CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : CodonNum = 24

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF824S24LnonsyntCatTa1416521416020.99964727963-27965
ORF824S24LnonsyntCAtTG141652380.00026826327963-27965
ORF824S24LnonsynTCaCTa141652120.000084714727963-27965
ORF824S24deldelTCA---526526127963-27965
ORF824S24SsyntcAtcG1921020.5312527963-27965
ORF824S24SsyntcAtcT192680.35416727963-27965
ORF824S24SsyntcAtcC192220.11458327963-27965
ORF824S24PnonsynTcaCca169169127963-27965
ORF824S24AnonsynTcaGca19160.84210527963-27965
ORF824S24AnonsynTcAGcG1920.10526327963-27965
ORF824S24AnonsynTcAGcC1910.052631627963-27965
ORF824S24FnonsyntCAtTT44127963-27965
ORF824S24XnonsyntCatAa44127963-27965
ORF824S24EnonsynTCaGAa420.527963-27965
ORF824S24EnonsynTCAGAG420.527963-27965
ORF824S24TnonsynTcaAca33127963-27965
ORF824S24CnonsyntCAtGT33127963-27965
ORF824S24RnonsynTCaCGa210.527963-27965
ORF824S24RnonsynTCaAGa210.527963-27965
ORF824S24YnonsyntCAtAT11127963-27965
ORF824S24KnonsynTCaAAa11127963-27965
ORF824S24del2delTCa--a11127963-27965

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF824S24LtCatTa141602141652All0.027083
ORF824S24LtCAtTG38141652All0.000007
ORF824S24LTCaCTa12141652All0.000002
ORF824S24LtCatTa109728109767B.1.20.966196
ORF824S24LtCAtTG37109767B.1.20.000326
ORF824S24LTCaCTa2109767B.1.20.000018
ORF824S24LtCatTa99529952B.1.5960.867201
ORF824S24LtCatTa79677974B.10.072974
ORF824S24LTCaCTa77974B.10.000064
ORF824S24LtCatTa36293629B.1.5950.947025
ORF824S24LtCatTa14211421B.1.5770.976632
ORF824S24LtCatTa10801080B.1.5880.982712
ORF824S24LtCatTa10541054B.1.160.160.979554
ORF824S24LtCatTa942942B.1.4260.950555
ORF824S24LtCatTa761761B.1.2650.966963
ORF824S24delTCA---526526All0.000101
ORF824S24LtCatTa519519B.1.5870.98482
ORF824S24LtCatTa361361B.1.3360.880488
ORF824S24LtCatTa300300B.1.4250.898204
ORF824S24LtCatTa288288B.1.5670.96
ORF824S24LtCatTa237237B.1.10.004299
ORF824S24LtCatTa202202B.1.5900.918182
ORF824S24StcAtcG102192All0.00002
ORF824S24StcAtcT68192All0.000013
ORF824S24StcAtcC22192All0.000004
ORF824S24LtCatTa188188B.1.5210.935323
ORF824S24PTcaCca169169All0.000032
ORF824S24LtCatTa167167B.1.3010.988166
ORF824S24LtCatTa148148B.1.595.10.865497
ORF824S24LtCatTa146146B.1.1600.004553
ORF824S24LtCatTa137137B.1.595.41
ORF824S24LtCatTa129129B.1.5890.977273
ORF824S24LtCatTa120120B.1.3700.96
ORF824S24LtCatTa117117B.1.4240.943548
ORF824S24LtCatTa114114AB.10.934426
ORF824S24LtCatTa9898B.1.4231
ORF824S24LtCatTa9393B.1.5910.989362
