CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF7a : Mut = F101del

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF7a101F101deldelTTT---97019701127694-27696

Details of the mutation F101del within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF7a101F101delTTT---97019701All0.001855
ORF7a101F101delTTT---23372337B.1.1.70.002092
ORF7a101F101delTTT---10301030AY.39.1.10.746377
ORF7a101F101delTTT---10011001AY.40.001558
ORF7a101F101delTTT---609609AY.250.003663
ORF7a101F101delTTT---576576B.1.617.20.002169
ORF7a101F101delTTT---343343AY.1020.009094
ORF7a101F101delTTT---253253AY.750.014174
ORF7a101F101delTTT---248248AY.39.10.009824
ORF7a101F101delTTT---214214AY.440.001303
ORF7a101F101delTTT---178178AY.4.20.003861
ORF7a101F101delTTT---178178AY.430.000789
ORF7a101F101delTTT---159159AY.30.001581
ORF7a101F101delTTT---150150AY.1030.000931
ORF7a101F101delTTT---131131AY.1200.00487
ORF7a101F101delTTT---107107AY.330.007145
ORF7a101F101delTTT---8585AY.390.0021
ORF7a101F101delTTT---8181B.1.20.000713
ORF7a101F101delTTT---7272AY.290.001136
ORF7a101F101delTTT---7070AY.460.007286
ORF7a101F101delTTT---6868B.1.6280.023961
ORF7a101F101delTTT---6666P.10.00104
ORF7a101F101delTTT---6363AY.46.40.010364
ORF7a101F101delTTT---6363AY.50.001301
ORF7a101F101delTTT---5858B.1.5260.001363
ORF7a101F101delTTT---5252AY.260.001472
ORF7a101F101delTTT---5252B.1.6210.004603
ORF7a101F101delTTT---4848B.10.00044
ORF7a101F101delTTT---4747B.1.1770.000619
ORF7a101F101delTTT---4545AY.1180.002819
ORF7a101F101delTTT---4444AY.90.002974
ORF7a101F101delTTT---4343AY.70.008428
ORF7a101F101delTTT---3939B.1.10.000707
ORF7a101F101delTTT---3636AY.360.005336
ORF7a101F101delTTT---3636AY.470.00112
ORF7a101F101delTTT---3434AY.740.003932
ORF7a101F101delTTT---3232AY.1190.00113
ORF7a101F101delTTT---2626AY.530.007476
ORF7a101F101delTTT---2424AY.420.000966
ORF7a101F101delTTT---2424B.1.1.2140.001331
ORF7a101F101delTTT---2222B.1.1.5190.000874
ORF7a101F101delTTT---2222B.1.3250.151724
ORF7a101F101delTTT---2222B.1.4270.001111
ORF7a101F101delTTT---2121AY.1000.000966
ORF7a101F101delTTT---2121AY.7.20.011745
ORF7a101F101delTTT---2121AY.9.10.001758
ORF7a101F101delTTT---1919B.1.1600.000593
ORF7a101F101delTTT---1919B.1.3510.000565
ORF7a101F101delTTT---1717AD.20.003722
ORF7a101F101delTTT---1717AY.1210.0023
ORF7a101F101delTTT---1616AY.46.10.016427
ORF7a101F101delTTT---1616AY.60.000658
ORF7a101F101delTTT---1616AY.950.012177
ORF7a101F101delTTT---1616B.1.1.2220.003264
ORF7a101F101delTTT---1515AY.340.001454
ORF7a101F101delTTT---1414B.1.1.370.0027
ORF7a101F101delTTT---1414C.370.001625
ORF7a101F101delTTT---1212AY.1130.001709
ORF7a101F101delTTT---1111AY.1110.002015
ORF7a101F101delTTT---1111AY.120.10.003531
ORF7a101F101delTTT---1111AY.230.000767
ORF7a101F101delTTT---1111AY.3.10.000938
ORF7a101F101delTTT---1111AY.700.002294
ORF7a101F101delTTT---1111AY.9.20.000404
ORF7a101F101delTTT---1111AY.910.008035
ORF7a101F101delTTT---1111AY.98.10.000533
ORF7a101F101delTTT---1111B.1.2340.001451
ORF7a101F101delTTT---1111B.1.6370.000804
ORF7a101F101delTTT---1010AY.850.004272
ORF7a101F101delTTT---1010B.1.1.3180.003018
ORF7a101F101delTTT---1010B.1.2430.000696
ORF7a101F101delTTT---99AY.160.003417
ORF7a101F101delTTT---99AY.99.20.000829
ORF7a101F101delTTT---88AY.200.000311
ORF7a101F101delTTT---88AY.270.000518
ORF7a101F101delTTT---88P.1.150.001859
ORF7a101F101delTTT---88R.10.00072
ORF7a101F101delTTT---77AY.1170.000592
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ORF7a101F101delTTT---77AY.540.000667
ORF7a101F101delTTT---77AY.860.005809
ORF7a101F101delTTT---77B0.000895
ORF7a101F101delTTT---77B.1.1.2840.000752
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ORF7a101F101delTTT---66AY.46.50.00119
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ORF7a101F101delTTT---66P.1.10.001906
ORF7a101F101delTTT---66Q.80.000989
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ORF7a101F101delTTT---55AY.790.006053
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ORF7a101F101delTTT---44AY.350.000932
ORF7a101F101delTTT---44AY.46.60.000289
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ORF7a101F101delTTT---44AY.7.10.000451
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ORF7a101F101delTTT---44N.70.117647
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ORF7a101F101delTTT---33P.1.120.001452
ORF7a101F101delTTT---33Q.30.000435
ORF7a101F101delTTT---220.111111
ORF7a101F101delTTT---22A.2.50.000998
