CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : CodonNum = 17

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF817H17HsyncaCcaT114060114060127942-27944
ORF817H17YnonsynCacTac756675250.99458127942-27944
ORF817H17YnonsynCaCTaT7566410.0054189827942-27944
ORF817H17deldelCAC---19661966127942-27944
ORF817H17QnonsyncaCcaA1871580.8449227942-27944
ORF817H17QnonsyncaCcaG187290.1550827942-27944
ORF817H17RnonsyncAccGc1051000.95238127942-27944
ORF817H17RnonsyncACcGG10540.038095227942-27944
ORF817H17RnonsyncACcGT10510.0095238127942-27944
ORF817H17del1delCac-ac80640.827942-27944
ORF817H17del1delCaC-aT80120.1527942-27944
ORF817H17del1delcaCca-8030.037527942-27944
ORF817H17del1delCAC-NN8010.012527942-27944
ORF817H17DnonsynCacGac4040127942-27944
ORF817H17LnonsyncAccTc38340.89473727942-27944
ORF817H17LnonsyncACcTT3840.10526327942-27944
ORF817H17NnonsynCacAac37360.97297327942-27944
ORF817H17NnonsynCaCAaT3710.02702727942-27944
ORF817H17FnonsynCAcTTc840.527942-27944
ORF817H17FnonsynCACTTT840.527942-27944
ORF817H17SnonsynCAcTCc630.527942-27944
ORF817H17SnonsynCAcAGc620.33333327942-27944
ORF817H17SnonsynCACTCT610.16666727942-27944
ORF817H17PnonsyncAccCc540.827942-27944
ORF817H17PnonsyncACcCT510.227942-27944
ORF817H17GnonsynCAcGGc22127942-27944
ORF817H17VnonsynCAcGTc22127942-27944
ORF817H17CnonsynCAcTGc22127942-27944
ORF817H17InonsynCAcATc22127942-27944
ORF817H17XnonsynCaCTaG11127942-27944

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF817H17HcaCcaT114060114060All0.021815
ORF817H17HcaCcaT4738447384B.1.1770.623933
ORF817H17HcaCcaT1298212982B.1.177.210.992735
ORF817H17YCacTac75257566All0.001439
ORF817H17YCaCTaT417566All0.000008
ORF817H17HcaCcaT59315931B.1.177.70.977745
ORF817H17HcaCcaT54045404B.1.177.860.991378
ORF817H17HcaCcaT52355235B.1.177.810.991102
ORF817H17HcaCcaT46534653B.1.177.40.98206
ORF817H17YCacTac46004600B.1.20.040505
ORF817H17HcaCcaT45774577B.1.177.600.999782
ORF817H17HcaCcaT35033503B.1.177.570.984265
ORF817H17delCAC---19661966All0.000376
ORF817H17HcaCcaT16341634B.1.177.540.990904
ORF817H17HcaCcaT14891489B.1.177.650.990685
ORF817H17HcaCcaT14821482B.1.177.560.989319
ORF817H17HcaCcaT13661366B.1.177.770.992012
ORF817H17HcaCcaT13211321B.1.177.80.99398
ORF817H17delCAC---13081308B.1.6230.701717
ORF817H17HcaCcaT10071007B.1.1.70.000901
ORF817H17HcaCcaT983983B.1.177.60.959961
ORF817H17HcaCcaT820820B.1.177.620.977354
ORF817H17YCacTac801801B.1.1600.024981
ORF817H17HcaCcaT792792B.1.177.50.983851
ORF817H17HcaCcaT770770B.1.177.240.997409
ORF817H17HcaCcaT736736W.40.994595
ORF817H17HcaCcaT734734B.1.177.580.977364
ORF817H17HcaCcaT708708B.10.006485
ORF817H17YCacTac670670B.1.1.70.0006
ORF817H17HcaCcaT555555B.1.177.520.975395
ORF817H17HcaCcaT522522B.1.177.800.998088
ORF817H17HcaCcaT507507AY.40.000789
ORF817H17HcaCcaT460460AY.440.0028
ORF817H17HcaCcaT427427B.1.177.791
ORF817H17HcaCcaT424424B.1.177.550.988345
ORF817H17HcaCcaT404404B.1.177.530.966507
ORF817H17HcaCcaT399399B.1.177.760.995012
ORF817H17HcaCcaT364364B.1.177.630.983784
ORF817H17HcaCcaT345345Z.10.99711
ORF817H17HcaCcaT317317B.1.177.480.990625
ORF817H17HcaCcaT308308B.1.20.002712
ORF817H17HcaCcaT258258U.30.996139
ORF817H17HcaCcaT243243P.10.003828
ORF817H17HcaCcaT219219B.1.177.511
