CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF7b : CodonNum = 14

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF7b14L14deldelTTA---28782878127795-27797
ORF7b14L14SnonsyntTatCa12931293127795-27797
ORF7b14L14LsynttAttG9006620.73555627795-27797
ORF7b14L14LsynTtaCta9002280.25333327795-27797
ORF7b14L14LsynTtACtT90090.0127795-27797
ORF7b14L14LsynTtACtG90010.0011111127795-27797
ORF7b14L14FnonsynttAttC3773320.88063727795-27797
ORF7b14L14FnonsynttAttT377450.11936327795-27797
ORF7b14L14del1delTta-ta118740.62711927795-27797
ORF7b14L14del1delttAtt-118380.32203427795-27797
ORF7b14L14del1delTTA-NN11820.016949227795-27797
ORF7b14L14del1delTTa-Na11810.0084745827795-27797
ORF7b14L14del1delTTa-Aa11810.0084745827795-27797
ORF7b14L14del1delTtA-tN11810.0084745827795-27797
ORF7b14L14del1delTTACC-11810.0084745827795-27797
ORF7b14L14del2deltTAt--88760.86363627795-27797
ORF7b14L14del2delTTa--a88120.13636427795-27797
ORF7b14L14InonsynTtaAta32290.9062527795-27797
ORF7b14L14InonsynTtAAtT3230.0937527795-27797
ORF7b14L14XnonsyntTatAa1590.627795-27797
ORF7b14L14XnonsyntTatGa1560.427795-27797
ORF7b14L14VnonsynTtaGta77127795-27797
ORF7b14L14CnonsyntTAtGT650.83333327795-27797
ORF7b14L14CnonsyntTAtGC610.16666727795-27797
ORF7b14L14EnonsynTTaGAa22127795-27797
ORF7b14L14KnonsynTTaAAa22127795-27797
ORF7b14L14YnonsyntTAtAT22127795-27797
ORF7b14L14NnonsynTTAAAT22127795-27797
ORF7b14L14QnonsynTTaCAa11127795-27797

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF7b14L14delTTA---28782878All0.00055
ORF7b14L14StTatCa12931293All0.000247
ORF7b14L14delTTA---948948B.1.6200.896878
ORF7b14L14LttAttG662900All0.000127
ORF7b14L14LTtaCta228900All0.000044
ORF7b14L14LTtACtT9900All0.000002
ORF7b14L14LTtACtG1900All0
ORF7b14L14StTatCa472472B.1.5250.053412
ORF7b14L14delTTA---414414AY.40.000644
ORF7b14L14FttAttC332377All0.000063
ORF7b14L14FttAttT45377All0.000009
ORF7b14L14FttAttC326326B.1.1.70.000292
ORF7b14L14LttAttG214298B.1.1.70.000192
ORF7b14L14LTtaCta77298B.1.1.70.000069
ORF7b14L14LTtACtT7298B.1.1.70.000006
ORF7b14L14delTTA---226226B.1.1.70.000202
ORF7b14L14StTatCa204204B.1.617.20.000768
ORF7b14L14LttAttG171184AY.40.000266
ORF7b14L14LTtaCta13184AY.40.00002
ORF7b14L14StTatCa170170B.1.6300.890052
ORF7b14L14LttAttG133135AY.1030.000826
ORF7b14L14LTtaCta2135AY.1030.000012
ORF7b14L14StTatCa125125AY.40.000195
ORF7b14L14del1Tta-ta74118All0.000014
ORF7b14L14del1ttAtt-38118All0.000007
ORF7b14L14del1TTA-NN2118All0
ORF7b14L14del1TtA-tN1118All0
ORF7b14L14del1TTa-Aa1118All0
