CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : CodonNum = 106

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF8	106	E106X		nonsyn	Gaa	Taa	23216	23215	0.999957	28209-28211
ORF8	106	E106X		nonsyn	GAa	TGa	23216	1	0.0000430737	28209-28211
ORF8	106	E106Q		nonsyn	Gaa	Caa	2003	2002	0.999501	28209-28211
ORF8	106	E106Q		nonsyn	GaA	CaG	2003	1	0.000499251	28209-28211
ORF8	106	E106del		del	GAA	---	517	517	1	28209-28211
ORF8	106	E106E		syn	gaA	gaG	267	267	1	28209-28211
ORF8	106	E106V		nonsyn	gAa	gTa	208	208	1	28209-28211
ORF8	106	E106D		nonsyn	gaA	gaC	186	162	0.870968	28209-28211
ORF8	106	E106D		nonsyn	gaA	gaT	186	24	0.129032	28209-28211
ORF8	106	E106G		nonsyn	gAa	gGa	175	175	1	28209-28211
ORF8	106	E106K		nonsyn	Gaa	Aaa	87	86	0.988506	28209-28211
ORF8	106	E106K		nonsyn	GaA	AaG	87	1	0.0114943	28209-28211
ORF8	106	E106A		nonsyn	gAa	gCa	64	64	1	28209-28211
ORF8	106	E106del1		del	Gaa	-aa	12	10	0.833333	28209-28211
ORF8	106	E106del1		del	gAa	g-a	12	1	0.0833333	28209-28211
ORF8	106	E106del1		del	gaA	ga-	12	1	0.0833333	28209-28211
ORF8	106	E106H		nonsyn	GaA	CaT	5	4	0.8	28209-28211
ORF8	106	E106H		nonsyn	GaA	CaC	5	1	0.2	28209-28211
ORF8	106	E106L		nonsyn	GAa	TTa	4	2	0.5	28209-28211
ORF8	106	E106L		nonsyn	GAa	CTa	4	1	0.25	28209-28211
ORF8	106	E106L		nonsyn	GAA	TTG	4	1	0.25	28209-28211
ORF8	106	E106del2		del	GAa	--a	2	1	0.5	28209-28211
ORF8	106	E106del2		del	GAA	--C	2	1	0.5	28209-28211
ORF8	106	E106N		nonsyn	GaA	AaC	1	1	1	28209-28211
ORF8	106	E106T		nonsyn	GAA	ACG	1	1	1	28209-28211
ORF8	106	E106P		nonsyn	GAa	CCa	1	1	1	28209-28211

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	23215	23216	All	0.00444
ORF8	106	E106X	GAa	TGa	1	23216	All	0
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3839	3839	B.1.1.7	0.003437
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3238	3238	B.1.1.318	0.977067
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3166	3166	AY.117	0.267579
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2002	2003	All	0.000383
ORF8	106	E106Q	GaA	CaG	1	2003	All	0
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1370	1370	AY.4	0.002132
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1212	1212	AZ.2	0.995074
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1153	1153	AZ.1	1
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1002	1002	B.1.351	0.029786
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	970	971	AY.44	0.005904
ORF8	106	E106X	GAa	TGa	1	971	AY.44	0.000006
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	905	905	B.1.617.2	0.003408
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	655	655	AZ.3	0.995441
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	627	627	AY.103	0.003893
ORF8	106	E106del	GAA	---	517	517	All	0.000099
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	427	427	AY.39	0.010552
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	377	377	AY.43	0.00167
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	345	345	AY.99.1	0.535714
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	337	337	B.1.617.2	0.001269
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	298	298	AZ.4	1
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	283	283	AZ.5	0.992982
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	279	279	B.1.258.17	0.029008
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	267	267	All	0.000051
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	212	212	AY.102	0.005621
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	208	208	All	0.00004
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	205	205	B.1.1.306	0.089873
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	162	186	All	0.000031
ORF8	106	E106D	gaA	gaT	24	186	All	0.000005
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	181	181	B.1.258	0.012045
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	178	179	B.1.1.7	0.000159
ORF8	106	E106Q	GaA	CaG	1	179	B.1.1.7	0.000001
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	175	175	All	0.000033
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	142	142	AY.25	0.000854
ORF8	106	E106del	GAA	---	133	133	B.1.1.7	0.000119
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	131	131	AY.43	0.00058
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	124	124	AY.33	0.00828
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	122	122	AZ.2.1	0.99187
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	119	119	AZ.6	1
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	100	100	B.1	0.000916
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	95	95	AY.3	0.000945
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	95	95	B.1.621	0.008409
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	93	93	B.1	0.000852
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	89	89	AY.3.1	0.007588
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	88	88	B.1.177	0.001159
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	86	87	All	0.000016
ORF8	106	E106K	GaA	AaG	1	87	All	0
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	83	83	AY.39	0.002051
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	81	81	B.1.160	0.002526
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	80	80	B.1	0.000733
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	79	79	AY.9	0.00534
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	75	75	B.1.621	0.006639
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	74	74	AY.36	0.010968
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	74	74	B.1.221	0.005256
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	67	67	B.1.177	0.000882
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	65	65	AY.46	0.006765
ORF8	106	E106A	gAa	gCa	64	64	All	0.000012
ORF8	106	E106del	GAA	---	59	59	AY.4	0.000092
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	59	59	AY.99.2	0.005437
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	54	54	AY.119	0.001907
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	54	54	B.1.2	0.000475
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	51	51	B.1.1	0.000925
