CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF8 : CodonNum = 1

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF81M1deldelATG---71447144127894-27896
ORF81M1VnonsynAtgGtg4974880.98189127894-27896
ORF81M1VnonsynAtGGtA49750.010060427894-27896
ORF81M1VnonsynAtGGtT49720.0040241427894-27896
ORF81M1VnonsynAtGGtC49720.0040241427894-27896
ORF81M1InonsynatGatT2491730.69477927894-27896
ORF81M1InonsynatGatA249470.18875527894-27896
ORF81M1InonsynatGatC249290.11646627894-27896
ORF81M1RnonsynaTgaGg1771640.92655427894-27896
ORF81M1RnonsynATGCGA17750.028248627894-27896
ORF81M1RnonsynaTGaGA17740.022598927894-27896
ORF81M1RnonsynATgCGg17730.016949227894-27896
ORF81M1RnonsynATGCGC17710.0056497227894-27896
ORF81M1TnonsynaTgaCg104990.95192327894-27896
ORF81M1TnonsynaTGaCA10440.038461527894-27896
ORF81M1TnonsynaTGaCT10410.0096153827894-27896
ORF81M1LnonsynAtgTtg49320.65306127894-27896
ORF81M1LnonsynAtgCtg4960.12244927894-27896
ORF81M1LnonsynAtGCtA4940.081632727894-27896
ORF81M1LnonsynAtGCtC4930.061224527894-27896
ORF81M1LnonsynAtGCtT4920.040816327894-27896
ORF81M1LnonsynAtGTtA4920.040816327894-27896
ORF81M1KnonsynaTgaAg13110.84615427894-27896
ORF81M1KnonsynaTGaAA1320.15384627894-27896
ORF81M1del2delaTGa--1212127894-27896
ORF81M1FnonsynAtGTtT44127894-27896
ORF81M1del1delatGat-210.527894-27896
ORF81M1del1delAtg-tg210.527894-27896
ORF81M1SnonsynaTGaGC210.527894-27896
ORF81M1AnonsynATGGCA210.527894-27896
ORF81M1SnonsynaTGaGT210.527894-27896
ORF81M1AnonsynATgGCg210.527894-27896

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF81M1delATG---71447144All0.001366
ORF81M1delATG---31033103B.1.1.3180.936331
ORF81M1delATG---11611161AZ.20.953202
ORF81M1delATG---11531153AZ.11
ORF81M1delATG---614614AZ.30.933131
ORF81M1VAtgGtg488497All0.000093
ORF81M1VAtGGtA5497All0.000001
ORF81M1VAtGGtT2497All0
ORF81M1VAtGGtC2497All0
ORF81M1VAtgGtg412412B.1.1.70.000369
ORF81M1delATG---274274AZ.40.919463
ORF81M1IatGatT173249All0.000033
ORF81M1IatGatA47249All0.000009
ORF81M1IatGatC29249All0.000006
ORF81M1delATG---231231AZ.50.810526
ORF81M1RaTgaGg164177All0.000031
ORF81M1RATGCGA5177All0.000001
ORF81M1RaTGaGA4177All0.000001
ORF81M1RATgCGg3177All0.000001
ORF81M1RATGCGC1177All0
ORF81M1delATG---110110AZ.2.10.894309
ORF81M1TaTgaCg99104All0.000019
ORF81M1TaTGaCA4104All0.000001
ORF81M1TaTGaCT1104All0
ORF81M1delATG---9393AZ.60.781513
ORF81M1RaTgaGg8888AY.40.000137
ORF81M1delATG---7070AY.40.000109
ORF81M1delATG---5656B.1.1.70.00005
ORF81M1LAtgTtg3249All0.000006
ORF81M1LAtgCtg649All0.000001
ORF81M1LAtGCtA449All0.000001
ORF81M1LAtGCtC349All0.000001
ORF81M1LAtGTtA249All0
ORF81M1LAtGCtT249All0
ORF81M1delATG---4848B.1.2430.00334
