CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : CodonNum = 32

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF8	32	V32L		nonsyn	Gta	Tta	7437	5630	0.757026	27987-27989
ORF8	32	V32L		nonsyn	Gta	Cta	7437	1801	0.242168	27987-27989
ORF8	32	V32L		nonsyn	GtA	TtG	7437	4	0.000537851	27987-27989
ORF8	32	V32L		nonsyn	GtA	CtG	7437	2	0.000268926	27987-27989
ORF8	32	V32A		nonsyn	gTa	gCa	588	586	0.996599	27987-27989
ORF8	32	V32A		nonsyn	gTA	gCT	588	2	0.00340136	27987-27989
ORF8	32	V32del		del	GTA	---	546	546	1	27987-27989
ORF8	32	V32I		nonsyn	Gta	Ata	461	461	1	27987-27989
ORF8	32	V32V		syn	gtA	gtG	387	355	0.917313	27987-27989
ORF8	32	V32V		syn	gtA	gtT	387	30	0.0775194	27987-27989
ORF8	32	V32V		syn	gtA	gtC	387	2	0.00516796	27987-27989
ORF8	32	V32del1		del	Gta	-ta	125	112	0.896	27987-27989
ORF8	32	V32del1		del	gtA	gt-	125	13	0.104	27987-27989
ORF8	32	V32del2		del	gTA	g--	15	14	0.933333	27987-27989
ORF8	32	V32del2		del	GTa	--a	15	1	0.0666667	27987-27989
ORF8	32	V32M		nonsyn	GtA	AtG	9	9	1	27987-27989
ORF8	32	V32E		nonsyn	gTa	gAa	8	8	1	27987-27989
ORF8	32	V32G		nonsyn	gTa	gGa	4	4	1	27987-27989
ORF8	32	V32T		nonsyn	GTa	ACa	3	2	0.666667	27987-27989
ORF8	32	V32T		nonsyn	GTA	ACT	3	1	0.333333	27987-27989
ORF8	32	V32K		nonsyn	GTa	AAa	1	1	1	27987-27989

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5630	7437	All	0.001077
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1801	7437	All	0.000344
ORF8	32	V32L	GtA	TtG	4	7437	All	0.000001
ORF8	32	V32L	GtA	CtG	2	7437	All	0
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1850	1850	B.1.232	0.994089
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1624	1659	B.1.429	0.038211
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	35	1659	B.1.429	0.000824
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	586	588	All	0.000112
ORF8	32	V32A	gTA	gCT	2	588	All	0
ORF8	32	V32del	GTA	---	546	546	All	0.000104
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	471	511	B.1.1.7	0.000422
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	40	511	B.1.1.7	0.000036
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	461	461	All	0.000088
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	343	389	AY.4	0.000534
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	46	389	AY.4	0.000072
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	355	387	All	0.000068
ORF8	32	V32V	gtA	gtT	30	387	All	0.000006
ORF8	32	V32V	gtA	gtC	2	387	All	0
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	326	348	B.1.617.2	0.001228
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	22	348	B.1.617.2	0.000083
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	328	328	B.1.1.7	0.000294
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	212	212	AD.2	0.04642
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	151	151	AY.34	0.014642
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	142	150	B.1	0.001301
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	8	150	B.1	0.000073
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	146	146	P.1	0.0023
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	131	131	AY.100	0.006027
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	126	127	AY.44	0.000767
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	127	AY.44	0.000006
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	112	125	All	0.000021
ORF8	32	V32del1	gtA	gt-	13	125	All	0.000002
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	125	125	AY.94	0.055334
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	121	121	AY.3	0.001204
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	115	116	AY.103	0.000714
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	116	AY.103	0.000006
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	107	107	B.1.351	0.003181
ORF8	32	V32del	GTA	---	94	94	B.1.1.7	0.000084
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	91	91	B.1.372	1
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	82	83	AY.43	0.000363
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	83	AY.43	0.000004
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	81	82	B.1.1	0.001469
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	82	B.1.1	0.000018
ORF8	32	V32del	GTA	---	78	78	AY.4	0.000121
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	66	69	AY.98	0.005214
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	3	69	AY.98	0.000237
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	63	63	B.1.1.519	0.002502
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	62	62	AY.43	0.000275
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	60	61	B.1.2	0.000528
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	61	B.1.2	0.000009
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	58	58	AY.4	0.00009
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	53	55	B.1.1.7	0.000047
ORF8	32	V32V	gtA	gtT	2	55	B.1.1.7	0.000002
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	52	52	B.1.1.7	0.000047
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	49	49	AY.43	0.000217
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	46	46	B.1.427	0.002323
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	45	45	AY.103	0.000279
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	43	43	B.1.2	0.000379
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	41	41	B.1.160	0.001279
ORF8	32	V32del	GTA	---	38	38	AY.29	0.000599
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	37	38	B.1.617.2	0.000139
ORF8	32	V32V	gtA	gtT	1	38	B.1.617.2	0.000004
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	37	37	B.1.177.21	0.002829
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	34	35	AY.120	0.001264
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	35	AY.120	0.000037
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	34	34	B.1.177	0.000448
ORF8	32	V32del	GTA	---	33	33	B.1.1.222	0.006732
