CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : CodonNum = 119

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF8	119	D119del		del	GAT	---	2653579	2653579	1	28248-28250
ORF8	119	D119V		nonsyn	gAt	gTt	5972	5941	0.994809	28248-28250
ORF8	119	D119V		nonsyn	gAT	gTC	5972	31	0.00519089	28248-28250
ORF8	119	D119I		nonsyn	GAt	ATt	1542	1399	0.907263	28248-28250
ORF8	119	D119I		nonsyn	GAT	ATC	1542	143	0.0927367	28248-28250
ORF8	119	D119del2		del	GAT	A--	1427	1255	0.879467	28248-28250
ORF8	119	D119del2		del	GAt	--t	1427	127	0.0889979	28248-28250
ORF8	119	D119del2		del	gAT	g--	1427	43	0.0301331	28248-28250
ORF8	119	D119del2		del	GAT	--G	1427	1	0.000700771	28248-28250
ORF8	119	D119del2		del	GAT	--N	1427	1	0.000700771	28248-28250
ORF8	119	D119del1		del	GaT	-aN	873	470	0.538373	28248-28250
ORF8	119	D119del1		del	Gat	-at	873	203	0.232532	28248-28250
ORF8	119	D119del1		del	GAT	-NN	873	85	0.0973654	28248-28250
ORF8	119	D119del1		del	gaT	ga-	873	37	0.0423826	28248-28250
ORF8	119	D119del1		del	GaT	Na-	873	32	0.0366552	28248-28250
ORF8	119	D119del1		del	GaT	Aa-	873	23	0.0263459	28248-28250
ORF8	119	D119del1		del	GAt	-Nt	873	9	0.0103093	28248-28250
ORF8	119	D119del1		del	gAt	g-t	873	7	0.00801833	28248-28250
ORF8	119	D119del1		del	GAt	-Ct	873	3	0.00343643	28248-28250
ORF8	119	D119del1		del	gAT	g-N	873	2	0.00229095	28248-28250
ORF8	119	D119del1		del	GAt	-Tt	873	1	0.00114548	28248-28250
ORF8	119	D119del1		del	GAt	-Gt	873	1	0.00114548	28248-28250
ORF8	119	D119Y		nonsyn	Gat	Tat	603	602	0.998342	28248-28250
ORF8	119	D119Y		nonsyn	GaT	TaC	603	1	0.00165837	28248-28250
ORF8	119	D119E		nonsyn	gaT	gaG	405	396	0.977778	28248-28250
ORF8	119	D119E		nonsyn	gaT	gaA	405	9	0.0222222	28248-28250
ORF8	119	D119N		nonsyn	Gat	Aat	233	225	0.965665	28248-28250
ORF8	119	D119N		nonsyn	GaT	AaC	233	8	0.0343348	28248-28250
ORF8	119	D119D		syn	gaT	gaC	158	158	1	28248-28250
ORF8	119	D119G		nonsyn	gAt	gGt	113	111	0.982301	28248-28250
ORF8	119	D119G		nonsyn	gAT	gGA	113	1	0.00884956	28248-28250
ORF8	119	D119G		nonsyn	gAT	gGC	113	1	0.00884956	28248-28250
ORF8	119	D119S		nonsyn	GAt	TCt	57	51	0.894737	28248-28250
ORF8	119	D119S		nonsyn	GAT	AGC	57	2	0.0350877	28248-28250
ORF8	119	D119S		nonsyn	GAt	AGt	57	2	0.0350877	28248-28250
ORF8	119	D119S		nonsyn	GAT	TCA	57	2	0.0350877	28248-28250
ORF8	119	D119X		nonsyn	GaT	TaA	55	40	0.727273	28248-28250
ORF8	119	D119X		nonsyn	GaT	TaG	55	15	0.272727	28248-28250
ORF8	119	D119H		nonsyn	Gat	Cat	39	39	1	28248-28250
ORF8	119	D119A		nonsyn	gAt	gCt	13	13	1	28248-28250
ORF8	119	D119C		nonsyn	GAt	TGt	8	8	1	28248-28250
ORF8	119	D119R		nonsyn	GAT	AGA	7	7	1	28248-28250
ORF8	119	D119K		nonsyn	GaT	AaA	4	4	1	28248-28250
