CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF7a : CodonNum = 29

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF7a29V29LnonsynGtaTta287028290.98571427478-27480
ORF7a29V29LnonsynGtaCta2870400.013937327478-27480
ORF7a29V29LnonsynGtACtG287010.00034843227478-27480
ORF7a29V29deldelGTA---978978127478-27480
ORF7a29V29AnonsyngTagCa224224127478-27480
ORF7a29V29InonsynGtaAta1871860.99465227478-27480
ORF7a29V29InonsynGtAAtC18710.0053475927478-27480
ORF7a29V29VsyngtAgtG139880.63309427478-27480
ORF7a29V29VsyngtAgtC139430.30935327478-27480
ORF7a29V29VsyngtAgtT13980.05755427478-27480
ORF7a29V29del1delgtAgt-57450.78947427478-27480
ORF7a29V29del1delGta-ta57120.21052627478-27480
ORF7a29V29EnonsyngTagAa2424127478-27480
ORF7a29V29del2delgTAg--22180.81818227478-27480
ORF7a29V29del2delGTa--a2240.18181827478-27480
ORF7a29V29KnonsynGTaAAa44127478-27480
ORF7a29V29GnonsyngTagGa33127478-27480
ORF7a29V29SnonsynGTAAGT22127478-27480
ORF7a29V29XnonsynGTaTGa22127478-27480
ORF7a29V29MnonsynGtAAtG22127478-27480
ORF7a29V29PnonsynGTACCC11127478-27480
ORF7a29V29FnonsynGtATtC11127478-27480
ORF7a29V29TnonsynGTaACa11127478-27480

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF7a29V29LGtaTta28292870All0.000541
ORF7a29V29LGtaCta402870All0.000008
ORF7a29V29LGtACtG12870All0
ORF7a29V29delGTA---978978All0.000187
ORF7a29V29LGtaTta364365AY.40.000567
ORF7a29V29LGtaCta1365AY.40.000002
ORF7a29V29LGtaTta345357B.1.1.70.000309
ORF7a29V29LGtaCta12357B.1.1.70.000011
ORF7a29V29LGtaTta286290B.1.617.20.001077
ORF7a29V29LGtaCta4290B.1.617.20.000015
ORF7a29V29LGtaTta272276AY.430.001205
ORF7a29V29LGtaCta4276AY.430.000018
ORF7a29V29delGTA---248248B.1.1.70.000222
ORF7a29V29AgTagCa224224All0.000043
ORF7a29V29delGTA---221221AY.40.000344
ORF7a29V29LGtaTta210217AY.250.001263
ORF7a29V29LGtaCta7217AY.250.000042
ORF7a29V29IGtaAta186187All0.000036
ORF7a29V29IGtAAtC1187All0
ORF7a29V29delGTA---179179B.1.177.210.013688
ORF7a29V29VgtAgtG88139All0.000017
ORF7a29V29VgtAgtC43139All0.000008
ORF7a29V29VgtAgtT8139All0.000002
ORF7a29V29LGtaTta121122AY.1030.000751
ORF7a29V29LGtaCta1122AY.1030.000006
ORF7a29V29IGtaAta8787B.1.1.70.000078
ORF7a29V29AgTagCa8383B.1.1.70.000074
ORF7a29V29LGtaTta7474C.140.320346
ORF7a29V29LGtaTta7373B.1.619.10.046825
ORF7a29V29LGtaTta7070AY.1210.009472
ORF7a29V29LGtaTta6767B.1.4290.001576
ORF7a29V29del1gtAgt-4557All0.000009
ORF7a29V29del1Gta-ta1257All0.000002
ORF7a29V29LGtaTta5050B.1.4800.124378