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	49	49	Q.8	0.00808
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	47	47	B.1.438	0.30719
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	47	47	C.37	0.005455
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	45	45	AY.4.2	0.000976
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	43	43	AY.20	0.001671
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	43	43	B.1.429	0.001012
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	40	40	AY.61	0.004191
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	40	40	B.1.1.7	0.000036
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	40	40	B.1.2	0.000352
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	40	40	B.1.617.2	0.000151
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	38	38	AY.74	0.004395
ORF8	106	E106del	GAA	---	37	37	AY.29	0.000584
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	37	37	B.1.526	0.00087
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	36	36	AY.118	0.002255
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	36	36	B.1.2	0.000317
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	35	35	B.1.637	0.002558
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	34	34	AY.42	0.001368
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	34	34	AY.5	0.000702
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	34	34	AY.98.1	0.001647
ORF8	106	E106del	GAA	---	33	33	B.1.1.222	0.006732
ORF8	106	E106del	GAA	---	33	33	B.1.243	0.002296
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	33	33	P.1	0.00052
ORF8	106	E106del	GAA	---	32	32	B.1.160	0.000998
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	31	31	AY.54	0.002956
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	31	31	AY.99.2	0.002857
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	16	30	AY.4	0.000025
ORF8	106	E106D	gaA	gaT	14	30	AY.4	0.000022
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	28	28	AY.120	0.001041
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	28	28	AY.26	0.000793
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	28	28	B.1.351	0.000832
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	27	27	AY.114	0.00624
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	27	27	B.1.1.208	0.329268
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	24	27	B.1.1.7	0.000021
ORF8	106	E106D	gaA	gaT	3	27	B.1.1.7	0.000003
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	27	27	B.1.525	0.003055
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	26	26	AY.4.5	0.002795
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	25	25	AY.100	0.00115
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	25	25	AY.98	0.001975
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	25	25	B.1.427	0.001262
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	24	24	B.1.1.77	1
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	23	23	AY.3	0.000229
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	22	22	AY.121	0.002977
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	21	21	AY.39.1	0.000832
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	21	21	AY.4	0.000033
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	21	21	B.1.1.464	0.030928
ORF8	106	E106A	gAa	gCa	21	21	P.1.16	0.007856
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	20	20	AY.46.4	0.00329
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	19	20	B.1.1.7	0.000017
ORF8	106	E106K	GaA	AaG	1	20	B.1.1.7	0.000001
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	19	19	AY.44	0.000116
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	19	19	AY.6	0.000781
ORF8	106	E106del	GAA	---	18	18	AY.25	0.000108
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	17	17	AV.1	0.085859
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	17	17	AY.37	0.005373
ORF8	106	E106del	GAA	---	17	17	B	0.002173
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	16	16	AY.113	0.002278
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	16	16	AY.68	0.00438
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	16	16	AY.78	0.024653
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	16	16	B.1.1	0.00029
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	16	16	B.1.1.519	0.000635
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	16	16	B.1.239	0.019536
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	16	16	B.1.351.2	0.004841
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	15	15	AY.47	0.000467
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	15	15	AY.9.1	0.001256
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	15	15	B.1.1.216	0.013357
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	15	15	B.1.160.20	0.133929
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	15	15	B.1.637	0.001096
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	14	14	AD.2	0.003065
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	14	14	AY.23	0.000976
ORF8	106	E106A	gAa	gCa	14	14	AY.43	0.000062
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	14	14	AY.9.2	0.000514
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	14	14	B.1.1.7	0.000013
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	13	13	AY.46.6	0.000939
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	13	13	AY.84	0.005687
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	13	13	AY.98	0.001027
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	13	13	B.1.1.222	0.002652
ORF8	106	E106del1	Gaa	-aa	10	12	All	0.000002
ORF8	106	E106del1	gaA	ga-	1	12	All	0
ORF8	106	E106del1	gAa	g-a	1	12	All	0
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	12	12	AY.29	0.000189
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	12	12	AY.4	0.000019
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	12	12	AY.42	0.000483
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	12	12	AY.5	0.000248
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	12	12	AY.75.1	0.002164
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	12	12	B.1.617.1	0.001548
