52	R52S	agA	agT	1	3	P.1	0.000016
ORF8	52	R52del	AGA	---	3	3	P.1.15	0.000697
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	3	3	P.1.15	0.000697
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	3	3	P.1.6	0.005837
ORF8	52	R52S	AGa	TCa	2	2		0.111111
ORF8	52	R52del	AGA	---	2	2		0.111111
ORF8	52	R52del2	AGa	--a	2	2		0.111111
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	2	2		0.111111
ORF8	52	R52R	Aga	Cga	2	2	A.2.5	0.000998
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	A.2.5.2	0.003145
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	A.25	0.036364
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	AE.8	0.000978
ORF8	52	R52A	AGA	GCT	1	2	All	0
ORF8	52	R52A	AGa	GCa	1	2	All	0
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	AY.1	0.000791
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	2	2	AY.103	0.000012
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	AY.105	0.001286
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	AY.108	0.002205
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	AY.110	0.000225
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	AY.111	0.000366
ORF8	52	R52S	agA	agC	2	2	AY.117	0.000169
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	2	2	AY.20	0.000078
ORF8	52	R52S	agA	agC	1	2	AY.3	0.00001
ORF8	52	R52S	agA	agT	1	2	AY.3	0.00001
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	AY.30	0.000791
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	AY.34	0.000194
ORF8	52	R52del	AGA	---	2	2	AY.39	0.000049
ORF8	52	R52S	agA	agT	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF8	52	R52S	agA	agT	2	2	AY.43	0.000009
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	2	2	AY.43	0.000009
ORF8	52	R52R	agA	agG	1	2	AY.43	0.000004
ORF8	52	R52R	Aga	Cga	1	2	AY.43	0.000004
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	2	2	AY.47	0.000062
ORF8	52	R52R	agA	agG	2	2	AY.47	0.000062
ORF8	52	R52del	AGA	---	2	2	AY.48	0.00093
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	2	2	AY.5	0.000041
ORF8	52	R52R	agA	agG	2	2	AY.5	0.000041
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	AY.58	0.001815
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	AY.62	0.000871
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	AY.64	0.00119
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	AY.65	0.001066
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	AY.7.1	0.000225
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	AY.84	0.000875
ORF8	52	R52del	AGA	---	2	2	AY.84	0.000875
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	AY.9	0.000135
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	AY.91	0.001461
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	AY.91.1	0.00813
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	2	2	B.1	0.000018
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	2	2	B.1	0.000018
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.1.141	0.004024
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.1.210	0.011429
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.1.214	0.000111
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.1.25	0.001137
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.1.265	0.006309
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.1.299	0.02439
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.1.301	0.002358
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.1.322	0.017544
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.1.523	0.003125
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.1.524	0.041667
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.1.525	0.010929
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.1.526	0.007092
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.1.63	0.000772
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.119	0.021053
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.157	0.00597
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.160.28	0.005848
ORF8	52	R52R	agA	agG	2	2	B.1.177	0.000026
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.177.31	0.022989
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.177.42	0.001789
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.177.58	0.002663
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.177.82	0.000955
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.177.83	0.002963
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	2	2	B.1.2	0.000018
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	2	2	B.1.2	0.000018
ORF8	52	R52S	agA	agT	1	2	B.1.2	0.000009
ORF8	52	R52S	agA	agC	1	2	B.1.2	0.000009
ORF8	52	R52del	AGA	---	2	2	B.1.210	0.004264
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	2	2	B.1.234	0.000264
ORF8	52	R52del	AGA	---	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.260	0.006689
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.270	0.011236
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.3	0.005236
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.330	0.057143
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.351.3	0.001753
ORF8	52	R52del	AGA	---	2	2	B.1.36	0.000292
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.380	0.013245
ORF8	52	R52R	agA	agG	2	2	B.1.400	0.000858
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.404	0.002604
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.415.1	0.015152
ORF8	52	R52del	AGA	---	2	2	B.1.427	0.000101
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.433	0.00639
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.462	0.014493
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	2	2	B.1.474	0.003802
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	2	2	B.1.596	0.000174
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.597	0.009259
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.633	0.083333
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.636	0.013423
ORF8	52	R52del	AGA	---	2	2	B.1.637	0.000146
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.78	0.017094
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	B.1.94	0.054054
ORF8	52	R52del	AGA	---	2	2	B.40	0.000729
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	2	2	C.14	0.008658
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	C.16	0.002121
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	C.36	0.001821
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	C.38	0.016129
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	2	2	C.6	0.074074
ORF8	52	R52R	agA	agG	2	2	P.1	0.000032
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	2	2	P.1.7	0.000639
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	1	1	A.1	0.000282
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	A.2.2	0.001689
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	A.2.5	0.000499
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	A.21	0.00277
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	A.23.1	0.000704
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	A.7	0.055556
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AB.1	0.008197
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AD.2	0.000219
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AE.1	0.011364
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	AE.4	0.043478
ORF8	52	R52Q	AGA	CAG	1	1	All	0
ORF8	52	R52F	AGA	TTC	1	1	All	0
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AT.1	0.005128
