CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : CodonNum = 121 & Codon = atT

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF8	121	I121I		syn	atC	atT	3998	3238	0.809905	28254-28256

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF8	121	I121I	atC	atT	3238	3998	All	0.000619
ORF8	121	I121I	atC	atT	1117	1117	B.1.177.4	0.235753
ORF8	121	I121I	atC	atT	301	310	B.1.1.7	0.000269
ORF8	121	I121I	atC	atT	227	238	AY.4	0.000353
ORF8	121	I121I	atC	atT	95	161	B.1.1	0.001723
ORF8	121	I121I	atC	atT	38	140	B.1	0.000348
ORF8	121	I121I	atC	atT	96	107	B.1.2	0.000845
ORF8	121	I121I	atC	atT	89	93	P.1	0.001402
ORF8	121	I121I	atC	atT	81	86	B.1.617.2	0.000305
ORF8	121	I121I	atC	atT	84	85	AY.44	0.000511
ORF8	121	I121I	atC	atT	81	81	B.1.265	0.102922
ORF8	121	I121I	atC	atT	61	61	AY.25	0.000367
ORF8	121	I121I	atC	atT	55	55	AY.9.2	0.00202
ORF8	121	I121I	atC	atT	25	51	B.1.258	0.001664
ORF8	121	I121I	atC	atT	50	50	B.1.1.290	0.909091
ORF8	121	I121I	atC	atT	43	43	P.3	0.068581
ORF8	121	I121I	atC	atT	31	36	AY.26	0.000878
ORF8	121	I121I	atC	atT	36	36	B.1.160	0.001123
ORF8	121	I121I	atC	atT	36	36	D.2	0.002701
ORF8	121	I121I	atC	atT	20	28	B.1.617.1	0.002579
ORF8	121	I121I	atC	atT	23	26	B.1.177	0.000303
ORF8	121	I121I	atC	atT	25	26	B.1.637	0.001827
ORF8	121	I121I	atC	atT	25	25	AY.13	0.004024
ORF8	121	I121I	atC	atT	21	22	AY.103	0.00013
ORF8	121	I121I	atC	atT	22	22	P.1.7	0.007024
ORF8	121	I121I	atC	atT	19	20	AY.43	0.000084
ORF8	121	I121I	atC	atT	18	18	AY.59	0.009534
ORF8	121	I121I	atC	atT	17	17	AY.9	0.001149
ORF8	121	I121I	atC	atT	17	17	B.1.422	0.01381
ORF8	121	I121I	atC	atT	16	17	B.1.429	0.000376
ORF8	121	I121I	atC	atT	3	16	P.1.15	0.000697
ORF8	121	I121I	atC	atT	15	15	AY.2	0.005342
ORF8	121	I121I	atC	atT	15	15	AY.86	0.012448
ORF8	121	I121I	atC	atT	14	14	AY.6	0.000576
ORF8	121	I121I	atC	atT	14	14	P.1.10	0.003773
ORF8	121	I121I	atC	atT	13	13	B.1.1.214	0.000721
ORF8	121	I121I	atC	atT	3	13	B.1.408	0.01107
ORF8	121	I121I	atC	atT	11	12	AY.3	0.000109
ORF8	121	I121I	atC	atT	12	12	B.1.1.434	0.004183
ORF8	121	I121I	atC	atT	11	11	AY.39.1	0.000436
ORF8	121	I121I	atC	atT	11	11	AY.54	0.001049
ORF8	121	I121I	atC	atT	9	11	P.1.14	0.00043
ORF8	121	I121I	atC	atT	10	10	B.1.369	0.002852
ORF8	121	I121I	atC	atT	9	9	AY.119	0.000318
ORF8	121	I121I	atC	atT	9	9	AY.75.1	0.001623
ORF8	121	I121I	atC	atT	9	9	B.1.1.318	0.002716
ORF8	121	I121I	atC	atT	9	9	B.1.177.86	0.001651
ORF8	121	I121I	atC	atT	9	9	B.1.551	0.011613
ORF8	121	I121I	atC	atT	8	8	AY.47	0.000249
ORF8	121	I121I	atC	atT	5	8	B.1.243	0.000348
ORF8	121	I121I	atC	atT	7	7	A.28	0.018519
ORF8	121	I121I	atC	atT	7	7	B.1.177.82	0.003341
ORF8	121	I121I	atC	atT	7	7	B.1.351	0.000208
ORF8	121	I121I	atC	atT	6	6	AY.116.1	0.001869
ORF8	121	I121I	atC	atT	6	6	AY.14	0.000528
ORF8	121	I121I	atC	atT	6	6	AY.27	0.000388
ORF8	121	I121I	atC	atT	6	6	AY.39	0.000148
ORF8	121	I121I	atC	atT	6	6	AY.4.2	0.00013
ORF8	121	I121I	atC	atT	6	6	B.1.1.63	0.002315
ORF8	121	I121I	atC	atT	5	5	AY.46	0.00052
ORF8	121	I121I	atC	atT	5	5	AY.5	0.000103
ORF8	121	I121I	atC	atT	5	5	AY.75	0.00028
ORF8	121	I121I	atC	atT	5	5	B.1.36	0.00073
ORF8	121	I121I	atC	atT	5	5	B.1.526	0.000118
ORF8	121	I121I	atC	atT	5	5	P.1.17	0.000809
ORF8	121	I121I	atC	atT	4	4	AY.102	0.000106
ORF8	121	I121I	atC	atT	4	4	AY.118	0.000251
ORF8	121	I121I	atC	atT	4	4	AY.4.2.1	0.000596
ORF8	121	I121I	atC	atT	4	4	AY.45	0.000487
ORF8	121	I121I	atC	atT	4	4	AY.8	0.002424
ORF8	121	I121I	atC	atT	4	4	AY.98	0.000316
ORF8	121	I121I	atC	atT	3	4	B.1.1.519	0.000119
ORF8	121	I121I	atC	atT	4	4	B.1.258.17	0.000416
ORF8	121	I121I	atC	atT	4	4	B.1.466.2	0.001565
ORF8	121	I121I	atC	atT	4	4	B.1.596	0.000349
ORF8	121	I121I	atC	atT	3	4	B.1.621	0.000266
ORF8	121	I121I	atC	atT	3	3	AY.117	0.000254
ORF8	121	I121I	atC	atT	3	3	AY.120	0.000112
ORF8	121	I121I	atC	atT	3	3	AY.120.2.1	0.001495
ORF8	121	I121I	atC	atT	3	3	AY.42	0.000121
ORF8	121	I121I	atC	atT	3	3	AY.46.5	0.000595
ORF8	121	I121I	atC	atT	3	3	B.1.36.29	0.001552
ORF8	121	I121I	atC	atT	3	3	B.1.362	0.004622
ORF8	121	I121I	atC	atT	3	3	B.1.415	0.042857
ORF8	121	I121I	atC	atT	3	3	B.1.427	0.000151
ORF8	121	I121I	atC	atT	3	3	B.1.575.1	0.007317
ORF8	121	I121I	atC	atT	3	3	B.1.582	0.001472
ORF8	121	I121I	atC	atT	3	3	B.1.628	0.001057
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	AY.109	0.001479
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	2	AY.23	0.00007
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	2	AY.30	0.000396
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	AY.36	0.000296
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	AY.38	0.000999