ORF7a29V29LGtaTta4747AY.1060.01574
ORF7a29V29LGtaTta4345B.1.20.000379
ORF7a29V29LGtaCta245B.1.20.000018
ORF7a29V29LGtaTta3636B.10.00033
ORF7a29V29LGtaTta3133P.10.000488
ORF7a29V29LGtaCta233P.10.000032
ORF7a29V29VgtAgtC1730B.1.1.70.000015
ORF7a29V29VgtAgtG1330B.1.1.70.000012
ORF7a29V29delGTA---2727AY.290.000426
ORF7a29V29LGtaTta2727AY.290.000426
ORF7a29V29EgTagAa2424All0.000005
ORF7a29V29AgTagCa2323P.10.000362
ORF7a29V29del2gTAg--1822All0.000003
ORF7a29V29del2GTa--a422All0.000001
ORF7a29V29delGTA---2222AY.250.000132
ORF7a29V29LGtaTta2222AY.98.10.001065
ORF7a29V29delGTA---2121AY.440.000128
ORF7a29V29LGtaTta2020AK.20.909091
ORF7a29V29LGtaTta2020AY.420.000805
ORF7a29V29LGtaTta2020B.1.1770.000263
ORF7a29V29LGtaTta1919AY.30.000189
ORF7a29V29LGtaTta1919AY.440.000116
ORF7a29V29LGtaTta1919C.370.002205
ORF7a29V29IGtaAta1818AY.1110.003297
ORF7a29V29delGTA---1717AY.1030.000106
ORF7a29V29delGTA---1717AY.30.000169
ORF7a29V29delGTA---1616AY.7.20.008949
ORF7a29V29LGtaTta1616AY.750.000896
ORF7a29V29LGtaTta1616B.1.10.00029
ORF7a29V29LGtaTta1616B.1.351.50.009592
ORF7a29V29LGtaTta1515AY.390.000371
ORF7a29V29VgtAgtG1515B.1.5650.012156
ORF7a29V29LGtaTta1414AY.1100.001578
ORF7a29V29AgTagCa1414B.1.4270.000707
ORF7a29V29LGtaTta1414B.1.438.10.001502
ORF7a29V29VgtAgtG1014P.10.000158
ORF7a29V29VgtAgtT314P.10.000047
ORF7a29V29VgtAgtC114P.10.000016
ORF7a29V29LGtaTta1313AY.1000.000598
ORF7a29V29IGtaAta1313AY.30.000129
ORF7a29V29LGtaTta1313AY.330.000868
ORF7a29V29LGtaTta1313B.1.1.1590.060748
ORF7a29V29del1Gta-ta1013B.1.1.70.000009
ORF7a29V29del1gtAgt-313B.1.1.70.000003
ORF7a29V29LGtaTta1313B.1.177.160.008638
ORF7a29V29LGtaTta1012AY.1020.000265
ORF7a29V29LGtaCta212AY.1020.000053
ORF7a29V29del1gtAgt-1212AY.1030.000075
ORF7a29V29AgTagCa1212AY.40.000019
ORF7a29V29LGtaTta1212B.1.3510.000357
ORF7a29V29LGtaTta1111AY.200.000428
ORF7a29V29del1gtAgt-1111AY.290.000174
ORF7a29V29EgTagAa1111AY.40.000017
ORF7a29V29delGTA---1111AY.430.000049
ORF7a29V29delGTA---1111B.1.1.2140.00061
ORF7a29V29LGtaTta1111B.1.30.028796
ORF7a29V29LGtaTta1011B.1.5260.000235
ORF7a29V29LGtaCta111B.1.5260.000024
ORF7a29V29delGTA---1111B.1.617.20.000041
ORF7a29V29AgTagCa1010AY.440.000061
ORF7a29V29delGTA---1010B.10.000092
ORF7a29V29AgTagCa1010B.1.4290.000235
ORF7a29V29LGtaTta99AY.460.000937
ORF7a29V29IGtaAta99AY.670.004178
ORF7a29V29delGTA---99B.1.1.2840.000967
ORF7a29V29IGtaAta99B.1.617.20.000034
ORF7a29V29LGtaTta99B.1.6210.000797