ORF7b14L14del1TTACC-1118All0
ORF7b14L14del1TTa-Na1118All0
ORF7b14L14delTTA---113113B.1.6320.758389
ORF7b14L14StTatCa103103AY.1020.002731
ORF7b14L14delTTA---9595B.1.360.013861
ORF7b14L14del2tTAt--7688All0.000015
ORF7b14L14del2TTa--a1288All0.000002
ORF7b14L14delTTA---8585AY.30.000845
ORF7b14L14del1Tta-ta5454B.1.1.70.000048
ORF7b14L14LTtaCta4550B.1.20.000396
ORF7b14L14LttAttG550B.1.20.000044
ORF7b14L14delTTA---4646P.10.000725
ORF7b14L14delTTA---4545B.10.000412
ORF7b14L14delTTA---4444AY.470.001369
ORF7b14L14delTTA---4444B.1.20.000387
ORF7b14L14delTTA---4242AY.430.000186
ORF7b14L14delTTA---4141AY.250.000247
ORF7b14L14delTTA---4141B.1.617.20.000154
ORF7b14L14delTTA---4040B.1.5260.00094
ORF7b14L14delTTA---3838AY.440.000231
ORF7b14L14delTTA---3636B.1.2210.002557
ORF7b14L14StTatCa3535B.1.1.70.000031
ORF7b14L14LttAttG2835B.1.617.20.000105
ORF7b14L14LTtaCta735B.1.617.20.000026
ORF7b14L14delTTA---3333AY.98.10.001598
ORF7b14L14ITtaAta2932All0.000006
ORF7b14L14ITtAAtT332All0.000001
ORF7b14L14delTTA---3232B.1.1770.000421
ORF7b14L14delTTA---2929AY.9.10.002428
ORF7b14L14delTTA---2727B.1.10.00049
ORF7b14L14delTTA---2626N.100.764706
ORF7b14L14StTatCa2323AY.440.00014
ORF7b14L14delTTA---2222AY.1030.000137
ORF7b14L14del1ttAtt-2222AY.30.000219
ORF7b14L14LTtaCta1322AY.430.000058
ORF7b14L14LttAttG922AY.430.00004
ORF7b14L14delTTA---2121B.1.1.3160.019426
ORF7b14L14StTatCa1919B.1.5260.000447
ORF7b14L14StTatCa1717AY.430.000075
ORF7b14L14LttAttG1417AY.440.000085
ORF7b14L14LTtaCta317AY.440.000018
ORF7b14L14XtTatAa915All0.000002
ORF7b14L14XtTatGa615All0.000001
ORF7b14L14delTTA---1515AY.200.000583
ORF7b14L14del2tTAt--1315B.1.5960.001133
ORF7b14L14del2TTa--a215B.1.5960.000174
ORF7b14L14delTTA---1414AY.1130.001993
ORF7b14L14LttAttG914B.10.000082
ORF7b14L14LTtaCta514B.10.000046
ORF7b14L14ITtaAta1313B.1.20.000114
ORF7b14L14FttAttT1313B.1.617.20.000049
ORF7b14L14LttAttG1212AY.90.000811
ORF7b14L14delTTA---1212B.1.1.1210.029126
ORF7b14L14del1Tta-ta1112B.1.1.3540.048246
ORF7b14L14del1TTA-NN112B.1.1.3540.004386
ORF7b14L14delTTA---1212B.1.1.5190.000477
ORF7b14L14LTtaCta1212B.1.4290.000282
ORF7b14L14StTatCa1111B.1.1.3060.004822
ORF7b14L14delTTA---1010B.1.2430.000696
ORF7b14L14delTTA---99AY.1020.000239
ORF7b14L14delTTA---99AY.1180.000564
ORF7b14L14StTatCa99AY.250.000054
ORF7b14L14delTTA---99AY.290.000142
ORF7b14L14delTTA---99AY.980.000711
ORF7b14L14del2tTAt--89B.1.1.70.000007
ORF7b14L14del2TTa--a19B.1.1.70.000001
ORF7b14L14LTtaCta88AY.290.000126
