CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF7a : CodonNum = 3

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF7a	3	I3I		syn	atT	atC	967	948	0.980352	27400-27402
ORF7a	3	I3I		syn	atT	atA	967	19	0.0196484	27400-27402
ORF7a	3	I3T		nonsyn	aTt	aCt	921	919	0.997828	27400-27402
ORF7a	3	I3T		nonsyn	aTT	aCG	921	2	0.00217155	27400-27402
ORF7a	3	I3del		del	ATT	---	533	533	1	27400-27402
ORF7a	3	I3V		nonsyn	Att	Gtt	526	526	1	27400-27402
ORF7a	3	I3M		nonsyn	atT	atG	223	223	1	27400-27402
ORF7a	3	I3F		nonsyn	Att	Ttt	219	217	0.990868	27400-27402
ORF7a	3	I3F		nonsyn	AtT	TtC	219	2	0.00913242	27400-27402
ORF7a	3	I3S		nonsyn	aTt	aGt	105	105	1	27400-27402
ORF7a	3	I3del2		del	aTT	a--	35	33	0.942857	27400-27402
ORF7a	3	I3del2		del	ATt	--t	35	2	0.0571429	27400-27402
ORF7a	3	I3del1		del	atT	at-	23	20	0.869565	27400-27402
ORF7a	3	I3del1		del	ATT	-CN	23	1	0.0434783	27400-27402
ORF7a	3	I3del1		del	Att	-tt	23	1	0.0434783	27400-27402
ORF7a	3	I3del1		del	aTt	a-t	23	1	0.0434783	27400-27402
ORF7a	3	I3L		nonsyn	Att	Ctt	20	12	0.6	27400-27402
ORF7a	3	I3L		nonsyn	AtT	CtA	20	3	0.15	27400-27402
ORF7a	3	I3L		nonsyn	AtT	CtG	20	3	0.15	27400-27402
ORF7a	3	I3L		nonsyn	AtT	TtA	20	2	0.1	27400-27402
ORF7a	3	I3N		nonsyn	aTt	aAt	11	11	1	27400-27402
ORF7a	3	I3K		nonsyn	aTT	aAA	5	3	0.6	27400-27402
ORF7a	3	I3K		nonsyn	aTT	aAG	5	2	0.4	27400-27402
ORF7a	3	I3Y		nonsyn	ATT	TAC	2	2	1	27400-27402
ORF7a	3	I3C		nonsyn	ATT	TGC	2	2	1	27400-27402
ORF7a	3	I3A		nonsyn	ATT	GCA	1	1	1	27400-27402
ORF7a	3	I3P		nonsyn	ATt	CCt	1	1	1	27400-27402

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF7a	3	I3I	atT	atC	948	967	All	0.000181
ORF7a	3	I3I	atT	atA	19	967	All	0.000004
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	919	921	All	0.000176
ORF7a	3	I3T	aTT	aCG	2	921	All	0
ORF7a	3	I3del	ATT	---	533	533	All	0.000102
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	526	526	All	0.000101
ORF7a	3	I3I	atT	atC	318	326	B.1.1.7	0.000285
ORF7a	3	I3I	atT	atA	8	326	B.1.1.7	0.000007
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	266	266	C.37	0.030873
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	252	252	B.1.1.7	0.000226
ORF7a	3	I3M	atT	atG	223	223	All	0.000043
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	217	219	All	0.000042
ORF7a	3	I3F	AtT	TtC	2	219	All	0
ORF7a	3	I3M	atT	atG	213	213	B.1.1.7	0.000191
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	198	198	B.1.1.7	0.000177
ORF7a	3	I3del	ATT	---	139	139	B.1.1.7	0.000124
ORF7a	3	I3I	atT	atC	128	128	B.1.617.2	0.000482
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	105	105	All	0.00002
ORF7a	3	I3I	atT	atC	101	101	B.1.177.21	0.007723
ORF7a	3	I3del	ATT	---	94	94	AY.4	0.000146
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	67	67	B.1.1.7	0.00006
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	62	62	C.35	0.047988
ORF7a	3	I3I	atT	atC	57	57	AY.33	0.003806
ORF7a	3	I3I	atT	atC	52	54	AY.4	0.000081
ORF7a	3	I3I	atT	atA	2	54	AY.4	0.000003
ORF7a	3	I3I	atT	atC	48	48	B.1.1.214	0.002662
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	43	43	B.1.2	0.000379
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	40	40	C.37	0.004643
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	39	39	B.1.617.2	0.000147
ORF7a	3	I3del2	aTT	a--	33	35	All	0.000006
ORF7a	3	I3del2	ATt	--t	2	35	All	0
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	34	34	B.1.617.2	0.000128
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	32	32	AY.39	0.000791
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	28	28	B.1.258.23	0.666667
ORF7a	3	I3del	ATT	---	25	25	AY.120	0.000929
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	25	25	AY.25	0.00015
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	25	25	AY.4	0.000039
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	25	25	AY.46.5	0.00496
ORF7a	3	I3I	atT	atC	24	24	AY.103	0.000149
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	24	24	AY.99.2	0.002212
ORF7a	3	I3del1	atT	at-	20	23	All	0.000004
ORF7a	3	I3del1	Att	-tt	1	23	All	0
ORF7a	3	I3del1	aTt	a-t	1	23	All	0
ORF7a	3	I3del1	ATT	-CN	1	23	All	0
