CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF7a : CodonNum = 121

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF7a	121	E121X		nonsyn	Gaa	Taa	5180	5175	0.999035	27754-27756
ORF7a	121	E121X		nonsyn	GAa	TGa	5180	3	0.000579151	27754-27756
ORF7a	121	E121X		nonsyn	GaA	TaG	5180	2	0.0003861	27754-27756
ORF7a	121	E121del		del	GAA	---	2000	2000	1	27754-27756
ORF7a	121	E121A		nonsyn	gAa	gCa	1177	1177	1	27754-27756
ORF7a	121	E121E		syn	gaA	gaG	573	573	1	27754-27756
ORF7a	121	E121V		nonsyn	gAa	gTa	517	517	1	27754-27756
ORF7a	121	E121Q		nonsyn	Gaa	Caa	475	475	1	27754-27756
ORF7a	121	E121G		nonsyn	gAa	gGa	256	253	0.988281	27754-27756
ORF7a	121	E121G		nonsyn	gAA	gGG	256	3	0.0117188	27754-27756
ORF7a	121	E121del1		del	gaA	ga-	223	169	0.757848	27754-27756
ORF7a	121	E121del1		del	Gaa	-aa	223	47	0.210762	27754-27756
ORF7a	121	E121del1		del	gAa	g-a	223	7	0.0313901	27754-27756
ORF7a	121	E121K		nonsyn	Gaa	Aaa	164	157	0.957317	27754-27756
ORF7a	121	E121K		nonsyn	GaA	AaG	164	7	0.0426829	27754-27756
ORF7a	121	E121del2		del	GAa	--a	85	80	0.941176	27754-27756
ORF7a	121	E121del2		del	gAA	g--	85	5	0.0588235	27754-27756
ORF7a	121	E121D		nonsyn	gaA	gaT	59	31	0.525424	27754-27756
ORF7a	121	E121D		nonsyn	gaA	gaC	59	28	0.474576	27754-27756
ORF7a	121	E121W		nonsyn	GAA	TGG	2	2	1	27754-27756
ORF7a	121	E121T		nonsyn	GAa	ACa	2	1	0.5	27754-27756
ORF7a	121	E121T		nonsyn	GAA	ACT	2	1	0.5	27754-27756
ORF7a	121	E121N		nonsyn	GaA	AaC	2	1	0.5	27754-27756
ORF7a	121	E121N		nonsyn	GaA	AaT	2	1	0.5	27754-27756
ORF7a	121	E121I		nonsyn	GAA	ATT	1	1	1	27754-27756
ORF7a	121	E121H		nonsyn	GaA	CaT	1	1	1	27754-27756
ORF7a	121	E121R		nonsyn	GAA	AGG	1	1	1	27754-27756
ORF7a	121	E121L		nonsyn	GAa	TTa	1	1	1	27754-27756
ORF7a	121	E121S		nonsyn	GAa	TCa	1	1	1	27754-27756

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	5175	5180	All	0.00099
ORF7a	121	E121X	GAa	TGa	3	5180	All	0.000001
ORF7a	121	E121X	GaA	TaG	2	5180	All	0
ORF7a	121	E121del	GAA	---	2000	2000	All	0.000383
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1929	1930	B.1.1.7	0.001727
ORF7a	121	E121X	GAa	TGa	1	1930	B.1.1.7	0.000001
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	1177	1177	All	0.000225
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1131	1131	B.1.1.7	0.001012
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	1025	1025	B.1.438.1	0.109943
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	669	669	AY.111	0.122527
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	573	573	All	0.00011
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	517	517	All	0.000099
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	475	475	All	0.000091
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	358	358	B.1.1.222	0.073031
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	346	346	AY.4	0.000539
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	303	303	B.1.617.2	0.001141
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	281	281	B.1.1.7	0.000252
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	270	270	B.1.177.23	0.873786
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	253	256	All	0.000048
ORF7a	121	E121G	gAA	gGG	3	256	All	0.000001
ORF7a	121	E121del	GAA	---	240	240	AY.4	0.000374
ORF7a	121	E121del1	gaA	ga-	169	223	All	0.000032
ORF7a	121	E121del1	Gaa	-aa	47	223	All	0.000009
ORF7a	121	E121del1	gAa	g-a	7	223	All	0.000001
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	196	196	B.1.177	0.002581
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	186	186	AY.43	0.000824
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	170	170	AY.4	0.000265
ORF7a	121	E121del1	gaA	ga-	163	170	B.1.1.7	0.000146
ORF7a	121	E121del1	Gaa	-aa	5	170	B.1.1.7	0.000004
ORF7a	121	E121del1	gAa	g-a	2	170	B.1.1.7	0.000002
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	157	164	All	0.00003
ORF7a	121	E121K	GaA	AaG	7	164	All	0.000001
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	161	161	AY.103	0.001
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	143	143	AY.4.2	0.003101
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	133	133	AY.33	0.008881
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	109	109	AY.4	0.00017
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	88	88	AY.44	0.000536
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	80	85	All	0.000015
ORF7a	121	E121del2	gAA	g--	5	85	All	0.000001
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	79	79	AY.3	0.000786
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	75	75	B.1.1.7	0.000067
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	69	69	AY.29	0.001088
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	63	63	AY.25	0.000379
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	63	63	B.1.1.7	0.000056
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	60	60	AY.102	0.001591
ORF7a	121	E121D	gaA	gaT	31	59	All	0.000006
ORF7a	121	E121D	gaA	gaC	28	59	All	0.000005
ORF7a	121	E121del	GAA	---	53	53	AY.25	0.000319
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	44	44	AY.41	0.012934
ORF7a	121	E121del	GAA	---	42	42	P.1	0.000662