ORF8	106	E106A	gAa	gCa	12	12	B.1.621	0.001062
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	12	12	D.2	0.0009
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	11	11	AY.102	0.000292
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	11	11	AY.103	0.000068
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	11	11	AY.72	0.014966
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	11	11	AY.75	0.000616
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	11	11	AY.99.2	0.001014
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	11	11	B.1.160	0.000343
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	11	11	B.1.177.44	0.005708
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	11	11	P.1.14	0.000526
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	10	10	AY.102	0.000265
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	10	10	AY.118	0.000626
ORF8	106	E106del	GAA	---	10	10	AY.43	0.000044
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	10	10	B.1.575	0.003034
ORF8	106	E106del	GAA	---	10	10	P.1	0.000158
ORF8	106	E106del	GAA	---	9	9	AY.102	0.000239
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	9	9	AY.119	0.000318
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	9	9	AY.16	0.003417
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	9	9	AY.23	0.000628
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	9	9	AY.30	0.003562
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	9	9	B.1.177	0.000119
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	9	9	B.1.462	0.065217
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	9	9	B.1.541	0.039823
ORF8	106	E106del	GAA	---	9	9	B.1.617.2	0.000034
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	8	8	AT.1	0.041026
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	8	8	AY.16	0.003037
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	8	8	AY.25	0.000048
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	8	8	AY.43	0.000035
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	8	8	AY.5.3	0.002699
ORF8	106	E106del	GAA	---	8	8	B.1.1	0.000145
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	8	8	B.1.1.366	0.126984
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	7	7	AY.3	0.00007
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	7	7	AY.4	0.000011
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	7	7	AY.45	0.000852
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	7	7	AY.46.5	0.001389
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	7	7	AY.7.1	0.000789
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF8	106	E106del1	Gaa	-aa	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	7	7	B.1.243	0.000487
ORF8	106	E106del	GAA	---	7	7	B.1.36.16	0.009972
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	7	7	B.1.427	0.000353
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	7	7	B.1.429	0.000165
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	7	7	B.1.539	0.122807
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	7	7	B.1.595	0.001827
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	7	7	B.1.596	0.00061
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	7	7	B.1.617.2	0.000026
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	7	7	P.2	0.001306
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	6	6	AY.120	0.000223
ORF8	106	E106A	gAa	gCa	6	6	AY.4	0.000009
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	6	6	AY.51	0.005455
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	6	6	AY.86	0.004979
ORF8	106	E106del	GAA	---	6	6	AY.91	0.004383
ORF8	106	E106del	GAA	---	6	6	B.1.1.265	0.018927
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	6	6	B.1.1.280	0.018519
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	6	6	B.1.160.16	0.005576
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	6	6	B.1.617.2	0.000023
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	6	6	B.1.623	0.003219
ORF8	106	E106del	GAA	---	6	6	P.1.14	0.000287
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	5	5	A	0.001935
ORF8	106	E106H	GaA	CaT	4	5	All	0.000001
ORF8	106	E106H	GaA	CaC	1	5	All	0
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	5	5	AY.111	0.000916
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	5	5	AY.13	0.000805
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	5	5	AY.16.1	0.00235
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	5	5	AY.19	0.005701
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	5	5	AY.25	0.00003
ORF8	106	E106del	GAA	---	5	5	AY.29.1	0.001103
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	5	5	AY.3.1	0.000426
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	5	5	AY.34	0.000485
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	5	5	AY.59	0.002648
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	5	5	AY.6	0.000206
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	5	5	B.1.1.157	0.004566
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	5	5	B.1.1.519	0.000199
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	5	5	B.1.177	0.000066
ORF8	106	E106A	gAa	gCa	5	5	B.1.177	0.000066
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	5	5	B.1.36	0.00073
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	5	5	B.1.36	0.00073
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	5	5	B.1.590	0.022727
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	4	5	B.1.617.2	0.000015
ORF8	106	E106D	gaA	gaT	1	5	B.1.617.2	0.000004
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	5	5	B.31	0.018657
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	4	4	AD.2	0.000876
ORF8	106	E106L	GAa	TTa	2	4	All	0
ORF8	106	E106L	GAa	CTa	1	4	All	0
ORF8	106	E106L	GAA	TTG	1	4	All	0
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	4	4	AY.108	0.00441
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	4	4	AY.120.1	0.001284
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	4	4	AY.22	0.008368
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	4	4	AY.25	0.000024