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	AY.61	0.00021
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	AY.69	0.000373
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	2	AY.7	0.000196
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	AY.88	0.001768
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	B.1.1.222	0.000408
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	B.1.1.241	0.004141
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	2	B.1.1.279	0.001121
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	2	B.1.1.28	0.000311
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	B.1.1.306	0.000877
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	B.1.1.311	0.000716
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	B.1.1.50	0.001358
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	B.1.167	0.015625
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	B.1.177.35	0.001382
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	B.1.177.6	0.001953
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	B.1.22	0.002635
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	B.1.221	0.000142
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	B.1.234	0.000264
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	B.1.335	0.020619
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	B.1.459	0.008163
ORF8	121	I121I	atC	atT	2	2	P.2	0.000373
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AH.2	0.012048
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.100	0.000046
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.110	0.000113
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.113	0.000142
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.116	0.000287
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.12	0.000316
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.16	0.00038
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.24	0.000431
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.28	0.00189
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.29	0.000016
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.33	0.000067
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.35	0.000233
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.60	0.000938
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.62	0.000436
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.63	0.000387
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.64	0.000595
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.65	0.000533
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.73	0.000665
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.74	0.000116
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.92	0.000287
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	AY.94	0.000443
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B	0.000128
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.1.117	0.009709
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.1.154	0.04
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.1.376	0.005952
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.1.52	0.012195
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.177.65	0.000665
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.240	0.000216
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.241	0.000812
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.258.14	0.00098
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.3	0.002618
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.311	0.000275
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.336	0.002439
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.36.39	0.002217
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.404	0.001302
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.416	0.001269
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.521	0.004975
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.569	0.014493
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.595	0.000261
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.612	0.002653
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.619.1	0.000641
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	C.36	0.000911
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	P.1.1	0.000318
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	P.1.12	0.000484
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	P.1.2	0.001156
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	Q.8	0.000165
ORF8	121	I121I	atC	atT	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.