ORF81M1delATG---3737AY.290.000584
ORF81M1TaTgaCg2828B.1.1.70.000025
ORF81M1RaTgaGg2323AY.4.20.000499
ORF81M1delATG---1717B0.002173
ORF81M1RATGCGA415B.1.6250.009412
ORF81M1RaTGaGA415B.1.6250.009412
ORF81M1RaTgaGg315B.1.6250.007059
ORF81M1RATgCGg315B.1.6250.007059
ORF81M1RATGCGC115B.1.6250.002353
ORF81M1IatGatT814AY.40.000012
ORF81M1IatGatA514AY.40.000008
ORF81M1IatGatC114AY.40.000002
ORF81M1IatGatT1214AY.430.000053
ORF81M1IatGatC214AY.430.000009
ORF81M1IatGatT1214AY.440.000073
ORF81M1IatGatA214AY.440.000012
ORF81M1delATG---1414B.1.10.000254
ORF81M1IatGatT914B.1.1.70.000008
ORF81M1IatGatA314B.1.1.70.000003
ORF81M1IatGatC214B.1.1.70.000002
ORF81M1KaTgaAg1113All0.000002
ORF81M1KaTGaAA213All0
ORF81M1IatGatT1213AY.1030.000075
ORF81M1IatGatC113AY.1030.000006
ORF81M1IatGatT1313B.1.2580.000865
ORF81M1del2aTGa--1212All0.000002
ORF81M1IatGatA612B.10.000055
ORF81M1IatGatT412B.10.000037
ORF81M1IatGatC212B.10.000018
ORF81M1RaTgaGg1212B.1.617.20.000045
ORF81M1IatGatT1112B.1.617.20.000041
ORF81M1IatGatA112B.1.617.20.000004
ORF81M1RaTgaGg1111AY.430.000049
ORF81M1VAtGGtA4100.222222
ORF81M1VAtgGtg2100.111111
ORF81M1VAtGGtT2100.111111
ORF81M1VAtGGtC2100.111111
ORF81M1delATG---1010B.10.000092
ORF81M1delATG---1010B.1.20.000088
ORF81M1TaTgaCg99C.160.009544
ORF81M1LAtGTtA280.111111
ORF81M1LAtGCtT280.111111
ORF81M1LAtgCtg280.111111
ORF81M1LAtGCtC280.111111
ORF81M1VAtgGtg88AY.200.000311
ORF81M1TaTgaCg88AY.250.000048
ORF81M1VAtgGtg88AY.330.000534
ORF81M1LAtgTtg88B.1.1.70.000007
ORF81M1VAtgGtg88B.1.20.00007
ORF81M1IatGatT88B.1.617.10.001032
ORF81M1LAtGCtA48B.1.6250.009412
ORF81M1LAtgCtg38B.1.6250.007059
ORF81M1LAtGCtC18B.1.6250.002353
ORF81M1IatGatA57B.1.10.000091
ORF81M1IatGatC17B.1.10.000018
ORF81M1IatGatT17B.1.10.000018
ORF81M1delATG---77B.1.1.2650.022082
ORF81M1IatGatT67B.1.1.5190.000238
ORF81M1IatGatA17B.1.1.5190.00004
ORF81M1del2aTGa--77B.1.1.70.000006
ORF81M1delATG---77B.1.617.20.000026
ORF81M1IatGatT260.111111
ORF81M1IatGatA260.111111
ORF81M1IatGatC260.111111
ORF81M1delATG---66AY.29.10.001323
ORF81M1delATG---66AY.30.00006
ORF81M1VAtgGtg66AY.40.000009
ORF81M1RaTgaGg66AY.50.000124
ORF81M1IatGatT66AY.90.000406
ORF81M1TaTgaCg66B.10.000055
ORF81M1VAtgGtg56B.1.10.000091
ORF81M1VAtGGtA16B.1.10.000018
ORF81M1delATG---66B.1.243.20.086957
ORF81M1delATG---66P.10.000095
ORF81M1IatGatT36P.10.000047
ORF81M1IatGatA26P.10.000032
ORF81M1IatGatC16P.10.000016
ORF81M1LAtgTtg55AY.39.10.000198
ORF81M1delATG---55AY.440.00003
ORF81M1VAtgGtg55AY.440.00003
ORF81M1IatGatT55AY.60.000206
ORF81M1TaTgaCg55AY.9.20.000184
ORF81M1VAtgGtg55B.10.000046
ORF81M1LAtgTtg55B.1.1.3180.001509
ORF81M1delATG---55B.1.1.5190.000199
ORF81M1delATG---55B.1.5260.000118