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ORF7a101F101delTTT---22AY.1040.003968
ORF7a101F101delTTT---22AY.1090.001479
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ORF7a101F101delTTT---22AY.590.001059
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ORF7a101F101delTTT---22AY.770.002255
ORF7a101F101delTTT---22AY.80.001212
ORF7a101F101delTTT---22AY.840.000875
ORF7a101F101delTTT---22AY.870.001665
ORF7a101F101delTTT---22AY.920.000575
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ORF7a101F101delTTT---22B.1.1.330.000842
ORF7a101F101delTTT---22B.1.1.3480.001592
ORF7a101F101delTTT---22B.1.1.4490.045455
ORF7a101F101delTTT---22B.1.177.150.001262
ORF7a101F101delTTT---22B.1.177.210.000153
ORF7a101F101delTTT---22B.1.177.570.000562
ORF7a101F101delTTT---22B.1.177.800.003824
ORF7a101F101delTTT---22B.1.2400.000431
ORF7a101F101delTTT---22B.1.3060.011429
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ORF7a101F101delTTT---22B.1.4000.000858
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ORF7a101F101delTTT---22B.1.5770.001375
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ORF7a101F101delTTT---11A.10.000282
ORF7a101F101delTTT---11A.2.20.001689
ORF7a101F101delTTT---11A.210.00277
ORF7a101F101delTTT---11A.60.005128
ORF7a101F101delTTT---11AH.30.003802
ORF7a101F101delTTT---11AW.10.003049
ORF7a101F101delTTT---11AY.10.000396
ORF7a101F101delTTT---11AY.100.00053
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ORF7a101F101delTTT---11AY.1070.000466
ORF7a101F101delTTT---11AY.110.001339
ORF7a101F101delTTT---11AY.130.000161
ORF7a101F101delTTT---11AY.320.000532
ORF7a101F101delTTT---11AY.34.10.00051
ORF7a101F101delTTT---11AY.510.000909
ORF7a101F101delTTT---11AY.580.000907
ORF7a101F101delTTT---11AY.610.000105
ORF7a101F101delTTT---11AY.620.000436
ORF7a101F101delTTT---11AY.690.000187
ORF7a101F101delTTT---11AY.720.001361
ORF7a101F101delTTT---11AY.730.000665
ORF7a101F101delTTT---11AY.880.000884
ORF7a101F101delTTT---11AZ.20.000821
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.1210.002427
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ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.1530.001095
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.1680.026316
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.1890.001513
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.2580.003257
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.2650.003155
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.2770.000759
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.2800.003086
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ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.3160.000925
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.3170.000412
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.3690.000446
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.3760.005952
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.3980.003226
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.4110.014706
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.4340.000349
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.4480.002033
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.4860.001577
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1.700.000341
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1150.021739
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1260.001276
ORF7a101F101delTTT---11B.1.1570.002985
ORF7a101F101delTTT---11B.1.177.100.000878
ORF7a101F101delTTT---11B.1.177.160.000664
ORF7a101F101delTTT---11B.1.177.40.000211
ORF7a101F101delTTT---11B.1.177.500.004695
ORF7a101F101delTTT---11B.1.177.540.000606
ORF7a101F101delTTT---11B.1.214.20.0006
ORF7a101F101delTTT---11B.1.2320.000537
ORF7a101F101delTTT---11B.1.2470.014925
ORF7a101F101delTTT---11B.1.258.90.005
ORF7a101F101delTTT---11B.1.2650.001271
ORF7a101F101delTTT---11B.1.3200.001245
ORF7a101F101delTTT---11B.1.351.30.000876
ORF7a101F101delTTT---11B.1.3560.001727
ORF7a101F101delTTT---11B.1.36.180.00042
ORF7a101F101delTTT---11B.1.36.200.016949
ORF7a101F101delTTT---11B.1.3620.001541
ORF7a101F101delTTT---11B.1.3710.001122
ORF7a101F101delTTT---11B.1.3750.00082
ORF7a101F101delTTT---11B.1.4090.000781
ORF7a101F101delTTT---11B.1.4160.001269
ORF7a101F101delTTT---11B.1.4220.000812
ORF7a101F101delTTT---11B.1.4590.004082
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.