ORF7a29V29delGTA---99C.370.001045
ORF7a29V29delGTA---99P.10.000142
ORF7a29V29AgTagCa88AY.1030.00005
ORF7a29V29VgtAgtC88AY.250.000048
ORF7a29V29LGtaTta88AY.50.000165
ORF7a29V29LGtaTta88AY.90.000541
ORF7a29V29VgtAgtG68B.1.4290.000141
ORF7a29V29VgtAgtT28B.1.4290.000047
ORF7a29V29LGtaTta88R.10.00072
ORF7a29V29LGtaTta77AY.1130.000997
ORF7a29V29del2gTAg--77AY.290.00011
ORF7a29V29LGtaTta67AY.70.001176
ORF7a29V29LGtaCta17AY.70.000196
ORF7a29V29LGtaTta77B.1.1600.000218
ORF7a29V29delGTA---77B.1.20.000062
ORF7a29V29IGtaAta66AY.1030.000037
ORF7a29V29LGtaTta66AY.1170.000507
ORF7a29V29LGtaTta66AY.230.000418
ORF7a29V29LGtaTta66AY.260.00017
ORF7a29V29LGtaTta66AY.4.20.00013
ORF7a29V29VgtAgtG36AY.440.000018
ORF7a29V29VgtAgtC36AY.440.000018
ORF7a29V29delGTA---66AY.470.000187
ORF7a29V29LGtaTta56AY.5.30.001687
ORF7a29V29LGtACtG16AY.5.30.000337
ORF7a29V29LGtaTta66AY.640.003571
ORF7a29V29LGtaTta66B.1.2210.000426
ORF7a29V29IGtaAta66B.1.36.180.002521
ORF7a29V29AgTagCa66B.1.617.20.000023
ORF7a29V29LGtaTta55AY.1050.003215
ORF7a29V29VgtAgtG55AY.1110.000916
ORF7a29V29delGTA---55AY.1180.000313
ORF7a29V29delGTA---55AY.260.000142
ORF7a29V29LGtaTta55AY.380.002496
ORF7a29V29delGTA---55AY.390.000124
ORF7a29V29LGtaTta45AY.39.10.000158
ORF7a29V29LGtaCta15AY.39.10.00004
ORF7a29V29LGtaTta55AY.60.000206
ORF7a29V29LGtaTta55AY.9.10.000419
ORF7a29V29LGtaTta55B.1.1.10.001633
ORF7a29V29EgTagAa55B.1.1.70.000004
ORF7a29V29delGTA---55B.1.177.440.002595
ORF7a29V29AgTagCa55B.1.20.000044
ORF7a29V29LGtaTta55B.1.2430.000348
ORF7a29V29LGtaTta55B.1.36.180.002101
ORF7a29V29IGtaAta55B.1.4290.000118
ORF7a29V29delGTA---55B.1.4290.000118
ORF7a29V29VgtAgtG35B.1.617.20.000011
ORF7a29V29VgtAgtT15B.1.617.20.000004
ORF7a29V29VgtAgtC15B.1.617.20.000004
ORF7a29V29LGtaTta55P.1.140.000239
ORF7a29V29LGtaTta55P.20.000933
ORF7a29V29LGtaTta44A0.001548
ORF7a29V29KGTaAAa44All0.000001
ORF7a29V29LGtaTta44AY.190.004561
ORF7a29V29del1gtAgt-34AY.250.000018
ORF7a29V29del2gTAg--24AY.250.000012
ORF7a29V29del2GTa--a24AY.250.000012
ORF7a29V29del1Gta-ta14AY.250.000006
ORF7a29V29del1gtAgt-44AY.40.000006
ORF7a29V29VgtAgtG44AY.40.000006
ORF7a29V29LGtaTta44AY.4.2.10.000596
ORF7a29V29IGtaAta44AY.440.000024
ORF7a29V29LGtaTta44AY.470.000124
ORF7a29V29AgTagCa44AY.540.000381
ORF7a29V29LGtaTta44AY.710.0019
ORF7a29V29delGTA---44AY.98.10.000194
ORF7a29V29delGTA---44B.1.10.000073
ORF7a29V29LGtaTta44B.1.1.1530.004381
ORF7a29V29LGtaTta44B.1.1.3020.008299