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	23	23	AY.25	0.000138
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	23	23	B.1.351	0.000684
ORF7a	3	I3I	atT	atC	22	22	AY.20	0.000855
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	22	22	B.1.617.2	0.000083
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	21	21	B.1.351	0.000624
ORF7a	3	I3L	Att	Ctt	12	20	All	0.000002
ORF7a	3	I3L	AtT	CtA	3	20	All	0.000001
ORF7a	3	I3L	AtT	CtG	3	20	All	0.000001
ORF7a	3	I3L	AtT	TtA	2	20	All	0
ORF7a	3	I3del	ATT	---	20	20	AY.29	0.000315
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	20	20	B.1.617.2	0.000075
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	19	19	AY.43	0.000084
ORF7a	3	I3I	atT	atC	17	19	AY.43	0.000075
ORF7a	3	I3I	atT	atA	2	19	AY.43	0.000009
ORF7a	3	I3del2	aTT	a--	18	18	AY.4	0.000028
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	18	18	AY.4.5	0.001935
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	18	18	B.1.1.12	0.134328
ORF7a	3	I3del	ATT	---	17	17	AY.3	0.000169
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	17	17	AY.4	0.000026
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	17	17	B.1.160	0.00053
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	17	17	Q.8	0.002803
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	16	16	AY.102	0.000424
ORF7a	3	I3I	atT	atC	16	16	B.1.351	0.000476
ORF7a	3	I3I	atT	atC	16	16	B.1.564.1	0.025237
ORF7a	3	I3del	ATT	---	15	15	AY.109	0.011095
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	14	14	AY.103	0.000087
ORF7a	3	I3del	ATT	---	14	14	AY.25	0.000084
ORF7a	3	I3I	atT	atC	14	14	AY.39	0.000346
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	13	13	AY.5.4	0.003597
ORF7a	3	I3del	ATT	---	13	13	B.1.617.2	0.000049
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	13	13	P.1	0.000205
ORF7a	3	I3del	ATT	---	12	12	AY.103	0.000075
ORF7a	3	I3del2	aTT	a--	11	12	B.1.1.7	0.00001
ORF7a	3	I3del2	ATt	--t	1	12	B.1.1.7	0.000001
ORF7a	3	I3N	aTt	aAt	11	11	All	0.000002
ORF7a	3	I3I	atT	atC	11	11	AY.25	0.000066
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	10	10	AY.103	0.000062
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	10	10	AY.3	0.000099
ORF7a	3	I3del	ATT	---	10	10	AY.44	0.000061
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	9	9	AY.4	0.000014
ORF7a	3	I3del	ATT	---	9	9	AY.43	0.00004
ORF7a	3	I3I	atT	atC	9	9	AY.44	0.000055
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	8	8	AY.102	0.000212
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	8	8	AY.23	0.000558
ORF7a	3	I3I	atT	atC	8	8	AZ.4	0.026846
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	8	8	B.1.2	0.00007
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	8	8	B.1.258.17	0.000832
ORF7a	3	I3I	atT	atC	8	8	B.1.36	0.001167
ORF7a	3	I3del	ATT	---	8	8	B.1.36	0.001167
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	7	7	AY.39	0.000173
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	7	7	AY.43	0.000031
ORF7a	3	I3del	ATT	---	7	7	B.1.1.284	0.000752
ORF7a	3	I3del1	atT	at-	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	7	7	B.1.177	0.000092
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	7	7	B.1.2	0.000062
ORF7a	3	I3del	ATT	---	6	6	AY.26	0.00017
ORF7a	3	I3del	ATT	---	6	6	AY.39	0.000148
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	6	6	AY.46.2	0.003812
ORF7a	3	I3del	ATT	---	6	6	AY.47	0.000187
ORF7a	3	I3I	atT	atC	6	6	B.1	0.000055
ORF7a	3	I3del	ATT	---	6	6	B.1.1.214	0.000333
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF7a	3	I3I	atT	atC	6	6	B.1.2	0.000053
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	6	6	B.1.427	0.000303
ORF7a	3	I3del	ATT	---	6	6	B.1.526	0.000141
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	6	6	B.1.590	0.027273
ORF7a	3	I3del	ATT	---	6	6	P.1	0.000095
ORF7a	3	I3K	aTT	aAA	3	5	All	0.000001
ORF7a	3	I3K	aTT	aAG	2	5	All	0
ORF7a	3	I3I	atT	atC	5	5	AY.100	0.00023
ORF7a	3	I3I	atT	atC	5	5	AY.120.1	0.001605
ORF7a	3	I3I	atT	atC	5	5	AY.3	0.00005
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	5	5	AY.39	0.000124