ORF8	119	D119F		nonsyn	GAt	TTt	2	2	1	28248-28250
ORF8	119	D119L		nonsyn	GAT	TTA	1	1	1	28248-28250
ORF8	119	D119T		nonsyn	GAt	ACt	1	1	1	28248-28250

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF8	119	D119del	GAT	---	2653579	2653579	All	0.507528
ORF8	119	D119del	GAT	---	636527	636527	AY.4	0.990705
ORF8	119	D119del	GAT	---	245510	245510	B.1.617.2	0.924447
ORF8	119	D119del	GAT	---	219705	219705	AY.43	0.973395
ORF8	119	D119del	GAT	---	160256	160256	AY.25	0.963911
ORF8	119	D119del	GAT	---	156518	156518	AY.44	0.952688
ORF8	119	D119del	GAT	---	154107	154107	AY.103	0.956859
ORF8	119	D119del	GAT	---	98200	98200	AY.3	0.976735
ORF8	119	D119del	GAT	---	62746	62746	AY.29	0.989731
ORF8	119	D119del	GAT	---	47619	47619	AY.5	0.983295
ORF8	119	D119del	GAT	---	45772	45772	AY.4.2	0.992734
ORF8	119	D119del	GAT	---	39549	39549	AY.39	0.977315
ORF8	119	D119del	GAT	---	34608	34608	AY.102	0.917595
ORF8	119	D119del	GAT	---	33976	33976	AY.26	0.961866
ORF8	119	D119del	GAT	---	31142	31142	AY.47	0.968677
ORF8	119	D119del	GAT	---	26403	26403	AY.9.2	0.969772
ORF8	119	D119del	GAT	---	26326	26326	AY.120	0.978771
ORF8	119	D119del	GAT	---	26200	26200	AY.119	0.925076
ORF8	119	D119del	GAT	---	25065	25065	AY.39.1	0.992909
ORF8	119	D119del	GAT	---	24727	24727	AY.20	0.961018
ORF8	119	D119del	GAT	---	24115	24115	AY.6	0.991815
ORF8	119	D119del	GAT	---	24087	24087	AY.42	0.969023
ORF8	119	D119del	GAT	---	20736	20736	AY.100	0.953993
ORF8	119	D119del	GAT	---	20049	20049	AY.98.1	0.97099
ORF8	119	D119del	GAT	---	16887	16887	AY.75	0.94605
ORF8	119	D119del	GAT	---	15426	15426	AY.27	0.998382
ORF8	119	D119del	GAT	---	15122	15122	AY.118	0.947375
ORF8	119	D119del	GAT	---	14665	14665	AY.9	0.99128
ORF8	119	D119del	GAT	---	14230	14230	AY.33	0.95025
ORF8	119	D119del	GAT	---	13316	13316	AY.46.6	0.961513
ORF8	119	D119del	GAT	---	12507	12507	AY.98	0.987993
ORF8	119	D119del	GAT	---	12422	12422	AY.23	0.86643
ORF8	119	D119del	GAT	---	11707	11707	AY.9.1	0.980157
ORF8	119	D119del	GAT	---	11365	11365	AY.3.1	0.968966
ORF8	119	D119del	GAT	---	11232	11232	AY.117	0.94929
ORF8	119	D119del	GAT	---	10865	10865	AY.14	0.956258
ORF8	119	D119del	GAT	---	10504	10504	AY.99.2	0.968021
ORF8	119	D119del	GAT	---	10045	10045	AY.34	0.974013
ORF8	119	D119del	GAT	---	9966	9966	AY.54	0.950229
ORF8	119	D119del	GAT	---	9220	9220	AY.4.5	0.991078
ORF8	119	D119del	GAT	---	9108	9108	AY.46	0.94796
ORF8	119	D119del	GAT	---	8788	8788	AY.7.1	0.99042
ORF8	119	D119del	GAT	---	8777	8777	AY.110	0.989069
ORF8	119	D119del	GAT	---	8572	8572	AY.74	0.991326
ORF8	119	D119del	GAT	---	8005	8005	AY.61	0.838747
ORF8	119	D119del	GAT	---	7749	7749	AY.45	0.94293
ORF8	119	D119del	GAT	---	7091	7091	AY.121	0.95954