ORF8	32	V32del	GTA	---	33	33	B.1.243	0.002296
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	28	31	AY.25	0.000168
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	3	31	AY.25	0.000018
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	31	31	AY.82	0.042062
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	31	31	B.1.551	0.04
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	27	28	AY.25	0.000162
ORF8	32	V32V	gtA	gtT	1	28	AY.25	0.000006
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	27	27	B.1.1.521	0.144385
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	25	26	AY.47	0.000778
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	26	AY.47	0.000031
ORF8	32	V32V	gtA	gtT	22	25	B.1.2	0.000194
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	3	25	B.1.2	0.000026
ORF8	32	V32del	GTA	---	24	24	AY.103	0.000149
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	24	24	B.1.22	0.031621
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	23	23	AY.46.6	0.001661
ORF8	32	V32del	GTA	---	22	22	B.1.1	0.000399
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	22	22	B.1.1.519	0.000874
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	22	22	B.1.1.7	0.00002
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	13	21	B.1.526	0.000306
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	8	21	B.1.526	0.000188
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	20	20	AY.4	0.000031
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	20	20	P.1.1	0.006353
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	19	19	AY.20	0.000738
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	19	19	B.1.177.58	0.0253
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	16	18	AY.4	0.000025
ORF8	32	V32A	gTA	gCT	2	18	AY.4	0.000003
ORF8	32	V32del	GTA	---	18	18	B	0.002301
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	18	18	B.1.429	0.000424
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	18	18	B.1.637	0.001315
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	17	17	B.1.1.222	0.003468
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	17	17	P.1.14	0.000813
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	16	16	AY.44	0.000097
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	16	16	B.1.577	0.010997
ORF8	32	V32del2	gTA	g--	14	15	All	0.000003
ORF8	32	V32del2	GTa	--a	1	15	All	0
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	12	14	AY.39	0.000297
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	2	14	AY.39	0.000049
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	13	14	B.1.621	0.001151
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	14	B.1.621	0.000089
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	9	13	AY.5	0.000186
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	4	13	AY.5	0.000083
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	13	13	B.1.241	0.010552
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	12	12	AY.102	0.000318
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	12	12	AY.103	0.000075
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	12	12	AY.26	0.00034
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	11	11	AY.114	0.002542
ORF8	32	V32del	GTA	---	11	11	AY.4.2	0.000239
ORF8	32	V32del	GTA	---	11	11	B.1	0.000101
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	11	11	B.1.1.1	0.003594
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	11	11	B.1.1.28	0.003424
ORF8	32	V32del2	gTA	g--	11	11	B.1.1.7	0.00001
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	11	11	B.1.524	0.015471
ORF8	32	V32L	GtA	TtG	4	10		0.222222
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	2	10		0.111111
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	10		0.111111
ORF8	32	V32L	GtA	CtG	2	10		0.111111
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	10	10	AY.3.1	0.000853
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	9	10	AY.33	0.000601
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	10	AY.33	0.000067
ORF8	32	V32del	GTA	---	10	10	AY.48	0.004651
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	10	10	AY.9.2	0.000367
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	10	10	AY.98.1	0.000484
ORF8	32	V32del	GTA	---	10	10	B.1.160	0.000312
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	10	10	B.1.384	1
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	10	10	B.1.596	0.000871
ORF8	32	V32del	GTA	---	10	10	B.1.617.2	0.000038
ORF8	32	V32M	GtA	AtG	9	9	All	0.000002
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	9	9	AY.65	0.004797
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	9	9	B.1.349	0.006433
ORF8	32	V32E	gTa	gAa	8	8	All	0.000002
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	8	8	AY.121	0.001083
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	8	8	AY.23	0.000558
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	8	8	AY.32	0.00426
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	8	AY.4.2	0.00013
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	2	8	AY.4.2	0.000043
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	8	8	AY.46	0.000833
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	8	8	B.1.1	0.000145
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	8	8	B.1.1.214	0.000444
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	8	8	B.1.1.222	0.001632
ORF8	32	V32del	GTA	---	8	8	B.1.1.284	0.000859
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	8	8	B.1.1.420	0.008048
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	7	8	B.1.243	0.000487
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	8	B.1.243	0.00007
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	6	7	AY.12	0.001896
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	7	AY.12	0.000316
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	7	7	AY.25	0.000042
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	7	AY.45	0.00073
