CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF7a : CodonNum = 83

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF7a	83	S83L		nonsyn	tCa	tTa	8394	8393	0.999881	27640-27642
ORF7a	83	S83L		nonsyn	TCa	CTa	8394	1	0.000119133	27640-27642
ORF7a	83	S83del		del	TCA	---	4768	4768	1	27640-27642
ORF7a	83	S83del1		del	Tca	-ca	739	726	0.982409	27640-27642
ORF7a	83	S83del1		del	tcA	tc-	739	5	0.0067659	27640-27642
ORF7a	83	S83del1		del	TCA	-NN	739	3	0.00405954	27640-27642
ORF7a	83	S83del1		del	tCa	t-a	739	2	0.00270636	27640-27642
ORF7a	83	S83del1		del	TCa	-Ta	739	2	0.00270636	27640-27642
ORF7a	83	S83del1		del	tCA	tT-	739	1	0.00135318	27640-27642
ORF7a	83	S83P		nonsyn	Tca	Cca	410	410	1	27640-27642
ORF7a	83	S83A		nonsyn	Tca	Gca	227	225	0.991189	27640-27642
ORF7a	83	S83A		nonsyn	TcA	GcG	227	2	0.00881057	27640-27642
ORF7a	83	S83S		syn	tcA	tcG	183	106	0.579235	27640-27642
ORF7a	83	S83S		syn	tcA	tcT	183	66	0.360656	27640-27642
ORF7a	83	S83S		syn	tcA	tcC	183	10	0.0546448	27640-27642
ORF7a	83	S83S		syn	TCA	AGT	183	1	0.00546448	27640-27642
ORF7a	83	S83X		nonsyn	tCa	tGa	160	82	0.5125	27640-27642
ORF7a	83	S83X		nonsyn	tCa	tAa	160	77	0.48125	27640-27642
ORF7a	83	S83X		nonsyn	tCA	tAG	160	1	0.00625	27640-27642
ORF7a	83	S83del2		del	TCa	--a	130	114	0.876923	27640-27642
ORF7a	83	S83del2		del	tCA	t--	130	15	0.115385	27640-27642
ORF7a	83	S83del2		del	TCA	C--	130	1	0.00769231	27640-27642
ORF7a	83	S83T		nonsyn	Tca	Aca	56	56	1	27640-27642
ORF7a	83	S83Y		nonsyn	tCA	tAC	7	4	0.571429	27640-27642
ORF7a	83	S83Y		nonsyn	tCA	tAT	7	3	0.428571	27640-27642
ORF7a	83	S83F		nonsyn	tCA	tTT	5	3	0.6	27640-27642
ORF7a	83	S83F		nonsyn	tCA	tTC	5	2	0.4	27640-27642
ORF7a	83	S83V		nonsyn	TCa	GTa	3	2	0.666667	27640-27642
ORF7a	83	S83Q		nonsyn	TCa	CAa	3	2	0.666667	27640-27642
ORF7a	83	S83Q		nonsyn	TCA	CAG	3	1	0.333333	27640-27642
ORF7a	83	S83V		nonsyn	TCA	GTG	3	1	0.333333	27640-27642
ORF7a	83	S83K		nonsyn	TCa	AAa	2	2	1	27640-27642
ORF7a	83	S83R		nonsyn	TCA	CGT	2	1	0.5	27640-27642
ORF7a	83	S83R		nonsyn	TCA	CGG	2	1	0.5	27640-27642
ORF7a	83	S83G		nonsyn	TCa	GGa	1	1	1	27640-27642
ORF7a	83	S83C		nonsyn	tCA	tGT	1	1	1	27640-27642
ORF7a	83	S83W		nonsyn	tCA	tGG	1	1	1	27640-27642
ORF7a	83	S83H		nonsyn	TCA	CAT	1	1	1	27640-27642
ORF7a	83	S83I		nonsyn	TCA	ATT	1	1	1	27640-27642

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	8393	8394	All	0.001605
ORF7a	83	S83L	TCa	CTa	1	8394	All	0
ORF7a	83	S83del	TCA	---	4768	4768	All	0.000912
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	3457	3457	B.1.1.7	0.003095
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1986	1986	AY.4	0.003091
ORF7a	83	S83del	TCA	---	1206	1206	AY.4	0.001877
ORF7a	83	S83del	TCA	---	956	956	B.1.1.7	0.000856
ORF7a	83	S83del1	Tca	-ca	726	739	All	0.000139
ORF7a	83	S83del1	tcA	tc-	5	739	All	0.000001
ORF7a	83	S83del1	TCA	-NN	3	739	All	0.000001
