CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF7b : CodonNum = 14

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF7b14L14deldelTTA---28782878127795-27797
ORF7b14L14SnonsyntTatCa12931293127795-27797
ORF7b14L14LsynttAttG9006620.73555627795-27797
ORF7b14L14LsynTtaCta9002280.25333327795-27797
ORF7b14L14LsynTtACtT90090.0127795-27797
ORF7b14L14LsynTtACtG90010.0011111127795-27797
ORF7b14L14FnonsynttAttC3773320.88063727795-27797
ORF7b14L14FnonsynttAttT377450.11936327795-27797
ORF7b14L14del1delTta-ta118740.62711927795-27797
ORF7b14L14del1delttAtt-118380.32203427795-27797
ORF7b14L14del1delTTA-NN11820.016949227795-27797
ORF7b14L14del1delTTa-Na11810.0084745827795-27797
ORF7b14L14del1delTTa-Aa11810.0084745827795-27797
ORF7b14L14del1delTtA-tN11810.0084745827795-27797
ORF7b14L14del1delTTACC-11810.0084745827795-27797
ORF7b14L14del2deltTAt--88760.86363627795-27797
ORF7b14L14del2delTTa--a88120.13636427795-27797
ORF7b14L14InonsynTtaAta32290.9062527795-27797
ORF7b14L14InonsynTtAAtT3230.0937527795-27797
ORF7b14L14XnonsyntTatAa1590.627795-27797
ORF7b14L14XnonsyntTatGa1560.427795-27797
ORF7b14L14VnonsynTtaGta77127795-27797
ORF7b14L14CnonsyntTAtGT650.83333327795-27797
ORF7b14L14CnonsyntTAtGC610.16666727795-27797
ORF7b14L14EnonsynTTaGAa22127795-27797
ORF7b14L14KnonsynTTaAAa22127795-27797
ORF7b14L14YnonsyntTAtAT22127795-27797
ORF7b14L14NnonsynTTAAAT22127795-27797
ORF7b14L14QnonsynTTaCAa11127795-27797

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF7b14L14delTTA---28782878All0.00055
ORF7b14L14StTatCa12931293All0.000247
ORF7b14L14delTTA---948948B.1.6200.896878
ORF7b14L14LttAttG662900All0.000127
ORF7b14L14LTtaCta228900All0.000044
ORF7b14L14LTtACtT9900All0.000002
ORF7b14L14LTtACtG1900All0
ORF7b14L14StTatCa472472B.1.5250.053412
ORF7b14L14delTTA---414414AY.40.000644
ORF7b14L14FttAttC332377All0.000063
ORF7b14L14FttAttT45377All0.000009
ORF7b14L14FttAttC326326B.1.1.70.000292
ORF7b14L14LttAttG214298B.1.1.70.000192
ORF7b14L14LTtaCta77298B.1.1.70.000069
ORF7b14L14LTtACtT7298B.1.1.70.000006
ORF7b14L14delTTA---226226B.1.1.70.000202
ORF7b14L14StTatCa204204B.1.617.20.000768
ORF7b14L14LttAttG171184AY.40.000266
ORF7b14L14LTtaCta13184AY.40.00002
ORF7b14L14StTatCa170170B.1.6300.890052
ORF7b14L14LttAttG133135AY.1030.000826
ORF7b14L14LTtaCta2135AY.1030.000012
ORF7b14L14StTatCa125125AY.40.000195
ORF7b14L14del1Tta-ta74118All0.000014
ORF7b14L14del1ttAtt-38118All0.000007
ORF7b14L14del1TTA-NN2118All0
ORF7b14L14del1TtA-tN1118All0