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	41	41	B.1.36.34	0.87234
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	38	38	AY.20	0.001477
ORF7a	121	E121del	GAA	---	36	36	B.1.2	0.000317
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	36	36	P.1	0.000567
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	35	35	B.1.2	0.000308
ORF7a	121	E121del	GAA	---	32	32	AY.103	0.000199
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	32	32	P.1	0.000504
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	29	29	B.1.1	0.000526
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	26	26	AY.103	0.000161
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	26	26	AY.47	0.000809
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	26	26	B.1	0.000238
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	26	26	B.1.221	0.001847
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	25	25	B.1.1.519	0.000993
ORF7a	121	E121del	GAA	---	23	23	B.1.617.2	0.000087
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	23	23	C.37	0.002669
ORF7a	121	E121del	GAA	---	22	22	AY.43	0.000097
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	22	22	AY.44	0.000134
ORF7a	121	E121del	GAA	---	22	22	B.1.427	0.001111
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	21	21	B.1.351	0.000624
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	20	20	AY.6	0.000823
ORF7a	121	E121del	GAA	---	19	19	AY.29	0.0003
ORF7a	121	E121del	GAA	---	19	19	B.1.1	0.000345
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	19	19	B.1.621	0.001682
ORF7a	121	E121del	GAA	---	18	18	C.37	0.002089
ORF7a	121	E121del1	Gaa	-aa	16	16	AY.25	0.000096
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	16	16	AY.25	0.000096
ORF7a	121	E121del	GAA	---	15	15	AY.3	0.000149
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	15	15	AY.43	0.000066
ORF7a	121	E121del	GAA	---	15	15	B.1.177	0.000198
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	15	15	B.1.2	0.000132
ORF7a	121	E121del	GAA	---	14	14	AY.111	0.002564
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	14	14	AY.117	0.001183
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	14	14	AY.59	0.007415
ORF7a	121	E121del	GAA	---	14	14	B.1	0.000128
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	14	14	B.1.1.37	0.0027
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	13	14	B.1.1.7	0.000012
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	8	14	B.1.1.7	0.000007
ORF7a	121	E121K	GaA	AaG	6	14	B.1.1.7	0.000005
ORF7a	121	E121del2	gAA	g--	1	14	B.1.1.7	0.000001
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	14	14	B.1.160	0.000437
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	14	14	B.1.429	0.000329
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	14	14	B.1.526	0.000329
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	14	14	P.1	0.000221
ORF7a	121	E121del	GAA	---	13	13	AY.39	0.000321
ORF7a	121	E121del	GAA	---	13	13	AY.44	0.000079
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	13	13	B.1.177	0.000171
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	13	13	B.1.2	0.000114
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	12	12	AY.3.1	0.001023
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	12	12	AY.4	0.000019
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	12	12	AY.46	0.001249
ORF7a	121	E121del	GAA	---	11	11	AY.26	0.000311
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	11	11	AY.5	0.000227
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	11	11	AY.61	0.001153
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	11	11	B.1.617.1	0.001419
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	11	11	B.1.617.2	0.000041
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	11	11	D.2	0.000825
ORF7a	121	E121del	GAA	---	11	11	Q.8	0.001814
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	10	10	AY.10	0.005299
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	10	10	AY.39.1	0.000396
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	10	10	AY.42	0.000402
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	10	10	B.1.1.189	0.015129
ORF7a	121	E121del	GAA	---	10	10	B.1.1.214	0.000555
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	10	10	B.1.1.7	0.000009
ORF7a	121	E121del	GAA	---	10	10	B.1.234	0.001319
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	10	10	B.1.243	0.000696
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	9	9	AY.26	0.000255
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	9	9	AY.4	0.000014
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	9	9	AY.44	0.000055
ORF7a	121	E121D	gaA	gaT	8	9	B.1.1.7	0.000007
ORF7a	121	E121D	gaA	gaC	1	9	B.1.1.7	0.000001
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	9	9	B.1.177	0.000119
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	8	8	AY.25	0.000048
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	8	8	B.1.1	0.000145
ORF7a	121	E121D	gaA	gaT	8	8	B.1.177.62	0.009535
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	8	8	B.1.177.81	0.001515