ORF7a	83	S83del1	TCa	-Ta	2	739	All	0
ORF7a	83	S83del1	tCa	t-a	2	739	All	0
ORF7a	83	S83del1	tCA	tT-	1	739	All	0
ORF7a	83	S83del1	Tca	-ca	567	569	AY.4	0.000882
ORF7a	83	S83del1	TCa	-Ta	2	569	AY.4	0.000003
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	445	445	B.1.617.2	0.001676
ORF7a	83	S83P	Tca	Cca	410	410	All	0.000078
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	341	341	AY.43	0.001511
ORF7a	83	S83A	Tca	Gca	225	227	All	0.000043
ORF7a	83	S83A	TcA	GcG	2	227	All	0
ORF7a	83	S83del	TCA	---	193	193	AY.103	0.001198
ORF7a	83	S83del	TCA	---	185	185	B.1.617.2	0.000697
ORF7a	83	S83S	tcA	tcG	106	183	All	0.00002
ORF7a	83	S83S	tcA	tcT	66	183	All	0.000013
ORF7a	83	S83S	tcA	tcC	10	183	All	0.000002
ORF7a	83	S83S	TCA	AGT	1	183	All	0
ORF7a	83	S83del	TCA	---	177	177	B.1.177.21	0.013535
ORF7a	83	S83X	tCa	tGa	82	160	All	0.000016
ORF7a	83	S83X	tCa	tAa	77	160	All	0.000015
ORF7a	83	S83X	tCA	tAG	1	160	All	0
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	149	149	AY.120.1	0.047833
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	140	140	B.1.526	0.003291
ORF7a	83	S83P	Tca	Cca	133	133	B.1.1.7	0.000119
ORF7a	83	S83del2	TCa	--a	114	130	All	0.000022
ORF7a	83	S83del2	tCA	t--	15	130	All	0.000003
ORF7a	83	S83del2	TCA	C--	1	130	All	0
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	125	125	P.1	0.001969
ORF7a	83	S83del	TCA	---	117	117	AY.29	0.001846
ORF7a	83	S83del	TCA	---	114	114	AY.44	0.000694
ORF7a	83	S83del	TCA	---	110	110	AY.39	0.002718
ORF7a	83	S83del	TCA	---	109	109	AY.43	0.000483
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	101	102	AY.44	0.000615
ORF7a	83	S83L	TCa	CTa	1	102	AY.44	0.000006
ORF7a	83	S83del	TCA	---	101	101	AY.100	0.004647
ORF7a	83	S83del	TCA	---	96	96	AY.3	0.000955
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	90	90	AY.103	0.000559
ORF7a	83	S83del	TCA	---	74	74	AY.42	0.002977
ORF7a	83	S83del	TCA	---	68	68	AY.98	0.005372
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	67	67	AY.25	0.000403
ORF7a	83	S83A	Tca	Gca	67	67	AY.4	0.000104
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	67	67	B.1.429	0.001576
ORF7a	83	S83del	TCA	---	65	65	AY.25	0.000391
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	58	58	AY.102	0.001538
ORF7a	83	S83del	TCA	---	57	57	B.1.177	0.000751
ORF7a	83	S83T	Tca	Aca	56	56	All	0.000011
ORF7a	83	S83del2	TCa	--a	51	55	B.1.1.7	0.000046
ORF7a	83	S83del2	tCA	t--	3	55	B.1.1.7	0.000003
ORF7a	83	S83del2	TCA	C--	1	55	B.1.1.7	0.000001
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	51	51	B.1.177	0.000672
ORF7a	83	S83P	Tca	Cca	49	49	AY.44	0.000298
ORF7a	83	S83del	TCA	---	48	48	B.1.526	0.001128
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	43	43	B.1.1	0.00078
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	41	41	AY.3	0.000408
ORF7a	83	S83A	Tca	Gca	41	41	AY.48	0.01907
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	40	40	B.1.2	0.000352