ORF7a	3	I3del	ATT	---	5	5	AY.98.1	0.000242
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	5	5	B.1	0.000046
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	5	5	B.1.1.348	0.003981
ORF7a	3	I3M	atT	atG	5	5	B.1.1.63	0.001929
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	5	5	B.1.177	0.000066
ORF7a	3	I3del	ATT	---	5	5	B.1.177.44	0.002595
ORF7a	3	I3del	ATT	---	5	5	C.37	0.00058
ORF7a	3	I3I	atT	atC	5	5	C.37	0.00058
ORF7a	3	I3I	atT	atC	5	5	P.2	0.000933
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	2	4		0.111111
ORF7a	3	I3F	AtT	TtC	2	4		0.111111
ORF7a	3	I3del	ATT	---	4	4	AY.106	0.00134
ORF7a	3	I3del	ATT	---	4	4	AY.118	0.000251
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	4	4	AY.21	0.00759
ORF7a	3	I3I	atT	atC	4	4	AY.23	0.000279
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	4	4	AY.34	0.000388
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	4	4	AY.4	0.000006
ORF7a	3	I3I	atT	atC	4	4	AY.46	0.000416
ORF7a	3	I3del	ATT	---	4	4	B.1	0.000037
ORF7a	3	I3I	atT	atC	4	4	B.1.1.176	0.001757
ORF7a	3	I3del	ATT	---	4	4	B.1.2	0.000035
ORF7a	3	I3del	ATT	---	4	4	B.1.429	0.000094
ORF7a	3	I3I	atT	atC	4	4	B.1.609	0.001918
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	4	4	C.37.1	0.010471
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	3	3	AY.103	0.000019
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	3	3	AY.23	0.000209
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	3	3	AY.25	0.000018
ORF7a	3	I3I	atT	atC	3	3	AY.26	0.000085
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	3	3	AY.33	0.0002
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	3	3	AY.33	0.0002
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	3	3	AY.43	0.000013
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	3	3	AY.44	0.000018
ORF7a	3	I3I	atT	atC	3	3	AY.45	0.000365
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	3	3	AY.47	0.000093
ORF7a	3	I3del	ATT	---	3	3	AY.66	0.003209
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	3	3	B.1	0.000027
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	3	3	B.1.1	0.000054
ORF7a	3	I3I	atT	atC	3	3	B.1.1	0.000054
ORF7a	3	I3L	AtT	CtG	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF7a	3	I3I	atT	atC	3	3	B.1.160	0.000094
ORF7a	3	I3del	ATT	---	3	3	B.1.177.21	0.000229
ORF7a	3	I3del1	atT	at-	3	3	B.1.177.21	0.000229
ORF7a	3	I3del	ATT	---	3	3	B.1.234	0.000396
ORF7a	3	I3I	atT	atA	3	3	B.1.258.17	0.000312
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	3	3	B.1.429	0.000071
ORF7a	3	I3del	ATT	---	3	3	B.1.438.1	0.000322
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	3	3	B.1.526	0.000071
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	3	3	B.1.577	0.002062
ORF7a	3	I3del	ATT	---	3	3	B.1.621	0.000266
ORF7a	3	I3I	atT	atA	2	3	D.2	0.00015
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	3	D.2	0.000075
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	3	3	P.1	0.000047
ORF7a	3	I3I	atT	atC	2	3	P.1	0.000032
ORF7a	3	I3I	atT	atA	1	3	P.1	0.000016
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	3	3	Q.8	0.000495
ORF7a	3	I3del	ATT	---	3	3	Q.8	0.000495
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	3	3	R.1	0.00027
ORF7a	3	I3Y	ATT	TAC	2	2		0.111111
ORF7a	3	I3C	ATT	TGC	2	2		0.111111
ORF7a	3	I3T	aTT	aCG	2	2		0.111111
ORF7a	3	I3K	aTT	aAG	2	2		0.111111
ORF7a	3	I3C	ATT	TGC	2	2	All	0
ORF7a	3	I3Y	ATT	TAC	2	2	All	0
ORF7a	3	I3del	ATT	---	2	2	AY.100	0.000092
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	2	2	AY.102	0.000053
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	2	2	AY.110	0.000225
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	2	2	AY.119	0.000071
ORF7a	3	I3del	ATT	---	2	2	AY.119	0.000071
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	2	2	AY.120.1	0.000642
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	2	2	AY.20	0.000078
ORF7a	3	I3del	ATT	---	2	2	AY.20	0.000078
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	2	2	AY.26	0.000057
ORF7a	3	I3del	ATT	---	2	2	AY.29.1	0.000441
ORF7a	3	I3del	ATT	---	2	2	AY.33	0.000134
ORF7a	3	I3del	ATT	---	2	2	AY.34.1	0.00102
