CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF7a : Mut = Q62X

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF7a	62	Q62X		nonsyn	Caa	Taa	38426	38420	0.999844	27577-27579
ORF7a	62	Q62X		nonsyn	CaA	TaG	38426	4	0.000104096	27577-27579
ORF7a	62	Q62X		nonsyn	CAa	TGa	38426	2	0.0000520481	27577-27579

Details of the mutation Q62X within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	38420	38426	All	0.007348
ORF7a	62	Q62X	CaA	TaG	4	38426	All	0.000001
ORF7a	62	Q62X	CAa	TGa	2	38426	All	0
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	30723	30723	B.1.1.7	0.027504
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	1248	1248	AY.4	0.001942
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	849	850	AY.25	0.005107
ORF7a	62	Q62X	CaA	TaG	1	850	AY.25	0.000006
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	797	798	B.1.617.2	0.003001
ORF7a	62	Q62X	CAa	TGa	1	798	B.1.617.2	0.000004
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	607	607	AY.100	0.027926
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	422	422	AY.39.1	0.016717
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	327	327	AY.44	0.00199
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	260	260	AY.43	0.001152
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	246	246	Q.8	0.040567
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	234	234	AY.120	0.0087
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	221	221	AY.103	0.001372
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	103	103	B.1.1	0.001869
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	100	100	B.1.2	0.000881
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	91	91	B.1.526	0.002139
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	83	83	Q.1	0.010485
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	70	70	AY.3	0.000696
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	69	69	B.1.351	0.002051
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	66	66	AY.4.2	0.001431
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	66	66	B.1	0.000605
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	58	58	B.1.177	0.000764
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	57	57	B.1.36.2	0.612903
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	55	55	AY.9	0.003718
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	53	53	P.1	0.000835
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	50	50	AY.34	0.004848
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	47	47	B.1.525	0.005319
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	46	46	AY.29	0.000726
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	45	45	AY.102	0.001193
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	43	43	AY.45	0.005232
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	39	39	AY.13	0.006278
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	38	38	AY.92	0.010916
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	35	35	AY.39	0.000865
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	34	34	AY.118	0.00213
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	34	34	B.1.429	0.0008
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	34	34	C.37	0.003946
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	30	30	AY.36	0.004446
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	30	30	AY.5	0.000619
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	27	27	AY.20	0.001049
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	26	26	AY.26	0.000736
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	24	24	AY.119	0.000847
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	24	24	AY.33	0.001603
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	23	23	AY.6	0.000946
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	23	23	B.1.160	0.000717
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	21	21	AY.47	0.000653
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	21	21	AY.61	0.0022
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	21	21	B.1.596	0.00183
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	19	19	AY.117	0.001606
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	19	19	P.1.14	0.000908
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	18	18	B.1.1.519	0.000715
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	15	15	AY.107	0.00699
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	15	15	B.1.1.33	0.006313
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	14	14	AY.75	0.000784
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	14	14	AY.9.1	0.001172
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	14	14	B.1.243	0.000974
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	13	13	AY.42	0.000523
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	13	13	B.1.621	0.001151
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	12	12	AY.9.2	0.000441
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	12	12	B.1.221	0.000852
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	12	12	B.1.229	0.116505
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	12	12	P.1.7	0.003831
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	12	12	P.4	0.045627
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	11	11	AY.4.2.1	0.001639
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	11	11	AY.46	0.001145
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	11	11	B.1.1.351	0.030726
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	11	11	B.1.258	0.000732
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	11	11	B.1.401	0.090164
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	10	10	AY.120.2.1	0.004983
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	10	10	AY.4.5	0.001075
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	10	10	AY.57	0.006562
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	10	10	AY.99.2	0.000922
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	10	10	P.1.13	0.008985
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	10	10	P.1.17	0.001618
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	9	9	AY.46.6	0.00065
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	9	9	AY.75.1	0.001623
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	9	9	B.1.1.214	0.000499
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	8	8	AY.110	0.000902
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	8	8	AY.14	0.000704
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	8	8	AY.3.1	0.000682
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	8	8	AY.54	0.000763
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	8	8	AY.69	0.001493
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	8	8	AY.95	0.006088
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	8	8	B.1.177.12	0.001214
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	8	8	B.1.575	0.002427
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	8	8	B.1.582	0.003925
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	7	7	AY.35	0.001631
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	7	7	AY.98	0.000553
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	7	7	AY.98.1	0.000339
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	7	7	B.1.258.17	0.000728
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	7	7	B.1.427	0.000353
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	7	7	B.1.617.1	0.000903