ORF824S24LtCatTa8888B.1.4351
ORF824S24LtCatTa8787B.1.5930.945652
ORF824S24delTCA---8686B.1.1.70.000077
ORF824S24LtCatTa7878B.1.4500.886364
ORF824S24LtCatTa7373B.4.50.869048
ORF824S24LtCatTa7070B.1.2430.004871
ORF824S24delTCA---6868AY.40.000106
ORF824S24LtCatTa6363B.1.2840.828947
ORF824S24LtCatTa5353B.1.177.730.030011
ORF824S24LtCatTa4444B.1.2340.005806
ORF824S24LtCatTa4142B.1.1.70.000037
ORF824S24LtCAtTG142B.1.1.70.000001
ORF824S24LtCatTa4141B.1.4290.000965
ORF824S24LtCatTa4141B.1.5660.788462
ORF824S24LtCatTa4040B.1.177.120.006068
ORF824S24delTCA---3939AY.290.000615
ORF824S24LtCatTa3838B.1.595.31
ORF824S24LtCatTa3636B.1.438.10.003861
ORF824S24delTCA---3434B.1.2430.002366
ORF824S24LtCatTa3434B.1.5260.000799
ORF824S24delTCA---3333B.1.1.2220.006732
ORF824S24LtCatTa3333B.1.5800.134146
ORF824S24PTcaCca3232B.1.6210.002833
ORF824S24LtCatTa3030B.1.2210.002131
ORF824S24LtCatTa3030B.1.5940.9375
ORF824S24LtCatTa2626B.1.588.11
ORF824S24LtCatTa2525B.1.5921
ORF824S24PTcaCca2424B.1.1.70.000021
ORF824S24delTCA---2222B.1.10.000399
ORF824S24LtCatTa2222B.1.1.3350.285714
ORF824S24LtCatTa2222B.1.177.440.011417
ORF824S24LtCatTa2222B.1.3690.006275
ORF824S24LtCatTa2222B.1.5760.019946
ORF824S24LtCatTa2121B0.002684
ORF824S24delTCA---2121B.10.000192
ORF824S24LtCatTa2121B.1.1.2220.004284
ORF824S24StcAtcT2020AE.40.869565
ORF824S24LtCatTa2020B.1.3960.014114
ORF824S24ATcaGca1619All0.000003
ORF824S24ATcAGcG219All0
ORF824S24ATcAGcC119All0
ORF824S24LtCatTa1919AY.440.000116
ORF824S24delTCA---1818B0.002301
ORF824S24LtCatTa1818B.1.595.20.72
ORF824S24LtCatTa1717B.1.3110.004668
ORF824S24LtCatTa1717B.1.3610.021907
ORF824S24LtCatTa1515AY.30.000149
ORF824S24PTcaCca1515B.1.10.000272
ORF824S24LtCatTa1415B.1.2060.011419
ORF824S24LTCaCTa115B.1.2060.000816
ORF824S24delTCA---1414AY.480.006512
ORF824S24LtCatTa1414B.1.1.5190.000556
ORF824S24LtCatTa1414B.1.3670.011094
ORF824S24PTcaCca1313AY.250.000078
ORF824S24PTcaCca1313B.1.2060.010604
ORF824S24LtCatTa1313B.1.4270.000656
ORF824S24LtCatTa1212B.1.1770.000158
ORF824S24StcAtcT712B.1.2580.000466
ORF824S24StcAtcC512B.1.2580.000333
ORF824S24StcAtcG1212B.1.258.160.01964
ORF824S24LtCatTa1212B.1.5640.005111
ORF824S24LtCatTa1212B.1.617.20.000045
ORF824S24StcAtcG1111B.1.10.0002
ORF824S24LtCatTa1111B.1.5820.005397
ORF824S24LtCatTa1010AY.40.000016
ORF824S24StcAtcG1010AY.4.20.000217
ORF824S24StcAtcG710B.1.1.70.000006
ORF824S24StcAtcC210B.1.1.70.000002
ORF824S24StcAtcT110B.1.1.70.000001
ORF824S24LtCatTa1010B.1.3750.008197