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	4	4	AY.29.1	0.000882
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	4	4	AY.34.1	0.00204
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	4	4	AY.7	0.000784
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	4	4	AY.94	0.001771
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	4	4	B.1.1.214	0.000222
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	4	4	B.1.1.253	0.010025
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	4	4	B.1.1.317	0.001647
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	4	4	B.1.1.50	0.002716
ORF8	106	E106del	GAA	---	4	4	B.1.1.519	0.000159
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	4	4	B.1.1.63	0.001543
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	4	4	B.1.110.3	0.002874
ORF8	106	E106H	GaA	CaT	4	4	B.1.126	0.005102
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	4	4	B.1.177	0.000053
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	4	4	B.1.177.41	0.01
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	4	4	B.1.241	0.003247
ORF8	106	E106del	GAA	---	4	4	B.1.320	0.004981
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	4	4	B.1.466.2	0.001565
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	4	4	B.1.576	0.003626
ORF8	106	E106del	GAA	---	4	4	P.1.1	0.001271
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	4	4	P.6	0.012579
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	3	3	AY.103	0.000019
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	AY.105	0.001929
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	AY.14	0.000264
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	3	3	AY.25	0.000018
ORF8	106	E106del	GAA	---	3	3	AY.3	0.00003
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	AY.3.1	0.000256
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	2	3	AY.43	0.000009
ORF8	106	E106D	gaA	gaT	1	3	AY.43	0.000004
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	3	3	AY.44	0.000018
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	2	3	AY.44	0.000012
ORF8	106	E106D	gaA	gaT	1	3	AY.44	0.000006
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	AY.46.1	0.00308
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	AY.46.3	0.002801
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	AY.5.4	0.00083
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	AY.58	0.002722
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	3	3	AY.61	0.000314
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	AY.69	0.00056
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	AY.70	0.000626
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	AY.8	0.001818
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	AY.85	0.001282
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	3	3	AY.92	0.000862
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	AY.92	0.000862
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	B	0.000383
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	3	3	B	0.000383
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	3	3	B.1	0.000027
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	B.1.1.1	0.00098
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	3	3	B.1.1.159	0.014019
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	3	3	B.1.1.216	0.002671
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	B.1.1.25	0.001706
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	3	3	B.1.1.28	0.000934
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	B.1.1.294	0.003797
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	B.1.177.81	0.000568
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	2	3	B.1.2	0.000018
ORF8	106	E106D	gaA	gaT	1	3	B.1.2	0.000009
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	B.1.214.2	0.001799
ORF8	106	E106del	GAA	---	3	3	B.1.22	0.003953
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	3	3	B.1.258	0.0002
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	B.1.36.31	0.005254
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	B.1.403	0.009804
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	B.1.466.2	0.001174
ORF8	106	E106del	GAA	---	3	3	B.1.509	0.002597
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	3	3	B.1.617.1	0.000387
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	3	3	C.36.3	0.001702
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	3	3	P.4	0.011407
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2		0.111111
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	2	2	A.2.5.2	0.003145
ORF8	106	E106del2	GAA	--C	1	2	All	0
ORF8	106	E106del2	GAa	--a	1	2	All	0
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	AY.100	0.000092
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	2	2	AY.102	0.000053
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	2	2	AY.102	0.000053
ORF8	106	E106A	gAa	gCa	2	2	AY.113	0.000285
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	AY.114	0.000462
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	AY.116	0.000574
ORF8	106	E106del	GAA	---	2	2	AY.118	0.000125
ORF8	106	E106del	GAA	---	2	2	AY.120	0.000074
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	AY.16.1	0.00094
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	AY.17	0.016393
ORF8	106	E106del	GAA	---	2	2	AY.26	0.000057
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	AY.26	0.000057
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	AY.27	0.000129
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	2	2	AY.3	0.00002
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	AY.34	0.000194
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	AY.38	0.000999
ORF8	106	E106del	GAA	---	2	2	AY.39	0.000049
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	2	2	AY.4	0.000003
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	AY.4.4	0.000818
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	AY.41	0.000588
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	AY.46	0.000208
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	AY.47	0.000062
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	2	2	AY.47	0.000062
