CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF7a : Mut = I103del

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF7a	103	I103del		del	ATT	---	6931	6931	1	27700-27702

Details of the mutation I103del within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF7a	103	I103del	ATT	---	6931	6931	All	0.001326
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1634	1634	B.1.1.7	0.001463
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1136	1136	AY.39.1.1	0.823188
ORF7a	103	I103del	ATT	---	601	601	AY.4	0.000935
ORF7a	103	I103del	ATT	---	419	419	AY.25	0.00252
ORF7a	103	I103del	ATT	---	273	273	AY.39.1	0.010814
ORF7a	103	I103del	ATT	---	257	257	AY.43	0.001139
ORF7a	103	I103del	ATT	---	202	202	B.1.617.2	0.000761
ORF7a	103	I103del	ATT	---	159	159	AY.103	0.000987
ORF7a	103	I103del	ATT	---	136	136	AY.44	0.000828
ORF7a	103	I103del	ATT	---	112	112	AY.3	0.001114
ORF7a	103	I103del	ATT	---	107	107	AY.33	0.007145
ORF7a	103	I103del	ATT	---	77	77	P.1.10	0.020749
ORF7a	103	I103del	ATT	---	75	75	B.1	0.000687
ORF7a	103	I103del	ATT	---	68	68	AY.29	0.001073
ORF7a	103	I103del	ATT	---	65	65	B.1.2	0.000572
ORF7a	103	I103del	ATT	---	63	63	AY.39	0.001557
ORF7a	103	I103del	ATT	---	57	57	AY.46	0.005933
ORF7a	103	I103del	ATT	---	57	57	B.1.526	0.00134
ORF7a	103	I103del	ATT	---	57	57	B.12	0.365385
ORF7a	103	I103del	ATT	---	52	52	P.1	0.000819
ORF7a	103	I103del	ATT	---	51	51	AY.42	0.002052
ORF7a	103	I103del	ATT	---	50	50	B.1.1.519	0.001986
ORF7a	103	I103del	ATT	---	46	46	B.1.177	0.000606
ORF7a	103	I103del	ATT	---	45	45	B.1.351	0.001338
ORF7a	103	I103del	ATT	---	38	38	AY.102	0.001008
ORF7a	103	I103del	ATT	---	38	38	AY.74	0.004395
ORF7a	103	I103del	ATT	---	33	33	AY.118	0.002067
ORF7a	103	I103del	ATT	---	31	31	AY.26	0.000878
ORF7a	103	I103del	ATT	---	29	29	AY.7	0.005684
ORF7a	103	I103del	ATT	---	28	28	AY.47	0.000871
ORF7a	103	I103del	ATT	---	27	27	B.1.1	0.00049
ORF7a	103	I103del	ATT	---	23	23	AY.120.1	0.007384
ORF7a	103	I103del	ATT	---	22	22	AY.53	0.006325
ORF7a	103	I103del	ATT	---	22	22	B.1.1.214	0.00122
ORF7a	103	I103del	ATT	---	22	22	B.1.427	0.001111
ORF7a	103	I103del	ATT	---	21	21	AY.9.2	0.000771
ORF7a	103	I103del	ATT	---	20	20	AY.120	0.000744
ORF7a	103	I103del	ATT	---	20	20	B.1.36.39	0.044346
ORF7a	103	I103del	ATT	---	19	19	AY.75	0.001064
ORF7a	103	I103del	ATT	---	16	16	AY.5	0.00033
ORF7a	103	I103del	ATT	---	15	15	AY.6	0.000617
ORF7a	103	I103del	ATT	---	15	15	AY.9	0.001014
ORF7a	103	I103del	ATT	---	15	15	B.1.1.37	0.002893
ORF7a	103	I103del	ATT	---	14	14	AY.116	0.004015
ORF7a	103	I103del	ATT	---	14	14	AY.119	0.000494
ORF7a	103	I103del	ATT	---	14	14	B.1.177.62	0.016687
ORF7a	103	I103del	ATT	---	13	13	AY.34	0.001261
ORF7a	103	I103del	ATT	---	12	12	AY.121	0.001624
ORF7a	103	I103del	ATT	---	12	12	AY.91	0.008766
ORF7a	103	I103del	ATT	---	12	12	B.1.429	0.000282
ORF7a	103	I103del	ATT	---	11	11	AY.4.2	0.000239
ORF7a	103	I103del	ATT	---	11	11	AY.7.2	0.006152
ORF7a	103	I103del	ATT	---	11	11	B.1.234	0.001451
ORF7a	103	I103del	ATT	---	10	10	AY.100	0.00046
ORF7a	103	I103del	ATT	---	10	10	C.37	0.001161
ORF7a	103	I103del	ATT	---	9	9	AY.113	0.001282
ORF7a	103	I103del	ATT	---	9	9	AY.20	0.00035
ORF7a	103	I103del	ATT	---	9	9	AY.98.1	0.000436
ORF7a	103	I103del	ATT	---	9	9	AY.99.2	0.000829
ORF7a	103	I103del	ATT	---	9	9	B.1.1.222	0.001836
ORF7a	103	I103del	ATT	---	9	9	B.1.621	0.000797
ORF7a	103	I103del	ATT	---	9	9	P.1.14	0.00043
ORF7a	103	I103del	ATT	---	9	9	Q.8	0.001484
ORF7a	103	I103del	ATT	---	8	8	AY.46.6	0.000578
ORF7a	103	I103del	ATT	---	8	8	B.1.1.284	0.000859
ORF7a	103	I103del	ATT	---	8	8	B.1.221	0.000568
ORF7a	103	I103del	ATT	---	8	8	B.1.525	0.000905
ORF7a	103	I103del	ATT	---	8	8	D.2	0.0006
ORF7a	103	I103del	ATT	---	7	7	AY.23	0.000488
ORF7a	103	I103del	ATT	---	7	7	AY.29.1	0.001544
ORF7a	103	I103del	ATT	---	7	7	B.1.240	0.001509
ORF7a	103	I103del	ATT	---	6	6	AY.101	0.002943
ORF7a	103	I103del	ATT	---	6	6	AY.14	0.000528
ORF7a	103	I103del	ATT	---	6	6	AY.3.1	0.000512
ORF7a	103	I103del	ATT	---	6	6	B.1.1.318	0.001811
ORF7a	103	I103del	ATT	---	6	6	B.1.160	0.000187
ORF7a	103	I103del	ATT	---	6	6	B.1.596	0.000523
ORF7a	103	I103del	ATT	---	6	6	B.1.8	0.011834
ORF7a	103	I103del	ATT	---	6	6	P.1.15	0.001394
ORF7a	103	I103del	ATT	---	5	5	AY.27	0.000324
ORF7a	103	I103del	ATT	---	5	5	AY.30	0.001979
ORF7a	103	I103del	ATT	---	5	5	AY.72	0.006803
ORF7a	103	I103del	ATT	---	5	5	AY.79	0.006053
ORF7a	103	I103del	ATT	---	5	5	B.1.1.486	0.007886
ORF7a	103	I103del	ATT	---	5	5	B.1.177.60	0.001092
ORF7a	103	I103del	ATT	---	5	5	B.1.258.17	0.00052
ORF7a	103	I103del	ATT	---	5	5	B.1.36	0.00073
ORF7a	103	I103del	ATT	---	5	5	B.1.422	0.004062
ORF7a	103	I103del	ATT	---	5	5	P.1.7	0.001596
ORF7a	103	I103del	ATT	---	5	5	P.2	0.000933
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	AY.114	0.000924
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	AY.117	0.000338