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	7	AY.45	0.000122
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	7	7	AY.79	0.008475
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	7	7	AY.84	0.003062
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	7	7	B.1.1.205	0.026022
ORF8	32	V32del	GTA	---	7	7	B.1.1.265	0.022082
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	7	7	B.1.1.327	0.7
ORF8	32	V32del	GTA	---	7	7	B.1.2	0.000062
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	7	7	B.1.240	0.001509
ORF8	32	V32del	GTA	---	7	7	B.1.36.16	0.009972
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	7	7	B.1.609	0.003356
ORF8	32	V32del	GTA	---	7	7	P.1	0.00011
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	7	7	P.1	0.00011
ORF8	32	V32del	GTA	---	7	7	P.1.14	0.000335
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	6	6	AY.29	0.000095
ORF8	32	V32del	GTA	---	6	6	AY.29.1	0.001323
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	6	6	AY.3	0.00006
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	6	AY.42	0.000241
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	6	6	AY.44	0.000037
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	6	6	AY.47	0.000187
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	6	AY.48	0.002791
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	6	AY.85	0.002563
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	6	AY.9	0.000406
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	6	AY.90	0.004107
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	6	B.1.1.326	0.010563
ORF8	32	V32del	GTA	---	6	6	B.1.243.2	0.086957
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	6	6	B.1.617.2	0.000023
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	6	6	C.37	0.000696
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	6	6	P.1	0.000095
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	5	5	AY.117	0.000423
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	5	5	AY.25	0.00003
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5	5	AY.29	0.000079
ORF8	32	V32del	GTA	---	5	5	AY.3	0.00005
ORF8	32	V32del	GTA	---	5	5	AY.44	0.00003
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	5	5	B.1.1	0.000091
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5	5	B.1.1.284	0.000537
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	5	5	B.1.1.33	0.002104
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5	5	B.1.1.369	0.002231
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5	5	B.1.1.37	0.000964
ORF8	32	V32del1	gtA	gt-	5	5	B.1.1.389	0.030303
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5	5	B.1.1.39	0.002548
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5	5	B.1.1.486	0.007886
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5	5	B.1.258	0.000333
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	5	5	B.1.617.1	0.000645
ORF8	32	V32G	gTa	gGa	4	4	All	0.000001
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	4	4	AY.113	0.00057
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	4	4	AY.13	0.000644
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	4	4	AY.20	0.000155
ORF8	32	V32del	GTA	---	4	4	AY.34	0.000388
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	4	4	AY.35	0.000932
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	4	4	AY.4.2	0.000087
ORF8	32	V32del	GTA	---	4	4	AY.43	0.000018
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	4	4	AY.43	0.000018
ORF8	32	V32E	gTa	gAa	4	4	AY.46.6	0.000289
ORF8	32	V32del	GTA	---	4	4	AY.5	0.000083
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	4	4	AY.75	0.000224
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	4	4	B.1	0.000037
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	4	4	B.1.1.416	0.00362
ORF8	32	V32del	GTA	---	4	4	B.1.177	0.000053
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	4	4	B.1.2	0.000035
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	4	4	B.1.258.14	0.003922
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	4	4	B.1.281	0.086957
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	4	4	B.1.36	0.000584
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	4	4	B.1.438.1	0.000429
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	4	4	B.1.568	0.004444
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF8	32	V32T	GTa	ACa	2	3	All	0
ORF8	32	V32T	GTA	ACT	1	3	All	0
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.1	0.001187
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.107	0.001398
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	3	AY.117	0.000169
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	3	AY.117	0.000085
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	3	3	AY.20	0.000117
ORF8	32	V32del	GTA	---	3	3	AY.25	0.000018
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	3	3	AY.3	0.00003
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.34	0.000291
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	3	3	AY.39	0.000074
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	3	3	AY.4	0.000005
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	3	3	AY.44	0.000018
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	3	3	AY.5	0.000062
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	3	AY.5.3	0.000675
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	3	AY.5.3	0.000337
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.54	0.000286
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.57	0.001969
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.58	0.002722
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	3	AY.6	0.000082
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	3	AY.6	0.000041
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.74	0.000347
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.80	0.003386
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	AY.83	0.005172
