CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF7a : CodonNum = 83 & Codon = tTa

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF7a	83	S83L		nonsyn	tCa	tTa	8394	8393	0.999881	27640-27642

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	8393	8394	All	0.001605
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	3457	3457	B.1.1.7	0.003095
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1986	1986	AY.4	0.003091
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	445	445	B.1.617.2	0.001676
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	341	341	AY.43	0.001511
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	149	149	AY.120.1	0.047833
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	140	140	B.1.526	0.003291
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	125	125	P.1	0.001969
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	101	102	AY.44	0.000615
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	90	90	AY.103	0.000559
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	67	67	AY.25	0.000403
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	67	67	B.1.429	0.001576
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	58	58	AY.102	0.001538
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	51	51	B.1.177	0.000672
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	43	43	B.1.1	0.00078
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	41	41	AY.3	0.000408
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	40	40	B.1.2	0.000352
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	38	38	AY.39	0.000939
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	36	36	AY.100	0.001656
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	36	36	B.1.160	0.001123
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	36	36	B.1.416.1	0.05625
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	35	35	B.1	0.000321
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	34	34	B.1.351	0.001011
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	33	33	Q.8	0.005442
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	29	29	AY.4.2	0.000629
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	27	27	AY.99.2	0.002488
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	26	26	AY.26	0.000736
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	26	26	AY.46.3	0.024276
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	25	25	P.1.16	0.009353
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	24	24	AY.20	0.000933
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	24	24	B.1.637	0.001754
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	23	23	AY.33	0.001536
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	22	22	AY.3.1	0.001876
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	20	20	B.1.1.289	0.041667
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	19	19	B.1.1.519	0.000755
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	18	18	AY.7.2	0.010067
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	18	18	B.1.258.17	0.001871
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	18	18	P.2	0.003359
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	17	17	B.1.177.21	0.0013
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	14	14	AY.9	0.000946
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	14	14	P.1.14	0.000669
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	11	11	AY.114	0.002542
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	11	11	AY.29	0.000174
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	11	11	AY.39.1	0.000436
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	11	11	AY.6	0.000452
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	10	10	AU.3	0.021097
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	10	10	AY.118	0.000626
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	10	10	AY.5	0.000206
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	10	10	B.1.1.214	0.000555
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	9	9	AY.41	0.002646
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	9	9	AY.46	0.000937
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	9	9	AY.46.6	0.00065
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	9	9	AY.47	0.00028
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	9	9	AY.98	0.000711
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	9	9	B.1.1.222	0.001836
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	9	9	B.1.577	0.006186
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	9	9	B.1.596	0.000784
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	9	9	B.1.620	0.008515
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	9	9	Q.1	0.001137
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	8	8	AY.119	0.000282
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	8	8	AY.42	0.000322
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	8	8	AY.45	0.000973
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	8	8	B.1.1.316	0.007401
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	8	8	B.1.595	0.002088
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	7	7	AY.120.2.1	0.003488
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	7	7	AY.121	0.000947
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	7	7	AY.9.1	0.000586
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	7	7	B.1.486	0.777778
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	7	7	B.1.525	0.000792
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	7	7	C.37	0.000812
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	7	7	D.2	0.000525
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	7	7	P.1.17	0.001132
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	6	6	AY.70	0.001251
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	6	6	B.1.160.31	0.048387
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	6	6	B.1.177.81	0.001136
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	6	6	B.1.427	0.000303
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	6	6	Q.3	0.00087
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	5	5	AY.113	0.000712
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	5	5	AY.116	0.001434
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	5	5	AY.117	0.000423
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	5	5	AY.34	0.000485
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	5	5	B.1.221	0.000355
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	5	5	B.1.243	0.000348
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	5	5	B.1.438.1	0.000536
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	5	5	B.1.617.1	0.000645
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	5	5	P.1.1	0.001588
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	4	4	AY.110	0.000451
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	4	4	AY.120	0.000149
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	4	4	AY.17	0.032787
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	4	4	AY.38	0.001997
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	4	4	AY.84	0.00175
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	4	4	AY.9.2	0.000147
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	4	4	B.1.1.333	0.004306
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	4	4	B.1.160.7	0.008316
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	4	4	B.1.351.2	0.00121
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	4	4	P.3	0.00638
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	3	3	A.1	0.000846
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	3	3	AY.107	0.001398
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	3	3	AY.5.4	0.00083
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	3	3	B.1.1.207	0.003546
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	3	3	B.1.1.318	0.000905
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	3	3	B.1.177.82	0.001432
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	3	3	B.1.36.29	0.001552
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	3	3	B.1.396	0.002117
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	3	3	B.1.400	0.001287
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	3	3	B.1.621	0.000266
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	3	3	C.36	0.002732
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	3	3	C.36.3	0.001702
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	3	3	P.1.15	0.000697
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	A.2	0.001324
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.10	0.00106
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.106	0.00067
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.14	0.000176
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.16.1	0.00094
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.23	0.000139
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.24	0.000862
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.27	0.000129
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.39.1.1	0.001449
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.4.2.1	0.000298
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.46.1	0.002053
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.52	0.001629
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.55	0.001835
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.59	0.001059
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.60	0.001876
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.61	0.00021
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.62	0.000871
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.75	0.000112
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.91	0.001461
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.93	0.000546
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	B	0.000256
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	B.1.1.1	0.000653
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	B.1.1.161	0.007067
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	B.1.1.284	0.000215
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	B.1.1.297	0.004474
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	B.1.1.301	0.002358
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	B.1.1.317	0.000823
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	B.1.128	0.001271
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	B.1.160.17	0.003401
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	B.1.198	0.142857
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	B.1.234	0.000264
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	B.1.258	0.000133
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	B.1.432	0.022472
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	B.1.517	0.000854
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	Q.2	0.001227
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	2	2	R.1	0.00018
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	A.11	0.058824
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AV.1	0.005051
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AW.1	0.003049
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.109	0.00074
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.111	0.000183
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.19	0.00114
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.35	0.000233
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.51	0.000909
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.53	0.000288
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.65	0.000533
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.69	0.000187
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.74	0.000116
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.77	0.001127
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.78	0.001541
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	AY.87	0.000833
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.1.153	0.001095
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.1.176	0.000439
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.1.189	0.001513
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.1.232	0.001815
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.1.237	0.005405
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.1.241	0.00207
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.1.272	0.005208
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.1.337	0.003597
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.1.487	0.005587
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.1.517	0.006803
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.1.523	0.001563
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.1.74	0.00431
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.1.8	0.003584
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.105	0.009615
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.160.20	0.008929
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.177.62	0.001192
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.177.69	0.001484
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.177.75	0.001041
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.222	0.001692
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.232	0.000537
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.265	0.001271
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.279	0.000514
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	B.1.305	0.002151
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ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	P.1.13	0.000898
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ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	Q.7	0.001111

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.