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AU.2	0.002421
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.10	0.00053
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	AY.100	0.000046
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	1	1	AY.100	0.000046
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	1	1	AY.100	0.000046
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.101	0.00049
ORF8	52	R52S	agA	agT	1	1	AY.102	0.000027
ORF8	52	R52R	agA	agG	1	1	AY.102	0.000027
ORF8	52	R52del2	AGa	--a	1	1	AY.103	0.000006
ORF8	52	R52R	Aga	Cga	1	1	AY.103	0.000006
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	1	1	AY.103	0.000006
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	1	1	AY.106	0.000335
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	AY.107	0.000466
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	AY.111	0.000183
ORF8	52	R52R	Aga	Cga	1	1	AY.113	0.000142
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.114	0.000231
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	AY.121	0.000135
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.17	0.008197
ORF8	52	R52R	agA	agG	1	1	AY.19	0.00114
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.19	0.00114
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	AY.19	0.00114
ORF8	52	R52S	agA	agC	1	1	AY.23	0.00007
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	AY.23	0.00007
ORF8	52	R52R	Aga	Cga	1	1	AY.24	0.000431
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	1	1	AY.25	0.000006
ORF8	52	R52S	agA	agC	1	1	AY.25	0.000006
ORF8	52	R52R	agA	agG	1	1	AY.25	0.000006
ORF8	52	R52del1	aGa	a-a	1	1	AY.25	0.000006
ORF8	52	R52S	agA	agT	1	1	AY.26	0.000028
ORF8	52	R52R	agA	agG	1	1	AY.26	0.000028
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.27	0.000065
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	1	1	AY.27	0.000065
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.28	0.00189
ORF8	52	R52R	agA	agG	1	1	AY.29	0.000016
ORF8	52	R52P	AGA	CCG	1	1	AY.3	0.00001
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	1	1	AY.3	0.00001
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.38	0.000499
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	AY.39	0.000025
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	1	1	AY.39	0.000025
ORF8	52	R52R	agA	agG	1	1	AY.39	0.000025
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	1	1	AY.4	0.000002
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF8	52	R52del1	aGa	a-a	1	1	AY.42	0.00004
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	AY.43	0.000004
ORF8	52	R52del2	AGA	--T	1	1	AY.43	0.000004
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	1	1	AY.43	0.000004
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	AY.45	0.000122
ORF8	52	R52del2	AGa	--a	1	1	AY.46	0.000104
ORF8	52	R52R	Aga	Cga	1	1	AY.46	0.000104
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	1	1	AY.47	0.000031
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	1	1	AY.5	0.000021
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	AY.54	0.000095
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	1	1	AY.55	0.000917
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.55	0.000917
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	1	1	AY.61	0.000105
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.63	0.000387
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	AY.66	0.00107
ORF8	52	R52P	AGA	CCG	1	1	AY.67	0.000464
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.69	0.000187
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	AY.69	0.000187
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	AY.71	0.000475
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	AY.73	0.000665
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	AY.74	0.000116
ORF8	52	R52S	agA	agT	1	1	AY.74	0.000116
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.77	0.001127
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.79	0.001211
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.8	0.000606
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	1	1	AY.83	0.001724
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.86	0.00083
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.88	0.000884
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.89	0.004902
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF8	52	R52del1	AgA	Tg-	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF8	52	R52R	agA	agG	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF8	52	R52S	agA	agC	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AY.99	0.001049
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	AZ.2	0.000821
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	AZ.2.1	0.00813
ORF8	52	R52R	agA	agG	1	1	B	0.000128
ORF8	52	R52M	aGA	aTG	1	1	B.1	0.000009
ORF8	52	R52del2	AGa	--a	1	1	B.1	0.000009
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	1	1	B.1	0.000009
ORF8	52	R52V	AGa	GTa	1	1	B.1.1	0.000018
ORF8	52	R52R	agA	agG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF8	52	R52F	AGA	TTC	1	1	B.1.1	0.000018
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	1	1	B.1.1	0.000018
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.101	0.01
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.135	0.004695
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.145	0.037037
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	B.1.1.169	0.018182
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.1.174	0.003378
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.187	0.00885
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.198	0.001468
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.221	0.010101
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.236	0.006897
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.237	0.005405
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.254	0.011236
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.26	0.005236
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.269	0.001353
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.1.269	0.001353
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF8	52	R52R	agA	agG	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.1.297	0.002237
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.1.322	0.008772
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.340	0.045455
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.343	0.020833
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.1.354	0.004386
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.365	0.005587
ORF8	52	R52R	agA	agG	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.370	0.012658
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.389	0.006061
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.417	0.002703
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	B.1.1.433	0.001425
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.44	0.00241
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.440	0.011765
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.46	0.004367
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.55	0.012987
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.56	0.017857
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF8	52	R52X	AGa	TAa	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF8	52	R52del2	AGa	--a	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.83	0.00271