ORF7a	83	S83del	TCA	---	38	38	AY.26	0.001076
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	38	38	AY.39	0.000939
ORF7a	83	S83del	TCA	---	38	38	B.1.1.284	0.004081
ORF7a	83	S83del	TCA	---	38	38	B.1.2	0.000335
ORF7a	83	S83del	TCA	---	37	37	B.1.621	0.003275
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	36	36	AY.100	0.001656
ORF7a	83	S83del	TCA	---	36	36	AY.120	0.001338
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	36	36	B.1.160	0.001123
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	36	36	B.1.416.1	0.05625
ORF7a	83	S83del	TCA	---	35	35	AY.4.2	0.000759
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	35	35	B.1	0.000321
ORF7a	83	S83X	tCa	tGa	34	35	B.1.177.21	0.0026
ORF7a	83	S83X	tCa	tAa	1	35	B.1.177.21	0.000076
ORF7a	83	S83P	Tca	Cca	34	34	A.2.5	0.016966
ORF7a	83	S83P	Tca	Cca	34	34	AY.103	0.000211
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	34	34	B.1.351	0.001011
ORF7a	83	S83del	TCA	---	33	33	AY.3.1	0.002814
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	33	33	Q.8	0.005442
ORF7a	83	S83del	TCA	---	30	30	B.1	0.000275
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	29	29	AY.4.2	0.000629
ORF7a	83	S83del	TCA	---	29	29	P.1	0.000457
ORF7a	83	S83del	TCA	---	28	28	AY.119	0.000989
ORF7a	83	S83S	tcA	tcG	25	28	AY.25	0.00015
ORF7a	83	S83S	tcA	tcT	3	28	AY.25	0.000018
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	27	27	AY.99.2	0.002488
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	26	26	AY.26	0.000736
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	26	26	AY.46.3	0.024276
ORF7a	83	S83del1	Tca	-ca	22	25	AY.103	0.000137
ORF7a	83	S83del1	tcA	tc-	3	25	AY.103	0.000019
ORF7a	83	S83del	TCA	---	25	25	AY.36	0.003705
ORF7a	83	S83S	tcA	tcG	11	25	B.1.1.7	0.00001
ORF7a	83	S83S	tcA	tcT	10	25	B.1.1.7	0.000009
ORF7a	83	S83S	tcA	tcC	4	25	B.1.1.7	0.000004
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	25	25	P.1.16	0.009353
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	24	24	AY.20	0.000933
ORF7a	83	S83S	tcA	tcT	21	24	AY.4	0.000033
ORF7a	83	S83S	tcA	tcG	3	24	AY.4	0.000005
ORF7a	83	S83del	TCA	---	24	24	AY.46.6	0.001733
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	24	24	B.1.637	0.001754
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	23	23	AY.33	0.001536
ORF7a	83	S83del	TCA	---	23	23	AY.7.2	0.012864
ORF7a	83	S83del	TCA	---	23	23	B.1.1.214	0.001276
ORF7a	83	S83P	Tca	Cca	23	23	B.1.1.519	0.000913
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	22	22	AY.3.1	0.001876
ORF7a	83	S83del1	Tca	-ca	22	22	B.1.1.7	0.00002
ORF7a	83	S83X	tCa	tAa	11	21	AY.4	0.000017
ORF7a	83	S83X	tCa	tGa	10	21	AY.4	0.000016
ORF7a	83	S83A	Tca	Gca	21	21	B.1.1.7	0.000019
ORF7a	83	S83X	tCa	tAa	12	21	B.1.1.7	0.000011
ORF7a	83	S83X	tCa	tGa	9	21	B.1.1.7	0.000008
ORF7a	83	S83del	TCA	---	21	21	B.1.637	0.001535
