CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : CodonNum = 47

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF847I47VnonsynAttGtt130613050.99923428032-28034
ORF847I47VnonsynAtTGtC130610.00076569728032-28034
ORF847I47deldelATT---962962128032-28034
ORF847I47TnonsynaTtaCt4084040.99019628032-28034
ORF847I47TnonsynaTTaCG40830.0073529428032-28034
ORF847I47TnonsynaTTaCA40810.0024509828032-28034
ORF847I47IsynatTatC1591460.91823928032-28034
ORF847I47IsynatTatA159130.08176128032-28034
ORF847I47NnonsynaTtaAt135135128032-28034
ORF847I47del1delAtt-tt43380.88372128032-28034
ORF847I47del1delaTta-t4340.093023328032-28034
ORF847I47del1delatTat-4310.023255828032-28034
ORF847I47FnonsynAttTtt3232128032-28034
ORF847I47SnonsynaTtaGt24230.95833328032-28034
ORF847I47SnonsynATtTCt2410.041666728032-28034
ORF847I47LnonsynAttCtt18160.88888928032-28034
ORF847I47LnonsynAtTCtA1810.055555628032-28034
ORF847I47LnonsynAtTCtC1810.055555628032-28034
ORF847I47YnonsynATTTAC1010128032-28034
ORF847I47KnonsynaTTaAA66128032-28034
ORF847I47MnonsynatTatG33128032-28034
ORF847I47del2delATTG--320.66666728032-28034
ORF847I47del2delATt--t310.33333328032-28034
ORF847I47RnonsynATtCGt210.528032-28034
ORF847I47RnonsynaTTaGG210.528032-28034
ORF847I47DnonsynATTGAC11128032-28034
ORF847I47AnonsynATTGCC11128032-28034
ORF847I47HnonsynATtCAt11128032-28034
ORF847I47XnonsynATTTGA11128032-28034

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF847I47VAttGtt13051306All0.00025
ORF847I47VAtTGtC11306All0
ORF847I47delATT---962962All0.000184
ORF847I47VAttGtt455455AY.810.906375
ORF847I47TaTtaCt404408All0.000077
ORF847I47TaTTaCG3408All0.000001
ORF847I47TaTTaCA1408All0
ORF847I47TaTtaCt308308B.1.1.70.000276
ORF847I47delATT---195195B.1.1.70.000175
ORF847I47IatTatC146159All0.000028
ORF847I47IatTatA13159All0.000002
ORF847I47VAttGtt153153AY.40.000238
ORF847I47NaTtaAt135135All0.000026
ORF847I47VAttGtt120120AY.330.008013
ORF847I47NaTtaAt115115AY.40.000179
ORF847I47VAttGtt9898AY.140.008625
ORF847I47delATT---9797AY.40.000151
ORF847I47VAttGtt9191AY.250.000547
ORF847I47IatTatC7373B.1.20.000643
ORF847I47delATT---6060AY.1030.000373
ORF847I47delATT---5858B.1.1.2940.073418
ORF847I47VAttGtt5252B.1.617.20.000196
ORF847I47VAttGtt4646B.1.1.70.000041
ORF847I47delATT---4545B.1.3510.001338
ORF847I47del1Att-tt3843All0.000007
ORF847I47del1aTta-t443All0.000001
ORF847I47del1atTat-143All0
ORF847I47IatTatC3739B.1.1.70.000033
ORF847I47IatTatA239B.1.1.70.000002
ORF847I47delATT---3838AY.290.000599
ORF847I47VAttGtt3838AY.740.004395
ORF847I47delATT---3636B.1.10.000653