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	3	3	AY.94	0.001328
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	3	3	B.1	0.000027
ORF8	32	V32M	GtA	AtG	3	3	B.1	0.000027
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	3	3	B.1.1	0.000054
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	B.1.1.181	0.013636
ORF8	32	V32del	GTA	---	3	3	B.1.1.214	0.000166
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	B.1.1.216	0.002671
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	B.1.1.317	0.001235
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	B.1.1.434	0.001046
ORF8	32	V32del	GTA	---	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	3	3	B.1.1.63	0.001157
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	3	3	B.1.131	0.026316
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	B.1.149	0.010274
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	3	3	B.1.177	0.00004
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	3	3	B.1.177	0.00004
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	3	3	B.1.239	0.003663
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	B.1.258.17	0.000312
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	3	3	B.1.351	0.000089
ORF8	32	V32del	GTA	---	3	3	B.1.429	0.000071
ORF8	32	V32del	GTA	---	3	3	B.1.509	0.002597
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	3	3	B.1.525	0.000339
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	3	B.1.525	0.000226
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	3	B.1.525	0.000113
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	3	3	B.1.637	0.000219
ORF8	32	V32del	GTA	---	3	3	P.1.1	0.000953
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	R.1	0.00027
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	3	3	W.1	0.026087
ORF8	32	V32del1	gtA	gt-	2	2		0.111111
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	2	2	A.2.4	0.006734
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	2	A.2.5	0.000499
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	2	A.2.5	0.000499
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	A.2.5.2	0.003145
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	A.21	0.00554
ORF8	32	V32del	GTA	---	2	2	AY.100	0.000092
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	2	2	AY.103	0.000012
ORF8	32	V32del	GTA	---	2	2	AY.114	0.000462
ORF8	32	V32del	GTA	---	2	2	AY.118	0.000125
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.118	0.000125
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	2	2	AY.119	0.000071
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	2	2	AY.14	0.000176
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	2	2	AY.16	0.000759
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	2	2	AY.20	0.000078
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	2	2	AY.23	0.000139
ORF8	32	V32del	GTA	---	2	2	AY.26	0.000057
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.27	0.000129
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.28	0.003781
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.29.1	0.000441
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	2	2	AY.3	0.00002
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	2	AY.30	0.000396
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	2	AY.30	0.000396
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	2	2	AY.33	0.000134
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	2	2	AY.33	0.000134
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.36	0.000296
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	2	AY.41	0.000294
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	2	AY.41	0.000294
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	2	2	AY.42	0.00008
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	1	2	AY.61	0.000105
ORF8	32	V32V	gtA	gtC	1	2	AY.61	0.000105
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.7.1	0.000225
ORF8	32	V32del	GTA	---	2	2	AY.84	0.000875
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.93	0.000546
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	AY.95	0.001522
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	2	2	B	0.000256
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	2	2	B.1	0.000018
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.1.170	0.002494
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	2	2	B.1.1.229	0.011494
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.1.25	0.001137
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	2	2	B.1.1.33	0.000842
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF8	32	V32del	GTA	---	2	2	B.1.126	0.002551
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.177.73	0.001133
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.234	0.000264
ORF8	32	V32del	GTA	---	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	2	B.1.311	0.000275
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	2	B.1.311	0.000275
ORF8	32	V32del	GTA	---	2	2	B.1.36	0.000292
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	2	2	B.1.36	0.000292
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.36.18	0.00084
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.36.31	0.003503
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	2	2	B.1.369	0.00057
ORF8	32	V32del	GTA	---	2	2	B.1.427	0.000101
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	2	2	B.1.429	0.000047
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	2	2	B.1.429	0.000047
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.497	0.00063
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	2	2	B.1.526	0.000047
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.575	0.000607
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.596	0.000174
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	B.1.621.1	0.001012
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	2	2	B.4	0.004415