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	AY.13	0.000644
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	AY.19	0.004561
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	AY.21	0.00759
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	AY.35	0.000932
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	AY.54	0.000381
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	AY.7.1	0.000451
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	B.1.1.28	0.001245
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	B.1.177.7	0.000659
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	B.1.177.86	0.000734
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	B.1.243	0.000278
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	B.1.287	0.121212
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	B.1.619	0.003484
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	B.1.628	0.001409
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	B.1.637	0.000292
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	N.7	0.117647
ORF7a	103	I103del	ATT	---	4	4	Q.4	0.001819
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	AY.105	0.001929
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	AY.16	0.001139
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	AY.24	0.001293
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	AY.36	0.000445
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	AY.38	0.001498
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	AY.45	0.000365
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	AY.57	0.001969
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	AY.61	0.000314
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	AY.73	0.001996
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	AY.9.1	0.000251
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	AY.99	0.003148
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	B.1.1.58	0.016129
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	B.1.13	0.007126
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	B.1.177.21	0.000229
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	B.1.177.57	0.000843
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	B.1.351.2	0.000908
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	B.1.389	0.003006
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	B.1.409	0.002344
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	B.1.626	0.017143
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	Q.1	0.000379
ORF7a	103	I103del	ATT	---	3	3	Q.3	0.000435
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2		0.111111
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	A.2.5	0.000998
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	A.28	0.005291
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	AY.108	0.002205
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	AY.116.1	0.000623
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	AY.12	0.000632
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	AY.46.5	0.000397
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	AY.60	0.001876
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	AY.85	0.000854
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	AY.93	0.000546
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	AY.98	0.000158
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	AZ.1	0.001735
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	AZ.6	0.016807
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B	0.000256
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.1.155	0.142857
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.1.33	0.000842
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.1.449	0.045455
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.1.53	0.027397
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.1.63	0.000772
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.177.45	0.000762
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.214.2	0.001199
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.258	0.000133
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.258.11	0.000793
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.311	0.000549
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.350	0.005865
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.438.1	0.000215
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.575	0.000607
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.577	0.001375
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.595	0.000522
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.612	0.005305
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	B.1.621.1	0.001012
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	C.1.2	0.008511
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	N.5	0.003534