ORF847I47delATT---3434B.1.2430.002366
ORF847I47delATT---3333B.1.1.2220.006732
ORF847I47FAttTtt3232All0.000006
ORF847I47delATT---3232B.1.1600.000998
ORF847I47VAttGtt2929AY.30.000288
ORF847I47TaTtaCt2626B.1.617.20.000098
ORF847I47SaTtaGt2324All0.000004
ORF847I47SATtTCt124All0
ORF847I47VAttGtt2323AY.1030.000143
ORF847I47VAttGtt2222B.10.000202
ORF847I47del1Att-tt1922B.1.1.70.000017
ORF847I47del1aTta-t222B.1.1.70.000002
ORF847I47del1atTat-122B.1.1.70.000001
ORF847I47TaTtaCt2222B.1.1770.00029
ORF847I47VAttGtt2020AY.440.000122
ORF847I47delATT---2020AY.440.000122
ORF847I47LAttCtt1618All0.000003
ORF847I47LAtTCtC118All0
ORF847I47LAtTCtA118All0
ORF847I47delATT---1818AY.30.000179
ORF847I47delATT---1818B0.002301
ORF847I47VAttGtt1515B.1.4280.015306
ORF847I47IatTatC1414B.1.617.20.000053
ORF847I47delATT---1414P.10.000221
ORF847I47delATT---1313B.1.1.3180.003923
ORF847I47VAttGtt1212AY.430.000053
ORF847I47TaTtaCt1012AY.430.000044
ORF847I47TaTTaCG212AY.430.000009
ORF847I47VAttGtt1212B.1.3510.000357
ORF847I47delATT---1111AY.270.000712
ORF847I47delATT---1111B.1.20.000097
ORF847I47FAttTtt1111B.1.2210.000781
ORF847I47YATTTAC1010All0.000002
ORF847I47delATT---1010B.10.000092
ORF847I47YATTTAC1010B.1.3510.000297
ORF847I47delATT---99AY.1180.000564
ORF847I47delATT---99B.1.617.20.000034
ORF847I47delATT---88B.1.1.2840.000859
ORF847I47delATT---88B.1.2400.001725
ORF847I47SaTtaGt88B.1.617.20.00003
ORF847I47delATT---77AY.4.20.000152
ORF847I47IatTatC77AY.430.000031
ORF847I47FAttTtt77B.1.1.1720.127273
ORF847I47delATT---77B.1.1.2650.022082
ORF847I47delATT---77B.1.1.5190.000278
ORF847I47delATT---77B.1.36.160.009972
ORF847I47SaTtaGt77B.1.5260.000165
ORF847I47delATT---77B.1.6280.002467
ORF847I47delATT---77P.1.140.000335
ORF847I47KaTTaAA66All0.000001
ORF847I47NaTtaAt66AY.1020.000159
ORF847I47delATT---66AY.1190.000212
ORF847I47VAttGtt66AY.200.000233
ORF847I47delATT---66B.1.1770.000079
ORF847I47delATT---66B.1.177.830.008889
ORF847I47delATT---66B.1.243.20.086957
ORF847I47VAttGtt66B.1.6190.005226
ORF847I47VAttGtt55AY.1190.000177
ORF847I47delATT---55AY.29.10.001103
ORF847I47VAttGtt55AY.540.000477
ORF847I47IatTatC35B.10.000027
ORF847I47IatTatA25B.10.000018
ORF847I47del1Att-tt55B.1.1.3890.030303
ORF847I47delATT---440.222222
ORF847I47VAttGtt44AY.1020.000106
ORF847I47VAttGtt44AY.1180.000251
ORF847I47VAttGtt44AY.230.000279
ORF847I47delATT---44AY.250.000024
ORF847I47delATT---44AY.260.000113
ORF847I47delATT---44AY.340.000388
ORF847I47VAttGtt44AY.510.003636
ORF847I47delATT---44AY.60.000165
ORF847I47VAttGtt44AY.650.002132
ORF847I47delATT---44AY.7.20.002237