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	8	8	B.1.258	0.000532
ORF7a	121	E121del	GAA	---	8	8	B.1.429	0.000188
ORF7a	121	E121D	gaA	gaC	7	7	AY.100	0.000322
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	7	7	AY.106	0.002344
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	7	7	AY.3	0.00007
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	7	7	AY.3.1	0.000597
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	7	7	AY.46	0.000729
ORF7a	121	E121del	GAA	---	7	7	AY.5	0.000145
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	7	7	B.1	0.000064
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	7	7	B.1.177	0.000092
ORF7a	121	E121del1	Gaa	-aa	6	7	B.1.2	0.000053
ORF7a	121	E121del1	gAa	g-a	1	7	B.1.2	0.000009
ORF7a	121	E121del	GAA	---	7	7	B.1.258.17	0.000728
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	7	7	B.55	0.020649
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	4	6		0.222222
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	6		0.111111
ORF7a	121	E121X	GAa	TGa	2	6		0.111111
ORF7a	121	E121X	GaA	TaG	2	6		0.111111
ORF7a	121	E121G	gAA	gGG	2	6		0.111111
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	6	6	AY.23	0.000418
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	6	6	AY.25	0.000036
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	6	6	AY.34	0.000582
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	6	6	AY.4	0.000009
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	6	6	AY.47	0.000187
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	6	6	AY.5.4	0.00166
ORF7a	121	E121D	gaA	gaC	6	6	AY.7.2	0.003356
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	6	6	B.1.1.326	0.010563
ORF7a	121	E121del	GAA	---	6	6	B.1.1.519	0.000238
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	6	6	B.1.177	0.000079
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	6	6	B.1.617.3	0.01791
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	5	5	AY.109	0.003698
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	5	5	AY.119	0.000177
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	5	5	AY.3	0.00005
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	5	5	AY.39	0.000124
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	5	5	AY.4	0.000008
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	5	5	AY.43	0.000022
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	5	5	AY.43	0.000022
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	5	5	AY.44	0.00003
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	5	5	AY.98	0.000395
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	5	5	AY.99.2	0.000461
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	5	5	B.1	0.000046
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	5	5	B.1.1	0.000091
ORF7a	121	E121del	GAA	---	5	5	B.1.1.318	0.001509
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	5	5	B.1.160.28	0.01462
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	5	5	B.1.177.73	0.002831
ORF7a	121	E121del	GAA	---	5	5	B.1.243	0.000348
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	5	5	B.1.265	0.006353
ORF7a	121	E121del	GAA	---	5	5	B.1.351	0.000149
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	5	5	B.1.351	0.000149
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	5	5	B.1.351.2	0.001513
ORF7a	121	E121del	GAA	---	5	5	B.1.526	0.000118
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	5	5	B.1.617.2	0.000019
ORF7a	121	E121del2	gAA	g--	3	5	B.1.617.2	0.000011
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	2	5	B.1.617.2	0.000008
ORF7a	121	E121del	GAA	---	5	5	B.1.621	0.000443
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	5	5	P.1.10	0.001347
ORF7a	121	E121del	GAA	---	5	5	P.1.14	0.000239
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	5	5	P.1.17	0.000809
ORF7a	121	E121del	GAA	---	5	5	P.2	0.000933
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	4	4	A.2.3	0.018957
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	4	4	AY.100	0.000184
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	4	4	AY.103	0.000025
ORF7a	121	E121del	GAA	---	4	4	AY.114	0.000924
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	4	4	AY.26	0.000113
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	4	4	AY.29	0.000063
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	4	4	AY.4	0.000006
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	4	4	AY.4.2	0.000087
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	4	4	AY.4.3	0.003367
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	4	4	AY.54	0.000381
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	4	4	AY.75	0.000224
ORF7a	121	E121del	GAA	---	4	4	AY.79	0.004843
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	4	4	AY.9	0.00027
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	4	4	AY.98.1	0.000194
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	4	4	B.1	0.000037
ORF7a	121	E121del	GAA	---	4	4	B.1.1.284	0.00043
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	4	4	B.1.160.8	0.005155
ORF7a	121	E121del	GAA	---	4	4	B.1.177.21	0.000306