ORF81M1IatGatA45B.1.6250.009412
ORF81M1IatGatC15B.1.6250.002353
ORF81M1FAtGTtT44All0.000001
ORF81M1delATG---44AT.10.020513
ORF81M1TaTgaCg44AY.1030.000025
ORF81M1RaTgaGg44AY.1200.000149
ORF81M1IatGatT44AY.250.000024
ORF81M1IatGatT34AY.98.10.000145
ORF81M1IatGatC14AY.98.10.000048
ORF81M1TaTGaCA24B.1.1.250.001137
ORF81M1TaTgaCg24B.1.1.250.001137
ORF81M1IatGatC44B.1.1.2850.026144
ORF81M1IatGatC23A.23.10.001408
ORF81M1IatGatT13A.23.10.000704
ORF81M1delATG---33AY.1030.000019
ORF81M1VAtgGtg33AY.30.00003
ORF81M1delATG---33AY.370.000948
ORF81M1IatGatT33AY.380.001498
ORF81M1TaTgaCg33AY.40.000005
ORF81M1delATG---33AY.430.000013
ORF81M1TaTgaCg33AY.470.000093
ORF81M1delATG---33AY.480.001395
ORF81M1RaTgaGg33AY.60.000123
ORF81M1TaTgaCg23B.1.10.000036
ORF81M1TaTGaCA13B.1.10.000018
ORF81M1LAtgTtg33B.1.1.5190.000119
ORF81M1delATG---33B.1.1260.003827
ORF81M1IatGatT33B.1.1600.000094
ORF81M1IatGatT23B.1.5260.000047
ORF81M1IatGatC13B.1.5260.000024
ORF81M1IatGatT33B.1.6280.001057
ORF81M1IatGatA33D.20.000225
ORF81M1TaTgaCg33P.10.000047
ORF81M1TaTgaCg33P.20.00056
ORF81M1delATG---220.111111
ORF81M1IatGatT12A.10.000282
ORF81M1IatGatA12A.10.000282
ORF81M1delATG---22A.2.20.003378
ORF81M1delATG---22AD.20.000438
ORF81M1del1Atg-tg12All0
ORF81M1del1atGat-12All0
ORF81M1AATGGCA12All0
ORF81M1SaTGaGT12All0
ORF81M1AATgGCg12All0
ORF81M1SaTGaGC12All0
ORF81M1IatGatC12AY.1170.000085
ORF81M1IatGatT12AY.1170.000085
ORF81M1delATG---22AY.1180.000125
ORF81M1IatGatT22AY.130.000322
ORF81M1IatGatT22AY.260.000057
ORF81M1VAtgGtg22AY.260.000057
ORF81M1IatGatT12AY.290.000016
ORF81M1IatGatC12AY.290.000016
ORF81M1TaTgaCg22AY.30.00002
ORF81M1RaTgaGg22AY.360.000296
ORF81M1LAtgTtg22AY.40.000003
ORF81M1IatGatC12AY.4.20.000022
ORF81M1IatGatT12AY.4.20.000022
ORF81M1RaTgaGg22AY.4.2.10.000298
ORF81M1delATG---22AY.470.000062
ORF81M1IatGatT22AY.750.000112
ORF81M1TaTgaCg22AY.980.000158
ORF81M1IatGatT12AY.99.20.000092
ORF81M1IatGatC12AY.99.20.000092
ORF81M1delATG---22B.1.1.2140.000111
ORF81M1delATG---22B.1.1.3060.000877
ORF81M1IatGatT22B.1.1.5230.003125
ORF81M1IatGatA12B.1.1770.000013
ORF81M1IatGatT12B.1.1770.000013
ORF81M1IatGatT22B.1.177.40.000422
ORF81M1delATG---22B.1.3510.000059
ORF81M1FAtGTtT22B.1.360.000292
ORF81M1delATG---22B.1.4270.000101
ORF81M1IatGatT12B.1.4270.00005
ORF81M1IatGatC12B.1.4270.00005
ORF81M1delATG---22B.1.4290.000047
ORF81M1delATG---22B.1.5680.002222
ORF81M1IatGatC12B.1.5960.000087
ORF81M1IatGatA12B.1.5960.000087
ORF81M1VAtgGtg22B.1.6090.000959
ORF81M1delATG---22B.1.6210.000177
ORF81M1IatGatT22B.40.004415
ORF81M1IatGatT12B.400.000364
ORF81M1IatGatC12B.400.000364
ORF81M1AATgGCg12P.10.000016
ORF81M1AATGGCA12P.10.000016