ORF8	32	V32del	GTA	---	2	2	B.40	0.000729
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	P.1.14	0.000096
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	P.1.15	0.000465
ORF8	32	V32del	GTA	---	2	2	P.1.15	0.000465
ORF8	32	V32del	GTA	---	2	2	P.1.17	0.000324
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	P.1.17	0.000324
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	P.1.2	0.002312
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	P.3	0.00319
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	Q.3	0.00029
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	Q.4	0.00091
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	2	2	Q.8	0.00033
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	1	1	A.2	0.000662
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	A.2	0.000662
ORF8	32	V32M	GtA	AtG	1	1	A.2	0.000662
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	A.2.4	0.003367
ORF8	32	V32M	GtA	AtG	1	1	A.2.4	0.003367
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	A.2.4	0.003367
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	A.2.5	0.000499
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	A.23	0.010526
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	AE.4	0.043478
ORF8	32	V32K	GTa	AAa	1	1	All	0
ORF8	32	V32del1	gtA	gt-	1	1	AU.3	0.00211
ORF8	32	V32G	gTa	gGa	1	1	AY.10	0.00053
ORF8	32	V32V	gtA	gtT	1	1	AY.100	0.000046
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	AY.100	0.000046
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.101	0.00049
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	AY.102	0.000027
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	AY.102	0.000027
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	1	1	AY.103	0.000006
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	1	1	AY.106	0.000335
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	1	1	AY.111	0.000183
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	AY.117	0.000085
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.119	0.000035
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	AY.121	0.000135
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.14	0.000088
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	1	1	AY.20	0.000039
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	1	1	AY.23	0.00007
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	AY.26	0.000028
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	AY.26	0.000028
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	AY.29	0.000016
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	1	1	AY.3	0.00001
ORF8	32	V32del2	gTA	g--	1	1	AY.34	0.000097
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF8	32	V32V	gtA	gtT	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	1	1	AY.43	0.000004
ORF8	32	V32E	gTa	gAa	1	1	AY.44	0.000006
ORF8	32	V32del2	gTA	g--	1	1	AY.44	0.000006
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	1	1	AY.45	0.000122
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	AY.47	0.000031
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	1	1	AY.5	0.000021
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.52	0.000814
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.53	0.000288
ORF8	32	V32del1	gtA	gt-	1	1	AY.54	0.000095
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.55	0.000917
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	1	1	AY.6	0.000041
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.60	0.000938
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.61	0.000105
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	AY.67	0.000464
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	1	1	AY.68	0.000274
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.68	0.000274
ORF8	32	V32E	gTa	gAa	1	1	AY.69	0.000187
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.7	0.000196
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.70	0.000209
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.72	0.001361
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	AY.74	0.000116
ORF8	32	V32V	gtA	gtT	1	1	AY.75	0.000056
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	AY.77	0.001127
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.88	0.000884
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	AY.91	0.00073
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.91	0.00073
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	AY.98	0.000079
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	AY.99.1	0.001553
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	AZ.2	0.000821
ORF8	32	V32del2	gTA	g--	1	1	B.1	0.000009
ORF8	32	V32T	GTA	ACT	1	1	B.1	0.000009
ORF8	32	V32M	GtA	AtG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF8	32	V32T	GTa	ACa	1	1	B.1.1	0.000018
ORF8	32	V32K	GTa	AAa	1	1	B.1.1	0.000018
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.133	0.008475
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.164	0.005155
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	1	1	B.1.1.169	0.018182
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	B.1.1.174	0.003378
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	1	1	B.1.1.174	0.003378
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	1	1	B.1.1.218	0.007692
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.282	0.011628
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.303	0.002762
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.305	0.003861
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.351	0.002793
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	B.1.1.354	0.004386
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.354	0.004386
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	B.1.1.388	0.045455
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF8	32	V32del1	gtA	gt-	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.507	0.008696