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	4	4	B.1.177.4	0.000844
ORF7a	121	E121del	GAA	---	4	4	B.1.177.7	0.000659
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	4	4	B.1.258	0.000266
ORF7a	121	E121del	GAA	---	4	4	B.1.351.2	0.00121
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	4	4	B.1.361	0.005155
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	4	4	B.1.427	0.000202
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	4	4	B.1.527	0.014815
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	4	4	B.1.617.1	0.000516
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	4	4	C.35	0.003096
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	4	4	D.2	0.0003
ORF7a	121	E121del1	Gaa	-aa	4	4	P.1	0.000063
ORF7a	121	E121del	GAA	---	4	4	P.1.15	0.000929
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	4	4	P.1.7	0.001277
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	4	4	Q.8	0.00066
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	3	3	A.2	0.001985
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	3	3	AY.10	0.00159
ORF7a	121	E121del1	Gaa	-aa	3	3	AY.103	0.000019
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	3	3	AY.103	0.000019
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	3	3	AY.116.1	0.000934
ORF7a	121	E121del	GAA	---	3	3	AY.120	0.000112
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	3	3	AY.20	0.000117
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	3	3	AY.20	0.000117
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	3	3	AY.27	0.000194
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	3	3	AY.29	0.000047
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	2	3	AY.43	0.000009
ORF7a	121	E121K	GaA	AaG	1	3	AY.43	0.000004
ORF7a	121	E121del1	gaA	ga-	1	3	AY.44	0.000006
ORF7a	121	E121del1	gAa	g-a	1	3	AY.44	0.000006
ORF7a	121	E121del1	Gaa	-aa	1	3	AY.44	0.000006
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	3	3	AY.45	0.000365
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	3	3	AY.5	0.000062
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	3	3	AY.61	0.000314
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	3	3	AY.65	0.001599
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	3	3	AY.77	0.003382
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	3	3	B.1	0.000027
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	3	3	B.1.1.189	0.004539
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	3	3	B.1.1.241	0.006211
ORF7a	121	E121del	GAA	---	3	3	B.1.1.434	0.001046
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF7a	121	E121del	GAA	---	3	3	B.1.1.58	0.016129
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	3	3	B.1.177.46	0.002755
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	3	3	B.1.177.75	0.003122
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	3	3	B.1.214.2	0.001799
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	3	3	B.1.22	0.003953
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	3	3	B.1.221	0.000213
ORF7a	121	E121del	GAA	---	3	3	B.1.258	0.0002
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	3	3	B.1.258	0.0002
ORF7a	121	E121del	GAA	---	3	3	B.1.36	0.000438
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	3	3	B.1.396	0.002117
ORF7a	121	E121del1	gaA	ga-	2	3	B.1.429	0.000047
ORF7a	121	E121del1	Gaa	-aa	1	3	B.1.429	0.000024
ORF7a	121	E121del	GAA	---	3	3	B.1.525	0.000339
ORF7a	121	E121del	GAA	---	3	3	B.1.596	0.000261
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF7a	121	E121del	GAA	---	3	3	B.1.621.1	0.001517
ORF7a	121	E121del	GAA	---	3	3	B.1.626	0.017143
ORF7a	121	E121del	GAA	---	3	3	B.1.628	0.001057
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	3	3	B.1.628	0.001057
ORF7a	121	E121del	GAA	---	3	3	B.1.637	0.000219
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	3	3	P.1.1	0.000953
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	3	3	P.1.14	0.000143
ORF7a	121	E121del	GAA	---	3	3	Q.1	0.000379
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	3	3	Q.6	0.019868
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	2	2		0.111111
ORF7a	121	E121W	GAA	TGG	2	2		0.111111
ORF7a	121	E121D	gaA	gaC	2	2	A	0.000774
ORF7a	121	E121W	GAA	TGG	2	2	All	0
ORF7a	121	E121T	GAA	ACT	1	2	All	0
ORF7a	121	E121T	GAa	ACa	1	2	All	0
ORF7a	121	E121N	GaA	AaT	1	2	All	0
ORF7a	121	E121N	GaA	AaC	1	2	All	0
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	AY.101	0.000981
ORF7a	121	E121del	GAA	---	2	2	AY.102	0.000053
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	2	2	AY.103	0.000012
ORF7a	121	E121del	GAA	---	2	2	AY.108	0.002205
ORF7a	121	E121del	GAA	---	2	2	AY.117	0.000169
ORF7a	121	E121del	GAA	---	2	2	AY.119	0.000071
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	AY.120	0.000074
ORF7a	121	E121del	GAA	---	2	2	AY.121	0.000271
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	2	2	AY.20	0.000078
ORF7a	121	E121del	GAA	---	2	2	AY.20	0.000078
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	2	2	AY.25	0.000012
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	AY.29.1	0.000441
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	2	2	AY.3	0.00002