ORF817H17HcaCcaT217217B.1.177.20.986364
ORF817H17HcaCcaT209209B.1.177.500.981221
ORF817H17HcaCcaT207207W.21
ORF817H17HcaCcaT188188W.30.989474
ORF817H17QcaCcaA158187All0.00003
ORF817H17QcaCcaG29187All0.000006
ORF817H17HcaCcaT186186B.1.617.20.0007
ORF817H17HcaCcaT184184B.1.177.851
ORF817H17HcaCcaT142142AY.250.000854
ORF817H17HcaCcaT142142B.1.177.260.993007
ORF817H17YCacTac137137B.1.160.90.985612
ORF817H17HcaCcaT131131B.1.177.671
ORF817H17HcaCcaT127127B.1.177.30.969466
ORF817H17HcaCcaT115115W.11
ORF817H17HcaCcaT113113U.20.991228
ORF817H17HcaCcaT106106B.1.10.001923
ORF817H17RcAccGc100105All0.000019
ORF817H17RcACcGG4105All0.000001
ORF817H17RcACcGT1105All0
ORF817H17HcaCcaT105105B.1.177.270.990566
ORF817H17HcaCcaT9999AY.4.20.002147
ORF817H17delCAC---9999B.1.1.70.000089
ORF817H17HcaCcaT9494C.370.01091
ORF817H17YCacTac8989AY.40.000139
ORF817H17HcaCcaT8888B.1.5250.009958
ORF817H17YCacTac8687B.10.000788
ORF817H17YCaCTaT187B.10.000009
ORF817H17HcaCcaT8686AY.1030.000534
ORF817H17HcaCcaT8484AY.30.000835
ORF817H17del1Cac-ac6480All0.000012
ORF817H17del1CaC-aT1280All0.000002
ORF817H17del1caCca-380All0.000001
ORF817H17del1CAC-NN180All0
ORF817H17HcaCcaT7878U.11
ORF817H17HcaCcaT7878Y.11
ORF817H17YCacTac7777AY.1030.000478
ORF817H17YCacTac7474B.1.5960.006448
ORF817H17HcaCcaT7272AY.430.000319
ORF817H17delCAC---7171AY.40.000111
ORF817H17HcaCcaT7171B.1.177.470.922078
ORF817H17YCacTac6868AY.440.000414
ORF817H17HcaCcaT6767AY.260.001897
ORF817H17HcaCcaT6767B.1.177.251
ORF817H17HcaCcaT6666B.1.177.681
ORF817H17HcaCcaT6464B.1.177.740.969697
ORF817H17YCacTac6464B.1.617.20.000241
ORF817H17HcaCcaT6262B.1.177.591
ORF817H17HcaCcaT6060AY.540.005721
ORF817H17YCacTac5858AY.90.003921
ORF817H17HcaCcaT5353B.1.2580.003527
ORF817H17delCAC---4747B.1.2430.00327
ORF817H17YCacTac4646AY.250.000277
ORF817H17RcAccGc4646B.1.1.70.000041
ORF817H17HcaCcaT4444V.11
ORF817H17HcaCcaT4343B.1.1.1410.086519
ORF817H17DCacGac4040All0.000008
ORF817H17HcaCcaT4040AY.1020.001061
ORF817H17YCacTac4040AY.50.000826
ORF817H17delCAC---3939AY.290.000615
ORF817H17HcaCcaT3939B.1.1.2140.002163
ORF817H17LcAccTc3438All0.000007
ORF817H17LcACcTT438All0.000001
ORF817H17HcaCcaT3838AY.1000.001748
ORF817H17QcaCcaA3738B.1.1.70.000033
ORF817H17QcaCcaG138B.1.1.70.000001
ORF817H17NCacAac3637All0.000007
ORF817H17NCaCAaT137All0
ORF817H17YCaCTaT3236B.1.1770.000421
ORF817H17YCacTac436B.1.1770.000053
ORF817H17QcaCcaA1935AY.430.000084
ORF817H17QcaCcaG1635AY.430.000071
ORF817H17del1Cac-ac3535AY.630.01354
ORF817H17QcaCcaA3535P.1.140.001673
ORF817H17HcaCcaT3434B.1.4290.0008
ORF817H17HcaCcaT3333AY.1180.002067
ORF817H17delCAC---3333B.1.1.2220.006732
ORF817H17HcaCcaT3131V.21
ORF817H17HcaCcaT2929B.1.1600.000904
ORF817H17YCacTac2929P.1.31
ORF817H17HcaCcaT2828AY.420.001126
ORF817H17HcaCcaT2828B.1.5260.000658
ORF817H17HcaCcaT2727B.1.177.491
ORF817H17YCacTac2626AY.430.000115
ORF817H17HcaCcaT2626AY.750.001457
ORF817H17YCacTac2626B.1.258.170.002703
ORF817H17YCacTac2225AY.1020.000583
ORF817H17YCaCTaT325AY.1020.00008
ORF817H17delCAC---2525B.10.000229
ORF817H17delCAC---2525B.1.10.000454
ORF817H17YCacTac2525B.1.3510.000743
ORF817H17HcaCcaT2424B.1.1.2220.004896
ORF817H17YCacTac2424B.1.1.3330.025834
ORF817H17HcaCcaT2424B.1.177.661
ORF817H17HcaCcaT2424P.1.140.001147