ORF8	106	E106del	GAA	---	2	2	AY.48	0.00093
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	2	2	AY.5	0.000041
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	2	2	AY.5.4	0.000553
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	AY.52	0.001629
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	AY.55	0.001835
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	AY.62	0.000871
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	AY.65	0.001066
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	AY.7	0.000392
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	AY.77	0.002255
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	AY.79	0.002421
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	AY.83	0.003448
ORF8	106	E106del	GAA	---	2	2	B.1	0.000018
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	2	2	B.1.1	0.000036
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	2	2	B.1.1	0.000036
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	2	2	B.1.1.207	0.002364
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.1.277	0.001517
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.1.1.369	0.000892
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.1.1.485	0.033333
ORF8	106	E106del	GAA	---	2	2	B.1.177	0.000026
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.1.177.10	0.001756
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.1.177.50	0.00939
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	2	2	B.1.177.87	0.001456
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	2	2	B.1.2	0.000018
ORF8	106	E106del	GAA	---	2	2	B.1.2	0.000018
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.1.221	0.000142
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.1.232	0.001075
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.1.240	0.000431
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.1.258.11	0.000793
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.291	0.038462
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	2	2	B.1.351	0.000059
ORF8	106	E106del	GAA	---	2	2	B.1.351	0.000059
ORF8	106	E106del	GAA	---	2	2	B.1.36	0.000292
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.1.396	0.001411
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	2	2	B.1.429	0.000047
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.1.470	0.002809
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.1.509	0.001732
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.526	0.000047
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.538	0.016129
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.595	0.000522
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.1.609	0.000959
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF8	106	E106del1	Gaa	-aa	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.1.617.3	0.00597
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.1.621.1	0.001012
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.628	0.000705
ORF8	106	E106del	GAA	---	2	2	B.1.637	0.000146
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	B.3.1	0.003317
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	B.6	0.00182
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	C.16	0.002121
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	C.2	0.032258
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	C.35	0.001548
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	C.36	0.001821
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	2	2	C.37	0.000232
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	P.1.1	0.000635
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	P.1.14	0.000096
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	P.1.7	0.000639
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	Q.1	0.000253
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	2	2	R.1	0.00018
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	A.1	0.000282
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	A.11	0.058824
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	A.16	0.016129
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	A.2.5	0.000499
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	A.23.1	0.000704
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	A.27	0.001656
ORF8	106	E106N	GaA	AaC	1	1	All	0
ORF8	106	E106P	GAa	CCa	1	1	All	0
ORF8	106	E106T	GAA	ACG	1	1	All	0
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.1	0.000396
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	1	1	AY.101	0.00049
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	1	1	AY.103	0.000006
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	1	1	AY.103	0.000006
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.106	0.000335
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	1	1	AY.106	0.000335
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.106	0.000335
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.107	0.000466
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.108	0.001103
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.110	0.000113
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	1	1	AY.110	0.000113
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.113	0.000142
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.117	0.000085
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	1	1	AY.118	0.000063
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.14	0.000088
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.16	0.00038
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	AY.19	0.00114
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.2	0.000356
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.20	0.000039
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	1	1	AY.20	0.000039
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.21	0.001898
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	1	1	AY.23	0.00007
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.24	0.000431
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	1	1	AY.25	0.000006
