CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF7b : CodonNum = 40 & Codon = aTt

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF7b	40	T40I		nonsyn	aCt	aTt	2383322	2381370	0.999181	27873-27875

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2381370	2383322	All	0.455465
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	631649	631721	AY.4	0.983113
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	220158	221069	B.1.617.2	0.828986
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	202048	202130	AY.43	0.895166
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	165065	165090	AY.25	0.992836
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	161712	161721	AY.44	0.984302
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	159673	159680	AY.103	0.991419
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	99880	99886	AY.3	0.993445
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	63276	63276	AY.29	0.998091
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	47845	47857	AY.5	0.987962
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	45900	45927	AY.4.2	0.99551
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	39241	39241	AY.39	0.969704
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	37560	37560	AY.102	0.995864
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	28078	28082	AY.119	0.991385
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	26386	26387	AY.120	0.981002
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	25522	25523	AY.20	0.991916
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	25112	25133	AY.39.1	0.994771
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	24555	24557	AY.42	0.987851
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	24193	24195	AY.6	0.995023
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	21417	21436	AY.100	0.985324
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	20281	20284	AY.98.1	0.982226
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	15789	15790	AY.118	0.989162
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	14785	14788	AY.33	0.987312
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	13839	13839	AY.23	0.965265
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	13637	13637	AY.46.6	0.984692
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	11765	12347	AY.98	0.929378
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	11688	11688	AY.3.1	0.996504
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	11537	11538	AY.117	0.975068
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	10699	10700	AY.99.2	0.985992
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	10188	10188	AY.34	0.987879
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	9255	9257	AY.4.5	0.99484
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	9254	9255	AY.46	0.963156
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	8846	8846	AY.7.1	0.996957
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	7987	7990	AY.45	0.971891
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	7287	7287	AY.121	0.986062
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	6795	6795	AY.113	0.967535
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	6651	6651	AY.36	0.985771
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	6626	6626	AY.4.2.1	0.987187
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	6054	6054	AY.46.4	0.995887
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	5430	5430	AY.111	0.994505
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	5074	5074	AY.7	0.994512
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	5035	5035	AY.46.5	0.999008
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	4521	4522	AY.29.1	0.996913
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	4284	4285	AY.114	0.990062
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	4213	4213	AY.110	0.474758
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3498	3498	AY.5.4	0.967903
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3481	3481	AY.93	0.950573
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3409	3409	AY.116	0.977631
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3352	3352	AY.41	0.985303
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3259	3264	AY.92	0.936225
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3200	3200	AY.116.1	0.996574
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3092	3092	AY.120.1	0.992616
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3082	3082	AY.12	0.974083
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2914	2915	AY.5.3	0.983131
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2497	2497	AY.1	0.988128
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2415	2415	AY.4.4	0.988134
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2396	2396	AY.23.1	1
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2305	2305	AY.85	0.984622
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2277	2277	AY.106	0.762559
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2243	2243	AY.84	0.98119
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2243	2243	AY.94	0.992917
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2123	2123	AY.107	0.989282
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2023	2023	AY.101	0.992153
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2003	2003	AY.120.2.1	0.998007
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1944	1944	AY.34.1	0.991331
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1812	1813	AY.32	0.964856
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1767	1767	AY.7.2	0.988255
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1462	1462	AY.105	0.940193
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1448	1448	AY.90	0.991102
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1428	1428	AY.46.2	0.907243
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1376	1376	AY.39.1.1	0.997101
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1355	1356	AY.4.1	0.999263
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1339	1339	AY.109	0.990385
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1339	1339	AY.91	0.978086
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1269	1270	AY.95	0.965753
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1179	1179	AY.87	0.981682
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1163	1163	AY.86	0.965145
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1145	1145	AY.4.3	0.963805
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1087	1087	AY.88	0.961096
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1057	1058	AY.46.3	0.986928
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	962	962	AY.46.1	0.98768
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	953	955	AY.47	0.029643
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	934	935	AY.75	0.052325
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	922	924	B.1	0.008445
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	873	921	B.1.1.7	0.000782
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	905	905	AY.99	0.949633
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	882	882	AY.80	0.995485
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	837	837	AY.77	0.94363
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	819	819	AY.79	0.991525
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	760	760	AY.108	0.837927
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	734	734	AY.9.2	0.02696
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	722	722	AY.120.2	0.928021
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	668	668	AY.82	0.906377
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	646	646	AY.39.2	0.995378
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	631	631	AY.99.1	0.979814
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	617	617	AY.78	0.950693
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	608	608	AY.73	0.404524
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	583	583	AY.97	0.991497
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	560	560	AY.83	0.965517
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	506	506	AY.68	0.138516
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	496	496	AY.104	0.984127
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	486	486	AY.81	0.968127
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	470	470	AY.22	0.983264
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	464	464	AY.21	0.880455
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	432	432	AY.55	0.39633
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	428	428	AY.96	0.887967
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	400	400	AY.5.2	0.985222
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	387	387	AY.74	0.044755
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	326	326	AY.54	0.031083
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	286	286	AY.58	0.259528
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	278	280	AY.19	0.31699
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	273	273	AY.59	0.144597
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	266	266	AY.5.1	1
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	259	259	AY.75.1	0.0467
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	247	248	AY.26	0.006993
