CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF6 : Mut = D61Y

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF6	61	D61Y		nonsyn	Gat	Tat	1903	1892	0.99422	27382-27384
ORF6	61	D61Y		nonsyn	GaT	TaC	1903	11	0.00578035	27382-27384

Details of the mutation D61Y within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1892	1903	All	0.000362
ORF6	61	D61Y	GaT	TaC	11	1903	All	0.000002
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	436	442	B.1.1.7	0.00039
ORF6	61	D61Y	GaT	TaC	6	442	B.1.1.7	0.000005
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	206	206	AY.26	0.005832
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	169	169	AY.44	0.001029
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	86	87	B.1.617.2	0.000324
ORF6	61	D61Y	GaT	TaC	1	87	B.1.617.2	0.000004
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	86	86	AY.25	0.000517
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	66	66	AY.4	0.000103
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	64	64	AY.103	0.000397
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	55	55	B.1	0.000504
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	48	48	B.1.2	0.000423
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	42	42	AY.47	0.001306
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	36	36	AY.43	0.000159
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	34	34	B.1.1.277	0.025797
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	26	26	P.1	0.00041
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	23	23	B.1.1	0.000417
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	21	21	B.1.429	0.000494
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	19	19	B.1.177	0.00025
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	18	18	B.1.36.8	0.018
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	17	17	AY.3	0.000169
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	15	15	R.1	0.00135
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	13	14	AY.24	0.005603
ORF6	61	D61Y	GaT	TaC	1	14	AY.24	0.000431
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	12	12	AY.100	0.000552
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	11	11	AY.102	0.000292
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	11	11	P.5	0.150685
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	10	10	AY.13	0.00161
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	10	10	AY.36	0.001482
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	10	10	B.1.142	0.028986
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	10	10	B.1.165	0.119048
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	10	10	B.1.389	0.01002
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	10	10	B.1.526	0.000235
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	9	9	AY.4.2	0.000195
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	9	9	P.1.10	0.002425
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	8	8	AY.42	0.000322
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	8	8	AY.6	0.000329
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	8	8	AY.98.1	0.000387
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	7	7	AY.73	0.004657
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	7	7	C.37	0.000812
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	7	7	Q.1	0.000884
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	6	6	AY.119	0.000212
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	6	6	B.1.1.519	0.000238
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	6	6	B.1.621	0.000531
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	6	6	C.5	0.545455
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	5	5	AY.27	0.000324
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	5	5	AY.39	0.000124
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	5	5	AY.39.1	0.000198
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	4	5	AY.46.4	0.000658
ORF6	61	D61Y	GaT	TaC	1	5	AY.46.4	0.000165
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	5	5	AY.5	0.000103
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	5	5	AY.61	0.000524
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	5	5	AY.7.2	0.002796
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	5	5	AY.9.1	0.000419
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	5	5	B.1.177.81	0.000947
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	5	5	B.1.36	0.00073
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	4	4		0.222222
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	4	4	AY.20	0.000155
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	4	4	AY.9.2	0.000147
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	4	4	B.1.1.286	0.011594
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	4	4	B.1.160	0.000125
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	4	4	B.1.497	0.001259
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	4	4	B.1.596	0.000349
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	4	4	B.1.617.1	0.000516
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	4	4	B.1.628	0.001409
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	3	3	AY.118	0.000188
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	3	3	AY.16	0.001139
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	3	3	AY.29	0.000047
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	3	3	AY.7	0.000588
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	3	3	B.1.258	0.0002
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	3	3	B.1.369	0.000856
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	AY.111	0.000366
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	AY.116	0.000574
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	AY.117	0.000169
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	AY.120	0.000074
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	AY.16.1	0.00094
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	AY.33	0.000134
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	AY.34	0.000194
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	AY.38	0.000999
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	AY.75	0.000112
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	2	AY.85	0.000427
ORF6	61	D61Y	GaT	TaC	1	2	AY.85	0.000427
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	AY.9	0.000135
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	AY.98	0.000158
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B	0.000256
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.214	0.000111
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.25	0.001137
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.487	0.011173
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.1.177.73	0.001133
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.1.177.9	0.002663
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.1.240	0.000431
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.1.258.21	0.015504
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.1.396	0.001411
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.1.427	0.000101
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.1.438.1	0.000215
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	2	B.1.466.2	0.000391
ORF6	61	D61Y	GaT	TaC	1	2	B.1.466.2	0.000391
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.1.516	0.003914
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.1.600	0.011696
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.6	0.00182
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	D.2	0.00015
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	P.1.14	0.000096
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	A	0.000387
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.104	0.001984
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.109	0.00074
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.110	0.000113
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.113	0.000142
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.115	0.005208
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.12	0.000316
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.121	0.000135
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.14	0.000088
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.23	0.00007
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.30	0.000396
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.35	0.000233
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.40	0.000964
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.45	0.000122
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.46	0.000104
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.48	0.000465
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.51	0.000909
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.55	0.000917
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.58	0.000907
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.62	0.000436
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.64	0.000595
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.74	0.000116
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.84	0.000437
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.186	0.003436
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.312	0.001912
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.433	0.001425
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.453	0.008475
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.83	0.00271
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.111	0.001175
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.74	0.015152
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.22	0.001318
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.221	0.000071
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.243	0.00007
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.248	0.029412
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.258.16	0.001637
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.264	0.012346
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.350	0.002933
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.351	0.00003
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.362	0.001541
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.375	0.00082
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.415	0.014286
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.529	0.055556
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.619.1	0.000641
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.625	0.002353
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.630	0.005236
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.633	0.041667
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.636	0.006711
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.93	0.000934
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.30	0.014706
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.40	0.000364
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	C.2	0.016129
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	C.26	0.007353
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	C.35	0.000774
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	N.9	0.005952
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	P.1.15	0.000232

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.