ORF7a	83	S83del2	TCa	--a	20	20	AY.39	0.000494
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	20	20	B.1.1.289	0.041667
ORF7a	83	S83del	TCA	---	19	19	AY.75	0.001064
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	19	19	B.1.1.519	0.000755
ORF7a	83	S83del	TCA	---	19	19	B.1.160	0.000593
ORF7a	83	S83del	TCA	---	18	18	AY.46.4	0.002961
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	18	18	AY.7.2	0.010067
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	18	18	B.1.258.17	0.001871
ORF7a	83	S83del	TCA	---	18	18	B.1.351	0.000535
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	18	18	P.2	0.003359
ORF7a	83	S83A	Tca	Gca	16	17	AY.103	0.000099
ORF7a	83	S83A	TcA	GcG	1	17	AY.103	0.000006
ORF7a	83	S83del	TCA	---	17	17	AY.20	0.000661
ORF7a	83	S83del1	Tca	-ca	16	17	AY.39	0.000395
ORF7a	83	S83del1	TCA	-NN	1	17	AY.39	0.000025
ORF7a	83	S83del	TCA	---	17	17	AY.6	0.000699
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	17	17	B.1.177.21	0.0013
ORF7a	83	S83del	TCA	---	15	15	AY.30	0.005936
ORF7a	83	S83del	TCA	---	15	15	AY.47	0.000467
ORF7a	83	S83P	Tca	Cca	15	15	B.1.1.317	0.006175
ORF7a	83	S83P	Tca	Cca	15	15	B.1.617.2	0.000056
ORF7a	83	S83del	TCA	---	14	14	AY.5	0.000289
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	14	14	AY.9	0.000946
ORF7a	83	S83del	TCA	---	14	14	B.1.1.258	0.045603
ORF7a	83	S83S	tcA	tcG	12	14	B.1.617.2	0.000045
ORF7a	83	S83S	tcA	tcT	2	14	B.1.617.2	0.000008
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	14	14	P.1.14	0.000669
ORF7a	83	S83P	Tca	Cca	13	13	AY.4	0.00002
ORF7a	83	S83del2	TCa	--a	13	13	AY.4	0.00002
ORF7a	83	S83S	tcA	tcG	11	12	AY.44	0.000067
ORF7a	83	S83S	tcA	tcT	1	12	AY.44	0.000006
ORF7a	83	S83T	Tca	Aca	12	12	B.1.1.7	0.000011
ORF7a	83	S83del	TCA	---	12	12	B.1.324	0.019262
ORF7a	83	S83del	TCA	---	12	12	B.1.429	0.000282
ORF7a	83	S83del	TCA	---	12	12	R.1	0.00108
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	11	11	AY.114	0.002542
ORF7a	83	S83del	TCA	---	11	11	AY.121	0.001488
ORF7a	83	S83del	TCA	---	11	11	AY.23	0.000767
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	11	11	AY.29	0.000174
ORF7a	83	S83A	Tca	Gca	11	11	AY.39	0.000272
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	11	11	AY.39.1	0.000436
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	11	11	AY.6	0.000452
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ORF7a	83	S83P	Tca	Cca	1	1	AY.54	0.000095
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ORF7a	83	S83del	TCA	---	1	1	AY.59	0.00053
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ORF7a	83	S83del	TCA	---	1	1	AY.66	0.00107
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ORF7a	83	S83del	TCA	---	1	1	P.1.4	0.000977
ORF7a	83	S83P	Tca	Cca	1	1	Q.1	0.000126
ORF7a	83	S83L	tCa	tTa	1	1	Q.7	0.001111
ORF7a	83	S83del	TCA	---	1	1	Q.7	0.001111
ORF7a	83	S83del1	Tca	-ca	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.