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	243	243	AY.91.1	0.987805
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	233	234	B	0.02978
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	209	209	B.1.1.397	0.470721
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	205	205	AY.76	0.990338
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	204	204	AY.89	1
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	200	200	AY.52	0.162866
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	190	190	AY.115	0.989583
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	188	188	AY.53	0.054054
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	183	184	B.1.1	0.00332
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	179	179	AY.69	0.033414
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	169	169	AY.62	0.073638
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	168	168	AY.67	0.077994
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	165	165	AY.64	0.098214
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	159	159	AY.10	0.084261
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	149	149	AY.56	0.239165
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	144	147	AY.37	0.045512
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	136	136	AY.16	0.051632
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	133	133	AY.63	0.051451
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	108	108	AY.57	0.070866
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	105	105	B.1.1.63	0.040509
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	101	101	AY.14	0.008889
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	99	99	P.1	0.00156
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	97	97	AY.13	0.015615
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	94	94	AY.70	0.0196
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	94	94	B.1.596	0.008191
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	90	90	AY.40	0.086789
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	83	83	AY.35	0.019343
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	81	81	AY.48	0.037674
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	80	80	AY.24	0.034483
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	71	71	B.1.1.519	0.002819
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	57	62	B.1.2	0.000502
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	61	61	AY.60	0.057223
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	61	61	AY.65	0.032516
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	61	61	B.1.621	0.0054
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	56	56	AY.71	0.026603
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	53	53	AY.11	0.07095
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	53	53	B.1.177.53	0.126794
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	53	53	B.1.177.81	0.010034
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	51	51	B.1.1.214	0.002828
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	47	47	B.1.429	0.001106
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	44	45	AY.38	0.021967
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	39	39	AY.61	0.004086
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	37	37	AY.50	0.029576
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	33	33	B.1.177	0.000435
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	32	32	AY.49	0.102236
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	30	30	AY.17	0.245902
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	26	27	B.1.160	0.000811
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	25	25	AY.30	0.009893
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	23	24	C.37	0.002669
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	23	23	B.1.617.1	0.002966
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	21	21	AY.28	0.039698
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	21	21	AY.51	0.019091
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	19	19	AY.9	0.001284
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	19	19	B.1.1.27	0.107345
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	18	18	AY.9.1	0.001507
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	16	16	AY.66	0.017112
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	15	15	AY.16.1	0.007049
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	15	15	B.1.509	0.012987
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	15	15	P.1.14	0.000717
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	14	14	B.1.351	0.000416
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	13	13	AY.8	0.007879
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	13	13	P.1.17	0.002103
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	12	12	AY.27	0.000777
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	12	12	B.1.36	0.001751
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	12	12	B.1.526	0.000282
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	11	11	B.1.258	0.000732
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	11	11	P.1.7	0.003512
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	10	10	AY.72	0.013605
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	10	10	B.1.1.306	0.004384
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	10	10	B.1.1.526	0.035461
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	9	9	B.1.485	0.134328
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	7	8	A	0.002709
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	8	B.1.1.277	0.001517
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	8	8	B.1.340	0.034335
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	8	8	B.1.427	0.000404
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	8	8	B.1.576	0.007253
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	8	8	B.1.623	0.004292
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	8	8	P.1.15	0.001859
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	7	7	B.1.1.324	0.368421
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	7	7	B.1.177.12	0.001062
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	7	7	B.1.466.2	0.002739
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	7	7	C.1.2	0.029787
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	7	7	C.37.1	0.018325
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	7	7	P.1.1	0.002224
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	7	7	P.1.12	0.003388
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	6	6	B.1.1.28	0.001867
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	6	6	B.1.1.317	0.00247
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	6	6	B.1.177.57	0.001686
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	6	6	B.1.240	0.001293
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	6	6	B.1.375	0.004918
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	6	6	B.1.609	0.002876
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	4	6	B.1.637	0.000292
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	5	5	B.1.1.53	0.068493
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	5	5	B.1.214.2	0.002998
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	5	5	B.1.221	0.000355
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	4	4		0.222222
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	4	4	A.2	0.002647
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	4	4	AY.15	0.008889
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	4	4	AY.2	0.001425
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.1	0.001307
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.370	0.050633
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.523	0.00625
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	4	B.1.177.21	0.000229
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	4	4	B.1.177.72	0.013559
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	4	4	B.1.177.73	0.002265
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	4	4	B.1.221.2	0.016064
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	4	4	B.1.258.17	0.000416
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	4	4	C.36.3.1	0.01087
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	4	4	P.1.10	0.001078
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	4	Q.8	0.000495
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	A.27	0.004967
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.117	0.029126
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.161	0.010601
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.25	0.001706
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	3	B.1.1.284	0.000107
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	B.1.146	0.012712
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	B.1.214	0.010989
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	B.1.243	0.000209
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	B.1.335	0.030928
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	B.1.367	0.002377
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	B.1.369	0.000856
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	B.1.524	0.004219
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	B.1.580	0.012195
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	B.1.604	0.051724