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	1	1	AY.29	0.000016
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	1	1	AY.29	0.000016
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	1	1	AY.3	0.00001
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.30	0.000396
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	1	1	AY.32	0.000532
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.32	0.000532
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.32	0.000532
ORF8	106	E106A	gAa	gCa	1	1	AY.33	0.000067
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.33	0.000067
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	1	1	AY.34	0.000097
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.37	0.000316
ORF8	106	E106del2	GAa	--a	1	1	AY.39	0.000025
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	1	1	AY.39	0.000025
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	1	1	AY.39	0.000025
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	1	1	AY.4	0.000002
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	1	1	AY.43	0.000004
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	1	1	AY.43	0.000004
ORF8	106	E106del1	gaA	ga-	1	1	AY.43	0.000004
ORF8	106	E106L	GAA	TTG	1	1	AY.43	0.000004
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	1	1	AY.44	0.000006
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	1	1	AY.44	0.000006
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	AY.44	0.000006
ORF8	106	E106D	gaA	gaT	1	1	AY.45	0.000122
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.45	0.000122
ORF8	106	E106L	GAa	TTa	1	1	AY.45	0.000122
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	1	1	AY.5	0.000021
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	AY.5	0.000021
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.50	0.000799
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	1	1	AY.54	0.000095
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	AY.58	0.000907
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.61	0.000105
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.64	0.000595
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.64	0.000595
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.67	0.000464
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.68	0.000274
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	1	1	AY.7	0.000196
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.73	0.000665
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.73	0.000665
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.75	0.000056
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	1	1	AY.8	0.000606
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.82	0.001357
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	1	1	AY.84	0.000437
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.87	0.000833
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.90	0.000684
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.91	0.00073
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	AY.95	0.000761
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF8	106	E106del1	Gaa	-aa	1	1	B	0.000128
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	1	1	B	0.000128
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	1	1	B.1	0.000009
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	1	1	B.1	0.000009
ORF8	106	E106del1	gAa	g-a	1	1	B.1.1	0.000018
ORF8	106	E106D	gaA	gaT	1	1	B.1.1	0.000018
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.142	0.017544
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.170	0.001247
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.202	0.076923
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.297	0.002237
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.315	0.008475
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.344	0.010753
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.354	0.004386
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.1.354	0.004386
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.362	0.005618
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.433	0.001425
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.47	0.005348
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.487	0.005587
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.518	0.006329
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.52	0.012195
ORF8	106	E106del2	GAA	--C	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF8	106	E106P	GAa	CCa	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF8	106	E106L	GAa	CTa	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF8	106	E106A	gAa	gCa	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.97	0.029412
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.111	0.001175
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.126	0.001276
ORF8	106	E106N	GaA	AaC	1	1	B.1.126	0.001276
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.126	0.001276
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.128	0.000635
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.13	0.002375
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	1	1	B.1.140	0.018868
ORF8	106	E106G	gAa	gGa	1	1	B.1.160	0.000031
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.160.14	0.002119
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.160.23	0.004831
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.160.26	0.002421
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.177.48	0.003125
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.48	0.003125
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.177.63	0.002703
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.195	0.005025
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.199	0.004132
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	1	1	B.1.2	0.000009
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.210	0.002132
ORF8	106	E106H	GaA	CaC	1	1	B.1.210	0.002132
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.210	0.002132