ORF847I47TaTtaCt44B.10.000037
ORF847I47delATT---44B.1.1.2140.000222
ORF847I47TaTtaCt44B.1.1.4320.005063
ORF847I47delATT---44B.1.5260.000094
ORF847I47FAttTtt44B.1.6050.02381
ORF847I47VAttGtt44P.1.10.001271
ORF847I47VAttGtt44Q.10.000505
ORF847I47MatTatG33All0.000001
ORF847I47del2ATTG--23All0
ORF847I47del2ATt--t13All0
ORF847I47VAttGtt33AY.1000.000138
ORF847I47VAttGtt33AY.1170.000254
ORF847I47del1Att-tt33AY.260.000085
ORF847I47LAttCtt33AY.390.000074
ORF847I47TaTtaCt33AY.390.000074
ORF847I47TaTtaCt33AY.40.000005
ORF847I47KaTTaAA33B.1.10.000054
ORF847I47TaTtaCt23B.1.10.000036
ORF847I47TaTTaCA13B.1.10.000018
ORF847I47del1Att-tt33B.1.1.3980.009677
ORF847I47FAttTtt33B.1.1.70.000003
ORF847I47delATT---33B.1.220.003953
ORF847I47IatTatA33B.1.3510.000089
ORF847I47delATT---33B.1.4290.000071
ORF847I47delATT---33B.1.5090.002597
ORF847I47NaTtaAt33B.1.617.20.000011
ORF847I47VAttGtt33P.10.000047
ORF847I47delATT---33P.1.10.000953
ORF847I47TaTtaCt33P.1.130.002695
ORF847I47delATT---33P.1.150.000697
ORF847I47VAttGtt220.111111
ORF847I47TaTtaCt220.111111
ORF847I47RATtCGt12All0
ORF847I47RaTTaGG12All0
ORF847I47TaTtaCt22AY.1030.000012
ORF847I47VAttGtt22AY.1050.001286
ORF847I47LAttCtt12AY.1130.000142
ORF847I47LAtTCtA12AY.1130.000142
ORF847I47FAttTtt22AY.1190.000071
ORF847I47TaTtaCt22AY.250.000012
ORF847I47VAttGtt22AY.300.000791
ORF847I47VAttGtt22AY.380.000999
ORF847I47VAttGtt22AY.390.000049
ORF847I47delATT---22AY.390.000049
ORF847I47VAttGtt22AY.39.10.000079
ORF847I47del1Att-tt22AY.40.000003
ORF847I47IatTatA22AY.440.000012
ORF847I47VAttGtt22AY.470.000062
ORF847I47delATT---22AY.480.00093
ORF847I47NaTtaAt22AY.50.000041
ORF847I47NaTtaAt22AY.60.000082
ORF847I47VAttGtt22AY.750.000112
ORF847I47delATT---22AY.840.000875
ORF847I47TaTtaCt22AY.98.10.000097
ORF847I47VAttGtt22B.1.10.000036
ORF847I47IatTatC22B.1.10.000036
ORF847I47LAttCtt22B.1.1.2940.002532
ORF847I47NaTtaAt22B.1.1.70.000002
ORF847I47delATT---22B.1.1260.002551
ORF847I47FAttTtt22B.1.160.160.001859
ORF847I47VAttGtt22B.1.1770.000026
ORF847I47del1Att-tt22B.1.177.770.001452
ORF847I47delATT---22B.1.2060.001631
ORF847I47delATT---22B.1.2100.004264
ORF847I47VAttGtt22B.1.2340.000264
ORF847I47delATT---22B.1.258.170.000208
ORF847I47delATT---22B.1.360.000292
ORF847I47VAttGtt22B.1.36.10.002281
ORF847I47delATT---22B.1.4270.000101
ORF847I47VAttGtt22B.1.466.20.000782
ORF847I47LAttCtt12B.1.617.20.000004
ORF847I47LAtTCtC12B.1.617.20.000004
ORF847I47TaTtaCt22B.1.6210.000177
ORF847I47del1aTta-t22B.1.6270.00404
ORF847I47delATT---22B.400.000729
ORF847I47LAttCtt22P.10.000032
ORF847I47NaTtaAt22P.10.000032