ORF8	119	D119del	GAT	---	6677	6677	AY.113	0.950733
ORF8	119	D119del	GAT	---	6639	6639	AY.4.2.1	0.989124
ORF8	119	D119del	GAT	---	6411	6411	AY.36	0.9502
ORF8	119	D119V	gAt	gTt	5941	5972	All	0.001136
ORF8	119	D119V	gAT	gTC	31	5972	All	0.000006
ORF8	119	D119del	GAT	---	5967	5967	AY.46.4	0.981576
ORF8	119	D119del	GAT	---	5567	5567	AY.13	0.896169
ORF8	119	D119del	GAT	---	5378	5378	AY.111	0.984982
ORF8	119	D119del	GAT	---	5331	5331	AY.69	0.995147
ORF8	119	D119del	GAT	---	5106	5106	AY.75.1	0.920664
ORF8	119	D119del	GAT	---	5064	5064	AY.7	0.992552
ORF8	119	D119del	GAT	---	5040	5040	AY.46.5	1
ORF8	119	D119del	GAT	---	4671	4671	AY.70	0.973937
ORF8	119	D119del	GAT	---	4408	4408	AY.29.1	0.971996
ORF8	119	D119del	GAT	---	4176	4176	AY.114	0.965103
ORF8	119	D119del	GAT	---	3648	3648	AY.93	0.996177
ORF8	119	D119del	GAT	---	3300	3300	AY.53	0.948821
ORF8	119	D119del	GAT	---	3261	3261	AY.41	0.958554
ORF8	119	D119del	GAT	---	3187	3187	AY.116	0.913966
ORF8	119	D119del	GAT	---	3180	3180	AY.92	0.913531
ORF8	119	D119del	GAT	---	3129	3129	AY.12	0.988938
ORF8	119	D119del	GAT	---	3064	3064	AY.120.1	0.983628
ORF8	119	D119del	GAT	---	3037	3037	AY.116.1	0.945811
ORF8	119	D119del	GAT	---	3014	3014	AY.37	0.952592
ORF8	119	D119del	GAT	---	2960	2960	AY.5.4	0.819037
ORF8	119	D119del	GAT	---	2816	2816	AY.68	0.770873
ORF8	119	D119del	GAT	---	2776	2776	AY.106	0.929672
ORF8	119	D119del	GAT	---	2709	2709	AY.5.3	0.913968
ORF8	119	D119del	GAT	---	2638	2638	AY.2	0.939459
ORF8	119	D119del	GAT	---	2572	2572	AY.63	0.994971
ORF8	119	D119del	GAT	---	2437	2437	AY.30	0.964385
ORF8	119	D119del	GAT	---	2395	2395	AY.23.1	0.999583
ORF8	119	D119del	GAT	---	2358	2358	AY.1	0.933122
ORF8	119	D119del	GAT	---	2331	2331	AY.4.4	0.953764
ORF8	119	D119del	GAT	---	2314	2314	AY.85	0.988466
ORF8	119	D119del	GAT	---	2261	2261	AY.24	0.974569
ORF8	119	D119del	GAT	---	2213	2213	AY.94	0.979637
ORF8	119	D119del	GAT	---	2198	2198	AY.62	0.957734
ORF8	119	D119del	GAT	---	2037	2037	AY.107	0.949208
ORF8	119	D119del	GAT	---	2010	2010	AY.16	0.763098
ORF8	119	D119del	GAT	---	1977	1977	AY.67	0.917827
ORF8	119	D119del	GAT	---	1973	1973	AY.71	0.937292
ORF8	119	D119del	GAT	---	1969	1969	AY.120.2.1	0.981066
ORF8	119	D119del	GAT	---	1956	1956	AY.34.1	0.99745
ORF8	119	D119del	GAT	---	1943	1943	AY.38	0.970045
ORF8	119	D119del	GAT	---	1939	1939	AY.101	0.950956
ORF8	119	D119del	GAT	---	1929	1929	AY.84	0.843832
ORF8	119	D119del	GAT	---	1805	1805	AY.10	0.956545
ORF8	119	D119del	GAT	---	1766	1766	AY.65	0.941365
ORF8	119	D119del	GAT	---	1759	1759	AY.59	0.931674
ORF8	119	D119del	GAT	---	1736	1736	AY.7.2	0.970917
ORF8	119	D119del	GAT	---	1723	1723	AY.32	0.917465