ORF824S24LtCatTa1010B.1.621.10.005058
ORF824S24StcAtcT49AY.440.000024
ORF824S24StcAtcG39AY.440.000018
ORF824S24StcAtcC29AY.440.000012
ORF824S24PTcaCca99B.10.000082
ORF824S24LtCatTa99B.1.1.2650.028391
ORF824S24delTCA---99B.1.1600.000281
ORF824S24PTcaCca99B.1.177.860.001651
ORF824S24PTcaCca99B.1.617.20.000034
ORF824S24StcAtcG68AY.30.00006
ORF824S24StcAtcT28AY.30.00002
ORF824S24StcAtcG68AY.40.000009
ORF824S24StcAtcT28AY.40.000003
ORF824S24LtCatTa88B.1.1.5070.069565
ORF824S24LtCatTa88B.1.1260.010204
ORF824S24delTCA---88B.1.1770.000105
ORF824S24delTCA---88B.1.20.00007
ORF824S24LtCatTa88B.1.3620.012327
ORF824S24LtCatTa88B.1.5170.003416
ORF824S24LtCatTa77AY.1030.000043
ORF824S24delTCA---77AY.30.00007
ORF824S24delTCA---77AY.440.000043
ORF824S24delTCA---77B.1.1.2650.022082
ORF824S24LtCatTa77B.1.3490.005004
ORF824S24delTCA---77B.1.36.160.009972
ORF824S24delTCA---77B.1.617.20.000026
ORF824S24delTCA---77P.10.00011
ORF824S24delTCA---77P.1.140.000335
ORF824S24delTCA---66AY.29.10.001323
ORF824S24delTCA---66AY.3.10.000512
ORF824S24LtCatTa66B.1.160.140.012712
ORF824S24LtCatTa66B.1.2400.001293
ORF824S24delTCA---66B.1.243.20.086957
ORF824S24ATcaGca350.166667
ORF824S24ATcAGcG250.111111
ORF824S24StcAtcG35AY.1030.000019
ORF824S24StcAtcT25AY.1030.000012
ORF824S24StcAtcC45AY.250.000024
ORF824S24StcAtcG15AY.250.000006
ORF824S24StcAtcG35B.10.000027
ORF824S24StcAtcT15B.10.000009
ORF824S24StcAtcC15B.10.000009
ORF824S24LtCatTa55B.1.1.280.001556
ORF824S24PTcaCca55B.1.1600.000156
ORF824S24StcAtcT55B.1.2370.024876
ORF824S24LtCatTa55B.1.2640.061728
ORF824S24LtCatTa55B.1.3020.066667
ORF824S24LtCatTa55B.1.6120.013263
ORF824S24LtCatTa55P.10.000079
ORF824S24FtCAtTT440.222222
ORF824S24ETCaGAa240.111111
ORF824S24ETCAGAG240.111111
ORF824S24StcAtcG44A.2.5.30.041237
ORF824S24FtCAtTT44All0.000001
ORF824S24XtCatAa44All0.000001
ORF824S24ETCAGAG24All0
ORF824S24ETCaGAa24All0
ORF824S24PTcaCca44AY.1210.000541
ORF824S24LtCatTa44AY.330.000267
ORF824S24delTCA---44AY.340.000388
ORF824S24PTcaCca44AY.50.000083
ORF824S24StcAtcG44AY.750.000224
ORF824S24StcAtcG44B.1.1.3170.001647
ORF824S24delTCA---44B.1.1.5190.000159
ORF824S24LtCatTa44B.1.1390.002933
ORF824S24StcAtcG44B.1.177.730.002265
ORF824S24LtCatTa44B.1.3240.006421
ORF824S24LtCatTa44B.1.3300.114286
ORF824S24LtCatTa44B.1.4460.08
ORF824S24delTCA---44B.1.5260.000094
ORF824S24LtCatTa44B.1.6060.024096
ORF824S24StcAtcG34B.1.617.20.000011
ORF824S24StcAtcT14B.1.617.20.000004
ORF824S24LtCatTa44B.1.6210.000354