ORF7a	121	E121del	GAA	---	2	2	AY.30	0.000791
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	2	2	AY.32	0.001065
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	AY.35	0.000466
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	2	2	AY.39	0.000049
ORF7a	121	E121del	GAA	---	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	AY.4.4	0.000818
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	2	2	AY.44	0.000012
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	2	2	AY.44	0.000012
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	2	2	AY.44	0.000012
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF7a	121	E121del	GAA	---	2	2	AY.47	0.000062
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	AY.48	0.00093
ORF7a	121	E121D	gaA	gaC	2	2	AY.5	0.000041
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	AY.5.3	0.000675
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	2	2	AY.59	0.001059
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	2	2	AY.6	0.000082
ORF7a	121	E121del	GAA	---	2	2	AY.6	0.000082
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	AY.67	0.000929
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	2	2	AY.91.1	0.00813
ORF7a	121	E121del	GAA	---	2	2	AY.94	0.000885
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	2	2	B	0.000256
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	2	2	B.1	0.000018
ORF7a	121	E121D	gaA	gaT	2	2	B.1.1	0.000036
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	2	2	B.1.1	0.000036
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	2	2	B.1.1	0.000036
ORF7a	121	E121del	GAA	---	2	2	B.1.1.1	0.000653
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	B.1.1.222	0.000408
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	2	2	B.1.1.244	0.030769
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	B.1.1.25	0.001137
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	B.1.1.317	0.000823
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	B.1.1.50	0.001358
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF7a	121	E121N	GaA	AaC	1	2	B.1.1.7	0.000001
ORF7a	121	E121N	GaA	AaT	1	2	B.1.1.7	0.000001
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	2	2	B.1.160	0.000062
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	2	2	B.1.160.20	0.017857
ORF7a	121	E121del	GAA	---	2	2	B.1.177.50	0.00939
ORF7a	121	E121del	GAA	---	2	2	B.1.177.60	0.000437
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	B.1.177.86	0.000367
ORF7a	121	E121del1	Gaa	-aa	2	2	B.1.177.86	0.000367
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	2	2	B.1.2	0.000018
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.234	0.000264
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	B.1.279	0.001027
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	2	2	B.1.332	0.006993
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	B.1.36	0.000292
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	B.1.369	0.00057
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	B.1.400	0.000858
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	B.1.438.1	0.000215
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF7a	121	E121del	GAA	---	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	B.1.562	0.037037
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.595	0.000522
ORF7a	121	E121del1	Gaa	-aa	2	2	B.1.612	0.005305
ORF7a	121	E121D	gaA	gaC	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.620	0.001892
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.621	0.000177
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	2	2	B.1.621	0.000177
ORF7a	121	E121D	gaA	gaT	2	2	B.1.623	0.001073
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	B.1.637	0.000146
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	C.36.3	0.001134
ORF7a	121	E121D	gaA	gaT	2	2	C.37	0.000232
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	P.1.12	0.000968
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	2	2	P.1.15	0.000465
ORF7a	121	E121del1	gaA	ga-	2	2	Q.1	0.000253
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	1	1		0.055556
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	1	1		0.055556
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	A	0.000387
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	A	0.000387
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	A.1	0.000282
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	1	1	A.2	0.000662
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	A.2.2	0.001689
ORF7a	121	E121D	gaA	gaT	1	1	A.2.4	0.003367
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	1	1	A.2.4	0.003367
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	A.2.5	0.000499
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	A.23	0.010526
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AD.2	0.000219
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AE.8	0.000489
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	1	1	AH.3	0.003802
ORF7a	121	E121I	GAA	ATT	1	1	All	0
ORF7a	121	E121H	GaA	CaT	1	1	All	0
ORF7a	121	E121R	GAA	AGG	1	1	All	0