ORF7b14L14del1TTa-Aa1118All0
ORF7b14L14del1TTACC-1118All0
ORF7b14L14del1TTa-Na1118All0
ORF7b14L14delTTA---113113B.1.6320.758389
ORF7b14L14StTatCa103103AY.1020.002731
ORF7b14L14delTTA---9595B.1.360.013861
ORF7b14L14del2tTAt--7688All0.000015
ORF7b14L14del2TTa--a1288All0.000002
ORF7b14L14delTTA---8585AY.30.000845
ORF7b14L14del1Tta-ta5454B.1.1.70.000048
ORF7b14L14LTtaCta4550B.1.20.000396
ORF7b14L14LttAttG550B.1.20.000044
ORF7b14L14delTTA---4646P.10.000725
ORF7b14L14delTTA---4545B.10.000412
ORF7b14L14delTTA---4444AY.470.001369
ORF7b14L14delTTA---4444B.1.20.000387
ORF7b14L14delTTA---4242AY.430.000186
ORF7b14L14delTTA---4141AY.250.000247
ORF7b14L14delTTA---4141B.1.617.20.000154
ORF7b14L14delTTA---4040B.1.5260.00094
ORF7b14L14delTTA---3838AY.440.000231
ORF7b14L14delTTA---3636B.1.2210.002557
ORF7b14L14StTatCa3535B.1.1.70.000031
ORF7b14L14LttAttG2835B.1.617.20.000105
ORF7b14L14LTtaCta735B.1.617.20.000026
ORF7b14L14delTTA---3333AY.98.10.001598
ORF7b14L14ITtaAta2932All0.000006
ORF7b14L14ITtAAtT332All0.000001
ORF7b14L14delTTA---3232B.1.1770.000421
ORF7b14L14delTTA---2929AY.9.10.002428
ORF7b14L14delTTA---2727B.1.10.00049
ORF7b14L14delTTA---2626N.100.764706
ORF7b14L14StTatCa2323AY.440.00014
ORF7b14L14delTTA---2222AY.1030.000137
ORF7b14L14del1ttAtt-2222AY.30.000219
ORF7b14L14LTtaCta1322AY.430.000058
ORF7b14L14LttAttG922AY.430.00004
ORF7b14L14delTTA---2121B.1.1.3160.019426
ORF7b14L14StTatCa1919B.1.5260.000447
ORF7b14L14StTatCa1717AY.430.000075
ORF7b14L14LttAttG1417AY.440.000085
ORF7b14L14LTtaCta317AY.440.000018
ORF7b14L14XtTatAa915All0.000002
ORF7b14L14XtTatGa615All0.000001
ORF7b14L14delTTA---1515AY.200.000583
ORF7b14L14del2tTAt--1315B.1.5960.001133
ORF7b14L14del2TTa--a215B.1.5960.000174
ORF7b14L14delTTA---1414AY.1130.001993
ORF7b14L14LttAttG914B.10.000082
ORF7b14L14LTtaCta514B.10.000046
ORF7b14L14ITtaAta1313B.1.20.000114
ORF7b14L14FttAttT1313B.1.617.20.000049
ORF7b14L14LttAttG1212AY.90.000811
ORF7b14L14delTTA---1212B.1.1.1210.029126
ORF7b14L14del1Tta-ta1112B.1.1.3540.048246
ORF7b14L14del1TTA-NN112B.1.1.3540.004386
ORF7b14L14delTTA---1212B.1.1.5190.000477
ORF7b14L14LTtaCta1212B.1.4290.000282
ORF7b14L14StTatCa1111B.1.1.3060.004822
ORF7b14L14delTTA---1010B.1.2430.000696
ORF7b14L14delTTA---99AY.1020.000239
ORF7b14L14delTTA---99AY.1180.000564
ORF7b14L14StTatCa99AY.250.000054
ORF7b14L14delTTA---99AY.290.000142
ORF7b14L14delTTA---99AY.980.000711
ORF7b14L14del2tTAt--89B.1.1.70.000007
ORF7b14L14del2TTa--a19B.1.1.70.000001
ORF7b14L14LTtaCta88AY.290.000126