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	3	B.1.627	0.00404
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	B.1.629	0.04
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	3	B.4	0.004415
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	B.55	0.00885
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	B.6	0.00273
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	C.26	0.022059
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	3	3	Q.1	0.000379
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	A.21	0.00554
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	AU.3	0.004219
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	AZ.2	0.001642
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.176	0.000879
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.216	0.001781
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.230	0.018349
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.273	0.013514
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.294	0.002532
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.347	0.036364
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	2	B.1.1.348	0.000796
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.518	0.012658
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.70	0.000682
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.111	0.00235
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.157	0.00597
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.158	0.047619
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.6	0.001953
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.60	0.000437
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.210	0.004264
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.234	0.000264
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.247	0.029851
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.329	0.001215
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.356	0.003454
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.400	0.000858
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.416	0.002538
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.425	0.005988
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.474	0.003802
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.544	0.012048
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.549	0.014388
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.560	0.009259
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.561	0.000794
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.564	0.000852
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.587	0.003795
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.600	0.011696
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.620	0.001892
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.621.1	0.001012
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	B.1.632	0.013423
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	C.36.3	0.001134
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	D.2	0.00015
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	P.1.13	0.001797
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	P.1.16	0.000748
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	P.1.2	0.002312
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	P.1.8	0.009569
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	P.2	0.000373
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	2	2	Q.3	0.00029
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	A.2.4	0.003367
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	A.2.5.1	0.004808
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	AY.31	0.018519
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.129	0.009174
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.141	0.002012
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.148	0.008772
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.203	0.016949
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.279	0.001121
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.326	0.001761
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.340	0.045455
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.362	0.005618
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.420	0.001006
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.44	0.00241
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.452	0.111111
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.528	0.004808
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.103	0.019231
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.124	0.007812
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.126	0.001276
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.131	0.008772
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.14	0.017544
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.142	0.002899
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.143	0.021277
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.170	0.00431
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.18	0.00116
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.62	0.001192
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.63	0.002703
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.179	0.003759
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.189	0.004292
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.199	0.004132
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.201	0.005682
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.218	0.005155
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.221.1	0.002907
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.243.2	0.014493
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.258.2	0.004505
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.258.21	0.007752
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.298	0.002114
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.301	0.005917
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.324	0.001605
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.325	0.006897
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.333	0.010526
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.336	0.002439
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.337	0.005587
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.351.5	0.0006
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.355	0.011111
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.362	0.001541
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.366	0.004878
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.380	0.006623
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.404	0.001302
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.413	0.004255
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.432	0.011236
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.433	0.003195
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.439	0.005917
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.450	0.011364
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.453	0.003236
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.497	0.000315
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.507	0.011236
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.550	0.013699
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.551	0.00129
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.554	0.004405
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.555	0.022222
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.564.1	0.001577
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.581	0.009434
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.582	0.000491
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.586	0.010989
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.595	0.000261
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.597	0.00463
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.599	0.00365
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.612	0.002653
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.628	0.000352
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.631	0.003367
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.70	0.02439
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.1.81	0.021277
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.3	0.000831
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.37	0.028571
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.40	0.000364
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.45	0.003831
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	B.6.8	0.008264
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	C.1	0.002392
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	C.14	0.004329
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	C.16	0.00106
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	C.18	0.002591
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	C.30.1	0.006711
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	C.36	0.000911
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	P.1.17.1	0.000875
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	P.1.9	0.004808
ORF7b	40	T40I	aCt	aTt	1	1	Q.4	0.000455

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.