ORF817H17YCacTac2323B.1.10.000417
ORF817H17HcaCcaT2222AY.60.000905
ORF817H17HcaCcaT2222B.1.177.610.956522
ORF817H17YCacTac1919AY.290.0003
ORF817H17YCacTac1919C.370.002205
ORF817H17YCacTac1818AY.260.00051
ORF817H17HcaCcaT1818AY.290.000284
ORF817H17HcaCcaT1818AY.50.000372
ORF817H17QcaCcaA1818AY.850.007689
ORF817H17delCAC---1818B0.002301
ORF817H17HcaCcaT1717AY.120.10.005457
ORF817H17YCacTac1717B.1.4290.0004
ORF817H17YCacTac1616AY.30.000159
ORF817H17HcaCcaT1616B0.002045
ORF817H17HcaCcaT1616B.1.1.3770.022099
ORF817H17HcaCcaT1616B.1.1.5190.000635
ORF817H17HcaCcaT1616B.1.177.90.021305
ORF817H17YCacTac1616B.1.2430.001113
ORF817H17YCacTac1616P.10.000252
ORF817H17HcaCcaT1515B.1.3510.000446
ORF817H17HcaCcaT1515B.1.360.002189
ORF817H17HcaCcaT1515B.1.36.180.006303
ORF817H17HcaCcaT1414AY.200.000544
ORF817H17RcAccGc1414AY.40.000022
ORF817H17delCAC---1414AY.480.006512
ORF817H17YCacTac1414AY.590.007415
ORF817H17YCacTac1414Q.80.002309
ORF817H17YCacTac1313AY.1190.000459
ORF817H17HcaCcaT1313AY.9.20.000477
ORF817H17delCAC---1313AZ.50.045614
ORF817H17YCacTac1212AY.270.000777
ORF817H17HcaCcaT1212AY.390.000297
ORF817H17HcaCcaT1212AY.39.10.000475
ORF817H17LcAccTc1212AY.4.20.00026
ORF817H17del1CaC-aT1212B.1.1770.000158
ORF817H17HcaCcaT1212B.1.177.310.137931
ORF817H17HcaCcaT1212B.1.5960.001046
ORF817H17YCacTac1212Q.10.001516
ORF817H17HcaCcaT1111AY.1190.000388
ORF817H17delCAC---1111AY.460.001145
ORF817H17HcaCcaT1111AY.46.60.000794
ORF817H17YCacTac1111AY.9.20.000404
ORF817H17HcaCcaT1111B.1.177.350.007602
ORF817H17HcaCcaT1111B.1.177.641
ORF817H17delCAC---1111B.1.20.000097
ORF817H17HcaCcaT1111B.1.2430.000765
ORF817H17HcaCcaT1010AY.1130.001424
ORF817H17YCacTac1010AY.230.000697
ORF817H17HcaCcaT1010AY.46.40.001645
ORF817H17HcaCcaT1010AY.610.001048
ORF817H17RcAccGc610B.10.000055
ORF817H17RcACcGG410B.10.000037
ORF817H17delCAC---1010B.1.1770.000132
ORF817H17HcaCcaT1010B.1.3610.012887
ORF817H17HcaCcaT1010Q.80.001649
ORF817H17delCAC---99AD.10.037037
ORF817H17delCAC---99AY.29.10.001985
ORF817H17YCacTac99AY.330.000601
ORF817H17HcaCcaT99AY.34.10.004589
ORF817H17HcaCcaT99AY.470.00028
ORF817H17HcaCcaT99AY.9.10.000754
ORF817H17HcaCcaT99B.1.1.3440.096774
ORF817H17delCAC---99B.1.1600.000281
ORF817H17HcaCcaT99B.1.2210.000639
ORF817H17HcaCcaT99B.1.2800.064286
ORF817H17FCACTTT48All0.000001
ORF817H17FCAcTTc48All0.000001
ORF817H17del1Cac-ac88AY.1100.000902
ORF817H17HcaCcaT88AY.3.10.000682
ORF817H17HcaCcaT88AY.4.50.00086
ORF817H17YCacTac88AY.610.000838
ORF817H17YCacTac88B.1.1.2940.010127
ORF817H17delCAC---88B.1.1.3180.002414
ORF817H17HcaCcaT88B.1.177.440.004152
ORF817H17QcaCcaA88B.1.5260.000188
ORF817H17YCacTac88P.1.140.000382
ORF817H17YCacTac88P.20.001493
ORF817H17YCacTac77AY.1000.000322
ORF817H17HcaCcaT77AY.1170.000592
ORF817H17HcaCcaT77AY.1200.00026
ORF817H17del1Cac-ac77AY.40.000011
ORF817H17delCAC---77AY.430.000031
ORF817H17delCAC---77AY.440.000043
ORF817H17HcaCcaT77AY.700.00146
ORF817H17YCacTac77AY.98.10.000339
ORF817H17NCacAac67B.10.000055
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ORF817H17NCacAac11P.20.000187
ORF817H17delCAC---11Q.20.000613
ORF817H17YCacTac11Q.30.000145
ORF817H17RcAccGc11Q.80.000165
ORF817H17YCacTac11R.10.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.