ORF7a	121	E121S	GAa	TCa	1	1	All	0
ORF7a	121	E121L	GAa	TTa	1	1	All	0
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	1	1	AN.1	0.02
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AU.1	0.001266
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AU.2	0.002421
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	1	1	AY.100	0.000046
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AY.100	0.000046
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	1	1	AY.102	0.000027
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	1	1	AY.102	0.000027
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	AY.102	0.000027
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	1	1	AY.103	0.000006
ORF7a	121	E121D	gaA	gaC	1	1	AY.103	0.000006
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	AY.103	0.000006
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	AY.110	0.000113
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.113	0.000142
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AY.113	0.000142
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	1	1	AY.113	0.000142
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AY.116	0.000287
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.116.1	0.000311
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	1	1	AY.118	0.000063
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.118	0.000063
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	1	1	AY.118	0.000063
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AY.118	0.000063
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AY.12	0.000316
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.12	0.000316
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	1	1	AY.120	0.000037
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.14	0.000088
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	1	1	AY.14	0.000088
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	1	1	AY.16	0.00038
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	AY.2	0.000356
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	1	1	AY.20	0.000039
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	1	1	AY.20	0.000039
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AY.23	0.00007
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	1	1	AY.23	0.00007
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	AY.23	0.00007
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AY.24	0.000431
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.24	0.000431
ORF7a	121	E121D	gaA	gaC	1	1	AY.25	0.000006
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	1	1	AY.25	0.000006
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	AY.26	0.000028
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	1	1	AY.27	0.000065
ORF7a	121	E121D	gaA	gaT	1	1	AY.29	0.000016
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	1	1	AY.29	0.000016
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	1	1	AY.3	0.00001
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	1	1	AY.3	0.00001
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	1	1	AY.3	0.00001
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF7a	121	E121T	GAa	ACa	1	1	AY.36	0.000148
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.38	0.000499
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	1	1	AY.39	0.000025
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF7a	121	E121D	gaA	gaC	1	1	AY.4	0.000002
ORF7a	121	E121D	gaA	gaT	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	AY.41	0.000294
ORF7a	121	E121D	gaA	gaT	1	1	AY.42	0.00004
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AY.42	0.00004
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	1	1	AY.42	0.00004
ORF7a	121	E121D	gaA	gaT	1	1	AY.44	0.000006
ORF7a	121	E121R	GAA	AGG	1	1	AY.44	0.000006
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	1	1	AY.45	0.000122
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AY.46	0.000104
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.46.3	0.000934
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	AY.48	0.000465
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AY.53	0.000288
ORF7a	121	E121del1	Gaa	-aa	1	1	AY.54	0.000095
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.58	0.000907
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AY.60	0.000938
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	AY.68	0.000274
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.71	0.000475
ORF7a	121	E121G	gAA	gGG	1	1	AY.71	0.000475
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.73	0.000665
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.74	0.000116
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	1	1	AY.74	0.000116
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	AY.75	0.000056
ORF7a	121	E121L	GAa	TTa	1	1	AY.75	0.000056
ORF7a	121	E121del1	gAa	g-a	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	AY.84	0.000437
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.84	0.000437
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.85	0.000427
