CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : CodonNum = 32 & Codon = Tta

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF8	32	V32L		nonsyn	Gta	Tta	7437	5630	0.757026	27987-27989

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5630	7437	All	0.001077
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1850	1850	B.1.232	0.994089
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	35	1659	B.1.429	0.000824
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	471	511	B.1.1.7	0.000422
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	343	389	AY.4	0.000534
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	326	348	B.1.617.2	0.001228
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	212	212	AD.2	0.04642
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	142	150	B.1	0.001301
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	146	146	P.1	0.0023
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	131	131	AY.100	0.006027
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	126	127	AY.44	0.000767
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	125	125	AY.94	0.055334
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	121	121	AY.3	0.001204
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	115	116	AY.103	0.000714
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	107	107	B.1.351	0.003181
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	82	83	AY.43	0.000363
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	81	82	B.1.1	0.001469
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	66	69	AY.98	0.005214
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	63	63	B.1.1.519	0.002502
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	60	61	B.1.2	0.000528
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	46	46	B.1.427	0.002323
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	41	41	B.1.160	0.001279
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	37	37	B.1.177.21	0.002829
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	34	35	AY.120	0.001264
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	34	34	B.1.177	0.000448
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	28	31	AY.25	0.000168
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	31	31	AY.82	0.042062
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	27	27	B.1.1.521	0.144385
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	25	26	AY.47	0.000778
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	24	24	B.1.22	0.031621
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	23	23	AY.46.6	0.001661
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	13	21	B.1.526	0.000306
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	20	20	P.1.1	0.006353
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	19	19	AY.20	0.000738
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	19	19	B.1.177.58	0.0253
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	18	18	B.1.637	0.001315
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	17	17	B.1.1.222	0.003468
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	12	14	AY.39	0.000297
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	13	14	B.1.621	0.001151
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	9	13	AY.5	0.000186
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	13	13	B.1.241	0.010552
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	12	12	AY.102	0.000318
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	12	12	AY.26	0.00034
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	11	11	AY.114	0.002542
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	11	11	B.1.1.1	0.003594
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	11	11	B.1.1.28	0.003424
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	11	11	B.1.524	0.015471
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	10		0.111111
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	10	10	AY.3.1	0.000853
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	9	10	AY.33	0.000601
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	10	10	AY.9.2	0.000367
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	10	10	AY.98.1	0.000484
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	10	10	B.1.384	1
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	8	8	AY.121	0.001083
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	8	8	AY.23	0.000558
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	8	8	AY.32	0.00426
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	8	AY.4.2	0.00013
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	8	8	AY.46	0.000833
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	8	8	B.1.1.420	0.008048
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	7	8	B.1.243	0.000487
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	7	AY.12	0.000316
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	7	AY.45	0.00073
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	7	7	AY.79	0.008475
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	7	7	AY.84	0.003062
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	7	7	B.1.1.205	0.026022
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	7	7	B.1.1.327	0.7
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	7	7	B.1.240	0.001509
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	7	7	B.1.609	0.003356
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	6	AY.42	0.000241
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	6	AY.48	0.002791
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	6	AY.85	0.002563
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	6	AY.9	0.000406
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	6	AY.90	0.004107
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	6	B.1.1.326	0.010563
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	6	C.37	0.000696
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5	5	AY.29	0.000079
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5	5	B.1.1.284	0.000537
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5	5	B.1.1.369	0.002231
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5	5	B.1.1.37	0.000964
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5	5	B.1.1.39	0.002548
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5	5	B.1.1.486	0.007886
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5	5	B.1.258	0.000333
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5	5	B.1.617.1	0.000645
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	4	4	AY.113	0.00057
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	4	4	AY.13	0.000644
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	4	4	AY.35	0.000932
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	4	4	AY.75	0.000224
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	4	4	B.1.1.416	0.00362
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	4	4	B.1.281	0.086957
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	4	4	B.1.36	0.000584
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	4	4	B.1.438.1	0.000429
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.1	0.001187
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.107	0.001398
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	3	AY.117	0.000169
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.34	0.000291
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	3	AY.5.3	0.000675
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.54	0.000286
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.57	0.001969
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.58	0.002722
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	3	AY.6	0.000082
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.74	0.000347
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.80	0.003386
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.83	0.005172
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	B.1.1.181	0.013636
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	B.1.1.216	0.002671
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	B.1.1.317	0.001235
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	B.1.1.434	0.001046
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	B.1.149	0.010274
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	B.1.258.17	0.000312
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	3	B.1.525	0.000226
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	R.1	0.00027
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	W.1	0.026087
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	2	A.2.5	0.000499
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	A.2.5.2	0.003145
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	A.21	0.00554
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.118	0.000125
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.27	0.000129
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.28	0.003781
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.29.1	0.000441
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	2	AY.30	0.000396
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.36	0.000296
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	2	AY.41	0.000294
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.7.1	0.000225
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.93	0.000546
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.95	0.001522
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.1.170	0.002494
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.1.25	0.001137
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.177.73	0.001133
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.234	0.000264
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	2	B.1.311	0.000275
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.36.18	0.00084
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.36.31	0.003503
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.497	0.00063
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.575	0.000607
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.596	0.000174
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.621.1	0.001012
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	P.1.14	0.000096
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	P.1.15	0.000465
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	P.1.17	0.000324
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	P.1.2	0.002312
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	P.3	0.00319
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	Q.3	0.00029
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	Q.4	0.00091
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	Q.8	0.00033
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	A.2.4	0.003367
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	A.23	0.010526
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.101	0.00049
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.119	0.000035
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.14	0.000088
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.52	0.000814
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.53	0.000288
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.55	0.000917
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.60	0.000938
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.61	0.000105
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.68	0.000274
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.7	0.000196
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.70	0.000209
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.72	0.001361
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.88	0.000884
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.91	0.00073
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AZ.2	0.000821
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.133	0.008475
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.164	0.005155
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.282	0.011628
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.303	0.002762
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.305	0.003861
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.351	0.002793
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.354	0.004386
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.507	0.008696
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.54	0.003021
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.61	0.008772
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.170	0.00431
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.177.67	0.007634
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.177.82	0.000477
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.214.2	0.0006
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.221.1	0.002907
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.236	0.002053
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.348	0.018182
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.350	0.002933
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.369	0.000285
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.470	0.001404
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.503	0.002488
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.509	0.000866
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.537	0.02
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.567	0.003333
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.568	0.001111
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.595.4	0.007299
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.625	0.002353
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.627	0.00202
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.4	0.002208
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.40	0.000364
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	D.3	0.005917
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	P.1.10	0.000269
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	P.1.12	0.000484
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	P.2	0.000187
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	Q.1	0.000126

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.