ORF7a	3	I3del1	atT	at-	2	2	AY.4	0.000003
ORF7a	3	I3L	AtT	CtA	2	2	AY.4	0.000003
ORF7a	3	I3I	atT	atC	2	2	AY.40	0.001929
ORF7a	3	I3del	ATT	---	2	2	AY.42	0.00008
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	2	2	AY.42	0.00008
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	2	2	AY.44	0.000012
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	2	2	AY.45	0.000243
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	2	2	AY.46	0.000208
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	2	2	AY.48	0.00093
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	2	2	AY.61	0.00021
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	2	2	AY.75	0.000112
ORF7a	3	I3I	atT	atC	2	2	AY.85	0.000854
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	2	2	AY.94	0.000885
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	2	2	B.1	0.000018
ORF7a	3	I3del1	atT	at-	2	2	B.1	0.000018
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	2	2	B.1.1	0.000036
ORF7a	3	I3del	ATT	---	2	2	B.1.1	0.000036
ORF7a	3	I3L	Att	Ctt	2	2	B.1.1	0.000036
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	2	2	B.1.1.1	0.000653
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	2	2	B.1.1.157	0.001826
ORF7a	3	I3I	atT	atC	2	2	B.1.1.306	0.000877
ORF7a	3	I3del	ATT	---	2	2	B.1.160	0.000062
ORF7a	3	I3del	ATT	---	2	2	B.1.177.86	0.000367
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	2	2	B.1.243	0.000139
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	2	2	B.1.258	0.000133
ORF7a	3	I3del	ATT	---	2	2	B.1.258.11	0.000793
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	2	2	B.1.311	0.000549
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	2	2	B.1.336	0.004878
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	2	2	B.1.411	0.007407
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	2	2	B.1.429	0.000047
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	2	2	B.1.525	0.000226
ORF7a	3	I3N	aTt	aAt	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF7a	3	I3del1	aTt	a-t	1	2	B.1.617.2	0.000004
ORF7a	3	I3del1	atT	at-	1	2	B.1.617.2	0.000004
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	2	2	B.1.621	0.000177
ORF7a	3	I3K	aTT	aAA	2	2	D.2	0.00015
ORF7a	3	I3N	aTt	aAt	2	2	D.2	0.00015
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	2	2	P.1	0.000032
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	2	2	P.1.17	0.000324
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	2	2	W.4	0.002703
ORF7a	3	I3del2	aTT	a--	1	1	A	0.000387
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	A.28	0.002646
ORF7a	3	I3A	ATT	GCA	1	1	All	0
ORF7a	3	I3P	ATt	CCt	1	1	All	0
ORF7a	3	I3L	Att	Ctt	1	1	AY.101	0.00049
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	AY.102	0.000027
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	1	1	AY.103	0.000006
ORF7a	3	I3del1	Att	-tt	1	1	AY.103	0.000006
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	1	1	AY.105	0.000643
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	AY.106	0.000335
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	1	1	AY.108	0.001103
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	AY.113	0.000142
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	1	1	AY.113	0.000142
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	AY.114	0.000231
ORF7a	3	I3del1	ATT	-CN	1	1	AY.114	0.000231
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	AY.116	0.000287
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	AY.117	0.000085
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	1	1	AY.117	0.000085
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	AY.117	0.000085
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	1	1	AY.120	0.000037
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	AY.120	0.000037
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	AY.121	0.000135
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	AY.16	0.00038
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	AY.19	0.00114
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	1	1	AY.20	0.000039