ORF7b14L14del2tTAt--88AY.40.000012
ORF7b14L14delTTA---88B.1.2580.000532
ORF7b14L14VTtaGta77All0.000001
ORF7b14L14LTtaCta57AY.1020.000133
ORF7b14L14LttAttG27AY.1020.000053
ORF7b14L14StTatCa77AY.1050.004502
ORF7b14L14delTTA---77AY.390.000173
ORF7b14L14delTTA---77B.1.4240.056452
ORF7b14L14ITtAAtT360.166667
ORF7b14L14ITtaAta360.166667
ORF7b14L14CtTAtGT56All0.000001
ORF7b14L14CtTAtGC16All0
ORF7b14L14del2tTAt--66AY.250.000036
ORF7b14L14delTTA---66AY.260.00017
ORF7b14L14LttAttG66AY.29.10.001323
ORF7b14L14delTTA---66B.1.1.1760.002636
ORF7b14L14StTatCa66B.1.177.840.04
ORF7b14L14delTTA---66B.1.4290.000141
ORF7b14L14del2tTAt--56B.1.617.20.000019
ORF7b14L14del2TTa--a16B.1.617.20.000004
ORF7b14L14FttAttT450.222222
ORF7b14L14FttAttC150.055556
ORF7b14L14StTatCa55AY.1000.00023
ORF7b14L14LttAttG45AY.250.000024
ORF7b14L14LTtaCta15AY.250.000006
ORF7b14L14StTatCa55AY.390.000124
ORF7b14L14LTtaCta55AY.50.000103
ORF7b14L14delTTA---55B.1.1.5060.185185
ORF7b14L14LttAttG55B.1.1.700.001705
ORF7b14L14StTatCa55B.1.1600.000156
ORF7b14L14LttAttG45B.1.2430.000278
ORF7b14L14LTtaCta15B.1.2430.00007
ORF7b14L14delTTA---55B.1.3510.000149
ORF7b14L14delTTA---55B.1.351.20.001513
ORF7b14L14FttAttT55B.1.4290.000118
ORF7b14L14delTTA---55B.1.621.10.002529
ORF7b14L14delTTA---55C.160.005302
ORF7b14L14delTTA---44AY.1200.000149
ORF7b14L14FttAttT44AY.40.000006
ORF7b14L14delTTA---44AY.4.20.000087
ORF7b14L14del1ttAtt-44AY.440.000024
ORF7b14L14StTatCa44AY.640.002381
ORF7b14L14delTTA---44AY.660.004278
ORF7b14L14StTatCa44AY.840.00175
ORF7b14L14delTTA---44AY.90.00027
ORF7b14L14StTatCa44AY.980.000316
ORF7b14L14StTatCa44B.10.000037
ORF7b14L14delTTA---44B.1.1.2140.000222
ORF7b14L14delTTA---44B.1.1.330.001684
ORF7b14L14ITtaAta44B.1.1.70.000004
ORF7b14L14delTTA---44B.1.177.860.000734
ORF7b14L14del1ttAtt-44B.1.20.000035
ORF7b14L14del2tTAt--24B.1.20.000018
ORF7b14L14del2TTa--a24B.1.20.000018
ORF7b14L14LttAttG24B.1.4270.000101
ORF7b14L14LTtaCta14B.1.4270.00005
ORF7b14L14LTtACtT14B.1.4270.00005
ORF7b14L14delTTA---44B.1.438.10.000429
ORF7b14L14delTTA---44B.1.4560.013072
ORF7b14L14StTatCa44B.1.5950.001044
ORF7b14L14delTTA---44Q.10.000505
ORF7b14L14delTTA---44Q.80.00066
ORF7b14L14delTTA---33A0.001161
ORF7b14L14del2tTAt--33AY.1030.000019
ORF7b14L14StTatCa33AY.1110.000549
ORF7b14L14del2tTAt--33AY.1110.000549
ORF7b14L14delTTA---33AY.1210.000406
ORF7b14L14del1Tta-ta13AY.250.000006
ORF7b14L14del1TTa-Aa13AY.250.000006
ORF7b14L14del1ttAtt-13AY.250.000006
ORF7b14L14LttAttG23AY.260.000057