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.214.1	0.02
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.218	0.005155
ORF8	106	E106A	gAa	gCa	1	1	B.1.221	0.000071
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.221	0.000071
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.234	0.000132
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.234	0.000132
ORF8	106	E106L	GAa	TTa	1	1	B.1.243	0.00007
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.258.12	0.007874
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.279	0.000514
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.280	0.007143
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.284	0.013158
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.291	0.019231
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.298	0.002114
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.311	0.000275
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.329	0.000608
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.351	0.00003
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.351	0.00003
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.36.22	0.001208
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.36.28	0.005747
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.36.39	0.002217
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.362	0.001541
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.367	0.000792
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.369	0.000285
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	1	1	B.1.396	0.000706
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.396	0.000706
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	1	1	B.1.400	0.000429
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.400	0.000429
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.404	0.001302
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.411	0.003704
ORF8	106	E106T	GAA	ACG	1	1	B.1.427	0.00005
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.428	0.00102
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	1	1	B.1.429	0.000024
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.429	0.000024
ORF8	106	E106A	gAa	gCa	1	1	B.1.429	0.000024
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.441	0.009615
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.468	0.005714
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.469	0.00361
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.495	0.009091
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.497	0.000315
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.499	0.00105
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.510	0.026316
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.517	0.000427
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.524	0.001406
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.525	0.000113
ORF8	106	E106E	gaA	gaG	1	1	B.1.526	0.000024
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.549	0.007194
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.551	0.00129
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.561	0.000397
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.564	0.000426
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.565	0.00081
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.567	0.003333
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.568	0.001111
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.582	0.000491
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.596	0.000087
ORF8	106	E106D	gaA	gaT	1	1	B.1.596	0.000087
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.1.597	0.00463
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.602	0.006536
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.604	0.017241
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.609	0.000479
ORF8	106	E106D	gaA	gaC	1	1	B.1.609	0.000479
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.609	0.000479
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.619.1	0.000641
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.623	0.000536
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.627	0.00202
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.628	0.000352
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.631	0.003367
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.1.9	0.006173
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.4.7	0.010101
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	B.40	0.000364
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	B.40	0.000364
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	B.6.6	0.000889
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	C.26	0.007353
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	C.36	0.000911
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	C.36.1	0.004149
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	C.36.3.1	0.002717
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	D.2	0.000075
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	D.2	0.000075
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	P.1	0.000016
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	1	1	P.1	0.000016
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	P.1.10	0.000269
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	P.1.12	0.000484
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	P.1.15	0.000232
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	P.1.17	0.000162
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	P.2	0.000187
ORF8	106	E106K	Gaa	Aaa	1	1	P.2	0.000187
ORF8	106	E106Q	Gaa	Caa	1	1	Q.1	0.000126
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	Q.2	0.000613
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	Q.2	0.000613
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	Q.3	0.000145
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	Q.3	0.000145
ORF8	106	E106X	Gaa	Taa	1	1	Q.4	0.000455
ORF8	106	E106V	gAa	gTa	1	1	Q.8	0.000165
ORF8	106	E106del	GAA	---	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.