ORF7a29V29LGtaTta44B.1.177.480.0125
ORF7a29V29LGtaTta44B.1.4270.000202
ORF7a29V29AgTagCa44B.1.6370.000292
ORF7a29V29GgTagGa33All0.000001
ORF7a29V29VgtAgtG33AY.1030.000019
ORF7a29V29KGTaAAa33AY.1060.001005
ORF7a29V29LGtaTta33AY.1140.000693
ORF7a29V29del1gtAgt-33AY.1180.000188
ORF7a29V29LGtaTta33AY.160.001139
ORF7a29V29delGTA---33AY.200.000117
ORF7a29V29AgTagCa33AY.290.000047
ORF7a29V29LGtaTta33AY.3.10.000256
ORF7a29V29delGTA---33AY.330.0002
ORF7a29V29LGtaTta33AY.34.10.00153
ORF7a29V29EgTagAa33AY.390.000074
ORF7a29V29VgtAgtC23AY.390.000049
ORF7a29V29VgtAgtG13AY.390.000025
ORF7a29V29IGtaAta33AY.40.000005
ORF7a29V29GgTagGa33AY.40.000005
ORF7a29V29AgTagCa33AY.430.000013
ORF7a29V29LGtaTta23AY.46.50.000397
ORF7a29V29LGtaCta13AY.46.50.000198
ORF7a29V29LGtaTta33AY.540.000286
ORF7a29V29LGtaTta33AY.610.000314
ORF7a29V29VgtAgtG33B.10.000027
ORF7a29V29LGtaTta33B.1.1.2220.000612
ORF7a29V29LGtaTta33B.1.1.2940.003797
ORF7a29V29LGtaTta33B.1.1.3970.006757
ORF7a29V29LGtaTta33B.1.1.5160.2
ORF7a29V29LGtaTta33B.1.1.5190.000119
ORF7a29V29AgTagCa33B.1.1770.00004
ORF7a29V29delGTA---33B.1.2340.000396
ORF7a29V29LGtaTta33B.1.2400.000647
ORF7a29V29LGtaTta33B.1.2580.0002
ORF7a29V29delGTA---33B.1.3510.000089
ORF7a29V29LGtaTta33B.1.360.000438
ORF7a29V29LGtaTta33B.1.36.210.006479
ORF7a29V29LGtaTta33B.1.3750.002459
ORF7a29V29delGTA---33B.1.5260.000071
ORF7a29V29LGtaTta33B.1.5750.00091
ORF7a29V29del1gtAgt-23B.1.617.20.000008
ORF7a29V29del1Gta-ta13B.1.617.20.000004
ORF7a29V29delGTA---33B.1.6260.017143
ORF7a29V29LGtaTta33P.1.10.000953
ORF7a29V29LGtaTta33P.1.130.002695
ORF7a29V29LGtaTta33P.1.150.000697
ORF7a29V29LGtaTta33P.1.170.000485
ORF7a29V29delGTA---33Q.80.000495
ORF7a29V29delGTA---220.111111
ORF7a29V29delGTA---22A.280.005291
ORF7a29V29LGtaTta22AB.10.016393
ORF7a29V29SGTAAGT22All0
ORF7a29V29MGtAAtG22All0
ORF7a29V29XGTaTGa22All0
ORF7a29V29LGtaTta22AY.1010.000981
ORF7a29V29VgtAgtG22AY.1020.000053
ORF7a29V29AgTagCa22AY.1060.00067
ORF7a29V29AgTagCa22AY.1180.000125
ORF7a29V29delGTA---22AY.1190.000071
ORF7a29V29LGtaTta22AY.120.000632
ORF7a29V29delGTA---22AY.1210.000271
ORF7a29V29LGtaTta22AY.140.000176
ORF7a29V29IGtaAta22AY.200.000078
ORF7a29V29IGtaAta22AY.250.000012
ORF7a29V29EgTagAa22AY.250.000012
ORF7a29V29LGtaTta22AY.270.000129
ORF7a29V29IGtaAta22AY.290.000032
ORF7a29V29delGTA---22AY.29.10.000441
ORF7a29V29VgtAgtC22AY.30.00002
ORF7a29V29AgTagCa22AY.30.00002
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