ORF847I47delATT---22P.1.170.000324
ORF847I47SaTtaGt11A0.000387
ORF847I47delATT---11AE.40.043478
ORF847I47AATTGCC11All0
ORF847I47HATtCAt11All0
ORF847I47DATTGAC11All0
ORF847I47XATTTGA11All0
ORF847I47delATT---11AY.1000.000046
ORF847I47TaTtaCt11AY.1020.000027
ORF847I47SaTtaGt11AY.1030.000006
ORF847I47delATT---11AY.1080.001103
ORF847I47VAttGtt11AY.1110.000183
ORF847I47IatTatA11AY.1130.000142
ORF847I47VAttGtt11AY.1140.000231
ORF847I47SaTtaGt11AY.1180.000063
ORF847I47del1Att-tt11AY.140.000088
ORF847I47TaTtaCt11AY.200.000039
ORF847I47delATT---11AY.230.00007
ORF847I47IatTatC11AY.250.000006
ORF847I47TaTtaCt11AY.260.000028
ORF847I47VAttGtt11AY.290.000016
ORF847I47del2ATTG--11AY.30.00001
ORF847I47FAttTtt11AY.30.00001
ORF847I47VAttGtt11AY.3.10.000085
ORF847I47TaTtaCt11AY.370.000316
ORF847I47IatTatC11AY.390.000025
ORF847I47SaTtaGt11AY.40.000002
ORF847I47SATtTCt11AY.4.10.000737
ORF847I47VAttGtt11AY.4.20.000022
ORF847I47delATT---11AY.4.40.000409
ORF847I47LAttCtt11AY.420.00004
ORF847I47IatTatC11AY.420.00004
ORF847I47delATT---11AY.430.000004
ORF847I47LAttCtt11AY.430.000004
ORF847I47MatTatG11AY.440.000006
ORF847I47TaTtaCt11AY.440.000006
ORF847I47VAttGtt11AY.460.000104
ORF847I47delATT---11AY.460.000104
ORF847I47IatTatC11AY.46.50.000198
ORF847I47delATT---11AY.50.000021
ORF847I47del1Att-tt11AY.5.30.000337
ORF847I47IatTatC11AY.5.40.000277
ORF847I47VAttGtt11AY.550.000917
ORF847I47VAttGtt11AY.590.00053
ORF847I47VAttGtt11AY.60.000041
ORF847I47del2ATTG--11AY.670.000464
ORF847I47VAttGtt11AY.680.000274
ORF847I47delATT---11AY.740.000116
ORF847I47VAttGtt11AY.840.000437
ORF847I47delATT---11AY.90.000068
ORF847I47DATTGAC11AY.9.20.000037
ORF847I47IatTatC11AY.930.000273
ORF847I47NaTtaAt11AY.950.000761
ORF847I47delATT---11AY.98.10.000048
ORF847I47TaTtaCt11AY.990.001049
ORF847I47IatTatC11AY.99.20.000092
ORF847I47delATT---11AZ.20.000821
ORF847I47KaTTaAA11B.10.000009
ORF847I47FAttTtt11B.1.10.000018
ORF847I47VAttGtt11B.1.1.1520.04
ORF847I47VAttGtt11B.1.1.1700.001247
ORF847I47delATT---11B.1.1.1740.003378
ORF847I47delATT---11B.1.1.2160.00089
ORF847I47delATT---11B.1.1.250.000569
ORF847I47TaTtaCt11B.1.1.2580.003257
ORF847I47delATT---11B.1.1.2690.001353
ORF847I47KaTTaAA11B.1.1.2820.011628
ORF847I47HATtCAt11B.1.1.2940.001266
ORF847I47NaTtaAt11B.1.1.2940.001266
ORF847I47RATtCGt11B.1.1.2940.001266
ORF847I47SaTtaGt11B.1.1.2940.001266
ORF847I47delATT---11B.1.1.2970.002237
ORF847I47VAttGtt11B.1.1.3150.008475
ORF847I47delATT---11B.1.1.3220.008772
ORF847I47IatTatC11B.1.1.330.000421
ORF847I47VAttGtt11B.1.1.3480.000796