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	AY.20	0.000039
ORF7a	3	I3N	aTt	aAt	1	1	AY.23	0.00007
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	1	1	AY.25	0.000006
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	AY.26	0.000028
ORF7a	3	I3del1	atT	at-	1	1	AY.26	0.000028
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	AY.27	0.000065
ORF7a	3	I3del1	atT	at-	1	1	AY.29	0.000016
ORF7a	3	I3I	atT	atA	1	1	AY.29	0.000016
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	1	1	AY.29	0.000016
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	AY.29	0.000016
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	1	1	AY.3	0.00001
ORF7a	3	I3del1	atT	at-	1	1	AY.3	0.00001
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	AY.3	0.00001
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	AY.30	0.000396
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	AY.30	0.000396
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	AY.32	0.000532
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	1	1	AY.33	0.000067
ORF7a	3	I3N	aTt	aAt	1	1	AY.34	0.000097
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	AY.34	0.000097
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	1	1	AY.35	0.000233
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	AY.36	0.000148
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	AY.36	0.000148
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	AY.37	0.000316
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	1	1	AY.38	0.000499
ORF7a	3	I3del2	aTT	a--	1	1	AY.39	0.000025
ORF7a	3	I3M	atT	atG	1	1	AY.4	0.000002
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF7a	3	I3del2	aTT	a--	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	AY.41	0.000294
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	1	1	AY.42	0.00004
ORF7a	3	I3del2	aTT	a--	1	1	AY.43	0.000004
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	1	1	AY.43	0.000004
ORF7a	3	I3N	aTt	aAt	1	1	AY.44	0.000006
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	AY.45	0.000122
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	AY.45	0.000122
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	AY.47	0.000031
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	AY.5	0.000021
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	AY.5	0.000021
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	AY.5	0.000021
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	AY.54	0.000095
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	1	1	AY.6	0.000041
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	1	1	AY.64	0.000595
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	AY.73	0.000665
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	AY.75	0.000056
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	AY.75	0.000056
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	AY.79	0.001211
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	1	1	AY.84	0.000437
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	AY.84	0.000437
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	AY.91	0.00073
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	1	1	AY.93	0.000273
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	AY.94	0.000443
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	1	1	AY.98	0.000079
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF7a	3	I3M	atT	atG	1	1	B	0.000128
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	B	0.000128
ORF7a	3	I3N	aTt	aAt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF7a	3	I3L	AtT	TtA	1	1	B.1.1.176	0.000439
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF7a	3	I3del1	atT	at-	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF7a	3	I3L	Att	Ctt	1	1	B.1.1.47	0.005348
ORF7a	3	I3L	AtT	CtA	1	1	B.1.1.48	0.002874
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.48	0.002874
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.1.486	0.001577