ORF81M1delATG---22P.1.120.000968
ORF81M1delATG---22P.1.150.000465
ORF81M1VAtgGtg11A0.000387
ORF81M1TaTgaCg11A.2.40.003367
ORF81M1VAtgGtg11A.2.40.003367
ORF81M1delATG---11A.2.50.000499
ORF81M1delATG---11A.23.10.000704
ORF81M1TaTgaCg11AY.1000.000046
ORF81M1VAtgGtg11AY.1000.000046
ORF81M1IatGatT11AY.1000.000046
ORF81M1delATG---11AY.1000.000046
ORF81M1LAtgTtg11AY.1030.000006
ORF81M1delATG---11AY.1070.000466
ORF81M1delATG---11AY.1080.001103
ORF81M1RaTgaGg11AY.1090.00074
ORF81M1RaTgaGg11AY.1110.000183
ORF81M1TaTgaCg11AY.1190.000035
ORF81M1VAtgGtg11AY.1200.000037
ORF81M1delATG---11AY.1200.000037
ORF81M1KaTgaAg11AY.130.000161
ORF81M1RaTgaGg11AY.140.000088
ORF81M1VAtgGtg11AY.160.00038
ORF81M1delATG---11AY.200.000039
ORF81M1LAtgTtg11AY.200.000039
ORF81M1IatGatC11AY.230.00007
ORF81M1RaTgaGg11AY.250.000006
ORF81M1delATG---11AY.250.000006
ORF81M1KaTgaAg11AY.250.000006
ORF81M1VAtgGtg11AY.250.000006
ORF81M1delATG---11AY.260.000028
ORF81M1VAtgGtg11AY.290.000016
ORF81M1IatGatT11AY.30.00001
ORF81M1delATG---11AY.360.000148
ORF81M1TaTgaCg11AY.380.000499
ORF81M1delATG---11AY.390.000025
ORF81M1LAtgTtg11AY.390.000025
ORF81M1KaTgaAg11AY.390.000025
ORF81M1TaTGaCT11AY.390.000025
ORF81M1delATG---11AY.4.20.000022
ORF81M1delATG---11AY.4.50.000107
ORF81M1RaTgaGg11AY.4.50.000107
ORF81M1RaTgaGg11AY.420.00004
ORF81M1IatGatT11AY.420.00004
ORF81M1TaTgaCg11AY.430.000004
ORF81M1LAtgTtg11AY.430.000004
ORF81M1VAtgGtg11AY.430.000004
ORF81M1KaTGaAA11AY.430.000004
ORF81M1LAtgTtg11AY.440.000006
ORF81M1IatGatT11AY.460.000104
ORF81M1RaTgaGg11AY.46.50.000198
ORF81M1TaTgaCg11AY.50.000021
ORF81M1VAtgGtg11AY.540.000095
ORF81M1delATG---11AY.550.000917
ORF81M1IatGatT11AY.570.000656
ORF81M1KaTGaAA11AY.580.000907
ORF81M1VAtgGtg11AY.590.00053
ORF81M1delATG---11AY.670.000464
ORF81M1IatGatT11AY.70.000196
ORF81M1delATG---11AY.740.000116
ORF81M1delATG---11AY.750.000056
ORF81M1KaTgaAg11AY.750.000056
ORF81M1KaTgaAg11AY.75.10.00018
ORF81M1TaTGaCA11AY.840.000437
ORF81M1IatGatA11AY.840.000437
ORF81M1IatGatT11AY.910.00073
ORF81M1VAtgGtg11AY.98.10.000048
ORF81M1delATG---11AY.990.001049
ORF81M1delATG---11AY.99.10.001553
ORF81M1del2aTGa--11AZ.20.000821
ORF81M1IatGatT11B0.000128
ORF81M1KaTgaAg11B.1.10.000018
ORF81M1LAtgTtg11B.1.1.10.000327
ORF81M1IatGatA11B.1.1.1690.018182
ORF81M1TaTgaCg11B.1.1.1710.003676
ORF81M1delATG---11B.1.1.2160.00089
ORF81M1TaTgaCg11B.1.1.280.000311
ORF81M1IatGatA11B.1.1.2820.011628
ORF81M1delATG---11B.1.1.2840.000107
ORF81M1LAtgTtg11B.1.1.2840.000107
ORF81M1IatGatT11B.1.1.3060.000438
ORF81M1VAtgGtg11B.1.1.3110.000358
ORF81M1delATG---11B.1.1.3540.004386
ORF81M1delATG---11B.1.1.370.000193
ORF81M1IatGatT11B.1.1.3980.003226