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	6	6	AY.113	0.000854
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	6	6	AY.27	0.000388
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	6	6	AY.46.4	0.000987
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	6	6	AY.48	0.002791
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	6	6	AY.5.3	0.002024
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	6	6	B.1.177.21	0.000459
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	6	6	B.1.177.60	0.001311
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	6	6	B.1.177.7	0.000989
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	6	6	B.1.391	0.006764
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	5	5	A.2.5	0.002495
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	5	5	AY.101	0.002452
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	5	5	AY.116.1	0.001557
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	5	5	AY.23	0.000349
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	5	5	AY.37	0.00158
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	5	5	AY.76	0.024155
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	5	5	B.1.1.220	0.009294
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	5	5	B.1.1.243	0.020408
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	5	5	B.1.1.50	0.003394
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	5	5	B.1.595	0.001305
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	5	5	B.1.637	0.000365
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	5	5	B.3	0.004153
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	4	4	AA.2	0.030769
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	4	4	AY.111	0.000733
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	4	AY.114	0.000693
ORF7a	62	Q62X	CaA	TaG	1	4	AY.114	0.000231
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	4	4	AY.12	0.001264
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	4	4	AY.19	0.004561
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	4	4	AY.32	0.00213
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	4	4	AY.53	0.00115
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	4	4	AY.84	0.00175
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	4	4	AY.85	0.001709
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	4	4	B.1.1.170	0.004988
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	4	4	B.1.389	0.004008
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	4	4	B.1.438.1	0.000429
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	4	4	B.1.620	0.003784
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	4	B.1.628	0.001057
ORF7a	62	Q62X	CAa	TGa	1	4	B.1.628	0.000352
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	4	4	D.2	0.0003
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	A.1	0.000846
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	AY.121	0.000406
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	AY.29.1	0.000662
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	AY.4.4	0.001227
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	AY.46.1	0.00308
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	AY.62	0.001307
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	AY.67	0.001393
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	AY.73	0.001996
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	B.1.1.192	0.006928
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	B.1.1.269	0.00406
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	B.1.1.28	0.000934
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	B.1.1.301	0.003538
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	B.1.177.81	0.000568
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	B.1.375	0.002459
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	B.1.509	0.002597
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	B.1.551	0.003871
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	B.6.6	0.002667
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	3	3	P.1.12	0.001452
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	A	0.000774
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	A.2.5.2	0.003145
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	AY.106	0.00067
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	AY.120.1	0.000642
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	AY.16	0.000759
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	AY.16.1	0.00094
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	AY.30	0.000791
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	AY.34.1	0.00102
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	AY.46.2	0.001271
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	AY.64	0.00119
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	AY.7.1	0.000225
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	AY.74	0.000231
ORF7a	62	Q62X	CaA	TaG	2	2	AY.82	0.002714
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.1.168	0.052632
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.1.208	0.02439
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.1.25	0.001137
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.1.263	0.003115
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.1.37	0.000386
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.1.370	0.025316
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.1.401	0.133333
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.1.521	0.010695
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.1.70	0.000682
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.177.16	0.001329
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.177.56	0.001335
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.177.57	0.000562
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.177.73	0.001133
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.206	0.001631
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.234	0.000264
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.311	0.000549
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.36.31	0.003503
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.369	0.00057
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.381	0.015625
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.497	0.00063
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.561	0.000794
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.619	0.001742
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	B.1.621.1	0.001012
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	P.1.15	0.000465
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	P.1.4	0.001953
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	P.2	0.000373
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	Q.3	0.00029
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	2	2	U.3	0.007722
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	1	1	AD.2	0.000219
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	1	1	AE.8	0.000489
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	1	1	AY.10	0.00053
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	1	1	AY.104	0.001984
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	1	1	AY.109	0.00074
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	1	1	AY.120.2	0.001285
ORF7a	62	Q62X	Caa	Taa	1	1	AY.15	0.002222
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.