ORF7a	3	I3L	Att	Ctt	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF7a	3	I3P	ATt	CCt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF7a	3	I3A	ATT	GCA	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF7a	3	I3N	aTt	aAt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	B.1.1.71	0.006061
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	B.1.1.83	0.00271
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.115	0.021739
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	B.1.119	0.010526
ORF7a	3	I3L	Att	Ctt	1	1	B.1.157	0.002985
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.161	0.017241
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF7a	3	I3M	atT	atG	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.177.63	0.002703
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF7a	3	I3L	AtT	TtA	1	1	B.1.2	0.000009
ORF7a	3	I3del1	atT	at-	1	1	B.1.2	0.000009
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.221.1	0.002907
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	B.1.223	0.002778
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	B.1.232	0.000537
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF7a	3	I3L	Att	Ctt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	B.1.349	0.000715
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.351	0.00003
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	B.1.36.10	0.004785
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	B.1.36.16	0.001425
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	B.1.366	0.004878
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	1	1	B.1.416	0.001269
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.427	0.00005
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF7a	3	I3N	aTt	aAt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	B.1.429	0.000024
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.468	0.005714
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.470	0.001404
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.525	0.000113
ORF7a	3	I3K	aTT	aAA	1	1	B.1.546	0.003704
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.596	0.000087
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	B.1.596	0.000087
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	1	1	B.1.596	0.000087
ORF7a	3	I3M	atT	atG	1	1	B.1.609	0.000479
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF7a	3	I3M	atT	atG	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.617.3	0.002985
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.620	0.000946
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	B.1.621	0.000089
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	B.1.621	0.000089
ORF7a	3	I3L	Att	Ctt	1	1	B.1.621	0.000089
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	B.1.621	0.000089
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.630	0.005236
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	B.1.637	0.000073
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	1	1	B.1.637	0.000073
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	B.1.637	0.000073
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	B.1.637	0.000073
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	B.39	0.002331
ORF7a	3	I3L	Att	Ctt	1	1	B.4	0.002208
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	B.4.4	0.018868
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	1	1	C.1	0.002392
ORF7a	3	I3S	aTt	aGt	1	1	C.37	0.000116
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	D.2	0.000075
ORF7a	3	I3V	Att	Gtt	1	1	D.2	0.000075
ORF7a	3	I3L	Att	Ctt	1	1	P.1	0.000016
ORF7a	3	I3del2	ATt	--t	1	1	P.1	0.000016
ORF7a	3	I3N	aTt	aAt	1	1	P.1.14	0.000048
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	P.1.14	0.000048
ORF7a	3	I3L	Att	Ctt	1	1	P.1.15	0.000232
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	P.1.16	0.000374
ORF7a	3	I3L	Att	Ctt	1	1	P.1.2	0.001156
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	Q.1	0.000126
ORF7a	3	I3T	aTt	aCt	1	1	Q.3	0.000145
ORF7a	3	I3F	Att	Ttt	1	1	Q.8	0.000165
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	Q.8	0.000165
ORF7a	3	I3del	ATT	---	1	1	U.3	0.003861
ORF7a	3	I3I	atT	atC	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.