ORF81M1delATG---11B.1.1.440.00241
ORF81M1delATG---11B.1.1.5250.005464
ORF81M1RATGCGA11B.1.1.5280.004808
ORF81M1KaTgaAg11B.1.1.70.000001
ORF81M1IatGatT11B.1.110.30.000718
ORF81M1VAtgGtg11B.1.1470.000756
ORF81M1KaTgaAg11B.1.1600.000031
ORF81M1TaTgaCg11B.1.1600.000031
ORF81M1RaTgaGg11B.1.1600.000031
ORF81M1IatGatT11B.1.160.160.000929
ORF81M1TaTgaCg11B.1.1770.000013
ORF81M1delATG---11B.1.1770.000013
ORF81M1LAtgTtg11B.1.1770.000013
ORF81M1IatGatT11B.1.177.140.006098
ORF81M1IatGatA11B.1.177.310.011494
ORF81M1TaTgaCg11B.1.177.40.000211
ORF81M1del2aTGa--11B.1.177.500.004695
ORF81M1delATG---11B.1.177.540.000606
ORF81M1delATG---11B.1.177.630.002703
ORF81M1delATG---11B.1.177.70.000165
ORF81M1delATG---11B.1.177.830.001481
ORF81M1delATG---11B.1.1950.005025
ORF81M1IatGatT11B.1.20.000009
ORF81M1TaTgaCg11B.1.20.000009
ORF81M1KaTgaAg11B.1.20.000009
ORF81M1RaTgaGg11B.1.2210.000071
ORF81M1IatGatT11B.1.2210.000071
ORF81M1del2aTGa--11B.1.2430.00007
ORF81M1delATG---11B.1.2580.000067
ORF81M1VAtgGtg11B.1.2580.000067
ORF81M1IatGatA11B.1.258.110.000396
ORF81M1IatGatA11B.1.258.230.02381
ORF81M1LAtgTtg11B.1.3200.001245
ORF81M1TaTgaCg11B.1.3400.004292
ORF81M1del1atGat-11B.1.36.290.000517
ORF81M1TaTgaCg11B.1.362.20.004717
ORF81M1VAtgGtg11B.1.3690.000285
ORF81M1delATG---11B.1.3690.000285
ORF81M1IatGatT11B.1.3690.000285
ORF81M1VAtgGtg11B.1.3750.00082
ORF81M1VAtgGtg11B.1.4160.001269
ORF81M1IatGatT11B.1.4220.000812
ORF81M1VAtgGtg11B.1.4270.00005
ORF81M1TaTgaCg11B.1.4270.00005
ORF81M1IatGatA11B.1.4520.013699
ORF81M1FAtGTtT11B.1.4680.005714
ORF81M1delATG---11B.1.4700.001404
ORF81M1IatGatT11B.1.5250.000113
ORF81M1VAtgGtg11B.1.5350.028571
ORF81M1IatGatA11B.1.575.10.002439
ORF81M1delATG---11B.1.5760.000907
ORF81M1delATG---11B.1.5820.000491
ORF81M1delATG---11B.1.5960.000087
ORF81M1del1Atg-tg11B.1.617.20.000004
ORF81M1VAtgGtg11B.1.617.20.000004
ORF81M1FAtGTtT11B.1.6200.000946
ORF81M1TaTgaCg11B.1.6210.000089
ORF81M1SaTGaGC11B.1.6250.002353
ORF81M1delATG---11B.1.6300.005236
ORF81M1KaTgaAg11B.1.6370.000073
ORF81M1IatGatA11B.1.6370.000073
ORF81M1IatGatT11B.280.003279
ORF81M1IatGatA11B.550.00295
ORF81M1IatGatT11B.570.015152
ORF81M1RaTgaGg11B.60.00091
ORF81M1TaTgaCg11B.60.00091
ORF81M1delATG---11C.260.007353
ORF81M1TaTgaCg11C.360.000911
ORF81M1delATG---11C.370.000116
ORF81M1IatGatT11C.370.000116
ORF81M1VAtgGtg11C.370.000116
ORF81M1VAtgGtg11P.10.000016
ORF81M1LAtgCtg11P.10.000016
ORF81M1SaTGaGT11P.10.000016
ORF81M1delATG---11P.1.140.000048
ORF81M1del2aTGa--11P.1.150.000232
ORF81M1delATG---11P.1.170.000162
ORF81M1TaTgaCg11P.1.20.001156
ORF81M1IatGatT11P.20.000187
ORF81M1KaTgaAg11P.20.000187
ORF81M1del2aTGa--11Q.80.000165
ORF81M1delATG---11R.10.00009