ORF847I47delATT---11B.1.1.3540.004386
ORF847I47VAttGtt11B.1.1.370.000193
ORF847I47delATT---11B.1.1.370.000193
ORF847I47TaTtaCt11B.1.1.3910.008547
ORF847I47VAttGtt11B.1.1.5190.00004
ORF847I47delATT---11B.1.1.5210.005348
ORF847I47VAttGtt11B.1.1.630.000386
ORF847I47delATT---11B.1.1.630.000386
ORF847I47LAttCtt11B.1.1.70.000001
ORF847I47SaTtaGt11B.1.1.70.000001
ORF847I47SaTtaGt11B.1.130.002375
ORF847I47RaTTaGG11B.1.130.002375
ORF847I47MatTatG11B.1.130.002375
ORF847I47KaTTaAA11B.1.1770.000013
ORF847I47delATT---11B.1.177.120.000152
ORF847I47delATT---11B.1.177.210.000076
ORF847I47IatTatC11B.1.177.230.003236
ORF847I47delATT---11B.1.177.520.001757
ORF847I47XATTTGA11B.1.177.630.002703
ORF847I47delATT---11B.1.177.70.000165
ORF847I47delATT---11B.1.1950.005025
ORF847I47VAttGtt11B.1.20.000009
ORF847I47SaTtaGt11B.1.2210.000071
ORF847I47LAttCtt11B.1.2320.000537
ORF847I47VAtTGtC11B.1.2430.00007
ORF847I47delATT---11B.1.2580.000067
ORF847I47delATT---11B.1.258.120.007874
ORF847I47delATT---11B.1.258.90.005
ORF847I47VAttGtt11B.1.3200.001245
ORF847I47FAttTtt11B.1.3510.00003
ORF847I47delATT---11B.1.351.20.000303
ORF847I47LAttCtt11B.1.360.000146
ORF847I47VAttGtt11B.1.360.000146
ORF847I47TaTtaCt11B.1.4040.001302
ORF847I47VAttGtt11B.1.4160.001269
ORF847I47VAttGtt11B.1.4230.010204
ORF847I47del2ATt--t11B.1.4290.000024
ORF847I47VAttGtt11B.1.4290.000024
ORF847I47delATT---11B.1.4450.011765
ORF847I47delATT---11B.1.4680.005714
ORF847I47IatTatA11B.1.4800.002488
ORF847I47AATTGCC11B.1.5170.000427
ORF847I47del1Att-tt11B.1.5250.000113
ORF847I47IatTatC11B.1.5260.000024
ORF847I47VAttGtt11B.1.5260.000024
ORF847I47delATT---11B.1.5400.009709
ORF847I47delATT---11B.1.5490.007194
ORF847I47VAttGtt11B.1.5560.007519
ORF847I47delATT---11B.1.5640.000426
ORF847I47VAttGtt11B.1.6160.02439
ORF847I47MatTatG11B.1.617.20.000004
ORF847I47del1Att-tt11B.1.617.20.000004
ORF847I47VAttGtt11B.1.6200.000946
ORF847I47delATT---11B.1.6210.000089
ORF847I47delATT---11B.340.013699
ORF847I47LAttCtt11C.160.00106
ORF847I47delATT---11C.260.007353
ORF847I47IatTatA11C.350.000774
ORF847I47VAttGtt11C.370.000116
ORF847I47delATT---11C.370.000116
ORF847I47VAttGtt11D.50.004975
ORF847I47delATT---11M.30.076923
ORF847I47delATT---11N.60.007092
ORF847I47TaTTaCG11P.10.000016
ORF847I47VAttGtt11P.1.110.010204
ORF847I47delATT---11P.1.120.000484
ORF847I47IatTatA11P.1.140.000048
ORF847I47VAttGtt11P.1.140.000048
ORF847I47VAttGtt11P.1.150.000232
ORF847I47NaTtaAt11P.1.170.000162
ORF847I47delATT---11P.1.70.000319
ORF847I47LAttCtt11P.1.70.000319
ORF847I47VAttGtt11P.20.000187
ORF847I47delATT---11R.10.00009