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AY.88	0.000884
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	AY.9	0.000068
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF7a	121	E121del1	Gaa	-aa	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF7a	121	E121del1	gAa	g-a	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.93	0.000273
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	AY.99	0.001049
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AZ.2	0.000821
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	AZ.3	0.00152
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	B	0.000128
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B	0.000128
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	1	1	B.1	0.000009
ORF7a	121	E121D	gaA	gaT	1	1	B.1	0.000009
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	1	1	B.1.1.121	0.002427
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.157	0.000913
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.1.165	0.015385
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.198	0.001468
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.1.231	0.003096
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.1.265	0.003155
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.274	0.005051
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.1.280	0.003086
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF7a	121	E121D	gaA	gaT	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF7a	121	E121D	gaA	gaC	1	1	B.1.1.326	0.001761
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.332	0.03125
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.368	0.003086
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	1	1	B.1.1.378	0.007299
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.1.397	0.002252
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.404	0.015873
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.419	0.007407
ORF7a	121	E121D	gaA	gaC	1	1	B.1.1.464	0.001473
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.1.482	0.023256
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.485	0.016667
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.517	0.006803
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	1	1	B.1.1.521	0.005348
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.58	0.005376
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.62	0.027027
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.71	0.006061
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	1	1	B.1.111	0.001175
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.12	0.008
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.146	0.004237
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.157	0.002985
ORF7a	121	E121del1	Gaa	-aa	1	1	B.1.160	0.000031
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.160	0.000031
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	1	1	B.1.160	0.000031
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.160	0.000031
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.160.22	0.006757
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.160.30	0.002976
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	B.1.177.33	0.001645
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.177.42	0.000894
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	1	1	B.1.177.63	0.002703
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	1	1	B.1.177.75	0.001041
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.177.77	0.000726
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.8	0.000752
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	1	1	B.1.2	0.000009
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	1	1	B.1.210	0.002132
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.213	0.014925
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	1	1	B.1.214.2	0.0006
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.221	0.000071
ORF7a	121	E121del1	Gaa	-aa	1	1	B.1.221	0.000071
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.234	0.000132
ORF7a	121	E121del1	Gaa	-aa	1	1	B.1.235	0.002519
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.240.2	0.030303
ORF7a	121	E121D	gaA	gaC	1	1	B.1.243	0.00007
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.258.14	0.00098
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.265	0.001271
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.298	0.002114
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.311	0.000275
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	B.1.311	0.000275
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.349	0.000715
ORF7a	121	E121del2	gAA	g--	1	1	B.1.351	0.00003
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	1	1	B.1.351	0.00003
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.351.3	0.000876
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	B.1.36	0.000146
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.36	0.000146
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.36.16	0.001425