ORF824S24LtCatTa44B.1.780.034188
ORF824S24LtCatTa44P.1.170.000647
ORF824S24PTcaCca44Q.10.000505
ORF824S24TTcaAca33All0.000001
ORF824S24CtCAtGT33All0.000001
ORF824S24LtCatTa33AY.250.000018
ORF824S24PTcaCca33AY.40.000005
ORF824S24delTCA---33AY.4.20.000065
ORF824S24delTCA---33AY.430.000013
ORF824S24LtCatTa33AY.430.000013
ORF824S24StcAtcC23AY.60.000082
ORF824S24StcAtcG13AY.60.000041
ORF824S24delTCA---33AY.98.10.000145
ORF824S24LtCatTa33B.1.1.5260.010638
ORF824S24PTcaCca33B.1.1770.00004
ORF824S24LtCatTa33B.1.177.520.005272
ORF824S24LtCatTa33B.1.2100.006397
ORF824S24LtCatTa33B.1.2140.010989
ORF824S24LtCatTa33B.1.2580.0002
ORF824S24LtCatTa33B.1.2600.010033
ORF824S24LtCatTa33B.1.2980.006342
ORF824S24LtCatTa33B.1.3380.025862
ORF824S24LtCatTa33B.1.3540.130435
ORF824S24LtCatTa33B.1.4000.001287
ORF824S24LtCatTa33B.1.4130.012766
ORF824S24delTCA---33B.1.4290.000071
ORF824S24delTCA---33B.1.5090.002597
ORF824S24LtCatTa33B.1.5500.041096
ORF824S24LtCatTa33B.1.88.10.014423
ORF824S24LtCatTa33B.1.9.50.017045
ORF824S24delTCA---33P.1.10.000953
ORF824S24LtCatTa33P.1.120.001452
ORF824S24LtCatTa33R.10.00027
ORF824S24CtCAtGT220.111111
ORF824S24delTCA---220.111111
ORF824S24LtCatTa22A.10.000564
ORF824S24delTCA---22A.2.20.003378
ORF824S24PTcaCca22A.2.40.006734
ORF824S24LTCaCTa12A.2.40.003367
ORF824S24LtCatTa12A.2.40.003367
ORF824S24LtCatTa22A.210.00554
ORF824S24LtCatTa22A.30.004193
ORF824S24RTCaAGa12All0
ORF824S24RTCaCGa12All0
ORF824S24delTCA---22AY.1140.000462
ORF824S24delTCA---22AY.1180.000125
ORF824S24delTCA---22AY.250.000012
ORF824S24delTCA---22AY.260.000057
ORF824S24StcAtcT22AY.290.000032
ORF824S24delTCA---22AY.370.000632
ORF824S24LtCatTa22AY.420.00008
ORF824S24delTCA---22AY.470.000062
ORF824S24delTCA---22AY.840.000875
ORF824S24LtCatTa22B.1.1.1610.007067
ORF824S24LtCatTa22B.1.1.2100.011429
ORF824S24delTCA---22B.1.1.2140.000111
ORF824S24LtCatTa22B.1.1.2200.003717
ORF824S24LtCatTa22B.1.1.2510.015873
ORF824S24LtCatTa22B.1.1.390.001019
ORF824S24LtCatTa22B.1.1.4160.00181
ORF824S24LtCatTa22B.1.1.500.001358
ORF824S24ATcaGca22B.1.1.70.000002
ORF824S24delTCA---22B.1.1.700.000682
ORF824S24LtCatTa22B.1.1040.00738
ORF824S24LtCatTa22B.1.1100.00905
ORF824S24LtCatTa22B.1.1110.00235
ORF824S24delTCA---22B.1.1260.002551
ORF824S24LtCatTa22B.1.1570.00597
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ORF824S24StcAtcG22B.1.177.210.000153
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

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