ORF7b14L14del2tTAt--88AY.40.000012
ORF7b14L14delTTA---88B.1.2580.000532
ORF7b14L14VTtaGta77All0.000001
ORF7b14L14LTtaCta57AY.1020.000133
ORF7b14L14LttAttG27AY.1020.000053
ORF7b14L14StTatCa77AY.1050.004502
ORF7b14L14delTTA---77AY.390.000173
ORF7b14L14delTTA---77B.1.4240.056452
ORF7b14L14ITtAAtT360.166667
ORF7b14L14ITtaAta360.166667
ORF7b14L14CtTAtGT56All0.000001
ORF7b14L14CtTAtGC16All0
ORF7b14L14del2tTAt--66AY.250.000036
ORF7b14L14delTTA---66AY.260.00017
ORF7b14L14LttAttG66AY.29.10.001323
ORF7b14L14delTTA---66B.1.1.1760.002636
ORF7b14L14StTatCa66B.1.177.840.04
ORF7b14L14delTTA---66B.1.4290.000141
ORF7b14L14del2tTAt--56B.1.617.20.000019
ORF7b14L14del2TTa--a16B.1.617.20.000004
ORF7b14L14FttAttT450.222222
ORF7b14L14FttAttC150.055556
ORF7b14L14StTatCa55AY.1000.00023
ORF7b14L14LttAttG45AY.250.000024
ORF7b14L14LTtaCta15AY.250.000006
ORF7b14L14StTatCa55AY.390.000124
ORF7b14L14LTtaCta55AY.50.000103
ORF7b14L14delTTA---55B.1.1.5060.185185
ORF7b14L14LttAttG55B.1.1.700.001705
ORF7b14L14StTatCa55B.1.1600.000156
ORF7b14L14LttAttG45B.1.2430.000278
ORF7b14L14LTtaCta15B.1.2430.00007
ORF7b14L14delTTA---55B.1.3510.000149
ORF7b14L14delTTA---55B.1.351.20.001513
ORF7b14L14FttAttT55B.1.4290.000118
ORF7b14L14delTTA---55B.1.621.10.002529
ORF7b14L14delTTA---55C.160.005302
ORF7b14L14delTTA---44AY.1200.000149
ORF7b14L14FttAttT44AY.40.000006
ORF7b14L14delTTA---44AY.4.20.000087
ORF7b14L14del1ttAtt-44AY.440.000024
ORF7b14L14StTatCa44AY.640.002381
ORF7b14L14delTTA---44AY.660.004278
ORF7b14L14StTatCa44AY.840.00175
ORF7b14L14delTTA---44AY.90.00027
ORF7b14L14StTatCa44AY.980.000316
ORF7b14L14StTatCa44B.10.000037
ORF7b14L14delTTA---44B.1.1.2140.000222
ORF7b14L14delTTA---44B.1.1.330.001684
ORF7b14L14ITtaAta44B.1.1.70.000004
ORF7b14L14delTTA---44B.1.177.860.000734
ORF7b14L14del1ttAtt-44B.1.20.000035
ORF7b14L14del2tTAt--24B.1.20.000018
ORF7b14L14del2TTa--a24B.1.20.000018
ORF7b14L14LttAttG24B.1.4270.000101
ORF7b14L14LTtaCta14B.1.4270.00005
ORF7b14L14LTtACtT14B.1.4270.00005
ORF7b14L14delTTA---44B.1.438.10.000429
ORF7b14L14delTTA---44B.1.4560.013072
ORF7b14L14StTatCa44B.1.5950.001044
ORF7b14L14delTTA---44Q.10.000505
ORF7b14L14delTTA---44Q.80.00066
ORF7b14L14delTTA---33A0.001161
ORF7b14L14del2tTAt--33AY.1030.000019
ORF7b14L14StTatCa33AY.1110.000549
ORF7b14L14del2tTAt--33AY.1110.000549
ORF7b14L14delTTA---33AY.1210.000406
ORF7b14L14del1Tta-ta13AY.250.000006
ORF7b14L14del1TTa-Aa13AY.250.000006
ORF7b14L14del1ttAtt-13AY.250.000006