ORF8	32	V32del2	GTa	--a	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.54	0.003021
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.61	0.008772
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF8	32	V32G	gTa	gGa	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF8	32	V32M	GtA	AtG	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	B.1.147	0.000756
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.170	0.00431
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	1	1	B.1.177	0.000013
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	B.1.177.52	0.001757
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	B.1.177.63	0.002703
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.177.67	0.007634
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	1	1	B.1.177.79	0.002342
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.177.82	0.000477
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	1	1	B.1.177.85	0.005435
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	B.1.195	0.005025
ORF8	32	V32M	GtA	AtG	1	1	B.1.2	0.000009
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	B.1.2	0.000009
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	B.1.206	0.000816
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	B.1.210	0.002132
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	B.1.210	0.002132
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.214.2	0.0006
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	B.1.221	0.000071
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	B.1.221	0.000071
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.221.1	0.002907
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.236	0.002053
ORF8	32	V32del1	gtA	gt-	1	1	B.1.243	0.00007
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	B.1.243	0.00007
ORF8	32	V32V	gtA	gtT	1	1	B.1.258	0.000067
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	B.1.258.12	0.007874
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	1	B.1.305	0.002151
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	B.1.311	0.000275
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	1	B.1.329	0.000608
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.348	0.018182
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.350	0.002933
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	B.1.351	0.00003
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	B.1.351	0.00003
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	B.1.36.10	0.004785
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF8	32	V32T	GTa	ACa	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.369	0.000285
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	1	1	B.1.375	0.00082
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	B.1.378	0.006849
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	1	B.1.429.1	0.012048
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	B.1.468	0.005714
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.470	0.001404
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.503	0.002488
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	1	1	B.1.508	0.025641
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.509	0.000866
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	B.1.517	0.000427
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	1	1	B.1.525	0.000113
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	B.1.526	0.000024
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.537	0.02
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	1	1	B.1.551	0.00129
ORF8	32	V32del1	gtA	gt-	1	1	B.1.564	0.000426
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	B.1.565	0.00081
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.567	0.003333
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.568	0.001111
ORF8	32	V32M	GtA	AtG	1	1	B.1.581	0.009434
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.595.4	0.007299
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	1	1	B.1.596	0.000087
ORF8	32	V32del1	gtA	gt-	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF8	32	V32E	gTa	gAa	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	B.1.617.3	0.002985
ORF8	32	V32I	Gta	Ata	1	1	B.1.620	0.000946
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	1	B.1.623	0.000536
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.625	0.002353
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.1.627	0.00202
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	B.1.88.1	0.004808
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	1	B.1.93	0.000934
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.4	0.002208
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	B.40	0.000364
ORF8	32	V32G	gTa	gGa	1	1	B.6	0.00091
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	C.26	0.007353
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	1	C.35	0.000774
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	C.37	0.000116
ORF8	32	V32E	gTa	gAa	1	1	D.2	0.000075
ORF8	32	V32L	Gta	Cta	1	1	D.2	0.000075
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	D.2	0.000075
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	D.3	0.005917
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	N.3	0.005814
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	N.6	0.007092
ORF8	32	V32G	gTa	gGa	1	1	P.1	0.000016
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	P.1.10	0.000269
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	P.1.12	0.000484
ORF8	32	V32del1	Gta	-ta	1	1	P.1.12	0.000484
ORF8	32	V32del	GTA	---	1	1	P.1.12	0.000484
ORF8	32	V32V	gtA	gtG	1	1	P.1.16	0.000374
ORF8	32	V32A	gTa	gCa	1	1	P.1.17	0.000162
ORF8	32	V32V	gtA	gtC	1	1	P.1.7	0.000319
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	P.2	0.000187
ORF8	32	V32L	Gta	Tta	1	1	Q.1	0.000126

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.