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	1	1	B.1.36.21	0.00216
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.36.38	0.001642
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.362	0.001541
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.369	0.000285
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.375	0.00082
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.379	0.017241
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.381	0.007812
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.398	0.002976
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.404	0.001302
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.409	0.000781
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.413	0.004255
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	1	1	B.1.413	0.004255
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	1	1	B.1.416	0.001269
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.422	0.000812
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	B.1.429	0.000024
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	1	1	B.1.429	0.000024
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.429	0.000024
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	B.1.442	0.035714
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.459	0.004082
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.462	0.007246
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.465	0.003802
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.468	0.005714
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.468	0.005714
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.508	0.025641
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.509	0.000866
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	1	1	B.1.517	0.000427
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.523	0.002451
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.525	0.000113
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.526	0.000024
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.561	0.000397
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	1	1	B.1.568	0.001111
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.578	0.017857
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.582	0.000491
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.588	0.00091
ORF7a	121	E121del1	Gaa	-aa	1	1	B.1.595	0.000261
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.595	0.000261
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.596	0.000087
ORF7a	121	E121del1	gAa	g-a	1	1	B.1.596	0.000087
ORF7a	121	E121del1	gaA	ga-	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF7a	121	E121S	GAa	TCa	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF7a	121	E121K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF7a	121	E121A	gAa	gCa	1	1	B.1.618	0.004032
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.1.619.1	0.000641
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.1.630	0.005236
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	1	1	B.1.637	0.000073
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.11	0.005128
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	B.12	0.00641
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.3.1	0.001658
ORF7a	121	E121D	gaA	gaT	1	1	B.39	0.002331
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.4	0.002208
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.4.1	0.018868
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.40	0.000364
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.41	0.008
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	B.58	0.010204
ORF7a	121	E121E	gaA	gaG	1	1	C.1	0.002392
ORF7a	121	E121D	gaA	gaC	1	1	C.16	0.00106
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	C.30	0.001727
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	C.37.1	0.002618
ORF7a	121	E121D	gaA	gaC	1	1	D.2	0.000075
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	D.2	0.000075
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	D.2	0.000075
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	N.5	0.001767
ORF7a	121	E121V	gAa	gTa	1	1	P.1	0.000016
ORF7a	121	E121del2	GAa	--a	1	1	P.1	0.000016
ORF7a	121	E121G	gAa	gGa	1	1	P.1	0.000016
ORF7a	121	E121D	gaA	gaT	1	1	P.1	0.000016
ORF7a	121	E121H	GaA	CaT	1	1	P.1	0.000016
ORF7a	121	E121I	GAA	ATT	1	1	P.1	0.000016
ORF7a	121	E121T	GAA	ACT	1	1	P.1	0.000016
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	P.1.12	0.000484
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	P.1.16	0.000374
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	P.1.16	0.000374
ORF7a	121	E121del	GAA	---	1	1	P.1.17	0.000162
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	P.2	0.000187
ORF7a	121	E121Q	Gaa	Caa	1	1	P.2	0.000187
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	P.3	0.001595
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	Q.1	0.000126
ORF7a	121	E121del1	Gaa	-aa	1	1	R.1	0.00009
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	V.2	0.032258
ORF7a	121	E121X	Gaa	Taa	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.