ORF7b14L14LttAttG23AY.260.000057
ORF7b14L14LTtaCta13AY.260.000028
ORF7b14L14LttAttG33AY.30.00003
ORF7b14L14del2tTAt--33AY.30.00003
ORF7b14L14LTtaCta23AY.3.10.000171
ORF7b14L14LttAttG13AY.3.10.000085
ORF7b14L14StTatCa33AY.4.20.000065
ORF7b14L14ITtaAta33AY.440.000018
ORF7b14L14StTatCa33AY.460.000312
ORF7b14L14StTatCa33AY.50.000062
ORF7b14L14delTTA---33AY.50.000062
ORF7b14L14delTTA---33AY.780.004622
ORF7b14L14StTatCa33AY.820.004071
ORF7b14L14del2tTAt--33B.1.10.000054
ORF7b14L14LttAttG23B.1.10.000036
ORF7b14L14LTtACtG13B.1.10.000018
ORF7b14L14delTTA---33B.1.1.1590.014019
ORF7b14L14delTTA---33B.1.1.250.001706
ORF7b14L14del2TTa--a33B.1.1.370.000579
ORF7b14L14delTTA---33B.1.177.570.000843
ORF7b14L14LttAttG33B.1.214.20.001799
ORF7b14L14delTTA---33B.1.2790.001541
ORF7b14L14LttAttG23B.1.3510.000059
ORF7b14L14LTtaCta13B.1.3510.00003
ORF7b14L14delTTA---33B.1.4160.003807
ORF7b14L14del2tTAt--33B.1.4290.000071
ORF7b14L14del1Tta-ta33B.1.5600.013889
ORF7b14L14delTTA---33B.1.5680.003333
ORF7b14L14delTTA---33B.1.5960.000261
ORF7b14L14XtTatAa33C.36.3.10.008152
ORF7b14L14delTTA---33P.1.140.000143
ORF7b14L14ETTaGAa220.111111
ORF7b14L14YtTAtAT220.111111
ORF7b14L14NTTAAAT220.111111
ORF7b14L14KTTaAAa220.111111
ORF7b14L14XtTatAa220.111111
ORF7b14L14VTtaGta220.111111
ORF7b14L14LttAttG12A0.000387
ORF7b14L14LTtaCta12A0.000387
ORF7b14L14StTatCa22AE.60.076923
ORF7b14L14NTTAAAT22All0
ORF7b14L14YtTAtAT22All0
ORF7b14L14ETTaGAa22All0
ORF7b14L14KTTaAAa22All0
ORF7b14L14delTTA---22AY.1000.000092
ORF7b14L14FttAttT22AY.1000.000092
ORF7b14L14StTatCa22AY.1030.000012
ORF7b14L14delTTA---22AY.1080.002205
ORF7b14L14delTTA---22AY.1170.000169
ORF7b14L14delTTA---22AY.1190.000071
ORF7b14L14LTtaCta22AY.1190.000071
ORF7b14L14StTatCa22AY.1190.000071
ORF7b14L14delTTA---22AY.120.20.002571
ORF7b14L14FttAttT22AY.140.000176
ORF7b14L14LTtaCta22AY.240.000862
ORF7b14L14StTatCa22AY.260.000057
ORF7b14L14delTTA---22AY.330.000134
ORF7b14L14StTatCa22AY.34.10.00102
ORF7b14L14LttAttG22AY.39.10.000079
ORF7b14L14del1Tta-ta12AY.40.000002
ORF7b14L14del1ttAtt-12AY.40.000002
ORF7b14L14delTTA---22AY.4.50.000215
ORF7b14L14delTTA---22AY.420.00008
ORF7b14L14LTtaCta22AY.450.000243
ORF7b14L14delTTA---22AY.46.60.000144
ORF7b14L14delTTA---22AY.530.000575
ORF7b14L14StTatCa22AY.550.001835
ORF7b14L14delTTA---22AY.580.001815
ORF7b14L14FttAttT22AY.70.000392
ORF7b14L14LttAttG22AY.750.000112
ORF7b14L14delTTA---22AY.750.000112
ORF7b14L14LttAttG22AY.980.000158
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