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.89	0.006061
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.126	0.001276
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.151	0.011111
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.160.14	0.002119
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.160.8	0.001289
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	1	1	B.1.177	0.000013
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.177.33	0.001645
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.177.41	0.0025
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.177.46	0.000918
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.177.52	0.001757
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF8	52	R52del2	aGA	a--	1	1	B.1.177.63	0.002703
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.177.65	0.000665
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.177.67	0.007634
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.177.77	0.000726
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.195	0.005025
ORF8	52	R52del1	Aga	-ga	1	1	B.1.2	0.000009
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	B.1.237	0.004975
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	B.1.239	0.001221
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.239	0.001221
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.241	0.000812
ORF8	52	R52R	agA	agG	1	1	B.1.243	0.00007
ORF8	52	R52P	AGa	CCa	1	1	B.1.243	0.00007
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	B.1.247	0.014925
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF8	52	R52R	agA	agG	1	1	B.1.258	0.000067
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	1	1	B.1.258	0.000067
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.258.12	0.007874
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.258.14	0.00098
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.258.15	0.018868
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.258.21	0.007752
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.258.7	0.001912
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.258.9	0.005
ORF8	52	R52S	agA	agC	1	1	B.1.279	0.000514
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.306	0.005714
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.332	0.003497
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	B.1.351	0.00003
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.351.5	0.0006
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	B.1.36	0.000146
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	1	1	B.1.36	0.000146
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.36.10	0.004785
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.36.2	0.010753
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.36.22	0.001208
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.362	0.001541
ORF8	52	R52del1	agA	ag-	1	1	B.1.375	0.00082
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.393	0.028571
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.397	0.004854
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	1	1	B.1.398	0.002976
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.400	0.000429
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	B.1.406	0.006061
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.416	0.001269
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	1	1	B.1.427	0.00005
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.428.3	0.012821
ORF8	52	R52R	agA	agG	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.439	0.005917
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.445	0.011765
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.456	0.003268
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.468	0.005714
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.468	0.005714
ORF8	52	R52A	AGa	GCa	1	1	B.1.497	0.000315
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.521	0.004975
ORF8	52	R52G	Aga	Gga	1	1	B.1.526	0.000024
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	B.1.526	0.000024
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.530	0.007143
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.540	0.009709
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.544	0.006024
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.549	0.007194
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.560	0.00463
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.564	0.000426
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.565	0.00081
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.568	0.001111
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.575.1	0.002439
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.582	0.000491
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.595	0.000261
ORF8	52	R52R	agA	agG	1	1	B.1.595	0.000261
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	1	1	B.1.596	0.000087
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.596	0.000087
ORF8	52	R52S	agA	agT	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.1.621	0.000089
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.627	0.00202
ORF8	52	R52del1	aGa	a-a	1	1	B.1.628	0.000352
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.634	0.003425
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	B.1.76	0.011364
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.1.88.1	0.004808
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.11	0.005128
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	B.34	0.013699
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	B.35	0.007812
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	B.46	0.020833
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	C.1	0.002392
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	C.26	0.007353
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	C.35	0.000774
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	C.37	0.000116
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	C.37.1	0.002618
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	C.40	0.027778
ORF8	52	R52del2	AGa	--a	1	1	D.2	0.000075
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	K.3	0.006173
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	L.3	0.003546
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	M.3	0.076923
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	N.6	0.007092
ORF8	52	R52A	AGA	GCT	1	1	P.1	0.000016
ORF8	52	R52del1	agA	ag-	1	1	P.1	0.000016
ORF8	52	R52Q	AGA	CAG	1	1	P.1	0.000016
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	1	1	P.1	0.000016
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	1	1	P.1	0.000016
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	P.1.12	0.000484
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	P.1.13	0.000898
ORF8	52	R52K	aGa	aAa	1	1	P.1.14	0.000048
ORF8	52	R52X	Aga	Tga	1	1	P.1.14	0.000048
ORF8	52	R52S	agA	agC	1	1	P.1.17	0.000162
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	P.1.17	0.000162
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	1	1	Q.1	0.000126
ORF8	52	R52V	AGa	GTa	1	1	Q.8	0.000165
ORF8	52	R52T	aGa	aCa	1	1	R.1	0.00009
ORF8	52	R52del	AGA	---	1	1	R.1	0.00009
ORF8	52	R52I	aGa	aTa	1	1	U.3	0.003861
ORF8	52	R52S	agA	agT	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.