ORF7b14L14LTtaCta13AY.260.000028
ORF7b14L14LttAttG33AY.30.00003
ORF7b14L14del2tTAt--33AY.30.00003
ORF7b14L14LTtaCta23AY.3.10.000171
ORF7b14L14LttAttG13AY.3.10.000085
ORF7b14L14StTatCa33AY.4.20.000065
ORF7b14L14ITtaAta33AY.440.000018
ORF7b14L14StTatCa33AY.460.000312
ORF7b14L14StTatCa33AY.50.000062
ORF7b14L14delTTA---33AY.50.000062
ORF7b14L14delTTA---33AY.780.004622
ORF7b14L14StTatCa33AY.820.004071
ORF7b14L14del2tTAt--33B.1.10.000054
ORF7b14L14LttAttG23B.1.10.000036
ORF7b14L14LTtACtG13B.1.10.000018
ORF7b14L14delTTA---33B.1.1.1590.014019
ORF7b14L14delTTA---33B.1.1.250.001706
ORF7b14L14del2TTa--a33B.1.1.370.000579
ORF7b14L14delTTA---33B.1.177.570.000843
ORF7b14L14LttAttG33B.1.214.20.001799
ORF7b14L14delTTA---33B.1.2790.001541
ORF7b14L14LttAttG23B.1.3510.000059
ORF7b14L14LTtaCta13B.1.3510.00003
ORF7b14L14delTTA---33B.1.4160.003807
ORF7b14L14del2tTAt--33B.1.4290.000071
ORF7b14L14del1Tta-ta33B.1.5600.013889
ORF7b14L14delTTA---33B.1.5680.003333
ORF7b14L14delTTA---33B.1.5960.000261
ORF7b14L14XtTatAa33C.36.3.10.008152
ORF7b14L14delTTA---33P.1.140.000143
ORF7b14L14ETTaGAa220.111111
ORF7b14L14YtTAtAT220.111111
ORF7b14L14NTTAAAT220.111111
ORF7b14L14KTTaAAa220.111111
ORF7b14L14XtTatAa220.111111
ORF7b14L14VTtaGta220.111111
ORF7b14L14LttAttG12A0.000387
ORF7b14L14LTtaCta12A0.000387
ORF7b14L14StTatCa22AE.60.076923
ORF7b14L14NTTAAAT22All0
ORF7b14L14YtTAtAT22All0
ORF7b14L14ETTaGAa22All0
ORF7b14L14KTTaAAa22All0
ORF7b14L14delTTA---22AY.1000.000092
ORF7b14L14FttAttT22AY.1000.000092
ORF7b14L14StTatCa22AY.1030.000012
ORF7b14L14delTTA---22AY.1080.002205
ORF7b14L14delTTA---22AY.1170.000169
ORF7b14L14delTTA---22AY.1190.000071
ORF7b14L14LTtaCta22AY.1190.000071
ORF7b14L14StTatCa22AY.1190.000071
ORF7b14L14delTTA---22AY.120.20.002571
ORF7b14L14FttAttT22AY.140.000176
ORF7b14L14LTtaCta22AY.240.000862
ORF7b14L14StTatCa22AY.260.000057
ORF7b14L14delTTA---22AY.330.000134
ORF7b14L14StTatCa22AY.34.10.00102
ORF7b14L14LttAttG22AY.39.10.000079
ORF7b14L14del1Tta-ta12AY.40.000002
ORF7b14L14del1ttAtt-12AY.40.000002
ORF7b14L14delTTA---22AY.4.50.000215
ORF7b14L14delTTA---22AY.420.00008
ORF7b14L14LTtaCta22AY.450.000243
ORF7b14L14delTTA---22AY.46.60.000144
ORF7b14L14delTTA---22AY.530.000575
ORF7b14L14StTatCa22AY.550.001835
ORF7b14L14delTTA---22AY.580.001815
ORF7b14L14FttAttT22AY.70.000392
ORF7b14L14LttAttG22AY.750.000112
ORF7b14L14delTTA---22AY.750.000112
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

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