ORF8	119	D119del	GAT	---	1649	1649	AY.8	0.999394
ORF8	119	D119del	GAT	---	1635	1635	AY.64	0.973214
ORF8	119	D119del	GAT	---	1550	1550	AY.46.2	0.984752
ORF8	119	D119I	GAt	ATt	1399	1542	All	0.000268
ORF8	119	D119I	GAT	ATC	143	1542	All	0.000027
ORF8	119	D119del	GAT	---	1517	1517	AY.105	0.975563
ORF8	119	D119del	GAT	---	1513	1513	AY.57	0.992782
ORF8	119	D119del	GAT	---	1485	1485	AY.73	0.988024
ORF8	119	D119del	GAT	---	1453	1453	AY.90	0.994524
ORF8	119	D119del2	GAT	A--	1255	1427	All	0.00024
ORF8	119	D119del2	GAt	--t	127	1427	All	0.000024
ORF8	119	D119del2	gAT	g--	43	1427	All	0.000008
ORF8	119	D119del2	GAT	--N	1	1427	All	0
ORF8	119	D119del2	GAT	--G	1	1427	All	0
ORF8	119	D119del	GAT	---	1377	1377	AY.39.1.1	0.997826
ORF8	119	D119del	GAT	---	1347	1347	AY.4.1	0.993363
ORF8	119	D119del	GAT	---	1324	1324	AY.91	0.967129
ORF8	119	D119del	GAT	---	1323	1323	AY.109	0.97855
ORF8	119	D119del	GAT	---	1192	1192	AY.86	0.989212
ORF8	119	D119del	GAT	---	1172	1172	AY.87	0.975853
ORF8	119	D119del	GAT	---	1155	1155	AY.50	0.923261
ORF8	119	D119del	GAT	---	1110	1110	AY.4.3	0.934343
ORF8	119	D119V	gAt	gTt	1097	1098	AY.103	0.006811
ORF8	119	D119V	gAT	gTC	1	1098	AY.103	0.000006
ORF8	119	D119del	GAT	---	1088	1088	AY.88	0.961981
ORF8	119	D119del	GAT	---	1064	1064	AY.46.3	0.993464
ORF8	119	D119del	GAT	---	1060	1060	AY.51	0.963636
ORF8	119	D119del	GAT	---	1050	1050	AY.58	0.952813
ORF8	119	D119del	GAT	---	1046	1046	AY.52	0.851792
ORF8	119	D119del	GAT	---	996	996	AY.60	0.934334
ORF8	119	D119del	GAT	---	967	967	AY.46.1	0.992813
ORF8	119	D119V	gAt	gTt	942	943	B.1.617.2	0.003547
ORF8	119	D119V	gAT	gTC	1	943	B.1.617.2	0.000004
ORF8	119	D119del	GAT	---	900	900	AY.40	0.867888
ORF8	119	D119del	GAT	---	883	883	AY.66	0.944385
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ORF8	119	D119del1	gaT	ga-	6	6	B.1.596	0.000523
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ORF8	119	D119V	gAt	gTt	5	5	AY.1	0.001979
ORF8	119	D119del1	GaT	-aN	4	5	AY.106	0.00134
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ORF8	119	D119del	GAT	---	1	1	N.5	0.001767
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ORF8	119	D119H	Gat	Cat	1	1	P.1	0.000016
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ORF8	119	D119del1	GaT	Aa-	1	1	P.1.1	0.000318
ORF8	119	D119del1	GaT	Aa-	1	1	P.1.14	0.000048
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ORF8	119	D119del	GAT	---	1	1	P.1.17	0.000162
ORF8	119	D119del1	GaT	Aa-	1	1	P.1.7	0.000319
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ORF8	119	D119D	gaT	gaC	1	1	Q.7	0.001111
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ORF8	119	D119E	gaT	gaG	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.