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	P.1.17	0.000324
ORF7a	103	I103del	ATT	---	2	2	R.1	0.00018
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	A	0.000387
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	A.1	0.000282
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	A.2.2	0.001689
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	A.23	0.010526
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	AH.3	0.003802
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	AW.1	0.003049
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	AY.10	0.00053
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	AY.106	0.000335
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	AY.107	0.000466
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	AY.111	0.000183
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	AY.37	0.000316
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	AY.49	0.003195
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	AY.69	0.000187
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	AY.83	0.001724
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	AY.87	0.000833
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	AY.92	0.000287
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	AY.96	0.002075
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	AZ.2	0.000821
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.121	0.002427
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.132	0.014925
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.141	0.002012
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.189	0.001513
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.258	0.003257
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.265	0.003155
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.280	0.003086
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.312	0.001912
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.316	0.000925
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.331	0.011628
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.411	0.014706
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.437	0.010417
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.115	0.021739
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.139	0.000733
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.160.7	0.002079
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.177.50	0.004695
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.177.69	0.001484
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.177.80	0.001912
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.218	0.005155
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.235	0.002519
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.265	0.001271
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.306	0.005714
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.320	0.001245
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.356	0.001727
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.36.10	0.004785
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.36.20	0.016949
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.362	0.001541
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.371	0.001122
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.375	0.00082
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.459	0.004082
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.468	0.005714
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.469	0.00361
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.470	0.001404
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.503	0.002488
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.517	0.000427
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.527	0.003704
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.585	0.027778
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.1.620	0.000946
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.3	0.000831
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	B.40	0.000364
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	C.36	0.000911
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	N.6	0.007092
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	P.1.1	0.000318
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	P.1.12	0.000484
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	P.1.16	0.000374
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	P.1.2	0.001156
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	P.1.4	0.000977
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	Q.2	0.000613
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	W.4	0.001351
ORF7a	103	I103del	ATT	---	1	1	Y.1	0.012821

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.